Leggiamo un
albero filogenetico
ORLANDO PETRINI
[email protected]
18 FEBBRAIO 2017
2
Schau tief in die Natur, und dann wirst du
alles besser verstehen
(Guarda la natura con attenzione e capirai tutto
molto meglio)
Albert Einstein
Obiettivi
Distinguere tra analisi fenetica e analisi filogenetica
Conoscere le differenze tra dendrogramma,
cladogramma e albero filogenetico
Conoscere le tecniche di base per svolgere un’analisi
fenetica e filogenetica
Riuscire a leggere un albero filogenetico
Riuscire a giudicare la validità di un‘analisi filogenetica
pubblicata in una rivista di micologia
3
Agenda
Analisi fenetiche – analisi filogenetiche
Dendrogrammi – cladogrammi – alberi filogenetici
Indici di similarità fenetici
Analisi filogenetiche – regole di base
Lettura di un albero filogenetico
Tecniche di base per le analisi filogenetiche
Barcoding
4
Darwin, 1837
Analisi fenetica:
Si basa sulle similarità (dissimilarità) tra organismi
Spiega quanto simili tra di loro siano due o più
organismi
Analisi filogenetica:
Si basa sulla distanza genetica tra coppie di
sequenze
Spiega quanto vicini tra di loro, da un punto di
vista evolutivo, siano due o più organismi
5
6
Analisi fenetiche – analisi
filogenetiche
La filogenesi
Studio delle relazioni evolutive tra entità biologiche (non
solo specie) che condividono antenati comuni
Rappresentazione grafica: l’albero filogenetico (ev.
cladogramma)
L’albero filogenetico contiene i tempi e gli schemi
temporali dei processi di divergenza
7
Logica alla base di un albero
filogenetico
Tutti gli organismi hanno un unico antenato comune nel
passato
Ogni coppia di organismi ha un antenato comune nel
passato
Eventi di speciazione si susseguono nel tempo creando
nuove specie
8
Quale albero è corretto?
A. 1
1
2
3
B. 2
C. 3
D. 1 e 2
E. 1 e 3
F.
2e3
G. Tutti
9
10
Dendrogrammi – cladogrammi –
alberi filogenetici
11
Dendrogramma:
similarità fenetiche
Aspergillus Sect. Flavi e Fumigati
MALDI-TOF MS, De Respinis et al. 2016
Dendrogramma
12
Verticillium tricorpus
Gibellulopsis nigrescens
Verticillium longisporum
Acrostalagmus luteoalbus
Musicillium theobromae
Plectosphaerella cucumerina
Verticillium albo-atrum
0.09
Verticillium dahliae
Alberi filogenetici: relazione
genetica/evolutiva
Radicato (“rooted”)
Non radicato (“unrooted”)
13
Biologia molecolare e micologia
gorilla
uomo
14
scimpanzé
uomo
scimpanzé
gorilla
Cugini, non uno antenato dell’altro
Simmetria di
un albero
La filogenetica
15
Grafi:
Nodi: rappresentano le unità tassonomiche
Rami: uniscono i nodi e rappresentano le distanze
tra due nodi
Topologia: struttura generale di un albero
Alberi con radice: i nodi stanno in un preciso
ordine temporale
Alberi senza radice: senza significato evolutivo
Biologia molecolare e micologia
Di Carlog3 - Opera propria, Pubblico dominio,
https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=7123475
Alcune
definizioni
monofiletico è un insieme che
comprende almeno due taxa,
il loro antenato comune e tutti
i suoi discendenti
parafiletico è un gruppo non
naturale, incompleto, al cui
interno è presente l'antenato
comune ma non tutti i suoi
discendenti
polifiletico è un gruppo che
comprende dei discendenti
senza includere gli antenati
comuni (perchè questi non ci
sono o non hanno le stesse
caratteristiche che uniscono i
discedenti)
16
monofiletico
parafiletico
polifiletico
Cladogrammi
Cladogramma del regno Fungi, derivato dai dati combinati di 6
geni, per 6436 nucleotidi allineati (David Moore).
http://www.davidmoore.org.uk/Sec01_01.htm
Rappresentata: la parentela ma non i tempi di divergenza
17
Cladogramma – Albero filogenetico
18
Un albero filogenetico o un cladogramma
A.
