CURRICULUM VITAE
COGNOME: BIANCHI
NOME: NICOLETTA
LUOGO E DATA DI NASCITA: CONTARINA (ROVIGO) il 31-01-1968
TITOLI DI STUDIO
1) Diploma di MATURITA’ SCIENTIFICA, conseguito presso il Liceo Scientifico di
Codigoro (FE) in data 15 Luglio 1987.
2) Diploma di laurea in SCIENZE BIOLOGICHE, conseguito presso l'Università degli
Studi di Ferrara in data 14/07/1992 con punteggio di 110/110 e la lode; tesi dal titolo
"Trascrizione differenziale del gene umano per il recettore degli estrogeni in cellule normali e
neoplastiche", Relatore Prof.ssa Laura del Senno.
3) Dottorato di Ricerca conseguito il 14/07/1998 (Dottorato di Ricerca in
BIOTECNOLOGIE, tesi dal titolo: "Tecnologie biomolecolari applicate alla caratterizzazione
delle interazioni tra DNA e molecole in grado di modulare l'espressione genica"); l'attività di
ricerca quadriennale relativa al conseguimento di tale titolo è stata svolta nel periodo
Dicembre 1993-Ottobre 1997, presso il Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare,
Ferrara, Coordinatore Prof. Giuseppe Barbanti Brodano, Tutore Prof. Roberto Gambari.
4) Abilitazione all’esercizio professionale di biologo conseguito nel Dicembre 1993, col
punteggio di 131/150.
ABLITAZIONI SCIENTIFICHE NAZIONALI CONSEGUITE
Abilitazione Scientifica Nazionale Bando 2012 (DDn.222/2012) per il Settore Concorsuale
05/E1 - Biochimica Generale e Biochimica Clinica, Seconda Fascia, domanda 5789.
Abilitazione Scientifica Nazionale Bando 2012 (DDn.222/2012) per il Settore Concorsuale
05/F1 – Biologia Applicata, Seconda Fascia, domanda 73712.
SERVIZIO
1) Assunta dal 1 Febbraio 2000 con contratto a tempo indeterminato con la qualifica di
assistente tecnico Cat. C, in servizio presso il DIPARTIMENTO DI BIOCHIMICA E
BIOLOGIA MOLECOLARE, Università degli Studi di Ferrara.
2) Avanzamento il 23 Luglio 2004 in Cat. D – Pos. Econ.: 01 Area tecnica, tecnicoscientifica ed elaborazione dati, attualmente Pos. Econ.: 03 (dal 01-01-2011).
CONOSCENZE INFORMATICHE E LINGUISTICHE
1) Buona conoscenza degli ambienti Windows e Macintosh e dei principali sistemi operativi
informatici di base (Office, Internet, posta elettronica, etc.).
2) Inglese: Buono.
ATTIVITA’ PROFESSIONALE DOCUMENTATA
1) E' stata allieva interna presso l’Istituto di Chimica Biologica dell’Università di Ferrara,
direttore Prof. Francesco Conconi nel periodo 1990-1992.
2) E' risultata assegnataria di una Borsa di Studio finanziata dalla BECKMAN dal 1992 al
1993, per lo sviluppo di kit di amplificazione genica applicati alla diagnostica molecolare.
3) Svolge il Dottorato di Ricerca in BIOTECNOLOGIE, l'attività di ricerca quadriennale
relativa al conseguimento di tale titolo è stata svolta nel periodo Dicembre 1993-Ottobre
1997, presso il Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare, Ferrara, coordinatore Prof.
G. Barbanti Brodano, tutore Prof. Roberto Gambari.
4) E' risultata assegnataria di una Borsa di Studio F.I.R.C. dal 2 Gennaio 1998 al 30
Gennaio 2000, per il progetto di ricerca "Analisi in tempo reale dell'interazione tra promotori
di oncogeni cellulari e DNA-binding drugs o oligonucleotidi formanti tripla elica: utilizzo di
biosensori".
5) Assunta dal 1 Febbraio 2000 con contratto a tempo indeterminato con la qualifica di
assistente tecnico presso l’Università degli Studi di Ferrara.
CORSI DI PERFEZIONAMENTO O DI SPECIALIZZAZIONE
1) Partecipa al corso teorico-pratico ABIprism 5700-7200-7700, Monza (MI) 25-26
Gennaio 2000;
2) Partecipa al corso "Isolamento di cellule staminali emopoietiche: prospettive
biotecnologiche e terapeutiche", Scuola Superiore di Oncologia e Scienze Biomediche,
Genova, 8 Maggio 2000;
3) Partecipa al corso teorico-pratico "Analisi multidimensionale dei dati", 31 Gennaio-1
Febbraio 2002;
4) Partecipa al corso di aggiornamento "lab-view basic", tenutosi presso l’Università degli
Studi di Ferrara dal 7 al 18 Ottobre 2002;
5) Partecipa al corso di Lingua Inglese, livello 2B, tenutosi presso l’Università degli Studi di
Ferrara Maggio-Giugno 2002;
6) Partecipa al corso di formazione Power Point, tenutosi presso l’Università degli Studi di
Ferrara dal 5 Maggio al 9 Giugno 2003;
7) Partecipa al corso di Lingua Inglese, livello 3A, tenutosi presso l’Università degli Studi
di Ferrara nel periodo Settembre-Dicembre 2003;
8) Partecipa al seminario dal titolo "la prevenzione incendi e la gestione delle emergenze",
10 Novembre 2003;
9) Partecipa al corso di Lingua Inglese, livello 3B, tenutosi presso l’Università degli Studi di
Ferrara nel periodo Settembre-Dicembre 2004;
10) Corso di formazione per "Incaricato dell'Attività di Primo Soccorso", Croce Rossa
Italiana, dal 9 Novembre 2004 al 19 Gennaio 2005;
11) Partecipa al corso “Introduzione alla statistica”, tenutosi presso l’Università degli Studi di
Ferrara dal 26 Ottobre 2005 al 20 Gennaio 2006;
12) Partecipa al seminario di aggiornamento sul tema della Privacy (D. Lgs. 196/2003) e dei
comportamenti professionalmente adeguati, di cui si allega il programma, tenuto dal Dott.
Giacomo Ciriago, tenutosi presso l’Università degli Studi di Ferrara il 7 Novembre 2006;
13) Partecipa al corso di formazione sulla sicurezza aziendale, tenutosi presso S.A.F.A.S.
S.r.l., Occhiobello (RO), della durata di 32 ore 14-31 Gennaio 2008;
14) Partecipa al percorso formativo M-Aster Match, tenutosi presso Aster S.Cons.p.a.,
Bologna, della durata di 20 ore nel periodo Aprile-Giugno 2008;
15) Partecipa al seminario “Normative di riferimento per cappe chimiche, banchi e armadi
con approfondimenti sulle difficoltà interpretative”, Relatore Marco Vanzini, tenutosi presso
il Polo Chimico Biomedico dell’Università degli Studi di Ferrara il 19 Marzo 2010;
16) Partecipa al seminario “Mobbing: dal Codice di Condotta alla Consigliera di Fiducia.
L’esperienza dell’Università degli Studi di Ferrara”, tenutosi presso l’Aula del Rettorato
dell’Università degli Studi di Ferrara il 25 Marzo 2010;
17) Partecipa al corso di aggiornamento su “PLONE 3” tenutosi presso l’Università degli
Studi di Ferrara il 18 Ottobre 2010;
18) Partecipa al corso per i Rappresentanti dei Lavoratori per la Sicurezza, giornata
seminariale dal titolo “Il ruolo del RLS nella valutazione dello stress lavoro-correlato”,
organizzato dal S.I.R.S. e tenutosi presso l’Istituto “Belluzzi” a Bologna il 1 Aprile 2011;
19) Partecipa al corso per RLS “SicuraMente” Formazione Complementare per RLS Rif.PA
2009-717/RER, svoltosi nelle date 9 e 16 Maggio 2011 dalle 9.00-13.00 e dalle 14.00-18.00
presso sala Verde, CdLT Ferrara. Ente Organizzatore CGIL CISL e UIL (Raggruppamento di
Enti di Formazione: IAL, ente capofila; I.F.O.A.; CONSORZIO FORMEDIL; ENFAP Emilia Romagna) e finanziato dalla Regione Emilia Romagna.
20) Partecipa al corso “Il Rischio da Movimentazione dei Carichi e il decreto legislativo
81/08” tenutosi presso l’Università degli studi di Ferrara in data 21 Febbraio 2012 (totale 2
ore).
21) Partecipa al corso “Dispositivi individuali di protezione uditiva” tenutosi in data 27 Aprile
2012 presso l’Università degli studi di Ferrara in Aula 1, "Cattedrale" del Polo Scientifico
Tecnologico, Via Saragat (totale 3 ore).
22) Partecipa al corso di formazione in tema di “Retraining, Pronto Soccorso Aziendale,
Sicurezza sul Lavoro D.LGS 81/08 e s. m. i.” organizzato dal Centro LIFE dell’Azienda
Sanitaria di Ferrara, svoltosi in data 17-09-2012 (totale 4 ore).
23) Partecipa al corso di formazione e-learning “L’attuazione della Legge Anticorruzione”, 22
Settembre 2014.
24) Partecipa al corso di formazione LAVORARE SENZA CONFLITTI, Dietro un grande
goal c’è sempre un ottimo passaggio: prove tecniche di lavoro condiviso, svoltosi presso
questo Ateneo il 21 ottobre 2014 per un totale di 4 ore.
25) Partecipa al corso di formazione C’E’ MODO E MODO La gentilezza in Ateneo: l’utopia
realizzabile svoltosi presso questo Ateneo il 20 novembre 2014 per un totale di 3 ore.
PARTECIPAZIONE A CONGRESSI E RIUNIONI SCIENTIFICHE
1) Partecipa al congresso “Oligonucleotidi sintetici in diagnostica molecolare”, Ferrara 6-7
Ottobre 1992.
2) Relatrice al Workshop del “Gruppo di Cooperazione sulla Struttura Molecolare ed
Espressione del Gene”, Capalbio (GR) 13-15 Maggio 1993; presentazione dal titolo: "Analisi
della regione 5’ del gene per il recettore degli estrogeni".
3) Relatrice al congresso "Synthetic oligonucleotides in the study and modulation of gene
expression", Ferrara 7-8 Ottobre 1993; presentazione dal titolo "Novel methods in
Biotechnology: Capillary electrophoresis for PCR products analysis".
4) Relatrice alla riunione della "Sezione Triveneta-Emilia Romagna della Società Italiana di
Biochimica", Università di Bologna Dipartimento di Biochimica "G. Moruzzi", Padova 4
Luglio 1994; presentazione dal titolo "Il gene per il recettore dell’estrogeno: determinazione
di un nuovo evento trascrizionale".
5) Partecipa al Workshop del "Gruppo di Cooperazione sulla Struttura Molecolare ed
Espressione del Gene", Cortona (AR) 11-13 Aprile 1996.
6) Relatrice al Workshop del "Gruppo di Cooperazione sulla Struttura Molecolare ed
Espressione del Gene", Cortona (AR) 10-12 Aprile 1997; presentazione dal titolo: "DNA
binding compounds as transcriptional modifiers: effects on gene expression and
differentiation".
7) Partecipa al 4° Congresso Nazionale Biotecnologie, abstract dal titolo: "Induction of
erythroid differentiation of human leukemic K562 cells with DNA-binding drugs and synthetic
oligonucleotides", Torino 6-8 Luglio 2000.
8) Partecipa al seminario "Preparazione, amplificazione e quantificazione di acidi nucleici",
Padova 5 Marzo 2002.
9) Partecipa al "Microarray meeting 2002", dal titolo "New developments in mutation
detection and gene expression", Milano 12 Aprile 2002.
10) Partecipa al seminario "I colori della PCR real time", Padova 20 Novembre 2002.
11) Relatrice nel seminario dal titolo "Terapia farmacogenomica e farmacologica della
talassemia", 7 Novembre 2002, coordinatore Prof. G. Barbanti Brodano (ambito: Dottorato di
Ricerca in Biochimica, Biologia Molecolare e Biotecnologie).
12) Partecipa al congresso "Screening Europe Conference", Praga dal 20 al 22 Febbraio
2006, poster dal titolo “Cultures of erythroid precursors in the screening of gamma-globin
mRNA and fetal haemoglobin inducers used for a new approach in thalassemia and sickle cell
anemia therapy”.
13) Partecipa al "3rd International Conference on Functional Genomics of Ageing", Palermo
dal 29 Marzo al 1 Aprile 2006.
14) Partecipa al convegno "Il Capitale umano per l’economia della Conoscenza: Spinner,
un’Esperienza di Successo per il Futuro", Bologna il 15 Novembre 2006.
15) Partecipa al simposium "MicroRNA in Biology and Disease", Padova il 04 Dicembre
2007.
16) Partecipa alla giornata seminariale (in quanto R.L.S.) “la riunione periodica, da obbligo
formale a confronto sostanziale”, tenutosi a Bologna, il 1 Giugno 2008.
17) Partecipa al "X National Biotechnology Congress", Perugia dal 17 al 19 Settembre 2008,
poster dal titolo “Development of K562 cell clones expressing beta0-globin mRNA carrying
the beta039-thalassemia mutation for screening of correctors of stop codon mutations ”.
18) Partecipa all’incontro RICS (Rete Italiana Cell Sorting) il giorno 26 Novembre 2008,
presso l’Aula Sforza, padiglione Ex Convitto Suore, Ospedale Maggiore Policlinico di
Milano.
19) Relatrice con una presentazione dal titolo: “DONAZIONE DEL MIDOLLO E CELLULE
STAMINALI”, durante una serata di divulgazione scientifica tenutasi in data 28-02-2008
presso il ROTARY CLUB PORTO VIRO - DELTA PO (Rovigo).
20) Partecipa al MACS® SYMPOSIA dal titolo “microRNAs in physiology and disease”
organizzato da Miltenyi Biotec S.r.l., tenutosi a Bologna il giorno 1 Dicembre 2009 presso
l’Hotel Portici.
21) Relatrice ad un corso ECM (in accreditamento per l’Ordine dei Farmacisti della provincia
di Rovigo) dal titolo “In cordata per la vita: la donazione del sangue cordonale”, svolto in
collaborazione col l’Associazione Danilo Ruzza di Adria. Presentazione dal titolo” Le cellule
staminali: applicazioni scientifiche e loro impieghi terapeutici” (anno 2010).
22) Partecipa alla conferenza scientifica organizzata da The Biochemical Society, dal titolo
”mTOR signalling in health and disease”, il giorno 11-12 Novembre 2010, presso Charles
Darwin House, Londra (Regno Unito).
23) Partecipa alla conferenza scientifica Telethon XVI Scientific Convention, tenutasi presso
il Palazzo dei Congressi, 7-9 Marzo 2011, Riva del Garda (TN), Italy.
24) Relatrice ad una lezione dal titolo: Farmacogenetica Sviluppo e sperimentazione “i nuovi
approcci terapeutici”, tenutasi presso Università popolare di Ariano nel Polesine (Rovigo),
presso la sede “AUSER Adriani”, 14 Dicembre 2011.
25) Partecipa al CNBXI, XI National Congress of Biotechnology, tenutosi presso l’Università
di Varese e l’ATAHotel il 27-29 Giugno 2012, Varese.
26) Partecipa al meeting Scientifico ed al Kick-off THALAMOSS tenutosi presso
l’Università di Ferrara il 14-15 Gennaio 2013, Ferrara, Italy.
27) Partecipa al meeting Scientifico 2nd THALAMOSS General Assembly Meeting, tenutosi
presso l’Università Masaryk Dormitory Congress Centre il 4-5 Febbraio 2014, Praga,
Repubblica Ceca.
28) Partecipa all’iniziativa didattica dal titolo “MicroRNA: from basic research to therapeutic
aplications”, tenutasi presso il Polo Chimico Bio Medico, via Luigi Borsari, 46, Università
degli studi di Ferrara il 16-17 Settembre 2013, Ferrara, Italy.
29) Partecipa a “57th Nationale Meeting of the Italian Society of Biochemistry and Molecular
Biology”, tenutosi il 18-19-20 Settembre 2013, Ferrara, Italy.
ABSTRACTS PRESENTATI A CONCRESSI NAZIONALI ED INTERNAZIONALI
1)
Vicentini C.B., Manfredini S., Manfredini M., Bianchi N., Rutigliano C, MISCHIATI
C., Gambari R. “Pyrazolo-Triazole Photonucleases as Light Activable DNA Cleaving Agents”
XIV Convegno Nazionale Divisione di Chimica Farmaceutica SCI., Salsomaggiore Terme
(Parma) 21-25 Settembre 1998.
2)
Feriotto G., Gardenghi S., Bianchi N., Breveglieri G., Gambari R. “Molecular
diagnosis using biosensor technology and surface plasmon resonance: real-time detection of
°39 thalassemia mutation and quantitation of genetically modified organisms”. 8th World
Congress on Advances in Oncology and 6th International Symposium on Molecular Medicine,
Creta, Greece, 16-18 Ottobre 2003.
3)
Zuccato C., Mischiati C., Sereni A., Lampronti I., Bianchi N., Borgatti M., Prus E.,
Fibach E. and Gambari R. Rapamycin-mediated induction of -globin genes expressione in
erythroid precursor cells from -thalassemia patients, 16a Riunione Nazionale "A. Castellani"
dei Dottorandi di Ricerca in Discipline Biochimiche, 8-11 Giugno 2004 a Brallo di Pregola
(PV), poster.
4)
Bianchi N., M. Borgatti, C. Zuccato, C. Mischiati, I. Lampronti, E. Prus, E. Fibach and
R. Gambari. Induction of HbF following treatment of erythroid precursor cells from bthalassemia patients with mithramycin, 49o Congresso Nazionale SIB, 28 Settembre-1
Ottobre 2004 a Riccione, poster.
5)
Attolino E., Catelani G., D’Andrea F., Landi M., Amari G., Ghidini E., Bianchi N.,
Gambari R. Sintesi di potenziali agenti anti-talassemici a struttura glicidica. Atti del IX
convegno sulla Chimica dei Carboidrati 21-23 Giugno 2004, Certosa di Pontignano, Siena,
Italy.
6)
Zuccato C., Bianchi N., Mischiati C., Borgatti M., Fibach E., Prus E. and Gambari R.
Rapamycin increases -globin mRNA and fetal hemoglobin in cultures of erythroid precursor
cells from -thalassemia patients, Gene Signatures Symposia’05, 13 Aprile 2005 a Milano,
poster.
7)
Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Dall’Acqua F., Vedaldi D., Viola G., Gambari R.
Induction of accumulation of gamma-globin mRNA in human erythroid cells treated with
psoralens. 1st European Conference on Chemistry Life Sciences Rimini, 4-8 Ottobre 2005.
8)
Borgatti M., Boyd D.D., Lampronti I., Bianchi N., Fabbri E., Saviano M., Romanelli A.,
Pedone C., Gambari R. Design of Decoy Molecules Based on PNA-DNA Chimeras Targeting
Sp1 Transcription Factors for Inhibition of the Activity of Urokinase-type Plasminogen
Activator Receptor (uPAR) Promoter. 1st European Conference on Chemistry Life Sciences,
Rimini, 4-8 Ottobre 2005.
9)
Borgatti M., Boyd D.D., Lampronti I., Bianchi N., Fabbri E., Saviano M., Romanelli
A., Pedone C., Gambari R. Decoy Molecules Based on PNA-DNA Chimeras and Targeting
Sp1 Transcription Factors Inhibit the Activity of Urokinase-type Plasminogen Activator
Receptor (uPAR) Promoter, 8th Biotechnology National Congress, Siena, 7-9 Settembre,
2005.
10) Salvatori F., Breveglieri G., Bianchi N., Borgatti M., Zuccato C., Finotti A., Lampronti
I., Mischiati C., Feriotto G., Gambari R. “Production of recombinant clones for the screening
of inducers of fetal haemoglobin” 19a Riunione Nazionale ”A.Castellani” dei dottorandi di
ricerca in discipline biochimiche, Brallo Italy, 2006.
11) Salvatori F., Breveglieri G., Bianchi N., Borgatti M., Zuccato C., Finotti A., Lampronti
I., Mischiati C., Feriotto G., Gambari R. “Screening of inducers of fetal haemoglobin using
cells stably transfected with reporter genes under the transcriptional control of globin genes
promoters”. European School of Genetic Medicine, 3rd Course in Thalassemia, Bertinoro di
Romagna Italy, June 23th–28th 2006.
12) Zuccato C., Lampronti I., Bianchi N., Salvatori F., Breveglieri G., Finotti A., Feriotto G.,
Borgatti M., Mancini I., Dall’Acqua F., Vedaldi D., Viola G., Gambari R. Increase of the
expression of gamma-globin gene in human erytroid cells treated with psoralens. 9th
Biotechnology National Congress, Turin Italy, September 7th–9th 2006.
13) Lampronti I., Borgatti M., Mancini I., Bianchi N., Fabbri E., Hassan K. M. T., Tamanini
A., Quiri F., Nicolis E., Bezzeri V., Dechecchi M. C., Cabrini G., Gambari R. Inhibition of NFkB/DNA interactions leading to alteration of IL-8 gene expression in cystic fibrosis IB3 cells.
9th Biotechnology National Congress, Turin Italy, September 7th–9th 2006.
14) Breveglieri G., Salvatori F., Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Lampronti I., Feriotto G.,
Gambari R., Production of a cellular model for the screening of inducers of fetal haemoglobin.
9th Biotechnology National Congress, Turin Italy, September 7th–9th 2006.
15) Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Dall’Acqua F., Zennaro M., Vedaldi D., Viola G.,
Gambari R. Induction of accumulation of gamma-globin mRNA in human erythroid cells
treated with psoralens. Cell Signalling World 2006 – Signal Transduction Pathways as
therapeutic targets, European Conference Center Kirchberg, Luxembourg, 25th-28th January
2006.
16) Feriotto G., Salvatori F., Finotti A., Breveglieri G., Venturi M., Zuccato C., Bianchi N.,
Borgatti M., Lampronti I., Mancini I., Massei F., Favre C., Gambari R. “A novel frame shift
mutation (+A) at codon 18 of the β-globin gene associated with β°-thalassemia and high levels
of HbF production”. 20th Couse in Medical Genetics, Bertinoro di Romagna Italy, May 5th–11th
2007.
17) Salvatori F., Breveglieri G., Cantale V., Finotti A., Bianchi N., Borgatti M., Feriotto G.,
Destro F., Breda L., Rivella S. and Gambari R. “Development of K562 cell clones expressing
beta0-globin mRNA carrying the beta039-thalassemia mutation for screening of correctors of
stop codon mutations”. X National Biotechnology Congress, Perugia dal 17 al 19 Settembre
2008.
18) Salvador A., Vedaldi D., Viola G., Lampronti I., Borgatti M., Zuccato C., Bianchi N.,
Gambari R., Dall'Acqua F. New possible application of PUVA therapy: psoralens as foetal
haemoglobin inducers for beta-thalassemia treatment. XIX National Meeting on Medicinal
Chemistry, Verona 14-18 Settembre 2008.
19) Salvador A., Dall’Acqua F., Vedaldi D., Viola G., Lampronti I., Borgatti M., Zuccato C.,
Bianchi N., Roberto Gambari Roberto. “Induction of gamma-globin mRNA and haemoglobin
synthesis in human cells by psoralens and UVA irradiation”. 15th International Congress on
Photobiology, Dusseldorf 18-23 Giugno 2009.
20) Bianchi N., Zuccato C., Lampronti I., Borgatti M., Gambari R. Expression of miR-210
during erythroid differentiation and induction of gamma-globin gene expression. 14th World
Congress on Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine,
Loutraki (Grecia) dal 15 al 17 Ottobre 2009.
21) Piccagli L., Fabbri E., Borgatti M., Bianchi N., Bezzerri V., Mancini I., Mori N., Nicolis
E., Dechecchi M.C., Tamanini A., Lampronti I., Dall'Acqua F., Vevaldi D., Cabrini G.,
Gambari R. “Virtual screening of a furocoumarin database against NF-KB: Identification of
anti-inflammatory molecules for cystic fibrosis”. 14th World Congress on Advances in
Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine, Loutraki (Grecia) dal 15
al 17 Ottobre 2009.
22) Salvatori F., Breveglieri G., Zuccato C., Finotti A., Bianchi N., Borgatti M., Feriotto G.,
Destro F., Cannella A., Brognara E. Lampronti I., Breda L., Rivella S. and Gambari R.
Production of beta-globin and adult hemoglobin following G418 treatment of erytroid
precursor cells from homozygous Beta0-39 thalassemia patients. 14th World Congress on
Advances in Oncology and 12th International Symposium on Molecular Medicine, Loutraki
(Grecia) dal 15 al 17 Ottobre 2009.
23) Breda L., Casu C., Kleinert D.A., Evans E.D., Cartegni L., Bianchi N., Prus E., Fibach
E., Gambari R., J Giardina P.J., Rivella S. Following β-globin gene transfer, the production of
hemoglobin depends upon the β-thalassemia genotype: the traffic jam hypothesis. Rassegna
scientifica “Young Investigator Night”, NY Blood Center, New York, USA, 16 Giugno 2009.
24) Breda L., Casu C., Casula L., Kleinert D.A., Cartegni L., Prus E., Fibach E., Gardner
L.B., Bianchi N., Gambari R., Giardina P.J., Rivella S. Following β-globin gene transfer, the
production of hemoglobin depends upon the β-thalassemia genotype. 51st American Society of
Hematology Annual Meeting and Exposition, New Orleans, USA, dal 5 all’8 Dicembre 2009.
25) Breda L., Casu C., Kleinert D.A., Evans E.D., Cartegni L., Bianchi N., Prus E., Fibach
E., Gambari R., J Giardina P.J., Rivella S. Following beta-globin gene transfer, the production
of hemoglobin depends upon the beta-thalassemia genotype: the traffic jam hypothesis. The
ASGT 12th Annual Meeting, San Diego, California, USA dal 27 al 30 Maggio 2009.
26) Bianchi N., Finotti A., Zuccato C., Fabbri E., Borgatti M., Gambari R. Mithramycinmediated induction of K562 cell erythroid differentiation is associated with inhibition of the
mTOR-C1 pathway. 15th World Congress on Advances in Oncology & 13th International
Symposium on Molecular Medicine, Atene, Grecia 6 Ottobre 2010.
