Livello tecnologico - Irccs Fatebenefratelli

Provincia Lombardo-Veneta
Ordine Ospedaliero di S. Giovanni di Dio - Fatebenefratelli
“CENTRO S. GIOVANNI DI DIO - FATEBENEFRATELLI”
ISTITUTO DI RICOVERO E CURA A CARATTERE SCIENTIFICO
(D.I. 19 dicembre 1996)
Livello tecnologico
ATTREZZATURE LABORATORI DI BIOLOGIA MOLECOLARE e PROTEOMICA
1) Strumentazioni per PCR
- 10 Termociclatori (anno di acquisto 1999-2007)
2) Strumentazione per analisi DNA/RNA/proteine ed analisi d’immagine
- 6 sistemi completi per elettroforesi (controllo PCR, restrizione enzimatica, SSCP,
southern, western and northen blot etc) (anno di acquisto 1999-2011)
- 1 Analizzatore di immagine Gel-doc (anno di acquisto 2000)
3) Attrezzature da laboratorio per la preparazione dei campioni biologici
- 1 Ultracentrifuga Discovery 100 (anno di acquisto 2000)
4) Attrezzature per le colture cellulari (banca fibroblasti, neuroni e linee cellulari continue)
- 2 cappe a flusso laminare, 3 incubatori, dewar ad azoto liquido (anno di acquisto 1997-2006)
5) Attrezzature per analisi quantitativa di espressione genica in geni candidati e microarray.
Genotipizzazione. Ricerca e validazione di marcatori molecolari, sviluppo di saggi di
diagnostica molecolare.
- 1 Real Time PCR LightCycler II Roche (anno di acquisto 2000)
- 1 Affimetrix 428 Array Scanner (anno di acquisto 2003)
- 1 Real Time PCR StepOnePlus Applied Biosystems (anno di acquisto 2009)
- Nanodrop 2000 (anno di acquisto 2011)
6) Apparecchiature per sequenziamento diretto, screening di mutazioni, analisi di linkage,
ricerca di polimorfismi e genotipizzazione ad alta produttività. Ricerca e validazione di
marcatori genetici, sviluppo di saggi di diagnostica molecolare
- 1 Sequenziatore 310 ABI Prism 310 (anno di acquisto 1999, upgrade software per analisi
sequenze CodonCode Aligner, 2007 )
- 31 Sequenziatore ABI Prism 3130XL (anno di acquisto 2002, upgrade per SNPlex 2005)
7) Sistemi robotizzati per purificazioni di PCR, purificazioni da Big Dye Terminator delle
PCR di sequenza, miniprep di plasmidi e proteomica, estrazioni semiautomatiche di acidi
nucleici (DNA, RNA) da sangue, cellule e tessuti
- 1 Sistema robotizzato per preparazione campioni biologia molecolare Robogo (anno di
acquisto 2003)
- 1 Estrattore semiautomatico DNA, RNA ABI Prism 6100 (anno di acquisto 2003)
ATTIVITÀ DI RICERCA
Livello tecnologico
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8) Strumentazione di microscopia avanzata per studi di distribuzione e interazione di
proteine coinvolte nei processi neurodegenerativi e nelle malattie neuropsichiatriche.
- 1 Microscopio confocale BioRad Radiance 2100 (anno di acquisto 2003, upgrade per analisi
nello spettro UV, 2005 )
- 1 Microscopio a fluorescenza Leica DMIL
- 1 Microscopio rovesciato a fluorescenza DM-LB
9) Strumentazione per dosaggi biochimici e farmacocinetici in matrici biologiche. Ricerca e
validazione di biomarcatori, sviluppo di saggi di diagnostica molecolare.
- 1 Spettrofotometro per micropiastre Reader Discovery XS-R (anno di acquisto 2003)
- 1 Sistema HPLC Waters Alliance con diode array (anno di acquisto 2005)
- 1 Sistema BioPlex BioRad per analisi multi-parametrica (anno di acquisto 2012)
10) Strumentazione avanzata per studi di proteomica volti all’identificazione di marcatori
molecolari di insorgenza e progressione di malattia, di risposta al trattamento
farmacologico e di insorgenza di effetti avversi.
