Indice PARTE PRIMA CAPITOLO 1 Storia, scopo e metodi della Microbiologia 1.1 Storia e scopo della Microbiologia 1.1.1 Il mondo dei microbi 1.1.2 La Microbiologia e le sue suddivisioni 1.1.3 Gli inizi della Microbiologia Microbiologia di base 2 3 3 6 7 1.3.2 Allestimento di preparati e colorazioni 22 Esame a fresco 22 Esame con fissazione e colorazione 23 Colorazione di Gram 23 Colorazione di Ziehl-Neelsen 23 1.3.3 Coltivazione dei microrganismi 24 Terreni di coltura per batteri 24 Scoperta del mondo microbico 7 Stato fisico 24 Generazione spontanea e biogenesi 7 Composizione chimica 24 1.1.4 Teoria microbica delle malattie 10 Sterilizzazione dei terreni Colture pure 11 e incubazione delle colture Batteriologia e virologia medica 12 Sviluppo dei batteri in terreni 1.1.5 Chemioterapia 12 1.2 Caratteristiche essenziali e classificazione dei microrganismi 13 1.2.1 Sistemi di classificazione biologica e nomenclatura 13 Caratteri impiegati nella tassonomia 15 Denominazione dei microrganismi 15 Regno Protista 17 17 Classificazione degli organismi viventi in domini e regni Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology Collocazione dei virus Microrganismi e origine della vita 26 Colture isolanti 26 1.3.4 Caratterizzazione, identificazione e conta dei batteri 27 CAPITOLO 2 Microrganismi procarioti 28 16 Organizzazione cellulare procariotica ed eucariotica liquidi e solidi 14 Filogenesi dei microrganismi 1.2.2 Divisioni degli organismi viventi 25 17 19 2.1 Cellula batterica: organizzazione e struttura 2.1.1 Dimensioni, forma e composizione chimica 2.1.2 Architettura generale della cellula batterica 2.1.3 Parete batterica e suoi annessi 29 29 31 31 19 Parete cellulare (o sacculo) 31 20 Strutture esterne 33 1.3 Metodi e tecniche di osservazione e di coltivazione dei microrganismi 1.3.1 Il microscopio 20 20 Microscopio ottico 20 Microscopio elettronico 22 2.1.4 La membrana citoplasmatica e il citoplasma 2.1.5 Struttura nucleare dei batteri 2.1.6 Antigeni e pigmenti dei batteri 35 36 36 VI Indice ISBN 978-88-408-1409-4 2.2 Divisione e crescita batterica, sporogenesi 2.2.1 Divisione cellulare Fase L dei batteri 2.2.2 Crescita batterica 37 37 38 38 Curva di crescita di una coltura microbica 39 Sistemi di colture continue dei microrganismi 41 Effetti dell’ambiente sulla crescita microbica 2.2.3 Spore batteriche 2.3 Metabolismo e genetica batterica 2.3.1 Richieste metaboliche 2.3.2 Metabolismo energetico 42 44 46 47 49 Fermentazione batterica 50 Respirazione batterica 51 2.3.3 Metabolismo biosintetico Biosintesi macromolecolari 2.3.4 Genetica batterica Genoma dei batteri 52 53 56 56 Modificazioni genetiche Salmonella Shigella Klebsiella Serratia Proteus Yersinia Altri enterobatteri 2.5.6 Vibrioni e batteri affini Vibrio cholerae Aeromonas Campylobacter Helicobacter Spirillum 91 91 93 93 94 95 96 96 96 97 2.5.8 Bacteroidaceae Bacteroides Fusobacterium 97 98 98 98 2.5.9 Rickettsie, clamidie e micoplasmi 98 Rickettsie 98 100 58 Clamidie Micoplasmi 2.5.10 Cocchi Gram-positivi 2.4 Patogenicità dei batteri 62 2.4.1 Meccanismo dell’azione patogena nei batteri 62 90 97 61 61 90 Pasteurella Francisella tularensis Fenomeni di variazione nei batteri ingegneria genetica 89 2.5.7 Pasteurelle e franciselle e