La struttura quaternaria

La struttura quaternaria
La struttura quaternaria
L ultimo livello nella gerarchia strutturale delle proteine è rappresentato dalla
L’ultimo
struttura quaternaria.
Struttura
supersecondaria
Domini
La struttura quaternaria
Le proteine che sono costituite da una sola catena polipeptidica sono chiamate
monomeriche.
Esiste un consistente numero di proteine costituite da un certo numero di
catene polipeptidiche
li
idi h identiche,
id i h chiamate
hi
subunità,
à che
h sii associano
i
i modo
in
d
specifico a formare una molecola multimerica. Si dice che queste proteine
hanno una struttura quaternaria. Le zone di contatto fra le subunità sono
costituite da catene laterali non polari e caratterizzate da interazioni di van der
Waals, legami idrogeno e talvolta ponti disolfuro intercatena.
Le subunità p
possono funzionare in modo indipendente
p
una dall’altra oppure
pp
in
modo cooperativo, così che la funzione di una subunità sia dipendente dallo
stato funzionale delle altre subunità.
Altre proteine sono costituite da catene polipeptidiche,
polipeptidiche e quindi da subunità,
subunità
diverse, ciascuna con una diversa funzione.
La struttura quaternaria
Sono svariate le ragioni per cui le proteine costituite da diverse subunità
(invece che da un’unica enorme catena polipeptidica) sono così comuni.
In particolare:
- eventuali difetti possono essere
riparati sostituendo la subunità
difettosa.
- Il sito di formazione della subunità
può essere diverso da quello di
assemblaggio della struttura finale e la
sola informazione genetica necessaria
è specificare le diverse subunità che si
devono assemblare.
La struttura quaternaria
- nell caso degli
d li enzimi,
i i aumentarne le
l
dimensioni attraverso l’associazione
di subunità identiche è più efficiente
che aumentare la lunghezza della
catena polipeptidica, poiché ogni
subunità ha un sito attivo.
Inoltre, la costituzione a subunità
fornisce le basi strutturali per la
regolazione della loro attività.
La struttura quaternaria
Nel formare i multimeri, le subunità si dispongono in modo simmetrico, cioè
occupano posizioni geometricamente equivalenti, secondo le seguenti
operazioni di simmetria rotazionale:
- simmetria ciclica, in cui le subunità
sono correlate da un singolo asse di
rotazione;
i
- simmetria diedra, caratterizzata dalla
composizione
p
di un asse di rotazione di
ordine n con un asse di rotazione di
ordine
2
(che
si
intersecano
perpendicolarmente);
- altre simmetrie possibili sono quella
tetraedrica, ottaedrica e icosaedrica.
Kin exercises/Protour1-8
La struttura quaternaria
Alcune proteine multimeriche presentano simmetria elicoidale.
elicoidale
Le subunità chimicamente identiche dell’elica non sono strettamente
equivalenti, perché, per esempio, quelle alle estremità dell’elica hanno un
environment diverso rispetto a quelle nel mezzo.
mezzo
Tuttavia l’intorno di tutte le subunità
nell’elica, tranne quelle vicino alle
estremità, sono sufficientemente simili,
per cui le subunità sono dette quasiequivalenti.
I virus
I virus
I virus sono parassiti costituiti da molecole di acido nucleico (DNA o RNA, a
doppia o singola elica) circondate da un rivestimento protettivo costituito da
proteine, chiamato capside. Alcuni virus hanno anche una membrana a doppio
strato lipidico,
p
, chiamato p
pericapside
p
o envelope, che riveste il capside.
Un acido nucleico non potrebbe mai
codificare una singola molecola
proteica tanto grande da racchiuderlo.
Il capside dei virus, quindi, è
costituito da innumerevoli copie di
una o alcune catene polipeptidiche.
I virus hanno forme e dimensioni
diverse: in particolare, il capside può
essere sferico o a bastoncello.
I virus
La conoscenza in dettaglio (struttura tridimensionale a livello atomico) del
capside dei virus potrebbe essere importante per progettare farmaci antivirali.
