Curriculum vitae di Chiara Biselli

Curriculum vitae di Chiara Biselli
DICHIARAZIONE SOSTITUTIVA DI CERTIFICAZIONE
(resa ai sensi dell’art. 46 del D.P.R. 28 dicembre 2000, n. 445)
La sottoscritta Dr.ssa Chiara Biselli, nata a Parma, il 27/06/1982 e residente in Fiorenzuola d’Arda, Prov.
Piacenza, Via S. Protaso 305/L, C.A.P. 29017,
Consapevole che ai sensi degli artt. 75 e 76 del D.P.R. 28 dicembre 2000, n. 445, in caso di dichiarazioni
mendaci, falsità negli atti o uso di atti falsi, incorrerà nelle sanzioni penali richiamate e decadrà
immediatamente dalla eventuale attribuzione dell’incarico di collaborazione:
DICHIARA
INFORMAZIONI PERSONALI
Nome
Indirizzo
Telefono
Cellulare
E-mail
Nazionalità
Data di nascita
CHIARA BISELLI
VIA S. PROTASO 305/L, 29017, FIORENZUOLA D’ARDA (PC)
+390523981388
+393208728552
[email protected]
Italiana
27/06/1982
ESPERIENZA LAVORATIVA
• Date (da-a)
• Nome e indirizzo del datore di lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
• Principali mansioni e responsabilità
• Date (da-a)
• Nome e indirizzo del datore di lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
Pagina 1 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Dal 19 Gennaio 2015 ad oggi
CRA-GPG Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica animale e vegetale, v. S. Protaso
302, 29017, Fiorenzuola d’Arda (PC)
Ente Pubblico
Collaboratore scientifico con contratto di collaborazione coordinata e continuativa per
una posizione di Post-dottorato
RNA-Seq di diverse varietà di riso per identificare i fattori genetici determinanti la qualità del
granello. Sequenziamento miRNA in frumento per identificare la risposta di difesa a F.
graminearum.
Dal 1 Gennaio 2014 al 31 dicembre 2014
CRA-RIS Unità di Ricerca per la Risicoltura, strada statale 11 per Torino, 13100 , Vercelli e
CRA-GPG Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica animale e vegetale, v. S. Protaso
302, 29017, Fiorenzuola d’Arda (PC)
Ente Pubblico
Assegno di ricerca
• Principali mansioni e responsabilità
• Date (da-a)
• Nome e indirizzo del datore di lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
• Principali mansioni e responsabilità
• Date (da-a)
• Nome e indirizzo del datore di lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
• Principali mansioni e responsabilità
• Date (da-a)
• Nome e indirizzo del datore di
lavoro
• Tipo di azienda o settore
• Tipo di impiego
• Principali mansioni e responsabilità
Pagina 2 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Sviluppo di popolazioni segreganti, RIL e linee isogeniche per particolari caratteri fenotipici;
Identificazione e mapping dei loci di resistenza a Magnaporthe oryzae in riso e sviluppo di
marcatori molecolari associati alla resistenza;
organizzazione di campi sperimentali per valutare la produttività del riso in diverse condizioni di
crescita; RNASeq e Whole Genome Resequencing di diverse varietà di riso italiane
per identificare i principali fattori determinanti la qualità.
Dal 1 Aprile 2011 al 30 Novembre 2013
CRA-RIS Unità di Ricerca per la Risicoltura, strada statale 11 per Torino, 13100 , Vercelli e
CRA-GPG Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica animale e vegetale, v. S. Protaso
302, 29017, Fiorenzuola d’Arda (PC)
Ente Pubblico
Collaboratore scientifico con contratto di collaborazione coordinata e continuativa per
una posizione di Post-dottorato
Sviluppo di popolazioni segreganti, RIL e linee isogeniche per particolari caratteri fenotipici;
Identificazione e mapping dei loci di resistenza a Magnaporthe oryzae in riso e sviluppo di
marcatori molecolari associati alla resistenza;
organizzazione di campi sperimentali per valutare la produttività del riso in diverse condizioni di
crescita;
sequenziamento degli alleli del gene di resistenza alla striatura bruna in orzo (Rdg2a) e sviluppo
di marcatori molecolari;
RNASeq applicato all’analisi trascrizionale della risposta di difesa precoce a M. oryzae in riso;
RNASeq e Whole Genome Resequencing di diverse varietà di riso italiane per identificare i
Principali fattori determinanti la qualità;
Mappaggio di geni di resistenza a M. orza con l’uso di Next Generation Sequencing applicato al
Genotyping by Sequencing (GBS).
Dal 4 Ottobre 2010 al 31 Marzo 2011
Prof. Keith Edwards, School of Biological Sciences, Bristol University, Woodland road Bristol BS8
1UG, Bristol, UK
Università
Visting researcher
Identificazione di geni per la resistenza agli afidi in frumento tenero mediante Next Generation
Sequencing del trascrittoma di linee di delezione in specifici cromosomi e arricchimento con la
tecnica di Sure Select.
Mappaggio di tali geni.
1 Gennaio 2008 - 28 Febbraio 2008
Prof. Giorgio Dieci, Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolare, Università degli Studi di
Parma, V.le G. P. Usberti 23/A, Campus Universitario, 43124, Parma
Accademia
Esperienza di ricerca, tempo determinato
Analisi trascrizionale e bioinformatica di snRNA e altri RNA non tradotti (come i microRNA);
studio della regolazione della trascrizione mediante immunoprecipitazione cromatinica.