ricombinazione batterica Ricombinazione mediante 88 Stafilococchi 102 104 104 Streptococchi, enterococchi e pneumococchi: caratteri generali e distintivi 106 63 Streptococchi 108 Invasività 63 Enterococchi 111 Produzione di tossine 66 Pneumococchi 112 2.5.11 Bacilli sporigeni 113 Moltiplicazione batterica in vivo 2.5 Batteriologia speciale: batteri di interesse medico 67 Classificazione e nomenclatura dei batteri 68 2.5.1 Spirochete 70 Treponema 71 Borrelia 74 Leptospira 75 2.5.2 Pseudomonas, Acinetobacter e batteri Gram-negativi non comuni 76 Pseudomonas Acinetobacter Moraxella Flavobacterium 2.5.5 Enterobatteri Escherichia 2.5.12 Bacilli asporigeni Lactobacillus Listeria monocytogenes Erysipelothrix rhusiopathiae 2.5.13 Corinebatteri e actinomiceti 113 115 119 119 119 119 120 Corinebatteri 120 Actinomiceti 122 123 77 Nocardia Streptomyces Actinomadura 77 2.5.14 Micobatteri 124 76 77 2.5.3 Neisserie 77 2.5.4 Brucella, Bordetella, Haemophilus 80 Brucella Bordetella Haemophilus Bacillus Clostridium 80 81 82 82 86 124 124 Mycobacterium tuberculosis 124 Micobatteri non tubercolari 129 Mycobacterium leprae 130 2.5.15 Legionelle e altri batteri patogeni131 Legionella Bartonella Streptobacillus moniliformis 131 131 132 Indice ISBN 978-88-408-1409-4 Gardnerella vaginalis Calymmatobacterium granulomatis CAPITOLO 3 Microrganismi eucarioti 3.1 Miceti: caratteri generali e patogeni dell’uomo 3.1.1 Proprietà generali dei miceti e classificazione Classificazione 3.1.2 Miceti di interesse medico 132 133 134 135 135 139 139 140 3.1.3 Micosi opportuniste e delle mucose 142 3.1.4 Micosi superficiali e cutanee 146 Micosi superficiali 146 Micosi cutanee (o dermatofitosi) 146 3.1.5 Micosi sottocutanee 148 3.1.6 Micosi sistemiche 149 3.2 Protozoi: caratteri generali e patogeni dell’uomo 151 3.2.1 Distribuzione, importanza medica, ecologia e classificazione 151 Classificazione dei protozoi di importanza medica 3.2.2 Proprietà generali dei protozoi 3.2.3 Protozoi patogeni 152 152 155 Ciliati 155 Flagellati 155 Amebe 156 Sporozoi 156 3.2.4 Infezioni protozoarie intestinali 157 3.2.5 Infezioni protozoarie ematiche e di organi interni 160 3.2.6 Infezioni protozoarie dell’apparato urogenitale e respiratorio 167 CAPITOLO 4 Virus e agenti subvirali 170 4.1 Generalità sui virus 171 4.1.1 Scoperta e caratteri dei virus 171 4.1.2 Composizione, struttura e classificazione dei virus animali 172 Composizione chimica e struttura dei virus 172 Struttura del genoma virale 174 Classificazione e nomenclatura dei virus Moltiplicazione dei virus Effetti cellulari virus-indotti 4.1.4 Interazioni fra virus 4.1.5 Interazioni virus-ospite Patogenesi dei funghi e caratteri clinici delle micosi 4.1.3 Interazioni virus-cellula 175 Trasmissione dei virus Modelli di infezione virale Virus e cancro Risposte difensive antivirali dell’ospite 4.1.6 Agenti antivirali Disinfettanti Farmaci antivirali (chemioterapia antivirale) 179 179 182 184 184 184 185 186 188 189 189 190 4.1.7 Metodi in diagnostica virologica 191 Ricerca indiretta e diretta dei virus Isolamento e coltivazione dei virus Identificazione dei virus Titolazione dei virus 4.2 Virologia speciale: virus di interesse medico Classificazione e nomenclatura dei virus patogeni per l’uomo 