B12_validation

Validation
Validazione
• Per valutare la qualità di una struttura si deve di solito ricorrere a
diversi parametri. Mentre, infatti, nel caso di strutture di piccole
molecole determinate ad alta risoluzione la conoscenza delle
deviazioni standard sulle coordinate atomiche e sui fattori termici è
di per sé sufficiente, questi valori sono di solito non noti, o
comunque di non facile ottenimento, nel caso della struttura di una
macromolecola. Infatti, le deviazioni standard sulle variabili usate
nell’affinamento si possono ottenere dagli elementi diagonali della
matrice di covarianza dei minimi quadrati. Nell’affinamento della
struttura di macromolecole, però, si ricorre solitamente a metodi
diversi dall’inversione di matrice per risolvere il sistema di equazioni
(ad esempio, metodo dei gradienti coniugati), oppure si affina la
struttura usando il metodo della dinamica molecolare.
Validazione
• si ricorre di solito ad altri fattori, che nel
loro insieme danno una buona stima della
qualità, o globale o locale, della struttura.
Alcuni di questi sono:
• indice cristallografico R-factor e Rfree;
• risoluzione;
• grafico di Ramachandran e parametri
collegati;
• fattori di temperatura.
Rfree
• For the purposes of cross validation we
may chose to omit some of our data.
• If 10% of the reciprocal space data are
omitted in thin spherical shells, then the
following images are obtained:
Using Free-Reflections is a good validation of coordinate refinement, but is unwise
when calculating maps.
Particular care must be taken when using free-sets in density modification
calculations, as the absence of the free-set can systematically bias the rest of the
data.
Il grafico di Ramachandran e la stereochimica
Il grafico o plot di Ramachandran è stato ideato da vari gruppi all’inizio degli anni ’60
ed è chiamato in questo modo perché la forma in cui ancora oggi è conosciuto risale ad un
lavoro di un noto cristallografo indiano, .. Ramachandran (JMB, 1964). L’idea su cui si
basa è molto semplice: quando ruotiamo attorno ad uno dei due legami semplici della
catena polipeptidca di una proteina, f o y, ci sono molti valori di uno o di entrambi questi
angoli di torsione per i quali si verifica una sovrapposizione di qualche atomo della catena
polipeptidica. Questo vale qualunque sia l’amminoacido che stiamo considerando, la
sovrapposizione riguarda cioè gli atomi della catena principale e il carbonio b (quest’ultimo
non è presenta nella glicine, che pertanto ha un grafico di Ramachandran speciale, diverso
da quello degli altri aminoacidi). In un grafico di Ramachandran, sui due assi vengono
rappresentati i valori di f e y, che vanno da -180° a +180°; delle curve delimitano le aree
che comprendono coppie di valori di angoli di torsione “permessi”, cioè che non danno
origine a sovrapposizione tra atomi non legati covalentemente, e coppie “proibite”, cioè
valori di angoli per i quali la sfera di van der Waals di un atomo andrebbe a compenetrare
quella di un altro[1].
Più correttamente, programmi come PROCHECK distinguono tra zone “most favoured”, “additionally allowed”, “geneorusly allowed”, “disallowed”.
Il significato di questo grafico nel corso dell’affinamento difficilmente può
essere sottostimato: gli aminoacidi i cui valori cadono in zone proibite sono
quasi sicuramente mal collocati nella mappa di densità elettronica e vanno
corretti. In una struttura completamente affinata ci si aspetta che tutti o quasi
gli amminoacidi abbiano coppie di angoli di torsione che cadono in zone
permesse, con l’eccezione della glicina.
PROGRAMMI DI VALIDAZIONE
PROCHECK, a partire dalle coordinate atomiche del modello, effettua un’analisi
stereochimica e fornisce una serie di diagrammi nei quali è riassunta la qualità della
struttura. La stereochimica del modello è confrontata con quella risultante da
un’analisi statistica relativa a strutture cristallografiche ben affinate ( minore di 0.20)
e determinate ad una risoluzione vicina a quella relativa alla proteina in esame.
Il programma di validazione WHATCHECK confronta proprietà quali lunghezze e
angoli di legame, angoli torsionali, planarità del legame peptidico, chiralità e
planarità dei residui amminoacidici e angoli χ, con quelli di strutture ben affinate.
Un altro indice di bontà della struttura è fornito dall’andamento del fattore
termico di atomi dello stesso residuo o di residui consecutivi. Emblematici quei
casi in cui atomi contigui sono caratterizzati da fattori termici molto differenti tra
loro: la consistenza interna di questo parametro è molto spesso usata come
criterio di valutazione.