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
• Date (da-a)
• Nome e tipo di istituto di istruzione
o formazione
• Principali materie / abilità
professionali oggetto dello studio
• Qualifica conseguita
• Date (da-a)
• Nome e tipo di istituto di istruzione
o formazione
• Principali materie / abilità
professionali oggetto dello studio
• Qualifica conseguita
• Livello nella classificazione
nazionale (se pertinente)
• Date (da-a)
• Nome e tipo di istituto di istruzione
o formazione
• Principali materie / abilità
professionali oggetto dello studio
• Qualifica conseguita
• Livello nella classificazione
nazionale (se pertinente)
• Date (da-a)
• Nome e tipo di istituto di istruzione
o formazione
• Principali materie / abilità
professionali oggetto dello studio
• Qualifica conseguita
• Livello nella classificazione
nazionale (se pertinente)
Pagina 3 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Dal 18 Marzo 2008 al 23 Marzo 2011
Università degli Studi di Parma, V.le G. P. Usberti 23/A, Campus Universitario, 43124, Parma e
Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica animale e vegetale (CRA-GPG), v. S.
Protaso 302, 29017, Fiorenzuola d’Arda (PC)
Clonaggio posizionale di un gene di resistenza alla striatura bruna (Rdg2a) in orzo che ha
comportato la costruzione di librerie genomiche in vettori BAC e cosmidici ed il mappaggio fisico
del gene di resistenza;
analisi genomiche fini del locus Rdg2a, con caratterizzazione dei geni NBS-LRR appartenenti ad
esso ed analisi della regolazione della loro espressione;
valutazione fenotipica e genotipica della resistenza di orzo all’agente eziologico della striatura
bruna (P. graminea);
sviluppo di marcatori molecolari associati a loci di resistenza e utilizzo di marcatori molecolari
per la selezione assistita (MAS);
tecniche di fisiologia e microscopia, come ad esempio il saggio TUNEL per identificazione in situ
di morte cellulare programmata in embrioni di orzo infettati con P. graminea;
ricerche nel settore della Patologia Vegetale tramite rilievi in campo e ambiente controllato dalle
principali malattie fungine dei cereali.
Dottorato di Ricerca in Biochimica e Biologia Titolo della tesi: “A CC-NB-LRR gene confers
leaf stripe resistance at the Rdg2a locus in barley”.
Dall’anno accademico 2005/2006 all’anno accademico 2006/2007
Università degli Studi di Parma, V.le G. P. Usberti 23/A, Campus Universitario, 43124, Parma
Biologia Molecolare e Biochimica
Laurea magistrale in Biologia Molecolare, con la votazione di 110/110 con lode. Titolo della
tesi: “Ricerca dei promotori dei geni codificanti small nuclear RNA in Saccharomyces cerevisiae”.
Dall’anno accademico 2001/2002 all’anno accademico 2004/2005
Università degli Studi di Parma, V.le G. P. Usberti 23/A, Campus Universitario, 43124, Parma
Biologia Cellulare, Chimica, Biologia Molecolare e Biochimica
Laurea in Biologia, con la votazione di 110/110 con lode. Titolo della tesi: “Espressione in
Escherichia coli e purificazione della TATA box binding protein di Arabidopsis thaliana”.
Dall’anno scolastico 1996/1997 all’anno scolastico 2000/2001
Liceo Scientifico E. Mattei, v. Boiardi 5, 29017, Fiorenzuola d’Arda (PC).
Matematica, Fisica, Chimica, Biologia, Geologia
Maturità Scientifica, con la votazione di 90/100
CORSI DI FORMAZIONE
21 Gennaio 2013 – 1 Febbraio 2013 Innovagen Winter School: Corso di Biostatistica e
programmazione in linguaggio R, organizzato dall’Università di Piacenza a cura del Prof.
Aymone Marsan.
15-19 Giugno 2009: Corso: Strumenti bioinformatici per l’analisi della struttura e della
funzione del genoma, organizzato dalla SIGA (Società Italiana Genetica Agraria) a cura del
Prof. Daniele Rosellini.
Programma:
Gestione e analisi di dati genomici e annotazione di sequenze genomiche: dalla
sequenza alla funzione, Gene Ontology e Genomica comparativa
Analisi di dati di espressione genica: Express Sequence Tag
Metodi predittivi di analisi multivariata di dati
Consultazione e utilizzo di sequenze genomiche annotate, banche dati nucleotidiche e
Genome Browsers
Analisi di dati di espressione genica: Microarray. Introduzione alle diverse piattaforme,
disegno di probes, analisi dati
Fondamenti sull’allineamento di sequenze, tour e classificazione dei principali
strumenti, assemblaggio di sequenze corte
Innovazione dell’analisi genomica: analisi dei dati di sequenza ottenuti con la
tecnologia ILLUMINA
Tecnologia SOLiD: da Gigabasi a Terabasi
Genome sequenze 454/Roche, analisi Post-sequenziamento di long reads attraverso
l’uso dei software dedicati 454
Analisi funzionale dei genomi
18-20 Maggio 2009: Scuola di microscopia, presso l’Università degli studi di Milano, tenuto dai
Prof. Franco Faoro e Prof. Marco Saracchi.
Programma:
Principi di microscopia ottica ed elettronica a trasmissione
La microscopia elettronica a scansione
La microscopia confocale e video confocale
Giugno 2008: Corso di formazione per addetti all’impiego di sostanze radioattive con
relativo test di verifica, presso il CRA-GPG (Fiorenzuola d’Arda (PC)), tenuto dall’esperto
qualificato dottoressa Giancarla Rossetti.
