CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM INFORMAZIONI PERSONALI Nome Luogo e Data di nascita Maria Raffaella Arena Paternò, 24 Novembre 1981 Indirizzo Via Madonna delle Grazie n° 32 95047 Paternò (CT) Telefono mobile +39 3475454202, +39 3208536191 E-mail Nazionalità [email protected] Italiana Stato Civile Libera ISTRUZIONE E FORMAZIONE Titoli di Studio Anno di Conseguimento Nome e tipo di istituto di istruzione o formazione Materia Tesi di Laurea Titolo Tesi di Laurea Voto di Laurea Relatore Linguaggi di Programmazione Breve descrizione del Lavoro di Tesi • Laurea quinquennale in Informatica 27 Aprile 2007 Università degli Studi di Catania Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali Data Analysis and Management and Bioinformatics miR-Ontology: un sistema web per l'annotazione funzionale di miRNA 110/110 e Lode Chia.mo Prof. A. Ferro PHP, PERL, JAVASCRIPT, AJAX, HTML, CSS, SQL (MySQL) miRò (miR-Ontology Database) è un nuovo sistema web per l’integrazione di dati biologici inerenti al meccanismo di silenziamento post-trascrizionale dell’espressione genica (PTGS). In particolare ci si è occupati di mettere in evidenza le associazioni tra i microRNA (molecole chiave nel PTGS) e le funzioni molecolari, i processi biologici e le patologie in cui essi sono parzialmente coinvolti attraverso i loro geni target. Mirò è un database relazionale sviluppato in MySQL, le cui tabelle (INNODB) contengono informazioni sulle entità del modello dei dati (mature_mirna, gene, ontology etc..) e sulle relazioni (association_gene_ontology, cleavage etc..). I dati biologici d’interesse sono stati prelevati da altri database disponibili liberamente on line (Ensembl Genome Browser, NCBI Gene, Genetic Association DB, MirBase, TarBase TargetScan, Pictar, e miRanda) e memorizzati nelle tabelle del sistema mediante un processo automatico implementato attraverso alcuni script appositamente realizzati in PERL. Il Sistema miRò interagisce con l’utente mediante un’applicazione web dinamica, realizzata in PHP, JavaScript e Ajax, che permette di effettuare ricerche semplici (by gene, by miRNA, by ontology e by disease) e avanzate (AND, OR, NOT). Inoltre miRò consente all’utente di aggiungere nel database temporaneamente le proprie associazioni miRNA::gene. Le associazioni inserite nel database hanno validità solo dentro la sessione dell’utente proprietario e non sono visibili agli altri utenti. Il sistema web è stato realizzato con tutti strumenti open source (PHP, PERL, JAVASCRIPT, AJAX, APACHE e MySQL) ed è diretto a gruppi di utenti, quali medici, biologi e ricercatori che così avranno la possibilità di reperire e mettere in relazione informazioni inerenti al silenziamento post-trascrizionale di geni responsabili di patologie gravi con la speranza che possa divenire un utile strumento di ricerca nonché un punto di partenza per la realizzazione di ulteriori tool ancora più potenti e aggiornati. Titoli di Studio Anno di Conseguimento Nome e tipo di istituto di istruzione o formazione Voto di Diploma • Diploma Istruzione Secondaria Superiore di Ragioniere Programmatore 1999/2000 Istituto Tecnico Commerciale Statale “G. Russo” di Paternò 98/100 ESPERIENZA LAVORATIVA Date Nome e indirizzo del datore di lavoro Oggetto Responsabile tecnico Principali mansioni Linguaggi utilizzati Da Aprile 2007 ad Settembre 2007: Università degli Studi di Catania, Dipartimento di Matematica ed Informatica Realizzazione del sistema web http://ferrolab.dmi.unict.it/miro Chia.mo Prof. A. Ferro Progettista, Analista, Software and web developer PHP, JAVASCRIPT, AJAX, HTML, PERL, CSS, SQL (MySQL) ATTIVITÀ DI RICERCA Date Gruppi Coinvolti Tematica di Ricerca Coordinatore Scientifico Principali mansioni Breve descrizione dell’attività di Ricerca Da Maggio 2007 ad Ottobre 2007: Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Scienze Neurologiche, Centro di Genomica Funzionale. Ospedale Cannizzaro, edificio Q – Catania Gruppo di Bioinformatics, Università degli Studi di Catania, Dipartimento di Matematica ed Informatica Studio, analisi e ricerca di Natural Antisense Transcripts Dott. Sebastiano Cavallaro Ricercatore, Analista L’obiettivo è stato la ricerca in silico di cis-Natural Antisense Transcripts di geni di cui si conosce la loro attività. Inizialmente il lavoro è stato concentrato su due cluster di geni del Rattus Norvegicus coinvolti in patologie neurodegenerative; successivamente si è considerato come studio di analisi l’uomo in particolare un insieme di geni umani coinvolti nella patologia SLA. Tale ricerca ha avuto un esito positivo in quanto sono stati trovati in silico 19 cis-Natural Antisense Transcripts su 61 geni umani. CAPACITÀ E COMPETENZE INFORMATICHE PROGRAMMAZIONE OO Java C++ Conoscenza Buono Discreto PROGRAMMAZIONE IMPERATIVA C Buono SCRIPTING Javascript PHP Perl AJAX OTCL Buono Ottimo Buono Discreto Discreto PROGRAMMAZIONE WEB HTML CSS XML Ottimo Ottimo Discreto PROGRAMMAZIONE DB SQL BIOINFORMATICS Ottimo Concetti di Biologia Molecolare e dell’RNAi Tools di Allineamento di sequenze Tools di Predizione dei microRNA Targets Banche Dati Biologiche (NCBI, Ensembl Genome Browser..) Buono Buono Buono Buono MODELLI DI RETE E PROTOCOLLI IMPIEGATI OSI TCP/IP Simulatore NS2 Buono Buono Buono SISTEMI OPERATIVI Windows Unix Ottimo Buono CAPACITÀ E COMPETENZE LINGUISTICHE PRIMA LINGUA ALTRE LINGUE • Capacità di lettura • Capacità di scrittura • Capacità di espressione orale Italiano Inglese INGLESE Buono Tecnico Tecnico ULTERIORI INFORMAZIONI REQUISITI PERSONALI Hobby Fortemente motivata alla formazione e alla crescita professionale Totale disponibilità a trasferimenti in tutte le località d’ Italia e all’Estero In possesso di patente Categoria B Musica e Cinema La sottoscritta autorizza al trattamento dei dati personali, secondo quanto previsto dalla Legge 196/03 e successive modifiche e integrazioni. Paternò, 25 Novembre 2007 M. Raffaella Arena