Per esempio, l’entrata dei virus nelle cellule dei mammiferi dipende dal
riconoscimento
i
i
specifico,
ifi
d parte del
da
d l capside
id virale,
i l di proteine
i o carboidrati
b id i
(recettori) che si trovano sulla superficie delle cellule dei mammiferi. Questa
interazione gioca un ruolo cruciale e composti che interferiscono con questa
interazione dovrebbero bloccare l’infezione.
l’infezione
I siti di legame virale sulla superficie delle cellule ospite sono anche i target
degli
g anticorpi,
p p
per cui il sistema immunitario dell’ospite
p
ha con tutta
probabilità giocato un ruolo importante nell’evoluzione dei virus animali. La
conoscenza, quindi, delle regioni di superficie di questi virus dovrebbe aiutare
a capire meglio gli adattamenti strutturali che i virus hanno evoluto per eludere
le difese dell’ospite.
I virus
L esistenza di tutti i virus dipende dalla loro
L’esistenza
abilità di infettare le cellule, inducendole a
generare altre particelle di virus.
Le cellule infette g
generalmente muoiono
durante questo processo.
Il ciclo di infezione dei virus si può così
schematizzare:
- i virus rilasciano il loro acido nucleico
((ss/ds-DNA,, ss/ds-RNA)) nella cellula ospite,
p ,
spesso insieme a proteine virali;
I virus
- la macchina biosintetica della cellula ospite
p
viene utilizzata per la replicazione,
trascrizione e traduzione dei geni virali, a
spese dell’espressione dei geni cellulari;
- le nuove particelle di virus generate lasciano
la cellula infettata per infettare nuove cellule.
I virus
Immagini al
microscopio elettronico
I virus
Le proteine che costituiscono il capside dei virus si dispongono in modo
simmetrico o quasi-simmetrico.
Sono note due possibili disposizioni (assemblaggi di natura quaternaria,
q
quindi):
)
- virus con capside elicoidale, in cui le subunità proteiche si associano
a formare un bastoncello elicoidale;
- virus con capside sferico, in cui le subunità proteiche si aggregano a formare
un poliedro.
Considerato l’elevato numero di subunità proteiche (fino ad alcune centinaia)
coinvolte nella formazione del capside dei virus, essi rappresentano l’esempio
più complesso di organizzazione delle proteine in struttura quaternaria.
quaternaria
Virus con capside elicoidale
Un esempio di virus con capside elicoidale è dato dal virus del mosaico del
tabacco (TMV).
TMV ha una forma a bastoncello, è lungo circa 3000 Å, ha un diametro di
180 Å e ha
h una massa di 40 milioni
ili i di dalton.
d l
Il suo capside è costituito da circa 2130 copie
identiche di una p
proteina ((158 aminoacidi),
)
disposte a formare un’elica destrorsa cava
(diametro cavità circa 40 Å), caratterizzata da
n = 16.3 subunità per giro, p = 23 Å.
TMV contiene una molecola di RNA a singola
elica che si avvolge nella cavità interna seguendo i
giri dell
dell’elica
elica di proteine,
proteine in modo tale che 3
nucleotidi interagiscano con una subunità proteica.
Virus con capside elicoidale
Lo stato di aggregazione delle proteine del capside di TMV dipende dal pH e
dalla forza ionica.
- pH basico, bassa forza ionica:
le proteine formano complessi di solo
alcune subunità;
- pH basico, alta forza ionica:
le subunità si associano a formare
dischi a doppio strato (17 subunità per
di )
disco);
Virus con capside elicoidale
- pH
H neutro, bassa
b
f
forza
i i
ionica:
le subunità formano corte eliche di
poco più di 2 giri, chiamate
protoeliche;
- pH acido, bassa forza ionica:
le protoeliche si impilano in modo
imperfetto e alla fine si fondono a
formare
un lungo
bastoncello
elicoidale.
Virus con capside elicoidale
Immagini al microscopio
elettronico per seguire
l’andamento dell’aggregazione
d ll proteine
delle
i del
d l capside
id di
TMV, passando da pH = 7 a
pH = 5, in condizioni di bassa
forza ionica.
ionica
Virus con capside elicoidale
L analisi cristallografica a raggi X ha mostrato che ciascuna subunità del
L’analisi
capside del virus MTV è costituita da un bundle di 4 eliche, disposto in modo
radiale rispetto all’asse dell’elica del virus.
asse elica virus
Structure of the TMV protein disk in cross
section showing its polypeptide chains as ribbon
diagrams.
