Sequenziamento Virale
Per comprendere la trasmissione del virus e per individuare somiglianze dei virus, nel tempo e nello spazio, si
valuta la variazione genomica. Si utilizzano sia il sequenziamento del virus che il polimorfismo di lunghezza dei
frammenti di restrizione (RFLP).
Il sequenziamento del virus confronta gli acidi nucleici amplificati agli aminoacidi corrispondenti presenti in una
regione bersaglio in base all’omologia percentuale e al clustering. La regione utilizzata più comunemente è
l’ORF5. Per l’RFLP, si utilizzano enzimi per tagliare gli acidi nucleici e si confrontano i pattern. Il sequenziamento
del virus è più preciso dell’RFLP. Ceppi simili possono avere pattern RFLP diversi, mentre ceppi con un pattern
RFLP simile possono avere acidi nucleici sufficientemente dissimili da essere collocati in raggruppamenti
filogenici diversi. Per questi motivi, il sequenziamento del virus sta diventando l’approccio raccomandato.
Nessuno di questi due strumenti viene utilizzato per monitorare la presenza di PRRSV, tuttavia sono stati ritenuti
il test ottimale per confermare la specificità della RT-PCR.
L’analisi delle sequenze dei genomi virali è ormai il metodo di elezione per la caratterizzazione degli isolati di
PRRSv. Il sequenziamento e l’analisi filogenetica vengono eseguiti su prodotti PCR provenienti da campioni; i
dati più attendibili vengono forniti dal siero e dai tessuti infetti. Generalmente, i dati relativi alla sequenza ORF5,
altamente variabile, sono i più attendibili per distinguere i ceppi, ed è disponibile un’ampia libreria di sequenze
ORF5 per il confronto. I rapporti filogenetici fra i ceppi vengono visualizzati con l’ausilio di alberi genealogici, che
possono essere generati a livello di singolo allevamento per monitorare le variazioni locali all’interno dell’
allevamento, come la comparsa di un nuovo ceppo oppure la ricomparsa di un’infezione. Tuttavia, le mutazioni
non casuali, per esempio quelle dovute alla ricombinazione o alla selezione genetica, possono influire sui pattern
degli alberi genealogici. Occorre dunque adottare cautela nell’interpretazione dei dati relativi ai potenziali nuovi
virus all’interno dell’allevamento..
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