I pattern dell`ereditarieta` Le leggi di Mendel

I pattern dell’ereditarieta’
Le leggi di Mendel
Griffiths et al., GENETICA 6/E, Zanichelli Editore S.p.A. Copyright © 2006
Il concetto di gene
Fu proposto per la prima volta nel
1865 da Gregor Mendel
Fino a quel momento ben poco
si conosceva riguardo ai
meccanismi dell’eredita’. Si
riteneva che l’uovo e lo
spematozoo contenessero delle
essenze, che al momento del
concepimento si mescolavano
e davano origine al nuovo
individuo
Eredita’ per mescolamento
Ma la progenie non sempre
risulta da una mescolanza dei
caratteri parentali…..
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Mendel e l’eredita’ particolata
In seguito ai sui studi Mendel propose la teoria secondo la quale i
caratteri che vengono ereditati dalla progenie sono trasmessi come
unita’ discrete
Gli studi di Mendel
rappresentano il prototipo
dell’analisi genetica:
Sperimentazione ed analisi
Pisum Sativum
-facilmente reperibile
-vasta gamma di colori e forme
-si riproducono per autoimpollinazione
(mantenendo le linee pure) o
impollinazione incrociata
-generazione breve
-elevato numero di progenie
-basso costo
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Impollinazione incrociata
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Mendel studio’ le modalita’ di trasmissione di 7
caratteri o proprieta’ della pianta
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-per ciascun carattere ottenne delle
linee pure, ovvero una popolazione
che rimane identica di generazione in
generazione per autoimpollinazione
Semi sempre gialli di generazione in generazione
Semi sempre verdi di generazione in generazione
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• Mendel eseguì la sua sperimentazione su
piante (linee pure) che differivano di 1
solo carattere per volta, fenotipicamente
diverse
•Fenotipo: forma del
carattere,variabilita’ di manifestazione
del carattere
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Primo esperimento: trasferimento di polline dalla
pianta bianca nella carena della pianta porpora
Linea pura dal
fiore porpora
Linea pura dal
fiore bianco
Generazione
Parentale
Prima Generazione
Filiale F1
Tutte piante
con fiori
porpora
Il carattere o
fenotipo bianco
sembrava
scomparso
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Incrocio reciproco: polline dalla pianta
porpora nella carena della pianta bianca
Stesso fenotipo:
tutta la F1
porpora
Non c’e’
mescolamento di
caratteri ma la
dominanza di uno
sull’altro
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Secondo esperimento: autofecondazione
delle piante F1
Lascio’ che polline
cadesse sullo stimma
del fiore
F1xF1
porporaXporpora
Ritorna il fenotipo bianco
F2
Piante a
fiori
porpora
Piante a
fiori
bianchi
705
224
Rapporto 3:1
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Gli incroci di piante fenotipicamente
diverse per gli altri 6 caratteri davano gli
stessi risultati
Nella generazione F2 si manifesta sempre il rapporto
3:1
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Osservazioni (I)
• Dall’incrocio dei parentali, la generazione F1, pur
essendo purpurea mantiene la potenzialita’di
produrre fiori bianchi, che tornano a
manifestarsi nella F2
• Nella F1 il fenotipo bianco non viene espresso
perche’ il fenotipo porpora e’ dominante mentre
il bianco e’ recessivo, ovvero il dominante
maschera la presenza del recessivo
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Incrocio tra semi
P
autofecondazione
F1
F2
1/4
3/4
autofecondazione
¼ verdi puri
2/4 gialli impuri
¼ gialli puri
Sempre verdi
Gialli /verdi 3:1
Sempre gialli
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Osservazioni (II)
Mendel dedusse che:
I. Esistono determinanti ereditari o caratteri che
vengono trasmessi alla progenie. Oggi chiamiamo
questi caratteri GENI
II. I geni sono presenti in coppie o forme alternative
dette alleli
III. Se gli alleli di una coppia genica sono uguali si
parla di OMOZIGOSI, se sono diversi si parla di
ETEROZIGOSI; ad es. in Pisum Sativum l’allele
dominante del gene del colore sel seme e’ il giallo
mentre il recessivo e’ il verde
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Fenotipo Dominante -> il
fenotipo che si manifesta in
eterozigosi
Fenotipo Recessivo -> il
fenotipo che si manifesta
solo in omozigosi