CAPACITÀ E COMPETENZE
PERSONALI
.
MADRELINGUA
ITALIANA
ALTRE LINGUE
Inglese
• Capacità di lettura
• Capacità di scrittura
• Capacità di espressione orale
Pagina 4 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
ECCELLENTE
ECCELLENTE
ECCELLENTE
RIASSUNTO DELL’ ATTIVITÀ DI
RICERCA
Pagina 5 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Mappaggio di QTL e specifici loci, MAS, sequenzimento, high-throughput genotyping Durante il
Dottorato di Ricerca ho svolto il mappaggio di due loci di orzo responsabili della resistenza al fungo
Pyrenophora graminea, l’agente eziologico della striatura bruna dell’orzo. Per il primo gene, Rdg1a, sono
state sviluppate due popolazioni di mappa rappresentate da Ricombinant Imbred Lines (RIL). Un principale
QTL è stato identificato in entrambe le popolazioni sul cromosoma 2HL. Marcatori molecolari associati alle
regioni genomiche individuate e comuni alle due popolazioni hanno permesso il confronto delle due mappe
e l’identificazione del locus di resistenza che era lo stesso del gene Rdg1a, già mappato precedentemente.
Abbiamo sviluppato così marcatori molecolari basati su PCR da poter utilizzare in programmi di MAS per
tale gene (Biselli et al., 2010).
Per il secondo gene, Rdg2a, è stata costruita una libreria cosmidica derivante dalla varietà resistente
Thibaut. Abbiamo sviluppato marcatori co-segreganti con il locus di resistenza che hanno permesso
l’identificazione di due cosmidi che contenevano tale regione genomica. Grazie al sequenziamento dei
cosmidi, abbiamo trovato tre geni di resistenza altamente simili che abbiamo chiamato Nbs1-Rdga2a,
Nbs2-Rdg2a e Nbs3-Rdg2a. Il confronto delle loro sequenze ha suggerito che tali geni si sono evoluti
attraverso dupplicazione genica e sono soggetti a frequenti ricombinazioni. Analisi RACE, RT-PCR nella
cv. suscettibile Mirco e la sua linea isogenica (NIL) resistente, real time PCR in Thibaut e agroinfiltrazione
della varietà suscettibile Golden Promise hanno permesso di associare la resistenza al solo Nbs1-Rdg2a.
Inoltre, abbiamo confrontato le sequenze del gene in Thibaut e Mirco in seguito a sequenziamento. Ciò ha
portato all’osservazione di riarrangiamenti nel promotore in Mirco che inibiscono l’espressione del gene. In
fine, ho condotto analisi istologiche mediante saggio TUNEL, con cui ho dimostrato che la resistenza
mediate da Rdg2a non implicata la morte cellulare programmata a differenza di ciò che accade per la
maggior parte dei geni di resistenza in pianta (Bulgarelli and Biselli et al., 2010). Per studiare l’evoluzione
genomica e la diversità del locus Rdg2a, abbiamo fatto un confronto di questa regione in Thibaut e nella cv.
suscettibile Morex. Abbiamo riscontrato un alto livello di conservazione di sequenza interrotta dal alcuni
riarrangiamenti in Morex che comprendevano tre delezioni. Abbiamo sviluppato marcatori molecolari basati
su PCR che sono stati utilizzati per screenare la presenza di questi riarrangiamenti in 29 linee di H. vulgare
e una di H. vulgare ssp. Spontaneum. Tale analisi ha indicato che il locus Rdg2a presenta un’ampia
vairabilità aplotipica a livello del germoplasma di orzo coltivato. E’ stato svolto un esperimento di allele
mining di Rdg2a considerando i genotipi che presentavano lo stesso aplotipo di Thibaut e sono stati
identificati nuovi alleli funzionali del gene da poter utilizzare in programmi di breeding (Biselli et al., 2013).
Nell’ambito di un ulteriore progetto di ricerca che ha lo scopo di definire le caratteristiche che determinano
la qualità del riso, un altro esperimento di allele mining è stato condotto per analizzare il principale gene
che regola l’accumulo di amilosio nelle cariossidi di riso, Granule Bound Starch Synthase (GBSS). Esso è
stato sequenziato in diverse varietà di riso con diversi livelli di amilosio. Grazie ai risultati ottenuti è stato
possibile sviluppare nuovi marcatori molecolari associati a specifiche quantità di amilosio (articolo in
stesura).
Ho sviluppato una mappa genetica per la resistenza a Magnaporthe oryzae in riso utilizzando una
popolazione di mappa ottenuta tramite l’incrocio tra Salvo (resistente) e Maratelli (suscettibile). A tale scopo
sono state utilizzate le nuove tecniche di high-throughtput genotyping basate su DNASeq (Genotyping by
Sequencing) associate a marcatori SNP. E’ stata sviluppata una mappa genetica con un totale di 1607
marcatori con una densità di 1,13 cM ed è stato identificato un QTL altamente associato alla resistenza sul
cromosoma 11. E’ in preparazione una pubblicazione.
Caratterizzazione fenotipica su grande scala di riso in diverse condizioni di crescita Più di 300
genotipi di riso sono stati fatti crescere a Vercelli in due diverse condizioni: aerobiosi e anaerobiosi.