27) Fabbri E., Bianchi N., Eleonora Brognara E., Finotti A., Breveglieri G., Borgatti M., Alex
Manicardi, Roberto Corradini, Rosangela Marchelli, Gambari R. Inhibition of micro RNA 210
biological activity with an anti-miR-210 peptide nucleic acid. 15th World Congress on
Advances in Oncology & 13th International Symposium on Molecular Medicine, Atene, Grecia
6 Ottobre 2010.
28) Finotti A., Breveglieri G., Mancini I., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F., Feriotto G,
Zuccato C., Borgatti M., Gianni Carandina G., Melandri C., Altruda F., Sharmila Fagoonee S.,
Iannicella M., Breda L., Rivella S., Gambari R. Generation and molecular characterization of
a transgenic mouse line carrying a mutated human IVS-I-6 thalassemia -globin gene. 15th
World Congress on Advances in Oncology & 13th International Symposium on Molecular
Medicine Atene, Grecia 6 Ottobre 2010.
29) Bianchi N., Finotti A., Zuccato C., Fabbri E., Borgatti M. and Gambari R. Erythroid
differentiation induced by mithramycin in K562 cells is associated with inhibition of the mTORC1 pathway. A Biochemical Society Focused Meeting in honour of Professor Kazuyoshi
Yonezawa: mTOR signalling in health and disease, 11-12 November 2010, Charles Darwin
House, London, UK.
30) D’Agata R., Breveglieri G., Zanoli M., Borgatti M., Finotti A., Bianchi N., Spoto G.,
Gambari R. Detection of Genomic Disorders in Unamplified Human Genomic DNA by
Ultrasensitive Surface Plasmon Resonance Imaging. Molecular Diagnostics Europe
Conference, London, May 18-th –19th, 2011
31) Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Fabbri E., Borgatti M. and Gambari R. Mithramycinmediated regulation of raptor gene transcription during erythroid differentiation of K562 cells.
Cell signal-omics 2011 (Integrated cellular pathology systems biology of human disease), New
Conference Center Kirchberg NCCK, 26-28 January 2011, Luxembourg.
32) Fabbri E., Bianchi N., Brognara E., Finotti A., Breveglieri G., Borgatti M., Manicardi A.,
Corradini R., Marchelli R., Gambari R. Polyarginine peptide nucleic acids inhibit biological
activity if microRNA 210. Cell signal-omics 2011 (Integrated cellular pathology systems
biology of human disease), New Conference Center Kirchberg NCCK, 26-28 January 2011,
Luxembourg.
33) Breveglieri G., Finotti A., Mancini I., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F., Feriotto G.,
Zuccato C., Borgatti M., Carandina G., Melandri C., Altruda F., Fagoonee S., Iannicella M.,
Breda L., Rivella S., Gambari R. Thalassemia mouse model for beta-globin gene IVSI-6
mutation. Cell signal-omics 2011 (Integrated cellular pathology systems biology of human
disease), New Conference Center Kirchberg NCCK, 26-28 January 2011, Luxembourg.
34) Bianchi N., Borgatti M., Zuccato C., Finotti A., Breda L., Salvatori F., Breveglieri G.,
Gardenghi S., Brognara E., Lampronti I., Fibach E., Rivella S., Gambari R. Hemoglobin
production in beta-thalassemia erythroid cells following alteration of biomolecular pathways
regulating globin gene expression. Telethon XVI Scientific Convention, Palazzo dei Congressi,
7-9 March 2011, Riva del Garda (TN), Italy.
35) Bianchi N., Finotti A., Zuccato C., Fabbri E., Borgatti M. and Gambari R. Mithramycinmediated regulation of Raptor gene transcription during erythroid differentiation of K562 cells.
16th World Congress on Advances in Oncology and 14th International Symposium on
Molecular Medicine, Hotel Rodos Palace 6-8 October 2011, Rhodes Island, Greece.
36) Brognara E., Fabbri E., Bianchi N., Finotti A., Breveglieri G., Borgatti M., Manicardi A.,
Corradini R., Marchelli R. and Gambari R. Inhibition of microRNA-221 biological activity with
an anti-miR-221 Peptide Nucleic Acid. 16th World Congress on Advances in Oncology and
14th International Symposium on Molecular Medicine, Hotel Rodos Palace, 6-8 October 2011,
Rhodes Island, Greece.
37) Lampronti I., Gambari R., Borgatti M., Fabbri E., Brognara E., Bianchi N., Piccagli L.,
Yuen M.C.W., Kan C.W., Hau D.K.P., Fong W.F., Wong W.Y., Lam K.H., Wong R.S.M.,
Chui C.H. Corilagin is a potent inhibitor of NF-kappaB activity and expression of TNF-alpha
induced IL-8 gene in cystic fibrosis IB3-1 cells. 16th World Congress on Advances in
Oncology and 14th International Symposium on Molecular Medicine, Hotel Rodos Palace, 6-8
October 2011, Rhodes Island, Greece.
38) Breda L., Casu C., Kleinert D.A., Evans E.D., Cartegni L., Bianchi N., Prus E., Fibach
E., Gardner L., David G., Jelinic P., Mohandas N., Yazdanbahsh K., Manwani D., Gambari R.,
Giardina P.J., Rivella S. The human ankyrin insulator supports production of therapeutic levels
of adult hemoglobin following β-globin gene transfer in hematopoietic cells derived from
thalassemic and sickle cell patients. 53rd ASH Annual Meeting and Exposition, San Diego
Convention Center, 10-13 December 2011, San Diego CA, USA.
39) Finotti A., Breveglieri G., Mancini I., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F., Zuccato C.,
Fabbri E., Brognara E., Feriotto G., Borgatti M., Gambari R. (2011). Development and
molecular characterization of transgenic mice for beta-thalassemia. International Journal of
Molecular Medicine, Rhodes Island, Greece, 6-8 Ottobre 2011, vol. 28, p. S58, Spandidos
D.A., ISSN: 1107-3756
40) Breveglieri G., Salvatori F., Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Lampronti I., Borgatti
M., Feriotto G., Bresciani A., Bisbocci M., Altamura S. and Gambari R. Development and
characterization of cellular biosensors for HTS of erythroid differentiation inducers targeting
the transcriptional activity of gamma-globin and beta-globin gene promoters. CNBXI, XI
National Congress of Biotechnology, Università di Varese, 27-29 Giugno 2012, Varese, Italy.
41) Fabbri E., Manicardi A., Brognara E., Bianchi N., Aimi F., Tedeschi T., Sforza S.,
Finotti A., Breveglieri G., Borgatti M., Corradini R., Marchelli R. and Gambari R. Alteration of
microRNA biological activity with peptide nucleic acid. CNBXI, XI National Congress of
Biotechnology, Università di Varese, 27-29 Giugno 2012, Varese, Italy.
42) Salvatori F., Breveglieri G., Zuccato C., Finotti A., Bianchi N., Borgatti M., Feriotto G.,
Destro F., Canella A., Brognara E., Lampronti I., Breda L., Rivella S. and Gambari R.
Readthrough of the premature stop codon beta039-thalassemia. CNBXI, XI National Congress
of Biotechnology, Università di Varese, 27-29 Giugno 2012, Varese, Italy.
43) Zuccato C., Breda L., Salvatori F., Breveglieri G., Gardenghi S., Bianchi N., Brognara
E., Lampronti I., Borgatti M., Rivella S. and Gambari R. Gene therapy combined with HbF
induction in beta-thalassemia. CNBXI, XI National Congress of Biotechnology, Università di
Varese, 27-29 Giugno 2012, Varese, Italy.
44) Finotti A., Breveglieri G., Mancini I., Fabbri E., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F.,
Zuccato C., Altruda F., Brognara E., Borgatti M. and Gambari R. Production and molecular
characterization of transgenic mice models for screening therapeutic agents for betathalassemia. CNBXI, XI National Congress of Biotechnology, Università di Varese, 27-29
Giugno 2012, Varese, Italy.
45) Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Breveglieri G., Lampronti I., Brognara E., Gamberini
M.R., Borgatti M. and Gambari R. Transcription factors (TFs) negatively regulating -globin
gene transcription: BCL11A is down-regulated during mithramycin induction of erythroid cells
from β-thalassemia patients. Abstract pag 274, 56th National Meeting of the Italian Society of
Biochemistry and Molecular Biology, 26-29 Settembre 2012, Chieti, Italy.
46) Brognara E., Fabbri E., Aimi F., Manicardi A., Bianchi N., Finotti A., Breveglieri G.,
Borgatti M., Corradini R., Marchelli R., Gambari S. Peptide nucleic acids targeting miR-221
modulate p27kip1 expression in breast cancer MDA-MB-231 cells. Abstract pag 273, 56th
National Meeting of the Italian Society of Biochemistry and Molecular Biology, 26-29
Settembre 2012, Chieti, Italy.
47) Brognara E., Fabbri E., Aimi F., Manicardi A., Bianchi N., Finotti A., Breveglieri G.,
Borgatti M., Corradini R., Marchelli R., Gambari S. Peptide nucleic acids targeting miR-221
modulate p27kip1 expression in breast cancer MDA-MB-231 cells. International Journal of
Molecular Medicine, vol. 30, suppl.1, pag. S59, n°320, Proceeding of the Abstracts of the 17th
World Congress on Advances in Oncology, and 15th International Symposium on Molecular
Medicine, 11-13 Ottobre 2012, Hotel Creta Maris Resort, Creta, Greece. Spandidos D.A.,
ISSN: 1107-3756
48) Zuccato C., Breda L., Salvatori F., Breveglieri G., Gardenghi S., Bianchi N., Brognara
E., Lampronti I., Borgatti M., Rivella S., Gambari S. Gene therapy and fetal hemoglobin
induction. International Journal of Molecular Medicine, vol. 30, suppl.1, pag. S60, n°322,
Proceeding of the Abstracts of the 17th World Congress on Advances in Oncology, and 15th
International Symposium on Molecular Medicine, 11-13 Ottobre 2012, Hotel Creta Maris
Resort, Creta, Greece. Spandidos D.A., ISSN: 1107-3756
49) Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Breveglieri G., Lampronti I., Brognara E., Gamberini
M.R., Borgatti M. and Gambari R. Transcription factors (TFs) negatively regulating -globin
gene transcription: BCL11A is down-regulated during mithramycin induction of erythroid cells
from β-thalassemia patients. International Journal of Molecular Medicine, vol. 30, suppl.1, pag.
S60, n°324, Proceeding of the Abstracts of the 17th World Congress on Advances in Oncology,
and 15th International Symposium on Molecular Medicine, 11-13 Ottobre 2012, Hotel Creta
Maris Resort, Creta, Greece. Spandidos D.A., ISSN: 1107-3756
50) Bianchi N., Borgatti M., Zuccato C., Finotti A., Breveglieri G., Salvatori F., Breda L.,
Gardenghi S., Brognara E., Lampronti I., Fabbri E., Fibach E., Rivella S., Gambari R..
Hemoglobin production in beta-thalassemia erythroid cells following alteration of
biomolecular pathways regulating globin gene expression. Abstract n°188, pag.112,
Fondazione Telethon XVII Scientific Convention March 11-13 2013, Riva del Garda, Italy.
51) Bianchi N., Finotti A., Lampronti I., Zuccato C., Fabbri E., Borgatti M., Gambari R.
Effects of the modulation of miR-210 on erythroid differentiation of K562 leukemia cell line
and its correlation with the mTOR-C1 pathway. Abstract pag. 10, Iniziativa didattica dal titolo
“MicroRNA: from basic research to therapeutic aplications”, tenutasi presso il Polo Chimico
Bio Medico, Università degli studi di Ferrara il 16-17 Settembre 2013, Ferrara, Italy.
52) Breveglieri G., Corradini M., Finotti A., Fabbri E., Brognara E., Bianchi N., Cosenza
L.C., Montagner G., Gambari R. Real-time detection of microRNA and pre-miRNA sequences
by an SPR affinity biosensor. Abstract pag.12, Iniziativa didattica dal titolo “MicroRNA: from
basic research to therapeutic aplications”, tenutasi presso il Polo Chimico Bio Medico,
Università degli studi di Ferrara il 16-17 Settembre 2013, Ferrara, Italy.
53) Brognara E., Fabbri E., Montagner G., Aimi F., Manicardi A., Bianchi N., Finotti A.,
Breveglieri G., Borgatti M., Corradini M., Gambari R. Peptide nucleic acids targeting miR-221
in human breast cancer: uptake and modulation of miR-221 biological functions. Abstract pag.
13, Iniziativa didattica dal titolo “MicroRNA: from basic research to therapeutic aplications”,
tenutasi presso il Polo Chimico Bio Medico, Università degli studi di Ferrara il 16-17
Settembre 2013, Ferrara, Italy.
54) Fabbri E., Borgatti M., Bianchi N., Finotti A., Montagner G., Bezzerri V., Dechecchi
M.C., Cabrini G., Gambari R. Expression of miR-93 and IL-8 during Pseudomonas aeruginosa
infection of the human bronchial cystic fibrosis IB3-1 cells. Abstract pag. 18, Iniziativa
didattica dal titolo “MicroRNA: from basic research to therapeutic aplications”, tenutasi presso
il Polo Chimico Bio Medico, Università degli studi di Ferrara il 16-17 Settembre 2013, Ferrara,
Italy.
55) Fabbri E., Borgatti M., Bianchi N., Finotti A., Montagner G., I. Lampronti, Bezzerri V.,
Dechecchi M.C., Cabrini G., Gambari R. Expression of miR-93 and IL-8 during Pseudomonas
aeruginosa infection of the human bronchial cystic fibrosis IB3-1 cells. International Journal of
Molecular Medicine, vol. 32, suppl.1, pag. S77, n°390, Proceeding of the Abstracts of the 18th
World Congress on Advances in Oncology, and 16th International Symposium on Molecular
Medicine, 10-12 Ottobre 2013, Hotel Creta Maris Resort, Creta, Greece. Spandidos D.A.,
ISSN: 1107-3756.
56) Finotti A., Breveglieri G., Cosenza L.C., Bresciani A., Laufer R., Altamura S., Bianchi
N., Martini E., Borgatti M., Gambari R. Development and characterization of K562 cell clones
expressing at high levels BCL11A: induction of erythroid differentiation by mithramycin.
International Journal of Molecular Medicine, vol. 32, suppl.1, pag. S77, n°392, Proceeding of
the Abstracts of the 18th World Congress on Advances in Oncology, and 16th International
Symposium on Molecular Medicine, 10-12 Ottobre 2013, Hotel Creta Maris Resort, Creta,
Greece. Spandidos D.A., ISSN: 1107-3756.
57) Breveglieri G., Finotti A., Mancini I., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F., Zuccato C.,
Borgatti M., Altruda F., Fagonee S., Iannicella M., Gambari R. Generation and molecular
characterization of a transgenic mouse line carrying a mutated human beta039 thalassemia
beta-globin gene. International Journal of Molecular Medicine, vol. 32, suppl.1, pag. S78,
n°394, Proceeding of the Abstracts of the 18th World Congress on Advances in Oncology, and
16th International Symposium on Molecular Medicine, 10-12 Ottobre 2013, Hotel Creta Maris
Resort, Creta, Greece. Spandidos D.A., ISSN: 1107-3756.
58) Brognara E., Fabbri E., Montagner G., Aimi F., Manicardi A., Bianchi N., Finotti A.,
Breveglieri G., Borgatti M., Corradini M., Gambari R. Peptide nucleic acids targeting miR-221
in human gliomas: uptake and modulation of miR-221 biological functions. International
Journal of Molecular Medicine, vol. 32, suppl.1, pag. S78, n°395, Proceeding of the Abstracts
of the 18th World Congress on Advances in Oncology, and 16th International Symposium on
Molecular Medicine, 10-12 Ottobre 2013, Hotel Creta Maris Resort, Creta, Greece. Spandidos
D.A., ISSN: 1107-3756.
INVENTORE/CO-INVENTORE IN DOMANDE DI BREVETTO
http://www.uibm.gov.it/dati/
http://www.epo.org/
http://patft.uspto.gov/netahtml/PTO/search-bool.html
1)
Brevetto dal Titolo: Use of rapamycin and structural analogues thereof; inventori:
Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Mischiati C; proprietà: Università degli Studi di Ferrara;
Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto United Stateds Patent
7,541,380; anno di deposito June 2, 2009; numero di deposito 10/519,990; altre informazioni:
PCT/IB03/02632 January 04, 2005 WO2004/004697 January 15, 2004.
2)
Brevetto dal Titolo: Use of angelicin and of its structural analogues for the treatment of
thalassemia; inventori: Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Lampronti I; proprietà: Università
degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto
United States Patent 7,572,827; anno di deposito August 11, 2009; numero di deposito
10/522,737; altre informazioni: PCT/IB03/03462 October 12, 2005 WO2004/012729
February 12, 2004.
3)
Brevetto dal Titolo: Heterocyclic and benzoheterocyclic polyamides structurally related
to the natural antibiotic distamycin A for treatment of beta-thalassemia; inventori: Baraldi P
G, Bianchi N, Feriotto G, Gambari R, Mischiati C, Romagnoli R,; proprietà: Università degli
Studi di Ferrara; Associazione Veneta per la lotta alla Talassemia; Associazione per la lotta
alla Talassemia di Ferrara; numero brevetto United States Patent 7,396,851; anno di deposito
July 8, 2008; numero di deposito 10/481,882; altre informazioni: PCT/IB02/02628 August 13,
2004 WO03/004019 January 16, 2003.
4)
Brevetto dal Titolo: Synthetic oligonucleotides as inducers of erythroid differentiation;
inventori: Bianchi N, Feriotto G, Gambari R, Mischiati C; proprietà: Università degli Studi di
Ferrara; Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; Associazione per la lotta alla
Talassemia di Ferrara; Chiesi Farmaceutici S.p.A.; numero brevetto United States Patent
7,262,175, anno di deposito August 28, 2007; numero di deposito 10/220,310; altre
informazioni: PCT/EP01/02804 September 13, 2002 WO01/68147 September 20, 2001.
5)
Brevetto dal Titolo: Drug for treating thalassemia, falciform anemia and all other forms
of anemia treatable therewith; inventori: Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Lampronti I,
Dall'Acqua F, Vedaldi D, Viola G; proprietà: Università degli Studi di Ferrara, Università
degli Studi di Padova, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto
EP1952812; anno di deposito 24-01-2008; numero di deposito 08100891.4.
6)
Brevetto dal Titolo: Novel use of rapamycin and structural analogues thereof; inventori:
Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Mischiati C; proprietà: Università degli Studi di Ferrara;
Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto EP1521578; anno di
deposito 03-07-2003; numero di deposito 03740879.6; altre informazioni: WO2003IB02632.
7)
Brevetto dal Titolo: Use of angelicin and of its structural analogues for the treatment of
thalassemia; inventori: Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Lampronti I; proprietà: Università
degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto
EP1545506; anno di deposito 30-07-2003; numero di deposito 03766580.9; altre
informazioni: WO2003IB03462.
8)
Brevetto dal Titolo: Use of heterocyclic and benzoheterocyclic polyamides structurally
related to the natural antibiotic dystamycin A for the treatment of beta-thalassemia; inventori:
Baraldi P G, Bianchi N, Feriotto G, Gambari R, Mischiati C, Romagnoli R; proprietà:
Università degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia,
Associazione per la lotta alla Talassemia di Ferrara; numero brevetto EP1406612; anno di
deposito 2002; numero di deposito 02741072.9 01-07-2002; altre informazioni:
WO02002IB02628.
9)
Brevetto dal Titolo: Synthetic oligonucleotides as inducers of erythroid differentiation;
inventori: Bianchi N, Feriotto G, Gambari R, Mischiati C; proprietà: Università degli Studi di
Ferrara; Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; Associazione per la lotta alla
Talassemia di Ferrara; numero brevetto EP1263475; anno di deposito 13-03-2001; numero di
deposito 01931516.7; altre informazioni: WO0168147 20-09-2001.
10) Brevetto dal Titolo: Glucidic esters of branced carboxylic acids capable of inducing
erythroid cellular differentiation; inventori: Bergonzi M C, Bianchi N, Catelani G, D'Andrea
F, Gambari R, Lipucci di Paola M, Osti F; proprietà: Associazione veneta per la lotta alla
Talassemia, Associazione per la lotta alla Talassemia di Ferrara, Chiasi Farmaceutici S.p.A.;
numero brevetto EP1004590; anno di deposito 20-10-1999; numero di deposito 99120748.1.
11) Brevetto dal Titolo: Everolimus quale induttore di mRNA per la globina gamma nel
trattamento della beta-talassemia; inventori: Bianchi N, Borgatti M, Gambari R, Lampronti I;
proprietà: Gambari Roberto, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero
brevetto 0001372744; anno di deposito 1 Maggio 2008; numero di deposito
TO2006A000030; altre informazioni: codici classi A61K.
12) Brevetto dal Titolo: Farmaco per la cura della talassemia, anemia falciforme e di tutte le
altre forme di anemia trattabili con questo, metodo di attivazione del farmaco, composizione
farmaceutica avente come principio attivo il farmaco e metodo fotochemioterapico utilizzante
il farmaco; inventori: Bianchi N, Borgatti M, Dall'Acqua F, Gambari R, Lampronti I, Vedaldi
D, Viola G; proprietà: Università degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla
Talassemia, Università degli Studi di Padova; numero brevetto 0001380943; anno di deposito
26 Luglio 2008; numero di deposito VE2007A000005; altre informazioni: codici classi
A61K3100.
13) Brevetto dal Titolo: Oligonucleotidi sintetici a doppio filamento utili nell'induzione di
apoptosi di osteoclasti per il trattamento di patologie osteopeniche; inventori: Gambari R,
Bianchi N, Penolazzi L, Piva R; proprietà: Università degli Studi di Ferrara, Associazione
veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto 0001360610; anno di deposito 1 Ottobre
2006; numero di deposito TO20065A000212; altre informazioni: codici classi A61K.
14) Brevetto dal Titolo: Nuovo uso dell'angelicina e di suoi analoghi strutturali; inventori:
Borgatti M, Gambari R, Bianchi Nicoletta, Lampronti I; proprietà: Università degli Studi di
Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto 0001337680; anno
di deposito 1 Febbraio 2004; numero di deposito TO2002A000684; altre informazioni: codici
classi A61K3100.
15) Brevetto dal Titolo: Nuovo uso della rapamicina e di suoi analoghi strutturali; inventori:
Borgatti M, Gambari R, Bianchi Nicoletta, Mischiati C; proprietà: Università degli Studi di
Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia; numero brevetto 0001337673; anno
di deposito 5 Gennaio 2004; numero di deposito TO2002A000582; altre informazioni: codici
classi A61K3100.
16) Brevetto dal Titolo: Nuovo impiego di poliammidi eterocicliche e benzoeterocicliche
strutturalmente correlate all'antibiotico naturale distamicina A; inventori: Baraldi P G,
Feriotto G, Gambari R, Bianchi Nicoletta, Mischiati C, Romagnoli R; proprietà: Università
degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia, Associazione per la
lotta alla Talassemia di Ferrara; numero brevetto 0001331131; anno di deposito 3 Gennaio
2003; numero di deposito TO2001A000633; altre informazioni: codici classi A61K3100.
17) Brevetto dal Titolo: Oligonucleotidi sintetici in grado di indurre il differenziamento
eritroide; inventori: Baraldi P G, Bianchi N, Feriotto G, Gambari R, Mischiati C; proprietà:
Università degli Studi di Ferrara, Associazione veneta per la lotta alla Talassemia,
Associazione per la lotta alla Talassemia di Ferrara; numero brevetto 0001320168; anno di
deposito 14 Settembre 2001; numero di deposito TO2000A000234; altre informazioni: codici
classi C12N015 e A61K048.
PUBBLICAZIONI SU RIVISTE SCIENTIFICHE
1)
Piva R., Bianchi N., Gambari R. and del Senno L. (1992), Caratterizzazione di una
regione genomica a monte del gene umano per il recettore degli estrogeni. Oligonucleotidi
Sintetici in Diagnostica Molecolare, pag. 67-71.
2)
Mischiati C., Bianchi N., Nastruzzi C., Di Biase S., Fiorentino D., Feriotto G. and
Gambari R. (1993), Novel methods in Biotechnology: biorobotic systems for the isolation of
DNA and capillary electrophoresis for PCR products analysis. Minerva Biotecnologica, vol.
5(3), pag. 166-173.
3)
Piva R., Bianchi N., Aguiari G.L., Gambari R. and del Senno L. (1993),
Characterization of a new transcript of the human estrogen receptor gene. Minerva
Biotecnologica, vol. 5(4), pag. 274-277.
4)
Aguiari G.L., Bianchi N., Martinello R., Levato F., Mollica G., Daxenbichler G.,
Cavazzini P., Piva R. and del Senno L. (1993), A (A/T)n stretch in front of the human estrogen
receptor gene: size unrelation to gene expression and unequal distribution in normal and
neoplastic tissues. Minerva Biotecnologica, vol. 5(4), pag. 278-284.
5)
Bianchi N., Mischiati C., Feriotto G. and Gambari R. (1993), Polymerase-chain
reaction: analysis of DNA/DNA hybridization by capillary electrophoresis. Nucleic Acids
Research, vol. 21(15), pag. 3595-3596.
6)
Piva R., Bianchi N., Aguiari G.L., Gambari R. and del Senno L. (1993), Sequencing of
an RNA transcript of the human estrogen receptor gene: evidence for a new transcriptional
event. Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology, vol. 46 n° 5, pag. 531-538.
7)
Bianchi N., Mischiati C., Feriotto G., Fiorentino D., Di Biase S., Apicella N., Gambari
R. (1994), Capillary electrophoresis: detection of hybridization between synthetic
oligonucleotides and HIV-1 genomic DNA amplified by polymerase-chain reaction. Journal of
Virological Methods, vol. 47, pag. 321-329.
8)
Bianchi N., Mischiati C., Feriotto G. and Gambari R. (1994), Detection of hepatitis C
virus by unbalanced polymerase-chain reaction, hybridization to synthetic oligonucleotides
and capillary electrophoresis. International Journal of Oncology, vol. 4, pag. 903-907.
9)
Mischiati C., Fiorentino D., Feriotto G., Bianchi N. and Gambari R. (1994), A
chromatographic procedure for fully automated isolation of DNA from human whole blood.
Journal of Biochemical and Biophysical Methods, vol. 28(3), pag. 185-193.
10) Passadore M., Feriotto G., Bianchi N., Aguiari G., Mischiati C., Piva R. and Gambari
R. (1994), Polymerase-chain reaction as a tool for investigations on sequence-selectivity of
DNA-drugs interactions. Journal of Biochemical and Biophysical Methods, vol. 29, pag. 307319.
11) Aguiari G., Bianchi N., Cavazzini P., Martinello R., Lovato F., Mollica G., Piva R. and
del Senno L. (1994), Loss of heterozygosity in ovarian cancer: detection by PCR and
microsatellite polymorphism. J. Biol. Res.-Boll. Soc. It. Biol. Sper. n° 4, vol. 70, pag. 125128.
