Linee Guida

U.O. VIROLOGIA UNIVERSITARIA
Centro di Riferimento Regionale Diagnostiche Virologiche Innovative
via San Zeno 35; Telefono: 050 559445-446; Fax: 050 559455
Sito web : www.virologia.unipi.it
Direttore: Prof. Mauro Bendinelli
LINEE GUIDA
(Giugno 2001)
SOMMARIO
Modalita’ di prelievo, conservazione e invio dei campioni
pag.
2
Infezioni sistema nervoso
pag.
5
Infezioni apparato respiratorio
pag.
6
Infezioni apparato urogenitale
pag.
6
Infezioni cutanee
pag.
7
Infezioni gastrointestinali
pag.
8
Infezioni epatiche
pag.
8
Infezioni neonatali
pag.
9
Infezioni oculari
pag.
9
Infezioni da retrovirus
pag.
10
Categorie di esami diagnostici
pag.
11
Isolamento e identificazione di virus in coltura
pag.
11
Ricerca e quantificazione di antigeni virali
pag.
11
Ricerca di genomi virali
pag.
12
Quantificazione di genomi virali
pag.
12
Caratterizzazione di genomi virali
pag.
12
Titolazione di anticorpi antivirali
pag.
13
Sede e orario apertura degli ambulatori
pag.
14
1
MODALITA’ DI PRELIEVO, CONSERVAZIONE E INVIO DEI CAMPIONI
I campioni devono essere inviati al laboratorio in contenitori idonei a loro volta preferibilmente
inseriti nelle apposite buste di plastica. Devono essere adeguatamente contrassegnati ed
accompagnati da una richiesta su ricettario regionale o dal modulo di richiesta specifico della U.O.
o da un modulo recante l’intestazione del reparto di provenienza. I moduli devono indicare con
chiarezza la tipologia degli esami richiesti ed eventuali altri dati utili all’analista.
Le modalità di raccolta e invio dei campioni rivestono importanza fondamentale.
Contaminazioni, scarso recupero del materiale, ritardato o errato invio al laboratorio
compromettono qualsiasi procedura di indagine.
Orario di accettazione
I campioni per la ricerca di antigeni virali, l’isolamento colturale, la ricerca quantificazione e
tipizzazione di genomi virali, dovranno pervenire al laboratorio entro le ore 12 di tutti i giorni e le
ore 11 del sabato.
I campioni per la ricerca e la titolazione di anticorpi antivirali dovranno pervenire entro le ore
13.
Contattare il laboratorio per programmare orari diversi da quelli sopra indicati.
Tempo di prelievo.
Ricerca di antigeni e genomi virali, isolamento in coltura

Infezione acuta: raccogliere i campioni quanto più precocemente possibile, entro 3 giorni e
non oltre 7 giorni dall’inizio dei sintomi, da siti clinicamente significativi.

Infezione cronica: raccogliere i campioni in presenza di segni di riattivazione clinica.
Ricerca di anticorpi antivirali

Valutazione dello stato immunitario o controllo dell’efficacia di vaccinazioni: inviare un
solo campione di sangue periferico.

Infezione acuta: inviare un campione di sangue periferico entro 5-7 giorni dalla comparsa
dei sintomi e un secondo campione dopo 2-4 settimane.

Infezione cronica: inviare un campione di sangue periferico.

Ricerca di anticorpi su liquor o altri liquidi biologici: inviare assieme ai campioni anche un
prelievo di sangue periferico. Evitare la contaminazione ematica al momento del prelievo.
Conservazione ed invio dei campioni.

Inviare rapidamente al laboratorio i campioni se possibile mantenendoli in ambiente
refrigerato +4°C ed avendo cura di non rovesciare i contenitori. E’ preferibile porre i
tamponi in apposito substrato di trasporto (disponibile a richiesta)
2

Per il buon esito delle analisi è essenziale attenersi alla seguente tabella:
Tipo di campione
Tipo di analisi
Il campione deve pervenire al
laboratorio entro:
Sangue con anticoagulante, Isolamento; ricerca di antigeni;
fluidi
biologici,
tamponi, ricerca,
quantificazione
e
7-8 ore
prelievi bioptici
tipizzazione di genomi virali (RT 5 ore (per ricerca di antigeni)
PCR e PCR)
Siero, plasma
Ricerca, quantificazione
e
tipizzazione di genomi virali (RT
12 ore
PCR e PCR)
Siero
Ricerca di anticorpi
24 ore
Feci
Isolamento, ricerca di antigeni;
ricerca,
quantificazione
e
7-8 ore
tipizzazione di genomi virali (RT
PCR e PCR)