4.2.1 Ribovirus A. Virus a RNA bicatenario Reoviridae B. Virus a RNA monocatenario Picornaviridae Caliciviridae Astroviridae Coronaviridae Togaviridae Flaviviridae Bunyaviridae Arenaviridae Orthomyxoviridae Paramyxoviridae Rhabdoviridae Filoviridae Retroviridae 4.2.2 Deossiribovirus A. Virus a DNA monocatenario Parvoviridae B. Virus a DNA bicatenario Adenoviridae Herpesviridae Poxviridae Papillomaviridae Polyomaviridae Hepadnaviridae Virus oncògeni 191 192 194 194 194 195 198 198 198 199 199 203 204 204 206 207 209 210 211 214 216 218 218 222 222 222 222 222 223 229 231 232 232 234 VII VIII Indice ISBN 978-88-408-1409-4 4.3 Batteriofagi 4.3.1 Struttura dei fagi 4.3.2 Classificazione dei fagi 4.3.3 Riproduzione dei fagi 4.3.4 Applicazioni pratiche 237 237 237 238 240 PARTE SECONDA CAPITOLO 5 Controllo della crescita microbica 248 5.1 Agenti antimicrobici ambientali 5.1.1 Disinfezione e sterilizzazione 5.1.2 Agenti naturali di disinfezione 5.1.3 Agenti artificiali di disinfezione 248 249 249 249 Agenti fisici Agenti chimici 5.2 Farmaci antibatterici 5.2.1 Chemioterapici antibatterici 252 Altri antimetaboliti 256 Antibiotici 6.5 255 256 256 6.6 6.7 257 261 262 264 265 267 6.8 6.9 CAPITOLO 6 Difese costitutive e inducibili contro le infezioni. La risposta immune 270 241 241 242 243 243 Microbiologia clinica 250 Sulfamidici 5.2.2 Test di suscettibilità 5.3 Farmaci antivirali 5.4 Vaccini e sieri 5.4.1 Immunizzazione passiva 5.4.2 Immunizzazione attiva 4.4 Viroidi, virusoidi e virus multicomponenziali 4.4.1 Viroidi 4.4.2 Virus multicomponenziali 4.5 Agenti infettanti non convenzionali 4.5.1 Prioni 6.4.2 Linfociti 283 6.4.3 Fase induttiva e riconoscimento associativo e non dell’antigene 285 6.4.4 Meccanismi regolatori ed effettori della risposta immune 285 Risposta immune umorale 286 6.5.1 Anticorpi/immunoglobuline 288 6.5.2 Tipi di risposta immunitaria umorale 293 6.5.3 Reazione antigene-anticorpo 294 6.5.4 Complemento 295 Risposta immune cellulo-mediata 296 Ruolo delle risposte immuni verso i vari agenti infettivi 298 Disordini immunitari 299 6.8.1 Reazioni da ipersensibilità 299 6.8.2 Malattie autoimmuni 302 6.8.3 Immunodeficienze 302 6.8.4 Immunità nei tumori e nei trapianti 304 Immunizzazione 304 CAPITOLO 7 Patogenicità dei microrganismi, patogenesi e diagnosi di laboratorio delle malattie infettive 306 6.1 Difese costitutive contro le infezioni microbiche 272 Barriere generali 273 Barriere fisiche 274 7.1 Patogenicità dei microrganismi 307 Difese chimiche 274 Relazione ospite-parassita 307 Difese biologiche 275 Relazione fra microrganismo 6.2 Difese inducibili 275 6.3 Antigeni, immunogeni e autoantigeni 276 6.3.1 Isoantigeni dei globuli rossi 279 6.3.2 Isoantigeni del complesso maggiore di istocompatibilità 281 6.4 Sistema immunitario: organi, cellule e molecole 282 6.4.1 Organi linfatici primari e secondari 282 e malattia: postulati di Koch 309 Virulenza 310 Meccanismi di patogenicità 311 Infezione del tessuto bersaglio 312 7.2 Patogenesi delle infezioni virali 7.3 Patogenesi delle infezioni batteriche 7.4 Strategie microbiche per sottrarsi alle difese dell’ospite 312 315 319 Indice ISBN 978-88-408-1409-4 7.5 Popolazione microbica residente e infezioni 320 Microflora normale dei distretti