12) Passadore M., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Giacomini P., Piva R. and Gambari
R. (1995), Differential effects of distamycin analogues on amplification of human gene
sequences by polymerase-chain reaction. Biochemical Journal, vol. 308, pag. 513-519.
13) Mischiati C., Feriotto G., Bianchi N. and Gambari R. (1995), A non-radioactive
automated protocol to study protein-DNA interactions by DNase I footprinting. International
Journal of Oncology, vol. 6, pag. 153-156.
14) Feriotto G., Mischiati C., Bianchi N., Rutigliano C., Giacomini P. and Gambari R.
(1995), Sequencing of an upstream region of the human HLA-DRA gene containing X’ and Y’
boxes. Nucleic Acids Research, vol. 23(10), pag. 1671-1678.
15) Bianchi N., Passadore M., Feriotto G., Mischiati C., Gambari R. and Piva R. (1995),
Alteration of the expression of human estrogen receptor gene by distamycin. Journal of
Steroid Biochemistry and Molecular Biology, vol. 54(5/6), pag. 211-215.
16) Mischiati C., Feriotto G., Bianchi N. and Gambari R. (1995), Use of the A.L.F. DNA
sequencing system for DNase I footprinting studies. Minerva Biotecnologica, vol. 7(1), pag.
15-19.
17) Bianchi N., Passadore M., Feriotto G., Mischiati C., Piva R. and Gambari R. (1995),
Novel methods to investigate sequence-selectivity of DNA-drugs interaction. Minerva
Biotecnologica, vol. 7(1), pag. 29-33.
18) Feriotto G., Mischiati C., Bianchi N., Rutigliano C., Giacomini P. and Gambari R.
(1995), Transcription factors motifs of the human HLA-DRA gene. Minerva Biotecnologica,
vol. 7(2), pag. 111-115.
19) Passadore M., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Giacomini P., Piva R. and Gambari
R. (1995), PCR analysis of the sequence-selectivity of distamycin and two distamycin
analogues. Minerva Biotecnologica, vol. 7(2), pag. 182-187.
20) Osti F., Hanau S., Nesti C., Mischiati C., Feriotto G., Bianchi N., Matteuzzi M. and
Gambari R. (1995), Guanine, guanosine and guanine ribonucleotides as erythroid inducers of
K562 cells. Journal of Experimental & Clinical Cancer Research, vol. 14(1), pag. 162-163.
21) Passadore M., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Piva R. and Gambari R. (1995),
Distamycin-treated MCF7 cells: inhibition of PCR-mediated amplification of a TA-rich
region of human estrogen receptor gene. Journal of Experimental & Clinical Cancer
Research, vol. 14(1), pag. 157-159.
22) Feriotto G., Mischiati C., Bianchi N., Passadore M., Gambari R. (1995), Binding of
distamycin and chromomycin to human immunodeficiency type 1 virus DNA: a nonradioactive automated footprinting study. European Journal of Pharmacology, vol. 290, pag.
85-93.
23) Bianchi N., Passadore M., Rutigliano C., Feriotto G., Mischiati C. and Gambari R.
(1996), Targeting of the Sp1 binding sites of HIV-1 long terminal repeat with chromomycin:
disruption of nuclear factor . DNA complexes and inhibition of in vitro transcription.
Biochemical Pharmacology, vol. 52, pag. 1489-1498.
24) Rutigliano C., Bianchi N., Passadore M., Mischiati C., Feriotto G. and Gambari R.
(1996), Effects of triplex-forming oligonucleotides and DNA-binding drugs on protein/DNA
interactions. Minerva Biotecnologica, vol. 8(3), pag. 179-182.
25) Passadore M., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Rutigliano C. and Gambari R.
(1996), Sequence-specific inhibition of polymerase-chain reaction by the antitumor compound
U-71184. Minerva Biotecnologica, vol. 8(3), pag. 191-194.
26) Passadore M., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Rutigliano C. and Gambari R.
(1997), In vitro and in vivo binding of a CC-1065 analogue to human gene sequences: a
polymerase-chain reaction study. European Journal of Pharmacology, vol. 319, pag. 317-325.
27) Gambari R., Bianchi N., Rutigliano C., Borsetti E., Tomassetti M., Feriotto G. and
Zorzato F. (1997), Surface plasmon resonance for real-time detection of molecular
interactions between chromomycin and target DNA sequences. International Journal of
Oncology, vol. 11, pag. 145-149.
28) Bianchi N., Rutigliano C., Tomassetti M., Feriotto G., Zorzato F. and Gambari R.
(1997), Biosensor technology and surface plasmon resonance for real-time detection of HIV-1
genomic sequences amplified by polymerase chain reaction. Clinical and Diagnostic
Virology, vol. 8, pag. 199-208.
29) Bianchi N., Rutigliano C., Passadore M., Tomassetti M., Pippo L., Mischiati C.,
Feriotto G. and Gambari R. (1997), Targeting of the HIV-1 long terminal repeat with
chromomycin potentiates the inhibitory effects of a triplex-forming oligonucleotide on Sp1DNA interactions and in vitro transcription. Biochemical Journal, vol. 326, pag. 919-927.
30) Baraldi P.G., Cacciari B., Romagnoli R., Spalluto G., Gambari R., Bianchi N.,
Passadore M., Ambrosino P., Mongelli N., Cozzi P., Geroni C. (1997), Synthesis, cytotoxicity,
antitumor activity and sequence selective binding of two pyrazole analogs structurally related
to the antitumor agents U-71,184 and adozelesin. Anti-Cancer Drug Design, vol. 12, pag.
555-576.
31) Rutigliano C., Bianchi N., Tomassetti M., Pippo L., Mischiati C., Feriotto G. . and
Gambari R. (1998), Surface plasmon resonance for real-time monitoring of molecular
interactions between a triple helix forming oligonucleotide and the Sp1 binding sites of
human Ha-ras promoter: effects of the DNA-binding drug chromomycin. International Journal
of Oncology, vol. 12, pag. 337-343.
32) Baraldi P.G., Cacciari B., Guiotto A., Leoni A., Romagnoli R., Spalluto G., Mongelli
N., Howard P.W., Thurston D.E., Bianchi N., Gambari R. (1998), Design, synthesis and
biological activity of a pyrrolo [2,1-c][1,4]benzodiazepine (PBD)-Distamycin hybrid.
Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, vol. 8, pag. 3019-3024.
33) Bianchi N., Osti F., Rutigliano C., Ginanni Corradini F., Borsetti E., Tomassetti M.,
Mischiati C., Feriotto G. and Gambari R. (1999), The DNA-binding drugs mithramycin and
chromomycin are powerful inducers of erythroid differentiation of human K562 cells. British
Journal of Haematology, vol. 104, pag. 258-265.
34) Bianchi N., Spalluto G., Cacciari B., Romagnoli R., Feriotto G., Mischiati C.,
Rutigliano C., Borsetti E., Baraldi P.G., and Gambari R. (1999), Selective binding to human
genomic sequences of two synthetic analogues structurally related to U-71184 and
adozelesin. Drug Development Research, vol. 46, pag. 96-106.
35) Mischiati C., Feriotto G., Bianchi N., Rutigliano C., Giacomini P. and Gambari R.
(1999), Analysis of the human HLA-DRA gene upstream region: evidence for a stem-loop
array directed by nuclear factors. Biochimie, vol. 81, pag. 219-228.
36) Feriotto G., Lucci M., Bianchi N., Mischiati C. and Gambari R. (1999), Detection of the
F508 (F508del) mutation of the cistic fibrosis gene by surface plasmon resonance and
biosensor technology. Human Mutation, vol. 13, pag. 390-400.
37) Mischiati C., Borgatti M., Bianchi N., Rutigliano C., Tomassetti M., Feriotto and
Gambari R. (1999), Interaction of the human NF-kB p52 transcription factor with DNA-PNA
hybrids mimicking the NF-kB binding sites of the human immunodeficiency virus type 1
promoter. The Journal of Biological Chemistry, vol. 274(46), pag. 33114-33122.
38) Baraldi P.G., Balboni G., Romagnoli R., Spalluto G., Cozzi P., Geroni C., Mongelli N.,
Rutigliano C., Bianchi N. and Gambari R. (1999), PNU 157977: a new potent antitumor
agent exhibiting low in vivo toxicity in mice injected with L1210 leukaemia cells. Anti-Cancer
Drug Design, vol. 14, pag. 71-76.
39) Catelani G., Osti F., Bianchi N., Bergonzi M.C., D’Andrea F., Gambari R, (1999),
Induction of erythoid differentiation of human K562 cells by 3-O-acyl-1,2-O-isopropylideneD-glucofuranose derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, vol. 9, pag. 31533158.
40) Baraldi P.G., Balboni G., Cacciari B., Guiotto A., Manfredini S., Romagnoli R.,
Spalluto G., Thurston D.E., Howard P.W., Bianchi N., Rutigliano C., Mischiati C. and
Gambari R. (1999), Synthesis, in vitro antiproliferative activity, and DNA-binding properties
of hybrid molecules containig pyrrolo-[2,1-c][1,4]benzodiazepine and minor-groove-binding
oligopyrrole carriers. Journal of Medicinal Chemistry, vol. 42, pag. 5131-5141.
41) Mischiati C., Rutigliano C., Feriotto G., Borgatti M., Bianchi N., Gambari R. (1999),
Effects of peptide nucleic acids (PNAs) on gene transcription. Minerva Biotecnologica, vol.
11, pag. 205-210.
42) Baraldi P.G., Romagnoli R., Spalluto G., Cozzi P., Mongelli N., Bianchi N. and
Gambari R. (2000), DNA Sequence-recognizing properties of minor groove alkylating agents.
Effects of the replacement of N-methylpyrrole by an N-methylimidazole on tallimustine and its
own homologue. Arzneimittel-Forschung/Drug Research, vol. 50 (I-3), pag. 309-315.
43) Bianchi N., Ongaro F:, Chiarabelli C., Gualandi L., Mischiati C., Bergamini P. and
Gambari R. (2000), Induction of erythroid differentiation of human K562 cells by cisplatin
analogs. Biochemical Pharmacology, vol. 60 (1), pag. 31-40.
44) Baraldi P.G., Romagnoli R., Duatti A., Bolzati C., Piffanelli A., Bianchi N., Mischiati
C. and Gambari R. (2000), Synthesis of hybrid distamycin-cysteine labeled with 99mTc: a
model for a novel class of cancer imaging agents. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters,
vol. 10, pag. 1397-1400.
45) Baraldi P.G., Romagnoli R., Beria I., Cozzi P., Geroni C., Mongelli N., Bianchi N.,
Mischiati C. and Gambari R. (2000), Synthesis and antitumor activity of new
benzoheterocyclic derivatives of distamycin A. Journal of Medicinal Chemistry, vol. 43(14),
pag. 2675-2684.
46) Manfredini S., Vicentini C.B., Manfrini M., Bianchi N., Rutigliano C., Mischiati C. and
Gambari R. (2000), Pyrazolo-triazoles as light activable DNA cleaving agents. Bioorganic &
Medicinal Chemistry, vol. 8, pag. 2343-2346.
47) Baraldi P.G., Cacciari B., Guiotto A., Romagnoli R., Spalluto G., Leoni A., Bianchi N.,
Feriotto G., Rutigliano C., Mischiati C., Gambari R. (2000), [2,1-c][1,4]benzodiazepine
(PBD)-distamycin hybrid inhibits DNA binding to transcription factor Sp1. Nucleosides,
Nucleotides Nucleic Acids, vol. 19(8), pag. 1219-1229.
48) Nastruzzi C., Cortesi R., Esposito E., Gambari R., Borgatti M., Bianchi N., Feriotto G.,
Mischiati C. (2000), Liposomes as carriers for DNA-PNA hybrids. Journal of Controlled
Release, vol. 68, pag. 237-249.
49) Gambari R., Feriotto G., Rutigliano C., Bianchi N. and Mischiati C. (2000), Biospecific
Interaction Analysis (BIA) of low-molecular weight DNA-binding drugs. The Journal of
Pharmacology and Experimental Therapeutics, vol. 294(1), pag. 370-377.
50) Saviano M., Romanelli A., Bucci E., Pedone C., Mischiati C., Bianchi N., Feriotto G.,
Borgatti M. and Gambari R. (2000), Computational procedures to explain the different
biological activity of DNA/DNA, DNA/PNA and PNA/PNA hybrid molecules mimicking NFkB binding sites. Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, vol. 18(3), pag. 353-362.
51) Bianchi N., Chiarabelli C., Borgatti M., Mischiati C., Fibach E. and Gambari R. (2001),
Accumulation of -globin mRNA and induction of erythroid differentiation after treatment of
human leukaemic K562 cells with tallimustine. British Journal of Haematology, vol. 113, pag.
951-961.
52) Feriotto G., Ferlini A., Ravani A., Calzolari E., Mischiati C., Bianchi N., and Gambari
R. (2001), Biosensor technology for real-time detection of the cystic fibrosis W1282X
mutation in CFTR. Human Mutation, vol. 18, pag. 70-81.
53) Baraldi P.G., Romagnoli R., Martinez A., Pineda de las Infantas M.J., Gallo M.A.,
Espinosa A., Rutigliano C., Bianchi N. and Gambari R. (2001), Design, synthesis and
biological activity of 5-fluorouracil-distamycin hybrids. Medicinal Chemistry Research, vol.
10(6), pag. 390-403.
54) Romanelli A., Pedone C., Saviano M., Bianchi N., Borgatti M., Mischiati C. and
Gambari R. (2001), Molecular interactions between nuclear factor kB (NF-kB) transcription
factors and a PNA-DNA chimera mimicking NF-kB binding sites. European Journal of
Biochemistry, vol. 268(23), pag. 6066-6075.
55) Feriotto G., Corradini R., Sforza S., Bianchi N., Mischiati C., Marchelli R. and
Gambari R. (2001), Peptide nucleic acids and biosensor technology for real-time detection of
the cystic fibrosis W1282X mutation by surface plasmon resonance. Laboratory Investigation,
vol. 81(10), pag. 1415-1427.
56) Mischiati C., Jeang K.T., Feriotto G., Breda L., Borgatti M., Bianchi N., and Gambari
R. (2001), Aromatic polyamidines inhibiting the Tat-induced HIV-1 transcription recognize
structured TAR-RNA. Antisense & Nucleic Acid Drug Development, vol. 11(4), pag. 209217.
57) Catelani G., D'Andrea F., Mastrorilli E., Bianchi N., Chiarabelli C., Borgatti M.,
Martello D. and Gambari R. (2002), Preparation and evaluation of the in vitro erythroid
differentiation induction properties of some esters of methyl 3,4-O-isopropylidene--D-
galactopyranoside and 2,3-O-isopropylidene-D-mannofuranose. Bioorganic & Medicinal
Chemistry, vol. 10(2), pag. 347-353.
58) Feriotto G., Borgatti M., Mischiati C., Bianchi N., and Gambari R. (2002), Biosensor
technology and surface plasmon resonance for real-time detection of genetically modified
roundup ready soybean gene sequences. Journal of Agricultural and Food Chemistry, vol.
50(5), pag. 955-962.
59) Mischiati C., Borgatti M., Feriotto G., Rutigliano C., Breda L., Bianchi N., and
Gambari R. (2002), Inhibition of HIV-1 LTR-driven in vitro transcription by molecular
hybrids based on peptide nucleic acids mimicking the NF-kB binding site. International
Journal of Molecular Medicine, vol. 9(6), pag. 633-639.
60) Khan M.T.H., Lampronti I., Martello D., Bianchi N., Jabbar S., Choudhuri M.S.K.,
Datta B.K. and Gambari R. (2002), Identification of pyrogallol as an antiproliferative
compound present in extracts from the medicinal plant Emblica officinalis: effects on in vitro
cell growth of human tumor cell lines. International Journal of Oncology, vol. 20(1), pag.
187-192.
61) Borgatti M., Breda L., Cortesi R., Nastruzzi C., Romanelli A., Saviano M., Bianchi N.,
Mischiati C., Pedone C. and Gambari R. (2002), Cationic liposomes as delivery systems for
double-stranded PNA-DNA chimeras exhibiting decoy activity against NF-kB transcription
factors. Biochemical Pharmacology, vol. 64(4), pag. 609-616.
62) Borgatti M., Lampronti I., Romanelli A., Pedone C., Saviano M., Bianchi N., Mischiati
C., and Gambari R. (2003), Transcription factor decoy molecules based on a peptide nucleic
acid (PNA)-DNA chimera mimicking Sp1 binding sites. The Journal of Biological Chemistry,
vol. 278(9), pag. 7500-7509.
63) Borgatti M., Romanelli A., Saviano M., Pedone C., Lampronti I., Breda L., Nastruzzi
C., Bianchi N., Mischiati C., and Gambari R. (2003), Resistance of decoy PNA-DNA
chimeras to enzymatic degradation in cellular extracts and serum. Oncology Research, vol.
13, pag. 279-287.
64) Baraldi P.G., Beria I., Cozzi P., Bianchi N., Gambari R. and Romagnoli R. (2003),
Synthesis and growth inhibition activity of -bromoacrylic heterocyclic and
benzoheterocyclic derivatives of distamycin A modified on the amidino moiety. Bioorganic &
Medicinal Chemistry, vol. 11(6), pag. 965-975.
65) Baraldi P.G., Romagnoli R, Bianchi N. and Gambari R. (2003), Benzoyl nitrogen
mustard derivatives of benzoheterocyclic analogues of netropsin: synthesis and biological
activity. Bioorganic & Medicinal Chemistry, vol. 11(11), pag. 2381-2388.
66) Rossi D., Bruni R., Bianchi N., Chiarabelli C., Gambari R., Medici A., Lista A.,
Paganetto G. (2003), Evaluation of the mutagenic, antimutagenic and antiproliferative
potential of Croton lechleri (Muell. Arg.) latex. Phytomedicine, vol. 10, pag. 139-144.
67) Lampronti I., Martello D., Bianchi N., Borgatti M., Lambertini E., Piva R., Jabbar S.,
Choudhuri M.S., Khan M.T. H. and Gambari R. (2003), In vitro antiproliferative effects on
human tumor cell lines of extracts from the Bangladeshi medicinal plant Aegle marmelos
Correa. Phytomedicine, vol. 10, pag. 300-8.
68) Lampronti I., Bianchi N., Borgatti M., Fibach E., Prus E. and Gambari R. (2003),
Accumulation of -globin mRNA in human erythroid cells treated with angelicin. European
Journal of Haematology, vol. 71(3), pag. 189-195.
69) Chiarabelli C., Bianchi N., Borgatti M., Prus E., Fibach E., and Gambari R. (2003),
Induction of -globin gene expression by tallimustine analogs in human erythroid cells.
Haematologica, vol. 88(7), pag. 826-827.
70) Fibach E., Bianchi N., Borgatti M., Prus E. and Gambari R. (2003), Mithramycin
induces fetal hemoglobin production in normal and thalassemic human erythroid precursor
cells. Blood, vol. 102, pag. 1276-1281.
71) Borgatti M., Rutigliano C., Bianchi N., Mischiati C., Baraldi P.G., Romagnoli R. and
Gambari R. (2003), Inhibition of NF-kB/DNA interactions and HIV-1 LTR directed
transcription by hybrid molecules containig pyrrolo-[2,1-c][1,4]benzodiazepine (PBD) and
oligopyrrole carriers. Drug Development Research, vol. 60, pag. 173-185.
72) Feriotto G., Gardenghi S., Bianchi N. and Gambari R. (2003), Quantitation of Bt-176
maize genomic sequences by surface plasmon resonance-based biospecific interaction
analysis of multiplex polymerase chain reaction (PCR). Journal of Agricultural and Food
Chemistry, vol. 51(16), pag. 4640-6.
73) Tomassetti M., Feriotto G., Giacomini P., Giorda E., Bianchi N., Borgatti M., Finotti
A., Mischiati C. and Gambari R. (2003), Identification of a novel DNaseI hypersensitive site
within the far upstream region of the HLA-DRA gene. International Journal of Molecular
Medicine, vol. 12(6), pag. 929-934.
74) Bianchi N., Borgatti M. and Gambari R. (2003), Quantitative RT-PCR for the analysis
of expression of - - and -globin genes in erythroid cells. Minerva Biotecnologica, vol.
15(2), pag. 137-144.
75) Romagnoli R., Baraldi P.G., Pavani M.G., Fruttarolo F., Preti D., Bovero A., Bianchi
N., Gambari R. (2004). Design, synthesis and growth inhibition activity of bis-epoxyethyl
derivatives of stallimycin modified on the amidino moiety. Med. Chem. Res., vol. 13(5), pag.
282-96. stampare copia
76) Lambertini E., Piva R., Khan M.T.H., Lampronti I., Bianchi N., Borgatti M. and
Gambari R. (2004), Effects of extracts from Bangladeshi medicinal plants on in vitro
proliferation of human breast cancer cell lines and expression of estrogen receptor gene.
International Journal of Oncology, vol. 24, pag. 419-23.
77) Mischiati C., Finotti A., Sereni A., Boschetti S., Baraldi P.G., Romagnoli R., Feriotto
G., Jeang K.T., Bianchi N., Borgatti M. and Gambari R. (2004), Binding of hybrid molecules
containing pyrrolo [2,1-c][1,4]benzodiazepine (PBD) and oligopyrrole carriers to the human
immunodeficiency type 1 virus TAR-RNA. Biochemical Pharmacology, vol. 67, pag. 401-410.
78) Mischiati C., Sereni A., Lampronti I., Bianchi N., Borgatti M., Prus E., Fibach E. and
Gambari R. (2004), Rapamycin-mediated induction of -globin mRNA accumulation in human
erythroid cells. British Journal of Haematology, vol. 126, pag. 612-621.
79) Gessi S., Cattabriga E., Avitabile A., Gafà R., Lanza G., Cavazzini L., Bianchi N.,
Gambari R., Feo C., Liboni A., Gullini S., Leung E., Mac-Lennan S. and Borea P.A. (2004),
Elevated expression of A3 adenosine receptors in human colorectal cancer is reflected in
peripheral blood cells. Clinical Cancer Research, vol. 10, pag. 5895-5901.
80) Borgatti M., Finotti A., Romanelli A., Saviano M., Bianchi N., Lampronti I.,
Lambertini E., Penolazzi L., Nastruzzi C., Mischiati C., Piva R., Pedone C. and Gambari R.
(2004), Peptide nucleic acids (PNA)-DNA chimeras targeting transcription factors as a tool
to modify gene expression. Current Drug Targets, vol. 5, pag. 735-744.
81) Mischiati C., Sereni A., Finotti A., Breda L., Cortesi R., Nastruzzi C., Romanelli A.,
Saviano M., Bianchi N., Pedone C., Borgatti M. and Gambari R. (2004), Complexation of
cationic microspheres of double-stranded peptide nucleic acid-DNA chimeras exhibiting
decoy activity. Journal of Biomedical Science, vol. 11, pag. 697-704.
82) Lampronti I., Kha M.T.H., Bianchi N., Borgatti M. and Gambari R. (2004), Inhibitory
effects of medicinal plants on interactions between DNA and transcription factors involved in
inflammations. Minerva Biotecnologica, vol.16, pag.93-99.
83) Giorda E., Sibilio L., Martayan A., Feriotto G., Bianchi N., Mischiati C., Di Rosa F.,
Pozzi L., Gambari R. and Giacomini P. (2005), Modular usage of the HLA-DRA promoter in
extra-hematopoietic and hematopoietic cell types of transgenic mice. FEBS Journal, vol. 272,
pag. 3214-26.
84) Borgatti M., Boyd D. D., Lampronti I., Bianchi N., Fabbri E., Saviano M., Romanelli
A., Pedone C. and Gambari R. (2005), Decoy molecules based on PNA-DNA chimeras and
targeting Sp1 transcription factors inhibit the activity of Urokinase-type Plasmonogen
activator Receptor (uPAR) promoter. Oncology Research, vol. 15, pag. 373-83.
85) Lampronti I., Bianchi N., Borgatti M., Fabbri E., Vizziello L., Khan M.T.H. A., Ather
A., Brezena D., Tahir M. M., Gambari R. (2005), Effects of vanadium complexes on cell
growth of human leukemia cells and protein-DNA interactions. Oncology Reports, vol. 14(1),
pag. 9-15.
86) Lampronti I., Khan M.T.H. A., Bianchi N., Ather A., Borgatti M., Vizziello L., Fabbri
E., Gambari R. (2005), Bangladeshi medicinal plant extracts inhibiting molecular
interactions between nuclear factors and target DNA sequences mimiking NF-kB binding
sites. Medicinal Chemistry, vol. 1(4), pag. 327-33.
87) Catelani G., D’Andrea F., Landi M., Zuccato C., Bianchi N. and Gambari R. (2006),
Preparation and biological evaluation of some 1,2-O-isopropylidene-D-hexofuranose esters.
Carbohydrate Research, vol. 341, pag. 538-544.
88) Lampronti I., Khan M.T.H., Bianchi N., Feriotto G., Mischiati C., Borgatti M. and
Gambari R. (2006), Effects of medicinal plant extracst on molecular interactions between
DNA and transcriptional factors. Leads Molecules from natural products, Discovery and New
Trends, Advances in Phytomedicine, pag. 35-43. Edited by Khan M.T.H. and Arjumand
Ather. Published by Elsevier.
89) Lampronti I., Khan M.T.H., Bianchi N., Lambertini E., Piva R., Borgatti M. and
Gambari R. (2006), Plant with antitumor properties: from biologically active molecules to
drugs. Leads Molecules from natural products, Discovery and New Trends, Advances in
Phytomedicine, pag. 45-64. Edited by Khan M.T.H. and Arjumand Ather. Published by
Elsevier.
90) Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Medici A., Bergamini P. and Gambari R. (2006),
Effects on erythroid differentiation of Platimum(II) complexes of synthetic bile acid
derivatives. Bioorganic & Medicinal Chemistry, vol. 14, pag. 5204-10.
91) Fibach E., Bianchi N., Borgatti M., Zuccato C., Finotti A., Lampronti I., Prus E.,
Mischiati C., Gambari R. (2006), Effects of rapamycin on accumulation of -, - and -globin
mRNA in erythroid precursors cells from -thalassaemia patients. European Journal of
Haematology, vol. 77, pag. 437-441.
92) Zuccato C., Bianchi N., Borgatti M., Lampronti I., Massei F., Favre C., Gambari R.
(2007), Everolimus is a potent inducer of erythroid differentiation and -globin gene
expression in human erythroid cells. Acta Haematologica, vol. 117, pag. 168-76.
93) Gambari R., Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Viola G., Vedaldi D., Dall’Acqua F.,
(2007), Structure and biological Activity of furocoumarins (Review). Topics in Heterocyclic
Chemistry, Bioactive Heterociclyces III, vol. 9, pag. 265-276. Series Editor R.R. Gupta,
Volume Editor M.T.H. Khan. Springer Verlag Berlin Heidelberg.
