Proprietà conformazionali di acidi nucleici File

LA STRUTTURA
TRIDIMENSIONALE
DEGLI ACIDI NUCLEICI
Struttura chimica del DNA
pdTpdGpdCpdA
dal 5’ al 3’
Struttura chimica
dell’RNA
pApCpGpU
dal 5’ al 3’
L’uracile manca del gruppo
CH3 presente nella timina
La doppia elica B del DNA
vista parallelamente all’asse di fibra
La doppia elica B del DNA
vista lungo l’asse di fibra
Modello con i raggi di van der Waals
dell’elica B del DNA
Struttura A dell’RNA
Organizzazione strutturale del DNA nel cromosoma
Struttura terziaria del t-RNA
Accettore
dell’amminoacido
anticodone
DETERMINAZIONE
SPERIMENTALE DELLA PRESENZA
DI STRUTTURA SECONDARIA
Spettroscopia di dicroismo circolare
Il fenomeno del Dicroismo Circolare (CD) si osserva quando un
campione otticamente attivo assorbe in maniera differente la luce
circolarmente polarizzata destra rispetto a quella circolarmente
polarizzata sinistra.
La differenza di assorbimento è piccola (generalmente 0.0001) che
corrisponde ad una ellitticità di pochi centesimi di grado. Spettri
CD relativi a strutture secondarie diverse di peptidi, acidi nucleici e
polisaccaridi sono diversi e quindi questa tecnica dà informazioni
sulla struttura secondaria di macromolecole biologiche.
Spettri tipici di strutture secondarie o disordinate di polipeptidi
SPETTRI DI DICROISMO CIRCOLARE DI ALCUNE POTEINE
myoglobin
Transizione conformazionale di un polipeptide da
-elica a gomitolo statistico seguita mediante
dicroismo circolare
Punto isosbestico
Dati simili sono
ottenuti per gli acidi
nucleici dove l’alto
assorbimento dei
gruppi aromatici in
funzione della
presenza di struttura
secondaria (doppia
elica) permette di
utilizzare bene anche
la spettroscopia
nell’ultravioletto
La temperatura di transizione (Tm) di polinucleotidi dipende
essenzialmente da tre fattori:
1) Composizione in basi
2) Lunghezza della doppia elica
3) Forza ionica della soluzione