Gestione ed analisi di base dati nell`epidemiologia delle malattie

Università degli Studi di Torino - Facoltà di Medicina Veterinaria
Laboratorio di
epidemiologia delle
malattie infettive
Scuola Specializzazione in Sanità Animale, Allevamento e Produzioni Zootecniche
Gestione ed analisi di base dati nell’epidemiologia
delle malattie infettive
Luigi Bertolotti
:: Premessa
Outline
:: 08.11 – introduzione ai db, descrizione della sua struttura,
terminologia, tipi di database e di database
management system
:: 15.11 – introduzione all’impiego dei diversi software
Microsoft Excel
:: 22.11 – introduzione all’impiego dei diversi software
Microsoft Access
:: 29.11 – Applicazioni del db a diversi campi
dell’epidemiologia: l’analisi spaziale e
l’epidemiologia molecolare
:: 30.11 – Prova in itinere
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Introduzione
Microsoft Access è un Database Management System
Gestisce grandi quantità di dati, organizzandoli in db
relazionali, in un unico grande file .mdb
E’ meno intuitivo di Ms Excel…
ma è il vero e proprio DbMS del pacchetto Microsoft Office
Introduzione
Componenti:
•
•
•
•
•
•
•
•
Tabelle
Maschere
Report
Query
Indici
Pagine
Macro
Moduli
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Introduzione
Tabelle:
Simile ad un foglio Excel, rappresenta un insieme di dati
simili.
Formata da colonne (campi) e righe (record)
Introduzione
Tabelle:
E’ maggiormente efficace dividere i dati in più tabelle
DB relazionale
no ridondanza nei dati
tabelle più piccole e gestibili
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Introduzione
Relazioni tra tabelle
avvengono tramite Chiavi
•
•
la Chiave primaria identifica univocamente il singolo
record
le Chiavi secondarie uniscono le tabelle tra loro
Introduzione
Relazioni tra tabelle
Questo permette di:
•
inserire i dati solo una volta
•
recuperare dati da diverse tabelle
•
creare nuove tabelle che risultano dall’interrogazione del
database
4
Introduzione
Introduzione
Maschere
Usate per inserire i dati in una tabella
Risulta molto più comodo inserire i dati in quanto può
contenere elementi grafici di supporto alla compilazione.
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Introduzione
Query
Sono i parametri di interrogazione di un database
Permettono di selezionare solo ciò che è necessario
all’elaborazione dei dati.
La base di ogni query è il linguaggio SQL (Structured Query
Language)
Introduzione
Report
Rappresentazione grafica dei dati o delle informazioni
Permette una rapida visualizzazione delle tabelle e delle query
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Introduzione
Un esempio di db Access…
le Tabelle
Le tabelle
Dopo aver pensato a:
•
•
•
l’obiettivo del db
alla struttura
ai tipi di dati che il db deve contenere
!!!
possiamo cominciare a strutturare il db all’interno di Ms Access.
Solitamente il primo step è rappresentato dal disegno delle tabelle,
in particolare dalla definizione dei campi
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le Tabelle
Dopo aver scelto dove salvare il db (file .mdb),
la finestra Database presenta tutti i possibili oggetti
le Tabelle
Le tabelle possono essere create i tre modi diversi
Il metodo più accurato è il primo: “visualizzazione Struttura”
il termine “Struttura” indica la visualizzazione del modello
della tabella, riportando i formati e tutte le caratteristiche
dei campi
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le Tabelle
Formato campo
Nome campo
Caratteristiche
le Tabelle
Dopo aver salvato e
dato un nome
alla tabella…
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le Tabelle - Esercitazione
Ricordate?
ID
specie
età
All.
Indirizzo All.