L’esperimento è stato condotto in blocchi randomizzati utlizzando tre repliche per ogni genotipo nelle due
condizioni. Le caratteristiche che sono state valutate rientrano in quelle determinanti la qualità delle colture
(UPOV, IRRI Evaluation System for Rice). Per esempio, sono state considerate caratteristiche morfofisiologiche pre e post-harvest come la fioritura, la maturazione, l’altezza, la produttività e il peso di 100
semi. Inoltre è stata anche analizzata la resistenza alle principali malattie come il brusone. I dati ottenuti
permetteranno di individuare le regioni genomiche associate alle diverse caratteristiche morfo-fenologiche
mediante association mapping.
Next Generation Sequencing (NGS) Presso il gruppo del Prof. Keith Edwards dell’Università di Bristol
(Bristol, UK) ho costituito un rapido e poco costoso metodo per l’identificazione e il mappaggio di geni su
specifici cromosomi di frumento tenero. Tale metodo ha portato anche alla generazione di SNP target
nell’ampio genoma del frumento tetraploide da cui sono stati sviluppati marcatori molecolari. Sono state
utilizzate due line di delezione recanti delezioni sul cromosoma 2BS, su cui sono noti essere locati geni di
resistenza. Come controllo è stata usata la cv. selvatica Chinese Spring. L’RNA estratto da ogni linea è
stato arricchito con la tecnica SureSelect con sonde specifiche ottenute tramite un in silico mining dei
database di EST di frumento che ha portato a trovare 3550 SNP. L’RNA arricchito è stato sequenziato
mediante RNASeq e le sequenze ottenute sono state utilizzate per confrontare le linee di delezione con il
selvatico Golden Promise. Sono così stati individuati i trascritti mancanti nelle linee mutate a cui sono stati
associati marcatori SNP che hanno permesso il mappaggio dei geni da cui sono derivati i trascritti con la
tecnica del Kaspar Genotyping. Tali geni erano localizzati proprio sul cromosoma 2BS, validando così il
metodo sviluppato.
Nell’ambito di altri progetti ho applicato l’NGS per analizzare in modo approfondito la risposta primaria al
brusone nella cv. resistente Gigante Vercelli. Abbiamo confrontato il trascrittoma di questa varietà e della
suscettibile Vialone nano cresciute in presenza e in assenza del fungo. La sensibilità e l’ampio range
dinamico dell’RNASeq ha permesso di individuare i geni implicati nella segnalazione che determina la
resistenza di Gigante Vercelli (Bagnaresi et al., 2012).
Attualmente sto svolgendo ananlisi RNASeq di RNA estratto da semi di sei varietà di riso
italiane con lo scopo di studiare la diversa espressione dei geni che influenzano la qualità
del granello (articolo in preparazione). In più, un Whole Genome Resequencing di tali
cultivar permetterà di esplorare la diversità genomica tra esse e di sviluppare nuovi
marcatori molecolari associati a specifici geni in riso.
Abbiamo inoltre svolto il sequenziamento di miRNA di due NIL di frumento tenero che
differiscono per la presenza di un QTL di resistenza a F. graminearum sul cromosoma 2DL.
Attualmente stiamo confrontando i dati di espressione in due tessuti, spighetta e rachide,
delle due linee in condizioni di infezione e controllo per individuare i miRNA implicati nella
resistenza. I dati saranno integrati con un esperimento di RNA-Seq svolto sugli stessi
campioni.
CAPACITÀ E COMPETENZE
Grazie alle mie esperienze lavorative presso il Centro di Ricerca per la Genomica e
Postgenomica Animale e Vegetale (CRA-GPG) di Fiorenzuola d’Arda (PC) e l’Unità di Ricerca
per la Risicoltura (CRA-RIS), Vercelli, ho trovato un ambiente in cui le idee personali e un
positivo criticismo sul lavoro di ricerca sono stati incoraggiati. Ciò mi ha permesso di fissare i
miei obiettivi, di raggiungere in tempo gli scopi prefissi, di raffrontarmi con le difficoltà correlate al
mio lavoro di ricerca e trovare le appropriate soluzioni. Ho acquisito un’ottima capacità di
organizzare e svolgere il lavoro di laboratorio, di elaborare i dati ottenuti e di condurre in modo
indipendente un progetto di ricerca. Inoltre ho fornito assistenza e supporto alla conduzione dei
campi sperimentali dei centri. Ho così sviluppato ottime capacità di revisione critica del lavoro di
altre persone e di organizzazione del lavoro di gruppo.
In particolare ho partecipato a progetti di breeding che mi hanno reso indipendente nello
sviluppo di marcatori molecolari per Marker Assisted Selection (MAS) per geni che regolano la
qualità dei cereali e la resistenza alle malattie (5 anni). Grazie a questo ho acquisito competenze
per mappare specifici QTL e loci e quindi lo sviluppo di popolazioni segreganti adatte a tali scopi
(5 anni) (vedere le pubblicazioni).
Ho acquisito un’approfondita esperienza in tecniche di laboratorio come il sequenziamento,
l’assemblaggio e l’annotazione di sequenze e il risequenziamento di specifici geni attraverso
tecniche di allele mining (vedere le pubblicazioni).
Per quattro anni ho preso parte a un progetto che prevede di rilevare l’effetto della coltivazione
in condizioni di aerobiosi, rispetto alla normale crescita in sommersa, di più di 300 diverse
varietà di riso. Grazie a tale esperienza ho sviluppato ottime capacità nell’organizzazione di
campi sperimentali e nella fenotipizzazione di ampie collezioni di germoplasma.