Assembly of TMV. (a) The process begins by the insertion
of the hairpin loop formed by the initiation sequence of
the viral RNA into the protohelix’s central cavity.
Assembly of TMV. (b) The RNA then intercalates
between the layers of the protohelix
protohelix, thereby
ordering the disordered loop and trapping the
RNA.
Page 1378
Assembly of TMV. (c) Elongation proceeds by
the stepwise addition of protohelices to the
“top” of the viral rod.
Electron micrograph of partially reconstituted
TMV particles showing that their two RNA
tails emerge from the same end of the growing
viral rod.
rod
Virus con capside sferico
Un altro modo in cui subunità equivalenti si dispongono a costituire il capside
dei virus è quello di formare un poliedro sferico, secondo due principi base:
- specificità: le subunità devono riconoscersi con precisione per formare la
giusta
i
i
interfaccia
f i di interazioni
i
i i non-covalenti,
l i visto
i
che
h i virus
i
sii assemblano
bl
spontaneamente dai loro componenti individuali;
- economia genetica: il capside è costituito da molte copie di alcuni tipi di
subunità.
Q
Questi
due p
principi
p implicano
p
la simmetria: p
pattern di legame
g
ripetuti
p
e
specifici di unità costituenti identiche portano ad una struttura finale
simmetrica.
Virus con capside sferico
Come disporre in modo simmetrico oggetti identici in modo tale da costruire
una sfera?
Esiste solo un numero limitato di modi per farlo e fra questi la simmetria
icosaedrica è la
l più
i alta
l possibile,
ibil permettendo
d all maggior
i numero di oggettii
identici di formare una sfera.
Lo studio del capside dei virus sferici con il microscopio elettronico e con la
cristallografia a raggi X ha indicato che la simmetria icosaedrica sta alla base
della loro architettura.
architettura
Virus con capside sferico
L’icosaedro è un oggetto approssimativamente sferico costituito da 20 triangoli
equilateri identici. La sua simmetria è descritta da tipi diversi di rotazioni, che
lo pportano a
coincidere con
se stesso.
12 vertici
(asse di rotazione
di ordine 5)
20 facce
(asse di rotazione
di ordine
di 3)
30 spigoli
(asse di rotazione
di ordine 2)
Kin exercises/Viral-coat
Vi con capside
Virus
id sferico
f i
L’icosaedro presenta 12 × 5 = 60 (o 20 × 3, o 30 × 2) posizioni equivalenti.
Ogni oggetto che presenta simmetria è costituito da parti più piccole, identiche
e messe in relazione una con l’altra da operazioni di simmetria; tali parti
vengono chiamate “unità
unità connesse da simmetria
simmetria” o “unità
unità asimmetriche
asimmetriche”.
Le subunità proteiche che costituiscono il capside dei virus sferici sono unità
asimmetriche: il numero minimo di subunità proteiche necessarie a formare il
capside con simmetria icosaedrica è quindi uguale alle posizioni equivalenti
dell’icosaedro.
Le proprietà di simmetria dell
dell’icosaedro
icosaedro non si limitano alla superficie,
superficie ma si
estendono all’intero volume. Un’unità asimmetrica è quindi una parte di questo
volume: è un cuneo che parte dalla superficie, fino al centro dell’icosaedro.
Virus con capside sferico
L icosaedro ha 60 unità asimmetriche, per cui il numero minimo di subunità
L’icosaedro
proteiche richiesto per formare il capside di un virus a simmetria icosaedrica è
60.
Ciascuna unità asimmetrica può contenere una o più catene polipeptidiche.
polipeptidiche
X-Ray structure of satellite tobacco mosaic virus
(STMV) The virion is shown in cutaway view along
(STMV).
its icosahedral (T-1) 5-fold axis.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Virus con capside sferico
In un capside sferico costituito solo da 60 subunità proteiche ben poco spazio è
lasciato alla molecola di DNA/RNA.
