Zaccaria

IL RUOLO DEL LABORATORIO
OSPEDALIERO
Dr.ssa Teresa Zaccaria
SC Microbiologia e Virologia U.
AO Città della Salute e della Scienza di Torino
Torino – IZSPLV
21 Maggio 2014
MICROFLORA
INTESTINALE UMANA
Colon
1010 UFC/mL
batteri aerobi,
1012 batteri
anaerobi
Ileo
106 UFC/mL
batteri aerobi,
105 batteri
anaerobi
Stomaco
102 UFC/mL
batteri aerobi
Digiuno
104 UFC/mL
batteri aerobi,
102 batteri
anaerobi
ESAMI COPROLOGICI ESEGUITI 2013
S.C.MICROBIOLOGIA e VIROLOGIA U
12000
11338
10000
8000
Totale esami
eseguiti
Positivi
(3.9%)
6000
4000
2000
444
0
Batteri + Virus + Parassiti + C.difficile
ESAMI COPROLOGICI ESEGUITI 2013
S.C.MICROBIOLOGIA e VIROLOGIA U
7000
6642
6000
5000
Totale esami
eseguiti
Positivi (1%)
4000
3000
2000
68
1000
0
1337 VIRUS
Batteri + Virus
5305 BATTERI
TIPOLOGIE DI ESAMI ESEGUITI 2013
S.C. MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA U.
324
Yersinia
341
STEC
2 Bacillus cereus
5 Vibrio cholerae
537 Adenovirus
779 Rotavirus
1275
21 Norovirus
Campylobacter
1713
1645
Shigella
Salmonella
FREQUENZA RELATIVA DI AGENTI
EZIOLOGICI DI GASTROENTERITE 2013
5
Adenovirus
19
Rotavirus
Salmonella
S.typhimurium (11 casi)
S.enteritdis (2 casi)
6
99%
Negativi
1%
Norovirus
15
Salmonella
22
Campylobacter
1
Shigella
Parassiti
INCIDENZA DI AGENTI EZIOLOGICI DI
GASTROENTERITE COMUNITARIA IN EUROPA
APPROPRIATEZZA DEI CAMPIONI FECALI
CLASSIFICAZIONE
DEI CARATTERI
ORGANOLETTICI
DELLE FECI
SOLO I TIPI
6-7
SONO IDONEI
PER I TEST
AGENTI EZIOLOGICI
Virus
Rotavirus
Adenovirus
Norovirus
Astrovirus
CMV
Batteri
Salmonella
Shigella
Campylobacter
Aeromonas
B.cereus
C.difficile
C.perfringens
STEC/EHEC
L.monocytogenes
MOTT
Plesiomonas
ETEC-EIEC-EPEC
TB complex
V.cholerae
Vibrioni n.c.
Y.enterocolitica
Miceti
Candida (?)
Microsporidium
Protozoi
B.coli
Cryptosporidium
Cyclospora
D.fragilis
E.histolytica
G.lamblia
Isospora
EZIOPATOGENESI
MECCANISMO
Tossine preformate
Moltiplicazione enterica
e/o
Tossinogenesi
Moltiplicazione enterica
e/o
Tossinogenesi
e/o
Invasività
SINTOMI
EZIOLOGIA
Incubazione di poche ore
Nausea e vomito
B.cereus
S.aureus
Diarrea acquosa (secretoria)
Non febbre
Virus enterici
C.perfringens
ETEC
Vibrioni
Cryptosporidium
Cyclospora
Diarrea infiammatoria
(muco/sangue/leucociti)
Dolore addominale
Febbre (±)
Campylobacter
C.difficile
Salmonella
Shigella
STEC
Y.enterocolitica
E.histolytica
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA Salmonella- Shigella
1:10
Rappaport
IZSPLV
Sierotipo
Terreno
selettivo
SS
Terreno
cromogenico
HE
MC
XLD
Incubazione a 37°C
Sierogruppo
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA Campylobacter spp.