Negli ultimi due anni sono stata coinvolta in progetti di ricerca incentrati sull’utilizzo delle ultime
tecnologie di sequenziamento high-throughput (RNASeq, DNASeq e miRNA sequencing) con lo
scopo di identificare la risposta a stress come per esempio l’infezione di patogeni, il mapping di
geni e l’identificazione dei geni che influenzano la qualità dei cereali. Ciò mi ha permesso inoltre
di sviluppare capacità di analizzare ampi dataset in modo autonomo.
Oltre a queste competenze tecniche, durante il Dottorato di Ricerca, il Post Dottorato e la mia
esperienza all’estero, ho acquisito buone capacità di scrivere report, articoli e progetti in lingua
inglese (Vedere pubblicazioni). Per esempio il progetto scritto da me personalmente dal titolo
“Identification
of novel chromosome-specific genes in allohexaploid wheat using
targeted resequencing” è stato selezionato per una borsa di studio Short Term EMBO
e una borsa di studio COST.
Pagina 6 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
CAPACITÀ E COMPETENZE
TECNICHE
Tecniche di biologia molecolare:
PCR, RT-PCR e colony PCR
Clonaggio
Trasformazione di E. coli mediante elettroporazione e heat shock
Trasformazione di lievito mediante heat shock
Miniprep mediante lisi alcalina
Digestione di miniprep
Elettroforesi e gel eluizione
Purificazione di DNA e RNA
Sequenziamento mediante il metodo Sanger
Estrazione di DNA genomico su piattaforme robotizzate a blocchi di 96 campioni
Analisi microsatelliti
Sintesi cDNA
Analisi di cDNA mediante RACE
Quantificazione di acidi nucleici fluorimetrica Q-bit
Preparazione di DNA ad alto peso molecolare per preparazione di librerie genomiche
BAC e cosmidiche
Determinazione della concentrazione di proteine con il metodo Bradford
Espressione eterologa di proteine di pianta in E. coli
Cromatografia di affinità ai metalli
Western blot
Northern blot
Southern blot
Saggio di trascrizione in vitro
Analisi di microRNA
Analisi di immunoprecipitazione della cromatina (ChIP)
Analisi real time quantitative PCR
Analisi real time quantitative PCR di miRNA
Analisi TUNEL
Sviluppo e analisi di marcatori molecolari tipo CAPS, dCAPS, In/Del, SNP e SSR
MAS (selezione assistita da marcatori molecolari)
Sviluppo di mappe genetiche
Colorazione tessuti e funghi con Trypan Blue, Calcofluor, DAPI e FM4-64
Inclusione in paraffina
Utilizzo del microtomo
Microscopia a fluorescenza
SureSelect Enrichment System
Next Generation Sequencing attraverso Illumina Sequencer
Gateway cloning
Agroinfiltrazione
Clonaggio di geni in silico
Bulk Segregant Analysis (BSA)
Sviluppo di marcatori SNP mediante Next Generation Sequencing
Kaspar Genotyping
RNASeq
DNASeq
Genotyping by Sequencing
Allele mining
Sviluppo di mapping populations
Tecniche di microscopia:
Microscopia a fluorescenza
Microscopio ottico
Analisi in campi sperimentali:
Valutazione fenotipica e genotipica della resistenza di orzo alle principali malattie
Valutazione fenotipica e genotipica delle principali caratteristiche determinanti la
qualità dei cereali in diverse condizioni di crescita
Pagina 7 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
CAPACITÀ E COMPETENZE
INFORMATICHE
Conoscenze bioinformatiche:
Ricerca in banche dati di acidi nucleici e proteine
Confronti di sequenze e costruzione di contig di sequenze (ClustalX, GeneDoc, Vector
NIT, Blast, Phred/phrap/Consed, RiceGAAS, PAML, Sequencer)
Costruzione alberi filogenetici (Treeview, UPGMA, Neighbor Joining, Mega)
Analisi di proteine (RasMol, PredictProtein)
Analisi di QTL (PLABQTL)
Mappaggio (MapDisto, Genemapper)
Analisi di dati RNASeq (IGV, CLC Genomic Workbench)
Conoscenze informatiche di base:
Sistemi operativi Windows, Linux e OS
Pacchetto Office (Word, Excell, Power Point)
Photoshop, CorelDraw
Linguaggio di programmazione R
Analisi statistica con SYSTAT
Pagina 8 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
PRESENTAZIONI E POSTER A
CONFERENZE
1)
2)
3)
4)
5)
6)
7)
8)
9)
10)
11)
12)
13)
14)
15)
16)
17)
18)
19)
20)
21)
22)
23)
Pagina 9 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Urso S., Biselli C., Desiderio F., Bagnaresi P., Crispino L., Piffanelli P., Abbruscato P., Assenza F., Guarnieri G.,
Cattivelli L., Valè G. (2014) Integration of genetic mapping and RNA-Seq analysis allowed dissection of a durable
blast resi stance in rice. 58th Annual Congress SIGA (Italian Society of Agricoltural Genetics), Alghero, 15th – 18th
September 2014. (Comunicazione orale)
Biselli C., Bagnaresi P., Cavalluzzo D., Urso S., Desiderio F., Perrini R., Orasen G., Gennaro M., gianinetti A.,
Orrù L., Abbruscato P., Greco R., Righettini F., Sacchi G.A., Cattivelli L., Valè G. (2014) Dissection of quality
determinants in the main rice Italian varieties. 58th Annual Congress SIGA (Italian Society of Agricoltural
Genetics), Alghero, 15th – 18th September 2014.