I virus autosufficienti hanno genomi molto lunghi, che codificano per enzimi
necessari alla replicazione del loro acido nucleico virale, oltre che per le
proteine strutturali del capside. Questi genomi necessitano ampi spazi
all’interno del capside e quindi un capside più grande.
Come si può costruire un capside più grande mantenendo la simmetria
icosaedrica?
L’aumento delle dimensioni di ciascuna subunità porterebbe ad un piccolo
guadagno nelle dimensioni del capside ma ad un notevole suo ispessimento.
Il solo modo possibile è aumentare il numero delle subunità, cioè ciascuna
unità asimmetrica dell’icosaedro deve contenere più di una subunità (che
possono essere identiche o diverse).
diverse)
Virus con capside sferico
Il numero totale di subunità costituenti il capside deve essere un multiplo intero
di 60.
Donald Caspar e Aaron Klug nel 1962 hanno dimostrato che solo alcuni
multipli interi (1, 3, 4, 7, …) di 60 (subunita’ proteiche) sono possibili per
mantenere la specificità delle interazioni all’interno della simmetria icosaedrica,
in modo tale che i contatti proteina-proteina siano simili.
Questi multipli interi sono chiamati numeri di triangolazione T.
I valori di T permessi sono dati dalla seguente formula:
T = h2 + hk + k2
[h, k interi positivi]
Nel caso di T = 1 le subunità proteiche si impaccano a formare l’icosaedro in
modo
d strettamente
t tt
t equivalente.
i l t
Nel caso di T > 1 le subunità si possono impaccare con pattern di legame solo
leggermente diversi, in modo quasi equivalente.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 1
I virus satellite, che sono non autosufficienti, poiché non codificano da soli tutte
le funzioni richieste per la loro replicazione, hanno il capside sferico costituito
soltanto da 60 catene p
proteiche ((numero di triangolazione
g
T = 1).
)
Un esempio è il virus satellite della necrosi del tabacco, che è anche uno dei
più piccoli finora conosciuti. Esso ha un diametro di 180 Å e per replicarsi ha
bisogno dell’aiuto del virus della necrosi del tabacco.
Il suo RNA codifica
per una sola catena
polipeptidica
(195 aminoacidi)
i
idi)
per unità
asimmetrica
dell icosaedro.
dell’icosaedro
Virus con capside
p
sferico:
sferico: T = 3
Nel caso di T = 3 (180 subunità), ciascuna unità asimmetrica contiene 3
subunità proteiche (A, B e C) con un diverso environment.
Le subunità A interagiscono intorno all’asse di rotazione di ordine 5, mentre le
subunità B e C si alternano intorno all’asse di rotazione di ordine 3.
Ci sono, quindi, 6 subunità (3 B e 3 C)
disposte in modo pseudo-simmetrico intorno
all’asse di rotazione di ordine 3,
3 che diventa
quindi anche un asse di pseudo-simmetria di
ordine 6.
La disposizione delle subunità intorno
all’asse di simmetria di ordine 5 e a quello di
pseudo-simmetria di ordine 6 dovrebbe
essere molto simile, con piccole alterazioni
delle modalità di impaccamento.
T=3
T = 3 icosadeltahedron. (a) Exact rotational symmetry of an
icosahedron (solid symbols) plus local 66-fold
fold, 33-fold
fold, and
2-fold rotational axes (hollow symbols).
(b) 3 quasi-equivalent sets of 60 icosahedrally related lobes.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Virus con capside
p
sferico:
sferico: T = 3
Un esempio di capside di virus sferico con T = 3 è dato dal virus del pomodoro
(tomato bushy stunt virus). Questo virus contiene 180 catene polipeptidiche
chimicamente identiche (386 aminoacidi) per un diametro totale di 330 Å.
Å
Ciascuna subunità è costituita da un dominio R, una regione di loop (a) che
connette R con il dominio S,
a formare il guscio virale,
virale
e da un dominio P che si
A
proietta fuori dalla superficie.
B
C
I domini P ed S sono collegati
da una cerniera (h).
Le catene polipeptidiche
identiche hanno diverse
strutture tridimensionali
quando formano le 3
subunità A, B e C.