94) Moggio L., Romanelli A., Gambari R., Bianchi N., Borgatti M., Fabbri E., Mancini I.,
Di Blasio B., Pedone C., Messere A. (2007), Alternate PNA-DNA chimeras (PNA-DNA)(n):
synthesis, binding properties and biological activity. Biopolymers (Peptide Science), vol.
88(6), 815- 22.
95) Breveglieri G., Salvatori F., Finotti A., Bertuzzi I., Destro F., Falzoni S., Bianchi N.,
Borgatti M., Zuccato C., Feriotto G., Breda L., Rivella S., Gambari R. (2007). Cellular
biosensors for the identification of fetal hemoglobin inducers. Minerva Biotecnologica, vol.
19(4); pag. 123-132.
96) Viola G., Vedaldi D., Dall'Acqua F., Fortunato E., Basso G., Bianchi N., Zuccato C.,
Borgatti M., Lampronti I., Gambari R. (2008), Induction of gamma-globin mRNA, erythroid
differentiation and apoptosis in UVA-irradied human erythroid cells in the presence of
furocumarin derivatives. Biochemical Pharmacology, vol. 75(4), 810-25.
97) Borgatti M., Bianchi N., Mancini I., Feriotto G., Gambari R. (2008), New Trends in
non-invasive prenatal diagnosis: applications of dielectrophoresis-based Lab-on-a-chip
platforms to the identification and manipulation of rare cells (Review). International Journal
of Molecular Medicine, vol. 21(1), pag. 3-12.
98) Feriotto G., Salvatori F., Finotti A., Breveglieri G., Venturi M., Zuccato C., Bianchi N.,
Borgatti M., Lampronti I., Mancini I., Massei F., Favre C., Gambari R. (2008), A novel frame
shift mutation (+A) at codon 18 of the beta-globin gene associated with HPFH phenotype and
delta-beta-thalassemia. Acta Haematologica, vol. 119, pag. 28-37.
99) Viola G., Vedaldi D., Dall'acqua F., Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Borgatti M.,
Gambari R. (2008), Furocoumarins photolysis products induce differentiation of human
erythroid cells. Journal of Photochemistry and Photobiology B. Biology, vol. 92(1), pag. 2428.
100) Nicolis E., Lampronti I., Dechecchi M.C., Borgatti M., Tamanini A., Bianchi N.,
Bezzerri V, Mancini I, Grazia Giri M, Rizzotti P, Gambari R, Cabrini G. (2008), Pyrogallol,
an active compound from the medicinal plant Emblica officinalis, regulates expression of pro-
inflammatory genes in bronchial epithelial cells. International Immunopharmacology., vol.
8(12), pag. 1672-80.
101) Lampronti I., Khan M.T., Borgatti M., Bianchi N., Gambari R. (2008), Inhibitory
Effects of Bangladeshi Medicinal Plant Extracts on Interactions between Transcription
Factors and Target DNA Sequences. Evid Based Complement Alternat Med., vol. 5(3), pag.
303-312.
102) Bianchi N., Borgatti M. and Gambari R. (2008), Gene Silencing in Thalassemia.
Minerva Biotecnologia, vol. 20(1), pag. 51-55.
103) Landi M., Catelani G., D'Andrea F., Ghidini E., Amari G., Paola P., Bianchi N.,
Gambari R. (2009), Synthesis of glycose carbamides and evaluation of the induction of
erythroid differentiation of human erythroleukemic K562 cells. European Journal of
Medicinal Chemistry, vol. 44(2), pag. 745-54.
104) Salvatori F., Cantale V., Breveglieri G., Zuccato C., Finotti A., Bianchi N., Borgatti M.,
Feriotto G., Destro F., Canella A., Breda L., Rivella S., Gambari R. (2009), Development of
K562 cell clones expressing beta-globin mRNA carrying the beta039 thalassemia mutation
for the screening of correctors of stop codon mutations. Biotechnology and Applied
Biochemistry, vol. 54(1), pag. 41-52.
105) Bianchi N., Borgatti M., Fibach E., Prus E., Zuccato C., Breveglieri G., Baraldi P.G.,
Romagnoli R., Gambari R. (2009), Bis-epoxyethyl derivatives of distamycin A modified on the
amidino moiety: Induction of production of fetal hemoglobin in human erythroid precursor
cells. International Journal of Molecular Medicine, vol. 23, pag. 105-111.
106) Bianchi N., Zuccato C., Lampronti I., Borgatti M., Gambari R. (2009). Fetal
Hemoglobin Inducers from the Natural World: A Novel Approach for Identification of Drugs
for the Treatment of {beta}-Thalassemia and Sickle-Cell Anemia. Evid Based Complement
Alternat Med.; 6(2), pag. 141-51.
107) Bianchi N., Zuccato C., Lampronti I., Borgatti M. and Gambari R. (2009), Expression
of miR-210 during erythroid differentiation and induction of gamma-globin gene expression.
BMB Reports, vol. 42(8), pag. 493-9.
108) Rotoli B.M., Closs E.I., Barilli A., Visigalli R., Simon A., Habermeier A., Bianchi N.,
Gambari R., Gazzola G.C., Bussolati O., Dall'asta V. (2009), Arginine transport in human
erythroid cells: discrimination of CAT1 and 4F2hc/y+LAT2 roles. Pflugers Archiv-European
Journal of Physiology, vol. 458(6), pag. 1163-73.
109) Guerrini A., Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C. Breveglieri G., Salvatori F, Mancini
I., Rossi D., Potenza R., Chiavilli F, Sacchetti G., Gambari R., Borgatti M. (2009). Bergamot
(Citrus bergamia Risso) fruit extracts as γ-globin gene expression inducers: Phyto-chemical
and functional perspectives. Journal of Agricultural and Food Chemistry, vol. 57, pag. 41034111.
110) Lampronti I., Bianchi N., Zuccato C., Dall’Acqua F., Vedaldi D., Viola G., Potenza R.,
Chiavilli F., Breveglieri G., Borgatti M., Finotti A., Feriotto G., Salvatori F. and Gambari R.
(2009), Increase of gamma-globin mRNA content in human erythroid cells treated with
angelicin analogs, International Journal of Hematology, vol. 90, pag. 318-27.
111) Nicolis E., Lampronti I., Dechecchi M.C., Borgatti M., Tamanini A., Bezzerri V.,
Bianchi N., Mazzon M., Mancini I., Giri M.G., Rizzotti P., Gambari R., Cabrini G. (2009)
Modulation of expression of IL-8 gene in bronchial epithelial cells by 5-methoxypsoralen,
International Immunopharmacology, vol. 9(12), pag. 1411-1422.
112) Salvatori F., Breveglieri G., Zuccato C., Finotti A., Bianchi N., Borgatti M., Feriotto
G., Destro F., Canella A., Brognara E., Lampronti I., Breda L., Rivella S., Gambari R. (2009)
Production of beta-globin and adult hemoglobin following G418 treatment of erythroid
precursor cells from homozygous beta(0)39 thalassemia patients, American Journal of
Hematology, vol. 84(11), pag. 720-728.
113) Piccagli L., Fabbri E., Borgatti M., Bianchi N., Bezzerri V., Mancini I., Nicolis E.,
Dechecchi C.M., Lampronti I., Cabrini G., Gambari R. (2009), Virtual screening against p50
NF-kappaB transcription factor for the identification of inhibitors of the NF-kappaB-DNA
interaction and expression of NF-kappaB upregulated genes, ChemMedChem, vol.4(12), pag.
2024-2033.
114) Viola G., Salvador A., Vedaldi D., Dall'Acqua F., Bianchi N., Zuccato C., Borgatti M.,
Lampronti I., Gambari R. (2009), Differentiation and apoptosis in UVA-irradiated cells
treated with furocoumarin derivatives, Annals of the New York Academy of Sciences,
vol.1171, pag.334-344.
115) Mazzuferi M., Bovolenta R., Bocchi M., Braun T., Bauer J., Jung E., Iafelice B.,
Guerrieri R., Destro F, Borgatti M., Bianchi N., Simonato M., Gambari R. (2010), The
biocompatibility of materials used in printed circuit board technologies with respect to
primary neuronal and K562 cells, Biomaterials, vol. 31, pag. 1045-1054.
116) Piccagli L., Borgatti M., Nicolis E., Bianchi N., Mancini I., Lampronti I., Vevaldi D.,
Dall'acqua F., Cabrini G., Gambari R. (2010) Virtual screening against nuclear factor κB
(NF-κB) of a focus library: Identification of bioactive furocoumarin derivatives inhibiting
NF-κB dependent biological functions involved in cystic fibrosis. Bioorgan Med Chem., vol.
18(23) pag. 8341-9.
117) Salvador A., Dall'Acqua S., Sardo M.S., Caffieri S., Vedaldi D., Dall'Acqua F., Borgatti
M., Zuccato C., Bianchi N., Gambari R. (2010) Erythroid induction of chronic myelogenous
leukemia K562 cells following treatment with a photoproduct derived from the UV-A
irradiation of 5-methoxypsoralen. ChemMedChem., vol. 5(9), pag. 1506-12.
118) Pensato S., Saviano M., Bianchi N., Borgatti M., Fabbri E., Gambari R., Romanelli A.
(2010) Gamma-Hydroxymethyl PNAs: Synthesis, interaction with DNA and inhibition of
protein/DNA interactions. Bioorg Chem., vol. 38(5), pag. 196-201.
119) Cabrini G., Bezzerri V., Mancini I., Nicolis E., Dechecchi M.C., Tamanini A.,
Lampronti I., Piccagli L., Bianchi N., Borgatti M., Gambari R. (2010). Targeting
Transcription Factor Activity as a Strategy to Inhibit Pro-Inflammatory Genes Involved in
Cystic Fibrosis: Decoy Oligonucleotides and Low-Molecular Weight Compounds. Curr. Med.
Chem., vol. 17(35); pag 4392-4404.
120) Borgatti M., Mancini I., Bianchi N., Guerrini A., Lampronti I., Rossi D., Sacchetti G.,
Gambari R. (2011) Bergamot (Citrus bergamia Risso) fruit extracts and identified
components alter expression of interleukin 8 gene in cystic fibrosis bronchial epithelial cell
lines. BMC Biochem., vol. 12(1), pag. 15-27.
121) Tamanini A., Borgatti M., Finotti A., Piccagli L., Bezzerri V., Favia M., Guerra L.,
Lampronti I., Bianchi N., Dall'Acqua F., Vedaldi D., Salvador A., Fabbri E., Mancini I.,
Nicolis E., Casavola V., Cabrini G., Gambari R. (2011) Trimethylangelicin reduces IL-8
transcription and potentiates CFTR function. Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol., vol.
300(3), pag. 380-390.
122) Marchelli R., Corradini R., Manicardi A., Sforza S., Tedeschi T., Fabbri E., Borgatti M.,
Bianchi N., Gambari R. (2011) Gene modulation by Peptide Nucleic Acids (PNAs) Targeting
microRNAs (miRs). Source: Targets in Gene Therapy, ISBN 978-953-307-540-2, edited by:
Yongping You, Publisher: InTech, August 2011.
123) Gambari R., Fabbri E., Borgatti M., Lampronti I., Finotti A., Brognara E., Bianchi N.,
Manicardi A, Marchelli R, Corradini R (2011) Targeting MicroRNAs involved in human
diseases: a novel approach for modification of gene expression and drug development.
Biochem Pharmacol. vol. 82, pag. 1416-29.
124) Borgatti M., Chilin A., Piccagli L., Lampronti I., Bianchi N., Mancini I., Marzaro G.,
Dall'acqua F., Guiotto A., Gambari R. (2011) Development of a novel furocoumarin
derivative inhibiting NF-kappaB dependent biological functions: design, synthesis and
biological effects. European Journal of Medicinal Chemistry, vol. 46, pag. 4870-77.
125) Fabbri E., Manicardi A., Tedeschi T., Sforza S., Bianchi N., Brognara E., Finotti A.,
Breveglieri G., Borgatti M., Corradini R., Marchelli R., Gambari R. (2011) Modulation of
biological activity of microRNA-210 with peptide nucleic acids (PNAs). ChemMedChem, vol.
6(12), pag.2192-2202.
126) Fabbri E., Brognara E., Borgatti M., Lampronti I., Finotti A., Bianchi, N., Sforza S.,
Tedeschi T., Manicardi A., Marchelli R., Corradini R., Gambari R. (2011) MiRNA
therapeutics: delivery and biological activity of Peptide Nucleic Acids targeting microRNAs.
Epigenomics, 3(6), pag 733-745.
127) Bianchi N., Zuccato C., Finotti A., Lampronti I., Borgatti M., Gambari R. (2012)
Involvement of microRNA in erythroid differentiation. Epigenomics, vol.4(1), pag. 51-65.
128) Breda L., Casu C., Gardenghi S., Bianchi N., Cartegni L., Narla M., Yazdanbakhsh K.,
Musso M., Manwani D., Little J., Gardner L.B., Kleinert D.A., Prus E., Fibach E., Grady
R.W., Giardina P.J., Gambari R., Rivella S. (2012) Therapeutic hemoglobin levels after gene
transfer in beta-Thalassemia mice and in hematopoietic cells of beta-Thalassemia and Sickle
Cells Disease patients. PLoS ONE, vol. 7(3), e32345.
129) Fibach E., Prus E., Bianchi N., Zuccato C., Breveglieri G., Salvatori F., Finotti A.,
Lipucci di Paola M., Brognara E., Lampronti I., Borgatti M., Gambari R. (2012) Resveratrol:
Antioxidant activity and induction of fetal hemoglobin in erythroid cells from normal donors
and β-thalassemia patients. Int. J. Mol. Med., vol. 29(6), pag. 974-82.
130) Zuccato C., Breda L., Salvatori F., Breveglieri G., Gardenghi S., Bianchi N., Brognara
E., Lampronti I., Borgatti M., Rivella S., Gambari R. (2012). A combined approach for βthalassemia based on gene therapy-mediated adult hemoglobin (HbA) production and fetal
hemoglobin (HbF) induction. Annals of Hematology, vol. 9, pag. 1201-13.
131) Manicardi A., Fabbri E., Tedeschi T., Sforza S., Bianchi N., Brognara E., Gambari R.,
Marchelli R., Corradini R. (2012). Cellular Uptakes, Biostabilities and Anti-miR-210
Activities of Chiral Arginine-PNAs in Leukaemic K562 Cells. CHEMBIOCHEM, vol. 13, pag.
1327-37.
132) Gambari R., Borgatti M., Lampronti I., Fabbri E., Brognara E., Bianchi N., Piccagli L.,
Yuen M.C., Kan C.W., Hau D.K., Fong W.F., Wong W.Y., Wong R.S., Chui C.H. (2012).
Corilagin is a potent inhibitor of NF-kappaB activity and downregulates TNF-alpha induced
expression of IL-8 gene in cystic fibrosis IB3-1 cells. International Immunopharmacology,
vol. 13, pag. 308-1.
133) Avitabile C., Saviano M., D’Andrea L.D., Bianchi N., Fabbri E., Brognara E., Gambari
R. Romanelli A. (2012) Targeting pre-miRNA by peptide nucleic acids – A new strategy to
interfere in the mRNA maturation. Artificial DNA: PNA & XNA, vol. (2)3, pag. 88-96.
134) Brognara E., Fabbri E., Aimi F., Manicardi A., Bianchi N., Finotti A., Breveglieri G.,
Borgatti M., Corradini R., Marchelli R., Gambari R. (2012) Peptide nucleic acids targeting
miR-221 modulate p27Kip1 expression in breast cances MDA-MB-231 cells. International
Journal of Oncology, vol. 41(6), pag. 2119-27.
135) Fabbri E., Borgatti M., Montagner G., Bianchi N., Finotti A., Lampronti I., Bezzerri V.,
Dechecchi M.C., Cabrini G., Gambari R. (2014) Expression of miR-93 and Interleukin-8
during Pseudomonas aeruginosa mediated induction of proinflammatory responses. Am J
Respir Cell Mol Biol., vol. 50(6), pag. 1144-55.
136) Brognara E., Fabbri E., Bianchi N., Finotti A., Corradini R., Gambari R. (2014).
Molecular methods for validation of the biological activity of peptide nucleic acids targeting
microRNAs. Book Title: Mir Maturation, Methods in Molecular Biology, Subtitle Methods
and Protocols vol. 1095 pag. 165-76. Publisher Humana Press Copyright Holder Springer
Science+Business Media, New York Editors: Christoph Arenz, ISBN: 978-1-62703-702-0
(Print) 978-1-62703-703-7 (Online).
137) Brognara E., Fabbri E., Bazzoli E., Montagner G., Ghimenton C., Eccher A., Cantù C.,
Manicardi A., Bianchi N., Finotti A., Breveglieri G., Borgatti M., Corradini R., Bezzerri V.,
Cabrini G., Gambari R. (2014) Uptake by human glioma cell lines and biological effects of a
peptide-nucleic acids targeting miR-221. J Neurooncol., vol. 118(1), pag. 19-28.
138) Avitabile C., Fabbri E., Bianchi N., Gambari R., Romanelli A. (2014) Inhibition of
miRNA maturation by peptide nucleic acids. Methods in Molecular Biology, vol. 1095, pag
157-64.
139) Finotti A., Bianchi N., Fabbri E., Borgatti M., Breveglieri G., Gasparello J., Gambari R.
(2014) Erythroid induction of K562 cells treated with mithramycin is associated with
inhibition of raptor gene transcription and mammalian target of rapamycin complex 1
(mTORC1) functions. Pharmacol. Res., vol. 91, pag. 57-68.
140) Montagner G., Gemmo C., Fabbri E., Manicardi A., Accardo I., Bianchi N., Finotti A.,
Breveglieri G., Salvatori F., Borgatti M., Lampronti I., Bresciani A., Altamura S., Corradini
R., Gambari R. (2015) Peptide nucleic acids targeting β-globin mRNAs selectively inhibit
hemoglobin production in murine erythroleukemia cells. Int. J. Mol. Med., vol. 35(1), pag.
51-8.
141) Breveglieri G., Bianchi N., Finotti A., Gambari R., (2014) SPR-based identification of
microRNAs. Minerva Biotecnologica, vol. 26(2), pag. 93-102. Review.
142) Brognara E., Fabbri E., Breveglieri G., Finotti A., Bianchi N., Zuccato C., Gambari R.,
(2014) Targeting the miR-221/miR-222 cluster in cancer therapy. Minerva Biotecnologica,
vol. 26(2), pag. 67-74. Review.
143) Breveglieri G., Mancini I., Bianchi N., Lampronti I., Salvatori F., Fabbri E., Zuccato
C., Cosenza L.C., Montagner G., Borgatti M., Altruda F., Fagoonee S., Carandina G., Rubini
M., Aiello V., Breda L., Rivella S. (2015) Generation and characterization of a transgenic
mouse carrying a functional human beta-globin gene with the IVSI-6 thalassemia mutation.
Hindawi Publishing Corporation. Article ID 687635. BioMed Research International.
144) Finotti A., Breda L., Bianchi N., Zuccato C., Kleanthous M., Rivella S., Gambari R.
(2015) Recent trends in the gene therapy of -thalassemia. Journal of Blood Medicine, vol. 6,
pag. 69-85.
145) Bianchi, N., Chiarabelli, C., Zuccato, C., Lampronti, I., Borgatti, M., Amari, G.,
Delcanale, M., Chiavilli, F., Prus, E., Fibach, E., Gambari, R. (2015) Erythroid differentiation
ability of butyric acid analogues: identification of basal chemical structures of new inducers
of foetal haemoglobin, European Journal of Pharmacology, vol.752, pag. 84-91. In stampa
146) Bianchi N., Finotti A., Ferracin M., Lampronti I., Zuccato C., Breveglieri G., Brognara
E., Fabbri E., Borgatti M., Negrini M., and Gambari R., (2015) Increase of microRNA-210,
decrease of raptor gene expression and alteration of mammalian target of rapamycin regulated
proteins following mithramycin treatment of human erythroid cells. PlosOne. In stampa.
ATTIVITA’ SCIENTIFICA
Dal 1993 al 2010:
1) Risulta tra gli autori in 134 pubblicazioni sulle riviste scientifiche nazionali ed
internazionali sopra riportate.
2) Nell’anno 2003 la Dott.ssa Nicoletta Bianchi entra a far parte del progetto di gruppo
finalizzato dall’Università di Ferrara dal titolo “Implemento dei servizi web a supporto delle
attività di ricerca, didattiche e gestionali” prot.647, cat.02, pos. 2, fasc. 33 del 29 Settembre 2003.
3) Nel corso di questi anni ha preso parte allo sviluppo di numerosi PROGETTI DI
RICERCA:
PRIN 1998
Progetto n°9805098988
Coordinatore scientifico: Prof. Roberto Gambari. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Benatti Umberto, Chiarantini Laura, Dossena Arnaldo, Ferrara Giovanni Battista,
Ferrari Sergio, Roberto Gambari, Pedone Carlo, Rossi Luigi. Personale: Roberto Gambari,
Nastruzzi Claudio, Piffanelli Adriano, Piva Maria Roberta, Bolzati Cristina, Cortesi Rita,
Esposito Elisabetta, Feriotto Giordana, Boschi Alessandra, Penolazzi Letizia, Rutigliano
Cristina, Tomassetti Marina, Bianchi Nicoletta, Lambertini Elisabetta, Mischiati Carlo.
Durata 24 mesi
Titolo: Uso di PNA, ribozimi e peptidi per lo studio di funzioni genetiche e possibili
applicazioni diagnostiche e terapeutiche.
Abstract. L'obiettivo del gruppo di ricerca è la progettazione, sintesi e caratterizzazione di
PNA, peptidi e ribozimi utilizzabili per lo studio dell'espressione genica e per specifiche
applicazioni diagnostiche e terapeutiche. Per il raggiungimento di tale obiettivo, la ricerca
sarà opportunamente articolata come di seguito descritto.
A. Sintesi e caratterizzazione molecolare di PNA modificati capaci di permeare le membrane
biologiche;
B. Studio del ruolo della chiralità sulle interazioni PNA-DNA;
C. Progettazione e sintesi di nuovi monomeri di PNA con modifiche del backbone peptidico
e/o dei sostituenti in catena laterale;
D. Progettazione e sintesi di PNA utilizzando amminoacidi non naturali e/o
conformazionalmente costretti ("tools molecolari");
E. Sintesi di PNA chirali con catene laterali con carica positiva e/o contenenti gruppi
fluorofori;
F. Computer modelling con opportuni campi di forza "ab inizio";
G. Sintesi su larga scala e purificazione di PNA e coniugati PNA/peptidi;
H. Caratterizzazione fisico-chimica dei PNA prodotti e dei complessi PNA/DNA, PNA/PNA,
PNA/RNA e PNA/proteine (dicroismo circolare, spettrofluorimetria, NMR mono e
bidimensionale con distance geometry, diffrazione ai raggi X, esperimenti di job-plot, misura
delle termperature di melting);
I. Valutazione dell'attività dei PNA in vitro utilizzando tecniche
morfometriche/immunocitochimiche;
L. Valutazione dell'attività dei PNA in vitro utilizzando tecniche di biologia molecolare
(RNAse protection assay, Northern blotting, Western blotting, RT-PCR, DNase I footprinting,
gel retardation, arrested PCR, trascrizione in vitro, Biospecific Interaction Assays e SPR,
saggi CAT);
M. Veicolazione dei PNA con eritrociti, liposomi, microsfere, microemulsioni, policationi e
mediante "transloading" con transferrina/polilisina;
N. "Cellular uptake" di peptidi, PNA e oligonucleotidi con valutazione della stabilità e della
distribuzione intracellulare;
O. Valutazione ex vivo dell'attività biologica di PNA, ribozimi e peptidi sull'espressione di
geni eucariotici in linee cellulari (HL-60, NB4, THP1, K562, Jurkat) e topi transgenici
(pml/RARalfa, AML1/ETO, gamma-globin, recettore dell'estrogeno, HLA-DRA, oncogeni cfes, Fgr, Lyn, c-myc, Ha-ras, tirosin-cinasi, sintasi dell'ossido nitrico, e cicloossigenasi-2);
P. Valutazione dell'attività di PNA, ribozimi e peptidi sull'espressione del genoma di HIV-1
(sequenze bersaglio LTR, RRE e TAR);
Q. Biodistribuzione in vivo dei PNA in animali;
R. Realizzazione e sperimentazione di sistemi integrati di analisi genica basati su microchips
a DNA, PNA o DNA/PNA (HLA, tumore colon APC, tumore mammario BRCA1 e BRCA2,
polmone K-ras e p53);
S. Utilizzo di micromatrici per valutare l'espressione differenziale di geni specifici;
T. Utilizzo di biosensori e PNA in diagnostica molecolare (fibrosi cistica e AIDS).
Si fa presente che per il raggiungimento di questi obiettivi è fondamentale un livello ottimale
di collaborazione tra ricercatori di differente estrazione che abbiano competenze nel settore
chimico (U.O. Pedone, Dossena, Benatti), biochimico-molecolare (U.O. Gambari, Ferrari),
nel settore della biologia cellulare (U.O. Ferrari, U.O. Gambari), della tecnica farmaceutica
(U.O. Gambari e U.O. Chiarantini), della diagnostica molecolare (U.O. Ferrara e U.O. Rossi).
PRIN 1999
Progetto n°9705460025_010
Coordinatore scientifico: Prof. Barlati Sergio. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari. Personale: Roberto Gambari, Osti Fabio, Ginanni-Corradini
Federica, Tomassetti Marina, Feriotto Giordana, Bianchi Nicoletta, Rutigliano Cristina.
Durata 24 mesi
Titolo: Modelli biologici e genetici per lo studio della crescita cellulare e del
differenziamento
Abstract. La prima fase del progetto prevede la sintesi di nuovi potenziali induttori del
differenziamento eritroide. La seconda fase prevede l'analisi di questi composti allo scopo di
identificare quelli che mostrano una attività paragonabile a quella di induttori classici (emina,
acido butirrico, 5-azacitidina, ara-C) del differenziamento eritroide. La terza fase del progetto
prevede la determinazione delle emoglobine sintetizzate e lo studio molecolare della
trascrizione dei geni per le globine. La quarta fase del progetto prevede una valutazione del
differenziamento qualora i composti analizzati vengano somministrati alle cellule in
combinazione con altri riconosciuti induttori del differenziamento eritroide, come ad esempio
ara-C, acido retinoico, 5-azacitidina.
