Strategie biotec per l’incremento di resistenza alle malattie Come si difendono le piante dai patogeni? Difese costitutive: -barriere strutturali: es., cuticola, periderma, parete cellulare -metaboliti secondari tossici Difese indotte: - risposta locale: induzione di una serie di reazioni metaboliche al sito di infezione mirate a bloccare l’ingresso del patogeno -risposta sistemica (Resistenza sistemica acquisita, SAR) Strategie usate per produrre piante transgeniche Strategia 1: interferenza diretta con la patogenicità o inibizione della fisiologia del patogeno Strategia 1a – difesa costitutiva (inserire geni codificanti proteine antimicrobiche) Strategia 1b –difesa indotta (è una variante della strategia 1a dove le proteine antimicrobiche sono controllate da un promotore inducibile) Strategia 2: regolazione della naturale risposta di difesa indotta Strategia 2a: Modifica del sistema di riconoscimento del patogeno (es. geni R) Strategia 2b: Modifica delle vie di regolazione a valle (es. SAR) e fattori di trascrizione Strategia 3: “Pathogen mimicry” o vaccinazione genetica o resistenza indotta. Consiste nella manipolazione della pianta per indurre il riconoscimento di uno specifico patogeno attraverso sequenze derivate dal patogeno. Collinge et al. Eur J Plant Pathol (2008) 121:217–231 I geni più comuni inseriti in piante coltivate e di cui si stanno effettuando prove di campo negli USA Collinge et al. Annu. Rev. Phytopathol. 2010. 48:269–91 Strategia 1: interferenza diretta con la patogenicità o inibizione della fisiologia del patogeno • Strategia 1a – difesa costitutiva (inserire geni codificanti proteine antimicrobiche) • Strategia 1b –difesa indotta (è una variante della strategia 1a dove le proteine antimicrobiche sono controllate da un promotore inducibile) Si utilizzano geni di pianta o esogeni che possiedono attività antimicrobica o contrastano fattori di virulenza del patogeno • Esempio: sovraespressione del gene della chitinasi • Esempio: proteina antimicrobica KP4 • Esempio: sovraespressione del gene della chitinasi Fusariosi della spiga: Fusarium head Blight (FHB) Malattia causata da Fusarium graminearum e altre specie del genere Fusarium spp. Premature bleaching of wheat spikes. (Courtesy G. Bergstrom) Fusarium graminearum produce la micotossina Deossinivalenolo (DON) Concentrazioni massime di DON per il frumento e i suoi derivati (Commissione europea , regolamento comunitario n. 856/2005) Unprocessed common wheat and barley Unprocessed durum wheat and oats Flour Finished products Infant food DON (ppb) 1250 1750 750 500 200 EU Guidance Values for DON in Grain Intended for Animal Feedstuffs DON (ppb) Feed Grains 8000 Complete feedstuffs for pigs 900 Complete feedstuffs for calves, lambs and kids 2000 Il gene di chitinasi utilizzato: Families PR-1 Type member Tobacco PR-1a Properties antifungal PR-2 Tobacco PR-2 b-1,3-glucanase PR-3 Tobacco P, Q chitinase type I,II, IV,V,VI,VII PR-4 Tobacco 'R' chitinase type I,II PR-5 Tobacco S thaumatin-like PR-6 Tomato Inhibitor I proteinase-inhibitor PR-7 Tomato P69 endoproteinase PR-8 Cucumber chitinase chitinase type III Tobacco 'lignin-forming PR-9 peroxidase' peroxidase PR-10 Parsley 'PR1' 'ribonuclease-like' PR-11 Tobacco 'class V' chitinase chitinase, type I PR-12 Radish Rs-AFP3 defensin PR-13 Arabidopsis THI2.1 thionin PR-14 Barley LTP4 lipid-transfer protein PR-15 Barley OxOa (germin) oxalate oxidase PR-16 PR-17 Barley OxOLP Tobacco PRp27 'oxalate oxidase-like' unknown Produzione di piante transgeniche con la chitinasi Metodo biolistico – co-bombardamento