PubMed - Uniurb • it

I.
II.
III.
introduzione
ricerche
salvataggio dei risultati e delle ricerche
[email protected] Biblioteca Scientifica Uniurb

Banca dati bibliografica biomedica accessibile gratuitamente
online, sviluppata dal National Center for Biotechnology
Information (NCBI) presso la NLM (National library of
medicine)

La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National Institute of Health ) punto
di riferimento per la ricerca medica degli Stati Uniti.
E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore biomedico a livello
mondiale



Copre i seguenti settori : medicina, infermieristica,
odontoiatria, medicina veterinaria, organizzazione sanitaria,
scienze precliniche
comprende: index medicus, international nursing index e
index to dental literature
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


1879: INDEX MEDICUS
1964: NASCE IL MEDLARS (Medical literature Analysis
and retrieval system)
1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE
1980 Riversamento in CD-ROM
1997: DAL MEDLINE AL PUBMED
(PUBlic MEDline)
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Formata da 4 archivi
 MEDLINE (principale):


citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH;
aggiornamento settimanale;
OLDMEDLINE:
con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH
PREMEDLINE (In Process citations)
per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ;
aggiornamento quotiniano

PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS
per citazioni ricevute via elettronica direttamente
dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo
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


ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze Database System)
sviluppato dal NCBI.
Sistema che collega e integra la banca dati bibliografica
Pubmed con altri archivi (db di sequenze di DNA e di
proteine, strutture 3D di proteine e dei loro domini,
informazioni tassonomiche)
Sistema che permette la ricerca e il recupero delle
informazioni di letteratura scientifica e di sequeze
molecolari contenute nei database collegati
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Esempio dall’ archivio bibliografico (fonte di informazione
secondaria)
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Accesso agli archivi disponibili
Una volta…
NUCLEOTIDE: sequenze di DNA
PROTEIN: sequenze di proteine
GENOME: dati su genoma
STRUCTURE : strutture a 3D
TAXONOMY
OMIM: catalogo dei geni umani e dei disordini
genetici
PMC (Pubmed central)
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Adesso…
Risorse disponibili
(raggruppate per argomento)
Guide alle ricerche
(suddivise per
argomento)

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
Entrez PubMed
Overview
Help | FAQ
Tutorials
New/Noteworthy
PubMed Services
Journals Database
MeSH Database
Single Citation
Matcher
Batch Citation
Matcher
Clinical Queries
Special Queries
LinkOut
My NCBI

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
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


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


Descrizione sommaria del pubmed
Descrizione dettagliata delle modalità di ricerca
Manuale interattivo
Aggiornamenti apportati
Consultazione delle riviste indicizzate
Consultazione dei descrittori
Verifica e controllo delle singole citazioni
bibliografiche
Verifica e controllo simultaneo di varie citazioni
per fare una ricerca su aspetti prestabiliti dal
sistema(terapia diagnosi eziologia e prognosi)
Collegamento a risrse esterne
Strumento per la memorizzazoine remota e
aggiornamento di ricerce
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

Related Resources
Order Documents

NLM Gateway
TOXNET
Consumer Health
Clinical Alerts

ClinicalTrials.gov





Per ordinare testo completa

Per effettuare ricerca simultanea su piu’ archivi

Link al Medline plus
Comprende le scoperte più significative in campo
biomedico non ancora pubblicate


Per accesso alle sperimentazioni cliniche finanziate
dalNIH

Per l’accesso all’archivio con testi completidi articoli
PubMed Central
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II. LA RICERCA
Titolo articolo
autore
Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine
n. Identificativo
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




Base dati è una collezione di dati organizzati in record
Ogni record è una citazione bibliografica
Record è un insieme di campi
Campo è un singolo specifico dato
Ogni campo è contraddistinto da etichette o TAG
importanti per effettuare ricerche mirate
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[AU] campo autore
[1AU] o [lastau] per primo o ultimo autore
[TI] campo titolo
[TA,JOUR] nome della rivista
[LA,LANG] lingua di pubblicazione dell’articolo
[MH,MESH] Mesh terms (soggetti)
[MAJR] descrittori che descrivono gli argomenti
principali del lavoro
[DP,PDAT] data di pubblicazione(A/M/G);
[EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G)
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[AB] abstract
[TIAB] per cercare contemporaneamente nel
nell’abstract
titolo e
[SO] riferimenti bibliografici
[PS] campo utile per ritrovare citazioni dove si parla di un
determinato autore
[PA] pharmacologica action per trovare sostanze con una certa
azione farmacologica
[SB] subset di appartenenza del record
-AIDS
-Bioethics
-Cancer
-History of medicine
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
Stopwords (articoli, congiunzioni…): trascrizione superflua

Troncamento: (*) si cercano le varianti che hanno radice in
comune

Operatori booleani: AND, OR, NOT
n.b. trascriverli in maiuscolo

“stringa”: cerca l’esatta stringa di ricerca

Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità
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


la maschera di ricerca consente di inserire liberamente i termini che
vengono così ricercati in tutti i campi.
Per una corretta strategia di ricerca è necessario inserire tutti i possibili
sinonimi, le abbreviazioni e le forme aggettivali di un termine
IMMUNOTOXICITY
immunotoxic
immunotoxicant
immunotoxicants
immunotoxicity

Se la radice e’ comune si può utilizzare il troncamento (*): ricerca fino a
600 parole poi messaggio

N.B.: Utile usare i limits ovvero i filtri per delimitare la ricerca a
determinati aspetti (tipo di pubblicazione- lingua di pubblicazione- fasce di età
– gruppo di studio – sesso del gruppo di studio – data di pubblicazione ecc.)
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
Digitare nel box di ricerca il cognome e l’iniziale del nome senza
punteggiatura: pubmed tronca la ricerca in modo da includere i
risultati con più iniziali del nome o con specifiche quali Jr o 2°