S Urso, C Biselli, P Bagnaresi, F Desiderio, L Orrù, R Parrini, L Crispino, P Abbruscato, P Piffanelli, L Cattivelli,
G Valè (2014) Dissection of a durable resistance in rice through mapping and RNA-Seq approaches. EUCARPIA
Cereals Section – ITMI Join Conference, Wernigerode, Germany, June29 – July 4, 20114.
R Perrini, R Greco, P Riccardi, G Orasen, C Biselli, A Vattari, S Urso, F Desiderio, D Cavalluzzo, P Piffanelli, L
Cattivelli, P abbruscato, G Valè (2014) Phenotyping of agronomically relevant traits in a rice germplasm collection
under different water management systems for association mapping studies. EUCARPIA Cereals Section – ITMI
Join Conference, Wernigerode, Germany, June29 – July 4, 20114.
Chiara Biselli, Alessandro Tondelli, Davide Bulgarelli, Nicholas C. Collins, Gabriella Consonni, Paul SchultzeLefert, Nils Stein, Antonio Michele Stanca, Luigi Cattivelli, Giampiero Valè (2014) Characterization and Discovery
of Barley Leaf Stripe Resistance Genes. 1st International Workshop on Barley Leaf Diseases, Salsomaggiore
Terme, Italy, 03-06 June 2014. (Comunicazione orale)
Sebastiani M.S., Bagnaresi P., Sestili S., Biselli C., Orrù L., Belisario A., Valè G., Cattivelli L., Ferrari V., De
Lorenzo G., Ficcadenti N. (2013) RNA-Seq based transcriptome analysis of melon (Cucumis melo L.) aimed at
identification of candidate genes involved in the resistance towards Fusarium oxysporum f. sp. Melonis race 1,2.
57th Annual Congress SIGA (Italian Society of Agricoltural Genetics, Foggia 16th-17th September 2013.
Perrini R., Riccardi P., Orasen G., Biselli C., Vattari A., Urso S., Desiderio F., Cavalluzzo D., Abbruscato P.,
Greco R., Cattivelli L., Piffanelli P., Valè G. (2013) Phenotyping of agronomically relevant traits in a large
collection of rice accessions under different water management conditions for association mapping studies. 57th
Annual Congress SIGA (Italian Society of Agricoltural Genetics, Foggia 16th-17th September 2013.
Bagnaresi P., Biselli C., Orrù L., Urso S., Crispino L., Abbruscato P., Piffanelli P., Lupotto E., Cattivelli L., Valè G.
(2012) Transcriptome profiling of the early response to Magnaporthe orza in durable resi stance vs susceptible
genotypes. Risinnova workshop “Crop Improvement in a Changing Environment: the RISINNOVA Project for
sustainable rice production in Italy”, 29-30 October 2012, Venezia, Italy. (Comunicazione orale)
Urso S., Tacconi G., Biselli C., Desiderio F., Crispino L., Piffanelli P., Lupotto E., Cattivelli L., Valè G. (2012)
Increasing blast resistance in Italian rice varieties: mapping of new disease resistance loci and marker-assisted
selection. Risinnova workshop “Crop Improvement in a Changing Environment: the RISINNOVA Project for
sustainable rice production in Italy”, 29-30 October 2012, Venezia, Italy. (Comunicazione orale)
Perrini R., Riccardi P., Orasen G., Biselli C., Urso S., Desisderio F., Cavalluzzo D., Kang D., Casella L., Greco
R., Lupotto E., Piffanelli P., Valè G. (2012) Evaluation of a large collection of rice accessions under aerobic and
flooding water management conditions. Risinnova workshop “Crop Improvement in a Changing Environment: the
RISINNOVA Project for sustainable rice production in Italy”, 29-30 October 2012, Venezia, Italy.
Biselli C., Cavalluzzo D., Perrini R., Bruschi G., Piffanelli P., Cattivelli L., Valè G. (2012) Allele mining analysis of
the granule bound starch synthase (GBSS) gene in rice. 56th Annual congress Italian Society of Agricoltural
Genetics, 17-20 September 2012, Perugia, Italy.
Urso S., Biselli C., Tacconi G., Desiderio F., Crispino F., Piffanelli P., Lupotto E., Cattivelli L., Valè G. (2012)
Identification and mapping of durable blast resi stance loci in a old rice cultivar. 56th Annual congress Italian
Society of Agricoltural Genetics, 17-20 September 2012, Perugia, Italy. (Vincitore del premio SIGA 2012)
Bagnaresi P., Biselli C., Orrù L., Urso S., Crispino L., Abbruscato P., Piffanelli P., Lupotto E., Cattivelli L., Valè G.
(2012) Comparative transcriptome profiling of the early response to Magnaporthe orza in durable resistant vs
suscaptible rice genotypes. 56th Annual congress Italian Society of Agricoltural Genetics, 17-20 September 2012,
Perugia, Italy.
C. Biselli, S. Urso, N. Stein, L. Cattivelli, and G. Valè (2012) Haplotype analysis of the leaf stripe resistance locus
Rdg2a in different barley genotypes. The 22nd International Triticeae Mapping Initiative (ITMI) and 4th National
Wheat Genomics Committee Joint Workshop, Fargo, North Dakota (USA), 24-29 June 2012.