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Le Leggi di Mendel
• Legge della Dominanza
In un eterozigote, un allele dominante puo’
mascherare la presenza di un altro recessivo;
l’allele dominante e’ in grado di determinare
completamente il fenotipo
• Legge della Segregazione
I membri di una coppia genica (i 2 alleli)
segregano (si separano) con uguale frequenza nei
gameti, ovvero nelle uova e negli spermatozoi. Ne
consegue che ogni gamete porta un solo allele e i
gameti si combinano tra di loro in modo del tutto
indipendente
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Schematizzazione degli incroci
di Mendel Sono linee pure e la
A-> carattere o
allele
dominante
coppia di alleli e’ in
omozigosi
a-> allele
recessivo
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Verifica delle ipotesi di Mendel
incrocio seme giallo eterozigote della F1 con
verde omozigote recessivo
Ottenne
52 semi
verdi
58 semi
gialli
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•Fenotipo:
del carattere,
carattere
rappresenta la forma
la manifestazione del
•Genotipo:
rappresenta
costituzione genetica del carattere
la
Y/Y
Y/y
Fenotipo giallo
Genotipo
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Cosa sono gli alleli?
Sono geni presenti in un determinato locus dei cromosomi
omologhi che differiscono tra di loro per uno o pochi
nucleotidi; quindi sono versioni differenti di un gene
fondamentalmente uguale
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La segregazione allelica
Avviene durante la meiosi in cui la cellula diploide
si divide per produrre gameti aploidi
A
A
a
1/2
a
1/2
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Incroci diibridi
Mendel proseguì con i suoi esperimenti analizzando i discendenti
provenienti da linee pure che differivano per 2 caratteri anziche’ 1
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Incroci tra semi che variano per colore
e forma
Linee parentali pure
Negli incroci
diibridi il
rapporto 9:3:3:1
rappresenta un
altro pattern
costante come
3:1 nel
monoibrido
autofecondazione
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Osservazioni (III)
Mendel noto’ che
i.
Rispetto alla forma del seme vi erano
423 semi lisci / 133 semi grinzosi
ii.
Rispetto al colore del seme vi erano
416 semi gialli / 140 semi verdi
Tornano i rapporti 3:1
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Il rapporto 9:3:3:1 non e’ altro
che la combinazione casuale del
rapporto 3:1 indipendente
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La seconda legge di Mendel
Coppie geniche differenti si
assortiscono in maniera indipendente
durante la formazione dei gameti
Ma questa legge e’ vera solo in certi casi, ovvero per
geni localizzati su cromosomi differenti
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Spiegazione
genotipica
Tabella 4x4 o
quadrato di
Punnett
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Verifica dell’ipotesi:
testcross
F1
Tester
x
r/r y/y
R/r Y/y
individuo omozigote
recessivo
RY
Ry
rY
ry
ry
RrYy
Rryy
rrYy
rryy
ry
RrYy
Rryy
rrYy
rryy
ry
RrYy
Rryy
rrYy
rryy
ry
RrYy
Rryy
rrYy
rryy
4/16
4/16
1/4
4/16
1/4
4/16
1/4
¼
F2
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Tester
individuo omozigote recessivo
Importante nella determinazione del
genotipo sconosciuto, perche’ non
contribuisce nel fenotipo
Serve a smascherare il genotipo
incognito
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Incroci triibridi
Triplo eterozigote
ramificazioni
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Gli esperimenti di Mendel
stabilirono tre principi genetici di
base:
1)Alcuni alleli sono dominanti, altri recessivi
2)Durante la formazione dei gameti, gli alleli
differenti segregano l’uno dall’altro
3)Geni indipendenti assortiscono
indipendentemente
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A
B
a
b
PAIRING
B
A
SEGREGATION
b
a
A
a
b
B
A
b
a
INDEPENDENT
ASSORTMENT
B
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Modi per schematizzare gli
incroci
-metodo delle ramificazioni ->complesso per
piu’ di 2/3 caratteri
-diagramma di Punnett -> complesso per 2 o
piu’ caratteri
-calcolo delle probabilita’->regola del prodotto
e della somma
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metodo delle ramificazioni
Incrocio AaBb x AaBb
Quanti tipi di gameti sono prodotti?