Per cercare un autore con il solo cognome usare il tag [au].
le citazioni dal 2002 in poi si possono cercare anche digitando il nome per
esteso (l’ordine di inserimento non ha importanza): rimarranno escluse
quelle antecedenti


Per una ricerca più precisa:
racchiudere tra virgolette (“) cognome ed iniziale del nome +
qualificatore del campo
“Jenkins M” [AU]
Oppure
Jenkins M@
Modo più semplice per cercare l’autore è usare l’advanced search che
aiuta tramite la funzione di autocompletamento
TAG utili : [AU]; [1AU]; [LASTAU]
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




#11 Search jenkins m
#12 Search "jenkins m“
#13 Search jenkins m [AU]
#18 Search "jenkins m" [AU]
#25 Search jenkins m@
936
936 (trova anche i collaboratori)
930
222
227 (trova anche i collaboratori)



Ricerca nel titolo e abstract è utile:
Per articoli recenti
Se il descrittore disponibile non è sufficientemente specifico
Bisogna però prevedere i possibili sinonimi, le abbreviazioni,
le varianti grafiche, le forme aggettivali verbali
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operatori booleani (in maiuscolo):




AND (intersezione) per recuperare documenti che
contengono entrambi i termini inseriti in ricerca
OR (unione) per recuperare documenti che contengono
almeno uno dei due termini
NOT per recuperare documenti che contengono solo il primo
termine di ricerca escludendo l’altro
N.B. anche con AND non sempre la ricerca è precisa
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

Racchiudere i termini fra virgolette o usare il tag [tw]
Ricerca in un sottoinsieme composto da un numero
limitato di frasi
Esempio:
- Breast tumours =
così trova i casi di tumore – non necessariamente al seno and ghiandola mammaria (145593)
- “breast tumours” = tumori al seno (1347)
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
Il sistema esegue la ricerca prendendo in esame i termini da
sinistra a destra
INTERFERONS AND HEPATITIS OR MELANOMA OR LEUKEMIA

Per forzare la sequenza di lettura: i termini tra parentesi
saranno processati per primi e successivamente incorporati
all’intera strategia di ricerca
INTERFERONS AND
(HEPATITIS OR MELANOMA OR LEUKEMIA)
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Thesaurus:


vocabolario controllato di termini utilizzati per descrivere
sinteticamente il contenuto dei documenti
ogni descrittore corrisponde in maniera univoca ad un concetto o ad
una classe di concetti
Vantaggi:

Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci affini

Precisione nella ricerca
Svantaggi:

Non si trovano record più recenti
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


Per ogni articolo vengono assegnati uno o più
descrittori
Per specificare meglio il soggetto o un aspetto (es:
pathology, drug therapy) di questo vengono inserite
sottodescrittori (subheadings) per ogni mesh
Per visualizzare le intestazioni scegliere il formato di
visualizzazione Medline
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Esempio di ricerca libera (termine di ricerca: BREAST CANCER)
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Utilizzando il tag [TIAB] avrei
perso questo record
Ma è utile per trovare articoli
“in process” e “as supplied by
publisher”
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1. Mediante l’uso del tag di campo [MESH]
N.B. Non è un descrittore (minor flessibilità)
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
Controllo del termine immesso:
se non presente vengono proposte voci simili o affini e le definizioni

Visualizzazione:
dei sinonimi (entry terms),
della struttura ad albero
delle sottointestazioni

Esplosione automatica (per i descrittori che nella struttura ad albero
hanno termini gerarchicamente inferiore): ricerca automatica sia del
singolo descrittore che degli altri termini in esso racchiusi. Per
escludere l’eplosione [MH:NOEXP]

Argomento principale (Major Topic)
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1
Filtri del sistema
PMC: archivio
di articoli fulltext
Definizione del
concetto
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History:
 archivio delle ricerche (max100), temporaneo (8 ore)
 Combinabili con operatori booleani
Advanced Search: index
 Permette di vedere e selezionare i soggetti o i termini
presenti nel DB in ordine alfabetico partendo dal
termine immesso (nelle parentesi il num. di record)
III.
I RISULTATI DELLA RICERCA
IV.
GESTIONE DEI DOCUMENTI




Lista in ordine cronologico inverso di inserimento nella
banca dati(dal più recente al meno recente)
Per visualizzarne uno cliccare sul titolo
Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e
cliccare su display dopo aver scelto il formato
Il formato automatico è il summary
Altri formati:
Abstract con ‘abstract ma non i mesh
Medline: con tutti i campi

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Links al full text
dell’editore e del PMC
= related articles
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TEMPORANEA:
Clipboard (= blocco appunti)
max 500 citazioni selezionate provenienti da una o più
ricerche. formato summary.
si svuota dopo 8 ore di inattività


PERMANENTE:
Send to file = salva fino a 10000 record alla volta in formato
.txt .
per salvare in html utilizzare il save as .html del browser
(N.B. ricordarsi di aumentare il num di citazioni per pag)
Send to collections (MyNcbi)
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Creare una URL con i termini di ricerca:
1. Effettuare la ricerca e cliccare in Advanced search
Details
2. Cliccare su URL sotto il Query Translation box
3. Dal browser creare il bookmark e rinominare
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 Utile per strategie che hanno dato ottimi risultati
 Occorre registrarsi (gratuita)
 Salva fino a 100 ricerche
 Permette aggiornamenti:
servizio che ripete periodicamente le ricerche e invia
i risultati alla mail data in fase di registrazione
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