UCSC Genome Bioinformatics

UCSC Genome Bioinformatics
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Cos'è? A cosa serve?
E' una banca dati che concentra i suoi
contenuti su sequenze di riferimento e bozze di
lavoro riguardanti una vasta collezione di
genomi.
Al suo interno sono presenti ”tools” che
spaziano da tabelle informative fino ad
applicazioni di algoritmi per mostrarne
l'espressione ,omologia ed altre informazioni
riguardo queste collezioni.
Indirizzo web : http://genome.ucsc.edu/
UCSC Genome Bioinformatics
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UCSC fornisce un portale con il progetto
ENCODE.
”ENCyclopedia Of Dna Elements”, consorzio
che prevede una collaborazione di ricerca
internazionale fondata dalla National Human
Genome Research (NHGRI).
Obiettivo principale di ENCODE è quello di
costruire un lista esauriente degli elementi
funzionali del genoma umano, includendoli a
livello proteico, genetico e RNA.
Genome Browser
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Questo primo
strumento permette di
ingrandire, scorrere
cromosomi e
individuare la posizione
dei geni in esso.
Con la possibilità di
espandere a livelli più o
meno dettagliati altre
informazioni
genomiche.
Indirizzo Web default :
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?org=human
Gene Sorter
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Altro strumento che
mostra espressione,
omologia ed altre
informazioni su gruppi
di geni che possono
avere informazioni
condivise.
Indirizzo web default:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear?org=human
Blat
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Strumento che riesce
a mappare
velocemente la nostra
sequenza genomica
desiderata e fare
allineamenti con
specie diverse
presenti nel browser.
Indirizzo Web default:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?org=human
Table Browser
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Tool che fornisce un
accesso ”conveniente”
alla base di dati
sottostante.
Indirizzo Web default:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?org=human
VisiGene
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Ulteriore strumento che
ci permette di fare una
ricerca attraverso una
vasta collezione di
immagini per esaminare
modelli di espressione.
Indirizzo Web default:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgVisiGene?org=human
Genome Graphs
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Quest'ultimo strumento
consente di caricare e
visualizzare differenti set
di dati di un ampio
genoma.
Indirizzo web default:
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGenome?org=human
Articoli
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Tutte le informazioni relative al UCSC si
possono trovare nel dettaglio:
”UCSC genome browser database”
”ENCODE whole genome data UCSC genome
browser”
Esercizio
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Trovare gene COX4I1
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Qual'è la posizione cromosomica?
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Cos'è il gene?
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Dove viene espresso maggiormente? Dove meno?
Dove mai?
Trovare informazioni riguardanti:
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Sequenze ESTs
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Isole CpG
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Percentuale CG
By:
Stefano Cancian VR076787
Luca Marcolungo VR084783
Mattia Gabrielli
Agnese Lai VR080156
Elisabetta Beneduce VR079934
Martina Bonuzzi VR 083367
Andrea Bardilli VR066745
Sara Belloni VR079945
Roberta Zampieri VR080002
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Scegli un gene:
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Quante ORF contiene?
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Quanti esoni?
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Contiene selenocisteine?
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Ha ortologie? E con chi?
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Trova la sequenza di DNA
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Tramite BLAT trova gli allineamenti
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Quante regioni di appaiamento ci sono?
Esercizio-facoltativo
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Trova la sequenza di DNA
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Aggiungi a monte e a valle 50 nucleotidi
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Crea dei primer con PCR
Soluzioni
A gene that is more highly expressed in a tissue is colored red,
and a less expressed gene is shown in green. The values are
colored on a logarithmic scale. This coloring is standard, but is the
opposite of what an inexperienced user might expect: in this case,
red means go and green means stop! Black indicates that a gene
is neither over- nor under-expressed in the tissue. Uncolored
boxes (white on most browsers) represent missing data.
Matching bases in cDNA and genomic sequences are
colored blue and capitalized. Light blue bases mark the
boundaries of gaps in either sequence (often splice sites).