Ylenia Morello Biologia Molecolare A.A. 2010/2011 Corso di Biologia Molecolare II REPORT SULL’ATTIVITA’ DI LABORATORIO Oggetto: 1. mostrare un albero filogenetico con la relazione tra Topo, Uomo e Ratto. 2. Descrivere la sezione “Orthology” della banca dati sul genoma di topo “MGI” 1. Per quanto concerne la ricerca dell’albero filogenetico, non avendone trovato uno specifico su uomo, topo e ratto, ho lanciato un allineamento delle rispettive sequenze dell’enzima DNA POLIMERASI II alpha. I programmi utilizzati sono stati ClustalW e Tree Top (trovato in internet) La seguente immagine è il risultato dell’allineamento con il programma Tree Top La pagina dei risultati ottenuti allineando le sequenze di DNA POLIMERASI II ALPHA è riportata in allegato alla mail. Dall’allineamento effettuato in base a questo importantissimo enzima si evince che il topo e il ratto sono evolutivamente più prossimi rispetto all’uomo. 2. Nella sezione ORTHOLOGY del database MGI si può usufruire di una serie di tools e grafiche per l’analisi di omologia tra topo, ratto, uomo e molti altri mammiferi. Particolarmente interessante risultano i link MOUSE-HUMAN ORTHOLOGY MAP e MOUSE-RAT ORTHOLOGY MAP, in cui è rappresentato schematicamente il genoma di topo cromosoma per cromosoma (19+cromosoma X). Ad ogni cromosoma è sovrapposta una serie di istogrammi, ognuno riferito ad una diversa porzione del cromosoma e indicante la quantità di geni ortologhi che possiamo trovare nelle stesse regioni di genoma rispettivamente nell’uomo e nel ratto. Cliccando su ciascun cromosoma, appare un file contenente tutti i geni e le proteine da esso codificate e le rispettive posizioni per ognuno di questi geni in uomo e topo o topo e ratto. E’ inoltre presente un tool FAQs e dei dati numerici circa il genoma di topo (geni, alleli, vie biochimiche, ecc.)