Nel caso non fosse possibile rispettare i tempi previsti, osservare le seguenti modalità:
 conservare a –70°C campioni di plasma o siero per ricerca di genomi virali
 conservare a –70°C campioni di liquor dopo aver eliminato gli eventuali
globuli rossi mediante centrifugazione
 conservare a –70°C i tamponi
 conservare a –20°C campioni di siero per ricerca di anticorpi
 conservare a –20°C campioni di feci.
Il materiale dovrà essere inoltrato al laboratorio mantenendo la temperatura di
conservazione.
Raccomandazioni particolari.
Ricerca di anticorpi antivirali
inviare 5 ml di sangue intero.
Sangue periferico o midollare
Ricerca e quantificazione dell’antigene di CMV,
isolamento in coltura
inviare 10 ml di sangue con citrato di sodio o
EDTA.
Ricerca, quantificazione e tipizzazione di genomi
virali
inviare 5 ml di sangue con citrato di sodio o
EDTA (quantità sufficiente per due tipi esami).
Riempire in modo adeguato la provetta. Non
usare eparina, potente inibitore delle reazioni di
polimerasi
inviare rapidamente al laboratorio in contenitore
sterile. Non sono necessari substrati di trasporto.
Non diluire il campione. La refrigerazione è
critica in quanto nei fluidi corporei i virus sono
Liquidi biologici (liquido cefalorachidiano,
pericardico, pleurico, urine o altro)
3
estremamente labili.
Utilizzare tamponi per ricerche virologiche
Tamponi
sterile di cotone o Dracon. Sfregare
vigorosamente sulla parte di interesse, allo scopo
di
raccogliere
materiale
cellulare.
Preferibilmente porre il tampone in apposito
substrato di trasporto (fornito a richiesta).
Tamponi congiuntivali Eliminare eventuali essudati o pus presente con
un primo tampone. Utilizzare un secondo
tampone bagnato con soluzione fisiologica
sterile e sfregare accuratamente la superficie
interna della palpebra inferiore allo scopo di
recuperare elementi cellulari e liquido
congiuntivale. Prelevare separatamente da
occhio destro e sinistro.
Tamponi faringei
sfregare accuratamente tonsille e faringe
posteriore con un tampone bagnato con
soluzione fisiologica sterile.
Tamponi da lesioni cutanee esporre la base della lesione avendo cura di
eliminare croste e/o materiale purulento ove
presenti e sfregare vigorosamente. Raccogliere
l’eventuale fluido vescicolare, particolarmente
ricco di particelle virali, con un ago sterile.
Tamponi cervicali
con un primo tampone rimuovere il muco
presente sulla cervice. Utilizzare per il prelievo
un secondo tampone. Evitare la contaminazione
con la flora vaginale.
Tamponi uretrali
inserire nel meato uretrale per 2-4 cm. Ruotare
con attenzione per 3-4 volte
Tampone rettale
inserire nel retto per circa 5 cm. Ruotare con
attenzione per 2-3-volte
porli in contenitori contenenti 2-3 ml di substrato
Aspirati naso-faringei, bronco-aspirati
di trasporto.
Lavaggi naso-faringei, bronco-lavaggi (BAL), utilizzare soluzione salina sterile eventualmente
addizionata con albumina bovina e porre il
gargarizzati
materiale in contenitore sterile.
effettuare il prelievo in condizioni di sterilità,