Test
Data test
veterinario
Animale001
Capra
Adulta
All. A
Via Garibaldi 10, Carmagnola, Torino
Elisa+
12-5-2006
Dr. Rossi
Animale002
Capra
Giovane
All. A
Via Garibaldi 10, Carmagnola, Torino
12-5-2006
Dr. Rossi
Animale003
Capra
Giovane
All. A
Via Garibaldi 10, Carmagnola, Torino
12-5-2006
Rossi
Animale004
Capra
All. A
Via Garibaldi 10, Carmagnola
12 maggio
Dr. Rossi
Animale005
Capra
All. A
Via Garibaldi 10, CARMAGNOLA, Torino
12 maggio
Idem
Animale006
Capra
Adulta
All. A
Via Garibaldi 10, Carmagnola, Torino
12 maggio
Idem
Animale007
Capra
Adulta
All. B
Strada della Valle, Lanzo
5 giugno 07
Bianchi
Animale008
Capra
Giovane
All. B
Strada della Valle, Lanzo
5 giugno 07
Bianchi
Animale009
Capra
Giovane
All. B
Str. della Valle, Lanzo
20070605
Bianchi
Animale010
Capra
Giovane
All. B
Str. della Valle, Lanzo, torino
20070605
Bianchi
Animale011
Capra
Adulta
All. B
Strada della Valle, Lanzo
20070605
Bianchi
Animale012
Capra
Adulta
All. B
20070605
Bianchi
Animale013
Pecora
Adulta
All. C
Via Roma 154, Giaveno
Elisa+
24/02/2004
Dr. Verdi
Animale014
Pecora
Adulta
All. C
Via Roma Giaveno Torino
Elisa+
24/02/2004
Dr. Verdi
Animale015
Pecora
Giovane
All. C
Via Roma 154, Giaveno
Elisa POS
24/02/2004
Dr. Verdi
Elisa+
Elisa+
Elisa+
le Tabelle - Esercitazione
Ricordate?
Tabella allevamenti
Tabella laboratorio
id.lab
specie
età
allevamento
test_elisa
data_test
1/∞
id
ragione_sociale
indirizzo
cap
comune
provincia
estensione
pascolo
veterinario
Tabella veterinari
∞/1
id
nome
cognome
indirizzo
cap
comune
provincia
telefono_uff
telefono_cell
email
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le Tabelle - Esercitazione
Le tre tabelle si creano in
visualizzazione “Struttura”
le Tabelle - Esercitazione
dopo aver popolato le tabelle…
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le relazioni - Esercitazione
… si impostano le relazioni tra le
varie tabelle, designando quali
chiavi utilizzare
le relazioni - Esercitazione
Una volta create le relazioni, nel
caso si utilizzino le chiavi
primarie per collegare due
tabelle, si possono ottenere
informazioni direttamente:
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Esercitazione…
le query
l’obiettivo del database è gestire i dati per
ottenere informazioni
L’informazione più rapida da ottenere, in
questo caso è…
Quali campioni risultano positivi in Elisa, da
dove arrivano e chi è il veterinario…
Quindi si crea una query…
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le query
il risultato della query è una sorta di tabella, il
Record Set, dove vengono selezionati
solo i dati che si desiderano mettere in
evidenza
una query può offrire risultati desunti da più
tabelle in relazione tra loro
una query può essere creata mediante un
meccanismo di creazione guidata o anche
in modalità struttura
una query può essere derivata da due o più
tabelle
le query
per creare una query dove i campi da
considerare sono:
1) gli animali
2) il risultato Elisa
3) l’allevamento
4) il veterinario
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le query
le query
VERIFICARE
LE RELAZIONI
inserire i campi
di interesse
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le query
si possono impostare criteri per
restringere i record da
visualizzare
si possono considerare come “filtri”
le query
il risultato della query è:
e adesso…
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Esercitazione…
I report
Nei database, gli elenchi di informazioni, in
genere prodotti per essere stampati,
vengono chiamati report (rapporti)
L’utente può creare un report direttamente
oppure usando una creazione guidata
I tipi di rapporti disponibili:
•
a colonne: elenca i campi del record in
colonne
•
tabellari: elenca i campi del record in
righe
E’ possibile generare più tipi di report, anche
se riferiti alla stessa tabella del database
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I report
Anche per i report è possibile usare:
sia una creazione guidata
sia la visualizzazione struttura
La visualizzazione struttura permette di creare
un report da una “pagina bianca”
I report
La creazione guidata rappresenta il modo più
veloce di compilare un report
Il report può descrivere il contenuto di una
tabella
Il report può essere basato sul risultato di una
query
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I report
I report
Il report viene visualizzato in
un’anteprima di stampa
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