Universita' degli Studi di Roma "Tor Vergata" Corso di Laurea in Ingegneria Medica BIOCHIMICA II TUTTE LE DOMANDE DI ESAME DIVISE PER CAPITOLO PARTE IV: DINAMICA DELLA VITA: ENERGIA, BIOSINTESI E UTILIZZO DEI PRECURSORI Domande sul Capitolo 13 DOMANDA N.1: Processo di deramificazione nel catabolismo del glucosio (pag 473). DOMANDA N.2: Metabolismo dei disaccaridi (senza formule) (pag 470). DOMANDA N.3:La regolazione allosterica della fosfofruttochinasi (pag 464). DOMANDA N.4: Digestione di amido e glicogeno (pag 471). DOMANDA N.5:Attivazione a "feedforward" della piruvato chiansi da parte del fruttosio-1,6bisfosfato (con formule) (pag 465). DOMANDA N.6: Metabolismo del glicerolo (con formule) (pag 470). Domande sul Capitolo 14 DOMANDA N.1: Prima decarbossilazione ossidativa del ciclo di Krebs (con formule) (pag 496). DOMANDA N.2: Reazione 8 del ciclo di Krebs: rigenerazione dell'ossalacetato (con formule) (pag 500). DOMANDA N.3: Prima decarbossilazione ossidativa del ciclo di Krebs (pag 496). DOMANDA N.4: Ossidazione del piruvato (pag 485). DOMANDA N.5: Sintesi del malato a partire dal gliossilato (pag 509) DOMANDA N.6: Passaggio n.6 (succinatofumarato) del ciclo di Krebs (o dell'acido citrico) con formule (pag 499). DOMANDA N.7: Fase ossidativa della via dei pentosi fosfati (con formule) (pag 511). DOMANDA N.8: Formula e funzione della tiamina pirofosfato (TPP) (pag 486). DOMANDA N.9: Principali fattori che controllano la piruvato deidrogenasi e il ciclo dell'acido citrico (pag 501). DOMANDA N.10: Passaggio n.2 del ciclo dell'acido citrico: isomerizzazione del citrato (con formule) (pag 494). DOMANDA N.11: Formula e funzione della lipoammide (pag 489). DOMANDA N.12: Conversione del piruvato ad acetil-CoA (con formule) (pag 485). DOMANDA N.13: Sintesi dell'ossalacetato a partire dal piruvato (con formule) (pag 504). DOMANDA N.14: Riduzione dei perossidi da parte del glutatione (con formule) (pag 516). Domande sul Capitolo 15 DOMANDA N.1: Meccanismo di azione dell'ATP sintasi F1(pag 543). DOMANDA N.2: Resa energetica totale del metabolismo ossidativo (glicolisi, piruvato deidrogenasi e ciclo dell'acido citrico) (pag 547). DOMANDA N.3: Meccanismi di protezione cellulari nei confronti del danno ossidativo (pag 551). DOMANDA N.4: Meccanismo della fosforilazione ossidativa: l'accoppiamento chemiosmotico (pag 539). DOMANDA N.5: Breve descrizione della NADH deidrogenasi (pag 528). DOMANDA N.6: L'efficienza della fosforilazione ossidativa: il rapporto P/O (pag 535). DOMANDA N.7: Formula del glutatione (-Glu-Cys-Gly) e ruolo antiossidativo della glutatione perossidasi (pag 551). Domande sul Capitolo 16 DOMANDA N.1: Metabolismo dell'etanolo nel fegato (senza formule)(pag 562). DOMANDA N.2: Biosintesi della glucosammina-6-fosfato (con formule)(pag 573). DOMANDA N.3: Ciclo di Cori (pag 560). DOMANDA N.4: Formula dell'AMP ciclico e suo ruolo nella regolazione della glicogeno sintasi (pag 570). DOMANDA N.6: Equazione bilanciata per l'ossidazione mitocondriale del NADH(pag 536). Domande sul Capitolo 17 DOMANDA N.1: Processi fondamentali della fotosintesi (pag 589). Domande sul Capitolo 18 DOMANDA N.1: Resa energetica dell'ossidazione degli acidi grassi (pag 637) DOMANDA N.2: Ossidazione degli acidi grassi a numero dispari di carbonio (con formule) (pag 640). DOMANDA N.3: Attivazione degli acidi grassi (pag 632). DOMANDA N.4: Ossidazione degli acidi grssi insaturi (con formule).(pag 638). DOMANDA N.5: Ciclo della carnitina (pag 634). DOMANDA N.6: Formula della carnitina e suo ruolo nel trasporto degli acil-CoA all'interno del mitocondrio (pag 634). DOMANDA N.7: Formula dell'AMP ciclico e suo ruolo nell'attivazione della triacilglicerolo lipasi (pag 631). DOMANDA N.8: Formazione dell'Acil-Carnitina a partire dall'Acil-CoA e dalla Carnitina (pag 634). DOMANDA N.9: Sintesi del Malonil-CoA (con formule) (pag 645). Domande sul Capitolo 20 DOMANDA N.1: Piridossal fosfato: formule e ruolo.