Radial organization of TBSV indicating the
distribution of its protein and RNA
components.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Page 1381
X-Ray structure of the tomato bushy stunt
virus (TBSV) coat protein subunit.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 3
In particolare, la cerniera (h) della subunità C è diversa da quelle nelle strutture
A e B, per cui i domini S e P sono orientati in modo piuttosto diverso.
Fra A e B non ci sono grandi differenze strutturali, ma solo alcune differenze
locali, specialmente nelle zone di interazione.
Le differenze conformazionali
delle 3 subunità servono per
mantenere la quasi equivalenza
nella maggior parte delle regioni
di contatto e accettare i 3 diversi
environment.
i
t
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 3
I domini S delle subunità A si impaccano intorno all’asse di ordine 5, quelli
delle subunità B e C si alternano intorno ad un asse di ordine 3.
I domini P delle subunità C interagiscono
g
a 2 a 2 intorno all’asse di rotazione di
ordine 2, mentre quelli delle subunità A e B sono messi in relazione da assi di
pseudo-simmetria di ordine 2.
A
B
C
Architecture of the TBSV capsid. (a) The C subunit
arms of TBSV protein pack about the capsid
capsid’ss exact
3- fold axes (triangle) and associate as β sheets.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Architecture of the TBSV capsid. (b) A stereo
cutaway drawing showing the capsid’s
internal scaffolding of C subunit arms.
From: Biochemistry – Voet & Voet (2004) J. Wiley and Sons Inc.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 3
Un altro esempio con T = 3 è dato dai picornavirus, una grande famiglia di
virus animali con RNA a singola elica. Essi sono stati classificati in 4 gruppi:
- cardiovirus
di i (virus
( i dell’encefalomiocardite),
d ll’
f l i
dit )
- enterovirus (virus della polio e dell’epatite A),
- rinovirus (virus del raffreddore),
- aftovirus.
aftovirus
Tutti questi virus hanno una massa molecolare di
circa 8.5 milioni di Dalton, di cui il 30% è dovuto
alla molecola di RNA.
L’ RNA occupa l’interno della sfera e si estende
dal centro per un raggio di 110 Å,
Å mentre il
capside che circonda l’RNA ha uno spessore di
circa 30-40 Å.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 3
I loop
p che p
protrudono dal capside
p
vengono
g
riconosciuti dal sistema
immunitario dell’ospite e contengono la maggior parte dei siti di legame per
gli anticorpi dell’ospite.
Le cavità
i superficiali
fi i li circondate
i
d
d queste
da
protuberanze in alcuni casi rappresentano siti
specifici per i recettori sulla superficie della
cellula ospite.
ospite
Le proteine che costituiscono il capside dei
picornavirus devono quindi avere la capacità
di mantenere i siti dei recettori che rendono i
virus infettivi, anche accettando mutazioni
per sfuggire alle difese del sistema
immunitario dell’ospite.
p
Virus con capside
p
sferico:
sferico: T = 3
Il capside di tutti i picornavirus è costituito da 60 copie di ciascuna delle 4
catene polipeptidiche chiamate VP1, VP2, VP3 e VP4 (quest’ultima
completamente all’interno del capside).
VP1, VP2 e VP3 sono 3 proteine diverse, senza significativa omologia di
sequenza tra loro.
Esse comunque,
Esse,
comunque si dispongono a formare il capside in un modo molto simile a
quello osservato per i virus con le 3 catene polipeptidiche chimicamente
identiche.
Virus con capside
p
sferico:
sferico: T = 3
Questo impaccamento è ottenuto non attraverso cambiamenti conformazionali
ma avendo 3 catene polipeptidiche chimicamente diverse, con differenze
strutturali locali.
locali
Le subunità VP1 si dispongono intorno all’asse di ordine 5 e rappresentano la
cima di una montagna, mentre le subunità VP2 e VP3 si alternano ai piedi di
questa montagna e VP4 ne costituisce le fondamenta.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 3
Le subunità VP2 e VP3 si alternano intorno ad un asse di ordine 3, ma visto che
sono catene polipeptidiche diverse non si può parlare in questo caso di
simmetria o pseudo
pseudo-simmetria
simmetria.