Si possono costruire solo con sequenze di DNA
B.
Si possono costruire solo con sequenze di DNA e RNA
C.
Si possono costruire con sequenze di DNA, RNA e amminoacidi
(sequenze proteiche)
D.
Si possono costruire con dati derivati da analisi proteiche quali MALDITOF
E.
Si possono derivare usando dati morfologici
F.
BeE
G. B, C e E
H.
Tutte le risposte sono giuste
I.
Tutte le risposte sono sbagliate
19
20
Misure di similarità – distanza
genetica
Misure di similarità - un esempio
Carattere
Organismo A
Organismo B
spore sferiche
+
-
asci
+
+
periteci
-
+
apparato apicale
-
+
parafisi
-
Organismo A
Organismo B
SJ=
a
a+b+c
+ (presenti)
- (assenti)
+ (presenti)
a
b
- (assenti)
c
d
21
Analisi di cluster
22
Formare dei gruppi di oggetti tali che i componenti di un gruppo
sono simili e diversi da quelli degli altri gruppi
Distanze intracluster sono
minimizzate
Distanze intercluster sono
massimizzate
Il concetto di cluster può
essere ambiguo
Quanti cluster?
6 clusters
Due clusters
Quattro cluster
23
Clustering gerarchico:
MIN o “single linkage”
1
3
5
24
5
0.2
1
2
2
3
0.15
6
0.1
0.05
4
Clusters
4
0
3
6
2
5
4
Dendrogramma
1
Vantaggi di ricostruzioni
filogenetiche basate sul DNA
Descrizione dei caratteri non ambigua
Somiglianza dovuta a effetti ambientali non genetici non interferisce
Evoluzione convergente implica spesso fenotipi simili ma genotipi
differenti
Possibilità di analizzare tanti caratteri (maggiore possibilità che i siti
congruenti prevalgano su quelli incongruenti)
Stima dei tempi di divergenza (e quindi la lunghezza dei rami)
Modelli statistici rigorosi
Possibilità di analizzare DNA codificante e non codificante
25
Metodi per ricostruire filogenesi
Stima delle distanze (es: UPGMA)
Approccio basato sulla parsimonia
Approccio basato sulla verosimiglianza
Approccio Bayesiano (sempre più usato,
richiesto da riviste specializzate)
26
Limiti dell’analisi filogenetica
Alberi filogenetici
Non
rappresentano necessariamente la storia
evoluzionistica esatta di un gene
Possono
essere alterati da effetti di
trasferimento
genico orizzontale
Ibridizzazione
Evoluzione
convergente
Conservazione
di sequenze geniche
27
28
Regole di base
Fasi dell’analisi filogenetica – I –
Costruire il dataset – vedi anche regole di Vellinga et al. (2015):
Numero sufficiente di campioni
Considerare organismi vicini – ma non dimenticare gruppi esterni (outgroup)
Differenze geografiche
Differenze ecologiche
Scegliere i geni e/o le proteine da considerare (non limitarsi a 1!) – possono
variare a seconda del livello tassonomico studiato e del gruppo
tassonomico
Sequenze geniche: informazione dettagliata ma “rumorosa” (per organismi
evolutivamente vicini)
Sequenze proteiche: per relazioni generali (non a livello di specie)
Scegliere un outgroup (gruppo monofiletico di organismi usato come
riferimento)
Preparare il piano d’analisi
29
L’importanza dell’outgroup
Trichophyton rubrum (R), T. rubrum, African population (A) and T. violaceum
ITS1+2 phylogenetic tree
R-M3/99-ITS4
R-M3/187-ITS4
R-M3/8-ITS4
R-M2/446-ITS4
R-M2/225-ITS4
R-M2/198-ITS4
R-M2/71-ITS4
R-M2/32-ITS4
R-M1/351-ITS4
R-M1/316-ITS4
R-M1/315-ITS4
R-M1/307-ITS4
R-M1/55-ITS4
