Test genetici

COSA SONO? PERCHE’? A CHI? QUALE?
…. E UNA VOLTA CHE ARRIVA IL RISULTATO?
?
?
Di cosa stiamo parlando…..
Per test genetici si intendono comunemente
le “analisi di specifici geni, del loro prodotto
o della loro funzione, nonché ogni altro tipo
di indagine del DNA o dei cromosomi,
finalizzate ad individuare o a escludere
modificazioni (del DNA) verosimilmente
associate a patologie genetiche”
A
B
C
D
…
Basi azotate
DNA
cromosoma
gene
Test genetici: perché sono
diversi dalle comuni analisi di
laboratorio?
La richiesta può non provenire dal diretto interessato:
test pre-natali; test a minorenni
Possono essere eseguiti con finalità diagnostiche ma anche predittive
per patologie future
Il risultato acquisito è relativo al patrimonio genetico e identifica una
condizione permanente, come tale può:
modificare le scelte riproduttive del richiedente
avere ricadute su altri componenti della famiglia (che non
hanno
chiesto nulla e potrebbero non voler sapere nulla)
Potenziali benefici e rischi dei test genetici
BENEFICI
RISCHI
•  Formulazione o conferma della
diagnosi
•  Disponibilità di informazioni
prognostiche
•  Istituzione di terapia più
appropriata
•  Prevenzione di possibili
complicanze
•  Definizione del rischio
riproduttivo del soggetto e dei
collaterali
•  Rinuncia ad indagini inutili
  Fisici: prelievo in epoca
prenatale
  Medici: relativi a particolari
scelte riproduttive o terapie vd
mastectomia preventiva
  Psicologici: disistima,
alterazione dei rapporti
familiari per informazioni non
previste
  Altri: discriminazione sociale,
terapie inutili per errata
diagnosi
Peculiarità dei test genetici rispetto ad altre
analisi biomediche
Risultato del test
… quando sì non sempre è sì e no non sempre no
•  Risultato POSITIVO
•  Risultato NEGATIVO
Identificazione di una mutazione
Fibrosi cistica (FC): riscontro di
varianti rare di significato
incerto
Mancato riscontro di mutazioni
SMA: 5% falsi negativi-test del
portatore
BRCA1/2: 5-15% delle mutazioni
non vengono evidenziate
attraverso il sequenziamento
FC mancato riscontro di mutazioni
al test che identifica il 95%
delle mutazioni = probabilità
residua di essere portatore di
FC 1:491 (1:25 se non fa il test)
Peculiarità dei test genetici rispetto ad altre
analisi biomediche
Interpretazione del risultato
Eterogeneità genetica
Mutazioni alleliche
Eredità digenica
Penetranza incompleta
Sono “fattori di complicazione” per l’interpretazione del
risultato
Eterogeneità genetica = riduce la sensibilità clinica
Penetranza incompleta = riduce il Valore predittivo positivo
(p. che il soggetto positivo al test abbia la patologia)
Test Genetici: Classificazione
Tests
- Diagnostici
- Presintomatici/
predittivi
Materiali
Cromosomi
(citogenetica)
DNA (genetica
molecolare)
-Test del
portatore
- Predittivi di
suscettibilità
- Test prognostici
- Farmacogenetici
- Indagini medico
-legali
Altri (RNA,
proteine,
tessuti, ecc)
Test genetici
Test diagnostici
Effettuati su soggetti che sono affetti (diagnosi
clinica già formulata) o sospettati di essere affetti
da una determinata malattia; la domanda è se un
paziente con segni e sintomi clinici evidenti è
affetto da una specifica malattia, non se è “a
rischio” di svilupparla
Test presintomatici
Effettuati su soggetti che non presentano sintomi
clinici ma hanno una storia familiare positiva per
una determinata malattia; un risultato positivo
indica che il soggetto svilupperà (o potrà
sviluppare " test predittivo) la malattia ad un certo
momento della sua vita
Test predittivi per malattie comuni
multifattoriali
  Riguardano malattie complesse, identificano situazioni di suscettibilità o
resistenza nei confronti di queste patologie
  Definiscono la probabilità di ammalarsi di una determinata condizione
  la condizione si svilupperà se si combineranno diversi fattori genetici e/o
ambientali fino al raggiungimento di una “soglia di malattia”
  La presenza di uno o più fattori di rischio (o protettivi) genetici
conferisce un rischio maggiore (o minore) di sviluppare la malattia, che
si presenterà solitamente solo in una minoranza dei soggetti “a rischio”
  Esempi: diabete, malattia coronarica, malattie neurodegenerative
…….PERCHE’?