pAHCBarChit + pAHC25 in embrioni immaturi costrutti pAHCBarChit: plasmide contenente un gene di chitinasi classe II (PR-3) di orzo T nos: terminatore della nopalina sintasi di A. tumefaciens uidA: gene per la β-glucuronidasi (GUS) di Escherichia coli Bar: gene per la phosphinothricin acetyltransferase (PAT) di Streptomyces hygroscopicus Selezione, rigenerazione e trasferimento in terreno delle piante T 0 Esperimenti di infezione Frumento-Fusarium graminearum Monitoraggio dell’infezione: Esperimenti di infezione Frumento-Fusarium graminearum % infected spikelets NS T Days post-infection Risultati delle infezioni effettuate in condizioni controllate (fitotrone) Incidenza della malattia sulle cariossidi Cariossidi malate Cariossidi sane Caratterizzazione molecolare Caratterizzazione molecolare Conclusioni • Due delle 7 linee transgeniche che hanno mostrato una aumentata resistenza alla fusariosi in serra, hanno confermato questa capacità in esperimenti di campo. • Entrambe queste linee (C8 and C17) hanno mostrato livelli di espressione della chitinasi più elevati rispetto alle altre linee. • Per ragioni non chiarite, la linea C15 che esprime alti livelli di chitinasi non mostra maggiore resistenza alla fusariosi in campo. • Esempio: proteina antimicrobica KP4 LA CARIE DEL GRANO (Tilletia caries, tilletia foetida) KP: ‘killer proteins’ (KP) isolata da un virus che infetta il fungo patogeno Ustilago maydis Le linee transgeniche mostrano una riduzione del sintomo del 30% L’attività antimicrobica è efficace su più specie fungine di patogeni Plant Biotechnology Journal Volume 4, Issue 1, pages 63-75, 8 SEP 2005 DOI: 10.1111/j.1467-7652.2005.00158.x http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1467-7652.2005.00158.x/full#f1 Biosafety studies Geni di pianta o esogeni che possiedono attività antimicrobica o contrastano fattori di virulenza del patogeno • Esempio: inibitore proteico della poligalattoronasi (PGIP) (esempio di sviluppo di resistenza ad ampio spettro) • Esempio: ossalato ossidasi (esempio di sviluppo di resistenza patogeno-specifica) Host response following fungal pathogen attack PAMPs effectors CWDEs Other components Hypersensitive response Phytoalexin synthesis Pathogenesis-related proteins (protease inhibitors, LTP, etc.) Ion fluxes Protein phosphorylation ROS Nucleus Signal cascade Activation of defencerelated genes • Esempio: inibitore proteico della poligalattoronasi (PGIP) (è anche un esempio di strategia di difesa ad ampio spettro) The effectiveness of PGIP as broad-spectrum disease resistance approach Plant species Pathogen Gene Test Reference Tobacco Rhizoctonia solani (fungus), Phytophthora parasitica var. nicotianae (oomycetes), Peronospora hyoscyami f.sp. tabacina (oomycetes) Pvpgip2 Growth chamber, field Borras-Hidalgo et al., 2012 Arabidopsis, wheat (Triticum aestivum) Fusarium graminearum (fungus) Pvpgip2, Atpgip1, Atpgip2 Growth chamber Ferrari et al., 2012 wheat (Triticum aestivum) Bipolaris sorokiniana (fungus) Pvpgip2 Growth chamber Janni et al., 2008 Tobacco Botrytis cinerea (fungus) Vvpgip1 Growth chamber Joubert et al., 2006 Tobacco Botrytis cinerea (fungus) Pvpgip2 Growth chamber Manfredini et al., 2006 Vitis vinifera Botrytis cinerea (fungus) pPGIP Growth chamber Agüero et al., 2005 Arabidopsis Botrytis cinerea (fungus) Atpgip1, Atpgip2 Growth chamber Ferrari eta l., 2003 Grapevines Xylella fastidiosa Bacteria pPGIP Growth chamber Perez-Donoso et al., 2010 Tomato Botrytis cinerea( fungus) pPGIP Growth chamber Powell et al., 2000 Brassica rapa ssp. pekinensis (Chinese