R-M2/559- ITS4
R-M1004.3076-ITS4
R-M1003.8864-ITS4
R-M1003.6451-ITS4
R-M1003.6222B-ITS4
R-M1003.5730-ITS4
R-M1003.5729C-ITS4
R-M1003.4777-ITS4
R-M1002.5783-ITS4
R-M1002.5011-ITS4
R-M1002.4058-ITS4
R-M1001.9418-ITS4
R-1003.239-ITS4
R-M0903.5622-ITS4
R-M0903.8047-ITS4
R-M0903.8050-2-ITS4
R-M0903.8415-ITS4
R-M1000.4461-ITS4
R-M1000.8197-ITS4
R-M1001.2266-ITS4
R-M1001.7648-ITS4
A-M1/419-ITS4
A-M2/272- ITS4
A-M2/491-ITS4
A-M2/183-ITS4
A-M2/237-ITS4
A-M2/359-ITS4
A-M2/431-ITS4
A-M2/432-ITS4
A-M2/538-ITS4
A-M2/602-ITS4
A-M3/6-ITS4
A-M3/7-ITS4
A-M3/105-ITS4
A-M3/140-ITS4
A-M2/125- ITS4
A-M2/438-ITS4
A-M2/275-ITS4
A-M3/104-ITS4
V-M3/65-ITS4
V-M3/189-ITS4
V-1212.151-ITS4
V-1307.1152-ITS4
V-1210.357-ITS4
V-1304.22-ITS4
0.001
30
Fasi dell’analisi filogenetica – II –
Allineamento delle sequenze
Derivare l’albero genetico: scegliere la distanza da
usare – ponderamento delle sostituzioni (J-C, Tajima-Nei)
o delle trasversioni/transizioni (Kimura)
Cambiando la distanza cambiano I risultati!
Scegliere il metodo in base alle ipotesi di partenza (esempio:
UPGMA se la velocità evolutiva è considerata costante;
Neighbor Joining se si suppone un‘evoluzione minima e non
costante)
Validare la robustezza dell’albero con metodi statistici
Bootstrap
Inferenza Bayesiana
31
32
Leggiamo (e valutiamo il valore di)
un albero filogenetico
Aspergillus fumigatus – A. flavus
33
Aspergillus fumigatus – A. flavus
34
35
Tre esempi
Lista di controllo per stimare la
bontà di un‘analisi presentata
Numero sufficiente di campioni?
Organismi vicini e gruppi esterni (outgroup) presi in considerazione?
Outgroup appropriato / discusso?
Differenze geografiche considerate?
Differenze ecologiche considerate?
Geni e/o proteine considerati – giustificazione a seconda del livello e del
gruppo tassonomicostudiato ?
Statistiche presentate / discusse?
Differenze morfologiche considerate e discusse?
36
Esempio 1
37
FIG. 1. Dendrogramma “Neighbor
joining” basato su 486 bp (paia di
nucleotidi) della regione genica ITS1-2
(Kimura-2, bootstrap test con 500
repliche). F: Francia; CH: Svizzera; D:
Germania; JAP: Giappone; IND: India;
ESP: Spagna; nd: origine sconosciuta.
1) Non è un dendrogramma ma un albero
filogenetico
2) Solo 486 bp relativamente pochi
3) Numero di ceppi limitato (specialmente
cluster 3 e 4)
4) Distribuzione geografica non bilanciata
Conclusioni possibili: solo di tipo esplorativo
Esempio 2
38
Fig. 1. a) dendrogramma dell’analisi
filogenetica eseguita usando le
sequenze parziali del gene ITS. b)
albero filogenetico costruito usando le
sequenze del gene tef1. c) albero
filogenetico costruito con le similarità
ottenute tramite analisi MALDI-TOF MS.
1) a) e b) sono dei cladogrammi
2) c) è un dendrogramma (similarità!)
3) Dal testo non si può dedurre il numero
di campioni studiati e la loro
provenienza (dal testo sÌ)
4) Almeno 2 geni studiati analisi
piùttosto sicura
5) Buona corrispondenza tra metodi
filogenetici e fenetici
Esempio 3
Fig. 3. a) Dendrogramma
dell’analisi filogenetica eseguita
usando le sequenze parziali del
gene ITS di collezioni di
Tetracladium spp. raccolte in
Francia e Svizzera. TEMA:
Tetracladium marchalianum.