- 1 Spettrometro di massa ProteinChip SELDI system - Biorad (anno di acquisto 2007)
- 1. PROCHIP PATTERN 5.0 Biorad ( anno di acquisto 2009)
11) Sistema per gestione archivio campioni biologici (2D-optic code) e stoccaggio
- Scanner per piastre e singole provette (VisionMate96 e VisionMate1), Software Easy
Track, base dati Access, per la gestione e l’archiviazione di campioni biologici (anno di
acquisto 2008)
- 10 freezer -20°C, 4 freezer -80°C, 5 dewar per azoto liquido dedicati alla
crioconservazione di campioni biologici
12) Strumentazione per studi genetici, di espressione (livelli trascrizionali e proteici) ad alta
produttività per l’identificazione di marcatori molecolari.
- 1 Illumina BeadXpress reader (anno di acquisto 2008)
- 1 Affymetrix GeneAtlas (Imaging, Fluidics and Hybridation stations) (anno di acquisto 2009)
ATTIVITÀ DI RICERCA
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ATTREZZATURE PER ELETTROFISIOLOGIA E NEUROIMAGING
1) Computers ed hardwares dedicati all’analisi delle neuroimmagini.
- 1 PC Intel Core 2 Duo Core 2.83 GHz, 1 TB, 8GB di RAM DDR2, scheda grafica Nvidia
Geforce 9400 GT
- 1 PC Intel Core Duo Quad Core 2.67 GHz, 1.5 TB, 8GB di RAM DDR3, scheda grafica
Nvidia Geforce GT
- 1 PC Intel Core Duo Quad Core 3.07 GHz, 3 TB, 8GB di RAM DDR3, scheda grafica
Nvidia Geforce GT
- 1 web server Intel Xeon HD 120 GB, 1 GB di RAM
- 2 workstation SGI Onyx 3 Irix 64 6.5, 60 GB di memoria fisica, 1 GB di RAM;
- 19 PC da 160 GB e 1 GB di memoria RAM a disposizione dei ricercatori
- Tre MacBook Air con HD 120 GB, 2 GB di RAM per le attività cliniche e trasferte;
- 1 Juke-Box con una capienza di 200 DVD, per l’archiviazione di dati e di 2 HD portatile
USB da 1 TB cadauno
- 1 Sistema NAS da 8 TB di Spazio Fisico dedicato
- 1 Server Hosp Power Edge caratterizzato da un modulo 2900 Advanced e da 13 moduli
1950 Advanced
- 1 Server Power Edge T610 tower chassis con Windows Server 2008.
2) Algoritmi per l’elaborazione avanzata delle bioimmagini.
- VOXEL-BASED MORPHOMENTRY (VBM-SPM) (freeware implementato in MATLAB),
- CORTICAL PATTERN MATCHING (tecnica utilizzata per misurare la perdita di
sostanza grigia)
- HIPPOCAMPAL
RADIAL
MAPPING
(tecnica
manuale
di
tracciamento
dell’ippocampo).
- ADABOOST, tecnica sviluppata da LONI per l’estrazione automatica dell’ippocampo
attraverso machine learning approaches.
- SPHARM-MAT: Strumento di analisi morfometrica per identificare cambiamenti
statisticamente significativi in strutture 3D in differenti condizioni.
- MRIcro / MRIcron per effettuare analisi e pre-processing di dati MRI.
- QUANTA, tecnica semi-automatica per volumetria lobare e la segmentazione delle
lesioni della sostanza bianca
- FSL librerie per l’analisi di dati fMRI, MRI e DTI.
- SIENAX (tecnica automatica per analisi volumetria longitudinale dei tessuti cerebrali)
- MNI tools sviluppati dal Montreal Neurological Institute per analisi e conversione di dati
MRI.
- ANIMAL e INSECT (tecnica automatica di segmentazione delle strutture cerebrali)
- CIVET / Freesurfer / Brainvisa per l’estrazione spessore corticale
ATTIVITÀ DI RICERCA
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AFNI / SUMA librerie per l’analisi di dati concernenti lo spessore corticale.