½A
½B
½b
½a
½B
½b
¼ AB
¼ Ab
¼ aB
¼ ab
Numero delle
coppie geniche
eterozigoti
2n =22 = 4
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Quanti genotipi?
¼ BB
½ Bb
¼ bb
AABB 1/16
AaBB 1/8
½ Aa
¼ BB
½ Bb
¼ bb
aaBB 1/16
¼ aa
¼ BB
½ Bb
¼ bb
¼ AA
Carattere 1
AABb 1/8
AAbb 1/16
AaBb 1/4
Aabb 1/8
Numero delle
coppie geniche
eterozigoti
n
=
2
=
3 3 9
aaBb 1/8
aabb 1/16
Carattere 2
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Quadrato di Punnett
si ottengono tutte le combinazioni (16)
su cui contare genotipi e fenotipi
AB
Ab
aB
ab
AB
AABB AABb AaBB AaBb
Ab
AABb AAbb AaBb
Aabb
aB
AaBB AaBb
aaBB
aaBb
ab
AaBb
aaBb
aabb
Aabb
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Quanti fenotipi?
¾ A-
¼ aa
¾ B- A-B- 9/16
¼ bb A-bb 3/16
¾ B- aaBB 3/16
Numero delle
coppie
geniche
eterozigoti
n
=
2
=
2 2 4
¼ bb aabb 1/16
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Schema
Aa
Aa Bb
Aa Bb Cc
Aa Bb Cc Dd
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A cosa serve la statistica
A riassumere tanti numeri in pochi
numeri: Statistica descrittiva
A decidere se un’ipotesi è o non è
compatibile con i dati:
Statistica decisionale Æ test statistici
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Regola del prodotto
la probabilita’ che 2 eventi indipendenti si
verifichino insieme e’ data dal prodotto
delle probabilita’ dei singoli eventi
Probabilita’ che esca 3 e 3 lanciando i 2 dati
1/6
x 1/6 = 1/36
Si applica il prodotto perche’ i 2 eventi sono indipendenti e
l’uno non esculde l’altro
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Esempio
Aa/Bb x aa/Bb
♂
♀
Qual’e’ la probabilita’ di ottenere aa/BB?
Consideriamo i 2 eventi in modo indipendente
Probabilita’ aa =1/2
Probabilita’ BB=1/4
Per cui prob aa/BB => ½ x ¼ => 1/8
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Regola della somma
la probabilita’ che si verifichino o l’uno o l’altro
evento (che non si possono verificare
contemporaneamente) e’ data dalla somma delle
probabilita’ dei singoli eventi
o
Probabilita’ che esca 3 e 3 o 5 e 5 lanciando i 2 dati
1/36
+ 1/36 = 1/18
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Esempio
Aa/Bb x aa/Bb
Qual’e’ la probabilita’ di ottenere aa/BB o Aa/Bb?
Prob. aa/BB => ½ x ¼ => 1/8
Prob. Aa/Bb=> ½ x ½ => ¼
1/8 + ¼ = 3/8
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Esempio
Abbiamo 2 piante con genotipi
A/a ; b/b ; C/c ; D/d ; E/e
e A/a ; B/b ; C/c ; d/d ; E/e
Vogliamo recuperare nella progenie dall’incrocio gli individui
a/a ; b/b ; c/c ; d/d ; e/e
Quanti individui della progenie dobbiamo coltivare per avere
almeno 1 individuo col genotipo omozigote recessivo?