39
A
40
B
T. marchalianum (A)
vs.
T. maxilliforme (B)
vs
T. breve (C)
C
Biologia molecolare e micologia
Letourneau et al. 2009
Barcoding
41
(http://www.barcodinglife.org)
Metodica molecolare per
l’identificazione di organismi
Basata sull’analisi della variabilità
di un marcatore molecolare
(funghi: spesso ITS, ma anche
calmodulina, beta-tubulina, ecc.)
Biologia molecolare e micologia
18-Feb-2017
Boletus edulis barcoding
42
18-Feb-2017
Software - dimostrazione
MEGA7
Seaview
43
In conclusione
Tassonomia polifasica:
la via da intraprendere anche in micologia
Biologia molecolare:
anche in futuro un utensile indispensabile
Proteomica
utilissima per l‘identificazione di organismi
affidabile, economica e di facile e rapido uso
basata però sulla biologia molecolare
complemento indispensabile per aiutare a risolvere problemi
tassonomici
Armamentario di genomica e proteomica destinato ad assumere un
ruolo sempre maggiore in tassonomia
Morfologia anche in futuro un pilastro importantissimo nella tassonomia
fungina
44
45
Ma cos’è una
specie nei funghi?
Nuovi generi, nuove specie…
Alcune idee (molto personali)
Non descrivere nuove specie se non se ne conosce la variabilità
Considerare sia la filogenia che la fenetica (e l’ecologia) per
delimitare generi e specie
Applicare una tassonomia polifasica
Concetto di genere e/o specie: largo o stretto, ma pratico!
Ad esempio, distinguere specie crittiche
di Aspergillus fumigatus è importante perché alcune sono resistenti agli
azoli
di Phialophora fortinii invece è discutibile – anche ecologicamente non
particolarmente rilevante
46
Nuovi generi…
I consigli di un gruppo di micologi [Vellinga et al., IMA Fungus 2015;6(2): 65-68]
1. Criterio di reciproca monofilia
Tutti i generi di un gruppo dovrebbero essere monofiletici, sia nel
gruppo da cui il nuovo genere è separato sia in quello cui il nuovo
genere sarà assegnato
2. Concetto di ampietà
L’albero filogenetico usato per stabilire il genere deve contenere
a.
Un grosso numero di specie
b.
Una distribuzione geografica di taxa abbastanza grande
c.
Tipi di tutte le specie dei generi studiati
3. Concetto di stabilità statistica
I rami dell’albero filogenetico devono avere un buon supporto
statistico
47
Nuovi generi… (cont.)
I consigli di un gruppo di micologi (Vellinga et al., IMA Fungus 2015;6(2): 65-68)
4. “In dubio contra reum”
Altre opzioni, oltre alla definizione di un nuovo genere, devono
essere esaminate e ponderate: anche in un albero filogenetico
robusto si possono vedere diverse possibilità di interpretazione.
5. Criterio genetico
L’evidenza filogenetica non deve basarsi sulle sequenze di un solo
gene (idealmente almeno 3 geni codificanti proteine oltre al
“tipico” ITS)
6. Criterio del “peer-review”
il lavoro deve essere pubblicato su una rivista “peer-reviewed” per
permettere una critica da parte di esperti del gruppo (“controllo di
qualità)
48
Domande frequenti … e risposte
personali
Si possono stabilire i ranghi attraverso il DNA o questo è comunque
affidato all'arbitrio di ogni autore?
Di quanto devono differire le sequenze di due taxa vicini per essere
distinti come specie diverse?
All'interno di una medesima specie, il DNA permette di distinguere
varietà e forme?
È possibile stabilire l'appartenenza a una Sezione (o altro rango)
attraverso il DNA?
