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IDENTIFICAZIONE DI NUOVI GENI COINVOLTI NELLE DISTROFIE MUSCOLARI DEI CINGOLI MEDIANTE ARRAYS
E SEQUENZIAMENTO DI NUOVA GENERAZIONE (NGS)
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A. Torella , F. Del Vecchio Blanco , M. Dionisi , A. Garofalo , M. Iacomino , M. Mutarelli , M. Savarese , G. Piluso
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, V. Nigro
Dip. di Patologia Generale-Lab. di Genetica Medica, Seconda Università degli Studi di Napoli, Telethon Institute of
Genetics and Medicine (TIGEM)
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Telethon Institute of Genetics and Medicine (TIGEM)
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Dip. di Patologia Generale-Lab. di Genetica Medica, Seconda Università degli Studi di Napoli
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Campioni di DNA di soggetti affetti da distrofia muscolare sono stati da noi analizzati per i geni responsabili di LGMD:
il 30% dei pazienti presentava una mutazione nel gene CAPN3, il 10% nel gene DYSF , il 10% nei geni dei sarcoglicani
e un altro 10% negli altri geni noti LGMD:LGMD2A-N. Una significativa percentuale di pazienti con LGMD non aveva
alcuna mutazione nei 18 geni LGMD scoperti finora. In particolare, il 40% dei pazienti non ha una diagnosi molecolare.
La spiegazione è da ricercare nell'elevata eterogeneita' genetica. Le tecniche tradizionali presentano l'inconveniente di
concentrare la ricerca delle mutazioni su un singolo gene alla volta. Inoltre, gli attuali esami genetici sono lunghi, costosi e
senza effetti. I nuovi potenti approcci per l’analisi del DNA, come la next-generation sequencing (NGS) sono in procinto di
rivoluzionare il campo con un singolo strumento in grado di analizzare l’intero genoma umano per molte volte.
La nostra ricerca ha combinato analisi di linkage basata su SNP array e la tecnologia NGS al fine di scoprire mutazioni
“orfane” di LGMD.
I pazienti oggetto di studio sono stati selezionati secondo i seguenti criteri: a)diagnosi clinica di LGMD; b)diagnosi molecolari
non concluse, c)la maggior severità della malattia;
Tutti gli altri casi sono stati studiati mediante 8x60k Motor Chip, un array-CGH basato su oligonucleotidi con una copertura esonica completa dei geni coinvolti nelle malattie neuromuscolari che permette di individuare delezioni o duplicazioni
deleterie. Gli esomi di 16 soggetti appartenenti a 7 diverse famiglie sono stati sequenziati mediante NGS utilizzando la
piattaforma SOLID e, in parallelo, (1 famiglia) l’ Illumina HiSeq2000. Un certo numero di mutazioni sono state identificate.
In particolare quattro membri affetti di una famiglia con ereditarietà AD (LGMD1F) presentano una singola mutazione (frame-shift) non trovata negli altri membri della famiglia o controlli. In una seconda famiglia LGMD con ereditarietà AR abbiamo recentemente identificato una mutazione missenso in omozigosi nel gene ACADVL che è condivisa da tutti i membri
affetti della famiglia e da altri pazienti provenienti dalla stessa area geografica.