Incubazione
a 42°C
Karmali
X-XV gtt
37°c 1h
+42°C x 72 ore in
microaerofilia
CampyThio
Campy-BAP
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA STEC (E.coli O157)
MAC broth
overnight
E.coli sorbitolo -
Incubazione a 37°C
CHROMagar
CT/SMAC
Identificazione biochimica
Tossine Stx1 e Stx2
Identificazione sierotipo
DIAGNOSI MOLECOLARE di EHEC,STEC, EPEC, EIEC
Esistono in commercio kit multiplex PCR Real-Time per la rilevazione qualitativa e diretta e
la differenziazione dei geni dei fattori di virulenza di EHEC,STEC, EPEC, EIEC/Shigella spp
in campioni fecali umani e in colture (ad es. RIDA®GENE EHEC/EPEC).
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA Yersinia enterocolitica
PBS
pH 7.6
Incubazione a 25°C
CIN
14-21 gg
Ureasi +
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA Aeromonas/Plesiomonas
Incubazione a 37°C
MK
Blood agar
colonie beta-emolitiche
Mc Conkey
colonie lattosio –
DNase culture +
Incubazione a 25°C
CIN
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA Vibrio spp.
H2O
peptonata
pH 8.5
5-8 ore
V. parahaemolyticus
TCBS
Saccarosio -
Incubazione a 37°C
V.cholerae
Saccarosio +
Antisieri anti O1
[Ogawa-Inaba] e
anti O139
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA B.cereus
Incubazione a 37°C
PEMBA
PEMBA
ELISA
Tossina diarroica
Identificazione biochimica
RPLA
B.cereus/thuringiensis
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA C.perfringens
PBS 1:5
+
C2H5OH
30’
PEA
ELISA
VN < 106 UFC/g feci
Enterotossina
RPLA
Identificazione biochimica
ANTIBIOGRAMMI
MICRORGANISMO
ANTIBIOTICI
Salmonella spp.
Ciprofloxacina
Ampicillina
Cotrimossazolo
Shigella spp.
Ciprofloxacina
Ampicillina
Cotrimossazolo
Campylobacter spp.
Eritromicina
Ciprofloxacina
Tetraciclina
Aereomonas spp.
Amoxicillina- Acido clavulanico
Piperacillina-Tazobactam
Cefotaxime
Imipenem
Aztreonam
Levofloxacina
Gentamicina
Cotrimossazolo
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Sensitivity: 104-105 bacteria
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
Laser
a.i.
m/z
Mass
Spectra
Drift Region
Desorption/Ionisation
Time-of-Flight
Detector
Molecular Mass
Matrix Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI)
ribosomi
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA ANTIGENI VIRUS ENTEROPATOGENI: Adenovirus e Rotavirus
Rotavirus
Adenovirus
DIAGNOSI MICROBIOLOGICA della DIARREA ACUTA
RICERCA ANTIGENI VIRUS ENTEROPATOGENI: Norovirus e Astrovirus
Norovirus
Astrovirus
RICERCA ED IDENTIFICAZIONE DI PATOGENI ENTERICI
(PCR multiplex)
RIVELAZIONE DI PATOGENI ENTERICI MEDIANTE
ELETTROFORESI (PCR multiplex)
ESAMI ESEGUITI C.difficile 2013
2500
2000
2386
Totale
(Interni+Esterni)
Positivi (11.2%)
1500
1000
267
500
0
2013
ESAMI ESEGUITI INTERNI C.difficile 2013
175 Esterni
2211
Interni
1973
Negativi
238 Positivi
Positivi = 10.8 %
ESAMI ESEGUITI ESTERNI C.difficile 2013
175
Esterni
146
Negativi
2211
Interni
29
Positivi
Positivi = 16.6 %
C.difficile: a foodborne pathogen??
Can J Infect Dis Med Microbiol Vol 23 No 1 Spring 2012
FOOD SAFETY CID 2010
C.difficile: a foodborne pathogen??
…Grazie per l’attenzione…