CORSO DI BIOCHIMICA PER INGEGNERIA BIOMEDICA 2° ESERCITAZIONE FIBROSA 1) Il collagene è una proteina________________(globulare / fibrosa). È formata CATENE ALFA tre_____________________(catene da alfa/alfa eliche) con SINISTRORSO __________________(destrorso/sinistrorso) che vanno a andamento DESTRORSO formare il tropocollagene che ha andamento__________________(destrorso /sinistrorso). La struttura primaria è caratterizzata dalla ripetizione del GLY/X/Y tripeptide_______________(Gly-X-Y/Ala-X-Y); X e Y possono essere 4-IDROSSIPROLINA O 5-IDROSSILISINA ____________________________________________________________, residui che hanno subito avvengono modificazioni ad opera di post-traduzionali. un enzima Queste che modificazioni necessita di VITAMINA C ____________________(vitamina C/ vitamina B) e la cui carenza comporta SCORBUTO (pellagra / scorbuto). l’insorgenza della malattia ______________ Catena α sinistrorsa Collagene Tre eliche si arrotolano insieme con un andamento destrorso ( TROPOCOLLAGENE) N H2 C O O O C C C C N CH 1 2 3 5 HO O CH 1 Collagene Gly -X-Y Unità tripeptidica ripetuta CH2H2 C 2 N 2 3 5 4 4 CH CH N CH 1 2 HCH 2C 5 3 CH 4 4 CH2 CH2 4-idrossiprolina HO ACIDO ASCORBICO (vitamina C) CH C NH CH CH2 CH2 CH2 CH2 C 2 3 CHH2 C 5 OH NH CH 1 O O OH H C OH H C CH2 CH2 NH3 NH3 OH 5-idrossiLisina Collagene Legami covalenti CROCIATI inter-intramolecolari tra Lys, HyLys, o His TROPOCOLLAGENE MALATTIE DEL COLLAGENE DOVUTE A MUTAZIONI GENICHE: sostituzione di un residuo di Gly con Cys o Ser in ciascuna catena α: Sindrome di Ehlers-Danlos MALATTIE DEL COLLAGENE DOVUTE A MUTAZIONI GENICHE: sostituzione di un residuo di Gly con Cys o Ser in ciascuna catena α: Osteogenesi imperfetta (sindrome ossa di vetro) Collagene SCORBUTO carenza di vitamina C 2) Le -cheratine (rispondere vero o falso) a) sono proteine globulari b) sono formate prevalentemente da -eliche c) sono formate prevalentemente da residui aminoacidici di piccole dimensioni d) l’unità fondamentale delle -cheratine è la protofibrilla e) le struttura delle -cheratine è resa stabile da legami idrogeno -cheratina catena polipeptidica con oltre 100 residui, elica destrorsa due polipeptidi danno origine a un avvolgimento avvolto dimerico e sinistrorso 2 file sfalsate di dimeri si associano testa-coda 2 protofilamenti si associano e formano le protofibrille -cheratina 4 protofibrille Conformazione nativa -cheratina Il numero dei ponti disolfuro è indice della durezza delle α-cheratine Disegnare la curva di ossigenazione di una emoglobina avente un valore di p50 pari a 30 torr e determinare come varierà (rappresentandole graficamente) questa curva al variare dei seguenti parametri: 1) diminuzione del pH 2) diminuzione della concentrazione di BPG 3) motivare le risposte ai punti 1) 2) 3. Curva di dissociazione dell’O2 per l’emoglobina Hb + 4O2 = Hb(O2 )4 Hb sigmoidale L’emoglobina lega l’O2 quando la pressione parziale del gas (pO2) è elevata (polmoni) e lo rilascia quando la pressione è bassa (tessuti). pCO2↓ pCO2↑ tu Camera mia bella Influenza della pCO2 Influenza del pH tessuti polmoni Influenza del 2,3- BPG 4. Data la seguente reazione: Fruttosio-6-fosfato → Fruttosio-1,6-bisfosfato Fosfofruttochinasi Calcolare la velocità iniziale della reazione enzimatica della fosfofruttochinasi sapendo che la concentrazione iniziale del Fruttosio-6-fosfato è 0.03 mM, la concentrazione della fosfofruttochinasi è 10 mM, Km corrisponde a 0.1 mM, Vmax a 0.66 