corporei 9.4 Malattie infettive dell’apparato respiratorio Accertamenti microbiologici 371 377 321 Vantaggi e svantaggi della flora microbica residente 7.6 Epidemiologia delle malattie infettive 7.7 Princìpi generali di diagnostica di laboratorio 322 323 325 10.1 Infezioni delle vie urinarie (UTI) Sensibilità e specificità di un test diagnostico 325 7.7.1 Tecniche di microscopia e per lo studio microscopico dei microrganismi 326 Tecniche di microscopia 328 Tecniche per lo studio microscopico 329 7.7.2 Tecniche di coltura e identificazione dei batteri 330 Indagine colturale 330 Identificazione 331 7.7.3 Diagnostica molecolare 7.7.4 Diagnostica sierologica CAPITOLO 8 Infezioni del cavo orale e dell’apparato digerente 332 334 8.1 Patogenesi delle infezioni gastrointestinali 8.2 Quadri clinici della bocca e agenti eziologici 8.3 Quadri clinici gastroenterici e intraddominali e agenti eziologici 8.4 Malattie infettive dell’apparato digerente Accertamenti microbiologici 8.5 Tossinfezioni alimentari 381 Struttura e funzioni delle vie urinarie 381 10.1.1 Patogenesi delle infezioni urinarie 381 10.1.2 Quadri clinici infettivi renali e agenti eziologici 382 10.1.3 Quadri clinici infettivi vescicali-uretrali e agenti eziologici 383 Accertamenti microbiologici 10.2 Infezioni dell’apparato genitale 384 385 Struttura e funzioni degli apparati genitali 385 10.2.1 Quadri clinici infettivi nella donna e agenti eziologici 386 10.2.2 Quadri clinici infettivi nell’uomo e agenti eziologici 389 338 Struttura e funzioni dell’apparato digerente CAPITOLO 10 Infezioni dell’apparato uro-genitale, intrauterine 380 e perinatali 338 339 342 Accertamenti microbiologici 390 10.2.3 Malattie a trasmissione sessuale (STD) 390 Accertamenti microbiologici 10.3 Infezioni intrauterine e perinatali 10.3.1 Quadri clinici infettivi e agenti eziologici Accertamenti microbiologici 400 400 401 403 344 350 CAPITOLO 11 Infezioni di cuore, vasi e sangue 404 11.1 Infezioni cardiovascolari 405 355 357 Struttura e funzioni dell’apparato cardiovascolare CAPITOLO 9 Infezioni dell’apparato respiratorio 360 Struttura e funzioni dell’apparato respiratorio 9.1 Patogenesi delle infezioni respiratorie 9.2 Quadri clinici delle vie aeree superiori e agenti eziologici 9.3 Quadri clinici delle vie aeree inferiori e agenti eziologici 360 361 11.1.1 Patogenesi delle infezioni intravasali e cardiache 11.1.2 Quadri clinici del cuore e agenti eziologici 11.1.3 Quadri clinici del sistema vascolare e agenti eziologici Accertamenti microbiologici 363 366 11.2 Infezioni associate al sangue 11.2.1 Quadri clinici ematici e agenti eziologici 405 405 406 410 411 411 411 IX X Indice ISBN 978-88-408-1409-4 Accertamenti microbiologici 414 11.2.2 Malattie infettive associate al sangue 13.2.2 Quadri clinici e agenti eziologici 447 414 Accertamenti microbiologici 448 Accertamenti microbiologici 415 CAPITOLO 14 Zoonosi e infezioni trasmesse da artropodi 450 CAPITOLO 12 Infezioni del sistema nervoso centrale 418 12.1 Infezioni del sistema nervoso centrale 418 Struttura e funzioni del sistema 14.1 Zoonosi 14.2 Malattie infettive trasmesse da artropodi 450 454 nervoso centrale 418 12.1.1 Malattie del SNC 12.1.2 Patogenesi delle infezioni del SNC 12.1.3 Quadri clinici