HORNER David Stephen

ALLEGATO B
L’oggetto della mail con la quale si invia il presente curriculum deve avere il seguente format:
Codice concorso n. 2881
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO
Procedura di valutazione per la chiamata a professore II fascia da ricoprire ai sensi dell’art. 24, comma 6, della
Legge n. 240/2010 per il settore concorsuale 05/E2 - Biologia Molecolare,
(settore scientifico-disciplinare BIO/11 - Biologia Molecolare) presso il Dipartimento di Bioscienze,
Codice concorso 2881
David Stephen Horner
CURRICULUM VITAE
INFORMAZIONI PERSONALI
COGNOME
NOME
DATA DI NASCITA
HORNER
DAVID STEPHEN
12, Maggio, 1970
ATTIVITÀ DI RICERCA E PUBBLICAZIONI SCIENTIFICHE
SINTESI DELLE ATTIVITA DI RICERCA:
L’ATTIVITÀ DI RICERCA DEL DR. HORNER È INCENTRATA SU TEMATICHE DI GENOMICA E BIOINFORMATICA. UNA
CRESCENTE ATTENZIONE È DEDICATA ALLO SVILUPPO DI APPROCCI BIOINFORMATICI INNOVATIVI PER
L’INTERPRETAZIONE DI DATI DERIVANTI DA TECNOLOGIE DI SEQUENZIAMENTO AD ELEVATA EFFICIENZA (NEXT
GENERATION SEQUENCING, NGS) IN AMBITI QUALI L’ASSEMBLAGGIO DI NUOVI GENOMI, L’ANNOTAZIONE GENICA E LE
ANALISI DI ESPRESSIONE. IL DR. HORNER HA SVILUPPATO AMPIE COLLABORAZIONI SIA ALL’INTERNO CHE ALL’ESTERNO
DEL DIPARTIMENTO DI BIOSCIENZE (UNIMI) E INTERESSI CONSOLIDATI PER LA GENOMICA VEGETALE, ANIMALE A
MICROBICA. MANTIENE INOLTRE UN PARTICOLARE INTERESSE PER L’ADATTAMENTO DI APPROCCI BIOINFORMATICI
ESISTENTI A NUOVE APPLICAZIONI E LA RICOSTRUZIONE DI RELAZIONI EVOLUTIVE DI ORGANISMI E FAMIGLIE GENICHE.
ACCANTO ALLE SUE COMPETENZE DI BIOINFORMATICA, IL DR. HORNER POSSIEDE UN SOLIDO BACKGROUND DI
BIOLOGIA MOLECOLARE SPERIMENTALE ED È FERMAMENTE CONVINTO CHE L’APPLICAZIONE DELLE NUOVE TECNOLOGIE
A PROGETTI DI AMPIA SCALA RICHIEDA UNA STRETTA INTEGRAZIONE FRA APPROCCI SPERIMENTALI E BIOINFORMATICI,
DALLA FASE DI SVILUPPO FINO ALL’IMPLEMENTAZIONE E ALL’INTERPRETAZIONE DEI DATI. LE SUE PUBBLICAZIONI E I
SUOI INTERESSI SCIENTIFICI EVIDENZIANO L’AMPIO SPETTRO DI COMPETENZE MATURATE SUGLI APPROCCI SIA TEORICI
CHE SPERIMENTALI PROPRI DELLA GENOMICA E DEI CAMPI AD ESSA CORRELATI.
APPROCCI BIOINFORMATICI INNOVATIVI NEI CAMPI DELLA GENOMICA, GENOMICA COMPARATA E FILOGENESI:
IL DR. HORNER HA DIRETTO (IN QUALITÀ DI PRIMO AUTORE O CORRESPONDING AUTHOR) LO SVILUPPO DI NUOVI
APPROCCI BIOINFORMATICI PER:
a) PERFEZIONARE L’ASSEMBLAGGIO DE NOVO DI TRASCRITTOMI COMPLETI A PARTIRE DA DATI RNA-SEQ IN
MANCANZA DI SEQUENZE GENOMICHE DI RIFERIMENTO (6).
b) IDENTIFICARE (MEDIANTE MACHINE LEARNING) VARIANTI GENOMICHE STRUTTURALI DA DATI DI
RISEQUENZIAMENTO, AD ES. DERIVANTI DAL “1000 GENOMES PROJECT” (9).
c) IDENTIFICARE NUOVI GENI E RNA NON-CODIFICANTI DA PROFILI DI CONSERVAZIONE DI SEQUENZA FRA GENOMI
(21,22).
d) STIMARE LA VARIABLITÀ DI SITI AMINOACIDICI (31, 33) E SVILUPPARE PREDIZIONI SUI SITI STRUTTURALI DI
CONTATTO FRA AMINOACIDI (23) A PARTIRE DA ALLINEAMENTI DI SEQUENZE PROTEICHE OMOLOGHE.
e) COMBINARE APPROCCI RNA-SEQ E SMALLRNA-SEQ PER IDENTIFICARE GENI MIRNA E I RELATIVI TRASCRITTI
PRIMARI E PROFILI DI SPLICING (20).
HA INOLTRE COLLABORATO ALLO SVILUPPO DI METODI PER L’INDIVIDUAZIONE DI EVENTI DI EDITING DELL’RNA (13),
LO STUDIO DELL’EVOLUZIONE DEI PATTERN DI SPLICING ALTERATIVO (14), L’IDENTIFICAZIONE DI NUOVI GENI MIRNA
(7) E GENI NON-CODIFICANTI IN BATTERI (10), LA CATALOGAZIONE DI MOTIVI REGOLATIVI NELLE REGIONI NON
TRADOTTE DI MRNA EUCARIOTICI (15).
MANOSCRITTI IN PREPARAZIONE IN QUESTA AREA RIGUARDANO NUOVE STRATEGIE PER LA RICOSTRUZIONE DI SCAFFOLD
NELL’ASSEMBLAGGIO DI SEQUENZE GENOMICHE, E SOFTWARE PER STUDI DI METAGENOMICA FUNZIONALE.
IL DR. HORNER SI È ANCHE DEDICATO ALL’APPLICAZIONE DI METODOLOGIE BIOINFORMATICHE ESISTENTI A NUOVI
CONTESTI E HA IMPLEMENTATO APPROCCI PER IL CLUSTERING DI MOLECOLE DI INTERESSE FARMACEUTICO SULLA BASE
DEI RISPETTIVI EFFETTI FISIOLOGICI (19) E LO STUDIO DELL’EVOLUZIONE DI CLONI TUMORALI RESISTENTI A FARMACI
(5). E’ INFINE PRIMO AUTORE DI UNA REVIEW ALTAMENTE CITATA SUGLI APPROCCI BIOINFORMATICI PER LE ANALISI DI
DATI DI NEXT GENERATION SEQUENCING (16).
ASSEMBLAGGIO E ANNOTAZIONE DI GENOMI, ANALISI DI ESPRESSIONE
IL DR. HORNER È STATO RESPONSABILE DELL’ANNOTAZIONE DI MIRNA E ALTRI GENI NON-CODIFICANTI IN PRESTIGIOSI
PROGETTI INTERNAZIONALI PER IL SEQUENZIAMENTO DI GENOMI VEGETALI, CHE HANNO PRODOTTO PUBBLICAZIONI SU
RIVISTE DI ALTISSIMO PROFILO (4,28). GLI INTERESSI E LE COMPETENZE DEL DR. HORNER NELLA GENOMICA DEI
PROCESSI DI SVILUPPO VEGETALI SONO ULTERIORMENTE SOTTOLINEATI DA POSIZIONI DI SENIOR AUTHOR IN RECENTI
PUBBLICAZIONI RIGUARDANTI:
a)
I CAMBIAMENTI TRASCRITTOMICI ASSOCIATI AGLI STADI PRECOCI DELLO SVILUPPO FIORALE IN
ARABIDOPSIS THALIANA (1)
b)
IL TRASCRITTOMA DI STREPTOCARPUS REXII, UNA PIANTA MODELLO PER STUDI DI BIOLOGIA
DELLO SVILUPPO (3)
IN CAMPO VEGETALE, EGLI HA INOLTRE DATO SIGNIFICATIVI CONTRIBUTI A NUMEROSE ALTRE RICERCHE SU PROCESSI
METABOLICI O DI SVILUPPO DI RILEVANZA AGRONOMICA (6, 7, 12, 18, 36).
NEGLI ULTIMI ANNI, IL DR. HORNER E I SUOI COLLABORATORI AL DIPARTIMENTO DI BIOSCIENZE HANNO ASSEMBLATO,
ANNOTATO E ANALIZZATO NUMEROSI (>25) GENOMI DI BATTERI E FUNGHI DI INTERESSE MEDICO, INDUSTRIALE O
AGRONOMICO: IL PRIMO ARTICOLO DERIVANTE DA QUESTI STUDI È STATO RECENTEMENTE PUBBLICATO (2) E MOLTI
ALTRI SONO AL VAGLIO DI RIVISTE INTERNAZIONALI O IN FASE DI PREPARAZIONE.
IN AMBITO BIOMEDICO, IL DR. HORNER È ATTUALMENTE RESPONSABILE DELL’ANALISI DI DATI DI SEQUENZIAMENTO
NGS DI SMALLRNA PER LA CARATTERIZZAZIONE DELL’ESPRESSIONE DI MIRNA NELLA MALATTIA DI ALZHEIMER,
NELL’ALS, E IN MODELLI MURINI PER L’ATEROSCLEROSI. NELL’AMBITO DI UN PROGETTO SULLA LEUCEMIA INFANTILE,
È INOLTRE IMPEGNATO NELLA CARATTERIZZAZIONE DI RIARRANGIAMENTI GENOMICI A PARTIRE DA DATI DI
RISEQUENZIAMENTO.
“IN BIOLOGIA NIENTE HA SENSO SE NON ALLA LUCE DELL’EVOLUZIONE”: FILOGENESI MOLECOLARE E GENOMICA
COMPARATA
IL CAMPO DELLA RICERCA GENOMICA E IN PARTICOLARE DELLA GENOMICA COMPARATA È NATO - TRA LA FINE DEGLI
ANNI ‘80 E I PRIMI ANNI ’90 - QUANDO I PROGRESSI DELL’INFORMATICA, DELLA FILOGENESI MOLECOLARE E DELLE
TECNOLOGIE DI SEQUENZIAMENTO CONFLUIRONO A FORMARE UNA NUOVA AREA DI RICERCA. IL DR. HORNER HA
VISSUTO I SUOI ANNI FORMATIVI COME GIOVANE RICERCATORE ALL’EPICENTRO DI QUESTA RIVOLUZIONE: HA SVOLTO IL
SUO DOTTORATO SOTTO LA GUIDA DEL PROF. PAUL FARRELL, UNO DEI PROMOTORI DEL SEQUENZIAMENTO DEL
GENOMA DEL VIRUS EPSTEIN-BARR, E SUCCESSIVAMENTE COME POST-DOC AL NATURAL HISTORY MUSEUM DI LONDRA
SI È OCCUPATO DI EVOLUZIONE DELLA CELLULA EUCARIOTA NEL LABORATORIO DEL PROF. MARTIN EMBLEY –
ESPERIENZE CHE HANNO FORTEMENTE INFLUENZATO IL SUO SVILUPPO PROFESSIONALE.