Prelievi bioptici e autoptici
avendo cura di non mescolare campioni derivati
da zone diverse del tessuto. Campioni autoptici
devono essere raccolti entro 24 ore dal decesso.
Porre i campioni in un piccolo volume (1-2 ml)
di soluzione salina sterile o substrato di
trasporto. Non porre in soluzione fissativa.
raccogliere per aspirazione o ponendo un
Saliva
tampone in prossimità del dotto di Stenone.
raccogliere 10-30 grammi di feci in contenitore
Feci
sterile. Conservare in ambiente refrigerato per
ritardare la crescita batterica.
4
INFEZIONI SISTEMA NERVOSO
Campioni da
inviare
Ricerca antigeni
virali
Isolamento in
coltura rapida
(shell vials)
Enterovirus
CMV
HSV (solo da
biopsia)
Morbillo
Parotite
Rosolia
VZV
liquor o biopsia
cerebrale
Ricerca genomi
virali,
tipizzazione,
quantificazione
EBV
Enterovirus
(polio/non polio)
CMV
HIV
HSV
Morbillo
Parotite
JCV/BKV
VZV
aspirato
naso/faringeo,
tamponi
(naso/faringeo,
congiuntivale,
cutaneo)
Adenovirus
Herpes simplex
Influenza
Parainfluenza
Adenovirus
CMV
Enterovirus
HSV
Morbillo
Parotite (dotto di
Stenone)
Rosolia
VZV
CMV
Enterovirus
HSV
Morbillo
Parotite
VZV
feci, tampone
rettale
Adenovirus
Enterovirus
Enterovirus
Adenovirus
CMV
Herpes simplex
Morbillo
Parotite
BK
CMV
Adenovirus
CMV
HIV
urine
CMV
sangue con
EDTA o citrato di
sodio
sangue intero
Enterovirus
5
Titolazione
anticorpi
Adenovirus
Enterovirus
CMV
Virus della
coriomeningite
linfocitaria
Virus
dell’encefalite da
zecche (TBE)
EBV
Influenza
HIV
HSV
Morbillo
Parainfluenza
Parotite
Virus Toscana
VZV
dei virus ritenuti
possibilmente
coinvolti
INFEZIONI APPARATO RESPIRATORIO
Campioni da
inviare
aspirato e
tampone
naso/faringeo,
espettorato,
gargarizzato,
broncoaspirato,
broncolavaggio
(BAL)
Ricerca antigeni
virali
Adenovirus
CMV
Coronavirus
HSV
Influenza
Morbillo
Parainfluenza
Respiratorio
sinciziale
CMV
sangue con
EDTA o citrato di EBV
sodio
sangue intero
Isolamento in
coltura
Adenovirus
CMV
Enterovirus
HSV
Morbillo
Respiratorio
sinciziale
VZV
Ricerca genomi
virali
Rhinovirus
EBV
CMV
CMV
urine
CMV
Adenovirus
Enterovirus
Titolazione
anticorpi
per i virus ritenuti
coinvolti
INFEZIONI APPARATO URO-GENITALE
Campioni da
inviare
Ricerca antigeni
virali
Isolamento in
coltura
Biopsie, tamponi HSV
(cervicale,
cutaneo, uretrale,
vulvare, vaginale)
CMV
HSV
Urine
Adenovirus
CMV
HSV
Parotite
Ricerca e
tipizzazione
genomi virali
HPV
Titolazione
anticorpi
BKV/JCV
Adenovirus
CMV
HSV
Parotite
Sangue intero
6
INFEZIONI CUTANEE
Campioni da
inviare
aspirato e
tampone
naso/faringeo
Ricerca antigeni
Isolamento in
virali
coltura
Morbillo
Adenovirus
Enterovirus
Morbillo
Rosolia
CMV
tampone e liquido HSV
Enterovirus
vescicolare
HSV
biopsia /tampone
VZV
cutaneo
tampone
congiuntivale
feci e tampone
rettale
sangue con
EDTA o citrato di
sodio
Morbillo
urine
Ricerca genomi
virali
Enterovirus
Morbillo
Morbillo
CMV
Enterovirus
HSV
HPV
VZV
Morbillo
Enterovirus
Enterovirus
Morbillo
Morbillo
Titolazione
anticorpi
Adenovirus
Morbillo
Enterovirus
sangue intero
7
Adenovirus
Coxsackie virus B
HHV-6
HHV-7
HHV-8
HSV
Morbillo