Come sistema sperimentale sono state scelte le cellule eritroleucemiche umane K562 e le
cellule di topo FLC. Entrambe queste linee cellulari sono costituite da cellule che vanno
incontro a differenziamento eritroide dopo un trattamento di 4-6 giorni con una varietà di
induttori, tra i quali emina, citosina arabinoside, acido butirrico e 5-azacitidina (K562),
dimetilsulfossido e esametilenebisacetamide (FLC).
Le molecole più attive saranno anche saggiate su precursori eritroidi umani isolati da sangue
periferico e da midollo.
Si propone la valutazione di varie classi di molecole:
a. Derivati monoesterificati in posizione 3 dell'1,2-O-isopropilidene-D-glucofuranosio.
b. Acido retinoico e retinoidi sintetici.
c. DNA-binding drugs, con particolare riferimento a mitramicina e cromomicina, che abbiamo
precedentemente dimostrato interagire con il promotore dei geni per le globine gamma.
d. Oligonucleotidi sintetici formanti tripla elica con sequenze bersaglio presenti nel promotore
del gene per le globine gamma.
e. PNA in grado di agire come potenziali promotori artificiali.
f. Oligonucleotidi e prodotti PCR in grado di causare un effetto "decoy" riguardante proteine a
potenziale funzione di repressore del processo di trascrizione.
Tutti questi potenziali induttori del differenziamento eritroide saranno veicolati anche con
liposomi e microsfere. Le fasi del ciclo cellulare saranno analizzate eseguendo analisi di
citofluorometria a flusso. Il sorting di particolari popolazioni cellulari sarà eseguito
utilizzando un FACS della ditta Beckton-Dickinson. Il differenziamento eritroide sarà in
primo luogo analizzato con tecniche istochimiche, utilizzando la colorazione con benzidina.
L'analisi delle emoglobine prodotte sarà effettuata attraverso elettroforesi di gel di acetato di
cellulosa e colorazione del gel con benzidina. L'accumulo di Hb Portland, Hb Gower 1 e Hb F
sarà valutato utilizzando un densitometro BIO-RAD.
L'espressione genica sarà valutata attraverso Northern blotting e RT-PCR. Le interazioni tra
promotori, farmaci leganti il DNA, oligonucleotidi, PNA e molecole "decoy" saranno studiate
utilizzando la tecnologia SPR (Surface Plasmon Resonance) e il biosensore BIAcore-1000
(Pharmacia Biosensors, Uppsala, Sweden).
Gli obiettivi del presente Programma di ricerca sono la identificazione e la caratterizzazione
di nuovi induttori del differenziamento eritroide in grado di promuovere la trascrizione dei
geni globinici, con particolare riferimento ai geni codificanti per la globina gamma e la
globina epsilon. L'analisi dell'effetto biologico dei composti di nuova sintesi riguarderà anche
l'attivazione del processo di divisione terminale delle cellule indotte al differenziamento.
Questo progetto ha dunque come interesse primario lo studio della regolazione dei geni
coinvolti nel differenziamento eritroide, ma non sarà trascurato un settore che riteniamo
importante e che riguarda lo studio di molecole in grado di esplicare un effetto antineoplastico
attivando il differenziamento terminale delle cellule trattate.
PRIN 2000
Protocollo n°MM05093447
Coordinatore scientifico: Prof. Roberto Gambari. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari, Chiarantini Laura, Marchelli Rosangela, Manfredini Rossella,
Ferrara Giovanni Battista, Benedetti Ettore, Rossi Luigi. Personale: Mischiati Carlo,
Nicoletta Bianchi, Borgatti Monica, Penolazzi Letizia, Tomassetti Marina, Chiarabelli
Cristiano.
Durata 24 mesi.
Titolo: Uso di PNA e peptidi per lo studio di funzioni geniche e possibili applicazioni
diagnostiche e terapeutiche.
Abstract. L’obiettivo è la progettazione, sintesi e utilizzo dei PNA in applicazioni
diagnostiche e terapeutiche. La nostra ricerca trae spunto da una serie di dati di letteratura e da
interessanti osservazioni scaturite dalle ricerche condotte nell’ambito di un precedente
progetto di ricerca finanziato dal MURST (Cofin-1998).
Eseguiremo esperimenti per lo sviluppo e caratterizzazione di sistemi chimerici PNA-DNA,
PNA-RNA e RNA-DNA per utilizzo in diagnostica e applicazioni terapeutiche, per la messa a
punto delle interazioni tra PNA e acidi nucleici bersaglio, per l’identificazione di peptidi in
grado di interagire con IL-6. Lo studio del ruolo della chiralità sulle interazioni PNA-DNA
sarà valutato in dettaglio. PNA saranno sintetizzati su larga scala e la caratterizzazione fisicochimica dei PNA prodotti e dei complessi PNA/DNA, PNA/PNA, PNA/RNA e PNA/proteine
sarà effettuata attraverso dicroismo circolare, spettrofluorimetria, NMR mono e
bidimensionale con distance geometry, diffrazione ai raggi X, esperimenti di job-plot, misura
delle termperature di melting. Per quanto attiene al delivery, cureremo la produzione di PNA
radiomarcati e la sintesi e caratterizzazione di molecolare di PNA modificati capaci di
permeare le membrane biologiche. Per quanto attiene questa parte del Progetto il delivery di
PNA sarà effettuato con eritrociti, liposomi, microsfere e microemulsioni.
Saranno condotte ricerche per la valutazione dell'attività dei PNA in vitro utilizzando tecniche
di biologia molecolare (RNAse protection assay, Northern blotting, Western blotting, RTPCR, DNase I footprinting, gel retardation, arrested PCR, trascrizione in vitro, Biospecific
Interaction Assays e SPR, saggi CAT).
La biodistribuzione in vivo dei PNA in animali sarà effettuata. Per quanto attiene la
diagnostica molecolare, utilizzeremo PNA per produrre PNA-chips e per sviluppare una
diagnostica real-time della fibrosi cistica utilizzando biosensori.
In conclusione, il nostro Network si propone di finalizzare le esperienze acquisite (a) nella
sintesi di PNA, (b) nello studio dell'espressione di geni eucariotici e virali (HIV-1), sull'effetto
di DNA-binding drugs sull'interazione tra fattori di trascrizione e molecole bersaglio di DNA,
(c) sull’effetto di ODN antisenso, TFO (triple helix-forming oligonucleotides) e molecole
decoy sulla trascrizione, (d) su sistemi avanzati di veicolazione, come liposomi, microsfere,
eritrociti, (e) su nuove tecnologie per la marcatura radioisotopica di prodotti biotecnologici,
(f) su applicazioni diagnostiche utilizzando biosensori e micro-chip arrays.
Si fa presente che per il raggiungimento di questi obiettivi è fondamentale un livello ottimale
di collaborazione tra ricercatori di differente estrazione che abbiano competenze nel settore
chimico, biochimico-molecolare, nel settore della biologia cellulare e della tecnica
farmaceutica, come è il caso del nostro Network.
FIRB 2001
Protocollo n°RBNE01333Y_003
Responsabile Scientifico: Prof. Guerriri Roberto. Responsabile Scientifico dell’unità di
ricerca: Prof. Roberto Gambari. Personale: Mischiati Carlo, Maria Roberta Piva, Bianchi
Nicoletta, Feriotto Giordana, Penolazzi Maria Letizia, Laura Breda, Chiarabelli Cristiano,
Fabbri Enrica, Borgatti Monica, Mancini Irene, Breveglieri Giulia, Finotti Alessia, Zuccato
Cristina, Sereni Alessia.
Durata 42 mesi (21/11/2003-21/05/2007)
Titolo: Sviluppo di un Lab-on-a-chip basato su tecnologia microelettronica e sua validazione
biotecnologica
Abstract. L'obiettivo della attività "Bioseparazione" di questa parte del Progetto è verificare
se il microsistema basato su tecnologie microelettroniche al silicio e sviluppato dall'U.O.
Guerrieri (Bologna) consenta di isolare (a) popolazione cellulari appartenenti ad istotipo
diverso, (b) sottopopolazioni cellulari con grado differenziativo differente, (c) cellule tumorali
da cellule normali. Il primo obiettivo dell'attività "Caratterizzazione fenotipica di cellule
normali e patologiche" è verificare se le microsfere prodotte dall'U.O. Nastruzzi (Perugia) e
funzionalizzate in modo da esporre MoAbs contro antigeni di membrana presenti in cellule
neoplastiche possano essere movimentate e separate nel microsistema messo a punto dall'U.O.
Guerrieri. Saranno studiate le eventuali variazioni delle caratteristiche dielettriche delle
microsfere al variare del materiale, delle dimensioni e dopo la funzionalizzazione.
Utilizzeremo, parallelamente alle microsfere, anche liposomi e liposfere. Per quanto attiene il
targeting di cellule K562 con microsfere funzionalizzate con anticorpi monoclonali (MoAbs), l'obiettivo sarà verificare la possibilità di cambiare le caratteristiche dielettriche di una
popolazione cellulare tramite il linking a microsfere funzionalizzate con anticorpi specifici per
detta popolazione e la possibilità di recuperare selettivamente questa popolazione (cell
sorting). A tal fine inizialmente si propone di utilizzare anticorpi che formino complessi
stabili con l’antigene (stabilito sperimentalmente tramite la risonanza plasmonica nel
dispositivo BIAcore). Successivamente si può passare ad utilizzare anticorpi che formino
legami meno stabili per cercare di valutare elettronicamente la forza del legame antigene
anticorpo. Una volta messo a punto il sistema con le cellule K562, estenderemo la
sperimentazione a cellule di melanoma Colo 38 e cellule di carcinoma mammario MCF7. Gli
obiettivi della attività "Studi di ibridazione molecolare in diagnostica" saranno quelli di
determinare se l'ibridazione molecolare fra microsfere ricoperte di DNA o RNA (diagnostica
molecolare) è monitorabile "movimentando" le microsfere e verificando eventuali
cambiamenti nelle proprietà dielettriche delle microsfere in seguito ad ibridazione. I sistemi
sperimentali saranno tre, uno di interesse virologico (diagnosi molecolare di HIV-1 in pazienti
affetti da AIDS), uno di interesse biomedico (diagnosi di fibrosi cistica, CF), uno di interesse
nel settore agro-alimentare (diagnosi di soia transgenica RoundUp-Ready e del mais Bt-11).
PRIN 2001
Progetto n° 2001053357_002
Coordinatore scientifico: Prof. Ferrara Giovanni Battista. Responsabile scientifico
dell’Unità di Ricerca: Prof. Roberto Gambari. Personale: Mischiati Carlo, Piva Maria
Roberta, Bianchi Nicoletta, Borgatti Monica, Letizia Penolazzi, Laura Breda, Chiarabelli
Cristiano, Patrizio Giacomini, Lambertini Elisabetta
Durata 24 mesi
Titolo: Strategie innovative di terapia genica attraverso modulazione del processo di
trascrizione utilizzando DNA e PNA
Abstract. L'obiettivo principale della R.U. Gambari è lo sviluppo (a) di molecole decoy
(prodotti di PCR, ODN, PNA e chimere DNA-PNA) verso fattori trascrizionali e (b) di
molecole in grado di formare triple-eliche con sequenze bersaglio di DNA, allo scopo di
modulare l’espressione di geni coinvolti in patologie neoplastiche solide (carcinoma
mammario e melanoma) e no (tumori ematopoietici).
Obiettivo 1. Disegno, sintesi e veicolazione di molecole in grado di formare triple-eliche (TFODN e TF-PNA) e di molecole decoy (prodotti di PCR, ODN e PNA).
I prodotti PCR saranno ottenuti utilizzando primer specifici capaci di amplificare regioni dei
promotori dei geni bersaglio del decoy. I TFO e gli ODN decoy saranno forniti da ditte
specializzate. I PNA che saranno utilizzati dal nostro gruppo di ricerca saranno disegnati e
prodotti dalla R.U. Marchelli (Parma). Questo gruppo inoltre eseguirà caratterizzazioni
preliminari dei PNA sintetizzati. In breve, studieremo (a) PNA capaci di generare triple eliche
e di sviluppare ‘DNA strand invasion’ e (b) PNA e chimere PNA-DNA-PNA capaci di agire
come molecole decoy. I PNA e le chimere PNA-DNA disegnate per il decoy avranno come
bersaglio molecolare diversi fattori trascrizionali quali Sp1, NF-Y, GATA-1, NF-kB, RFX.
Inoltre, i PNA saranno disegnati allo scopo di mimare elementi regolatori dei promotori dei
seguenti geni: il recettore dell’estrogeno alpha, c-myc, HLA-DRA, geni globinici.
Analizzeremo inizialmente le interazioni tra i PNA sintetizzati e le molecole bersaglio (DNA
o fattori di trascrizione). La caratterizzazione molecolare dell’attività dei PNA sarà eseguita
mediante EMSA, footprinting, Western blotting, arrested sequencing, arrested PCR,
ibridazione molecolare, trascrizione in vitro. Verranno studiate inoltre le cinetiche di
ibridazione di PNA-PNA, PNA-DNA e DNA-DNA, le cinetiche di dissociazione, le cinetiche
di interazione DNA-PNA, proteine-DNA e proteine-PNA mediante la tecnologia SPR
(surface plasmon resonance), utilizzando il biosensore BIAcore-1000 (Pharmacia Biosensor,
Uppsala, Svezia). In questo caso PNA biotinilati e oligonucleotidi saranno impiegati con SA5
(streptavidin-activated sensor chip-Pharmacia Biosensor, Uppsala, Svezia).
Per quanto riguarda la tecnologia BIA, sarà eseguita una comparazione di cinetiche di legame
di proteine purificate verso il DNA bersaglio attraverso l’analisi SPR sul BIAcore-1000.
Dopo queste caratterizzazioni molecolari analizzeremo gli effetti dei PNA disegnati e
sintetizzati per quanto riguarda (a) l’espressione del gene umano per il recettore
dell’estrogeno alpha in cellule di carcinoma mammario; (b) la trascrizione di oncogeni
cellulari; (c) l’espressione dei geni globinici gamma in cellule eritroidi/eritroleucemiche; (d)
l’espressione del gene HLA-DRA in cellule di melanoma.
Per quanto riguarda i sistemi di veicolazione, la veicolazione delle molecole nella forma di
prodotti di PCR, ODN e PNA verso le cellule bersaglio viene considerarata una questione di
estremo interesse. Verranno pertanto eseguiti esperimenti con liposomi e micro- e macroparticelle. Questa parte del lavoro sarà eseguita in collaborazione con la R.U. Nastruzzi
(Perugia).
Obiettivo 2. Sviluppo di decoy verso fattori trascrizionali per la terapia genica di malattie
neoplastiche e disordini osteopenici mediante la regolazione dell’espressione del gene per il
recettore dell’estrogeno alfa (ER alpha).
I principali modelli sperimentali saranno: linee cellulari di carcinoma mammario e di
osteosarcoma, culture cellulari primarie da carcinomi mammari e osso. Gli esperimenti
saranno organizzati secondo il seguente schema:
(a) la modulazione dell’espressione del gene ER alpha e dei geni ER alpha relati sarà ottenuta
mediante molecole decoy opportunamente disegnate allo scopo di ottenere cambiamenti nel
fenotipo carcinoma mammario e nel fenotipo osteoporotico; (b) determinazione degli
elementi di regolazione in cis coinvolti nell’espressione di ER alpha che sono responsabili
dell’instaurarsi dei fenotipi ER alpha-positivi e dei fenotipi ER alpha-negativi; (c)
identificazione di proteine coinvolte nella regolazione dell’espressione del gene ER alpha e
analisi del loro possibile ruolo fisio-patologico.
Questi approcci sperimentali comprenderanno:
A. la stabilizzazione e caratterizzazione di colture cellulari primarie da carcinoma mammario
e osso.
B. il disegno e la produzione di molecole decoy nella forma di prodotti di PCR e PNA che
mimano diverse regioni regolative dei promotori distali del gene ER alpha. Queste molecole
verranno analizzate per la capacità di legame di fattori provenienti da diversi estratti nucleari.
C. Valutazione dell’effetto decoy delle molecole prodotte su linee cellulari stabilizzate e su
linee cellulari utilizzate come controllo (carcinoma mammario quali MDA-MB-231 ER
alpha-negative e osteosarcoma quali TE85).
D. Identificazione di proteine coinvolte nella regolazione trascrizionale mediata dalle
molecole decoy.
Lo scopo prioritario di questa ricerca è la verifica dell’esistenza di sequenze del gene ER
alpha differentemente coinvolte nella regolazione dell’espressione genica. In particolare, noi
assumiamo che uno specifico decoy contro un elemento in cis possa indurre la trasformazione
di un carcinoma ER alpha negativo in un tumore molto meno aggressivo come quello ER
alpha positivo, e che possa inoltre cambiare uno stato osteoporotico in cellule osteoblastiche.
La regione di DNA che verrà analizzata appartiene alla sequenza 5’ del gene ER alpha
compresa tra –3300 e +230 completamente sequenziata, e tra –20 Kb e –4 Kb solo in parte
sequenziata. Le sequenze saranno selezionate sulla base del loro contenuto in siti di legame
per putativi fattori trascrizionali che potrebbero essere in grado di modulare la trascrizione del
gene ER alpha. All’interno di questa regione saranno disegnate le molecole decoy (di 100-200
bp): DNA-102, all’interno del promotore distale P3 precedentemente da noi descritta, sarà la
nostra molecola decoy di riferimento in quanto già impiegata in cellule di carcinoma
mammario MCF7 e MDA-MB-231; diversi PCR-DNA all’interno dei promotori distali e che
sembrano essere impiegati in maniera tessuto specifica. Tutte le molecole di DNA decoy
saranno testate per la loro capacità di legare estratti nucleari da determinate colture cellulari,
in esperimenti EMSA.
Inoltre colture cellulari primarie saranno trasfettate in maniera transiente con plasmidi
contenenti la sequenza codificante la luciferasi come gene reporter e le specifiche molecole
DNA decoy (es. pGL3-decoy-LUC). Dopo la trasfezione le cellule saranno raccolte e sarà
misurata l’attività luciferasica dei lisati. Se la sequenza della molecola decoy contiene
elementi silencer importanti nella regolazione negativa dell’espressione del gene ER alpha,
sarà riscontrata una diminuzione dell’attività luciferasica.
Sarà inoltre analizzato il ruolo dei livelli di metilazione del dinucleotide CpG, mediante
l’impiego del trattamento con bisolfito e la metilazione in vitro delle sequenze selezionate.
Valutazione dell’effetto decoy delle molecole prodotte sulle cellule in coltura. I parametri di
trasfezione ottimale delle molecole decoy nella forma di prodotti di PCR, che sono stati
precedentemente determinati in colture cellulari di carcinoma mammario e osteosarcomi,
saranno confermati in un contesto in vitro rappresentato da colture cellulari primarie che sono
più vicine al sistema in vivo. Cellule subconfluenti saranno trasfettate con molecole decoy
direttamente o complessate con liposomi cationici forniti dalla R.U. Nastruzzi (Perugia). Gli
effetti del decoy specifico saranno inizialmente studiati mediante Reverse Transcriptase-PCR
(RT-PCR) utilizzando primers specifici per ER alpha, ER beta, PR, c-myc, BMP2/4 e betaactina. Per quanto riguarda l’espressione del gene ER alpha, l’effetto dei diversi decoy sarà
valutata sia sull’mRNA canonico che sulle diverse isoforme upstream che, diretti da
promotori distali, originano da esoni a monte o da eventi di splicing alternativo. In particolare,
sarà studiata la correlazione tra il profilo di espressione di diverse isoforme di RNA per ER
alpha e il fenotipo maligno di carcinoma mammario oltre che allo stato osteoporotico. La
quantificazione della modulazione dell’espressione genica sarà eseguita in ‘Real Time’
mediante l’apparecchiatura ABI Prism 7700 PE e specifiche sonde fluorogeniche.
Allo scopo di correlare i livelli di trascrizione con i livelli di espressione proteica, verranno
eseguiti esperimenti di immunocitochimica e Western blotting mediante anticorpi specifici in
colture cellulari prima e dopo trattamento con molecole decoy.
Le sequenze di DNA aventi un effetto decoy più evidente saranno la base per la sintesi di
PNA, per la produzione di ibridi PNA/DNA e di chimere a doppia elica PNA-DNAPNA/PNA-DNA-PNA, nonché, ove applicabile, di molecole formanti triple-elica (sia TFO
che PNA).
Obiettivo 3. Molecole decoy e formanti triple elica per la modulazione trascrizionale dei geni
HLA-classe I e classe II in cellule tumorali primarie di melanoma.
La sequenza upstream del gene umano HLA-DRA sarà analizzata allo scopo di esaminare
regioni riconosciute da proteine nucleari e identificarne un ruolo funzionale. Esperimenti di
ipersensibilità alla DNAsi, footprinting, UV-crosslinking, EMSA e saggi CAT saranno
eseguiti utilizzando estratti nucleari da cellule umane B linfoidi Raji allo scopo di
caratterizzare proteine che legano il DNA capaci di interagire con siti ipersensibili alla DNAsi
nel DNA di HLA. Saranno prodotti cloni ricombinanti che portano sequenze upstream HLADRA in diversi arrangiamenti, da utilizzare in saggi CAT. Questo approccio contribuirà alla
comprensione del ruolo di putative sequenze regolative identificate.
Il significato funzionale di queste interazioni DNA-proteina sarà analizzato in esperimenti di
decoy utilizzando come molecole decoy ODN sintetici doppio filamento che mimano questi
siti bersaglio. La veicolazione degli ODN decoy sarà ottenuta impiegando liposomi cationici
prodotti dalla R.U. Nastruzzi (Perugia) o lipofectamina commerciale. L’attività decoy sarà
analizzata in cellule di melanoma Colo 38 indotte all’espressione di DR attraverso interferone
gamma. Esperimenti preliminari hanno dimostrato che oligonucleotidi che mimano i box X- e
Y- presenti all’interno del promotore prossimale del gene HLA-DRA sopprimono l'accumulo
di mRNA DRA indotto da interferone. Negli esperimenti di decoy l’accumulo di mRNA DRA
sarà analizzato per RT-PCR. Sulle cellule umane B-linfoidi saranno inoltre eseguiti
esperimenti di footprinting in vivo allo scopo di posizionare siti upstream riconosciuti da
proteine nucleari.
Lo scopo di queste strategie sarà quello di identificare regioni silencer del gene umano HLADRA. In questo caso, l’approccio decoy attiverà la trascrizione del gene HLA-DRA,
mimando pertanto gli effetti dell’interferone gamma.
Gli esperimenti di decoy saranno eseguiti inizialmente su cellule di melanoma Colo 38. Le
cellule saranno trattate con ODN decoy, PNA e chimere PNA-DNA che mimano sequenze
promotrici importanti nella regolazione negativa della trascrizione. Questi esperimenti
saranno eseguiti durante il primo anno. Nel secondo anno saranno analizzati inoltre gli effetti
di queste molecole su cellule primarie di melanoma fornite dal dott. Patrizio Giacomini
(Laboratorio di Immunologia del Centro Ricerche Tumori – Regina Elena, Roma). ODN e
PNA formanti triple eliche saranno disegnati, sintetizzati e testati una volta identificate le
regioni del promotore che svolgono una chiara funzione regolativa.
Obiettivo 4. Esperimenti decoy volti alla modulazione dell’espressione di p16INK4a,
P19ARF, PML e c-myc.
Due quadri di lettura alternativi nel locus 9p21 codificano le proteine p16INK4a e P19ARF
che controllano il ciclo cellulare attraverso Rb e p53 rispettivamente. L’attivazione di p53 e la
senescenza sembrano risultare dall’acetilazione di PML. L’iperespressione di c-myc può
indurre P19ARF e portare all’apoptosi-p53 dipendente. E’ interessante notare che PML e p53
regolano positivamente l’espressione delle molecole MHC di classe I e di altre molecole
responsabili nel complesso della presentazione degli antigeni tumorali al sistema immunitario,
mentre c-myc è un regolatore negativo dell’espressione di MHC. Riassumendo, la rottura
delle vie di trasduzione del segnale regolate dai tre geni oncosoppressori (P19ARF, PML e
p53) e dal proto-oncogene (c-myc) può portare al tempo stesso ad una perdita della vigilanza
tumorale e ad una sottrazione del controllo immunitario su cellule tumorali. Pertanto, queste
molecole rappresentano bersagli strategici per un approccio decoy. Allo scopo di aumentare
l’espressione di P19ARF, PML e p53, i promotori di questi geni saranno analizzati mediante
diversi approcci sperimentali (EMSA, DNAsi I footprinting, saggio CAT) alla ricerca di
segnali silencer. Questo permetterà il disegno di molecole decoy in grado di spegnere o
accendere l’espressione di questi geni. Nel caso di c-myc, sono state sviluppate diverse
strategie antisenso allo scopo di inibirne l’espressione. Queste possono essere facilmente
tradotte nella strategia decoy. La modulazione dell’espressione di c-myc, P19ARF, PML e
p53, verrà eseguita utilizzando ODN decoy e chimere PNA-DNA che mimano siti di legame
al DNA per fattori trascrizionali. Queste molecole saranno testate in linee cellulari di
melanoma caratterizzate per i livelli di P19ARF, PML e p53 componenti delle vie di apoptosi
e senescenza. Ad esempio, cellule esprimenti p53 mutata saranno selezionate per applicare lo
spegnimento dell’espressione di p53. Viceversa, in cellule esprimenti p53 wt, cercheremo di
incrementare l’espressione di p53 e PML. ODN e PNA formanti tripla elica saranno disegnati,
sintetizzati e testati una volta identificate le regioni del promotore che svolgono una chiara
funzione regolativa.
Obiettivo 5. Induzione del differenziamento eritroide utilizzando molecole decoy capaci di
attivare l’apoptosi del cellule leucemiche umane.
Saranno disegnati PNA e chimere PNA-DNA-PNA in grado di formare DNA strand invasion,
ibridazione molecolare con trascritti primari, decoy e tripla elica. Saranno inoltre disegnati
ODN decoy. I fattori trascrizionali bersaglio del decoy saranno Sp1, NF-kB, GATA-1 e NFY.
Inoltre, saranno disegnati decoy PNA e ODN che mimano regioni regolative del cluster
globinico. Il primo goal di questa ricerca è l’induzione al differenziamento di linee cellulari
leucemiche; il secondo goal è quello di testare molecole decoy su cellule leucemiche isolate
da pazienti e ottenute dal dott. Patrizio Giacomini.
Saranno usate cellule leucemiche umane K562(S). Per analizzare la produzione di emoglobina
sarà eseguita elettroforesi su acetato di cellulosa. Le cellule in apoptosi saranno identificate
per la frammentazione del DNA utilizzando il metodo TUNEL (Tdt dUTP Nick End
Labelling). Saranno inoltre determinate le attività Caspasi-3 (CPP32/apopaina) e Caspasi-1
(ICE). Per studiare l'espressione genica verrà inoltre eseguita RT-PCR quantitativa mediante
l’apparecchiatura TaqMan 7700 Perkin-Elmer.