(pag 711). DOMANDA N.2: Produzione dell'urea a partire dall'arginina (pag 719). DOMANDA N.3:Biosintesi della glutammina mediante glutammina sintetasi (con formule)(pag 705). DOMANDA N.4: Transaminazione (pag 711). DOMANDA N.5 Struttura e ruolo del piridossal fosfato nella transaminasi (pag 711). DOMANDA N.6: Trasporto dell'ammoniaca al fegato (pag 720). DOMANDA N.7: Reazione complesiva del ciclo dell'urea (pag 720). DOMANDA N.8: Coenzimi della vitamina B 12 (pag 729). DOMANDA N.9: Aminazione riduttiva dell'-chetoglutarato (con formule) (pag 704). DOMANDA N.10: Meccanismo e ruolo della ubiquitinazione (pag 715). DOMANDA N.11: Reazione di transaminazione tra il glutammato e un formule) (pag 711). -chetoacido (con DOMANDA N.12: Formula di struttura e ruolo del piridossal fosfato nella transaminazione(pag 711). DOMANDA N.13: Trasporto dell'ammoniaca dal muscolo al fegato(pag 721). DOMANDA N.14: Sintesi e formula del carbammil fosfato(pag 709). DOMANDA N.15: Ubiquitinazione e velocita' di ricambio proteico (pag 715). Domande sul Capitolo 21 DOMANDA N.1: Biosintesi degli ormoni tiroidei T3 e T 4 .(pag 759). DOMANDA N.2: Riduzione dello zolfo inorganico (pag 743). DOMANDA N.3: Aminoacidi e loro metaboliti come neurotrasmettitori e regolatori biologici (senza formule) (pag 773). DOMANDA N.4: Utilizzo della tirosina nella sintesi degli ormoni tiroidei (pag 759). DOMANDA N.5: Sintesi della 3'-fosfoadenosina-5'-fosfosolfato (PAPS) (con formule) (pag 743). DOMANDA N.6: L'arginina come precursore dell'ossido di azoto (con formule) (pag 740). Domande sul Capitolo 23 DOMANDA N.1: Effetti biochimici e fisiologici dell'adrenalina.(pag 824) DOMANDA N.2: Dosaggi radioimmunologici (RIA).(pag 858) DOMANDA N.3: Effetti biochimici e fisiologici del glucagone (pag 824). DOMANDA N.4: Azioni dell'insulina (pag 824). DOMANDA N.5: Ruolo delle proteine G nella trasduzione del segnale (pag 838). DOMANDA N.6: Schema di funzionamento generale delle proteine G (pag 839). DOMANDA N.7: Caratteristiche e ruolo del glucagone (pag 825). DOMANDA N.8: Schema della regolazione della glicemia a opera della secrezione di insulina e glucagone (pag 825). DOMANDA N.9: Natura gerarchica dell'azione ormonale (pag 834). PARTE V: INFORMAZIONE Domande sul Capitolo 24 DOMANDA N.1: Struttura della DNA polimerasi I (pag 876). DOMANDA N.2: Forcella replicativa di DNA (pag 867). DOMANDA N.3: Modello di Okazaki nella replicazione del DNA (pag 865) DOMANDA N.4: Descrizione sommaria del replicone (pag 874). DOMANDA N.5: Struttura del DNA polimerasi I (pag 876). DOMANDA N.6: Reazione a catena della polimerasi (PCR) (pag 903). DOMANDA N.7: Natura sequenziale della replicazione del DNA (pag 871). DOMANDA N.8: Schema di replicazione dei genomi retrovirali (pag 899). DOMANDA N.9: Ruolo della DNA ligasi (pag 882). DOMANDA N.10: Differenze di azione tra le topoisomerasi di tipo I e di tipo II (DNA girasi) (pag 886). DOMANDA N.11: Come agisce l'uracil-DNA-N-glicosilasi sul DNA per rimuovere l'uracile? DOMANDA N.12: Nei batteriofagi a singolo filamento quale è il filamento più e quale il filamento meno? DOMANDA N.13: Uracil DNA N- glicosilasi: descrivere il meccanismo di azione DOMANDA N.14: Quale proteina di inizio si lega a Ori C per iniziare la replicazione di E. Coli? DOMANDA N.14: Quale è la differenza nel meccanismo di azione delle topoisomerasi di tipo I e di tipo II? DOMANDA N.15: Quale è la forma chimica dell’innesco nella replicazione del DNA? DOMANDA N.16: Quali sono le proteine presenti nella forca replicativa? DOMANDA N.17: Quali sono le caratteristiche generali della replicazione del DNA? DOMANDA N.18: Che accade quando un frammento di Okazaki raggiunge il 5' del frammento di Okazaki seguente? DOMANDA N.19: Quali sono i nomi e le funzioni conosciute delle DNA polimerasi eucariotiche DOMANDA N.20: Nomi e funzioni conosciute delle DNA polimerasiche