mM/min. Spiegare brevemente il significato di Km. CINETICA ENZIMATICA: concentrazione del substrato • La velocità di una reazione catalizzata da un enzima aumenta all’aumentare della concentrazione del substrato fino a raggiungere una velocità massima (Vmax). In questa condizione i siti attivi dell’enzima sono saturi del substrato Quando tutto l’enzima è saturato con il substrato: [ES] = [Etot] V0 = Vmax La curva che esprime la relazione tra V0 e S ha un andamento iperbolico ed è espressa algebricamente dalla equazione di Michaelis-Menten Costante di Michaelis e Menten La Km è quella concentrazione di substrato a cui la V0 è pari a metà della Vmax L’equazione di Michaelis-Menten • descrive la variazione della velocità di reazione al variare della concentrazione del substrato. v0 = velocità iniziale della reazione Vmax= velocità massima Km = costante di Michaelis-Menten [S] = concentrazione del substrato Caratteristiche della Km • La Km è pari alla concentrazione di substrato alla quale la velocità della reazione (V0) è 1/2 della Vmax. • La Km riflette l’affinità dell’enzima per il substrato: Km piccola = alta affinità dell’enzima per il substrato Km grande = bassa affinità dell’enzima per il substrato. • Ogni enzima ha una Km caratteristica per un dato substrato. • La Km non varia al variare della [E]. I PARAMETRI CINETICI POSSONO ESSERE USATI PER CONFRONTARE LE ATTIVITA’ DEGLI ENZIMI 6) Che influenza possono avere temperatura e pH sull’attività di un enzima?motivare la risposta CINETICA ENZIMATICA FATTORI CHE MODIFICANO LA VELOCITA’ DELLE REAZIONI ENZIMATICHE: 1) pH (curva a campana) 2) temperatura (curva bifasica a causa della denaturazione) 3) [S] (iperbole rettangolare a causa della saturazione) 4) inibitori CINETICA ENZIMATICA: pH • Ciascun enzima ha un pH ottimale al quale la reazione è catalizzata con la massima efficienza. Esso in genere rispecchia il pH dell’ambiente in cui l’enzima svolge normalmente le sue funzioni. • La concentrazione degli H+ (pH) influenza l’attività enzimatica modificando la geometria del sito attivo e la distribuzione delle cariche elettriche dei gruppi coinvolti nel legame del substrato o nel processo catalitico stesso. • Valori di pH estremi possono anche provocare la denaturazione dell’enzima. CINETICA ENZIMATICA: pH CINETICA ENZIMATICA: temperatura • La velocità di reazione aumenta con l’aumentare della temperatura fino a raggiungere un picco. • Un ulteriore innalzamento della temperatura provoca una diminuzione della velocità di reazione a causa della denaturazione dell’enzima. CINETICA ENZIMATICA: temperatura 7) Indicare se le seguenti affermazioni relative al legame dell’ossigeno all’emoglobina sono vere o false. a) L’effetto Bohr fa diminuire l’affinità per l’ossigeno in seguito all’aumento del pH. b) Il biossido di carbonio fa aumentare l’affinità per l’ossigeno dell’emoglobina , legandosi ai gruppi amminici terminali delle catene polipeptidiche. c) L’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno aumenta all’aumentare della percentuale di saturazione. d) Il tetramero di emoglobina lega 4 molecole di 2,3-BPG. e) Il sangue fetale ha un’affinità per l’ossigeno più elevata del sangue dell’adulto, perché la HbF ha una minore affinità per il 2,3-BPG. f) La composizione dell’HbF è α2δ2. Influenza del 2,3- BPG Influenza del 2,3- BPG Il 2,3 BPG è una piccola molecola dotata di cariche negative che consentono il legame a una serie di cariche positive di catene laterali