LONI pipeline per disegnare workflow d’analisi innovativi di neuro-immagini
MIPAV / BrainSuite e i principali algoritmi sviluppati presso il Montreal Neurological
Institute per il processing delle immagini di risonanza magnetica funzionale, di
trattografia e strutturali.
VTK / ITK strumenti utilizzati per registrare, segmentare e visualizzare dati
multidimensionali.
R / Octave per eseguire analisi statistica dei dati.
Python, linguaggio di elaborazione dati MRI. Consente la creazione di ambienti dedicati
per l’analisi qualitativa dei dati ottenuti in fase di post-processing.
Intellimaker System per la gestione e condivisione di dati via WEB.
3) Registrazione dell’attività elettroencefalografia, elettromiografica e dei potenziali evento
correlati
- 1 sistema per acquisizione in DC ed analisi “BrainAmp BrainVision” a 64 canali
monopolari + 8 canali bipolari.
- 1 Cabina isolata dedicata per registrazioni elettroncefalografiche.
- 1 sistema per registrazioni polisonnografiche.
- 2 sistemi di monitoraggio ad infrarossi.
- 1 sistema per digitalizzazione Polhemus 3space Isotrack II 2 sensori.
- 1 stimolatore a corrente costante monofasico per stimolazione delle vie somatosensoriali
periferiche.
- Sofwares d’analisi EEG BrainVision Analyzer 1 & 2.
4)
Stimolazione magnetica transcranica con sistema integrato di registrazione
elettroencefalografica
- 1 sistema per acquisizione in alto campo magnetico “BrainAmp BrainVision MRplus” a
32 canali monopolari + 8 canali bipolari.
- 12 Coils per stimolazione magnetica di varie forme e dimensioni; 2 Coil per stimolazione
magnetica a controllo remoto; 1 Pacchetto Coil 70mm doppio raffredato ad aria.
- 2 sistemi di stimolazione transcranica a corrente continua (tDCS).
- 1 sistema per digitalizzazione e localizzazione SofTaxic 3space Isotrack II 4 sensori.
- 1 sistema per digitalizzazione e localizzazione Polaris Vicra con sistema di neuro
navigazione ad infrarossi.
- 1 sistema d’analisi elettroencefalografia per il calcolo del Dipolo elettrico: Advanced
Source Analysis of Continuous and Event-Related EEG/MEG Signals.
- 1 Low resolution brain electromagnetic tomography (LORETA), sistema d’analisi
elettroencefalografia per la localizzazione delle sorgenti corticali e la loro ricostruzione.
- Software: Presentation, Micro Experimental Laboratory (MEL), Matlab.
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5) Registrazione movimenti oculari
- 1 amplificatore e preamplificatore programmabile BM623 “National Instruments BNC2090”
- 1 sistema di videoproiezione
- 1 sistema sperimentale di campimetria a perimetro con leds
6) Valutazione parametri neuropsicologici
- Batterie di tests per valutazione neuropsicologica
- Software: Presentation; Micro Experimental Laboratory (MEL); SuperLab; Matlab; Lab
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ATTREZZATURE PER ATTIVITA’ DIAGNOSTICO-ASSISTENZIALE
-
1 Tapis roulant Technogym a velocità ridotta e registrazione continua della frequenza
cardiaca per esercizio aerobico in pazienti con disturbi comportamentali (Anno di
acquisto 2006);
-
1 ecodoppler Multi-Dop B+, DWL Elektronische Systeme, Sipplingen, D per la
rilevazione delle velocità di flusso nelle arterie cerebrali medie ed 1 capnometro
Physiogard TM910, Bruker, D per la misurazione della CO2 e il controllo dei parametri
cardiaci e pressori;
-
1 sistema computerizzato REHACOM per riabilitazione cognitiva con l'ausilio del
computer;
-
N.28 letti elettrici Givas EA330X-EA0700 per la corretta movimentazione dei pazienti.
ATTIVITÀ DI RICERCA
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