NEI PRIMI ANNI COME POST-DOC, L’ATTIVITÀ DI RICERCA SI È CONCENTRATA SULL’ISOLAMENTO, LA
CARATTERIZZAZIONE E L’ANALISI DI SEQUENZE GENICHE DA PROTISTI AMITOCONDRIATI, CON L’OBIETTIVO DI
COMPRENDERE
L’ORIGINE
DEGLI
EUCARIOTI.
IN UNA SERIE DI LAVORI ALTAMENTE CITATI
(41,42,43,49,52,53,56,58), IL DR. HORNER HA IDENTIFICATO GENI MITOCONDRIALI DI ORIGINE ENDOSIMBIOTICA
NEI PROTISTI AMITOCONDRIATI, DIMOSTRANDO CHE L’ENDOSIMBIOSI MITOCONDRIALE HA PRECEDUTO LA DIVERGENZA
DEI GRUPPI DI EUCARIOTI ESISTENTI E FORZANDO UNA SOSTANZIALE RIVALUTAZIONE DELLA TEORIA ENDOSIMBIOTICA
CLASSICA. I SUOI RISULTATI SULLA CARATTERIZZAZIONE DI GENI COINVOLTI NEL METABOLISMO ENERGETICO DI QUESTI
ORGANISMI (39,44,45,46,47,48,50,51,57) HANNO STIMOLATO IL DR. HORNER (37,38) E ALTRI AUTORI A
FORMULARE NUOVE INFLUENTI IPOTESI CIRCA L’ORIGINE DEGLI EUCARIOTI.
DAL SUO TRASFERIMENTO IN ITALIA NEL 2002, E IN PARALLELO ALLA MATURAZIONE DELLA SUA PASSIONE PER LA
GENOMICA CONTEMPORANEA, IL DR. HORNER HA MANTENUTO IL SUO INTERESSE PER LA FILOGENESI MOLECOLARE, SIA
PER QUANTO RIGUARDA L’ORIGINE E GLI ADATTAMENTI EVOLUTIVI DEI MITOCONDRI (11,25,30,32,34), CHE PER LE
APPLICAZIONI DELLE METODOLOGIE DI ANALISI FILOGENETICA ALLA SOLUZIONE DI DIVERSE QUESTIONI BIOLOGICHE ED
EVOLUTIVE (8,12,17,18,24,26,29,31).
PUBBLICAZIONI SCIENTIFICHE (ELENCO COMPLETO)
PUBBLICAZIONI IN “INTERNATIONAL PEER-REVIEWED JOURNALS”:
* SIGNIFICA DSH È CORRESPONDING AUTHOR, PER PUBLICAZIONI “PRESENTATE” UNA BREVE SINTESI DEL LAVORO
E IL CONTRIBUTO DI DSH È PRESENTATO. CONTI DI CITAZIONI DERIVANO DA SCOPUS. PER N 20, CITAZIONI
SONO LA SOMMA DI QUELLI ASSOCIATI CON LA PUBLICAZIONE ORIGINALE E UNA VERSIONE “CORETTA” (ERRORI
DALLA PARTE DI UNA DITTA DI SEQUENZIAMENTO).
1)
MANTEGAZZA O, GREGIS V, CHIARA M, SELVA C, LEO G, HORNER DS*, KATER MM. (2014) GENE
COEXPRESSION PATTERNS DURING EARLY DEVELOPMENT OF THE NATIVE ARABIDOPSIS REPRODUCTIVE MERISTEM:
NOVEL CANDIDATE DEVELOPMENTAL REGULATORS AND PATTERNS OF FUNCTIONAL REDUNDANCY. PLANT J. 79:86177. DOI: 10.1111/TPJ.12585.
CITATIONS: 0
IMPACT FACTOR: 6.815
DSH IS CORRESPONDING AUTHOR, DRAFTED LARGE PARTS OF THE MANUSCRIPT, DESIGNED NOVEL ALGORITHMIC
APPROACHES TO INTEGRATE PHYLOGENETIC AND EXPRESSION DATA TO PREDICT PATTERNS OF FUNCTIONAL
REDUNDANCY OF GENES.
2)
CHIARA M, D'ERCHIA AM, MANZARI C, MINOTTO A, MONTAGNA C, ADDANTE N, SANTAGADA G,
LATORRE L, PESOLE G, HORNER DS*, PARISI A. (2014) DRAFT GENOME SEQUENCES OF SIX LISTERIA
MONOCYTOGENES STRAINS ISOLATED FROM DAIRY PRODUCTS FROM A PROCESSING PLANT IN SOUTHERN ITALY.
GENOME ANNOUNC. 2: PII: E00282-14. DOI: 10.1128/GENOMEA.00282-14.
CITATIONS: 0
IMPACT FACTOR: NA
3)
HUSSIEN A, TAVAKOL E, HORNER DS, MUÑOZ-AMATRIAÍN M, MUEHLBAUER GJ, ROSSINI L
(2014) GENETICS OF TILLERING IN RICE AND BARLEY. THE PLANT GENOME 7 DOI:
10.3835/PLANTGENOME2013.10.0032
CITATIONS: 1
IMPACT FACTOR: 2.46
4)
INTERNATIONAL PEACH GENOME INITIATIVE, VERDE I, ABBOTT AG, SCALABRIN S, JUNG S, SHU S,
MARRONI F, ZHEBENTYAYEVA T, DETTORI MT, GRIMWOOD J, CATTONARO F, ZUCCOLO A, ROSSINI
L, JENKINS J, VENDRAMIN E, MEISEL LA, DECROOCQ V, SOSINSKI B, PROCHNIK S, MITROS T,
POLICRITI A, CIPRIANI G, DONDINI L, FICKLIN S, GOODSTEIN DM, XUAN P, DEL FABBRO C, ARAMINI
V, COPETTI D, GONZALEZ S, HORNER DS, FALCHI R, LUCAS S, MICA E, MALDONADO J, LAZZARI B,
BIELENBERG D, PIRONA R, MICULAN M, BARAKAT A, TESTOLIN R, STELLA A, TARTARINI S, TONUTTI
P, ARÚS P, ORELLANA A, WELLS C, MAIN D, VIZZOTTO G, SILVA H, SALAMINI F, SCHMUTZ J,
MORGANTE M, ROKHSAR DS. (2013) THE HIGH-QUALITY DRAFT GENOME OF PEACH (PRUNUS PERSICA)
IDENTIFIES UNIQUE PATTERNS OF GENETIC DIVERSITY, DOMESTICATION AND GENOME EVOLUTION. NATURE GENETICS
45: 487-94. DOI: 10.1038/NG.2586.
CITATIONS: 59
IMPACT FACTOR: 29.648
DSH WAS RESPONSIBLE FOR ANNOTATION OF MIRNA AND OTHER NON-CODING RNA GENES IN THE PEACH GENOME,
CONTRIBUTED TO DRAFTING THE MANUSCRIPT AND REVIEWED ENGLISH LANGUAGE USAGE.
5)
SOVERINI S, DE BENEDITTIS C, MACHOVA POLAKOVA K, BROUCKOVA A, HORNER D, IACONO M,
CASTAGNETTI F, GUGLIOTTA G, PALANDRI F, PAPAYANNIDIS C, IACOBUCCI I, VENTURI C,
BOCHICCHIO MT, KLAMOVA H, CATTINA F, RUSSO D, BRESCIANI P, BINOTTO G, GIANNINI B,
KOHLMANN A, HAFERLACH T, ROLLER A, ROSTI G, CAVO M, BACCARANI M, MARTINELLI G. (2013)
UNRAVELING THE COMPLEXITY OF TYROSINE KINASE INHIBITOR-RESISTANT POPULATIONS BY ULTRA-DEEP SEQUENCING
OF THE BCR-ABL KINASE DOMAIN. BLOOD 122: 1634-48. DOI: 10.1182/BLOOD-2013-03-487728.
CITATIONS: 15
IMPACT FACTOR: 9.775
DSH RECONSTRUCTED BCR-ABL HAPLOTYPES FROM DEEP SEQUENCING DATA, PERFORMED AND INTERPRETED
PHYLOGENETIC ANALYSES (REVEALING UNEXPECTED PATTERNS OF EMERGENCE OF DRUG-RESISTANCE CLONES), AND
CONTRIBUTED TO DRAFTING OF THE MANUSCRIPT.
6)
CHIARA M, HORNER DS*, SPADA A. (2013) DE NOVO ASSEMBLY OF THE TRANSCRIPTOME OF THE NONMODEL PLANT STREPTOCARPUS REXII EMPLOYING A NOVEL HEURISTIC TO RECOVER LOCUS-SPECIFIC TRANSCRIPT
CLUSTERS. PLOS ONE. 8:E80961. DOI: 10.1371/JOURNAL.PONE.0080961. ECOLLECTION 2013.
CITATIONS: 1
IMPACT FACTOR: 3.534
DSH DESIGNED AND COORDINATED EXPERIMENTAL STRATEGIES, DEVELOPED ALGORITHMIC APPROACHES,
CONTRIBUTED TO BIOINFORMATICS ANALYSES AND DRAFTED THE MANUSCRIPT. THIS WORK BOTH PROVIDES A BASIS
FOR ONGOING STUDIES DIRECTED AT UNDERSTANDING THE MOLECULAR BASIS FOR THE DEVELOPMENTAL
PECULIARITIES OF STREPTOCARPUS AND DEMONSTRATES THE GENERAL EFFICACY OF A NOVEL STRATEGY FOR
GENERATING UNIGENE LIKE CLUSTERS IN THE ABSENCE OF A REFERENCE GENOME SEQUENCE.
7)
BERTOLINI E, VERELST W, HORNER DS, GIANFRANCESCHI L, PICCOLO V, INZÉ D, PÈ ME, MICA
E. (2013) ADDRESSING THE ROLE OF MICRORNAS IN REPROGRAMMING LEAF GROWTH DURING DROUGHT STRESS IN
BRACHYPODIUM DISTACHYON. MOL PLANT. 6: 423-43. DOI: 10.1093/MP/SSS160.
CITATIONS: 8
IMPACT FACTOR: 4.072
8)
BARONI S, MILANI M, PANDINI V, PAVESI G, HORNER D, ALIVERTI A. (2012) IS RENALASE A NOVEL
PLAYER IN CATECHOLAMINERGIC SIGNALING? THE MYSTERY OF THE CATALYTIC ACTIVITY OF AN INTRIGUING NEW
FLAVOENZYME. CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN. 31: PII: CPD-EPUB-20121031-3
CITATIONS: 4
IMPACT FACTOR: 3.78
9)
CHIARA M, PESOLE G, HORNER DS* (2012) SVM2: AN IMPROVED PAIRED-END-BASED TOOL FOR THE
DETECTION OF SMALL GENOMIC STRUCTURAL VARIATIONS USING HIGH-THROUGHPUT SINGLE-GENOME RESEQUENCING
DATA. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. 40: E145. DOI: 10.1093/NAR/GKS606.