di AA situati sulle due catene β, formando ponti salini e stabilizzando la forma T. Il sito per il 2,3 BPG è presente solo nella forma tesa T. Influenza del 2,3- BPG Nell’Hb deossigenata (T) è presente una cavità centrale che si restringe consistentemente in Hb in forma R (ossigenata): tale cavità nella forma T ospita il 2,3 BPG, modulatore allosterico negativo. EMOGLOBINA FETALE (HbF) Il significato del 2,3 BPG appare chiaro se si confronta la curva di saturazione dell’ HbA materna e dell’ Hb e fetale. Gli eritrociti fetali contengono un Hb con struttura quaternaria α2 2. Fra le catene il 2,3-BPG si lega più debolmente rispetto a quello che avviene nell’ HbA. La curva di saturazione dell’’Hb fetale è a sinistra rispetto a quella della HbA materna, indicando maggiore affinità per O2. L'O2 rilasciato nella circolazione placentare dall’ Hb materna a certe pressioni parziali, viene assunto dall’ Hb fetale, più affine, e ciò soddisfa l'esigenza fisiologica di rifornimento di O2 al feto da parte della madre. 8) Come possono essere classificate le proteine di membrana? Componente proteica INTEGRALI: strettamente associate al doppio strato lipidico tramite interazioni idrofobiche (rimovibili con detergenti oppure tramite reazioni enzimatiche) PERIFERICHE: interazioni elettrostatiche e legami a H con i domini idrofilici delle proteine integrali e con le teste polari dei lipidi di membrana (rimovibili con agenti in grado di interferire con il legame) ANFITROPICHE: si trovano sia nel citosol che associate alle membrane a seconda del tipo di regolazione a cui sono sottoposte Componente proteica Proteine integrali di membrana Interazioni idrofobiche tra lipidi di membrana e domini idrofobici delle proteine Componente proteica Proteine integrali di membrana Barile β Porine Consentono ai soluti polari di attraversare la membrana 9) Quali sono i costituenti di questi lipidi di membrana: a) triacilgligerolo b) acido fosfati dico c) ceramide Triacilgliceroli ( Trigliceridi ) Tr i a c i l gl i c e ro l i ( Tr i gl i ce r i d i ) – T. Semplici: Glicerolo Legame estere 3 ac. grassi uguali – T. Misti: Glicerolo 2 (o 3) ac. grassi diversi Glicerofosfolipidi ( fosfogliceridi) Legame estere Legame fosfodiestere Legame estere Glicerofosfolipidi (fosfogliceridi) Glicerofosfolipidi (fosfogliceridi) sfingolipidi Legame ammidico 10) Scrivere la formula di struttura di un triacilglicerolo a piacere e specificare: è un trigliceride misto o semplice? Che tipi di legami sono presenti tra le varie molecole costituenti? Tr i a c i l gl i c e ro l i ( Tr i gl i ce r i d i ) – T. Semplici: Glicerolo Legame estere 3 ac. grassi uguali – T. Misti: Glicerolo 2 (o 3) ac. grassi diversi 11) Descrivere in modo sintetico le caratteristiche dei doppi strati lipidici. Inoltre, spiegare brevemente a cosa si riferiscono i seguenti termini: a) mobilità trasversale b) mobilità laterale c) asimmetria Modello a mosaico fluido Componente Lipidica Aggregazione di Lipidi Anfipatici in acqua Glicerofosfolipidi Sfingolipidi Liposoma Dinamica delle membrane La struttura e la flessibilità delle membrane dipendono dalla temperatura e dalla composizione in lipidi Le membrane sono FLUIDE La struttura e la flessibilità delle membrane dipendono dalla temperatura e dalla composizione in lipidi a temp. fisiologiche stato fluido ordinato a temperature intermedie alla temperatura di transizione di fase (Tm) passano allo stato fluido La temperatura di transizione