Le anomalie cromosomiche
Le malattie geniche
Alterazioni di piccoli frammenti del DNA (GENI)
all'interno di un cromosoma.
Non individuabili con l'analisi dei cromosomi.
Spesso ma non sempre sono trasmesse da uno o
entrambi i genitori.
Il gene difettoso può rimanere
nascosto (RECESSIVO) sia nei
maschi che nelle femmine
(entrambi hanno 2 cr. 7)
Il gene difettoso può rimanere
nascosto (RECESSIVO) solo nelle
femmine
(perché hanno 2 cr. X)
Come si trasmette il gene mutato?
A CHI…………..
In famiglia?
Tutto bene, grazie!
to
a
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r
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QUALE TEST?
Qual è il sospetto?
Anomalia Cromosomica
CITOGENETICA"CARIOTIPO
CITOGENETICA MOLECOLARE"FISH
Anomalia Genica
MOLECOLARE" SEQUENZIAMENTO,
MLPA, ARRAYCGH, TEST DI
METILAZIONE, SOUTHERN
BLOTTING….
Se il sospetto è………un’ ANOMALIA CROMOSOMICA
S. di DOWN
CARIOTIPO
Come ottenere un preparato cromosomico
Prelievo
di sangue
eparinato
Stimolare le cellule PHA
Coltivare
In vitro
Analizzare
Pipettare le cellule
su di un vetrino
fissare e colorare
Bloccare il
fuso mitotico
Aggiungere
soluzione ipotonica
Se il sospetto è………una MICRODELEZIONE
Del 22q
FISH
Consente di verificare se un
soggetto presenta nel suo
patrimonio genetico una
coppia (esito normale) o
una singola informazione
genetica per quanto
riguarda una regione
cromosomica
….. E ALTERAZIONI ANCORA PIU’ PICCOLE?
ARRAY
CGH
Se il sospetto è………un’ ANOMALIA GENICA
acondroplasia
FINISCE
Se il sospetto è………un’ ANOMALIA GENICA
acondroplasia
ANALISI MOLECOLARE MIRATA
SEQUENZIAMENTO
Che sono le mutazioni ?
CA
C
C
G
A
T
A
A
G
A
G T
C
T
A
T
T
C
T
G G TCA
G
Che sono le mutazioni ?
CA
C
C
G
A
T
A
A
A
A
G T
C
T
A
T
T
C
T
G G TCA
G
Mutazioni puntiformi
Che sono le mutazioni ?
C
CA
C
G
A
GT
C
T
A
T
G G T
T
T
A
A
G
A
C
T
CA
G
Che sono le mutazioni ?
C
CA
C
G
A
T
G G T
G
T
C
T
CA
delezioni
Che sono le mutazioni ?
CA
C
C
G
A
T
A
A
G
A
G T
C
T
A
T
T
C
T
G G TCA
G
Che sono le mutazioni ?
C
C
G
CA
A
G
TA
GT
A
C
G
C
G
A AG
G T
C
T
A
T
T
C
T
A
G G TC
inserzioni
Analisi diretta di mutazioni mediante
sequenziamento
Analisi mediante OLA delle 31 mutazioni più
frequenti causa di Fibrosi Cistica
MLPA (multiplex ligation dependent probe amplification)
I TEST GENETICI
•  SAPERE DI ESSERE
PREDISPOSTO PER
UNA MALATTIA
INCURABILE o DI
ESSERE PORTATORI
O AFFETTI DA UNA
MALATTIA
TRASMISSIBILE E’
BENE O MALE ?
I TEST GENETICI
•  EFFETTI PSICOLOGICI
•  CHI DEVE ESSERE
MESSO AL
CORRENTE ?
•  IL PROBLEMA DELLA
CONFIDENZIALITA’