CITATIONS: 2
IMPACT FACTOR: 8.026
DSH CONCEIVED AND COORDINATED THE WORK, CONTRIBUTED TO ALGORITHMIC DESIGN AND DRAFTED THE
MANUSCRIPT. THE WORK DEMONSTRATES THAT THE ANALYSIS OF MULTIPLE INDICATORS OF RESEQUENCING READ
MAPPING PATTERNS BY SUPPORT VECTOR MACHINE CAN DRAMATICALLY IMPROVE THE DETECTION OF GENOMIC
STRUCTURAL VARIATIONS, PARTICULARLY IN REPETITIVE PARTS OF THE GENOME THAT ARE RELATIVELY INACCESSIBLE
TO EARLIER METHODOLOGIES.
10) FERRARA S, BRUGNOLI M, DE BONIS A, RIGHETTI F, DELVILLANI F, DEHÒ G, HORNER D, BRIANI
F, BERTONI G. (2012) COMPARATIVE PROFILING OF PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAINS REVEALS DIFFERENTIAL
EXPRESSION OF NOVEL UNIQUE AND CONSERVED SMALL RNAS. PLOS ONE. 7:E36553. DOI:
10.1371/JOURNAL.PONE.0036553
CITATIONS: 7
IMPACT FACTOR: 4.092
11) SASSERA D, LO N, EPIS S, D'AURIA G, MONTAGNA M, COMANDATORE F, HORNER D, PERETÓ J,
LUCIANO AM, FRANCIOSI F, FERRI E, CROTTI E, BAZZOCCHI C, DAFFONCHIO D, SACCHI L, MOYA A,
LATORRE A, BANDI C. (2011) PHYLOGENOMIC EVIDENCE FOR THE PRESENCE OF A FLAGELLUM AND CBB(3)
OXIDASE IN THE FREE-LIVING MITOCHONDRIAL ANCESTOR. MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 28:3285-96.
DOI:10.1093/MOLBEV/MSR159
CITATIONS: 19
IMPACT FACTOR: 5.55
DSH CONTRIBUTED TO GENOME ASSEMBLY, PERFORMED PHYLOGENETIC ANALYSES AND CONTRIBUTED TO DRAFTING
THE MANUSCRIPT. THIS STUDY PROVIDES EVIDENCE THAT THE ORIGINAL MITOCHONDRIAL SYMBIONT CONTAINED
UNEXPECTED METABOLIC CAPACITIES AND MAY HAVE BEEN FLAGELLATE, OPENING A NOVEL POSSIBILITY FOR THE
MECHANISM UNDERLYING THE INVASION OF THE PROTOEUKAYOTIC CELL BY MITOCHONDRIA IN THE ABSENCE OF
ENDOCYTOSIS.
12)
S. ANTONACCI, A. NATALINI, G. CABASSI, HORNER D., A. FERRANTE (2011). CLONING AND GENE
EXPRESSION ANALYSIS OF THE PHOSPHOLIPASE C IN WOUNDED SPINACH LEAVES DURING POSTHARVEST STORAGE.
POSTHARVEST
BIOLOGY
AND
TECHNOLOGY
59:
43-52,
ISSN:
0925-5214,
DOI:
10.1016/J.POSTHARVBIO.2010.07.007
CITATIONS: 4
IMPACT FACTOR: 2.411
13)
E. PICARDI, HORNER D., M. CHIARA, R. SCHIAVON, G. VALLE, G. PESOLE (2010). LARGE-SCALE
DETECTION AND ANALYSIS OF RNA EDITING IN GRAPE MTDNA BY RNA DEEP-SEQUENCING. NUCLEIC ACIDS RESEARCH
38:4755-4767, ISSN: 0305-1048, DOI: 10.1093/NAR/GKQ202
CITATIONS: 49
IMPACT FACTOR: 7.836
DSH RECONSTRUCTED THE GRAPEVINE MITOCHONDRIAL GENOME SEQUENCE, CONTRIBUTED TO ALGORITHMIC DESIGN
AND PARAMETERIZATION, DATA ANALYSIS AND DRAFTING THE MANUSCRIPT. THE PAPER INTRODUCES NOVEL AND
ACCURATE APPROACHES TO THE COMPREHENSIVE DETECTION TO PATTERNS OF RNA EDITING IN PLANT
MITOCHONDRIAL GENOMES, UNCOVERING NUMEROUS, CONSERVED AND LINEAGE SPECIFIC EDITING EVENTS WHICH
WERE SUBSEQUENTLY VALIDATED BY DIRECT APPROACHES.
14)
F. ZAMBELLI, G. PAVESI, C. GISSI, HORNER D., G. PESOLE (2010). ASSESSMENT OF ORTHOLOGOUS
BMC GENOMICS, 11: 534, ISSN 1471-2164,
SPLICING ISOFORMS IN HUMAN AND MOUSE ORTHOLOGOUS GENES.
DOI: DOI:10.1186/1471-2164-11-534
CITATIONS: 8
IMPACT FACTOR: 4.206
15) G. GRILLO, A. TURI, F. LICCIULLI, F. MIGNONE, S. LIUNI, S. BANFI, V.A. GENNARINO, HORNER
D., G. PAVESI, E. PICARDI, G. PESOLE (2010). UTRDB AND UTRSITE (RELEASE 2010): A COLLECTION OF
SEQUENCES AND REGULATORY MOTIFS OF THE UNTRANSLATED REGIONS OF EUKARYOTIC MRNAS. NUCLEIC ACIDS
RESEARCH 38: D75-D80, ISSN: 0305-1048, DOI: 10.1093/NAR/GKP902
CITATIONS: 89
IMPACT FACTOR: 7.836
16) HORNER D., G. PAVESI, T. CASTRIGNANÒ, P. DE MEO, S. LIUNI, M. SAMMETH, E. PICARDI, G.
PESOLE (2010). BIOINFORMATICS APPROACHES FOR GENOMICS AND POST GENOMICS APPLICATIONS OF NEXTGENERATION SEQUENCING. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 11:181-197, ISSN: 1467-5463, DOI:
10.1093/BIB/BBP046
CITATIONS: 59
IMPACT FACTOR: 5.202
DSH COORDINATED THE WORK AND WROTE THE MAJORITY OF THE MANUSCRIPT FOR THIS WIDELY CITED REVIEW ON
ALGORITHMIC APPROACHES FOR THE ANALYSIS OF NEXT GENERATION SEQUENCING DATA.
17) MOLERI S, CAPPELLANO G, GAUDENZI G, CERMENATI S, COTELLI F, HORNER D., BELTRAME M
(2010). THE HMGB PROTEIN GENE FAMILY IN ZEBRAFISH: EVOLUTION AND EMBRYONIC EXPRESSION PATTERNS.
GENE EXPRESSION PATTERNS 11: 3-11 ISSN: 1567-133X
CITATIONS: 11
IMPACT FACTOR: 2.052
18) OSNATO M, STILE MR, WANG Y, MEYNARD D, CURIALE S, GUIDERDONI E, LIU Y, HORNER D.,
OUWERKERK PB, POZZI C, MÜLLER KJ, SALAMINI F, ROSSINI L (2010). CROSS-TALK BETWEEN THE KNOX
AND ETHYLENE PATHWAYS IS MEDIATED BY INTRON-BINDING TRANSCRIPTION FACTORS IN BARLEY. PLANT
PHYSIOLOGY 154: 1616-1632, ISSN: 1532-2548
CITATIONS: 8
IMPACT FACTOR: 6.451
19) RANDO G, HORNER D., BISERNI A, RAMACHANDRAN B, CARUSO D, CIANA P, KOMM B, MAGGI A
(2010). AN INNOVATIVE METHOD TO CLASSIFY SERMS BASED ON THE DYNAMICS OF ESTROGEN RECEPTOR
TRANSCRIPTIONAL ACTIVITY IN LIVING ANIMALS. MOLECULAR ENDOCRINOLOGY 24: 735-744, ISSN: 0888-8809
CITATIONS: 11
IMPACT FACTOR: 4.889
DSH CONTRIBUTED TO THE DEVELOPMENT OF DESCRIPTORS OF SELECTIVE ESTROGEN RECEPTOR MODULATOR
(SERM) KINETICS AND IMPLEMENTED DISTANCE MEASURES AND PHENETIC CLUSTERING STRATEGIES AS WELL AS
DRAFTING SECTIONS OF THE MANUSCRIPT. THE PAPER DEMONSTRATES THAT THE APPROACH EMPLOYED
RECAPITULATES RELATIONSHIPS BETWEEN MOLECULAR STRUCTURES OF SERMS, IMPLYING THAT KINETICS OF ACTION
OF CANDIDATE SERMS MIGHT BE PREDICTED FROM THEIR STRUCTURAL CHARACTERISTICS.
20) E. MICA, V. PICCOLO, M. DELLEDONNE, A. FERRARINI, M. PEZZOTTI, C. CASATI, C. DEL
FABBRO, G. VALLE, A. POLICRITI, M. MORGANTE, G. PESOLE, M.E. PÈ, HORNER D.* (2009). HIGH
THROUGHPUT APPROACHES REVEAL SPLICING OF PRIMARY MICRORNA TRANSCRIPTS AND TISSUE SPECIFIC EXPRESSION
OF MATURE MICRORNAS IN VITIS VINIFERA. BMC GENOMICS 10: 558, ISSN: 1471-2164, DOI: 10.1186/14712164-10-558
CITATIONS: 34
IMPACT FACTOR: 3.759
DSH CONCEIVED AND COORDINATED THE STUDY, DESIGNED AND PERFORMED BIOINFORMATICS ANALYSES AND
DRAFTED THE MANUSCRIPT. THE WORK REVEALS TISSUE SPECIFIC EXPRESSION PATTERNS OF NUMEROUS MIRNAS IN
GRAPEVINE AND SHOWS, THAT RNA-SEQ DATA CAN BE USED TO CHARACTERIZE COMPLEX PATTERNS OF SPLICING AND
ALTERNATIVE SPLICING OF PRIMARY MIRNA TRANSCRIPTS OF PLANTS.
21)
M. RÈ, G. PESOLE, HORNER D.* (2009). ACCURATE DISCRIMINATION OF CONSERVED CODING AND NONCODING REGIONS THROUGH MULTIPLE INDICATORS OF EVOLUTIONARY DYNAMICS. BMC BIOINFORMATICS 10:282,
ISSN: 1471-2105, DOI: 10.1186/1471-2105-10-282
CITATIONS: 2
IMPACT FACTOR: 3.428
DSH CONCEIVED AND COORDINATED THE STUDY, DEVELOPED INDICATORS OF EVOLUTIONARY DYNAMICS, ANALYZED
DATA AND DRAFTED THE MANUSCRIPT. THE WORK PROVIDES A NOVEL AND HIGHLY SENSITIVE APPROACH FOR THE
PREDICTION OF CODING REGIONS FROM SEQUENCE ALIGNMENTS IN THE ABSENCE OF A-PRIORI EVIDENCE FOR
EXPRESSION OR PRESENCE OF HOMOLOGY TO KNOWN PROTEIN DOMAINS. IN CONJUNCTION WITH EXPRESSION DATA
THE APPROACH CAN BE USED TO DIFFERENTIATE BETWEEN CODING AND NON-CODING RNAS.
22) T.M. CREANZA, HORNER D., A. D'ADDABBO, R. MAGLIETTA, F. MIGNONE, N. ANCONA, G.