49
Grazie a…
Mauro Tonolla
Cinzia Benagli
Sophie de Respinis
Julia Coffin
Cristina Fragoso
Mélina Cruchon
Sonja Weissenhorn
Philipp Bosshard
Liliane E. Petrini
Gary J. Samuels
50
Link utili
Introduzione alla lettura di alberi filogenetici “Tree Room” (in inglese)
(http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/0_0_0/evotrees_intro)
BEAST – Bayesian estimation (http://beast.bio.ed.ac.uk/Main_Page).
FigTree (http://tree.bio.ed.ac.uk) per la grafica
MEGA-7 (https://www.megasoftware.net/megabeta.php)
MrBayes: Bayesian Inference of Phylogeny (http://mrbayes.sourceforge.net/ )
SeaView (https://doua.prabi.fr/software/seaview)
Geneious (https://www.geneious.com/)
51
52
Biologia molecolare
e proteomica –
ovvero:
Basidiomiceti
BOLETUS spp.
Mello et al. (2006). ITS primers for the identification
of marketable boletes. J Biotechnol. 121(3): 318–329
53
“I funghi porcini”
54
55
Lieviti
CANDIDA SPP.
Biologia molecolare e micologia
Risultati
A) ITS
56
B) MALDI-TOF
C. glabrata
C. dubliniensis
C. albicans
C. tropicalis
C. krusei
C. parapsilosis
C. lusitaniae
C. guilliermondii
C. magnoliae
Ascomiceti
TRICHODERMA
De Respinis et al. Mycol Progress 2010;9:79-100.
Samuels et al. Mycologia 2010;102(4): 944-966.
Metodi
129 ceppi di Hypocrea e
Trichoderma, caratterizzati
morfologicamente e
geneticamente, appartenenenti a
25 specie in 8 cladi filogenetiche
(Longibrachiatum, Viride, Hamatum,
Harzianum, Stromaticum, Virens,
Polysporum e Brevicompactum)
MALDI-TOF MS
Analisi di cluster UPGMA
Biologia molecolare e micologia
58
18-Feb-2017
59
Trichoderma:
MALDI-TOF MS
Biologia molecolare e micologia
Risultati
• Ceppi
appartenenti alla medesima specie formano gruppi
compatti nel dendrogramma
• Nella maggior parte dei casi, i risultati ottenuti con MALDI-TOF
sono identici a quelli ottenuti con il sequenziamento
• I risultati ottenuti con MALDI-TOF corrispondono alla filogenia
• L’efficienza della tecnica MALDI-TOF è paragonabile a quella
della biologia molecolare classica
• Costi
e tempi (Svizzeri): ca CHF 5 per campione, analisi
eseguibile in ca. 5 minuti con MALDI-TOF; ca. CHF 20 per
campione, alcune ore con biologia molecolare classica
60
Ascomiceti
DERMATOFITI
De Respinis et al. (2013)
Epidermophyton, Microsporum,
Trichophyton
E. floccosum
M. canis
T. mentagrophytes
62
3
0
5
0
6
3
4
9
7
5
M. canis - Z0912 440
M. canis - Instand 10/A
9
M. canis - MUM 09.17
3
M. canis - bM 134
A. otae complex
M. audouinii - bM 133
5
8 M. canis - Neqas 8719
6
M. audouinii - Instand 10/B
2
M. audouinii - Z1004 543
Unknown - bM 128
T. erinacei - CBS 474.76
T. erinacei - CBS 511.73
9 T. erinacei - bM 126
2 T. erinacei - Neqas 98
T. erinacei - Neqas 6915
A. benhamiae (tax. entity 3) - bM 123
T. tonsurans - Neqas 6407
T. tonsurans - MUM 10.130
T. tonsurans - bM 131
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 8271
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 10.134
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.14
T. interdigitale (anthrop.) - CBS 428.63
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9983
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9477
6
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 10.131
3
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 09.25
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.08
