Stellin Ilaria MATRICOLA :594036
20/12/2010
ESERCITAZIONE BIOLOGIA MOLECOLARE 2
Trova l’ortologo in C. elegans del gene che produce Bcl-2 nei mammiferi.
IDENTIFICAZIONE DEL PROBLEMA:
GENI ORTOLOGHI = dicesi di geni che originano da un unico gene ancestrale (omologhi), presenti in specie
diverse ma correlate, che codificano per proteine con struttura e funzioni simili.
C. elegans = nematode, si tratta di un organismo modello usato per la biologia dello sviluppo e per
l’apoptosi.
Bcl-2= proteine presenti nei genomi dei mammiferi,anti-apoptotiche.
Con queste parole chiave, si è cercato un metodo veloce per rispondere alla domanda.
PRIMO METODO
Ricerca di un data base corrispondente all’organismo modello preso in esame:
www.wormbase.org
Selezionado “genetic maps” (cerchiato in rosso) si ottiene la seguente schermata.
Sull’input “find” si inserisce la parola bcl-2, nel tentativo di trovare nel genoma, un gene che
abbia una correlazione con questa proteina umana.
Si ottiene dunque una semplificazione del problema, con 5 possibilità di scelta.
L’analisi risulta breve in quanto è ced- 9 la proteina ortologa.
Cliccando sulla terza opzione, infatti, si ottiene la seguente schermata:
SECONDO METODO
Partendo sempre da wormbase,si è cercato un supporto letterale, che aiutasse a centrare il
problema .
Ci si basa dunque su Wormbook : un tool del data base che contiene riviste e protocolli inerenti al
nematode. (www.wormbook.org)
Nell’input (cerchiato in rosso) si scrive “Bcl-2” e si inoltra la ricerca.
Il risultato è stato un solo documento che centrava proprio il problema.
“C. elegans contains a single anti-apoptotic Bcl-2 family protein, CED-9, which is essential
for inhibiting cell death”
Dopo aver trovato il gene, si possono analizzare le generalità in wormbase.
Come si può osservare dal grafico le sequenze son allineabili (M. musculus, H. sapiens) anche se la
loro similarità non è completa (visti i valori e-value), questo mi porta a confermare che i due geni
derivino da un gene ancestrale e da questo poi si siano evoluti.
Grazie alla sequenza amminoacidica, si trova conferma in uniprot.
