Corso di Laurea Specialistica in Biologia Molecolare
Chimica Bioorganica
Prova scritta – 12/2/2007
Il peptide sotto riportato ha un’elevata affinità per la proteina PKG
H-Arg-Lys-Arg-Ser-Arg-Ala-Glu-OH
5)
Se questa molecola viene trattata con l’enzima tripsina, che ha una specificità
di taglio rivolta a legami ammidici il cui amminoacido dal lato N-terminale è
basico, che cosa si ottiene?
7)
Qual è lo stato di carica di questo peptide a pH fisiologico (circa 7)?
9)
Se la serina viene fosforilata dalla PKG, qual è la nuova carica globale di
questo peptide sempre a pH fisiologico (circa 7)?
11)
Se questa molecola viene fatta reagire a pH= 10 con la biotina, attivata al
gruppo carbossile con un estere attivo (EA, figura sottostante), quante
molecole di biotina si legheranno covalentemente al peptide ed in quali
posizioni?
O
HN
NH
EA
S
O
4’) (opzionale) rappresentare schematicamente il meccanismo della reazione 4).
Lo zucchero qui a
fianco è il trealosio,
che è comune in
batteri, spore, funghi
ed insetti. E’ formato
da due unità di Dglucosio.
5) Identificate la configurazione (alfa o beta) dei due ossidrili anomerici.
6) Il trealosio è reattivo al saggio di Tollens? Perché?
7) Se tratto il trealosio in acqua lievemente acida a 60°c per tre ore, cosa si forma?
7’) (opzionale) scrivete il meccanismo della reazione soprastante.
La metilazione della
citosina è un meccanismo
di regolazione genica molto
comune nei mammiferi. La
reazione biochimica è
rappresentata a fianco.
8) Se una citosina metilata che si trova nel DNA va incontro a reazione di
deamminazione spontanea, qual è il prodotto? E’ distinguibile dalle altre basi del
DNA?
8’) (opzionale) Quale delle seguenti molecole, se usate al posto della Sadenosilmetionina, avrebbe la maggior probabilità di fare avvenire la stessa reazione
per via chimica?
H
C
I
3
H
C
H
3 O
H
C
N
3 C
9) Spiegare brevemente il metodo di sequenziamento di Sanger, o del dideossi.
10) Applicando il metodo di Sanger tradizionale, è possibile distinguere citosine
metilate da citosine non metilate? Perché?