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.03
T. interdigitale (anthrop.) - bM 121
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 6.95
T. rubrum - MUM 08.07
T. rubrum - MUM 08.05
T. rubrum - MUM 08.09
T. rubrum - MUM 09.08
T. rubrum - MUM 09.10
T. rubrum - MUM 09.11
T. rubrum - MUM 09.20
T. rubrum - MUM 09.26
T. rubrum - MUM 09.29
T. rubrum - MUM 10.132
T. rubrum - Instand 08/A
T. rubrum - Neqas 9984
T. rubrum - CBS 392.58
T. rubrum - MUM 09.18
T. violaceum - CBS 374.92
T. rubrum - CBS 100081
T. violaceum - MUM 09.22
MALDI
T. terrestre complex
9 T. terrestre - Z1005 446
1 7 T. terrestre - Z1004 1096
0
T. terrestre - Z0906 291
0
M. gypseum complex
4
8
6 T. rubrum - bM 124
5
T. rubrum - CBS 100084
9
2 T. rubrum - Neqas 9835
T. rubrum - MUM 10.128
T. rubrum - CBS 592.68
T. rubrum - Instand 08/B
T. rubrum (african pop.) - MUM 09.24
T. rubrum (african pop.) - MUM 09.15
T. rubrum (african pop.) - bM 127
8 T. rubrum (african pop.) - CBS 517.63
7 T. rubrum (african pop.) - CBS 518.63
T. rubrum (african pop.) - Neqas 9649
T. interdigitale (zooph.) - MUM 09.21
T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.129
T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.137
T. interdigitale (zooph.) - Neqas 6528
8 T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 7434
8 T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.136
7
0
8
T. tonsurans - Neqas 9159
7
T. tonsurans - Neqas 7872
T. tonsurans CBS 496.48
T. tonsurans - CBS 100080
1 T. mentagrophytes - CBS 101546
0
T. mentagrophytes - CBS 318.56
0
T. verrucosum - bM 132
A. benhamiae (tax.ent. 3) - Instand 09/A
8
5 A. benhamiae (tax. entity 3) - bM 122
5 A. benhamiae (tax. entity 3) - Z1003 261
0
9 A. benhamiae (am-eur. race) - CBS 624.66
9 A. benhamiae (am-eur. race) - CBS 623.66
T. erinacei - Neqas 8878
A. benhamiae complex
9
6
M. praecox0- bM 137
7 M. persicolor - Neqas 7893
7 M. persicolor - Neqas 165
1
M. persicolor - bM 135
0
9 M. fulvum - Z1006 517
9 M. fulvum - Neqas 9834
M. gypseum (A. gyspeum) - bM 129
1
M. gypseum (A. gypseum) - Instand 09/B
0
0 M. gypseum (A. gypseum) - MUM 10.135
M. gypseum (A. gypseum) - bM 130
M. gypseum (A. gypseum) - CBS 100.64
M. gypseum (A. incurvatum) - Neqas 9323
M. gypseum (A. incurvatum) - Neqas 7177
100
100
7
T. violaceum - MUM 09.23
9
5 T. violaceum - MUM 09.33
1
5
T. violaceum - MUM 09.32
7 T. violaceum - MUM 09.30
7
1
E. floccosum - bM 138
1
E. floccosum - Neqas 9647
0
0 E. floccosum - Z1003 301
A. vanbreuseghemii
complex
T. rubrum complex
69
99
57
33
E. floccosum
30
40
20
100%
70
50
M. audouinii - Instand 10/B
M. audouinii - bM 133
M. audouinii - Z1004 543
M. canis - bM 134
M. canis - Neqas 8719
M. canis - Neqas 164
M. canis - MUM 09.17
M. audouinii
M. canis - Z0912 440
M. canis - Instand 10/A
M. gypseum (A. gypseum) - CBS 100.64
M. gypseum (A. gypseum) - bM 130
M. canis
M. gypseum (A. gypseum) - bM 129
M. gypseum (A. gypseum) - Instand 09/B
M. gypseum (A. gypseum) - MUM 10.135
M. gypseum (A. incurvatum) - Neqas 7177
M. gypseum (A. incurvatum) - Neqas 9323
M. gypseum (A.gypseum)
M. fulvum - Neqas 9834
M. fulvum - Z1006 517
M. persicolor - Neqas 165
M. persicolor - bM 135
M. persicolor - Neqas 7893
M. gypseum (A.incurvatum)
M. fulvum
E. floccosum - Neqas 9647
E. floccosum - bM 138