cabbage) Pectobacterium carotovorum ssp. carotovorum, Bacteria Brpgip2 Growth chamber Hwang et al., 2010 Transgenic grape plants expressing pear pgip infected with B. cinerea AGÜERO et al MOLECULAR PLANT PATHOLOGY (2005) 6 ( 1 ) , 43–51 Costrutti utilizzati: Livelli di inibitore PGIP nelle piante transgeniche (T) e di Controllo (NS) Progressione dei sintomi dopo 7 e 19 giorni post infezione con F. graminearum T C C T Esperimenti di infezione in condizioni controllate g/spike Kernel yield per spike 1000 900 800 700 600 500 400 300 200 100 0 * * C C-I T T-I Average values of 5 combined resistance tests DON contamination of F. graminearum infected control (NS) and Transgenic (T) plants 14 DON mg/g 12 * 10 8 6 * 4 2 0 C-I T-I More than 50% reduction in DON accumulation in the transgenic infected plants Total Starch Total starch content (%) 66,00 64,00 62,00 * 60,00 * 58,00 56,00 54,00 52,00 50,00 NS NS- I T T -I Average values of 5 combined resistance tests Qual è il limite dell’approccio ad ampio spettro della PGIP? Che il patogeno produca la PG e che questa venga inibita dalla PGIP • Esempio: ossalato ossidasi (è anche un esempio di strategia patogeno-specifica) Planta (2008) 228:331–340 The general inability of economically important crops to develop germplasm resistant to Sclerotinia sclerotiorum has focused attention on the need for a more detailed understanding of the pathogenic factors involved in disease development. Oxalic acid is a virulence factor of S. sclerotiorum Oxalate secretion might enhance Sclerotinia virulence : • Oxalate might aid Sclerotinia virulence by shifting the apoplastic pH to a value better suited for enzymatic degradation of plant cell walls (Bateman and Beer, 1965). • Oxalate may be directly toxic to host plants, presumably because of its acidity (Noyes and Hancock, 1981). • oxalate anion could chelate cell wall Ca2+ compromising the function of Ca2+-dependent defense responses and weakening the plant cell wall (Bateman and Beer, 1965). • oxalate secretion by Sclerotinia suppresses generation of active oxygen species (ROS) and thereby compromises the defense responses of the host plant. Oxalate oxidase can eliminate oxalic acid secreted by S. sclerotiorum Oxalate oxidase C2O42− + O2 + 2 H+ -------> 2 CO2 + H2O2 oxalate Es: Brassica napus expressing Oxalate oxidase showed improved resistance against S. sclerotiorum - see the paper Strategia 1: interferenza diretta con la patogenicità o inibizione della fisiologia del patogeno Strategia 2: regolazione della naturale risposta di difesa indotta • Strategia 2a: Modifica del sistema di riconoscimento del patogeno (es. geni R) • Strategia 2b: Modifica delle vie di regolazione a valle (es. SAR) e fattori di trascrizione Si utilizzano geni di pianta o del patogeno che possono indurre o potenziare la risposta di immunità della pianta Esempio: utilizzo del gene di Resistenza Rpg1 Esempio: utilizzo del gene Npr1 • Esempio: utilizzo del gene di Resistenza Rpg1 364–369 PNAS January 7, 2003 vol. 100 no. 1 Barley cv Morex Barley cv Golden Promise • Esempio: utilizzo del gene Npr1 Jaemyung Choi , Sung Un Huh , Mikiko Kojima , Hitoshi Sakakibara , Kyung-Hee Paek , Ildoo Hwang The Cytokinin-Activated Transcription Factor ARR2 Promotes Plant Immunity via TGA3/NPR1-Dependent Salicylic Acid Signaling in <ce:italic>Arabidopsis</ce:italic> Developmental Cell Volume 19, Issue 2 2010 284 - 295 http://dx.doi.org/10.1016/j.devcel.2010.07.011 Infezione su spiga con F. graminearum Trattmento sulla foglia Trattmento sulla foglia NH1 (NPR1 di riso) sotto il controllo del promotore