Consideriamo che le coppie geniche si assortiscano in modo
indipendente e calcoliamo la probabilita’ di ottenere
l’omozigote recessivo per ogni carattere a partire dai genotipi
parentali
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A/a deriva da A/a e A/a
AA ½ x ½ = ¼
½A
½A
x
½a
½a
aa ½ x ½ = ¼
Aa (½ x ½)+ (½ x ½)+ =
¼+ ¼ = ½
b/b deriva da b/b e B/b
½B
½b
X
½b
½b
Bb (½ x ½)+ (½ x ½)+ = ¼+ ¼
= ½
bb (½ x ½)+ (½ x ½)+ = ¼+ ¼
= ½
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c/c deriva da C/c e C/c
CC ½ x ½ = ¼
½C
½C
x
½c
½c
cc ½ x ½ = ¼
Cc (½ x ½)+ (½ x ½)+
= ¼+ ¼ = ½
d/d deriva da D/d e d/d
½d
½D
x
½d
½d
Dd (½ x ½)+ (½ x ½)+ =
¼+ ¼ = ½
dd (½ x ½)+ (½ x ½)+ =
¼+ ¼ = ½
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e/e deriva da E/e e E/e
½E
½E
x
½e
½e
Ee (½ x ½)+ (½ x ½)+ =
¼+ ¼ = ½
ee ½ x ½ = ¼
EE ½ x ½ = ¼
a/a ; b/b ; c/c ; d/d ; e/e
¼ x ½ x ¼ x ½ x ¼ = 1/256
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Verifica di ipotesi genetiche
Ipotesi->sperimentazione->dati (numeri)->analisi statistica
autofecondazione
Ipotesi: esistono 2 alleli per il colore con dominanza
parziale
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Come accettare o respingere
l’ipotesi?
Il metodo del χ2 e’ una procedura statistica che
permette di accettare o respingere l’ipotesi verificando
la corrispondenza tra le previsioni di una ipotesi e i
dati reali
In altre parole serve a verificare se i risultati ottenuti
in un dato esperimento si discostano dai risultati attesi
soltanto per effetto del caso
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Confronto dei dati osservati con quelli attesi
mendeliano
1/4
2/4
1/4
Confronto con il valore critico
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Se il χ2 statistico supera un valore critico, i dati reali
non sono in accordo con quelli attesi, quindi l’ipotesi
iniziale deve essere respinta;
Se il χ2 statistico e’ inferiore a quel valore, l’ipotesi
puo’ essere accettata
I valori critici sono stabiliti in base alla
probabilita’ del 5% (limite di significativita’
stabilito arbitrariamente) e in base ai gradi
di liberta’, ovvero alle categorie sperimentali,
ovvero in base alla complessita’ sperimentale
Gradi di liberta’=> minor numero dei parametri
indipendenti tramite i quali si può individuare un
sistema
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Il livello di significatività 5% viene
adottato molto frequentemente in
quanto si ritiene che il rapporto 1/20
(cioè 0.05) sia sufficientemente piccolo
da poter concludere che sia «piuttosto
improbabile» che la differenza
osservata sia dovuta al semplice caso. In
effetti, la differenza potrebbe essere
dovuta al caso, e lo sarà 1 volta su 20.
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Ipotesi errata-> grosse differenze tra i
valori osservati e gli attesi
Limite di
significativita’
x
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Gradi di liberta’, si
sottrae 1 al numero di
classi fenotipiche
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Altro esempio
RrYy x rr yy
Liscio giallo
rugoso verde
Ipotesi zero:
I geni assortiscono indipendentemente
(rapporto 1:1:1:1)
Risultati osservati
Tot.
Risultati attesi
154 lisci gialli
142 lisci gialli (RrYy)
124 lisci verdi
142 lisci verdi (Rryy)
144 rugosi gialli
142 rugosi gialli (rrYy)
146 rugosi verdi
142 rugosi verdi (rryy)
568
Tot.
568
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Calcolo del chi quadrato
Per ogni classe, si
calcola la
differenza tra
valore osservato ed
atteso, la si eleva al
quadrato, la si
divide per il valore
atteso, e infine si fa
la somma dei
risultati ottenuti
per tutte le classi.
Numero delle classi -1
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