Obiettivo 6. “Transcription factors profiling” e "gene expression profiling" mediante
l’impiego dei “microarrays”.
Tutte le preparazioni di RNA provenienti dagli esperimenti di decoy saranno utilizzate per
allestire "gene-expression profile" con la tecnologia “microchip/microarray” recentemente
messa a punto. Questa parte del Progetto sarà eseguita dalla R.U. Ferrara (Genova). Useremo
microchips contenenti cDNA per fattori di trascrizione, per geni coinvolti nel processo
apoptotico, per geni coinvolti nella trasformazione neoplastica e nel differenziamento. Questa
ricerca porterà alla determinazione dei geni che vengono regolati positivamente o
negativamente in seguito a trattamento con PNA o DNA.
PRIN 2002
Progetto n°2002058787
Coordinatore scientifico: Prof. Roberto Gambari. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari. Nastruzzi Claudio, Tartagni Marco. Personale: Mischiati Carlo,
Piva Maria Roberta, Bianchi Nicoletta, Borgatti Monica, Breda Laura, Sereni Alessia,
Lambertini Elisabetta, Penolazzi Maria Letizia.
Durata 24 mesi
Titolo: Applicazioni alla diagnostica e alla ricerca farmaceutica di un Lab-on-a-chip basato su
campi di elettroforetici.
Abstract. Obiettivi generali del Programma di Ricerca:
1. Sviluppo, realizzazione e collaudo di Labs-on-a-chip basati sull'effetto dielettroforetico e
utilizzabili per diagnostica e per sviluppo di nuovi farmaci (U.O. Tartagni, Bologna).
2. Progettazione, produzione e caratterizzazione di sistemi nano- e micro-particellari per
applicazioni diagnostiche e farmaceutiche su Labs-on-a-chip (U.O. Nastruzzi, Perugia).
3. Validazione dei Labs-on-a-chip su protocolli biologici nel campo della diagnosi molecolare
e della caratterizzazione fenotipica basata su anticorpi monoclonali e/o peptidi (U.O.
Gambari, Ferrara).
4. Validazione dei Labs-on-a-chip su protocolli biologici nel campo della diagnosi molecolare
basata sull’uso di sonde a DNA e a PNA allo scopo di identificare e caratterizzare prodotti di
PCR (U.O. Gambari, Ferrara).
5. Validazione dei Labs-on-a-chip su protocolli per la progettazione e veicolazione di farmaci,
con particolare riguardo alla terapia genica di patologie neoplastiche (utilizzo di geni, acidi
nucleici antisenso, PNA, chimere PNA-DNA, minicromosomi), veicolando precise quantità di
biomolecole a singole cellule (U.O. Gambari, Ferrara).
Obiettivi specifici del Programma di Ricerca:
1. Sviluppo di un prototipo di Labs-on-a-chip realizzato con la tecnologia per circuiti stampati
(PCB) per lo studio delle possibilità offerte dalla tecnologia a gabbie dielettroforetiche. In
questo specifico caso, la movimentazione delle cellule sarà offerta da gabbie di potenziale
dell’ordine dei 100um. Anche se non è possibile trattare singolarmente le cellule, questo
prototipo permetterà di comprendere le dinamiche relative all’interazione dei protocolli
biologici con la tecnologia proposta.
2. Predisposizione di un sistema di simulazione fisico alle differenze finite (come FEMLABTM) per trattare campi elettromagnetici in soluzioni ioniche. Questo studio è di fondamentale
importanza dal momento che la presenza in concentrazione elevata di ioni riduce la capacità
di creazione di potenziali dielettroforetici. La ricerca è di grande attualità ed è strategica nel
contesto degli obiettivi da raggiungere nel programma.
3. Utilizzo di un lab-on-a-chip basato sulle gabbie dielettroforetiche recentemente sviluppato
dall’Unità di Bologna in tecnologia integrata su silicio. Questo dispositivo permette, a
differenza del primo prototipo, di creare gabbie di potenziale dielettroforetico dell’ordine dei
20um di lato, permettendo la movimentazione singola di cellule/microsfere/liposomi. Le
esperienze precedentemente effettuate sul prototipo in scala saranno dunque ripetute su
dimensioni di un ordine di grandezza inferiore su questo dispositivo che dovrà essere
opportunamente preparato ad accogliere le soluzioni biologiche mediante adeguati sistemi
microfluidici.
4. Realizzazione di un prototipo in scala con tecnologia Printed Circuit Board (PCB).
All'interno di questa camera si realizzeranno, mediante l'attivazione di alcuni elettrodi, delle
barriere di potenziale dielettroforetico. Applicando altri tipi di forza alle particelle o cellule in
sospensione e valutando lo spostamento relativo di queste ultime si potranno dedurre le
principali caratteristiche dielettroforetiche delle specie cellulari, al fine di poter meglio
utilizzare il dispositivo su silicio.
5. Produzione e caratterizzazione di sistemi nano- e micro-particellari (liposomi, niosomi,
nanoparticelle) per esperimenti di internalizzazione e trasferimento cellulare su Labs-on-achip.
6. Produzione e caratterizzazione di microcapsule a base polisaccaridica.
7. Produzione e caratterizzazione di liposfere per applicazioni su Labs-on-a-chip.
8. Diagnostica molecolare utilizzando anticorpi monoclonali. L'obiettivo sarà verificare la
possibilità di utilizzare i Lab-on-a-chips (obiettivi 1-4) a fini diagnostici, utilizzando
microparticelle funzionalizzate con anticorpi monoclonali (obiettivi specifici 5-7). Per quanto
riguarda il "targeting" delle cellule con microsfere coniugate con anticorpi monoclonali lo
scopo sarà quello di tentare di (a) cambiare le caratteristiche dielettriche di una popolazione
cellulare utilizzando il biochip progettato e prodotto dall'U.O. Tartagni e utilizzando
microsfere rivestite di proteina A prodotte dalla U.O. Nastruzzi e successivamente
funzionalizzate con anticorpi specifici e (b) recuperare selettivamente specifiche popolazioni
cellulari. Anticorpi che formano complessi stabili con l’antigene saranno identificati
attraverso la tecnica Surface Plasmon Resonance. I Labs-on-a-chip saranno testati con diversi
anticorpi monoclonali e cellule tumorali di diverso istotipo e progressione, comprendenti
cellule leucemiche, di melanoma e di carcinoma mammario.
9. Caratterizzazione fenotipica utilizzando proteine/peptidi. Gli esperimenti descritti nella
sezione precedente (punto 8) saranno eseguiti utilizzando particelle coniugate con (a)
transferrina, (b) ormoni e (c) zuccheri semplici e polisaccaridi.
10. Diagnostica molecolare utilizzando ODN, PNA e prodotti di PCR. Questa parte del
progetto prevede la produzione di microsfere per il trasporto di sonde molecolari e prodotti
PCR capaci di alterare le proprietà DEP delle microsfere. a. Identificazione delle mutazioni
W1282X e DF508 della fibrosi cistica; b. identificazione delle mutazioni per la betatalassemia; c. identificazione delle sequenze geniche di Roundup-Ready; d. identificazione
delle sequenze geniche Bt; e. diagnosi di infezione da HIV-1.
11. Veicolazione di molecole bioattive a cellule bersaglio utilizzando i Lab-on-a-chip
prodotti. Sarà valutata la possibilità di veicolare una certa quantità di molecole di acidi
nucleici (geni, oligonucleotidi, PNAs, chimere PNA-DNA) a cellule tumorali bersaglio.
Questo obiettivo sarà raggiunto attraverso diverse fasi. A. messa a punto delle condizioni
sperimentali per il movimento di microsfere e liposomi nel Lab-on-a-chip. B. messa a punto
delle condizioni sperimentali per il movimento di microsfere o liposomi che portano molecole
terapeutiche (ODN antisenso, PNA, ibridi PNA/DNA, chimere PNA-DNA). C. valutazione
della velocità di interazione tra microsfere che portano farmaci e le cellule bersaglio. D.
identificazione delle condizioni sperimentali che permettono il "sorting". E. Esame
dell’alterazione dell’espressione genica dopo il trattamento. Le cellule bersaglio saranno le
cellule K562 e MCF-7 alle quali saranno dirette microsfere contenenti cromomicina (K562),
tallimustina (K562), ODN e PNA decoy contro fattori trascrizionali quali NF-kB, GATA-1,
Sp1, ER, OCT-1 (K562 e MCF-7).
12. Analisi degli effetti dei trattamenti destritti al punto 10 mediante RT-PCR quantitativa su
una singola cellula.
13. Studi di biocompatibilità in vitro e in vivo dei sistemi di trasporto nano e microparticellari
prodotti quale premessa ad un eventuale uso clinico.
AIRC 2003-2006
Personale: Mischiati, Feriotto, Piva, Nastruzzi, Pedone, Saviano, Romanelli, Capasso, Sereni,
Lambertini, Penolazzi, Borgatti, Lampronti, Nicoletta Bianchi.
Durata: 36 mesi
Titolo: Peptide nucleic acids (PNA)-DNA chimereas as transcription factor decoy in cancer
research and treatment.
Abstract. In this Research Proposal we will continue testing peptide nucleic acids (PNA)DNA chimeras targeting transcription factors belonging to the NF-kB and Sp1 superfamily. In
addition we will design, synthesize and test novel transcription factor (TFD) decoy molecules
based on PNA-DNA chimeras targeting other transcription factors involved in tumor onset
and progression. PNA-DNA chimeras are of great interest for the following reasons: (a)
unlike PNA, they are suitable for TFD pharmacotherapy; (b) unlike PNAs, they are soluble
and can complexated cationic liposomes and microspheres; (c) unlike oligonucleotides,
double stranded PNA-DNA-PNA (PDP) chimeras are stable in serum and cellular extracts.
We would like to underline that our research group is the first showing these features of PNADNA chimeras applied to TFD pharmacotherapy.
The Project should be considered ad a renewal of a Project funded by AIRC in 2003
(PEPTIDE NUCLEIC ACIDS (PNA)-DNA CHIMERAS AS TRANSCRIPTION FACTOR
DECOYS IN CANCER RESEARCH AND TREATMENT); in this case we applied for a
three years grant. We are now modifying the application, since many objectives were
achieved during the first year and already published in several journals. The referees are
invited to carefully check the Scientific Report to verify the work that has been done.
For the remaining two years the Project has been re-modulated and will be divided into the
following Tasks.
Task 1: Effects of PNA-DNA chimeras against NF-kB and Sp1 on gene expression and
phenotype. The PNA-DNA chimeras targeting these transcription factors will be studied in
these experimental systems: (a) inhibitory effects on the luciferase reporter gene under the
control of the uPAR (urokinase-type plasminogen activator receptor) promoter (this promoter
has one NF-kB and two Sp1 binding sites which are important for its transcriptional activity);
(b) activity of PNA-DNA chimeras targeting NF-kB on apoptosis-related genes of primary
osteoclasts (this part of the Project I highly relevant for the control of bone metastasis of
several neoplasias, including breast cancer.
Task 2: Design, synthesis and characterization of novel PNA-DNA chimeras. This part of the
Project will be devoted to the design and synthesis of novel "decoy" molecules based on
double-stranded PNA-DNA chimeras. The decoy PNA-DNA-PNA (PDP) chimeras will be
designed for the targeting of a number of transcription factors already demonstrated to be
involved in cancer onset, progression and metastasis, including CRE-binding proteins, AP-1,
GATA-1. For all the PDP based decoy molecules, we will first analyse the interactions to the
target transcription factors by electrophoretic mobility shift assay, DNase I footprinting,
western blotting, in vitro transcription. Kinetics of the molecular interactions between
transcription factors and DNA-DNA hybrids, as well as double stranded PNA-DNA chimeras
and kinetics of dissociation will be also studied by SPR (surface plasmon resonance)
technology, employing the BIAcore-1000 biosensor (Pharmacia Biosensors, Uppsala,
Sweden).
Task 3: Development of delivery approaches (liposomes, microspheres and nanospheres) for
PNA-DNA chimeras. Delivery approaches will be developed able to efficiently vehiculate
decoy molecules based on PDP chimeras. We have in the first year developed liposomal and
microsphere-aided delivery. In this Project we will focus on novel microspheres as well as on
several formulations of lipospheres. In addition, we will synthesize peptide-PNA-DNA
chimeras able on one hand to bind transcription factors and on the other hand to penetrate
efficiently into target cells in virtue of the peptide moiety synthetized at one end of the
molecule. In addition, NLS (nuclear localization signals) peptides will be synthetized attached
to the PNA stretch of the PNA-DNA chimeras, in order to generate a multifunctional PNADNA decoy molecule (a) able to interact to transcription factors thereby exhibiting decoy
activity; (b) exhibiting high level of internalization into target cells and (c) capable to
translocate with high efficiency to the nucleus.
Task 4: Study of the effects of TFD molecules of gene expression profile and evaluation of
the effect on the distribution of the targeted transcription factors on the gene promoters. In
this context, as far as analysis of transcription, gene expression profiling will be performed on
tumor cell lines treated with decoy ODN and PDP chimeras. We have already performed
macroarray analysis on cancer cell lines treated with NF-kB and Sp1 decoy ODNs,
demonstrating the differential up- and down-regulation of genes. The actual binding in vivo of
transcription factors in decoy-treated cells will be performed by chromatin
immunoprecipitation (ChIP) and PCR-mediated amplification. This technique has been
developed during the first year and included in the materials and methods section.
Task 5: Potential of decoy molecules based on PNA-DNA chimeras for the treatment of
breast cancer. Two experimental strategies will be followed: (a) TFD-mediated reactivation of
estrogen receptor gene expression in ER-negative breast cancer cell lines and (b) induction of
apoptosis of primary osteoclasts.
AIRC 2004-2007
Personale: Guerrieri, Nicoletta Bianchi, Maria Roberta Piva, Ilaria Lampronti, Giordana
Feriotto, Monica Borgatti, Irene Mancini, Altomare, Jafelice.
Durata: 36 mesi.
Titolo: Cellular Arrays and Lab-on-a-chips for dielectrophoresis based manipulation of CTL,
NK and single tumor cells.
Abstract. The present research project is based on papers recently published by our research
groups on the development and applications to cellular oncology of Lab-on-a-chip devices
and cellular-arrays. These Lab-on-a-chip devices generate dielectrophoresis (DEP)-based
cylinder-shaped or spherical-shaped cages that can entrap cells and move them along the
devices. This does not require a microfluidic system and allows levitation and movement of
eukaryotic cells, including neoplastic cells growing in suspension.
We propose to apply DEP-based Lab-on-a-chip devices and cellular-arrays to study the
interaction between CTL and NK cells and target tumor cells at single cell level. We proposed
to develop new Lab-on-a-chip platforms useful for screening purposes, to be used in immunotherapy to the rapid selection of CTL or NK cells exhibiting high and restricted lytic effects of
target tumor cells.
The Project is divided into the following Tasks.
Task 1. Development of assays for efficient detection of tumor cell lysis on electronic
platforms.
Task 2. Manipulation of CTL, NK and tumor cells under DEP experimental conditions:
levitation, movement, separation, recovery.
Task 3. Use of Lab-on-a-chip devices to facilitate cell-microsphere and cell-cell interactions.
Task 4. Development of protocols suitable to select CTL or NK cells exhibiting high and
restricted lytic effects of target tumor cells.
The innovative aspect of the project resides on the fact that the proposed Lab-on-a-chip
devices are able to control and move a large number of SINGLE OBJECTS preserving their
functions (i.e. cell viability, gene expression pathways). This Project could be of interest for
the development of an efficient immunotherapy of melanomas based on the use of highly
effective CTL isolated from the patient.
The expected results can be summarized in the following points:
(1)development of a buffer to be used in DEP-based manipulations of cells which allows
targeting of tumor cells by CTL and NK cells;
(2)development of an automatic system for analysis of tumor cell lysis at single-cell level
following interaction with CTL and/or NK cells;
(3)development of a recovery system for a selected pool of cells that show relevant
immunological properties and identified through the study of interaction between CTL and
NK vs. tumor cells;
(4)use of the DEP-chip to facilitate interactions between CTL and NK cell populations and
target tumor cells;
(5)use of the DEP-array prototype to determine interactions between programmable numbers
of CTL or NK cells (even single cells) and programmable numbers of target tumor cells;
(6)development of the DEP-screening system to identify CTL or NK able to exhibit high
efficiency of lysis of tumor cells;
(7)In vitro expansion of the cell lines extrated from the system and study of their preservation
of the immunological properties;
(8)immunological characterization of the selected CTL populations in order to find out new
target epitopes expressed by target tumor cells.
PRIN 2005
Progetto n°2005038704_005
Coordinatore scientifico: Prof.Rosangela Marchelli. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari. Personale: Feriotto Giordana, Nicoletta Bianchi, Penolazzi Maria
Letizia, Cristina Zuccato, Ilaria Lampronti, Zennaro Margherita, Finotti Alessia.
Durata: 24 mesi.
Titolo: Applicazioni di molecole innovative basate su Peptide Nucleic Acids (PNAs) per
alterazione dell’espressione genica e diagnosi molecolare.
Abstract. La nostra Unità di Ricerca (U.R.) sarà responsabile dello sviluppo di modelli
sperimentali per valutare l’attività biologica delle molecole basate su PNA e PNA analoghi
sintetizzati dalle U.R. in Parma, Milano e Napoli. La progettazione delle sequenze da essere
valutate per la loro attività biologica sarà condotta in collaborazione con la U.R. in Napoli.
Infine, una collaborazione sarà attivata con l’U.R. in Catania, al fine di paragonare la diagnosi
molecolare condotta con PNA in Ferrara con le analisi che prevedono l’uso di arrays basati
sulla SPR.
TASK 1. Alterazione dell’espressione genica.
Le metodiche di base utilizzate in questo Task saranno gel retardation, UV-cross linking,
DNAse I footprinting, DNA sequencing, Chromatin immunoprecipitation, analisi BIA basata
su SPR e utilizzo del biosensore BIAcore-1000. Il nostro gruppo di ricerca è riconosciuto
molto produttivo e competente in tutte queste tecnologie molecolari.
TASK 1A. Induzione di apoptosi di osteoclasti con molecole decoy per fattori di trascrizione.
Come riportato in numerose reviews, l’induzione di apoptosi di osteoclasti (OCs) è di grande
rilievo per la terapia di numerose patologie, tra le quali ricordiamo l’osteoporosi, l’artrite
reumatoide, e le metastasi ossee in forme molto aggressive di tumore. Per queste ragioni,
abbiamo attivato numerosi progetti di ricerca con l’obiettivo di indurre apoptosi degli OCs
senza alterare proprietà differenziative e proliferative di osteoblasti (OBs). Una delle strategie
che abbiamo seguito è basata sull’utilizzo di corte molecole decoy in grado di bersagliare
fattori di trascrizione. In un primo studio (Penolazzi et al., Biochemical Pharmacology, 2003)
abbiamo dimostrato che una molecola decoy contro il fattore di trascrizione NF-kappaB è un
potente induttore di apoptosi degli osteoclasti, e che questo effetto è correlato con
l’attivazione di geni associati all’apoptosi, come caspase-3, e inibizione di produzione di
interleukin-6. In un secondo studio abbiamo utilizzato una molecola TFD in grado di
interagire con un repressore della trascrizione del gene per il recettore alpha dell’estrogeno
(ER-alpha); questo comporta una induzione di alti livelli di espressione di questo gene. Il dato
interessante è che questa induzione di ERalpha è associata con un alto livello di induzione di
apoptosi degli OCs (Piva et al., Apoptosis, in the press). Sottolineiamo che questo effetto è
altamente specifico, poichè nessuna attività apoptotica avviene in osteoblasti trattati con
questa molecola decoy. In conclusione, conosciamo perfettamente sia i bersagli molecolari
che le molecole decoy, e questo dovrebbe facilitare la progettazione, che attueremo insieme
all’U.O. di Napoli, delle molecole decoy basate su PNA.
L’obiettivo di questo Task è verificare se le chimere PNA-DNA-PNA che riproducono le
sequenze bersaglio sono in grado di indurre apoptosi di osteoclasti umani primari. Con questo
scopo, una mistura di receptor activator of NF-kB ligand (RANKL), macrophage colony–
stimulating factor (M-CSF) e parathyroid hormone (PTH) sarà utilizzata per preparare OCs
umani da sangue periferico. Successivamente, sarà condotta la trasfezione degli osteoclasti
con molecole decoy basate su chimere PNA-DNA-PNA e in grado di bersagliare NF-kB. Un
secondo obiettivo sarà ottenuto attraverso uno studio che prevede l’utilizzo di una seconda
molecola decoy, mimante una regione regolativa del gene per il recettore alfa dell’estrogeno
(ERalfa) e in grado di indurre apoptosi nel corso di preliminari esperimenti.
Gli osteoclasti umani saranno preparati come riportato da Matsuzaki et al., con alcune
modifiche. Brevemente, il sangue periferico sarà raccolto da volontari sani dopo consenso
informato. Cellule mononucleate (PBMCs) saranno preparate da sangue periferico diluito (1:2
in Hanks Balanced Salt Solution), che sarà stratificato su una soluzione Histopaque 1077
(Sigma, St.Louis, MO, USA), centrifugato (400 g), e risospeso in D-MEM/10% FCS. 3 x 106
PBMCs /cm2 saranno piastrati in piastre 24–well plates e lasciati per 2 ore; le wells saranno
poi lavate per rimuovere le cellule non adese. I monociti saranno mantenuti a 37° C, in 5 %
CO2, in medium supplementato con 10% FCS coltivati per 14 giorni in presenza di M-CSF
umano (25 ng/ml), RANKL (30 ng/ml) e 10–7 M PHT. Le cellule saranno utilizzate per gli
esperimenti descritti quando cellule multinucleate mature saranno le cellule predominanti in
coltura. Gli OCs saranno identificati attraverso staining con tartrate-resistant acid phosphatase
(TRAP) e analisi immunocitochimica. Dopo 14 giorni di coltura e 2-4 giorni di esperimenti
decoy, le cellule saranno lavate due volte con PBS e fissate per 25 min in 4 %
paraformaldeide a temperatura ambiente. Le cellule in apoptosi saranno identificate con il
DeadEnd Colorimetric Apoptosis Detection System (Promega). Il livello di apoptosi sarà
calcolato come percentuale di nuclei apoptotici (nuclei marrone scuro) nelle cellule
multinucleate TRAP positive.
TASK 1B. Inibizione della trascrizione regolata dal promotore uPAR.
L’espressione dell’urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR) è stata riscontrata
in un numero rilevante di cellule in coltura, incluse numerose linee cellulari tumorali. Il
livello di espressione dell’uPAR è stato trovato fortemente correlato con il potenziale
metastatico il linee cellulari di melanoma, e di tumori mammari, del polmone e del colon.
Quindi, colpire l’uPAR potrebbe avere implicazioni pratiche. La regolazione della
trascrizione dell’uPAR è controllata da una sequenza di 180 bp a monte del sito maggiore di
inizio della trascrizione. Questa regione manca di box TATA e CAAT e contiene sequenze
prossimali all’inizio della trascrizione ricche in GC. Il promotore del gene uPAR è stato
clonato, sequenziato e la sua funzione caratterizzata in dettaglio. All’interno della regione
posizionata a -141/+47 rispetto all’inizio della trascrizione, sono presenti un sito funzionale
per AP-1, un singolo sito di binding per NF-kB e due siti per Sp1. Noi abbiamo dimostrato
che molecole decoy basate su DNA e chimere PNA-DNA mimanti i siti di binding per Sp1 e
NF-kB sono in grado di inibire l’interazione dei fattori di trascrizione Sp1 e NF-kB con il
promotore uPAR. Questo effetto è specifico, poiché queste molecole decoy non hanno effetto
sull’attività di binding NF-IL2A e STAT-1 ai loro elementi di binding. Gli esperimenti
condotti con cellule Hep-G2 trasfettate con plasmidi contenenti il gene reporter per la
luciferasi sotto il controllo trascrizionale del promotore uPAR dimostrano che molecole decoy
basate su chimere PNA-DNA sono potenti inibitori dell’attività trascrizionale del promotore
uPAR.
Negli esperimenti effettuati con i PNA prodotti dall’U.O. di Napoli, Parma e Milano, le
cellule Hep G2, piastrate all’80% di confluenza, saranno trasfettate con 0.5, 1, 1.5, 2 and 4
microg/ml di DNA/DNA o con 1.5 microg/ml di molecole basate su PNA complessate con
0.5 microg/ml di Lipofectamine 2000 (Invitrogen). Dopo 8 ore, le cellule Hep G2 saranno
transfettate con 1 microg/ml di vettori uPAR (or Vit3-ERE)-firefly luciferase complessati con
0.3 microg/ml di Lipofectamine 2000. Dopo 16 ore i lisati cellulari saranno isolati per
determinare l’attività luciferasica. Il vettore uPAR-firefly luciferase reporter è stato prodotto
dal Prof. D.D. Boyd (Department of Cancer Biology, M.D. Anderson Cancer Center,
Houston, Texas). E’ stato generato clonando un frammento XbaI-XbaI del promotore u-PAR
contenente sequenze da–1469 a +51 (relativamente al sito di inizio della trascrizione) nel sito
SmaI del vettore pGL3 (Promega, Promegan Corporation, Madison, WI). Il plasmide Vit3-
ERE-luciferase è stato ottenuto da Donald P. McDonnell (Duke University Medical Center,
Durham, North Carolina 27710, USA). Le cellule Hep G2 trasfettate saranno lavate con PBS,
trattate con 1x lysis buffer (25 mM Tris-phosphate, pH 7.8, 2 mM DTT, 2 mM 1,2diaminocycloexane-N,N,N',N'-tetraacetic acid, 10% glycerol, 1% Triton X-100) per 5 minuti
e i lisati cellulari sottoposti al saggio per l’attività luciferasica utilizzando il Luciferase Assay
System (Promega) e un luminometro Turner Designs Luminometer Model TD-20/20.
TASK 1C. Induzione di differenziamento eritroide con oligonucleotidi decoy mimanti il
promotore del gene per le globine gamma.
Abbiamo sintetizzato cinque oligonucleotidi mimanti regioni di DNA presenti nel promotore
del gene per la globina gamma riconosciute da DNA-binding drugs. Gli effetti sul
differenziamento eritroide sono stati studiati trattando le cellule K562 con le potenziali
molecole decoy e valutando il livello di cellule positive alla benzidina. Tra gli oligonucleotidi
a doppia elica studiati, due sono in grado di indurre un aumento del numero di cellule positive
alla benzidina e, quindi, sono stati considerati per ulteriori esperimenti di biologia molecolare,
come ad esempio Northern blotting e analisi delle emoglobine (Hb). Per uno di questi
oligonucleotidi, esperimenti preliminari sono stati effettuati su precursori eritroidi da soggetti
normali, dimostrando aumento di mRNA per le gamma globine e di produzione di HbF.