PESOLE (2009). STATISTICAL ASSESSMENT OF DISCRIMINATIVE FEATURES FOR PROTEIN-CODING AND NON CODING
CROSS-SPECIES CONSERVED SEQUENCE ELEMENTS. BMC BIOINFORMATICS 10:S6-S2, ISSN: 1471-2105, DOI:
10.1186/1471-2105-10-S6-S2
CITATIONS: 1
IMPACT FACTOR: 3.428
23)
HORNER D., W. PIROVANO, G. PESOLE (2008). CORRELATED SUBSTITUTION ANALYSIS AND THE
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS 9:46-56, ISSN: 1467-5463,
PREDICTION OF AMINO ACID STRUCTURAL CONTACTS.
DOI: 10.1093/BIB/BBM052
CITATIONS: 32
IMPACT FACTOR: 4.627
DSH COORDINATED THE STUDY, DEVELOPED ALGORITHMIC APPROACHES, CONTRIBUTED TO DATA ANALYSIS AND
DRAFTED THE MANUSCRIPT. THE WORK REVIEWS AND EVALUATES PREVIOUS EFFORTS TO DETECT CLUSTERS OF AMINO
ACIDS WITHIN SINGLE PROTEINS THAT EVOLVE NON-INDEPENDENTLY (UNDER SHARED PROTEIN-STRUCTURAL OR
FUNCTIONAL CONSTRAINTS). A NOVEL METHOD TO INCORPORATE PHYLOGENETIC RELATEDNESS INTO IDENTIFICATION
OF NON-INDEPENDENT PAIRS AND CLUSTERS OF AMINO-ACIDS IS INTRODUCED.
24)
J. INTRA, G. PAVESI, HORNER D. (2008). PHYLOGENETIC ANALYSES SUGGEST MULTIPLE CHANGES OF
20 FAMILY. BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 8:214, ISSN:
SUBSTRATE SPECIFICITY WITHIN THE GLYCOSYL HYDROLASE
1471-2148, DOI: 10.1186/1471-2148-8-214
CITATIONS: 16
IMPACT FACTOR: 4.09
25) ANDERSSON JO, SJOGREN AM, HORNER D., MURPHY CA, DYAL PL, SVARD SG, LOGSDON JM JR,
RAGAN MA, HIRT RP, ROGER AJ (2007). A GENOMIC SURVEY OF THE FISH PARASITE SPIRONUCLEUS
SALMONICIDA INDICATES GENOMIC PLASTICITY AMONG DIPLOMONADS AND SIGNIFICANT LATERAL GENE TRANSFER IN
EUKARYOTE GENOME EVOLUTION. BMC GENOMICS 8:51, ISSN: 1471-2164
CITATIONS: 47
IMPACT FACTOR: 4.18
26)
HORNER D., LEFKIMMIATIS K, REYES A, GISSI C, SACCONE C, PESOLE G (2007). PHYLOGENETIC
ANALYSES OF COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME SEQUENCES SUGGEST A BASAL DIVERGENCE OF THE ENIGMATIC
RODENT ANOMALURUS. BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 7:16, ISSN: 1471-2148
CITATIONS: 29
IMPACT FACTOR: 4.09
DSH PERFORMED PHYLOGENETIC AND MOLECULAR CLOCK ANALYSES AND DRAFTED THE MANUSCRIPT. THE PAPER
PROVIDES NEW INSIGHT INTO BASAL PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS AMONG RODENTS, CHALLENGING EXISTING
HYPOTHESES AND DEMONSTRATING ACCELERATION OF EVOLUTIONARY RATES IN SEVERAL LINEAGES.
27)
INTRA J, PEROTTI ME, PAVESI G, HORNER D. (2007). COMPARATIVE AND PHYLOGENETIC ANALYSIS OF
GENE 392: 34-46, ISSN: 0378-1119
ALPHA-L-FUCOSIDASE GENES.
CITATIONS: 10
IMPACT FACTOR: 2.87
28) JAILLON O, AURY JM, NOEL B, POLICRITI A, CLEPET C, CASAGRANDE A, CHOISNE N, AUBOURG
S, VITULO N, JUBIN C, VEZZI A, LEGEAI F, HUGUENEY P, DASILVA C, HORNER D., MICA E, JUBLOT D,
POULAIN J, BRUYERE C, BILLAULT A, SEGURENS B, GOUYVENOUX M, UGARTE E, CATTONARO F,
ANTHOUARD V, VICO V, DEL FABBRO C, ALAUX M, DI GASPERO G, DUMAS V, FELICE N, PAILLARD S,
JUMAN I, MOROLDO M, SCALABRIN S, CANAGUIER A, LE CLAINCHE I, MALACRIDA G, DURAND E,
PESOLE G, LAUCOU V, CHATELET P, MERDINOGLU D, DELLEDONNE M, PEZZOTTI M, LECHARNY A,
SCARPELLI C, ARTIGUENAVE F, PE ME, VALLE G, MORGANTE M, CABOCHE M, ADAM-BLONDON AF,
WEISSENBACH J, QUETIER F, WINCKER P, FRENCH-ITALIAN PUBLIC CONSORTIUM FOR GRAPEVINE
GENOME CHARACTERIZATION (2007). THE GRAPEVINE GENOME SEQUENCE SUGGESTS ANCESTRAL
HEXAPLOIDIZATION IN MAJOR ANGIOSPERM PHYLA. NATURE 449:463-467, ISSN: 0028-0836
CITATIONS: 1077
IMPACT FACTOR: 28.751
DSH ANNOTATED MIRNA AND OTHER NON-CODING RNA GENES, PERFORMED COMPARATIVE GENOMICS ANALYSES AND
CONTRIBUTED TO THE DRAFTING OF THE MANUSCRIPT. IN ADDITION, DSH WAS INVOLVED IN THE ORGANIZATION AND
COORDINATION OF THE FRENCH-ITALIAN PUBLIC CONSORTIUM FOR GRAPEVINE GENOME
CHARACTERIZATION FROM ITS INCEPTION. BEYOND ITS SIGNIFICANCE TO VITICULTURE, THIS HIGHLY INFLUENTIAL
PAPER RESOLVED MANY IMPORTANT UNCERTAINTIES REGARDING THE MODE OF GENOME EVOLUTION IN ANGIOSPERMS.
29)
CHAN KW, VAN DER GIEZEN M, SLOTBOOM D, HORNER D., KUNJII E, EMBLEY TM (2005). A
ENTAMOEBA
NOVEL ADP/ATP TRANSPORTER IN THE MITOSOME OF THE MICROAEROPHILIC HUMAN PARASITE
HISTOLYTICA. CURRENT BIOLOGY 15: 737-742, ISSN: 0960-9822
CITATIONS: 47
IMPACT FACTOR: 11.73
30)
HAMPL V, HORNER D., DYAL P, KULDA J, FLEGR J, FOSTER P.G, EMBLEY T.M (2005). INFERENCE
OF THE PHYLOGENETIC POSITION OF OXYMONADS BASED ON NINE GENES: SUPPORT FOR METAMONADA AND EXCAVATA.
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 22: 2508-2518, ISSN: 0737-4038
CITATIONS: 42
IMPACT FACTOR: 6.233
31)
HORNER D., PESOLE G (2004). PHYLOGENETIC ANALYSES: A BRIEF INTRODUCTION TO METHODS AND
REVIEW OF MOLECULAR DIAGNOSTICS 4:339-350, ISSN: 1473-7159
THEIR APPLICATION. EXPERT
CITATIONS: 4
IMPACT FACTOR: 3.4
32) L PUTIGNANI. A TAIT, HORNER D., J TOVAR, L TEITLEY HV SMITH AND JM WASTLING (2004).
CHARACTERIZATION OF A MITOCHONDRION-LIKE ORGANELLE IN CRYPTOSPORIDIUM PARVUM. PARASITOLOGY 129:118, ISSN: 0031-1820
CITATIONS: 32
IMPACT FACTOR: 1.685
33)
MIGNONE F, HORNER D., PESOLE G (2004). WEBVAR: A RESOURCE FOR THE RAPID ESTIMATION OF
RELATIVE SITE VARIABILITY FROM MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS. BIOINFORMATICS 8; 1331-1333, ISSN: 13674803
CITATIONS: 1
IMPACT FACTOR: 5.742
34) EMBLEY TM, VAN DER GIEZEN M, HORNER D., DYAL PL, BELL S, FOSTER PG (2003).
HYDROGENOSOMES, MITOCHONDRIA AND EARLY EUKARYOTE EVOLUTION. IUBMB LIFE 55:378-395, ISSN: 15216543
CITATIONS: 77
IMPACT FACTOR: 2.348
35)
HORNER D., G. PESOLE (2003). THE ESTIMATION OF RELATIVE SITE VARIABILITY AMONG ALIGNED
BIOINFORMATICS 19: 600-606, ISSN: 1367-4803
HOMOLOGOUS PROTEIN SEQUENCES.
CITATIONS: 11
IMPACT FACTOR: 6.701
36) L PARENICOVA, S DE FOLTER, M KIEFFER, HORNER D., C FAVALLI, HE COOK, RM INGRAM, M
KATER, B DAVIES, G ANGENENT, L COLOMBO (2003). MOLECULAR AND PHYLOGENETIC ANALYSES OF THE
COMPLETE MADS-BOX TRANSCRIPTION FACTOR FAMILY IN ARABIDOPSIS. PLANT CELL 15:1538-1551, ISSN:
1040-4651
CITATIONS: 284
IMPACT FACTOR: 10.679
DSH PERFORMED AND INTERPRETED ALL PHYLOGENETIC ANALYSES AND CONTRIBUTED TO DRAFTING OF THE
MANUSCRIPT. THE PAPER PRESENTS THE PHYLOGENY AND EXPRESSION PATTERNS OF THE COMPLETE MADS-BOX
TRANSCRIPTION FACTOR FAMILY IN ARABIDOPSIS (> 120 GENES). BEYOND BEING THE AUTHORITATIVE REFERENCE ON
THE SUBJECT, IT HAS BECOME SOMETHING OF A MODEL, INFORMING THE ANALYTICAL STRATEGY AND LAYOUT OF
NUMEROUS OTHER WORKS ON LARGE TRANSCRIPTION FACTOR FAMILIES IN PLANTS.