In prima approssimazione, comunque, esse sono messe in relazione da un asse
di pseudo-simmetria di ordine 6, visto che le 2 catene polipeptidiche hanno una
struttura tridimensionale
idi
i l molto
l simile.
i il
Virus con capside sferico
Il fatto che i virus sferici vegetali e alcuni di quelli animali abbiano lo stesso
modo di disporre le subunità proteiche per costruire l’icosaedro, fa ipotizzare
che essi siano correlati dal punto di vista evoluzionistico e abbiano un ancestore
comune.
Questa ipotesi è supportata dall’analisi del fold delle subunità proteiche
costituenti il capside.
p
L’analisi cristallografica
ai raggi X ha mostrato
che tutte le proteine
costituenti il capside
dei virus sferici
assumono la struttura
β-antiparallela con
topologia jelly roll.
Virus con
capside
id
sferico
In generale si osserva
che i loop ad una
estremità del barile
sono sempre corti,
mentre quelli
all’estremità opposta
sono molto lunghi e di
dimensioni variabili.
Tali strutture
proteiche
t i h sii possono
schematizzare con un
cuneo.
Virus satellite
della necrosi del tabacco
Subunità VP2 virus
raffreddore
Subunità VP1 virus
polio
Virus con capside sferico
Un’eccezione alla regola è rappresentata dal fold delle proteine che
costituiscono il capside del batteriofago MS2 (T = 3).
IIn questo caso le
l proteine
i hanno
h
l struttura
la
di un foglietto β antiparallelo con topologia
up and down.
Virus con capside sferico
Molti farmaci sono efficaci perché si legano a siti recettoriali specifici,
bloccando la funzione fisiologica della proteina.
Studi di progettazione di farmaci sono stati condotti sul virus del raffreddore.
raffreddore
Nel capside del virus del raffreddore, come in tutti i picornavirus, ci sono
zone di canyon (profonde 25 Å e larghe da 12 a 30 Å) che circondano le
protuberanze,
b
f
formate
d ll proteine
dalle
i VP1.
Virus con capside
p
sferico
I canyon formano il sito di legame per
il recettore del virus dell’influenza
sulla superficie della cellula ospite.
ospite
In particolare, il composto antivirale
si lega a VP1,
VP1 inserendosi in una
cavità idrofobica sotto il pavimento
del canyon.
Virus con capside sferico
sferico:: T = 4
Nel caso di T = 4 (240 subunità), ciascuna unità asimmetrica contiene 4
subunità proteiche (A, B, C e D) con un diverso environment.
Le subunità A interagiscono intorno
all’asse di rotazione di ordine 5,
le subunità D intorno all’asse di
rotazione di ordine 3,
mentre le subunità B e C sono
disposte in modo tale che 2 copie di
ciascuna
interagiscano
intorno
all’asse di ordine 2, oltre a 2
subunità D.
T=4
Virus con capside sferico
sferico:: T = 4
In questo caso ll’asse
asse di simmetria di ordine 2 diventa un asse di pseudo
pseudosimmetria di ordine 6.
Le subunità A, B e C interagiscono
i
intorno
assii di pseudo-simmetria
d i
i
di ordine 3 raggruppati intorno
all’asse di simmetria di ordine 5.
Gli assi di pseudo-simmetria
pseudo simmetria di
ordine 3 sono 60.
T=4
Virus con capside sferico
sferico:: T = 4
Un esempio di capside con T = 4 è dato dagli alfavirus, un gruppo di virus
mosquito-borne che causano encefaliti, febbre, artrite ed eritemi negli animali.
Questii virus
Q
i sono caratterizzati
i
i da
d 2 involucri
i l i proteici,
i i uno esterno costituito
i i da
d
glicoproteine ed uno più interno, separati da una membrana a doppio strato
lipidico.
La struttura tridimensionale delle
proteine che costituiscono l’involucro
più interno del capside degli alfavirus
ricorda quella della chimotripsina e
di altre proteasi a serina, ed è
costituita da 2 barili β-antiparalleli
con topologia a chiave greca.
From: Biochem
mistry – Voet & Voeet (2004) J. Wiley aand Sons Inc.
Structure of the PBCV-1 capsid. A quasiatomic
model based on fitting the X
X-ray
ray structure of Vp54
to the cryo-EM–based image of the capsid.