I PNA e gli analoghi dei PNA progettati insieme all’U.O. Napoli saranno testati su progenitori
eritroidi isolati da (a) soggetti normali e (b) pazienti affetti da beta-thalassemia. Cellule
mononucleari saranno isolate per centrifugazione su un gradiente di densità di Ficoll-Hypaque
e poste in coltura in alpha medium supplementato con 10% siero fetale, 1 µg/ml ciclosporina
A, e 10% medium condizionato ottenuto dalla linea cellulare 5637 (bladder carcinoma). Dopo
7 giorni di questa coltura di fase I, le cellule non aderenti saranno raccolte, lavate, e poste in
coltura in medium contenente 30% siero, 1% albumina (BSA, Sigma), 10-5 mol/l betamercaptoethanol, 2 mmol/l glutamina, 10-6 mol/l desametasone e 1 U/ml di eritropoietina
umana ricombinante (EPO). Questa parte della coltura viene citata come fase II. Gli
oligonucleotidi e le molecole basate sui PNA saranno aggiunti dopo 4-5 giorni di fase II. I
campioni cellulari saranno analizzati dopo 12 o 13 giorni di fase II.
TASK 1D. Correzione della mutazione thalassemia IVSI-110 utilizzando PNA.
Lo splicing alternativo permette la produzione di numerose differenti proteine da un singolo
pre-mRNA, e questo comporta in generale una diversità di proteine rispetto a un numero
relativamente limitato di geni trascritti. Pur necessario per lo sviluppo normale, lo splicing
alternativo e le sue aberrazioni sono anche implicati in numerose forme patologiche, come nel
caso della talassemia, del cancro e di disordini neurodegenerativi. Approcci in grado di
intervenire sul meccanismo dello splicing per alterarne il pathway può essere di alto valore
terapeutico. Nel caso della beta-thalassemia, un mRNA per la beta-globina è stato corretto in
cellule eritroidi da topi transgenici contenenti il gene per la beta-globina con la mutazione di
splicing IVS2-654 e da pazienti talassemici con genotipo IVS2-654/beta(E). Questo è stato
ottenuto attraverso uptake di oligonucleotidi modificati per il sito aberrante di splicing
presente a livello della posizione 652 dell’introne 2 del beta-globin pre-mRNA. In condizioni
ottimali di uptake, il massimo livello di mRNA per le beta-globine e di Hb A nelle cellule
eritroidi dei pazienti è stato 77 and 54%, rispettivamente.
Noi applicheremo PNA antisenso per la mutazione IVS-I-110 per inibire lo splicing
alternativo. Questo potrebbe essere di grande interesse per il trattamento di pazienti beta°39/beta-IVSI-110.
Utilizzeremo sia sistemi in vitro (cellule trasfettate con un plasmide di espressione in grado di
sostenere la trascrizione di un beta-IVSI-110 mRNA aberrante) che sistemi in vivo (un
animale transgenico contenente geni beta-IVSI-110 umani è già disponibile).
TASK 2. Diagnosi molecolare di malattie genetiche.
Lo scopo di questa parte del progetto è di verificare se sonde molecolari basate su PNA
possano essere di interesse in BIA-SPR in esperimenti progettati per eseguire analisi
multiplex per l’identificazione real-time di numerose mutazioni, incluse quelle della fibrosi
cistica (deltaF-508 and W1282X) e quelle dei geni della beta-globina causa di betathalassemia. Nel formato di BIA-SPR previsto, prodotti PCR biotinilati saranno eseguiti
utilizzando, come bersaglio, DNA genomico da soggetti normali e da pazienti informativi.
Nel caso della beta-thalassemia, i prodotti PCR saranno progettati contenenti le regioni
geniche corrispondenti alle quattro mutazioni della beta-thalassemia beta°39 (C>T),
beta°IVSI-1 (G>A), beta+IVSI-6 (T>C) e beta+IVSI-110 (G>A) (Feriotto et al., 2004). Uno
dei primer PCR potrà avere un terminale complementare ad un oligonucleotide “ancora”
immobilizzato sul sensor chip. Il prodotto PCR sarà immobilizzato non covalentemente sul
sensor chip utilizzando oligonucleotidi “ancora”, e sonde beta39, beta(I)1, beta(I)6 and
beta(I)110 normali (N-) e mutate (M-) basate su PNA saranno sequenzialmente iniettate.
Progetto FAR 2005
Responsabile Scientifico: Roberto Gambari. Personale: Monica Borgatti, Nicoletta Bianchi,
Ilaria Lampronti, Alessia Finotti, Fabbri Enrica, Zuccato Cristina, Breveglieri Giulia,
Salvatori Francesca, Mancini Irene, Finotti Alessia.
Durata: 12 mesi.
Titolo: Molecole decoy basate su oligonucleotidi e PNA: progettazione, attività biologica e
delivery con liposomi, nanosfere e tecnologie basate su sistemi “Lab-on-a-chip”.
Abstract. I PNA (Peptide Nucleic Acids) sono analoghi oligonucleotidici in cui l’ossatura
zucchero-fosfato è stata sostituita con una catena poliammidica basata su unità di un
amminoacido apolare: l’N-(2-amminoetil)glicina. Tali molecole mostrano diverse
caratteristiche: (1) bassa tossicità a differenza degli oligonucleotidi, (2) stabilità all’attacco di
enzimi degradativi come proteasi, peptidasi, nucleasi ed estratti cellulari, (3) capacità di
ibridizzare sia con DNA che RNA ad essi complementari. I risultati conseguiti hanno
permesso di dimostrare un effetto decoy di chimere PNA-DNA-PNA contenenti sequenze
segnale per i fattori di trascrizione NF-kB e Sp1. L’attività decoy di ODN e molecole basate
su PNA è stata da noi dimostrata anche su cellule eritroidi, su osteoclasti, su cellule mimanti il
fenotipo fibrosi cistica.
Per quanto riguarda lo sviluppo di lab-on-a-chip, sono stati disegnati e prodotti microsistemi,
studiati da un gruppo dell’Università di Bologna (R. Guerrieri), che mostrano alcune
caratteristiche innovative. In particolare, grazie all’utilizzo di circuiti basati sulla tecnologia
dei circuiti integrati, possono essere generati campi di elettroforetici (DEP) capaci di generare
gabbie software-controllate che possono essere mosse in qualsiasi punto del “lab-on-a-chip”.
In base alle loro proprietà dielettroforetiche, le cellule eucariotiche possono essere
“intrappolate” dentro a gabbie e mosse sotto il controllo del software. I dati ottenuti sono la
base di partenza per esperimenti il cui scopo è forzare l’interazione delle cellule eucariotiche
per sviluppare sistemi diagnostici e/o di veicolazione di farmaci. Infatti, poiché molte gabbie
possono essere controllate in parallelo e due o più gabbie possono essere forzate ad occupare
uguali o diverse localizzazioni, è possibile innanzitutto portare le cellule a contatto con
liposomi e/o microsfere.
L’obbiettivo di questo progetto di ricerca è dimostrare su cellule eucariotiche l’attività
biologica di molecole basate su DNA e chimere d PNA-DNA e funzionanti come molecole
decoy per fattori di trascrizione.
Progetto CARIPARO 2005-2010
Responsabile Scientifico: Roberto Gambari. Personale: Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti,
Ilaria Lampronti, Sara Gardenghi, Laura Breda, Cristina Zuccato, Carlo Mischiati, Giordana
Feriotto, Roberta Piva, Maria Letizia Penolazzi, Giulia Breverglieri, Alessia Sereni, Martina
Baruffa, Alessia Finotti, Leonardo Vizziello, Enrica Fabbri, Elisabetta Lambertini.
Durata: 60 mesi.
Titolo: Terapia farmacologica e farmacogenica della talassemia
Progetto Programma regionale per la ricerca industriale innovazione e trasferimento
tecnologico “centri per l’innovazione” in Emilia-Romagna-Misura 3.4-Azione ALaboratori di ricerca (Bando D.G.R. 1853/2007)
Responsabile del laboratorio: Rosario Rizzuto. Personale lab BBM-Unife: Roberto
Gambari, Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti, Fabbri Enrica, Ilaria Lampronti, Finotti Alessia,
Giulia Breveglieri, Salvatori Francesca, Irene Mancini, Federica Destro
Durata: 18 mesi.
Titolo: Laboratorio Regionale di Innovazione nelle Scienze della Vita- BioPharmaNet.
Abstract. Laboratorio Regionale di Innovazione nelle Scienze della Vita- BioPharmaNet
La presente proposta (BioFarmaNet) è basata sull’attività coordinata di tre Laboratori (ERGen Tech, ASC-LAB, GeBBA-LAB) e un Centro (TEFARCO) con competenze
complementari e fortemente indirizzate all’innovazione e al trasferimento tecnologico nel
settore delle Scienze della Vita. Accanto al raggiungimento degli obiettivi scientifici, BIOFARMA-NET svilupperà un percorso congiunto che renda fattibile l’accreditamento delle
attività svolte, nelle forme più ampie possibili, tenendo in considerazione le richieste
provenienti dal tessuto industriale e sanitario. Nello specifico, ER-GenTech (Laboratorio
Regionale di Innovazione in Genomica e Biotecnologia) si occuperà di effettuare indagini
genomiche e post-genomiche applicate a patologie di rilevanza regionale, di utilizzare cellule
staminali per studiare i meccanismi di autorigenerazione e differenziamento, di sviluppare
terapie innovative con proteine ingegnerizzate, oligonucleotidi ed analoghi, vettori virali. In
questi settori, l’attività di GeBBA-Lab (Genetica, Biotecnologia e Bioinformatica Applicata)
sarà finalizzata all’integrazione delle ricerche con innovativi tools informatici, fornendo un
servizio basato sull’utilizzo di tecnologie all’avanguardia per l’analisi, la gestione e
l’archiviazione di dati generici, realizzando tra l’altro anche una sinergia tra mondo
dell’assistenza ai pazienti e quello della ricerca. TEFARCO si occuperà insieme agli altri
partners, della creazione di un “database” delle aziende e dei prodotti della ricerca, della
promozione, comunicazione e diffusione della conoscenza scientifica, della ricerca e
trasferimento di prodotto e di processo, della formazione continua, dello sviluppo di un
servizio di consulenza, assistenza al brevetto, allo scale-up, convalida e registrazione.
Specifici ambiti dell’attività di TEFARCO riguarderanno lo sviluppo di sistemi di
veicolazione di farmaci (ad esempio basati su compresse rigonfiabili a geometria innovative,
film biadesivo,per somministrazione dermica e transdermica, nano e micro particelle
polimeriche, agglomerati chimerici per somministrazione buccale o orale). Le competenze di
ASC Lab permetteranno di sviluppare ricerche fondamentali nel realizzare banche di cellule
staminali embrionali e adulte derivate da diverse specie animali compreso l’uomo, da
impiegarsi nello sviluppo di nuovi tools diagnostici e in medicina rigenerativa. Tra le attività
di ASC Lab rilevanti per BIO-PHARMA-NET vanno ricordate attività di “preclinical testing”
su sistemi in vitro e in vivo per molecole, dispositivi e apparecchi biomedicali, con
riferimento alla modellistica cellulare e animale per malattie cardiovascolari e nervose, test di
tossicità di molecole, fluidi e nuovi materiali su sistemi biologici, sviluppo di dispositivi
combinati cellule-reservoir anche nano strutturati per impianto nel sistema nervoso e
cardiovascolare, da sviluppare anche in ambiente GLP/GMP.
PRIN 2007
Progetto n°2007F9TWKE_005
Coordinatore scientifico: Prof. Marchelli Rosangela. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari Personale: Feriotto Giordana, Roberto Gambari, Borgatti Monica,
Finotti Alessia, Mancini Irene, Salvatori Francesca, Nicoletta Bianchi, Penolazzi Maria
Letizia.
Durata: 24 mesi
Titolo: Applicazioni biomediche e biotecnologiche di PNA e analoghi strutturali diretti contro
mRNA e microRNA.
Abstract. Le biomolecole basate su acidi peptido-nucleici (PNA) sono state oggetto di
numerosi lavori scientifici nel campo della terapia genica e della diagnosi molecolare. I PNA
sono molecole simili al DNA, in cui lo scheletro zucchero-fosfato è stato sostituito con unità
di N-(2-ammino etil) glicina. Queste molecole sono in grado di ibridizzare efficacemente con
DNA e RNA complementari, formando doppie eliche tramite legami di Watson-Crick.
Inoltre, i PNA possono formare triple eliche con DNA a doppio filamento mediante il
meccanismo di strand invasion. Per questi motivi, i PNA sono stati proposti in strategie
antisenso e anti-gene in molti studi, tra cui quelli riguardanti la terapia genica non-virale
anticancro (Gambari, 2001; Gambari, 2004a and 2004b). L’unità di ricerca (RU) Gambari si
occuperà di valutare l’attività biologica di PNA e suoi analoghi aventi come bersaglio l’RNA.
Tali molecole saranno sviluppate dalle RU Marchelli (Parma), RU Saviano (Napoli) e RU
Licandro (Milano).
Gli obiettivi dell’RU Gambari saranno i seguenti: (a) Obiettivo specifico 1: sviluppo di
molecole basate sui PNA aventi come bersaglio i microRNA o in grado di riprodurre l’attività
dei microRNA; (b) Obiettivo specifico 2: sviluppo di molecole basate sui PNA mimanti
l’attività di siRNA e aventi come bersaglio precursori di RNA nucleare (bersagli: RNA non
processato in modo corretto; RNA processato in modo alternativo); (c) Obiettivo specifico 3:
sviluppo di molecole basate sui PNA che mimano attività siRNA e che hanno come bersaglio
RNA maturi, inclusi mRNA virali, anti-apoptotici e mRNA per fattori di trascrizione. (d)
Obiettivo specifico 4: analisi di sonde a PNA per l’identificazione di RNA virale in protocolli
diagnostici.
Il progetto sperimentale sarà diviso in diversi Task.
Task 1: microRNA (miRNA) come bersaglio. Al fine di interferire con i miRNA, saranno
seguiti due differenti approcci sperimentali: (i) sviluppare molecole di PNA in grado di
interagire con e inibire direttamente i miRNA e/o loro precursori e (ii) disegnare e sintetizzare
molecole di PNA che mimano la struttura di miRNA maturi e in grado di competere con essi.
La prima parte di questo Task sarà rivolta a creare una strategia che abbia come bersaglio
miRNA coinvolti nel differenziamento eritroide (microRNA 155, 221 e 222) utilizzando due
sistemi cellulari, la linea cellulare umana K562 indotta al differenziamento eritroide con
opportuni induttori (mitramicina, psoraleni, butirrati, rapamicina) e progenitori eritroidi umani
isolati da donatori sani. La seconda parte di questa fase ha lo scopo di creare una strategia
contro i microRNA coinvolti nel cancro e sovraespressi in cellule tumorali.
Task 2: RNA precursori come bersaglio. L’obiettivo di questa fase è dimostrare che i PNA e i
loro analoghi sono molecole utilizzabili per interferire e modificare lo splicing (incluso quello
alternativo) di RNA eucariotici. (a) RNA precursori A-beta-H-J-J come bersaglio. Questo
programma si basa sulla nostra scoperta che il locus A-beta-H-J-J umano codifica per almeno
tre proteine (aspartil-beta-idrossilasi, giuntina e giuntate) e da esso vengono prodotti molti
RNA attraverso splicing alternativo. Noi proponiamo il disegno di molecole basate sui PNA
in grado di indurre uno specifico e selezionato processo di maturazione dell’RNA. (b) RNA
beta-globinico IVS-110. Lo scopo di questa fase del progetto è la degradazione selettiva di
RNA prodotti mediante splicing aberrante in modo da incrementare la traduzione di mRNA
maturati in modo corretto.
Task 3: mRNA maturi come bersaglio di PNA mimanti attività siRNA. Il primo progetto
consisterà nel creare una strategia contro mRNA Runx-2, per alterare l’espressione del gene
umano per il recettore degli estrogeni. SiRNA contro Runx-2 hanno la capacità di
incrementare la trascrizione del gene umano per il recettore alfa dell’estrogeno. Noi
valuteremo gli effetti di una riduzione PNA-mediata di Runx2 sull’espressione del gene
ERalfa. Il secondo approccio sarà basato su una strategia avente come bersaglio mRNA antiapoptotici. Questa parte dell’attività è di notevole rilevanza dal momento che la terapia
farmacologia basata sull’induzione di apoptosi è importante in differenti patologie
(nell’osteoporosi, artrite reumatoide e metastasi ossea). Per esempio, abbiamo dimostrato che
l’impiego di molecole decoy contro fattori di trascrizione anti-apoptotici permette un
efficiente induzione di apoptosi in osteoclasti umani.
Task 4: Analisi di sonde a PNA per l’identificazione di RNA virale in protocolli diagnostici.
In collaborazione con RU Marchelli, svilupperemo sonde a PNA utilizzabili per
l’identificazione di “foodborne viruses”, che sono importanti agenti eziologici di
gastroenteriti acute. Svilupperemo approcci diagnostici per valutare microorganismi “vitali”
in cibi processati avendo come bersaglio sequenze di mRNA, piuttosto che il DNA, che
sopravvive alla morte del patogeno.
TELETHON 2007
Progetto n°GGP07257
Titolare Progetto: Roberto Gambari; UO of Oncoematologia Pediatrica, Pisa, Italy (Prof.
Claudio Favre and Prof. Francesco Massei); Rovigo Hospital (Prof. Rocco Potenza and Prof.
Francesco Chiavilli); Hadassah Hospital, Israel (Eitan Fibach, Eugenia Prus, Johnny Y.
Amer); Michele Lipucci di Paola. Personale: Giordana Feriotto, Giulia Breveglieri,
Francesca Salvatori, Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti, Ilaria Lampronti, Alessia Finotti,
Sara Gardenghi, Laura Breda.
Durata: 24 mesi.
Titolo: Modificatori dell'espressione di geni globinici per il trattamento terapeutico della
beta-talassemia.
Abstract. Lo scopo di questo progetto di ricerca è analizzare l’espressione genica in
precursori eritroidi isolati da pazienti con beta-talassemia, per l’identificazione di induttori di
emoglobina fetale di possibile interesse per la terapia. Inizialmente caratterizzeremo genotipo
e livello di produzione di emoglobina fetale nei pazienti studiati. Successivamente, testeremo
l’attività degli induttori di emoglobina fetale, allo scopo di individuare il migliore di essi.
Queste informazioni sono di rilevante interesse per proporre un intervento terapeutico che
abbia una probabilità di successo e rendere i pazienti indipendenti dalle trasfusioni di sangue.
La parte finale del progetto riguarda il trasferimento tecnologico, allo scopo di individuare
imprese nel settore biomedicale interessate ai nostri protocolli e ai brevetti che saremo in
grado di produrre
Fondo 115.924
PRIN 2009
Progetto n°20093N774P_004
Coordinatore scientifico: Prof. Corradini Roberto. Responsabili scientifici delle Unità di
Ricerca: Roberto Gambari. Personale: Gambari Roberto, Nicoletta Bianchi, Destro Federica,
Borgatti Monica, Zuccato Cristina, Salvatori Francesca
Durata: 24 mesi.
Titolo: Caratterizzazione dell’attività biologica e molecolare di acidi peptido nucleici (PNAs)
in grado di interagire con micro RNA (miR) e mRNA regolati da miR: applicazioni per lo
sviluppo di nuove strategie in terapia molecolare e diagnosi.
Abstract. Una strategia bersaglio contro i micro RNA rappresenta un approccio innovativo e
interessante in biomedicina. I nostri risultati ci permettono di proporre molecole di PNA come
reagenti molto promettenti per modulare l’attività biologica dei micro RNA e incoraggiano
ulteriori ricerche su analoghi a PNA per aumentarne la veicolazione e l’attività. Inoltre
l’impiego di PNA in diagnosi molecolare permette di affrontare altri ambiti in corso di studio,
come la diagnosi prenatale non invasiva.
Per sviluppare nuovi approcci terapeutici, in questo Progetto svilupperemo prioritariamente
sequenze di PNA che ibridizzano con la sequenza del miR maturo e anche con le sequenze di
pri-miR e pre-miR. Inoltre progetteremo sequenze di PNA in grado di legare le sequenze di
pri-miR e pre-miR, ma non quelle dei micro RNA maturi. Queste molecole, in teoria,
dovrebbero legare anche la regione 3’-UTR degli mRNA bersaglio. Infine progetteremo
sequenze di PNA che corrispondono alla sequenza del miR maturo e che legano la regione 3’UTR degli mRNA bersaglio. Al fine di mimare l’attività dei micro RNA, questi PNA
dovranno possedere proprietà di taglio del RNA.
Per sviluppare sistemi diagnostici, progetteremo miR maturi mutati e pre-miR mutati da
utilizzare per l’analisi altamente sensibile SPR-I. Inoltre, produrremo mRNA mutati nella
regione di legame per il miR presente nella regione 3’-UTR. La tecnologia basata sulla SPR-I
sarà eseguita usando sonde a PNA e nanoparticelle d’oro legate a ODN.
TASK 1. IDENTIFICAZIONE DELLE SEQUENZE TARGET. Questa parte del Progetto
prevede di identificare le sequenze bersaglio e progettare i PNA che dovranno essere
sintetizzati dalle UR Parma, CNR e Milano.
TASK 2. VEICOLAZIONE DI PNA AVENTI COME BERSAGLIO I MICRO RNA. Dal
momento che le molecole di micro RNA bersagliate dai PNA disegnati sono presenti sia nel
nucleo che nel citoplasma, una possibile strategia di veicolazione dovrebbe essere sviluppata
con notevole interesse. L’unità di ricerca di Ferrara sarà responsabile di analizzare le cinetiche
di internalizzazione, di stabilità alle proteinasi e di compartimentalizzazione cellulare. Le
metodiche utilizzate saranno l’analisi FACS e la microscopia a fluorescenza.
TASK 3. SISTEMA SPERIMENTALE: SAGGI BIOLOGICI IN VITRO. Saranno impiegate
le seguenti linee cellulari: K562, cellule di leucemia mieloide cronica umana; MDA-MB-231,
MDA-MB-438 e MCF7, cellule di carcinoma mammario; IB3-1, cellule dell’epitelio
bronchiale di fibrosi cistica; cellule tumorali di polmone; cellule di epatocarcinoma. I micro
RNA considerati saranno: miR-210, miR-221, miR-93, miR-21, miR122. Gli mRNA
quantificati saranno i seguenti: mRNA raptor, mRNA di alfa e gamma globina; mRNA ERalfa e p27kip1; mRNA del recettore Kit; mRNA di IL-8; mRNA di PTEN; mRNA di Bcl-w.
TASK 4. SISTEMI SPERIMENTALI IN VIVO. L’obiettivo di questa task è fornire
informazioni sui possibili effetti di PNA che hanno come bersaglio i micro RNA o le
sequenze 3’-UTR di mRNA riconosciute da miRs. Tratteremo con PNA contro miR-122
topolini normale, testando poi i livelli di colesterolo e l’espressione di geni epatici.
Esperimenti in vivo con PNA che bersagliano un sito di legame miR-93 dell’mRNA di IL-8
saranno condotti in modelli animali con infezione da P. aeruginosa. Il numero di leucociti
rilevati nelle vie respiratorie saranno monitorati nel liquido di lavaggio bronco alveolare ed i
livelli di citochine pro-infiammatorie misurati negli omogenati di polmone. Inoltre, saranno
effettuate analisi istopaptogiche.
TASK 5. ANALISI SPR-I DI MICRO-RNA MUTATI e SITI DI LEGAME DEI MIR
MUTATI DELLE REGIONI 3’UTR DI mRNA TARGET. Il polimorfismo del miR si
presenta a livelli diversi e causa effetti differenti sul metabolismo e sulle funzioni del miR.
Questa parte del Progetto è importante perché i polimorfismi che si trovano nella sequenza del
miR maturo e del pre-miR sono correlati ad un numero crescente di patologie umane. Inoltre,
sono stati riportati polimorfismi di regioni 3’-UTR bersaglio dei miR e ipotizzati alterare il
binding dei miR.
COCHISE dal 01-06-2006 al 31-05-2009
Progetto n°034534 Unione europea VI PQ - Information Society Technologies
Responsabile Scientifico: Prof. Roberto Gambari. Partecipanti: ARCES - University of
Bologna (UniBo); Fraunhofer Gesellschaft zur Förderung der angewandten Forschung (FhGIZM); Micronit Microfluidics; Università degli Studi di Ferrara (UniFe; Nicoletta Bianchi);
Christian de Duve Institute of Cellular Pathology (ICP); Aziende Chimiche Riunite Angelini
Francesco; Commissariat à l'Energie Atomique; MindSeeds Laboratories.
Durata: 36 mesi.
Titolo: Cell-On-CHIp bioSEnsor for detection of cell-to-cell interactions.
Abstract. E’ un progetto internazionale di ricerca finalizzato allo sviluppo di una nuova
classe di biosensori, prodotti utilizzando materiali biocompatibili e capaci di rilevare
interazioni tra singole cellule del sistema immunitario e singole cellule tumorali. Oltre
all’Italia, il progetto coinvolge strutture di vari Paesi europei, quali Germania, Francia,
Olanda e Belgio. Il progetto è coordinato dalla Facoltà di Ingegneria dell’Università di
Bologna ed ha avuto una forte impronta italiana, grazie anche al contributo dell’industria
farmaceutica Angelini e dell’Università di Ferrara, che hanno messo a punto, nei propri centri
di ricerca, i modelli cellulari in vitro e il modello tumorale in vivo, indispensabili per la
validazione biologica del biosensore.
Lo sviluppo di una nuova classe di biosensori ha lo scopo di migliorare la possibilità di
rilevamento delle cellule efficaci e quindi il trattamento dei tumori. Tra i principali obiettivi
raggiunti dal progetto vi sono: la messa a punto di un prototipo del biosensore, che è stato
utilizzato per dimostrare la possibilità di controllare il flusso di due singole cellule e di
intrappolarle in una microcella in cui è possibile studiarne l’interazione; la messa a punto di
procedure analitiche per studiare l’attività biologica di singole cellule isolate dal biosensore;
lo sviluppo di un modello biologico di crescita tumorale, in cui è stata caratterizzata una
sottopopolazione cellulare capace di interferire con la crescita del tumore stesso:
l’identificazione di questa sottopopolazione consentirà di avere a disposizione un tool
eccellente per la verifica della specificità di azione del biosensore e della fattibilità del
particolare approccio biologico conseguente all’utilizzo del biosensore.
