EUROArray - Euroimmun

EUROArray
Sistema di analisi basato su microarray di DNA
per la diagnostica genetico-molecolare (IVD)
„„ Piattaforma di array basata su tecnologie BIOCHIP ampiamente
sperimentate
„„ Componenti PCR pronti all’uso
„„ Procedura semplice
„„ Incubazione standardizzata grazie alla tecnica TITERPLANE
„„ Reazioni integrate di controllo garantiscono la sensibilità e la
specificità di ogni campione analizzato
„„ Sistema completamente automatizzato e standardizzato per la
valutazione, interpretazione e archiviazione dei risultati (Software
EUROArrayScan)
„„ Con EUROArray Direct, isolare il DNA diventa superfluo: l’analisi viene
condotta direttamente su sangue pre-trattato
„„ L’intero processo, dalla ricezione dei campioni all’emissione dei
risultati, è validato per la diagnostica in vitro e porta il marchio CE
(estrazione del DNA, kit di analisi, microarray scanner, software)
„„ Collegamenti LIMS già predisposti
EUROIMMUN ITALIA Srl · Via San Crispino, 46 · 35129 Padova · Telefono +39  0497800178 · Fax +39 049 7808103 · www.euroimmun.it
Che cos’è un microarray e come funziona?
Principio del microarray di DNA
Un microarray di DNA è costituito da DNA molecolare (sonde) applicato ad un materiale solido, come il vetro, sotto forma di spot visibili
al microscopio e disposti in posizioni predefinite. Le sonde differiscono l’una dall’altra per la loro sequenza di DNA – vale a dire l’ordine
in cui si presentano le mattonelle di cui sono costituite (nucleotidi con le basi adenina, A; citosina, C; guanina, G; tiamina, T). Quando
il DNA di un paziente contiene dei segmenti che si abbinano perfettamente alle sonde microarray, le regioni di DNA complementari
interagiscono portando ad ibridazione. Questo legame viene misurato attraverso una lettura generata per via informatica e viene
valutato come segnale positivo.
T
C
I filameti di DNA
con nucleotidi
complementari in
posizione opposta
legano e ibridizzano
Due nucleotidi si
incastrano a formare
una coppia di basi
A
G
Blocchi di DNA
Filamenti di DNA complementari
I filamenti di DNA
contengono pochi
nucleotidi in posizione
opposta e non legano
Filamenti di DNA non complementari
Preparazione dei campioni: Isolamento del DNA
Per ricercare una particolare sequenza nel DNA di un paziente
mediante microarray, è necessario innanzitutto estrarre il DNA dal
sangue del paziente. Questo viene effettuato ricorrendo, ad
esempio, a kit per l’isolamento del DNA
Amplificazione del DNA del paziente:
reazione a catena della polimerasi (PCR)
Le sezioni di DNA da sottoporre a indagine vengono amplificate
milioni di volte ricorrendo alla reazione a catena della polimerasi
(PCR). Due molecole starter di DNA (primer) definiscono la
regione da copiare. Se il DNA del paziente contiene la sezione
corrispondente (sequenza bersaglio), i primer si legano e viene
copiata la sequenza bersaglio. Questa reazione viene ripetuta più
volte così da amplificare notevolmente (in modo esponenziale) la
regione tra i primer. Il prodotto della PCR viene marcato con una
molecola fluorescinata e che consente la sua rilevazione mediante
microarray. Se la sequenza bersaglio non è presente nel campione
del paziente, il primer non si lega e il DNA non viene amplificato.
Analisi dei prodotti della PCR mediante
microarray: Ibridazione microarray di DNA
Campione di sangue
Isolamento del DNA
DNA contiene sequenza target
DNA del paziente
DNA non contiene sequenza bersaglio
1° ciclo PCR
Primer
1° ciclo PCR
Primer
2° ciclo PCR
2° ciclo PCR
Ciclo successivo
Amplificazione esponenziale del DNA
e marcatura in fluorescenza
Legame dei prodotti di PCR per
sonde di DNA complementare del
microarray
Ciclo successivo
DNA senza amplificazione
Non legante, senza
prodotti PCR complementari
I prodotti della PCR vengono incubati mediante microarray. Vengono
prima mescolati con un tampone di ibridazione, che fornisce le
condizioni ottimali per consentire il legame dei prodotti della PCR
alle sonde complementari sul microarray. Il legame viene misurato
attraverso il segnale di fluorescenza emesso dagli spot.
Carrier materiale
DNA spots
Carrier materiale
DNA spots
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Microarray EUROIMMUN per una diagnostica semplice e affidabile
EUROArrays ottimali per la diagnostica in vitro
I microarray di EUROIMMUN si basano sulla tecnologia BIOCHIP.
Sono costituiti da numerose sonde di DNA a catena singola con
sequenze diverse, applicate ad un sottile strato di vetro in
posizioni predefinite. Ogni BIOCHIP contiene 48 spot di DNA e
consente la determinazione doppia di 24 diverse sequenze di
DNA, controlli compresi. Ogni vetrino EUROArray contiene cinque
campi di analisi, che consentono di analizzare in parallelo fino a
cinque campioni.
EUROArray vetrino e ingrandimento del BIOCHIP
La procedura “EUROArray Direct“ consente
di risparmiare tempo e denaro
5 µl Sangue
1 min
Per alcuni parametri, EUROIMMUN offre una procedura rapida in cui
non è necessario isolare il DNA. Il campione di sangue viene
incubato con una soluzione per l’estrazione fornita nel kit (E1 ed E2,
vedi figura). L’estratto di DNA viene utilizzato direttamente nel PCR.