Biselli C., Martini A., Urso S., Faccini N., Tacconi G., Cattivelli L., Valè G. (2011) Haplotype analysis of the
Rdg2a locus in different barley varieties. JointMeeting AGI – SIBV – SIGA, Assisi (PG) (Italia), 19-22 Settembre
2011.
C. Biselli, A. Martini, S. Urso, L. Cattivelli, G. Valè (2011) Haplotype analysis of the Rdg2a locus in different
barley varieties. 21st International Triticese Mapping Initiative (ITMI), Mexico City (Messico), 5-9 Settembre 2011.
Davide Bulgarelli, Chiara Biselli, Nicholas Collins, Luigi Cattivelli, Paul Schultze-Lefert, Giampiero Valè (2011)
The CC-NB-LRR-type Rdg2a resi stance gene confers immunity to the seed-borne barley leaf stripe pathogen in
the absence of hypersensitive cell death. 9th Plant Genomics European Meeting (Plant GEM), Istanbul, Turchia, 47 Maggio 2011 (Comunicazione orale).
Bernardo L., Negri A.S., Prinsi B., Biselli C., Urso S., Espen L., Valè G., Moliterni V.M.C. (2010) Proteomics
study of resistance of barley to leaf rust mediated by Rph15 gene. 54° congresso annuale SIGA (Società Italiana
Genetica Agraria), Matera, 27-30 Settembre 2010.
Giusti L., Faccini N., Reggiani F., Alberici R., Pagani D., Biselli C., Valè G., Tacconi G. (2010) Marker assisted
selection and gene-pyramiding in barley for disease resistances: toward the genomic selection. 54° Congresso
annuale SIGA (Società Italiana Genetica Agraria), Matera, 27-30 Settembre 2010.
Urso S., Zottini M., Ruberti C., Lo Schiavo F., Biselli C. and Valè G. (2010) Establishment o fan Agrobacterium
tumefaciens-based transient transformation system for functional genomics studies in grape leale through gene
silencing. 54° congresso annuale SIGA (Società Italiana Genetica Agraria), Matera, 27-30 Settembre 2010.
Biselli C., Bulgarelli D., Collins N. C., Consonni G., Stanca A. M., Schulze-Lefert P., Valè G. (2010) Map-Based
Cloning and Characterization of the Leaf Stripe Resistance Gene Rdg2a in Barley. EUCARPIA Cereal Section
Meeting, Cambridge (Regno Unito), 6-8 Aprile 2010.
Biselli C., Urso S., Bernardo L., Tondelli A., Tacconi G., Martino V., Grando S.,Valè G. (2010) Identification and
Mapping of the Leaf Stripe Resistance Gene Rdg1a in Hordeum spontaneum. EUCARPIA Cereal Section
Meeting, Cambridge (Regno Unito), 6-8 Aprile 2010.
Biselli C., Bulgarelli D., Consonni G., Stanca A.M., Valè G. (2009) Candidates of the barley leaf stripe resistance
gene Rdg2a are included in a cluster of NBS-LRR encoding genes. 53° congresso annuale SIGA (Società
Italiana Genetica Agraria), Torino 16-19 Settembre 2009 (Comunicazione orale).
PRESENTAZIONI E POSTER A
CONFERENZE
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PUBBLICAZIONI
Bernardo L., Biselli C., Tacconi G., Urso S., Martino V., Grando S., Valè G. (2009) A comparative mapping
strategy provides evidence about the derivation of the barley leaf stripe resistance Rdg1a. 53° congresso
annuale SIGA (Società Italiana Genetica Agraria), Torino 16-19 Settembre 2009. Vincitore del Premio SIGA
2009.
Bulgarelli D., Biselli C., Consonni G., Stanca A.M., Valè G. (2009) Candidates of the barley leaf stripe resi stance
gene Rdg2a are included in a cluster of NBS-LRR encoding genes. 19th International Triticeae Mapping Initiative
(ITMI) – 3rd COST Tritigen, Clermont-Ferrand (Francia) 31 Agosto – 4 Settembre 2009.
Tacconi G., Biselli C., Mastrangelo A.M., Faccini N., Gianinetti A., Valè G. (2009) Sviluppo di popolazioni
segreganti per resistenza a malattie. Miglioramento genetico di specie animali e vegetali, CRA (Centro per la
Ricerca e la sperimentazione in Agricoltura), Roma 15-17 Luglio 2009.
Biselli C., Urso S., Bernardo L., Pancini S., Tacconi G., Stanca A.M., Valè G. (2009) Studies of Plant-Pathogen
Interaction for Genetic Improvement of Resistance in Barley and Grape. Miglioramento genetico di specie animali
e vegetali, CRA (Centro per la Ricerca e la sperimentazione in Agricoltura), Roma 15-17 Luglio 2009
(Comunicazione orale).
Bulgarelli D., Biselli C., Stanca A.M., Valè G. (2009) Candidates of the Barley Leaf Stripe Resistance Gene
Rdg2a Are Included in a Cluster of NBS-LRR Genes. Plant and animal Genome XVII Conferences, San Diego,
California (USA) 10-14 Gennaio 2009.
Urso S., Zottini M., Ruberti C., Lo Schiavo F., Biselli C., Stanca A. M., Valè G. (2008) Estabilshment of transient
transformation systems in grape leaves for functional genomics studies through gene silencing. 52° congreso
annuale SIGA (Società Italiana Genetica Agraria), Padova 14-17 Settembre 2008. Vincitore del Premio SIGA
2008.
