biologia molecolare

BIOLOGIA MOLECOLARE
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Pag 101: i cromosomi sono organizzati in maniera geometrica, formano un globulo frattale;
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Pag 132 (non so perché) : le proteine che legano il DNA interagiscono tramite foglietto beta,
leggendo la flessibilità della catena piuttosto che la sua effettiva sequenza;
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Pag 178: CPSF: fattore di stimolo di taglio e poliadenilazione, CstF: fattore di stimolo del
taglio. Riconoscono le sequenze di taglio: AAUAAA. CstF recluta delle attività
endonucleasiche che tagliano casualmente;
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Pag 179: POLI-A POLIMERASI: “mano che si chiude”, possiede dei residui metallici nel
sito attivo. Possiede 3 domini: centrale, catalitico e di legame con l’ RNA (RRM). ATP entra
nel sito attivo dove lo ione è legato all’ aspartato. Sulla coda di poli-A si legano le PABP
(tramite 2 RRM formate da un beta-foglietto e 2 alfa-eliche) che possiedono, sul Cterminale, un complesso di 4 alfa-eliche per il legame proteina-proteina. La circolarizzazione
di RNA avviene grazie a questo C-terminale ed è favorita da elF4G e PAIP-1, mentre è
inibita da PAIP-2;
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Pag 180 (non so perché): mRNA di PU1A forma una struttura tridimensionale (possiede PIE
RNA, elemento d’ inibizione della poliadenilazione) che può essere riconosciuta da PU1A
libera, facendo si che questa possa inibire la sua stessa produzione se è presente in eccesso.
Gli introni del gruppo 4 richiedono un apparecchio molecolare particolare per essere escissi
e lo codificano loro stessi;
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Pag 185: snRPU1 e snRPU6 leggono verso 5’ (???) mentre snRPU2 legge le ramificazioni;
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Pag 196: dopo l’errore di splicing la sequenza sarà casuale: 3 codoni di stop su 64, ciò
spiega la presenza dello stop prematuro;
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Pag 201: l’ ipotesi che gli esoni fossero dei frammenti genici primordiali che, grazie a queste
strutture introniche (evolutesi successivamente), fossero andati incontro a fenomeni di
fusione successiva è stata smontata da studi statistici;
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Pag 233: PICCOLE PROTEINE CHE LEGANO GTP CON ATTIVITA’ GTPasica
INTRINSECA: l’idrolisi porta ad un cambio conformazionale con legato il GDP. Queste
proteine possiedono una elica switch nei pressi del GTP, l’ idrolisi provoca il movimento
dell’ elica che a sua volta provoca lo spostamento di ben 2 domini. L’ attività GTPasica
intrinseca è lenta ma può essere velocizzata se interagisce con una proteina GAF: fattore che
aumenta l’ attività GTPasica; ci sono anche le GEF, fattori di scambio GDP-GTP;
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Pag 224: si crea una struttura anulare con i siti d’ inizio e fine vicini fra loro, ciò velocizza l’
assemblaggio ed il disassemblaggio;
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Pag 232: PROOF READING CINETICO: in caso di appaiamenti corretti si ha un’ idrolisi di
GTP più alta, per cui gli appaiamenti giusti sono favoriti e di conseguenza si rilascia l’
amminoacil-tRNA. La reazione più veloce è quella che sopravvive meglio, a questo si
aggiunge una più alta presenza di legami H;
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Pag 240 (non so perché): alcuni fattori di binding sono tessuto specifici e specifici per un
determinato compartimento cellulare. Fosforilazione elF2, elFG, 4elBP. Nei procarioti le
sequenze d’ ingresso al ribosoma sono interne, invece che al 5’, ed organizzano l’
assemblaggio dei fattori d’ inizio;
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Pag 241: le triplette sono quelle perché sono quelle che consentono un minor numero di
mutazioni;
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Pag 242: il codice genetico è ottimale in senso statistico, perché ingegneristicamente
parlando si potrebbe migliorare ed infatti si sta evolvendo;
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Pag 245: il codice genetica ha valore universale anche se in realtà lo stesso codone, in specie
diverse, codifica per aa diversi, sempre a livello nucleare. SELENOCISTEINA: possiede un
t-RNA specifico sul quale è caricata la serina che viene modificata da un enzima che la
trasforma in selenocisteina. Questo amminoacil-tRNA viene riconosciuto specificatamente
da un fattore di allungamento ed arriva sul sito in corrispondenza del fattore di stop,
possedendo ACU come anticodone. Il fattore di stop, UGA, possiede a valle una struttura
particolare che consente all’ amminoacil-tRNA, sempre legato al fattore di allungamento,
della selenocisteina di legarsi. Se questa struttura non c’è allora UGA codifica per lo stop. Il
significato del codone dipende dal contesto (stessa cosa può succedere per il codono d’
inizio);
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Pag 246: MUTAZIONI MISSENSE, soppressione intragenica: ha permesso di capire che il
codice è a triplette ed è senza punteggiatura. Se una tripletta svanisce come uso può
acquisire un nuovo significato tramite mutazioni, ciò permette cambi del codice senza
distruggere la specie (sempre a livello nucleare);
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Pag 247: i linguaggi ricorsivamente enumerabili sono riprodotti dalla macchina di Turing,
più il codice è complesso e più tempo servirà all’ elaboratore per riconoscerlo. Si parte da un
tempo lineare, poi polinomiale, poi esponenziale fino al massimo livello di complessità, nel
qual caso il tempo non è stimabile anche perché non è detto che il codice venga riconosciuto.