20 µl E1
Paragone tra
EUROArray
EUROArray Direct
Volume del
Sangue
~ 200 µl
5 µl
Tempo
isolamento del DNA:
circa 80 min. per 40
campioni
Estrazione del DNA:
< 20 min. per 40
campioni
Costi
Per il kit di
isolamento del DNA
Nessun costo aggiuntivo,
le soluzioni per
l‘estrazione sono
contenute nel kit
20 µl E2
5 sec
Può essere utilizzato
direttamente per la PCR
+
Semplice, lineare e di facile utilizzo
Tutti i reagenti PCR forniti nei kit EUROArray sono pronti per
l’uso, compresi la DNA polimerasi e il primer specifico validato.
Di conseguenza vengono ridotti al minimo i passaggi di
pipettamento e vengono eliminati i laboriosi processi di
ottimizzazione. La PCR funziona in modo affidabile con un minimo
impegno: i reagenti di PCR pronti vengono semplicemente
combinati e il DNA viene aggiunto a questa miscela.
L’ibridazione del DNA su microarray viene condotta in condizioni
precise e standardizzate, mediante una tecnica ampiamente
sperimentata chiamata TITERPLANE. Questa procedura è semplice
e affidabile. I campioni (prodotti della PCR + tampone di ibridazione)
vengono pipettati sui campi di reazione della vaschetta portareagenti. I vetrini vengono poi riposti nei pozzetti della vaschetta
porta-reagenti, così da consentire a tutti i BIOCHIP di entrare
simultaneamente in contatto con i liquidi. Grazie all’ambiente
idrofobico, durante il ciclo di incubazione le gocce di fluido
rimangono stabili nei campi di reazione e non si mescolano. Dopo
un’incubazione di un’ora nella stazione per l’ibridazione, i vetrini
EUROArray vengono risciacquati con una speciale soluzione
tampone. La procedura di lavaggio è veloce e semplice: ci vogliono
appena 5 minuti per elaborare 10 vetrini che possono quindi essere
valutati immediatamente.
Reagenti PCR
pronti all'uso
PCR master mix
PCR
Pipetta campione
Vassoio reagenti
Porre il vetrino sul vassoio
1 hour
Incubazione
Stazione di ibridazione con
quattro vetrini EUROArray
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Il sistema di valutazione standardizzato e completamente automatizzato fornisce i risultati in
modo veloce e affidabile
Grazie ad EUROIMMUN Microarray Scanner e al Software EUROArrayScan, gli EUROArray
vengono valutati in modo facile, veloce e obiettivo, senza dover consultare manuali complessi.
Il software EUROArrayScan può essere integrato in EUROLabOffice e altri sistemi di gestione
delle informazioni del laboratorio (LIMS) senza difficoltà.
All’avvio di ogni ciclo, il software inserisce i dati dei campioni da esaminare nel sistema, e poi li
trasferisce automaticamente alla lista di lavoro. Una volta posizionati i vetrini incubati sullo
scanner microarray, un semplice movimento del mouse vi permette di avviare la procedura di
scansione. Il software EUROArrayScan valuta tutti i dati in modo completamente automatizzato:
infine produce una relazione finale, e documenta e archivia tutti i risultati. I risultati relativi a un
vetrino EUROArray (fino a cinque campioni) vengono ottenuti in meno di 20 secondi!
Valutazione con EUROArrayScan (es. HLA-B27)
Scansione di un vetrino EUROArray
Protocollo per ogni singolo report (es. HLA-B27)
L’affidabilità dell’analisi è garantita da numerosi controlli
Controllo
Funzione
Controllo della specificità dell‘ibridazione
... i prodotti della PCR si sono legati in modo specifico alle sonde di DNA
Controllo della cross-contaminazione
... assenza di cross-contaminazione tra diversi campi di analisi
Controllo positivo DNA
... il DNA del paziente era intatto e presente in quantità sufficiente
Controllo positivo PCR
... la PCR è andata a buon fine (funzionamento dei primer e condizioni della PCR)
Controllo negativo (automaticamente incluso)
... l‘analisi è stata condotta correttamente e non vi sono falsi positivi
Visione d’insieme del prodotto
Prodotto
Codice
Caratteristiche
EUROArray HLA-B27 (malattia di Bechterew)
MN 5110-####
Sensibilità più alta: rileva tutti gli alleli HLA-B*27 conosciuti
Specificità migliorata: differenziazione degli alleli HLA-B*27 non associati
alla malattia
EUROArray HLA-B27 Direct (malattia di Bechterew)
MN 5110-####-V
Non è richiesto l‘isolamento del DNA dato che viene analizzato direttamente
tutto il sangue estratto
EUROArray HLA-Cw6 (psoriasi)
MN 5410-####
Rileva tutti gli alleli HLA-C*06 di interesse a livello mondiale
EUROArray HLA-DQ2/DQ8 (morbo celiaco)
MN 5310-####
Rileva tutti gli alleli di interesse per HLA-DQ2/DQ8
Microarray Scanner
YG 0601-0101
Fornito assieme al software EUROArrayScan
Adattatore per incubatrice porta-reagenti
TITERPLANE
YG 0631-0101
Utilizzato per adattare la vaschetta porta-reagenti TITERPLANE nella
stazione di ibridazione
Vaschetta porta-reagenti TITERPLANE
ZM 9999-0105
Adatto all‘incubazione in parallelo di fino a cinque vetrini EUROArray
####: Per informazioni più dettagliate sui formati disponibili dei kit di analisi consultare il nostro catalogo oppure visitare www.euroimmun.it
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