37) AE DOUGLAS, JA RAVEN, D HORNER, T CAVALIER-SMITH, W MARTIN, RG HERRMANN, JF ALLEN
(2003) GENOMES AT THE INTERFACE BETWEEN BACTERIA AND ORGANELLES. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE
ROYAL SOCIETY B: BIOLOGICAL SCIENCES 358: 5-18
CITATIONS: 30
IMPACT FACTOR: 3.586
38)
W MARTIN, MJ RUSSELL, DS HORNER, R BLANKENSHIP, TCAVALIER-SMITH, E NISBET (2003) ON
THE ORIGINS OF CELLS: A HYPOTHESIS FOR THE EVOLUTIONARY TRANSITIONS FROM ABIOTIC GEOCHEMISTRY TO
CHEMOAUTOTROPHIC PROKARYOTES, AND FROM PROKARYOTES TO NUCLEATED CELLS. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS
OF THE ROYAL SOCIETY B: BIOLOGICAL SCIENCES. 358:59-85
CITATIONS: 276
IMPACT FACTOR: 3.586
39) JJ VAN HELLEMOND, A VAN DER KLEI, SWH VAN WEELDEN, AGM TIELENS, DS HORNER, W
MARTIN, T CAVALIER-SMITH, JF ALLEN, SF FERGUSON, J TOVAR (2003) BIOCHEMICAL AND EVOLUTIONARY
ASPECTS OF ANAEROBICALLY FUNCTIONING MITOCHONDRIA. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY
B: BIOLOGICAL SCIENCES. 358: 205-215
CITATIONS: 36
IMPACT FACTOR: 3.586
40) JC GRAY, JA SULLIVAN, J WANG, CA JEROME, D MACLEAN, JF ALLEN, DS HORNER, CJ HOWE,
E LOPEZ-JUEZ, RG HERRMANN, CJ LEAVER, (2003) COORDINATION OF PLASTID AND NUCLEAR GENE
EXPRESSION. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY B: BIOLOGICAL SCIENCES 358: 135-145
CITATIONS: 89
IMPACT FACTOR: 3.586
41)
JF ALLEN, DS HORNER, T CAVALIER-SMITH, K WILLISON, CJ LEAVER, W MARTIN (2003) THE
PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE ROYAL SOCIETY B:
FUNCTION OF GENOMES IN BIOENERGETICS ORGANELLES.
BIOLOGICAL SCIENCES. 358: 19-38
CITATIONS: 113
IMPACT FACTOR: 3.586
42) M VAN DER GIEZEN, GM BIRDSEY, HORNER D., J LUCOCQ, PL DYALL, M BENCHIMOL, CJ
DANPURE, TM EMBLEY (2003). FUNGAL HYDROGENOSOMES CONTAIN MITOCHONDRIAL HEAT-SHOCK PROTEINS.
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 20: 1051-1061, ISSN: 0737-4038
CITATIONS: 23
IMPACT FACTOR: 6.05
43) TM EMBLEY, HORNER D., M VAN DER GIEZEN, PG FOSTER (2003). MITOCHONDRIA AND
HYDROGENOSOMES: TWO DIFFERENT FACES OF THE SAME ORGANELLE?. PHILOSOPHICAL TRANSACTIONS OF THE
ROYAL SOCIETY B: BIOLOGICAL SCIENCES 358: 191-201, ISSN: 0962-8436
CITATIONS: 70
IMPACT FACTOR: 3.586
44)
DAVIDSON EA, VAN DER GIEZEN M, HORNER D., EMBLEY TM, HOWE CJ (2002). A NOVEL [FE]
NEOCALLIMASTIX FRONTALIS L2. GENE
296: 45-52, ISSN: 0378-1119
HYDROGENASE FROM THE ANAEROBIC HYDROGENOSOME-CONTAINING FUNGUS
CITATIONS: 15
IMPACT FACTOR: 2.778
45)
HORNER D., HEIL B, HAPPE T, EMBLEY TM. (2002). IRON HYDROGENASES, ANCIENT ENZYMES IN
TRENDS IN BIOCHEMICAL SCIENCES 27:148-153, ISSN: 0968-0004
MODERN EUKARYOTES.
CITATIONS: 84
IMPACT FACTOR: 14.398
DSH CONCEIVED AND COORDINATED THE STUDY, GENERATED SEQUENCE DATA, PERFORMED AND INTERPRETED
PHYLOGENETIC ANALYSES AND DRAFTED THE MANUSCRIPT. THE PAPER DEMONSTRATES THAT ALL EUKARYOTES,
UNEXPECTEDLY ENCODE HOMOLOGS OF FE HYDROGENASE GENES - DERIVED FROM AN ANCESTRAL SEQUENCE PRESENT
IN THE FIRST EUKARYOTE. THE AUTHORS USE PROTEIN STRUCTURE MODELS TO ARGUE, CONTRARY TO THE RESULTS
OF INITIAL BIOCHEMICAL CHARACTERIZATION BY OTHER GROUPS, THAT THESE NAR PROTEINS INTERACT WITH FES
CLUSTERS, A PREDICTION SUBSEQUENTLY CONFIRMED BY INDEPENDENT EXPERIMENTAL STUDIES.
46)
SANCHEZ L, HORNER D., MOORE D, HENZE K, EMBLEY TM, MULLER M (2002). FRUCTOSE-1,6BISPHOSPHATE ALDOLASE IN AMITOCHONDRIATE PROTISTS CONSTITUTES A SINGLE PROTEIN SUBFAMILY WITH
EUBACTERIAL RELATIONSHIPS. GENE, 295: 51-59, ISSN: 0378-1119
CITATIONS: 23
IMPACT FACTOR: 2.778
47) VAN DER GIEZEN M, SLOTBOOM DJ, HORNER D., DYAL PD, HARDING M, XUE G-P, EMBLEY TM,
KUNJI ERS. (2002). CONSERVED PROPERTIES OF HYDROGENOSOMAL AND MITOCHONDRIAL ADP/ATP CARRIERS: A
COMMON ORIGIN FOR BOTH ORGANELLES. EMBO JOURNAL 21: 572-579, ISSN: 0261-4189
CITATIONS: 66
IMPACT FACTOR: 10.698
48) HENZE K, HORNER D., SUGURI S, MOORE DV, SANCHEZ LB, MULLER M, EMBLEY TM (2001).
UNIQUE PHYLOGENETIC RELATIONSHIPS OF GLUCOKINASE AND GLUCOSEPHOSPHATE ISOMERASE OF THE
AMITOCHONDRIATE EUKARYOTES GIARDIA INTESTINALIS, SPIRONUCLEUS BARKHANUS AND TRICHOMONAS VAGINALIS.
GENE 281: 123-131, ISSN: 0378-1119
CITATIONS: 50
IMPACT FACTOR: 3.041
49)
HORNER D., EMBLEY TM (2001). CHAPERONIN-60 PHYLOGENY PROVIDES FURTHER EVIDENCE OF
SECONDARY LOSS OF MITOCHONDRIA AMONG EUKARYOTES. MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 18: 1970-1975,
ISSN: 0737-4038
CITATIONS: 53
IMPACT FACTOR: 5.357
DSH GENERATED SEQUENCE DATA, PERFORMED AND INTERPRETED PHYLOGENETIC ANALYSES AND DRAFTED THE
MANUSCRIPT. THE PAPER PROVED THE FINAL REFUTATION OF THE ARCHEOZOA HYPOTHESIS, DEMONSTRATING THAT
ALL EXTANT EUKARYOTIC LINEAGES DERIVE FROM ORGANISMS THAT ONCE ACCOMMODATED THE MITOCHONDRIAL
ENDOSYMBIONT, AND OPENED THE POSSIBILITY THAT THE MITOCHONDRIAL ENDOSYMBIOSIS PREDATES THE ORIGIN OF
THE EUKARYOTIC NUCLEUS
50)
HORNER D., FOSTER PG, TM EMBLEY. (2000). IRON HYDROGENASES AND THE EVOLUTION OF
ANAEROBIC EUKARYOTES. MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 17: 1695-1709, ISSN: 0737-4038
CITATIONS: 67
IMPACT FACTOR: 5.357
DSH GENERATED SEQUENCE DATA, PERFORMED AND INTERPRETED PHYLOGENETIC ANALYSES AND DRAFTED THE
MANUSCRIPT. THIS STUDY PRESENTED AND ANALYZED SEQUENCES OF [FE] HYDROGENASE GENES FROM A VARIETY OF
ANAEROBIC PROTISTS, INCLUDING ORGANISMS NOT PREVIOUSLY KNOWN TO PRODUCE MOLECULAR HYDROGEN.
PHYLOGENETIC ANALYSES OF THESE SEQUENCES, AND OF OTHER GENES SUGGESTED THAT THE ACQUISITION OF
HYDROGENASE GENES, AS OF THE MITOCHONDRION ITSELF, MIGHT PREDATE THE DEVELOPMENT OF THE NUCLEUS,
PROVIDING THE FOUNDATION FOR INFLUENTIAL NEW HYPOTHESES FOR EUKARYOTIC ORIGINS.
51)
HORNER D., HIRT RP, TM.EMBLEY (1999). A SINGLE EUBACTERIAL ORIGIN OF EUKARYOTIC PYRUVATE:
FERREDOXIN OXIDOREDUCTASE GENES: IMPLICATIONS FOR THE EVOLUTION OF ANAEROBIC EUKARYOTES. MOLECULAR
BIOLOGY AND EVOLUTION 16: 1280-1291, ISSN: 0737-4038
CITATIONS: 80
IMPACT FACTOR: 4.938
DSH GENERATED SEQUENCE DATA, PERFORMED AND INTERPRETED PHYLOGENETIC ANALYSES AND DRAFTED THE
MANUSCRIPT. THE PAPER PROVIDES EVIDENCE THAT, CONTRARY TO THE ASSUMPTIONS OF THE CLASSICAL SERIAL
ENDOSYMBIOTIC HYPOTHESIS OF LYNN MARGULIS, THE ANCESTRAL, MITOCHONDRION CONTAINING EUKARYOTE MIGHT
HAVE BEEN AN ANAEROBIC ORGANISM. THE AUTHORS ARE UNABLE TO EXCLUDE THE POSSIBILITY THAT GENES
ENCODING SOME ANAEROBIC ENERGY METABOLISM PATHWAYS, MIGHT SHARE A COMMON ORIGIN WITH GENES
ENCODING CLASSICAL MITOCHONDRIAL ENERGY METABOLISM PATHWAYS.
52)
EMBLEY TM, HORNER D., RP HIRT (1997). ANAEROBIC EUKARYOTE EVOLUTION: HYDROGENOSOMES AS
TRENDS IN ECOLOGY AND EVOLUTION 12: 437-440, ISSN: 0169-5347
BIOCHEMICALLY MODIFIED MITOCHONDRIA?
CITATIONS: 68
IMPACT FACTOR: 6.678
53)
HORNER D., HIRT R, KILVINGTON S, LLOYD D, TM EMBLEY (1996). MOLECULAR EVIDENCE FOR AN
PROCEEDING OF THE ROYAL SOCIETY OF LONDON B –
EARLY ACQUISITION OF THE MITOCHONDRION ENDOSYMBIONT.
BIOLOGICAL SCIENCES 263: 1053-1059, ISSN: 0962-8452
CITATIONS: 110
IMPACT FACTOR: 2.8
DSH GENERATED SEQUENCE DATA, PERFORMED AND INTERPRETED PHYLOGENETIC ANALYSES AND DRAFTED THE
MANUSCRIPT. THE ARCHEZOA HYPOTHESIS, DERIVED FROM THE SERIAL ENDOSYMBIOSIS THEORY OF MARGULIS AND
OTHERS, SUGGESTED THAT THE MOST BASAL EUKARYOTIC LINEAGES HAD NEVER BEEN EXPOSED TO THE
MITOCHONDRIAL ENDOSYMBIOSIS (AND THUS THAT THE MITOCHONDRIAL ENDOSYMBIOSIS HAD OCCURRED AFTER THE
ORIGIN OF THE EUKARYOTIC NUCLEUS). THE WORK PRESENTED HERE (THE PRESENCE OF A MITOCHONDRIAL TYPE
CHAPERONIN GENE IN BASAL AMITOCHONDRIATE PROTIST) UNDERMINED THIS POINT OF VIEW AND OPENED NEW LINES
OF THOUGHT WITH RESPECT TO EARLY EUKARYOTE EVOLUTION.