Parvovirus B19
Rosolia
VZV
INFEZIONI GASTROINTESTINALI
Campioni da
inviare
Ricerca antigeni
virali
Isolamento in
coltura
Adenovirus
CMV
HSV
Adenovirus
Enterovirus
Biopsia
esofagea/gastrica/
intestinale
Adenovirus
Feci
Astrovirus
tampone rettale
Rotavirus
CMV
sangue con
EDTA o citrato di
sodio
sangue intero
CMV
Ricerca genomi
virali,
tipizzazione
quantificazione
Herpesvirus
Titolazione
anticorpi
CMV
Enterovirus
Adenovirus
Rotavirus
CMV
Enterovirus
HSV
INFEZIONI EPATICHE
Campioni da
inviare
Ricerca antigeni
virali
CMV
sangue con
EDTA o citrato di
sodio
Isolamento in
coltura
Adenovirus
CMV
Ricerca genomi
virali,
tipizzazione
quantificazione
CMV
HBV
HCV
HGV
EBV
TLMV
TTV
EBV, CMV, HSV
HAV
HBV
HEV
HCV
Parvovirus B19
sangue intero
Biopsia epatica
Titolazione
anticorpi;
conferma di
reattività
anticorpale
Adenovirus
CMV
HSV
VZV
8
CMV
HBV
HCV
HGV
HSV
EBV
TLMV
TTV
INFEZIONI NEONATALI
Campioni da
inviare
aspirato
naso/faringeo,
tamponi
(naso/faringeo,
congiuntivale,
cutaneo)
liquor
Ricerca antigeni
virali
Isolamento in
coltura
CMV
Enterovirus
HSV
Rosolia
VZV
Ricerca genomi
virali
CMV
Enterovirus
HSV
VZV
CMV
Enterovirus
VZV
CMV
Enterovirus
HSV
VZV
CMV
sangue con
EDTA o citrato di
sodio
sangue intero
CMV
CMV
HIV
Feci
Tampone rettale
urine
Enterovirus
Enterovirus
Titolazione
anticorpi
CMV
Enterovirus
HSV
Rosolia
VZV
CMV
HSV
Rosolia
VZV
CMV
HSV
Rosolia
INFEZIONI OCULARI
Campioni da
inviare
liquido lacrimale
o vescicolare
Tampone,
scraping
congiuntivale
Ricerca antigeni
Isolamento in
virali
coltura
Adenovirus
Adenovirus
HSV
CMV
VZV
Enterovirus
HSV
VZV
Adenovirus
Adenovirus
HSV
CMV
VZV
Enterovirus
HSV
VZV
Ricerca genomi
virali
CMV
Enterovirus
HSV
VZV
Titolazione
anticorpi
CMV
Enterovirus
HSV
VZV
Adenovirus
CMV
Enterovirus
HSV
VZV
sangue intero
9
INFEZIONI DA RETROVIRUS
Campioni da
inviare
Isolamento in
coltura
Ricerca e
quantificazione
genomi virali
HIV 1
sangue con
HIV 2
citrato di
sodio o con
EDTA
sangue intero
HIV 1
HIV 1
HIV 2
HIV 1
liquor
Sequenziamento
di isolati virali
per la
determinazione
della
farmacoresistenza
HIV 1
HIV 1
10
Titolazione
anticorpi;
conferma di
reattività
anticorpale
HIV 1
HIV 2
HTLV I/II
HIV 1
HIV 2
HTLVI/II
CATEGORIE DI ESAMI DIAGNOSTICI
Isolamento e identificazione di virus in coltura.
Ricerca e quantificazione di antigeni virali.
Ricerca di genomi virali.
Quantificazione di genomi virali.
Caratterizzazione di genomi virali.
Titolazione di anticorpi antivirali.
L’elenco è aggiornato al Giugno 2001. Le procedure diagnostiche disponibili sono in
continuo aggiornamento e sono in fase di validazione nuovi protocolli. Si prega di contattare il
laboratorio per la ricerca di virus o di anticorpi antivirali non presenti nel seguente elenco.
Isolamento e identificazione di virus in coltura.
Cod. reg.
Coltura rapida (su shell vials) per CMV (risultato in 48 ore)
Coltura rapida (su shell vials) per altri virus (risultato in 48-96 ore):
Adenovirus
Enterovirus
Herpes simplex 1 e 2
Morbillo
Parotite
Poliomavirus
Respiratorio sinciziale
Rosolia
Varicella
Isolamento tradizionale