aumenta in proporzione alla lunghezza della catena degli acidi grassi e al grado di saturazione Dinamica delle membrane a) Il calore produce un movimento termico delle catene laterali Transizione solido → fluido b) Diffusione laterale nel piano del doppio strato c) Diffusione attraverso il doppio strato t1/2 → da ore a giorni ( reazione non catalizzata) . secondi (reazione catalizzata da flippasi) I fosfolipidi, oltre a spostarsi lateralmente lungo il piano dello strato bimolecolare, possono passare da uno strato all’altro per inversione testa-coda FLIP-FLOP Dinamica delle membrane FLIP-FLOP questo movimento è limitato dalla difficoltà di trasferire la testa idrofilica della molecola lipidica attraverso la zona centrale idrofobica dello strato bimolecolare. A temperatura fisiologica Dinamica delle membrane Ca 2+ PE= fosfatidiletanolammina PS= fosfatidilserina Interazione del Colesterolo con i lipidi di membrana Interazione del Colesterolo con i lipidi di membrana 12) Descrivere le differenze tra trasporto attivo e trasporto passivo attraverso le membrane Diffusione semplice Trasporto di soluti attraverso le membrane Trasporto di soluti attraverso le membrane Soluti polari Diffusione facilitata trasporto passivo Trasporto di soluti attraverso le membrane: cotrasporto Trasporto di soluti attraverso le membrane Velocità ridotte, Saturabili Alta stereospecificità Velocità elevate non saturabili Minore stereospecificità Diffusione secondo gradiente di concentrazione Diffusione contro gradiente di concentrazione Trasporto di soluti attraverso le Diffusione contro gradiente membrane di concentrazione Trasporto di soluti attraverso le membrane Un esempio di trasporto attivo primario è dato dalle ATPasi: Na+ K+ ATPasi ha la funzione di mantenere la differenza di composizione ionica tra il citosol e il mezzo extracellulare [Na+]↓ [K+]↑ 13) Che cosa sono gli enzimi? Quale ruolo svolgono all’interno degli esseri viventi? Gli Enzimi catalizzatori biologici rendono possibile da un punto di vista cinetico le reazioni chimiche Sono le proteine più importanti e più specializzate Presentano un elevato grado di specificità per il substrato Operano in soluzioni acquose con temperature e pH blandi Struttura generale degli enzimi Sono proteine globulari complesse: Parte proteica Addotto enzima-substrato Parte non-proteica Cofattore (ione metallico) Coenzima (natura organica: vitamina o altro) Gruppo Prostetico SITO ATTIVO: specifica porzione dell’enzima, deputata al legame con il substrato che porta alla formazione dell’addotto ES Addotto ES Proprietà dei Catalizzatori I catalizzatori sono sostanze capaci di abbassare l’energia di attivazione rendendo piú facile la formazione dell’addotto ES: la reazione diviene quindi piú veloce. 14) Sapendo che : a)il ΔG di idrolisi dell’ ATP ( ATP →ADP + Pi) corrisponde a -31 KJ/n b)il ΔG di idrolisi della reazione Fruttosio 1,6 bisfosfato Pi + fruttosio 6-fosfato corrisponde a -13.7 KJ/n Calcolare il ΔG della reazione ATP + Fruttosio 6 fosfato → ADP + Pi + fruttosio 1,6-bisfosfato Reazioni accoppiate Somma : Reazioni accoppiate 1° semireazione endoergonica 2° semireazione esooergonica Reazione complessiva accoppiata 15) Spiegare in che cosa consiste la fosforilazione a livello del substrato. Fai un esempio 7) Fosforilazione a livello del substrato: ADP riceve un fosfato da un intermedio metabolico 10) Fosforilazione a livello del substrato: ADP riceve un fosfato da un intermedio metabolico