La tecnologia sviluppata potrebbe aprire nuove opportunità e consentire che ogni paziente
possa essere trattato con farmaci realmente efficaci per la sua specifica situazione.
Quota Unife euro 283.000 valore medio annuo euro 94.333,33
MINISTERO DELLA SALUTE-BANDO GIOVANI RICERCATORI 2009
Progetto n°098/GR-2009-1596647
Responsabile Scientifico: Monica Borgatti. Personale: Giulia Breveglieri, Alessia Finotti,
Roberto Gambari, Nicoletta Bianchi.
Gianni Carandina, Rocco Potenza, Giulio Cabrini, Giuseppe Spoto, Roberta D’Agata, Marco
Prosdocimi.
Durata: 36 mesi.
Titolo: Development of non-invasive strategies for prenatal diagnosis of rare diseases based
on surface plasmon resonance (SPR)-imaging, peptide nucleic acids probes and PCR-free
hybridization.
Abstract: L’obiettivo principale del Progetto è lo sviluppo di una metodica di Imaging basata
sulla Risonanza Plasmonica di Superficie (SPR-I) e su acidi peptido-nucleici per
l’identificazione ultra sensibile (e senza necessità di eseguire PCR) di mutazioni puntiformi
del genoma umano attraverso ibridazione usando preparazioni arricchite in DNA fetale e
isolate dal sangue periferico di gestanti. Questo obiettivo è di grande rilievo per stabilire
nuovi protocolli di diagnosi pre-natale non invasiva. Il secondo obiettivo del Progetto è
applicare il protocollo sviluppato alla diagnosi prenatale di malattie rare, come la betatalassemia e la fibrosi cistica.
TELETHON 2010
Progetto n°GGP10214 (dal 26/11/2010)
Coordinatore: Roberto Gambari. Personale: Monica Borgatti, Nicoletta Bianchi, Alessia
Finotti, Giordana Feriotto, Giulia Breveglieri, Francesca Salvatori, Eithan Fibach, Eugenia
Prus, Eleonora Brognara, Stefano Rivella, Sara Gardenghi, Laura Breda, Claudio Favre,
Francesco Massei, Michele Lipucci di Paola.
Durata: 24 mesi.
Titolo: Produzione di emoglobina in cellule eritroidi da pazienti con Beta Talassemia
alterando processi biomolecolari in grado di regolare l'espressione dei geni per le globine.
Abstract. Lo scopo di questo progetto di ricerca è analizzare l'espressione genica in
precursori eritroidi isolati da pazienti con beta-talassemia, per l'identificazione di induttori di
emoglobina fetale di possibile interesse per la terapia. Inizialmente caratterizzeremo genotipo
e livello di produzione di emoglobina fetale nei pazienti studiati. Successivamente, testeremo
l'attività degli induttori di emoglobina fetale, allo scopo di individuare il migliore di essi.
Induttori di emoglobina fetale saranno usati in combinazione con esperimenti di terapia
genica. Inoltre, indurremo produzione di emoglobina adulta in pazienti beta-thal 39
correggendo questa mutazione di stop. Queste informazioni sono di rilevante interesse per
proporre un intervento terapeutico che abbia una probabilità di successo e rendere i pazienti
indipendenti dalle trasfusioni di sangue. La parte finale del progetto riguarda il trasferimento
tecnologico, allo scopo di individuare imprese nel settore biomedicale interessate ai nostri
protocolli e ai brevetti che saremo in grado di produrre.
Fondo assegnato euro 132.000.
Progetto Fondazione Fibrosi Cistica 2010
Progetto n° FFC#17/2010
Scientifico: Roberto Gambari; Partner: Francesco Dall’Acqua; collaboratori esterni Giulio
Cabrini, Valeria Casavola, Alessandra Bragonzi, Eleonora Caberletti. Personale: Ilaria
Lampronti, Monica Borgatti, Alessia Finotti, Laura Piccagli, Nicoletta Bianchi, Francesca
Salvatori, Giulia Breveglieri.
Durata: 24 mesi.
Titolo: Molecular Characterization of trimethylangelicin (TMA) and structurally-related
compounds in CF lung disease: anti-inflammatory effects and potentiation of the CFTR
biological activity.
Abstract. Lo scopo di questo progetto è stato quello di analizzare l’effetto terapeutico della
trimetil-angelicina in colture cellulari da epitelio bronchiale e in modelli murini con infezione
cronica da Pseudomonas aeruginosa. La TMA è una molecola anti-infiammatoria ed in grado
di potenziare l’attività dei canali del Cloro CFTR mutati nei soggetti affetti da fibrosi cistica.
Il primo aspetto riguardava la sintesi di TMA, il secondo studi biologici, quali lo studio dei
meccanismi d’azione della TMA attraverso studi di proteomica, trascrittomica, secretomica ed
espressione di microRNA, ma anche pianificare nuovi analoghi mediante tecniche d’analisi e
procedure compiuterizzate. Responsabile
Fondo assegnato euro 47.000.
Progetto FAR 2010
Responsabile Scientifico: Roberto Gambari. Personale: Giordana Feriotto, Piva Maria
Roberta, Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti, Giulia Breveglieri, Brognara Eleonora, Alessia
Finotti, Lambertini Elisabetta, Ilaria Lampronti, Mazzitelli Stefania, Penolazzi Maria Letizia,
Saab Antoine, Francesca Salvatori, Torreggiani Elena, Zuccato Cristina.
Durata: 12 mesi.
Titolo: Studio e modulazione dell’espressione genica con oligonucleotidi e vettori terapeutici
Le motivazioni alla base dell’aggregazione sono volte al coordinamento di uno studio
integrato sull’espressione genica (includendo quella per i microRNA) in cellule eucariote
utilizzando specifici modelli genici (il cluster genico AbetaH-J-J) il gene ERalfa per il
recettore degli estrogeni, geni coivolti nel Wnt signaling, i geni per IL-8, IL-6 e ICAM-1, i
geni per le globine) e sistemi cellulari (cellule neoplastiche da epatoma e carcinoma
mammario,osteoclasti e osteoblasti umani primari, precursori eritroidi da sangue periferico,
cellule mesenchimali, cellule staminali ematopoietiche, cellule di epitelio bronchiale). Lo
scopo è, con analisi di trascrittoma e proteoma, sostenere per ciascun modello sperimentale
strategie terapeutiche mirate alla prevenzione, cura e diagnosi precoce di patologie
neoplastiche, alterazioni a carico del tessuto osseo, beta-talassemia, fibrosi cistica. La
modulazione dell’espressione genica sarà ottenuta utilizzando oligonucleotidi (ODN decoy e
antisenso, siRNA, microRNA, anti-microRNA) e analoghi strutturali (PNA, chimere PNADNA, LNA). La correzione del difetto genico sarà ottenuta anche utilizzando vettori
lentivirali veicolanti geni sostitutivi e/o regolatori.
CHIESI FOUNDATION 2011
Responsabile Scientifico: Monica Borgatti. Personale: Ilaria Lampronti, Nicoletta Bianchi,
Giulio Cabrini, Valentino Bezzerri, Gianni Carandina, Claudio Nastruzzi
Durata: 36 mesi.
Titolo: Bronco-pneumopatia cronica ostruttiva (BPCO) in soggetti fumatori: identificazione
di marcatori molecolari pro-infiammatori e di molecole ad attività anti-infiammatoria.
Abstract. Il fumo di sigaretta rappresenta la più elevata causa di mortalità evitabile in
numerose realtà industrializzate. Le forme più comuni di patologie correlate al fumo sono i
tumori maligni (soprattutto a carico di polmone, esofago, cavità buccale e faringe, laringe,
trachea, bronchi, polmoni), le malattie respiratorie (polmoniti, bronchiti croniche ostruttive e
enfisemi), le malattie del sistema circolatorio (ipertensione, malattie ischemiche) e le malattie
del sistema muscolare.
Pertanto, lo sviluppo di un metodo non invasivo che permetta di identificare i fumatori
predisposti ad immediato rischio di complicazioni patologiche appare di enorme rilievo e
rappresenta un’effettiva necessità. Il presente progetto ha come obiettivo principale lo
sviluppo di un kit per l’analisi delle citochine/chemochine che abbia una valenza predittiva di
rischio. Il Progetto si basa su alcune osservazioni che portano a pensare che marcatori
molecolari del processo di infiammazione (le cui componenti nel loro complesso possiamo
chiamare inflammosoma) possono essere utili per identificare, all’interno della popolazione di
fumatori, soggetti a rischio.
Per quanto riguarda l’approccio terapeutico, il progetto si pone come obiettivo quello di
identificare nuove molecole ad attività antiinfiammatoria. I trials clinici, che si basano sul
testare molecole anti-infiammatorie tradizionali, come i corticosteroidi e l’ibuprofene, hanno
dimostrato alcuni benefici, sebbene l’entusiasmo sia stato temperato sia dalla limitata
efficacia che dall’insorgere di effetti collaterali. Per allargare le prospettive, studiando sia
bersagli terapeutici alternativi che nuove molecole ad azione antiinfiammatoria, l’obiettivo è
studiare molecole basate su acidi nucleici, oppure sostanze derivate dal mondo naturale,
includendo estratti da piante medicinali e molecole da esse derivate.
Progetto FAR 2011
Responsabile Scientifico: Roberto Gambari. Personale: Piva Maria Roberta, Nicoletta
Bianchi, Giulia Breveglieri, Brognara Eleonora, Alessia Finotti, Ilaria Lampronti, Penolazzi
Maria Letizia, Francesca Salvatori, Zuccato Cristina, Lambertini Elisabetta, Di Ciano
Martina, Monica Borgatti.
Durata: 12 mesi.
Titolo: Studio e modulazione dell’espressione genica con oligonucleotidi e vettori terapeutici.
Abstract. Le motivazioni alla base dell’aggregazione sono volte al coordinamento di uno
studio integrato sull’espressione genica (includendo quella per il microRNA) in cellule
eucariotiche utilizzando sistemi cellulari rilevanti per patologie umane (cellule neoplasticheda
epatoma e carcinoma mammario, osteoclasti e osteoblasti umani primari, precursori eritroidi
da sangue periferico di pazienti talassemici, cellule mesenchimali, cellule staminali
ematopoietiche, cellule di epitelio bronchiale). I modelli genici considerati saranno il cluster
genetico AbetaH-J-J, il gene ERalfa per il recettore degli estrogeni, geni coinvolti nel Wnt
signaling, i geni per IL-8, IL-6 e ICAM-1, i geni per le globine. Lo scopo è, anche attraverso
analisi di transcriptomica e proteomica, sviluppare strategie terapeutiche mirate alla
prevenzione, cura e diagnosi di patologie neoplastiche, alterazioni a carico del tessuto osseo,
beta-talassemie, fibrosi cistica. La modulazione dell’espressione genica sarà ottenuta con
oligonucleotidi (PNA, chimere PNA-DNA-PNA, LNA). La correzione del difetto genico sarà
ottenuta anche utilizzando vettori lenti virali veicolanti geni sostitutivi e/o regolari.
Progetto CARIPARO 2010-2015
Responsabile Scientifico: Roberto Gambari. Personale: Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti,
Ilaria Lampronti, Sara Gardenghi, Laura Breda, Cristina Zuccato, Carlo Mischiati, Giordana
Feriotto, Roberta Piva, Maria Letizia Penolazzi, Giulia Breverglieri, Alessia Sereni, Martina
Baruffa, Alessia Finotti, Leonardo Vizziello, Enrica Fabbri, Elisabetta Lambertini.
Durata: 60 mesi
Titolo: Diagnosi Molecolare e terapia sperimentale della Beta Talassemia: studi pre-clinici e
sviluppo di protocolli per la terapia personalizzata
Progetto THALAMOSS 2012
Progetto n°306201-FP7-HEALTH-2012-INNOVATION-1
Coordinatore scientifico: Roberto Gambari. Personale: Monica Borgatti, Nicoletta Bianchi,
Ilaria Lampronti, Alessia Finotti, Cristina Zuccato.
Durata: 48 mesi.
Titolo: THALAssaemia MOdular Stratification System for personalized therapy of betathalassemia.
Abstract. Il Progetto THALAMOSS consiste allo sviluppo di una serie di marcatori e tecniche
per la classificazione dei pazienti β-talassemici in sottogruppi di trattamento per (a) l’inizio e la
frequenza delle trasfusioni di sangue, (b) la scelta di farmaci ferro-chelanti (c) l’induzione di
emoglobina fetale, (d) l'efficacia, in prospettiva, della terapia genica. Allo stato attuale, non esiste
gruppo di lavoro strutturato che abbia lo scopo di indirizzare le decisioni terapeutiche ed il
trattamento personalizzato della β-talassemia.
Workpackages 1. Reclutamento, caratterizzazione dei pazienti e sviluppo di colture cellulari di
precursori eritroidi
Workpackages 2. Analisi “omiche”;
Workpackages 3. Nuovi approcci terapeutici;
Workpackages 4. Analisi dei dati;
Workpackages 5.Diffusione e sfruttamento;
Workpackages 6. Aspetti normativi ed etici;
Workpackages 7. Gestione.
L'impatto di THALAMOSS consiste nel fornire nuovi biomarker per il trattamento di distinti
sottogruppi di β-talassemia (500-1000 campioni provenienti da quattro centri medici Europei),
identificati dalla genomica combinata, proteomica,e trascrittomica, e in saggi di coltura tissutale,
e la costituzione di tecniche di routine per il rilevamento di questi marcatori.
Progetto AIRC 2012-11-27
Progetto n° IG 2012
Coordinatore scientifico: Roberto Gambari. Personale: Eleonora Brognara, Alessandro
Bertucci, Nicoletta Bianchi, Monica Borgatti, Breveglieri Giulia, Roberto Corradini, Roberta
D'Agata, Enrica Fabbri, Patrizio Giacomini, Ilaria Lampronti, Alex Manicardi, Giuseppe Spoto,
Laura Maria Zanoli.
Durata: 72 mesi.
Titolo: Peptide nucleic acids targeting oncomiR and tumor-suppressor miRNAs: cancer
diagnosis and therapy.
Abstract. The rationale of ONCOMIRNAPNAS is based on the observation that microRNAs are
involved in epigenetic modifications implicated in gene expression in cancer cells. OncomiRNAs
and MetastamiRNAs have been described as well as tumor-suppressor microRNAs. With respect
to the clinical relevance of microRNA targeting, it is expected that decreased expression of a
given miRNA (miRNA interference) is linked with a potential accumulation of targets mRNAs;
conversely, increased expression of miRNAs (miRNA replacement) is expected to be causative
to low expression of the target mRNAs. In the context of microRNAs and cancer, molecules
targeting OncomiRNAs and MetastamiRNAs could represent a strategy to maintain at high levels
the mRNA targeted by these tumor-associated miRNAs (often tumorsuppressor mRNAs);
mimicking tumor-suppressor miRNAs might lead to a decreased expression of the
miRNA mRNA targets (often mRNA coded by oncogenes). In the context of miRNA
therapeutics, peptide nucleic acids (PNAs) not only have been demonstrated as molecules
exhibiting strong anti-miRNA activity, but also can be designed to mimic miRNA functions
when functionalized with cleavage moieties. In respect to therapeutic interventions, PNAs are of
great interest, since they are useful regulating gene expression, display high sequence-selectivity
and are very stable in biological fluids.
The general objectives of ONCOMIRNAPNAS are: (a) design and validation of PNAs targeting
oncomicroRNAs and metastamiRNAs; (b) development and biological validation of novel PNAbased molecules; (c) development of PNAs mimicking the biological activity of tumorsuppressor microRNAs. The ONCOMIRNAPNAS results are expected to develop protocols of
possible interest for the achievement of very important therapeutic goals for the treatment of
cancer.
4) Nell’anno 2005 la Dott.ssa Nicoletta Bianchi fa parte del gruppo vincitore di un
finanziamento per lo sviluppo del progetto “GENTECH-for-THAL”, finanziato dalla Regione
Emilia Romagna, dal Ministero del Lavoro e delle Politiche Sociali, dal Fondo Sociale Europeo,
promosso dal Consorzio Spinner di Bologna (Servizi per la promozione dell’Innovazione e della
Ricerca). Protocollo N°105/04; risultando assegnataria delle agevolazioni Spinner per persone
con “Idee Imprenditoriali Innovative e ad Alto Contenuto di Conoscenza. Il progetto ha
riguardato 1. “Ricerca e sviluppo di molecole ad azione terapeutica per la cura della talassemia
per industrie farmaceutiche” e 2. “Servizi di test biologici per la validazione di molecole prodotte
da altre imprese”.
5) Dal 2009 il gruppo di ricerca presso il quale la Dott.ssa Nicoletta Bianchi svolge la propria
attività di ricerca (gruppo del Prof. R. Gambari) fa parte di BioPharmaNet, una rete di laboratori
riconosciuta dalla Regione Emilia Romagna. BioPharmaNet svolge attività di ricerca ed
innovazione per l'industria, riunendo alte specializzazioni nei settori biotecnologico,
farmaceutico, genomico, della medicina rigenerativa e dell'e-health.
INCARICHI INFORMALI
L’attività della Dott.ssa Nicoletta Bianchi è rivolta anche a:
1) Organizzare e gestire le attività di laboratorio di dottorandi e/o laureandi del gruppo di
ricerca del Prof. Roberto Gambari.
2) Curare i rapporti con strutture ospedaliere nazionali come il Servizio di
Immunoematologia e Trasfusione S.I.T. ULSS 18 di Rovigo (Prof. Rocco Potenza); con la
Clinica Pediatrica I, Centro Sindrome di Down, Ospedale "Santa Chiara" di Pisa (Dott. C.
Favre e Dott. F. Massei); con Azienda Ospedaliera Università degli studi di Ferrara, Pediatria
Ospedaliera, sia per quanto riguarda lo sviluppo di progetti di ricerca nei quali tali strutture
sono coinvolte, sia per il recupero stesso dei materiali biologici impiegati per lo sviluppo di
prodotti (“farmaci”) e la messa a punto di protocolli per la cura della beta-talassemia e
dell’anemia falciforme. Quest’attività di ricerca è mirata all’attuazione di Trials Clinici, dei
quali è stata sottoposta richiesta di attivazione ai rispettivi comitati etici ospedalieri: il
Comitato etico dell’ospedale di Ferrara negli anni successivi al biennio 2008-2009 ha
approvato un Trial Clinico, mentre il Comitato Etico dell’ospedale di Rovigo ha espresso
parere positivo per l’utilizzo di sangue da pazienti affetti da talassemia per lo sviluppo di un
progetto Telethon.
La sottoscritta segue anche i rapporti con strutture ospedaliere straniere come il Department of
Hematology, Hadassah University Hospital, Ein-Kerem, Jerusalem Israel (Prof. E. Fibach), ed
Università straniere, quali il Department of Pediatric Hematology-Oncology, Weill Medical
College of Cornell University (Prof. S. Rivella e dott.ssa L. Breda), New York, NY USA.
3) E’ il Referente nel Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare per l’accesso
all’utilizzo di strumentazioni in saggi di PCR quantitativa, come l’ABI prism 7700
dell’Applied Biosystems e l’iQ5 della Bio-rad.
INCARICHI IN AMBITO UNIVERSITARIO FORMALMENTE CONFERITI
1) Risulta cultore della materia nell’SSD BIO/10, estratto del Consiglio di Facoltà di
FARMACIA del 10 Maggio 2006.
2) Negli anni dal 1993 al 2008:
è stata Correlatore nelle seguenti tesi di laurea:
2.1) "Isolamento di ciclolignani da Podofillina e trasformazione sintetica in analoghi dotati di
attività antitumorale in vitro"; laureando Cristiano Chiarabelli, A.A. 1997-1998 (corso di
laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari e Prof. P.G.
Baraldi).
2.2) "Induzione del differenziamento eritroide di cellule K562 con oligonucleotidi sintetici";
laureando Dino Martello, A.A. 1999-2000 (corso di laurea in Chimica e Tecnologia
Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.3) "Induzione dell'espressione dei geni -globinici in cellule K562 trattate con analoghi della
distamicina"; laureanda Silvia Bazzi, A.A. 1999-2000 (corso di laurea in Chimica e
Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.4) "Differenziamento eritroide utilizzando analoghi della distamicina: una posssibile
strategia terapeutica della -talassemia"; laureanda Alessandra Mangolini, A.A. 2000-2001
(corso di laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.5) "Effetti inibitori di oligonucleotidi sintetici ad attività decoy sul differenziamento
eritroide"; laureanda Monia Rui, A.A. 2001-2002 (corso di laurea in Chimica e Tecnologia
Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.6) "Induzione di mRNA per le -globine in precursori eritroidi umani trattati con
plicamicina"; laureanda Sonia Baraldo, A.A. 2001-2002 (corso di laurea in Chimica e
Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.7) "Attività biologica e stabilità di oligonucleotidi ad attività decoy"; laureanda Cristina
Zuccato, A.A. 2002-2003 (corso di laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, Relatore
Prof. R. Gambari).
E’ stata Secondo Relatore nelle seguenti tesi di laurea:
2.8) "Identificazione di geni espressi in modo differenziale in cellule staminali umane trattate
con “small molecules”: analisi per RT-PCR"; laureando Alessandro Polini, A.A. 2003-2004
(Corso di laurea in Biotecnologie Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.9) “Espressione dei geni per le globine in topi talassemici utilizzando la tenica della RTPCR quantitativa”; laureanda Barbara Salvaro, A.A. 2003-2004 (Corso di laurea in
Biotecnologie Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.10) “Induzione di emoglobina fetale in cellule eritroidi isolate da pazienti affetti da talassemia”; laureanda Stefania Spedo, A.A. 2003-2004 (Corso di laurea in Chimica e
Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.11) “Sequenziamento del gene per la -globina in pazienti affetti da -talassemia”;
laureanda Patrizia Longo, A.A. 2005-2006 (Corso di Laurea in Biotecnologie Mediche,
Relatore Prof. R. Gambari).
2.12) “Everolimus: un potente induttore del differenziamento eritroide in precursori isolati da
pazienti affetti da beta-Talassemia”; laureanda Chiara Danzo, A.A. 2005-2006 (Corso di
laurea in Chimica e Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
2.13) “Modulazione dell’espressione del gene codificante la gamma-globina con
Resveratrolo”; laureanda Elisa Baldo, A.A. 2006-2007 (Corso di laurea in Chimica e
Tecnologia Farmaceutiche, Relatore Prof. R. Gambari).
E’ stata Ringraziata nelle seguenti tesi di laurea:
2.14) “Sviluppo e caratterizzazione di modelli murini transgenici per lo studio di farmaci
utilizzabili nella terapia sperimentale della β talassemia”; laureanda Giovanna Stoppa, A.A.
2008-2009 (Corso di Laurea Specialistica in Biotecnologie Medico Farmaceutiche, I Relatore
Prof. R. Gambari, II Relatori G. Breveglieri ed A. Finotti).
2.15) “Sintesi e proprietà di PNA per la modulazione di micro-RNA”; dottorando Francesco
Pasquali, A.A. 2008-2009 (Corso di Laurea in Biotecnologie, Facoltà di Scienze
Matematiche, Fisiche e Naturali, Università degli Studi di Parma, Relatore Prof. R. Corradini,
Correlatori A. Manicardi).
2.16) “Sintesi di PNA anti-miR e loro uso nella regolazione dell’espressione genica”;
laureando Fabio Aimi, A.A. 2009-2010 (Corso di Laurea Specialistica in Biologia
Molecolare, Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche, Naturali, Università degli Studi di
Parma, Relatore Prof. R. Corradini, Relatore esterno Prof. R. Gambari, Correlatori A.
Manicardi).
2.17) “Studio dell’attività della mitramicina veicolata con micelle polimeriche in modelli
cellulari di beta-talassemia”; laureanda Chiara Manzalini, A.A.2010-2011 (Corso di Laurea in
Biotecnologie, Facoltà di Medicina e Chirurgia, Scienze Matematiche Fisiche e Naturali,
Farmacia, Università degli Studi di Ferrara, I Relatore Prof. R. Gambari, II Relatore Dott.ssa
Ilaria Lampronti, Correlatore Prof. Claudio Nastruzzi)
2.18) “Cellular and biomolecular technologies for stratification of beta-thalassemia patients:
applications in theranostics”; dottorando Lucia Carmela Cosenza, A.A. 2012-2014 (dottorato
in Biochimica Biologia Molecolare e Biotecnologie, Università degli Studi di Ferrara, Tutore
Prof. R. Gambari, II Relatore Dr. Nicoletta Bianchi).
3) Nel 2005-2006 è stata Coordinatore Gestionale dell’Unità Operativa diretta dal Prof.
Roberto Gambari del Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare, nell’ambito del
progetto ER-GenTech. Tale Laboratorio faceva parte della Rete “Alta Tecnologia dell’Emilia
Romagna”.
(www.ergentech.it/main.html),
poi
afferente
a
BioPharmaNet
(http://www.biopharmanet.eu/BPN_IT.php).
4) Dal 2003 e’ Responsabile Scientifico del ThalLab (Laboratorio di ricerca sulla terapia genica
e farmacogenomica della Talassemia) per quanto riguarda la sperimentazione pre-clinica su
colture eritroidi da pazienti affetti da beta-talassemia (http://www.talassemiaricerca.it/). Il
laboratorio è coordinato dal Prof. Roberto Gambari e finanziato dall'Associazione Veneta per la
Lotta alla Talassemia di Rovigo, della quale la Dott.ssa Nicoletta Bianchi faceva parte del
consiglio direttivo già dall’anno 2000.
5) E’ risultata tra il personale selezionato nella procedura “Top Performer 2010” con il profilo
di tecnico esperto di supporto alla ricerca e/o didattica dell’Università degli Studi di Ferrara.
ATTIVITÀ di DOCENZA DOCUMENTATA
Docente in due lezioni dal titolo " La PCR quantitativa" (1 ora+4 ore) nel CORSO DI
FORMAZIONE DI BIOTECNOLOGIE BIOMEDICHE - PRIMO LIVELLO RIVOLTO AL
PERSONALE DELL’AREA TECNICO-SCIENTIFICA E SOCIO-SANITARIA (Anno
2001), docenti coordinatori Prof. Roberto Gambari, Roberto Manservigi ed Elisa Calzolari.
Ferrara 2 Aprile 2015
La sottoscritta Nicoletta Bianchi, nata il 31 Gennaio 1968 a
Contarina (Rovigo) e residente in via G. Matteotti n° 10A,
44020 Codigoro (Ferrara)
AUTORIZZA
Il trattamento dei dati personali e professionali contenuti nel
suo curriculum vitae ai sensi dell’art. 13 del D.Lgs.196/2003,
relativo al “codice in materia dei dati personali”.
In fede