eucariotiche. DOMANDA N.21: Quali sono i passaggi nella replicazione di E.Coli diretta da OriC? Domande sul Capitolo 25 DOMANDA N.1: Metilazione del DNA (pag 907). DOMANDA N.2: Dimeri di pirimidine e fotoriattivazione (pag 916). DOMANDA N.3: Dimeri di timina (con formule) e azione della fotoliasi (pag 916). DOMANDA N.4: Come funziona l’ O6-alchilguanina alchiltransferasi nella riparazione del DNA in E. Coli? DOMANDA N.5: Nella riparazione di DNA non correttamente appaiati come fa E. Coli a identificare il corretto filamento da riparare? DOMANDA N.6: Quante classi di enzimi di restrizione esistono? Illustrare brevemente le differenze. DOMANDA N.7: Quali sono i possibili tipi di taglio delle endonucleasi di restrizione? DOMANDA N.8: Quale è la base principalmente metilata nel DNA dei procarioti e in che modo? DOMANDA N.9: Cosa riconosce il complesso uvrA-uvrB nel DNA di E. Coli? DOMANDA N.10: Quali sono i possibili tipi di taglio dopo taglio con gli enzimi di restrizione? DOMANDA N.11: Quali geni di E. Coli sono coinvolti nel meccanismo di riparazione per excisione? DOMANDA N.12: Quali geni di E.Coli partecipano nella riparazione degli appaiamenti non complementari? DOMANDA N.13: Quale proteina di riparazione E.Coli è necessaria sia nella riparazione per ricombimazione che nella risposta SOS? Descrivere il meccanismo di azione di questa proteina. DOMANDA N.14: Quale gene si trova nella classe II e III dei trasposoni batterici ma non nella classe I? DOMANDA N.15: Quali processi biologici fondamentali coinvolgono la metilazione del DNA? DOMANDA N.16: Quale è la caratteristica comune dei trasposoni compositi? DOMANDA N.17: Quale è l'enzima che il batteriofago usa per la ricombinazione sito specifica? DOMANDA N.18: Quali sono le endonucleasi di restrizione maggiormente usate nella tecnologia del DNA ricombinante? Perché? DOMANDA N.19: Quale ruolo gioca il FADH2 nel meccanismo di fotoriattivazione? DOMANDA N.20: Quale sequenza è comunemente metilata nel DNA di E.Coli? DOMANDA N.21: Quali sono i tre geni comunemente trovati nei retrovirus? DOMANDA N.22: Quali sono le due proteine richieste per l'integrazione sito-specifica del batteriofago l nel genoma di E. Coli? DOMANDA N.23: In quale tipo di ricombinazione di E. Coli è coinvolta la proteina recA? DOMANDA N.24: Perché le mutazioni GC verso AT sono più frequenti rispetto ad altre mutazioni? DOMANDA N.25: Quali e quanti sono i sistemi di correzione degli errori nel DNA? DOMANDA N.26: Quanti tipi di elementi trasponibili esistono? Quali sono? DOMANDA N.27: Classificazione degli elementi genetici trasponibili. DOMANDA N.28: Come si svolge la replicazione dei retrovirus? Che tipo di innesco utilizzano? Domande sul Capitolo 26 DOMANDA N.1: RNA polimerasi DNA-dipendente (pag 960). DOMANDA N.2: Terminazione fattore-indipendente della trascrizione nei batteri (pag 971). DOMANDA N.3: Mutagenesi sito-specifica (pag 955). DOMANDA N.4: Maturazione del t-RNA (pag 995). DOMANDA N.5: Funzione della polinucleotide fosforilasi e della RNA polimerasi DNAdipendente (pag 960). DOMANDA N.6: Da quale estremità inizia la degradazione dell' RNA messaggero batterico? DOMANDA N.7: Spiegare come trova l'RNA polimerasi batterica il promotore? DOMANDA N.8: Quali sono le tre fasi della trascrizione? DOMANDA N.9: Quali e quante sono le subunità dell'RNA polimerasi di E. Coli? DOMANDA N.10: Quale è la direzione della trascrizione? DOMANDA N.11: Quale è la relazione tra le sequenze consenso delle regioni -35 e -10 dei promotori batterici e l'efficienza dell'inizio della trascrizione? DOMANDA N.12: Descrivere la struttura dell'RNA polimerasi di E.coli. DOMANDA N.13: Che caratteristiche presenta il primo nucleotide di una molecola di RNA? DOMANDA N.14: Quale subunità dell'RNA polimerasi di E. Coli è essenziale per legare l'enzima al promotore? DOMANDA N.15: Quali due proteine sono implicate nella correzione degli errori di trascrizione