Bernardo L., Biselli C., Bulgarelli D., Tacconi G., Urso S., Stanca A.M., Valè G. (2008) Ricerche sulla interazione
pianta-patogeno al CRA-GPG. La Patologia Vegetale nelle linee Strategiche-programmatiche del CRA, Roma
18-19 giugno 2008 (Comunicazione orale).
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Pagina 10 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]
Chiara Biselli, Daniela Cavalluzzo, Rosaria Perrini, Alberto Gianinetti, Paolo
Bagnaresi, Simona Urso, Gabriele Orasen, Francesca Desiderio, Elisabetta Lupotto,
Luigi Cattivelli, Giampiero Valè (2014) Improvement of marker-based predictability of
Apparent Amylose Content in japonica rice through GBSSI allele mining. Rice 7:1
doi:10.1186/1939-8433-7-1.
Rosaria Perrini, Chiara Biselli, Simona Urso, Daniela Cavalluzzo, Gabriele Orasen,
Francesca Desiderio, Erminio Albertario, Gianni Tacconi, Elisabetta Lupotto, Luigi
Cattivelli, Giampiero Valè (2013) Genetic resistance to blast disease: the contribution
of modern genetic applications to a current issue and its solution. Dal Seme 1-13.
Chiara Biselli, Simona Urso, Gianni Tacconi, Burkhard Steuernagel, Daniela Schulte,
Alberto Gianinetti, Paolo Bagnaresi, Nils Stein, Luigi Cattivelli, Giampiero Valè (2013)
Haplotype variability and identification of new functional alleles at the Rdg2a leaf stripe
resi stance locus. TAG (Theor Appl Genet) DOI: 10,1007/s00122-013-2075-z.
Paolo Bagnaresi, Chiara Biselli, Luigi Orrù, Simona Urso, Laura Crispino, Pamela
Abbruscato, Pietro Piffanelli, Elisabetta Lupotto, Luigi Cattivelli, Giampiero Valè (2012)
Comparative Transcriptome Profiling of the early response to Magnaporthe oryzae in
durable resistant vs susceptible rice (Oryza sativa) genotypes. PLoS One
7(12):e51609.
Davide Bulgarelli and Chiara Biselli, Nicolas C. Collins, Gabriella Consonni, Antonio
M. Stanca, Paul Schulze-Lefert, Giampiero Valè (2010) The CC-NB-LRR-type Rdg2a
resistance gene confers immunity to the seed-borne barley leaf stripe pathogen in the
absence of hypersensitive cell death. PLoS One 10(5)9:12599.
Chiara Biselli, Simona Urso, Letizia Bernardo, Alessandro Tondelli, Gianni Tacconi,
Valentina Martino, Stefania Grando, Giampiero Valè (2010) Identification and mapping
of the leaf stripe resistence gene Rdg1a in Hordeum spontaneum. TAG (Theor Appl
Genet) 120:1207-1218.
Davide Guerra, Alessandro Tondelli, Chiara Biselli, Antonio Michele Stanca (2009)
Analisi del genoma delle piante coltivate per l’adattamento all’ambiente colturale. I
Gorgofili, Quaderni 2008-VI, 129-148 (rewiev).
Chiara Biselli, Davide Bulgarelli, Nicholas C. Collins, Paul Schulze-Lefert, Antonio
Michele Stanca, Luigi Cattivelli, Giampiero Valè The CC-BN-LRR-Type Rdg2a
Resistance Gene Evolved’ through Recombination and Confers Immunity to the SeedBorne Barley Leaf Stripe Pathogen in the Absence of Hypersensitive Cell Death.
Advance in Barley Sciences. Proceedings of 11th International Barley Genetics
Symposium. Zhejiang University Press.
PREMI ACCADEMICI E ADESIONI A
SOCIETÀ SCIENTIFICHE
Il progetto di ricerca scritto da me personalmente dal titolo “Identification of novel
chromosome-specific genes in allohexaploid wheat using targeted resequencing” è
stato selezionato per una borsa di studio Short Term EMBO e una borsa di studio
COST che mi hanno permesso di svolgere uno stage presso l’Università di Bristol da
Ottobre 2010 a Marzo 2011.
Premio come migliore studente nell’anno accademico 2002/2003.
Sono stata scelta dalla segreteria della Facoltà di Scienza MMFFNN dell’Università degli studi di
Parma, in seguito a visione del curriculum vitae e colloquio orale, come tutor del il corso di
Biotecnologie per gli anni accademici 2006/2007 e 2007/2008.
PATENTE O PATENTI
CONTATTARE PER REFERENZE
In possesso di patente B e automunita
1)
Dott. Giampiero Valè
CRA-GPG – Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica
animale e vegetale, Fiorenzuola d’Arda (PC)
TEL.: 0523/983758
FAX: 0523/983750
e-mail: [email protected]
2)
Dott. Luigi Cattivelli
CRA-GPG – Centro di Ricerca per la Genomica e Postgenomica animale e vegetale,
Fiorenzuola d’Arda (PC)
TEL.: 0523/983758-9
FAX: 0523/983750
e-mail: [email protected]
3)
Prof. Giorgio Dieci
Università degli studi di Parma – Dipartimento di Biochimica e Biologia Molecolar
TEL. 0521/905649
FAX: 0521/905151
e-mail: [email protected]
AUTORIZZO IL TRATTAMENTO DEI DATI PERSONALI AI SENSI DEL D. LGS 196/2003.
Pagina 11 - Curriculum vitae di
Biselli Chiara]