La trascrizione procede sempre in direzione da 5’ a 3’ ovvero il nuovo nucleotide viene aggiunto
all’estremità 3’della catena in sintesi. Diversamente dalla replicazione, però, solo uno dei due
filamenti di DNA funge da stampo. Dal momento che l’RNA polimerasi si lega al promotore con un
orientamento prefissato, dallo stesso promotore viene sempre trascritto lo steso filamento. La scelta
del promotore determina quale filamento venga trascritto ed è questo il passaggio principale in cui
avviene la regolazione; ovvero la decisione se iniziare o non iniziare la trascrizione di un gene è il
meccanismo fondamentale con cui una cellula stabilisce quali proteine produrre in ogni momento.
Durante l’allungamento la RNA-polimerasi svolge un numero davvero impressionante di funzioni
oltre alla catalisi della sintesi dell’RNA. Infatti svolge il DNA di fronte all’enzima e lo riavvolge
dietro, stacca la catena dell’RNA dallo stampo del DNA mentre si muove lungo il filamento, e in
più funziona da correttore di bozze. Bisogna a questo punto ricordare che durante la replicazione
simili funzioni sono catalizzate da enzimi diversi.
L’RNA transfer si lega a codoni trinucleotidici definiti.
Questo metodo sfrutta il fatto che specifiche molecole di aminoacil-tRNA si legano a complessi
ribosoma-mRNA in assenza di tutti i fattori necessari per la sintesi proteica. Inoltre è sufficiente il
legame di un trinucleotide al ribosoma. Per esempio il trinucleotide 5’-GUU-3’ promuove il legame
del valil-tRNA, 5’-UGU-3’ stimola il legame del cisteil-tRNA, mentre 5’-UUG-3’ favorisce il
legame del leucil-tRNA. Tuttavia altri trinucleotidi non si legano al ribosoma in modo così
efficiente.
In aiuto a questa tecnica vennero preparati poliribonucleotidi sintetici, a sequenza ripetitiva nota,
con tecniche enzimatiche e di sintesi organica. Preparando tutte le possibili combinazioni di
poliribonucleotidi a due e a tre nucleotidi e comparando i risultati è stato possibile decifrare tutte le
corrispondenze tra triplette e aminoacidi.
Il sito T (trasferimento) è il primo in
cui il t-RNA si lega sul ribosoma. Il
sito A (amminoacido) è quello in cui
l’anticodone del t-RNA si lega al
codone dell’m-RNA. Il sito P
(polipeptide) è quello in cui il tRNA aggiunge alla catena
polipeptidica in via di sintesi
l’amminoacido caricato. Il sito E
(exit) è quello in cui viene a trovarsi
il t-RNA dopo aver ceduto
l’amminoacido prima di
abbandonare il ribosoma.