Identificazione virale
91.14.5
91.24.1
91.24.1
91.24.1 x 2
91.24.1
91.24.1
91.24.1
91.24.1
91.24.1
91.24.1
91.24.2 x 3
90.86.2
Ricerca e quantificazione di antigeni virali.
Sangue con EDTA
o citrato
feci, tampone rettale
Citomegalovirus
91.16.7
Adenovirus
Astrovirus
Rotavirus
91.14.9
91.14.9
91.14.9
Adenovirus
Citomegalovirus
Coronavirus
Herpes simplex
Herpes simplex
Influenza
Parainfluenza
Respiratorio sinciziale
Respiratorio sinciziale
91.16.7
91.16.7
91.16.7
91.16.7 (IF)
91.14.9 (IE)
91.16.7
91.16.7
91.16.7 (IF)
91.14.9 (IE)
tamponi, aspirati, lavaggi
11
Ricerca di genomi virali.
CMV
Enterovirus
Epatite B
Epatite C
Epatite G
Epstein-Barr
Herpes simplex 1/2
Papillomavirus
Poliomavirus JC e BK
TTV
TMLV
Varicella /zoster
91.11.5 + 91.36.5
91.12.1 + 91.36.5
91.17.3 + 91.36.5
91.19.3 + 91.36.5
91.12.1 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
91.11.5 + 91.36.5
Quantificazione di genomi virali.
CMV
Epatite B
Epatite C
HIV 1 (quantificazione standard)
HIV 1 (quantificazione ultrasensibile)
TTV
91.11.5 + 91.36.5
91.17.3 + 91.36.5
91.19.4 + 91.36.5
91.22.3 + 91.36.5
91.22.3 + 91.36.5
91.19.4 + 91.36.5
Caratterizzazione di genomi virali.
Identificazione di mutanti di HIV-1 resistenti a farmaci
inibitori della trascrittasi inversa e della proteasi
Genotipo di HCV
Quasispecie di HCV
Caratterizzazione enterovirus polio/non polio
Genotipo di TTV
Tipizzazione dei papillomavirus
12
91.22.3 + 91.36.5 +
91.30.3 x 3
91.20.2
91.29.4
91.27.7
91.27.7
91.27.7
Titolazione di anticorpi antivirali
cod. reg.
Anticorpi neutralizzanti
Poliovirus
Coxsackievirus
91.13.2 x 3
91.13.2 x 6
Anticorpi fissanti il complemento
Adenovirus
Citomegalovirus
Coriomeningite linfocitaria
Influenza A/B
Parainfluenza 1-2
Respiratorio sinciziale
Rotavirus
91.15.7
91.15.7
91.15.7
91.15.7 x 2
91.15.7 x 2
91.15.7
91.15.7
Anticorpi IgM e IgG (saggi immunoenzimatici)
Citomegalovirus IgM e IgG
Encefalite da zecche (TBE) IgM e IgG
Epatite A IgM
Epatite A totali
Epatite C IgG
Epatite E IgG
Epstein-Barr virus IgM VCA
Epstein-Barr virus totali VCA
Epstein-Barr virus totali EA
Epstein-Barr virus IgG EBNA
Herpes simplex 1 IgM e IgG
Herpes simplex 2 IgM e IgG
HIV 1-2 totali
HTLV I/II IgG
Morbillo IgM e IgG
Parotite IgM e IgG
Parvovirus B19 IgM e IgG
Rosolia IgM e IgG
Toscana virus IgM e IgG
Varicella/zoster IgM e IgG
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
91.17.2
91.17.1
91.19.5
91.15.8
91.13.7
91.13.7
91.13.7
91.13.7
91.22.1 x 2
91.22.1 x 2
91.22.4
91.26.3
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
91.13.7 x 2
Anticorpi IgM e IgG (saggi in immunofluorescenza)
Hantavirus IgG
Herpes 6 IgM e IgG
Herpes 7 IgM e IgG
Herpes 8 IgG
91.16.6
91.16.6 x 2
91.16.6 x 2
91.16.6
13
Saggi di conferma in immunoblotting
Epatite C
HIV 1
HIV 2
HTLV I/II
91.20.1
91.23.1
91.23.5
91.13.2
Sede e orario di apertura degli ambulatori:
ricevimento e effettuazione prelievi;
consulenza virologica:
via San Zeno 35
tutti i giorni dalle ore 8.00 alle ore 10.30
consegna referti:
via San Zeno 35
tutti i giorni dalle 8.00 alle 13.00
14