54) HORNER D., LEWIS M, PJ FARRELL (1995). NOVEL HYPOTHESES FOR THE ROLES OF EBNA-1 AND
BHRF1 IN EBV RELATED CANCERS. INTERVIROLOGY, 38: 195-205, ISSN: 0300-5526
CITATIONS: 23
IMPACT FACTOR: 1.250
CAPITOLI DI LIBRI A DIFFUSIONE INTERNAZIONALE:
55) M. MIRTO, I. EPICOCO, S. FIORE, M. CAFARO, A. NEGRO, D. TARTARINI, D. LEZZI, O. MARRA,
A. TURI, A. FERRAMOSCA, V. ZARA, G. ALOISIO, G. DONVITO, L. CAROTA, G. CUSCELA, G. P.
MAGGI, G. LA ROCCA, M. MAZZUCATO, S. MY, G. SELVAGGI, G. SCIOSCIA, P. LEO, L. DI PACE, G.
PAPPADA', , V. QUINTO, M. BERARDI, F. FALCIANO, A. EMERSON, E. ROSSI, G. LAVORGNA, A.
VANNI, L. BARTOLI, P. DI LENA, P. FARISELLI, R. FRONZA, L. MARGARA, L. MONTANUCCI, P. L.
MARTELLI, I. ROSSI, M. VASSURA, R. CASADIO, T. CASTRIGNANÒ, D. D', ELIA, G. GRILLO, F.
LICCIULLI, S. LIUNI, A. GISEL, M. SANTAMARIA, S. VICARIO, C. SACCONE, A. ANSELMO, HORNER D.,
F. MIGNONE, G. PAVESI, E. PICARDI, V. PICCOLO, M. RE', F. ZAMBELLI, G. PESOLE (2009). THE LIBI
GRID PLATFORM FOR BIOINFORMATICS. HANDBOOK OF RESEARCH ON COMPUTATIONAL GRID
TECHNOLOGIES FOR LIFE SCIENCES, BIOMEDICINE AND HEALTHCARE. P. 577-613, HERSHEY, PA: IGI
GLOBAL, ISBN/ISSN: 9781605663746
56)
HORNER D., HIRT RP (2004). AN OVERVIEW OF EUKARYOTE ORIGINS AND EVOLUTION:THE BEAUTY OF THE
CELL AND THE FABULOUS GENE PHYLOGENIES. IN: RP HIRT, DS HORNER. ORGANELLES, GENOMES AND
EUKARYOTE EVOLUTION. RATON: CRC PRESS CONTRIBUTION: EQUAL CO-AUTHOR OF PAPER
57)
R CAMMACK, HORNER D., M VAN DER GIEZEN, J. KULDA, D LLOYD (2003). IRON SULFUR PROTEINS
FERRY, M.K. JOHNSON.
IN ANAEROBIC EUKARYOTES. IN: L LJUNGDAHL, MWW ADAMS, LL BARTON, JG
PHYSIOLOGY AND BIOCHEMISTRY OF ANAEROBIC BACTERIA. NEW YORK: SPRINGER
58)
HORNER D., HIRT RP, TM EMBLEY (1998). PHYLOGENY OF TRICHOMONAS AND NAEGLERIA: A
COMPARATIVE ANALYSIS OF MOLECULAR SEQUENCE DATA. IN: GH COOMBS, K VICKERMAN, MA SLEIGH, A
WARREN. EVOLUTIONARY RELATIONSHIPS AMONG PROTOZOA. KLUWER
EDITOR DI LIBRI A DIFFUSIONE INTERNAZIONALE:
59) ORGANELLES, GENOMES AND EUKARYOTE PHYLOGENY: AN EVOLUTIONARY SYNTHESIS IN THE AGE OF GENOMICS:
SYSTEMATICS ASSOCIATION/CRC PRESS 2004 EDS: HIRT RP AND HORNER DS: ISBN 0-415-29904-7
(HTTP://WWW.CRCPRESS.COM/PRODUCT/ISBN/9780415299046)
PROGETTI DI RICERCA FINANZIATI (DURATA E RUOLO):
LIFEWATCH 2014
DESIGN OF AN INNOVATIVE PIPELINE FOR DNA METABARCODING OF EUKARYOTES TO MONITOR POTENTIAL INVASIVE
SPECIES IN ATMOSPHERIC PARTICULATE DURING MILAN EXPO 2015
(12 MESI, PARTECIPANTE)
CARIPLO 2011:
CHARACTERIZATION OF MICRORNA FUNCTIONAL ROLE IN CHOLESTEROL METABOLISM AND IN THE PATHOGENESIS OF
ATHEROSCLEROSIS
(24 MESI, BIOINFORMATICS WORK PACKAGE LEADER E RESPONSABILE DI U.O.)
EU FP6 (STRP):
TRANSCODE - NOVEL TOOL FOR HIGH-THROUGHPUT CHARACTERIZATION OF GENOMIC ELEMENTS REGULATING GENE
EXPRESSION IN CHORDATES.
(38 MESI, PARTECIPANTE)
AIRC REGIONAL GRANT 2005-2007:
IDENTIFICATION OF NEW CANCER BIOMARKERS THROUGH BIOINFORMATICS AND APPLICATION TO TUMOUR PROGNOSIS
AND THERAPY
(24 MESI, PARTECIPANTE)
AIRC 2004-2009:
BIOINFORMATICS TOOLS FOR IDENTIFYING, UNDERSTANDING, AND ATTACKING TARGETS IN CANCER
(60 MESI, PARTECIPANTE)
FISM (FONDAZIONE ITALIANA SCLEROSI MULTIPLA) 2008:
"HIGH THROUGHPUT INVESTIGATION OF
DEEP SEQUENCING"
MULTIPLE SCLEROSIS ASSOCIATED INFECTIOUS AGENTS BY UNBIASED CDNA
(12 MESI, PARTECIPANTE)
FIRB 2003:
LIBI: LABORATORIO INTERNAZIONALE DI BIOINFORMATICA
(72 MESI, PARTECIPANTE)
ARISLA 2010:
REDISALS. STUDIO DELL'EDITING DELL'RNA NEI MOTONEURONI IN FORME SPORADICHE DI SLA ATTRAVERSO
SEQUENZIAMENTO MASSIVO DEL TRASCRITTOMA
(12 MESI, PARTECIPANTE)
CNR PROGETTO BANDIERA (2012):
EPIGENOMICA (EPIGEN)
(24 MESI, PARTECIPANTE)
PUR 2008 DELL'UNIVERSITÀ DI MILANO.
"PREDIZIONE IN SILICO E VALIDAZIONE SPERIMENTALE DI MICRORNA DI CORDATI BASALI"
(36 MESI, RESPONSABILE SCIENTIFICO)
PUR 2009 DELL'UNIVERSITÀ DI MILANO
MICRORNA ATTIVI NEL DIFFERENZIAMENTO NEURONALE DELLE ASCIDIE
(36 MESI, RESPONSABILE SCIENTIFICO)
EU MARIE CURIE CATEGORY 30 INDIVIDUAL FELLOWSHIP (MCFI-2001-00634):
CHARACTERIZATION OF CORRELATED SUBSTITUTIONS IN MITOCHONDRIAL PROTEINS AND THEIR HOMOLOGS
(24 MESI, RESPONSABILE SCIENTIFICO)
PRESENTAZIONI SU INVITO (SELEZIONATE):
PLANT GENOMICS CONGRESS (GLOBAL ENGAGE, LONDON, UK 13-14 MAY 2013). TITLE: "USE OF SMALLRNA
SEQUENCING TO DESCRIBE THE VARIETY OF SMALL RNA BIOGENESIS PROFILES ASSOCIATED WITH GENOMIC LOCI
PRODUCING MIRNA-LIKE MOLECULES."
EUROPEAN WORKSHOP ON GENOMICS FOR RESEARCH AND MOLECULAR DIAGNOSTICS (LODI ITALY, 13 OCTOBER
2011) TITLE: CHARACTERIZING STRUCTURAL VARIATION IN GENOMES (FROM HUMANS TO CROPS)
MICRORNA TECHNOLOGY, RELEVANCE AND APPLICATION (EU FP6 PROJECT EADGENE WORKSHOP, BRUSSELS,
BELGIUM 14-15 MAY 2014) TITLE: "GOING GREEN: NEW INSIGHTS INTO THE ROLES OF MIRNAS AND OTHER SMALL
RNAS IN PLANTS"
SOCIETA ITALIANA PER LA GENETICA UMANA (ANNUAL CONGESS, SORRENTO ITALY, 21-24 NOVEMBER 2012)
CORSO: NEXT GENERATION SEQUENCING: ISTRUZIONI PER L'USO: TITLE "GENOME RESEQUENCING E ANALISI DELLE
VARIANTI STRUTTURALI"
PLANT AND ANIMAL GENOMES XIX, SAN DIEGO, USA, JANUARY 15-19, 2011 (SMALL RNA WORKSHOP) TITLE:
"DEEP SEQUENCING OF VITIS VINIFERA SMALLRNAS REVEALS WIDESPREAD PRODUCTION OF NON-CANONICAL,
HAIRPIN-DERIVED MICRORNA-LIKE MOLECULES."
SOCIETA ITALIANA DI GENETICA AGRARIA (ANNUAL CONGRESS, MATERA, ITALY, 27-30 SEPTEMBER 2010).
SYMPOSIUM ON "DNA CODING OR NOT CODING: THAT IS THE QUESTION!": TITLE: "WHEN IS A MICRORNA NOT A
MICRORNA? HAIRPIN CUTS FOR BAD HAIRPIN DAYS"
NEXT GENERATION SEQUENCING WORKSHOP (BARI, ITALY 16-19 SEPTEMBER 2009) TITLE: "SMALL RNA DISCOVERY
AND CHARACTERIZATION"
EMBRACE WORKSHOP - "NEXT GENERATION SEQUENCING II", (RUVO DI PUGLIA, ITALY 16-17 JUNE 2010) TITLE:
“ANALYSIS OF SMALLRNA DEEP SEQUENCE DATA”
ISMB2003 ORGANISER AND PRESENTER OF TUTORIAL "MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTIONARY ANALYSIS"
(BRISBANE, AUSTRALIA, JUNE 29- JULY 3, 2003)
ALTRE ATTIVITÀ DI RICERCA E RICONOSCIMENTO PROFESSIONALE:
ASSOCIATE EDITOR PER BMC GENOMICS (INTERNATIONAL PEER-REVIEWED JOURNAL, IF = 2,67) (2010–PRESENT)
BENEFICIARIO DI MARIE CURIE (CATEGORY 30) UE POST-DOCTORAL RESEARCH FELLOWSHIP (2002-2004)
(UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO)
SOCIO DI BITS (BIOINFORMATICS ITALIAN SOCIETY) (DAL 2006)
REFEREE PER NUMEROSE RIVISTE INTERNAZIONALI PEER-REVIEWED FRA CUI: NATURE, MOLECULAR BIOLOGY AND
EVOLUTION, JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, THE PLANT CELL, BMC BIOINFORMATICS, BMC GENOMICS,
BMC PLANT BIOLOGY, BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY AND GENE.