Ubi1 di mais induce una espressione costitutiva dei geni PR Strategie usate per produrre piante transgeniche Strategia 3: “Pathogen mimicry” o vaccinazione genetica o resistenza indotta Resistenza ai virus Virus del mosaico del tabacco Il controllo delle malattie virali è difficile: in genere si controllano gli organismi che ne consentono la diffusione (es. afidi, ma l’uso degli insetticidi ha un impatto limitato nel controllo della diffusione della malattia) o più efficacemente si attuano controlli colturali (rimozione delle piante malate o uso di varietà resistenti/tolleranti) Protezione crociata -1972: prima osservazione: l’inoculo di una pianta con un ceppo virale non molto virulento causava la protezione contro una successiva infezione con un ceppo virale molto virulento. Protezione crociata Quasi tutti i virus esprimono proteine dei seguenti tre tipi: • Proteine di rivestimento (Coat proteins, CPs); • Proteine di movimento (Movement proteins, MPs); • Proteine per la replicazione I meccanismi di difesa naturali delle piante sono diretti verso questi target e verso il genoma virale. Come funziona la resistenza indotta nelle prime piante GM resistenti ai virus? Sovraesprimendo nella pianta una proteina del virus (in genere la proteina del capside) si induce un processo noto come cosoppressione genica In caso di infezione la cellula vegetale transgenica “percepisce” che un gene è sovraespresso e risponde «bloccando» l’espressione del transgene e virale Strategia nota anche come Resistenza virale mediata dalla proteina del capside Waterhouse et al. trends in plant science November 1999, Vol. 4, No. 11 First example: Expression of the coat protein gene of Tobacco mosaic virus in transgenic tobacco (Nicotiana tabacum) plants is the first example of transgene-mediated resistance to a plant virus. Silenziamento genico nelle piante “Cosoppressione” originalmente descritta in una petunia transgenica in cui desiderava sovraesprimere la calcone sintasi (CHS), un enzima per la biosintesi delle antocianine (Jorgensen et al, Plant Cell 1990 2:279). (RNAi di un gene endogeno indotta da una inserzione di un transgene) 35S CHS cDNA promotore Processo che determina la downregulation di un gene •a livello della trascrizione (TGS)(es. trasposoni, geni retrovirali, eterocromatica) •o post-trascrizionale (PTGS)(dopo la trascrizione di un gene) Esistono due meccanismi correlati basati sull’RNA che determinano il silenziamento genico nelle piante : 1) RNA interference (RNAi): degradazione dell’mRNA 2) Metilazione del DNA controllata dall’RNA (RNAdirected DNA Methylation, RdDM): soppressione della trascrizione Meccanismo generale dell’ RNAi RNA a doppia elica dicer ribonucleasi siRNAs RISC Degradazione del trascritto Meccanismo generale dell’ RNAi RNA a doppia elica dicer ribonucleasi siRNAs RISC Degradazione del trascritto RNA a doppia elica o siRNAs scatenano la metilazione del DNA (RdDM) RNA aberrante priming RdRP, etc. ds RNA dicer ribonuclease siRNAs RISC Degradazione del trascritto RNAi fornisce una difesa contro virus e sequenze trasponibili, ma si è anche evoluto come meccanismo per produrre micro-RNAs (miRNAs) da sequenze endogene che regolano l’espressione genica durante lo sviluppo disturbando la stabilità o la traduzione dell’ mRNA target. DICER RISC Virus-induced gene silencing (VIGS) VIGS Principle Recombinant virus carrying a pant gene fragment: Viral replication DICER siRNA RISC RISC RISC Viral RNA Plant RNA VIGS di NbEDS1 compromette la resistenza al TMV mediata dal gene di resistenza N (N is a TIR-NBS-LRR protein)