Proteasi Ruolo delle Proteasi a Ser • • • • • • • • • • • Tripsina (pancreas) – digestione Chimotripsina (pancreas) – digestione Elastasi (panceras) – digestione Trombina (siero) – coagulazione del sangue Plasmina (siero) – dissoluzione di coaguli Kallikreina (sangue e tessuti) – controllo flusso sang. C1 complemento (siero) – lisi cell. cell Nella risposta immun. Proteasi acrosomiale (spermatica) – fecondazione P Proteasi lisosomiali l l (lisosomi) (l ) – turnover cellulare ll l Cocoonasi (bachi da seta) – lisi del bozzolo ... Page 518 P X-Ray structure of bovine trypsin. Page 519 P X-Ray y structure of bovine trypsin. yp Attivazione e inibizione di proteasi a Ser nella famiglia tripsina tripsinachimotripsina-elastasi p Attivazione proteolitica della chimotripsina hi t i i Page 527 P Activation of trypsinogen to form trypsin. Kinemage Exercise 10-4 10 4 • Attivazione del chimotripsinogeno Page 516 P Idrolisi di p-nitrofenil-acetato a 2 conc. di chimotripsina Titolazione di Ser195 con DIPF Page 517 P Alchilazione di His57 con TPCK: affinity labeling Page 522 P Page 524 P Stabilizzazione dello stato di transizione ( )C (a) Complesso l di Mi Michaelis h li Page 524 P Stabilizzazione dello stato di transizione (b) Intermedio tetraedrico Page 523 P Trypsin–BPTI complex. Famiglie di proteasi a Ser NON-omologhe NON omologhe • Chimotripsina-Elastasi • Streptomyces griseus proteasi A (20% ident.Chimotripsina) • Diverse Di proteasi t i virali i li (di (diade d Hi His-Ser) S ) es. Flavivirus. • Subtilisina • Carbossipeptidasi II (germogli vegetali) egetali) • E.coli ClpP p ((degradazione g citosolica)) Page 521 P Relative positions of the active site residues in subtilisin, btili i chymotrypsin, h t i serine i carboxypeptidase b tid II, II and d ClpP protease. Famiglie capostipite di proteasi • Proteasi a Ser (chimotripsina, p p , ...)) subtilisina,, Ser-carbossipeptidasi, • Proteasi a Cys (catepsine, papaina, caspasi ...)) caspasi, • Metallo-proteasi (carbossipeptidasi-A, termolisina, Met-Zinc-ine, ...) • Asp proteasi (pepsina, (pepsina Asp-proteasi di virus, ...) Le proteasi come bersaglio di farmaci Le proteasi come bersaglio di farmaci • • • • • • • Ultimi 30 anni Recettore Agonista: modifica la funzione Antagonista: blocca il legame dell dell’agonista agonista In vitro screens Lead compound KD < 1 μM IC50 e altri indicatori ED50, TD50, LD50 Æ negli enzimi @ [S]<<Km IC50 = KI • SAR / QSAR Page 530 P C = IC50, ... P: Idrofobicita’ Volume pKa Formatori di H-bonds ... G fi QSAR Grafico Page 530 P G fi QSAR Grafico Farmacologia • Farmacodinamica • Farmacocinetica • (pH 1, enzimi digestivi, assorbimento, b i barriere, albumina lb i e altri lt i scavenger, CytP450, escrezione, tessuti target, ... ) • Biodisponibilita’ Page 533 P Sito attivo del citocromo P450CCAM di Pseudomonas putida Test clinici di potenziali farmaci • F Fase I: I sicurezza, i d dosaggio, i via i di somministrazione (20-100 volontari sani) • Fase II: efficacia contro la malattia target; protocolli somministrazione dosi finali e p (100-500 pazienti malati; singolo cieco) • Fase III: effetti indesiderati a lungo termine, efficacia reale (1000-5000 pazienti malati; doppio cieco) • Es. VIOXX ritirato dal mercato Asp proteinasi (proteasi acide) Asp-proteinasi • • • • • • • • Pepsina Chi Chimosina i (rennina) ( i ) Catepsine D , E (lisosomiali) R i Renina β-secretasi A Asp-proteasi t i di fungo f ... P t i Proteinasi i acide id di virus i Page 537 P Ruolo della renina nella regolazione della pressione sanguigna. Page 537 P Struttura 3D della pepsina umana Page 537 P Struttura dei residui Asp attivi nel sito catalitico della pepsina Page 538 P Meccanismo catalitico delle Aspproteasi Page 536 P Poliproteine gag e gag gag–pol pol di HIV-1 HIV 1 Assemblaggio, budding e maturazione del virus HIV-1 Page 536 P Siti di taglio proteolitico nelle poliproteine di HIV-1 Page 538 P Struttura 3D della Asp Asp-proteasi proteasi di HIV Page 538 P Struttura 3D della Asp-proteasi di HIV in complesso con l’inibitore Saquinavir Riconoscimento del substrato in HIV A Asp-proteasi t i Page 539 P spesso Phe, Tyr spesso Pro Page 540 P Confronto tra le strutture di analoghi di peptide tid (peptido-mimetici) ( tid i ti i) Page 540 P Inibitori di HIV proteasi in uso clinico Page 545 P carboxypeptidase yp p A. Classi di farmaci “recenti” recenti • • • • • • • • Antibiotici A tibi ti i Antinfiammatori Analgesici e anestetici Cardio vascolari Cardio-vascolari Psico-farmaci Antiallergici/antiasmatici Immunosoppressori Chemioterapici