Il genoma è a livello esponenziale, in quanto è un linguaggio legato al contesto. IPOTESI
STEREOCHIMICA: i riboswitch legano aa ed hanno una sequenza simile agli anticodoni
dei t-RNA. IPOTESI DELL’ INCIDENTE CONGELANTE: le triplette sono quelle perché
non c’è stata evoluzione;
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Pag 251: se la sequenza di DNA riconosciuta è lunga, l’interazione con la proteina sarà più
forte: più coppie di basi-più interazioni. Le sequenze più lunghe, però sono le meno
probabili, quindi le proteine che lavorano con sequenze corte lavorano in più gruppi;
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Pag 252 (ho scritto di trovare info sul saggio di gel-shift (due pozzetti viene messo dna, e in
uno proteine…nel pozzetto con le proteine ci saranno due bande elettroforetiche: una banda
andrà veloce e avrà solo DNA, l’altro invece andrà lento perché legato a proteine), su
cromatografia e sul footprint( sta sulle dispense, nucleasi di restrizione, separazione, PCR ):
nei motivi strutturali delle proteine che legano DNA può esserci allosteria. Il dominio elicagiro-elica può essere presente anche negli eucarioti: dominio POU. Queste proteine in
genere si accordano con il passo dell’elica;
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Pag 253: può capitare che anche una delle eliche di sostegno dell’ homodominio interagisca
con il DNA. Il dominio “a dita di zinco” può essere formato da una alfa-elica e un betafoglietto, tenuti insieme da uno ione zinco coordinato a due residui di cisteina (betafoglietto) e a due residui di istidina (alfa-elica), oppure da una alfa-elica ed un random coil
se lo ione zinco è coordinato a 4 residui di cisteina (formano i recettori per i glucocorticoidi).
Negli eucarioti una singola proteina può regolare decine di geni;
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Pag 254: la TBP opera un riconoscimento tramite foglietto-beta, che riconosce le coppie AT, per cui la relazione avviene nel solco minore;
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Pag 255: mutazioni delle proteine p53 sono coinvolte nel 50 % dei carcinomi umani, la metà
di questo 50 % dipende da mutazione di Arg 248. Le proteine leucine zipper sono importanti
negli eucarioti;
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Pag 256: RRM: beta-foglietto circondato da 2 alfa-eliche. Per RNA non ci sono molti
domini specifici, RRM è uno dei pochi. RNA in 3D ha una struttura complessa quanto quella
delle proteine, per cui le proteine che interagiscono con RNA sono molto complesse,
solitamente sono multi dominio e con domini mescolati fra loro. SSB-DNA: interazione non
sequenza specifica: solitamente viene riconosciuto lo scheletro zucchero-fosfato tramite i
beta-foglietti. Si creano legami fra le basi ed alcuni residui della proteina, sempre su base
idrofobica e aspecifica;
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Pag 257: la regione “operatore” regola la trascrizione di geni distanti;
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Pag 260: operone Lac: sequenza di DNA policistronica che tramite un singolo promotore, un
singolo attivatore e un singolo operatore controlla l’espressione di più di un gene. Gli
eucarioti con rare eccezioni non hanno operoni, perché il ribosoma eucaristico necessita
dell’estremità 5’, mentre nei procarioti bastano le sequenze Shine-Dalgarno;
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Pag 272: c’è sempre la presenza di proteine architettoniche che modificano il DNA
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Sequenze aspecifiche (SSB per esempio) sono riconosciute sempre da Beta foglietti
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In caso di due giunzioni di holiday, se i due tagli sono uguali si avranno i prodotti patch, se i
due tagli avvengono in maniera differente si avranno i prodotti ricombinanti.
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