infettivi e agenti eziologici 12.1.4 Malattie infettive associate al SNC 419 419 CAPITOLO 15 Infezioni opportuniste e ospedaliere 460 420 15.1 Infezioni opportuniste 15.2 Infezioni ospedaliere 460 461 Accertamenti microbiologici 422 427 Struttura e funzioni dell’occhio 428 APPENDICE 1 Parassitologia: parassiti metazoi 466 12.1.1 Quadri clinici e agenti eziologici 428 A. 467 Accertamenti microbiologici 430 12.2 Infezioni dell’occhio 12.3 Infezioni dell’orecchio 428 430 Struttura e funzioni dell’orecchio 430 12.3.1 Quadri clinici e agenti eziologici 431 Accertamenti microbiologici 431 B. CAPITOLO 13 Infezioni della cute, degli annessi cutanei e osteoarticolari 432 13.1 Infezioni della cute 432 Struttura e funzioni della pelle 13.1.1 Patogenesi delle infezioni cutanee 13.1.2 Quadri clinici cutanei e agenti eziologici 13.1.3 Malattie infettive cutanee 432 Elminti di interesse medico Apparato, ciclo vitale e controllo dei vermi parassiti A.1 Platelminti 467 470 Cestodi 470 Trematodi 473 A.2 Nematodi Ectoparassiti di interesse medico: artropodi (aracnidi e insetti) 475 481 Caratteristiche generali 482 B.1 Artropodi velenosi B.2 Artropodi parassiti fissi B.3 Artropodi parassiti a vita parzialmente autonoma B.4 Artropodi come vettori di malattia 483 484 484 485 433 434 438 Batteriche 438 Fungine 439 Virali 440 Accertamenti microbiologici 445 13.2 Infezioni dell’apparato scheletrico, muscolare e del sistema emopoietico 446 APPENDICE 2 Diagnostica microbiologica A. B. Struttura e funzioni dell’apparato scheletrico 446 13.2.1 Patogenesi delle infezioni osteoarticolari 446 488 Raccolta, trasporto e conservazione dei materiali patologici per le ricerche microbiologiche 489 A.1 Criteri generali 489 A.2 Accorgimenti e modalità di prelievo di specifici campioni biologici 490 Processazione dei campioni 492 B.1 Microscopia, colorazione e colture per l’isolamento e l’identificazione dei microrganismi 492 Indice ISBN 978-88-408-1409-4 Tecniche microscopiche 493 Reazione di neutralizzazione Colorazioni 493 Metodi di immunofluorescenza (FIA) Metodi colturali per l’isolamento e l’identificazione dei batteri Allestimento delle colture Metodi immunoenzimatici (EIA) 514 499 Metodi radioimmunologici (RIA) 515 Sierotipizzazione 503 Identificazione colturale su base metabolica 504 Identificazione sierologica 505 D. Identificazione con sonde geniche e altri sistemi 505 E. Metodi di isolamento e identificazione dei virus C. Diagnosi di infezione, reazioni sierologiche e identificazione molecolare C.1 Diagnostica di laboratorio delle malattie da infezione C.2 Tecniche immunologiche 512 496 Interpretazione delle colture per l’identificazione 512 506 C.3 Tecniche per rilevare l’ibridazione C.4 Amplificazione genica C.5 Skin test: test intracutanei in vivo C.6 Anticorpi monoclonali Test di sensibilità in vitro agli antibiotici (antibiogramma) Sicurezza nel laboratorio di microbiologia clinica: linee guida E.1 Precauzione di carattere generale E.2 Precauzioni in laboratorio 516 516 517 517 517 518 520 520 520 506 Siti Web e testi di approfondimento 523 506 507 Crediti fotografici 524 Reazioni di agglutinazione 508 Indice analitico 527 Reazioni di precipitazione 509 Atlantino 544 Reazione di fissazione del complemento 512 XI