E. floccosum - Z1003 301
M. persicolor
T. erinacei - CBS 511.73
T. erinacei - CBS 474.76
T. erinacei - Neqas 8878
T. erinacei - Neqas 6915
T. erinacei - Neqas 98
T. verrucosum - bM 132
T. erinacei - bM 126
A. benhamiae (tax. entity 3) - bM 122
A. benhamiae (tax. entity 3) - bM 123
T. erinacei
A. benhamiae (tax. entity 3) - Z1003 261
A. benhamiae (tax. entity 3) - Instand 09/A
A. benhamiae (am-eur. race) - CBS 624.66
A. benhamiae (am-eur. race) - CBS 623.66
T. rubrum (african pop.) - bM 127
A. benhamiae
T. rubrum (african pop.) - MUM 09.15
T. rubrum (african pop.) - Neqas 9649
T. rubrum - bM 124
T. rubrum (african pop.) - CBS 518.63
T. rubrum (african pop.) - MUM 09.24
T. rubrum - CBS 592.68
T. rubrum (african pop.) - CBS 517.63
T. rubrum - MUM 09.10
T. rubrum - MUM 10.132
T. rubrum - MUM 09.26
T. rubrum - Neqas 9984
T. rubrum - MUM 08.05
T. rubrum - CBS 100081
T. rubrum - CBS 100084
T. rubrum - MUM 09.20
T. rubrum - MUM 09.29
T. rubrum - CBS 392.58
T. rubrum - MUM 10.128
T. rubrum - MUM 09.18
T. rubrum - MUM 08.07
T. rubrum - Neqas 9835
T. rubrum - MUM 08.09
T. rubrum - MUM 09.11
T. rubrum - Instand 08/B
T. rubrum - Instand 08/A
T. rubrum - MUM 09.08
T. violaceum - MUM 09.22
T. violaceum - MUM 09.33
T. violaceum - MUM 09.32
T. violaceum - MUM 09.23
T. violaceum - CBS 374.92
T. violaceum - MUM 09.30
T. mentagrophytes - CBS 101546
T. mentagrophytes - CBS 318.56
T. violaceum
T. tonsurans - Neqas 7872
T. tonsurans - bM 131
T. tonsurans - CBS 496.48
T. tonsurans - Neqas 6407
T. tonsurans - MUM 10.130
T. tonsurans - CBS 100080
- Neqas 9159
T. tonsurans
T.
mentagrophytes
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 09.25
T. tonsurans
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 10.134
T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.136
T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.137
T. interdigitale (zooph.) - MUM 09.21
T. interdigitale (zooph.) - MUM 10.129
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9983
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 6.95
T. interdigitale (zooph.) - Neqas 6528
T. interdigitale (anthrop.) - CBS 428.63
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 10.131
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.03
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 7434
T. interdigitale
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.08
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 8271
T. interdigitale (anthrop.) - Neqas 9477
T. interdigitale (anthrop.) - MUM 08.14
T. interdigitale (anthrop.) - bM 121
M. praecox - bM 137
T. terrestre - Z1005 446
T. terrestre - Z0906 291
T. terrestre - Z1004 1096
Unknown - bM 128
MALDI-TOF MS
100
99
92
63
ITS vs. MALDI-TOF MS
ITS
20
50
60
80
90
100
Trichoderma asperellum:
Specie crittiche
2
5
2
0
1
5
1
0
5
0
CSP1
CSP2
T. hamatum
T. polysporum
CSP2
T. yunnanense
Samuels et al., 2010
64
Ma non è sempre così facile….
Il caso (caos?) di Aspergillus Sect. Flavi in
genetica
ITS
ß-tubulina
De Respinis et al., 2016
65
… e in proteomica
66
De Respinis et al., 2016
Ascomiceti
PHIALOCEPHALA FORTINII
Foto: Grünig et al., Mycologia January/February 2008 vol. 100 no. 1 47-67
Coffin et al. (2011)
Specie crittiche di P. fortinii –
Sequenziamento vs. MALDI-TOF MS
Grünig et al 2008
Coffin, 2011
68