di E. Coli? DOMANDA N.16: Quali due tipi di terminazione della trascrizione possono avvenire in E. Coli? DOMANDA N.17: Quali sono i passaggi della maturazionedi un tRNA in E.Coli? DOMANDA N.18: Come funziona la terminazione r-indipendente? Domande sul Capitolo 27 DOMANDA N.1: Struttura di ribosomi procariotici (pag 1013). DOMANDA N.2: Velocità ed energetica della traduzione nei procarioti (pag 1026). DOMANDA N.3: Ridondanza del codice genetico (pag 1005). DOMANDA N.4: Processo di allungamento nella traduzione procariotica (pag 1021). DOMANDA N.5: Struttura degli mRNA procariotici e sequenze di Shine-Dalgarno (pag 1007). DOMANDA N.6: A che estremità si attacca l'aminoacido attivato al tRNA? DOMANDA N.7: Come è rilasciato il polipeptide dal ribosoma alla fine della traduzione? DOMANDA N.8: Quanti aminoacil tRNA sintetasi sono presenti in E. Coli? DOMANDA N.9: Quali sono le basi modificate comunemente trovate nei tRNA? DOMANDA N.10: Quali sono i tre passaggi della traduzione? DOMANDA N.11: Quali fattori sono richiesti per la formazione del complesso di inizio della traduzione nei procarioti? DOMANDA N.12: Quale è il segnale per terminare la traduzione nei procarioti? DOMANDA N.13: Che cosa è la Shine Dalgarno? A che serve? DOMANDA N.14: Quale rRNA contiene la sequenza complementare alla sequenza di Shine Dalgarno presente negli mRNA procariotici? DOMANDA N.15: Quali sono i passaggi nell'inizio della traduzione dei procarioti? DOMANDA N.16: Quali sono i passaggi nella fine della traduzione dei procarioti? Domande sul Capitolo 28 DOMANDA N.1: Dopo il nucleosoma quali sonoi livelli strutturali successivi della cromatina? DOMANDA N.2: Come fanno a compensare le cellule eucariotiche la dimensione più grande del genoma con la velocità di replicazione più bassa delle DNA polimerasi? DOMANDAN.3: Come riesce la telomerase ad allungare le estremità lineari dei cromosomi eucariotici? DOMANDA N.4: Nella trascrizione in cosa differisce l’RNA polimerasi II eucariotica dall’RNA polimerasi procariotica? DOMANDA N.5: Che cosa è il Cap presente negli mRNA eucariotici? DOMANDA N.6: Che cosa sono i “grani” della cromatina osservati nella microscopia elettronica? DOMANDA N.7: Quali sono le fasi della mitosi? DOMANDA N.8: Quale zona del cromosoma ha una più alta concentrazione di DNA satellite? DOMANDA N.9: Tra le proteine non-istoniche quali classi di proteine possiamo trovare? DOMANDA N.10: Sotto che forma possiamo trovare il DNA eucariotico? DOMANDA N.11: Che ruolo ha il cap nella traduzione? DOMANDA N.12: Che differenze aminoacidiche possiamo trovare se compariamo la traduzione dei procarioti con quella degli eucarioti? DOMANDA N.13: Nel complesso di inizio della trascrizione oltre all’RNA polimerasi che altre proteine si trovano? DOMANDA N.14: Come è chiamata l’unita ripetitiva della cromatina? Descrivere. DOMANDA N.15: Quale è il segnale nel pre-mRNA usato per specificare la poliadenilazione? DOMANDA N.16: Quale ruolo gioca nella “giuntatura” o “splicing” l’ snRNA? DOMANDA N.17: Quali sono le due principali caratteristiche che distinguono un mRNA eucriotico di uno procariotico? DOMANDA N.18: Dove avviene la poliadenilazione, il “capping” e la giuntatura dell’mRNA eucariotico? A cosa servono questi processi? DOMANDA N.19: Quali istoni si ritrovano nell’ottamero nucleosomico? Che caratteristiche presentano? DOMANDA N.20: Perché i telomeri eucariotici sono più corti? DOMANDA N.21: Perché la eplicazione degli eucarioti è più lenta che nei procarioti? DOMANDA N.22: Come sono classificate le proteine che si legano alla cromatina? DOMANDA N.23: Quali sono i passaggi di inizio nella trascrizione degli eucarioti? DOMANDA N.24: Quali sono i passaggi di terminazione nella trascrizione? DOMANDA N.25: Descrivere brevemente le fasi del meccanismo di “giuntatura”. DOMANDA N.26: Cosa è un plasmide e quale è un suo possibile utilizzo nelle tecniche del DNA ricombinante?