curriculum vitae

CURRICULUM VITAE
ET STUDIORUM
INFORMAZIONI PERSONALI
Nome
Luogo e Data di nascita
Maria Raffaella Arena
Paternò, 24 Novembre 1981
Indirizzo
Via Madonna delle Grazie n° 32 95047 Paternò (CT)
Telefono
mobile +39 3475454202, +39 3208536191
E-mail
Nazionalità
[email protected]
Italiana
Stato Civile
Libera
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
Titoli di Studio
Anno di Conseguimento
Nome e tipo di istituto di istruzione o
formazione
Materia Tesi di Laurea
Titolo Tesi di Laurea
Voto di Laurea
Relatore
Linguaggi di Programmazione
Breve descrizione del Lavoro di Tesi
• Laurea quinquennale in Informatica
27 Aprile 2007
Università degli Studi di Catania
Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali
Data Analysis and Management and Bioinformatics
miR-Ontology: un sistema web per l'annotazione funzionale di miRNA
110/110 e Lode
Chia.mo Prof. A. Ferro
PHP, PERL, JAVASCRIPT, AJAX, HTML, CSS, SQL (MySQL)
miRò (miR-Ontology Database) è un nuovo sistema web per l’integrazione di dati biologici
inerenti al meccanismo di silenziamento post-trascrizionale dell’espressione genica (PTGS). In
particolare ci si è occupati di mettere in evidenza le associazioni tra i microRNA (molecole
chiave nel PTGS) e le funzioni molecolari, i processi biologici e le patologie in cui essi sono
parzialmente coinvolti attraverso i loro geni target. Mirò è un database relazionale sviluppato in
MySQL, le cui tabelle (INNODB) contengono informazioni sulle entità del modello dei dati
(mature_mirna, gene, ontology etc..) e sulle relazioni (association_gene_ontology, cleavage
etc..). I dati biologici d’interesse sono stati prelevati da altri database disponibili liberamente on
line (Ensembl Genome Browser, NCBI Gene, Genetic Association DB, MirBase, TarBase
TargetScan, Pictar, e miRanda) e memorizzati nelle tabelle del sistema mediante un processo
automatico implementato attraverso alcuni script appositamente realizzati in PERL. Il Sistema
miRò interagisce con l’utente mediante un’applicazione web dinamica, realizzata in PHP,
JavaScript e Ajax, che permette di effettuare ricerche semplici (by gene, by miRNA, by ontology
e by disease) e avanzate (AND, OR, NOT). Inoltre miRò consente all’utente di aggiungere nel
database temporaneamente le proprie associazioni miRNA::gene. Le associazioni inserite nel
database hanno validità solo dentro la sessione dell’utente proprietario e non sono visibili agli
altri utenti. Il sistema web è stato realizzato con tutti strumenti open source (PHP, PERL,
JAVASCRIPT, AJAX, APACHE e MySQL) ed è diretto a gruppi di utenti, quali medici, biologi e
ricercatori che così avranno la possibilità di reperire e mettere in relazione informazioni inerenti
al silenziamento post-trascrizionale di geni responsabili di patologie gravi con la speranza che
possa divenire un utile strumento di ricerca nonché un punto di partenza per la realizzazione di
ulteriori tool ancora più potenti e aggiornati.
Titoli di Studio
Anno di Conseguimento
Nome e tipo di istituto di istruzione o
formazione
Voto di Diploma
• Diploma Istruzione Secondaria Superiore di Ragioniere Programmatore
1999/2000
Istituto Tecnico Commerciale Statale “G. Russo” di Paternò
98/100
ESPERIENZA LAVORATIVA
Date
Nome e indirizzo del datore di lavoro
Oggetto
Responsabile tecnico
Principali mansioni
Linguaggi utilizzati
Da Aprile 2007 ad Settembre 2007:
Università degli Studi di Catania, Dipartimento di Matematica ed Informatica
Realizzazione del sistema web http://ferrolab.dmi.unict.it/miro
Chia.mo Prof. A. Ferro
Progettista, Analista, Software and web developer
PHP, JAVASCRIPT, AJAX, HTML, PERL, CSS, SQL (MySQL)
ATTIVITÀ DI RICERCA
Date
Gruppi Coinvolti
Tematica di Ricerca
Coordinatore Scientifico
Principali mansioni
Breve descrizione dell’attività di
Ricerca
Da Maggio 2007 ad Ottobre 2007:
Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Scienze Neurologiche, Centro di Genomica
Funzionale. Ospedale Cannizzaro, edificio Q – Catania
Gruppo di Bioinformatics, Università degli Studi di Catania, Dipartimento di Matematica ed
Informatica
Studio, analisi e ricerca di Natural Antisense Transcripts
Dott. Sebastiano Cavallaro
Ricercatore, Analista
L’obiettivo è stato la ricerca in silico di cis-Natural Antisense Transcripts di geni di cui si conosce
la loro attività. Inizialmente il lavoro è stato concentrato su due cluster di geni del Rattus
Norvegicus coinvolti in patologie neurodegenerative; successivamente si è considerato come
studio di analisi l’uomo in particolare un insieme di geni umani coinvolti nella patologia SLA. Tale
ricerca ha avuto un esito positivo in quanto sono stati trovati in silico 19 cis-Natural Antisense
Transcripts su 61 geni umani.
CAPACITÀ E COMPETENZE
INFORMATICHE
PROGRAMMAZIONE OO
Java
C++
Conoscenza
Buono
Discreto
PROGRAMMAZIONE
IMPERATIVA
C
Buono
SCRIPTING
Javascript
PHP
Perl
AJAX
OTCL
Buono
Ottimo
Buono
Discreto
Discreto
PROGRAMMAZIONE WEB
HTML
CSS
XML
Ottimo
Ottimo
Discreto
PROGRAMMAZIONE DB
SQL
BIOINFORMATICS
Ottimo
Concetti di Biologia Molecolare e
dell’RNAi
Tools di Allineamento di sequenze
Tools di Predizione dei microRNA
Targets
Banche Dati Biologiche (NCBI,
Ensembl Genome Browser..)
Buono
Buono
Buono
Buono
MODELLI DI RETE E
PROTOCOLLI IMPIEGATI
OSI
TCP/IP
Simulatore NS2
Buono
Buono
Buono
SISTEMI OPERATIVI
Windows
Unix
Ottimo
Buono
CAPACITÀ E COMPETENZE
LINGUISTICHE
PRIMA LINGUA
ALTRE LINGUE
• Capacità di lettura
• Capacità di scrittura
• Capacità di espressione orale
Italiano
Inglese
INGLESE
Buono
Tecnico
Tecnico
ULTERIORI INFORMAZIONI
REQUISITI PERSONALI
Hobby
Fortemente motivata alla formazione e alla crescita professionale
Totale disponibilità a trasferimenti in tutte le località d’ Italia e all’Estero
In possesso di patente Categoria B
Musica e Cinema
La sottoscritta autorizza al trattamento dei dati personali, secondo quanto previsto dalla Legge 196/03 e successive modifiche e
integrazioni.
Paternò, 25 Novembre 2007
M. Raffaella Arena