Perché sintetizzare per via chimica gli oligonucleotidi? z Molte sono le utilizzazioni di oligonucleotidi sintetizzati chimicamente..… Oligonucleotidi sintetici servono: ¾ in molti esperimenti in biologia molecolare ed in biochimica, nonché in diagnostica medica ¾ come modelli per studi strutturali sugli acidi nucleici ¾ come potenziali farmaci in terapie “geniche” ¾ come molecole base per la costruzione di nanomateriali Oligonucleotidi come modelli di acidi nucleici: studio delle possibili conformazioni del DNA e dell’RNA Gli acidi nucleici possono assumere molte conformazioni (polimorfismo del DNA e dell’RNA) Strutture non usuali del DNA Sequenze particolari di DNA possono formare TRIPLEX (o triple eliche) Strutture non usuali del DNA Strutture non usuali del DNA: cruciformi (A) e forma H del DNA (B) Strutture non usuali del DNA Forma H del DNA (tripla elica + single strand) z z Immagine ricavata mediante microscopia a forza atomica (AFM) di H-DNA (tripla elica intramolecolare di DNA+DNA a singolo filamento in un tratto di DNA di sequenza ripetuta (GAA)42•(TTC)42. Immagini simili sono state ottenute per H-DNA formati da sequenze Py•Pu ripetute del gene PKD1. Strutture non usuali del DNA Triplex “non canoniche” formate da oligonucleotidi sintetici Strutture non usuali del DNA Due triplex modello (con inversione di polarità 3’-3’) messe a confronto P = legame 3’-3’ fosfodiestereo, che consente l’inversione di polarità Strutture non usuali del DNA Modelli molecolari delle due strutture triplex Strutture non usuali del DNA La spettroscopia CD dà informazioni dirette sul tipo di conformazione assunta da un acido nucleico (o un frammento di acido nucleico) Lo spettro CD di una struttura triplex presenta un minimo diagnostico a λ = 220 nm Strutture non usuali del DNA Due sistemi triplex 24-mer con inversione 3’-3’ a confronto Strutture non usuali del DNA Stabilità di triple eliche di DNA a confronto Profili DSC della triplex 24-mer CT al variare del pH: a) pH = 7.0; b) pH = 6.6; c) pH = 6.4; d) pH = 6.2; e) pH = 6.0. Strutture non usuali del DNA Strutture triplex possono generarsi a partire da una duplex preformata, ma non solo…. Strutture non usuali del DNA Filamenti ricchi di Guanine possono formare strutture G-quadruplex Modello di una G-quadruplex Tetrade di Guanine Strutture non usuali del DNA Le G-quadruplex presentano molte topologie di strutture C5' C2' Base C4' O C3' C1' C2'-endo Base C3' C5' C4' O C1' C2' C3'-endo Strutture non usuali del DNA G-quadruplex mono-molecolari Strutture non usuali del DNA Un oligonucleotide che si struttura in una quadruplex ben studiata: l’aptamero della trombina Loop Modelli molecolari del cofattore dell’eparina II complessato con la trombina e con l’aptamero della trombina Oligonucleotidi come farmaci in terapie geniche: possibili approcci z Strategia antisenso z Strategia antigene z Oligonucleotidi come aptameri z Ribozimi z RNAi (RNA interference) Flusso delle informazioni geniche in cellula mRNA DNA proteina Oligonucleotidi antisenso e oligonucleotidi antigene Approccio antisenso nella regolazione dell’espressione genica ODN antisenso mRNA duplex DNA-RNA DNA proteina Meccanismo d’azione degli oligonucleotidi antisenso: 1) inibizione fisica della traduzione e/o 2) attivazione delle RNasi-H endogene Approccio antigene nella regolazione dell’espressione genica ODN a n t ig e n e mRNA triplex proteina DNA Applicazioni non-antisenso e non-antigene: Oligonucleotidi come “aptameri” z z z Si dicono aptameri molecole sintetiche in grado di legarsi in maniera selettiva e con elevata affinità a specifiche sequenze di acidi nucleici, generate mediante un processo di selezione in vitro di ampie librerie combinatoriali di oligonucleotidi sintetici (SELEX). Gli aptameri possono riconoscere: DNA, RNA, proteine, piccole molecole organiche. Presentano un notevole potenziale terapeutico, ma possono rivelarsi utili anche per scopi diagnostici. Gli aptameri possono legare (cioè riconoscere) non solo macromolecole! Esempi: aptamero dell’arginina (a) e della citrullina (b) SELEX: “Selective Evolution of Ligands by EXponential enrichment” T7 RNA polymerase SELEX applicata su miscele in soluzione Questa metodologia è molto efficace se applicata a proteine che, una volta legate al loro target specifico, formano un complesso insolubile! PCR: Polymerase Chain Reaction (Kary B.Mullis, 1983, Premio Nobel per la Chimica 1993) z z z Denaturazione del DNA duplex a 97 °C. Aggiunta di oligonucleotidi “primer” complementari e contemporaneo abbassamento della T a 55-60 °C, per favorire l’ibridizzazione dei DNA single strand con le molecole “primer”. Estensione del “primer” a 72 °C e formazione di DNA a doppia elica da parte di una DNA polimerasi termostabile (Taq polimerasi, isolata dal batterio termofilo Thermophilus aquaticus). (da notare: le DNA polimerasi comuni si denaturano alle alte temperature e non sono più attive!) Ciclo della PCR z SELEX: solo oligonucleotidi “naturali”? z z Il metodo SELEX consente di preparare opportune librerie di RNA anche modificati, tali da mostrare maggiore resistenza enzimatica e maggiore affinità con il target, sempre che le modifiche introdotte siano tollerate dalla RNA polimerasi T7 (trascrittasi inversa). In alternativa, è possibile preparare RNA modificati chimicamente sfruttando approcci di sintesi classica a partire da una molecola già selezionata come lead compound mediante SELEX. Nucleosidi modificati tollerati dalla RNA polimerasi T7 RNA come ribozimi: specifiche sequenze di RNA promuovono l’idrolisi di specifici mRNA; quest’attività è catalitica! Small interference RNA (RNAi) Oligonucleotidi sintetici impiegati in genomica ed in diagnostica medica ¾ Identificazione di malattie genetiche complesse. ¾ Sviluppo di farmaci 1) specifici per genotipo; 2) specifici per combattere le cause di una malattia piuttosto che i suoi sintomi. ¾ Determinazione di mutazioni/polimorfismi. ¾ Test genetici (riconoscimento) DNA microarrays/microchips Frammenti di DNA a singolo filamento e sequenza prestabilita sono ancorati ad una matrice solida. Filamenti complementari si ibridizzano specificamente alle sonde immobilizzate e le duplex così formate possono essere rivelate sia qualitativamente sia quantitativamente. DNA microarrays/microchips 9 Utilizzando target opportunamente marcati (con probe fluorescenti o con radioattivo) è possibile misurare quantitativamente il livello di ibridizzazione (cioè la quantità di catene oligonucleotidiche complementari che si sono legate ad uno specifico target). 9 Si definisce array una matrice di prodotti, realizzabile grazie a tecniche di sintesi miniaturizzate – basti pensare che sono stati fabbricati microarray di DNA con circa 400000 sonde oligonucleotidiche diverse legate su una superficie di un pollice quadrato! Agenti fluorescenti che possono essere coniugati a oligonucleotidi DNA microarrays/microchips Molecular Beacons Micro-array ad alta densità Array ad alta densità di cDNA Importanza degli oligonucleotidi modificati e/o coniugati Opportune modifiche chimiche sono essenziali per applicazioni in vivo di oligonucleotidi sintetici Si possono avere modifiche degli oligonucleotidi a livello: a) del legame fosfodiestereo; b) c) delle unità di ribosio o di 2’deossiribosio; delle nucleobasi; d) modifiche terminali, meglio indicate come coniugazioni. Perché modificare gli oligonucleotidi ? z 1) 2) Le modifiche di un oligonucleotide possono avere lo scopo di: Aumentarne l’affinità nei confronti del target molecolare (coniugazione con molecole intercalanti, uso di basi modificate, legami internucleosidici non carichi); Aumentarne la biodisponibilità, che significa: a) più facile penetrazione in cellula, mediante uso di carrier molecolari, e b) maggiore resistenza alle nucleasi, mediante modifiche ai legami internucleosidici che non sono attaccati dalle fosfodiesterasi. Alcune possibili modifiche dello scheletro oligonucleotidico Modifiche dello scheletro di un oligonucleotide: legami internucleosidici di tipo fosforotioato e fosforoditioato Caratteristiche degli oligonucleotidi fosforotioato Altri esempi di oligonucleotidi modificati: modifiche dello zucchero Confronto fra capacità di ibridizzazione, stabilità in vivo ed attività biologica di 12-mer naturali e modificati Come aumentare l’affinità di un filamento oligonucleotidico nei confronti del suo target biologico: uso di intercalanti Un intercalante può essere complessato ad un oligonucleotide, o anche legato covalentemente; esso aumenta le interazioni di Base-stacking Alcuni intercalanti del DNA Peptide Nucleic Acids (PNA): mimici del DNA a struttura peptidica Struttura dei monomeri di PNA 1) Nucleobase; 2) Linker carbossimetilenico; I PNA possono essere sintetizzati usando la chimica dei peptidi (strategia Boc o Fmoc) 3) scheletro di N-2amminoetilglicina Un metodo di veicolazione in cellula per gli oligonucleotidi prevede l’uso di liposomi Sezione di un liposoma, formato da fosfolipidi