MEMBRO DELL’ALBO REVISORI DEL MINISTERO DELL’ISTRUZIONE, DELL’UNIVERSITÀ E DELLA RICERCA
REVISORE PER ANR (AGENZIA NAZIONALE FRANCESE PER LA RICERCA) E VALUTATORE DI PROGETTI PER IL BANDO
“BIOADAPT” 2013.
ATTIVITÀ DI DIDATTICA, DI DIDATTICA INTEGRATIVA E DI SERVIZIO AGLI
STUDENTI
A PARTIRE DALLA SUA ENTRATA IN SERVIZIO COME RICERCATORE NEL 2006, IL DR. HORNER HA SVOLTO UNA
CONTINUATIVA E INTENSA ATTIVITÀ DIDATTICA COME DOCENTE RESPONSABILE DI NUMEROSI INSEGNAMENTI DI
BIOINFORMATICA DI BASE E AVANZATA (PER I CORSI DI LAUREA DELLE CLASSI DI SCIENZE BIOLOGICHE E
BIOTECNOLOGIE). EGLI HA SUPERVISIONATO NUMEROSI STUDENTI DI DOTTORATO, SPESSO OCCUPANDOSI
INTERAMENTE DELLA SUPERVISIONE OPERATIVA DEL DOTTORANDO ANCHE IN CASI IN CUI RICOPRIVA UFFICIALMENTE IL
RUOLO DI CO-TUTORE. E’ INOLTRE STATO RELATORE A CORRELATORE DI NUMEROSE TESI DI LAUREA DI STUDENTI DI
CORSI DI LAUREA SIA TRIENNALI CHE MAGISTRALI. IL SUO ENTUSIASMO E IMPEGNO VERSO L’ISEGNAMENTO E LE
ATTIVITÀ DIVULGATIVE SI ESTENDE OLTRE IL CONTESTO UNIVERSITARIO. HA PARTECIPATO ALL’ORGANIZZAZIONE E
ALLA DOCENZA DI UN AMPIO NUMERO DI CORSI E WORKSHOP POST-LAUREA SU TEMATICHE DI GENOMICA E
BIOINFORMATICA SIA A LIVELLO NAZIONALE CHE INTERNAZIONALE. HA INOLTRE DIMOSTRATO COSTANTE IMPEGNO IN
ATTIVITÀ VOLTE AD AUMENTARE LA CONOSCENZA E L’ENTUSIASMO PER LE SCIENZE BIOLOGICHE FRA GLI STUDENTI
DELLE SCUOLE SUPERIORI (PRINCIPALMENTE ATTRAVERSO LA COLABORAZIONE CON CUSMIBIO). E’ ATTUALMENTE
COINVOLTO NELLA PREPARAZIONE DI UN PROPOSAL NELL’AMBITO DEI BANDI UE HORIZON 2020 PER UN PROGETTO
CHE HA LO SCOPO DI INTRODURRE ATTIVITÀ DI DNA BARCODING NELLE SCUOLE DI DIVERSI PAESI EUROPEI (IN
COLLABORAZIONE CON WELLCOME TRUST SANGER CENTRE, EUROPEAN BIOINFORMATICS INSTITUTE (EBI),
EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY (EMBL) E ALTRI PARTNER A LIVELLO INTERNAZIONALE). E’ INFINE
AUTORE DI GUIDE PER ESERCITAZIONI NELL’AMBITO DI LIBRI DI TESTO DI BIOLOGIA PER LE SCUOLE SUPERIORI
PUBBLICATI DA RCS MEDIA GROUP.
SUPERVISONE DI DOTTORANDI:
SUPERVISORE OPERATIVO: MATTEO RÈ (DOTTORATO 2008, XX CICLO, DOTTORATO DI RICERCA IN BIOLOGIA
MOLECOLARE E CELLULARE, UNIVERSITÀ̀ DEGLI STUDI DI MILANO) TESI DAL TITOLO: “DEVELOPMENT OF MACHINE
LEARNING METHODS FOR THE DISCRIMINATION BETWEEN CODING AND NON-CODING CONSERVED SEQUENCES”
CO-TUTORE DI VIVIANA PICCOLO (DOTTORATO 2010, XXIII CICLO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E
MOLECOLARI, UNIVERSITÀ̀ DEGLI STUDI DI MILANO) TESI DAL TITOLO: “MICRORNA DISCOVERY AND
CHARACTERIZATION IN VITIS VINIFERA USING SMALLRNA DEEP SEQUENCING AND SUPPORT VECTOR MACHINES”
TUTORE DI MATTEO CHIARA (DOTTORATO 2011, XXIV CICLO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E
MOLECOLARI, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO) TESI DAL TITOLO: "BIOINFORMATIC TOOLS FOR NEXT
GENERATION GENOMICS"
CO-TUTORE DI RAMESH MENON (DOTTORATO 2013, XXVI CICLO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E
MOLECOLARI, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO) TESI DAL TITOLO: "TRANSLATIONAL BIOINFORMATICS AND
SYSTEMS BIOLOGY APPROACHES TO GENETIC AND TRANSCRIPTIONAL DATA IN COMPLEX HUMAN DISORDERS"
RELATORE INTERNO DI GABRIELLA SFERRA (XXVII CICLO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E
MOLECOLARI, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO) TESI DAL TITOLO: "DYNAMICS OF PLASMODIUM PROTEIN
INTERACTION NETWORKS"
RELATORE INTERNO DI SUKANYA RAMASAMY (XXVIII CICLO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E
MOLECOLARI, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO)
SUPERVISIONE DI TESI DI LAUREA:
IL DOTT. HORNER È STATO RELATORE DI NUMEROSE TESI DI LAUREA, DELLE QUALI:
12 TESI DI LAUREA MAGISTRALE
> 10 TESI DI LAURA TRIENNALE
1 TESI DI LAUREA QUINQUENNALE
DIDATTICA FRONTALE:
Anno codice Titolo ore (cfu) 2014/15 F93-­‐18 Molecular Bioinformatics (english) 48 (6) Professore Aggregato 2014/15 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (English) 24 (3) Professore Aggregato 2013/14 F93-­‐18 Molecular Bioinformatics (english) 48 (6) Professore Aggregato 2013/14 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (english) 24 (3) Professore Aggregato 2012/13 F93-­‐18 Molecular Bioinformatics (english) 48 (6) Professore Aggregato 2012/13 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (english) 24 (3) Professore Aggregato 2011/12 F94-­‐4 Bioinformatica Molecolare (italiano) 48 (6) Bando a titolo gratuito 2011/12 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (Mod II) 24 (3) Professore Aggregato 2010/11 F94-­‐4 Bioinformatica Molecolare (italiano) 48 (6) Professore Aggregato 2010/11 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (Mod II) 24 (3) Professore Aggregato 2009/10 F94-­‐4 Bioinformatica Molecolare (italiano) 48 (6) Professore Aggregato 2009/10 F96-­‐19 Bioinformatica e Genomica Comparata (Mod II) 24 (3) Professore Aggregato 2008/09 F82-­‐2 Bioinformatica Avanzata * 48 (6) Professore Aggregato * 2007/08 F82-­‐2 Bioinformatica Avanzata * 48 (6) Bando a titolo retribuibile * 2006/07 F82-­‐2 Bioinformatica Avanzata 48 (6) Bando a titolo gratuito * "LAB DI INFORMATICA: CORSO AVANZATO" (LM BioEvo/BARB, 3 cfu mutuati), * "LAB DI BIOINFORMATICA MOLECOLARE" (LM BMC, 5 cfu mutuati) DIDATTICA INTEGRATIVA
AA
2004-2005
ESERCITATORE PER "LABORATORIO DI BIOINFORMATICA", CDL TRIENNALE IN BIOTECNOLOGIA INDUSTRIALE E
AMBIENTALE (NELL'AMBITO DI UN CORSO DEL FONDO SOCIALE EUROPEO), DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI
E BIOTECNOLOGIE, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO (INSEGNAMENTO IN ITALIANO)
ESERCITATORE PER "CORSO DI LABORATORIO DI BIOINFORMATICA", CDL TRIENNALE IN SCIENZE BIOLOGICHE
(NELL'AMBITO DI UN CORSO DEL FONDO SOCIALE EUROPEO), DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E
BIOTECNOLOGIE, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO (INSEGNAMENTO IN ITALIANO)
AA
2003-2004
ESERCITATORE PER "LABORATORIO DI BIOINFORMATICA", CDL TRIENNALE IN BIOTECNOLOGIA INDUSTRIALE E
AMBIENTALE (NELL'AMBITO DI UN CORSO DEL FONDO SOCIALE EUROPEO), DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI
E BIOTECNOLOGIE, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO (INSEGNAMENTO IN ITALIANO)
ESERCITATORE PER "CORSO DI LABORATORIO DI BIOINFORMATICA", CDL TRIENNALE IN SCIENZE BIOLOGICHE
(NELL'AMBITO DI UN CORSO DEL FONDO SOCIALE EUROPEO), DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E
BIOTECNOLOGIE, UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO (INSEGNAMENTO IN ITALIANO)
INSEGNAMENTI IN CORSI E WORKSHOP NAZIONALI/INTERNAZIONALI:
DOCENTE ED ORGANIZZATORE DEL “SHORT COURSE ON: APPLICATIONS AND FUTURE PERSPECTIVES OF NEXT
GENERATION SEQUENCING” (PRESO SCUOLA DI DOTTORATO IN SCIENZE BIOLOGICHE E MOLECOLARI, UNIVERSITÀ
DEGLI STUDI DI MILANO, 4-5 LUGLIO 2013)
LEZIONE NEL’AMBITO DEL CORSO DI PERFEZIONAMENTO IN "NUOVE TECNOLOGIE IN MEDICINA MOLECOLARE",
UNIVERSITÀ DI PADOVA, 20 GIUGNO 2013, TITLE: “GENOME RESEQUENCING E ANALISI DELLE VARIANTI
STRUTTURALI”
SOCIETA ITALIANA DI GENETICA UMANA (ANNUAL CONGESS, SORRENTO ITALY, 21-24 NOVEMBER 2012) CORSO:
NEXT GENERATION SEQUENCING: ISTRUZIONI PER L'USO: TITLE "GENOME RESEQUENCING E ANALISI DELLE VARIANTI
STRUTTURALI"
TUTORIAL SULL’ANALISI DI DATI SMALLRNA-SEQ NELL’AMBITO DI CORSI DI ANALISI DI DATI NGS PRESO ISTITUTO DI
GENOMICA APPLICATA (IGA) UDINE 2010 E 2011
EMBRACE WORKSHOP - "NEXT GENERATION SEQUENCING II", (RUVO DI PUGLIA, ITALY 16-17 JUNE 2010)
TITOLO: “ANALYSIS OF SMALLRNA DEEP SEQUENCE DATA”
NEXT GENERATION SEQUENCING WORKSHOP, (BARI, ITALY 16-19 SEPTEMBER 2009) TITOLO: "SMALL RNA
DISCOVERY AND CHARACTERIZATION"
INTERNATIONAL SOCIETY FOR EVOLUTIONARY BIOLOGY ANNUAL MEETING 2003 (ISMB2003): DOCENTE ED
ORGANIZZATORE DEL TUTORIAL "MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTIONARY ANALYSIS"
(BRISBANE,
AUSTRALIA, JUNE 29- JULY 3, 2003)
ATTIVITÀ DI INSEGNAMENTO PER LA SCUOLA MEDIA/SUPERIORE:
NUMEROSI CONTRIBUTI A CORSI ED EVENTI DI AGGIORNAMENTO PER INSEGNANTI DI SCUOLE MEDIE E SUPERIORE PRESO
CUSMIBIO.
RESPONSABILE PER L’ORGANIZZAZIONE ED IMPLEMENTAZIONE DEL “MILAN CITY BARCODE PROJECT” PRESO CUSMIBIO
DA 2012 (HTTP://WWW.CUSMIBIO.UNIMI.IT/URBANBARCODEPROJECT/INDEX.HTML)
AUTORE DI GUIDE PER ESERCITAZIONI NELL’AMBITO DI TESTI DI BIOLOGIA PER LA SCUOLA SUPERIORE (RCS MEDIA
GROUP) (DAL 2010)
ORGANIZZAZIONE, SVILUPPO E PRESENTAZIONE DI ATTIVITÀ PER IL FESTIVAL DELLA SCIENZE DI GENOVA 2008 E 2014
(IN COLLABORAZIONE CON CUSMIBIO)
ATTIVITÀ ISTITUZIONALI, ORGANIZZATIVE E DI SERVIZIO
IL DR. HORNER HA DIMOSTRATO UN COSTANTE IMPEGNO IN ATTIVITÀ ORGANIZZATIVE E DI SERVIZIO, A LIVELLO
ISTITUZIONALE, NONCHÉ IN TERMINI DI SUPPORTO ALLE ATTIVITÀ DI COLLEGHI E L’ORGANIZZAZIONE DI EVENTI
SCIENTIFICI E CULTURALI, ED IN TERMINI DI ATTIVITÀ LEGATE ALLA FORMAZIONE DI STUDENTI DI SCUOLE SUPERIORI E
LA DIVULGAZIONE DELLE SCIENZE:
MEMBRO DEL COLLEGIO DOCENTI DELLA “SCUOLA DI DOTTORATO IN
(DIPARTIMENTO DI BIOSCIENZE, UNIMI) DAL 2006
SCIENZE BIOLOGICHE E MOLECOLARI”
RESPONSABILE DI ESAMI E VERBALIZZAZIONE DI CREDITI IN “LINGUA INGLESE” PER LA LAUREA TRIENNALE
“BIOTECNOLOGIE INDUSTRIALI E AMBIENTALI”, LA LAUREA MAAGISTRALE “BIOINFORMATICA E GENOMICA
COMPARATA” E LA LAUREA MAGISTRALE “BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA” (DAL 2011)
ASSOCIATE EDITOR PER BMC GENOMICS (INTERNATIONAL PEER-REVIEWED JOURNAL) (DAL 2010)
REFEREE PER NUMEROSE RIVISTE INTERNAZIONALI PEER-REVIEWED FRA LE QUALI: NATURE, MOLECULAR BIOLOGY AND
EVOLUTION, JOURNAL OF MOLECULAR EVOLUTION, THE PLANT CELL, BMC BIOINFORMATICS, BMC GENOMICS,
BMC PLANT BIOLOGY, BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY AND GENE.
SOCIO DI BITS (BIOINFORMATICS ITALIAN SOCIETY) (DA 2006)
MEMBRO DELL’ALBO REVISORI DEL MINISTERO DELL’ISTRUZIONE, DELL’UNIVERSITÀ E DELLA RICERCA
REVISORE PER ANR (AGENZIA NAZIONALE FRANCESE PER LA RICERCA) E VALUTATORE DI PROGETTI PER IL BANDO
“BIOADAPT” 2013.
COORDINATORE (MILANO), DEL FASCINATION OF PLANTS DAY (2013) PROMOSSO DALL’EPSO (EUROPEAN PLANT
SCIENCE ORGANIZATION)
NUMEROSI CONTRIBUTI A CORSI ED EVENTI DI AGGIORNAMENTO PER INSEGNANTI DI SCUOLE MEDIE E SUPERIORE PRESO
CUSMIBIO (DAL 2007)
ORGANIZZAZIONE, SVILUPPO E PRESENTAZIONE DI ATTIVITÀ PER IL FESTIVAL DELLA SCIENZE DI GENOVA 2008 E 2014
(IN COLLABORAZIONE CON CUSMIBIO)
RESPONSABILE DELL’ORGANIZZAZIONE ED IMPLEMENTAZIONE DEL “MILAN CITY BARCODE PROJECT” PRESSO
CUSMIBIO DA 2012 (HTTP://WWW.CUSMIBIO.UNIMI.IT/URBANBARCODEPROJECT/INDEX.HTML)
ESERCITAZIONE PER IL CORSO “NOI E LA BIOLOGIA” (RCS MEDIA GROUP) ISBN 978-88-233-3258-4, ISBN 97888-233-3250-8, ISBN 978-88-233-3254-6
TRADUZIONE DI ESERCITAZIONE PER I LIBRI “SCIENZE DELLA TERRA” ISBN 978-88-231-0531-7 (RCS MEDIA
GROUP) E “BIOLOGIA” ISBN 978-88-231-0533-1 (RCS MEDIA GROUP)
MEMBRO DEL COUNCIL OF THE SYSTEMATICS ASSOCIATION (1999-2002).
MEMBRO DEL COMITATO ORGANIZZATORE DEL “SYSTEMATICS ASSOCIATION BIENNIAL MEETING 2001”.
MEMBRO DEL “BIODIVERSITY WORKING GROUP. EU COST ACTION 841. HYDROGENASES” (1998-2000)
INOLTRE, IL DR. HORNER, ESSENDO UN MADRELINGUA INGLESE, HA DIMONSTRATO UN’AMPIA DISPONIBILITÀ A
PERFEZIONARE L’USO DELLA LINGUA INGLESE PER ARTICOLI DI RICERCA SCRITTI DA MOLTI MEMBRI DEL DIPARTIMENTO.
ALTRE INFORMAZIONI:
ISTRUZIONE E QUALIFICAZIONE:
DOCTORATE (PHD) (1991-1995)
LUDWIG INSTITUTE FOR CANCER RESEARCH
ST MARY'S HOSPITAL MEDICAL SCHOOL
IMPERIAL COLLEGE, UNIVERSITY OF LONDON
SUPERVISOR: PROF. PAUL J. FARRELL.
FIRST DEGREE (BACHELOR OF SCIENCE, HONOURS) (1988-1991) IN MICROBIOLOGY AND VIROLOGY (FINAL
GRADE: 2.1) UNIVERSITY OF WARWICK (GB)
GCE 'A' LEVELS 1998 (DULWICH COLLEGE, DULWICH, LONDON (GB))
BIOLOGY –A (VOTO MASSIMO)
CHEMSITRY –A (VOTO MASSIMO)
MATHEMATICS –A (VOTO MASSIMO)
STORIA PROFESSIONALE:
01/02/06-PRESENTE
RICERCATORE UNIVERSITARIO (BIO/11)
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E BIOTECNOLOGIE
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO.
(CONFERMATO DAL 2009)
01/11/2004-31/01/2006
ASSEGNO DI RICERCA (TIPO A)
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E BIOTECNOLOGIE
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO.
01/02/2004-31/10/2004
ASSEGNO DI RICERCA NELL’AMBITO DEL PROGETTO
BIOINFORMATICA PER LA GENOMICA E LA PROTEOMICA (FIRB)
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E BIOTECNOLOGIE
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO.
01/02/2002-31/01/2004
MARIE CURIE POST-DOCTORAL FELLOW (CATEGORIA 30)
DIPARTIMENTO DI SCIENZE BIOMOLECOLARI E BIOTECNOLOGIE,
UNIVERSITÀ DEGLI STUDI DI MILANO.
17/01/1997-17/01/2002
MOLECULAR SYSTEMATIST/POST DOCTORAL RESEARCH ASSISTANT
DEPARTMENT OF ZOOLOGY
THE NATURAL HISTORY MUSEUM, LONDON.
10/07/1995-10/01/1997
MOLECULAR BIOLOGIST/POST DOCTORAL RESEARCH ASSISTANT
DEPARTMENT OF ZOOLOGY,
THE NATURAL HISTORY MUSEUM, LONDON.
1991-1995
DOCTORAL STUDENT IN THE EPSTEIN-BARR VIRUS MOLECULAR GENETICS GROUP
LUDWIG INSTITUTE FOR CANCER RESEARCH,
ST MARY'S HOSPITAL, LONDON.
CORSI “POST-GRADUATE” FREQUENTATI:
CLADISTICS: A PRACTICAL COURSE IN SYSTEMATICS.
THE SYSTEMATICS ASSOCIATION AND THE NATURAL HISTORY MUSEUM
(FACULTY: P.L. FOREY, R.P. HIRT, C.J. HUMPHRIES, I.J. KICHING AND D. WILLIAMS)
APRILE 1995
EMBO PRACTICAL COURSE ON SEQUENCE ANALYSIS AND MOLECULAR EVOLUTION.
EMBL OUTSTATION, EBI HINXTON.
(FACULTY: J COPPIETERS, D HIGGINS, K WOLFE, D GRAUR)
LUGLIO 1997
WORKSHOP ON MOLECULAR EVOLUTION.
MARINE BIOLOGICAL LABORATORY, WOODS HOLE (MA)
(FACULTY: MITCHELL SOGIN, JIM LAKE, DAVID SWOFFORD, BILLPEARSON, DAVID HILLIS, GARY OLSEN... ETC)
AGOSTO 1998
BOLOGNA WINTER SCHOOL 2003 “HOT TOPICS IN STRUCTURAL GENOMICS”
UNIVERSITA’ DI BOLOGNA
(FACULTY: RITA CASADIO, DAVID JONES, ARTHUR LESK, ALFONSO VALENCIA… ETC)
MARZO 2003
BOLOGNA WINTER SCHOOL 2004 “THE STATE OF THE ART OF PROTEIN-PROTEIN INTERACTION NETWORKS”:
THE ROLE OF THE "IN SILICO" APPROACH
(FACULTY: RITA CASADIO, ARTHUR LESK, SHOSHANA WODAK, PEER BORK, JANET THORNTON… ETC)
UNIVERSITA’ DI BOLOGNA
FEBRUARY 8-14, 2004
Le dichiarazioni rese nel presente curriculum sono da ritenersi rilasciate ai sensi degli artt. 46 e 47 del DPR n.
445/2000.
Il presente curriculum, non contiene dati sensibili e dati giudiziari di cui all’art. 4, comma 1, lettere d) ed e) del
D.Lgs. 30.6.2003 n. 196.
Il sottoscritto dichiara di essere consapevole che nel rispetto delle regole di trasparenza previste dalla legge e come
stabilito dal bando di concorso, i curricula di tutti candidati saranno pubblicati sul sito Web dell’Università degli Studi
di Milano www.unimi.it/valcomp entro 30 giorni dalla scadenza del termine di presentazione delle domande.
Data
14 Settembre 2014
Luogo
Milano, Italia
Firma