Saccharomyces cerevisiae Saccharomyces arboricolus CBS 10644 Essudati di quercia Saccharomyces cariocanus Y-27337 Associato a Drosophila e pulqué (bevanda alcolica) Saccharomyces paradoxus Y-17217 Ambienti naturali 61 94 Origine Dominio Eukaryota Regno Fungi Phylum Ascomycota Sottodivisione Saccharomycotina Classe Hemiascomycetes Ordine Saccharomycetales Famiglia Saccharomycetaceae Raramente isolato in ambienti naturali Saccharomyces cerevisiae Y-12632 59 70 Suolo e foglie in decomposizione Saccharomyces mikatae Y-27341 Giappone Saccharomyces kudriavzevii Y-27339 100 Fermentazioni spontanee Saccharomyces bayanus var. bayanus Y-12624 72 Genere Saccharomyces Saccharomyces pastorianus Y-27171 Non presente in ambienti naturali 98 Fermentazioni spontanee Saccharomyces bayanus var. uvarum Y-17034 Kazachstania viticola Y-27206 Zygosaccharomyces rouxii Y-229 Cellula di lievito • Le cellule di S. cerevisiae sono generalmente ellipsoidali • Da 5 a 10 mm di diametro più largo e da 1 a 7 mm quello più piccolo • Volume cellulare da 29 or 55 mm 3 per una cellula aploide ed una diploide rispettivamente. Le dimensioni delle cellule aumentano con l’età. Diensione e forma Volume (mm3) Diameter (mm) Haploid cellDiploid cell 70 120 4 5-6 Citoplasma ed organuli citoplasmatici Citoplasma Gemma Membrana cellulare Vacuolo Perossisoma Mitocondrio Nucleo Reticolo endoplasmatico Golgi Spazio periplasmatico Parete cellulare • Citoplasma circondato da membrana e parete cellulare • Mitocondri, inclusioni citoplasmatiche a forma di goccioline contenenti lipidi e glicogeno • Vacuoli citoplasmatici La parete cellulare ( rappresenta il 1530% del peso secco della cellula) • Composizione costante nei diversi taxa • E’ una struttura dinamica che si adatta ai cambiamenti fisiologici e morfologici (coniugazione, sporulazione, sviluppo pseudoifale). • Ha 4 funzioni importanti: i) mantenimento della omeostasi; ii) protezione contro gli stress fisici; iii) mantenimento della forma; iv) impalcatura per le proteine • E’ costituita principalmente da polisaccaridi 80-90% • polimeri del mannosio (mannoproteine, circa il 40% del peso secco della parete), • polimeri del glucosio (b-glucano, circa il 60% del peso secco della parete) • polimeri di N-acetilglucosamina (chitina, circa il 2% del peso secco della parete). • Il b-glucano può formare lunghe catene (85%) di unità di b-1,3 glucano e catene più corte (15%) di b-1,6 glucosio. MC SP P Mannoproteine • Le mannoproteine costituiscono il 30-40% della parete con un peso molecolare medio (kDa) di 100-200. • Sono costituite da mannosio ( circa il 90%) e, a seconda del ceppo e della fase di sviluppo, da N-acetilglucosamina e mannosilfosfato. • Queste glicoproteine hanno un’importante funzione protettiva • Permettono alla cellula di crescere sotto forma pseudoifale e invasiva, • di flocculare, • di formare biofilm; Tra queste proteine, le adesine sono tra le più studiate;. • La chitina, un polimero lineare di N-acetilglucosamina, è poco rappresentata nella parete dei lieviti (1-2%) e si trova soprattutto nell’anello cicatriziale di distacco della gemma. • Presenza di molti enzimi, tra i più caratteristici l’invertasi che catalizza l’idrolisi del saccarosio in glucosio e fruttosio. • La parete contiene anche endo ed esoglucanasi che servono per costruire la parete • Questi enzimi endogeni sono coinvolti nell’autolisi della parete cellulare. Funzione Funzione principale è proteggere la cellula e inoltre: a) E’sede per gli enzimi periplasmatici, (fosfatasi acida, proteasi, diverse idrolasi) b) Polimeri solubili negli strati esterni servono in forma idratata come gel di protezione contro l’essiccamento c) Adesione Le cellule di lievito si possono trattare con enzimi litici ( ad esempio l’elicasi, dai succhi digestivi della lumaca) in presenza di stabilizzatori osmotici. La parete cellulare è rimossa e si formano gli sferoblasti. Questo è importante per il miglioramento genetico e formazione del protoplasto La membrana citoplasmatica • E’ costituita principalmente di lipidi e proteine. • I principali fosfolipidi sono, la fosfoetanolamina,il fosfatidilinositolo,e fosfatidilcolina. • Lo spessore della membrana è di 7.5 nm • Tra gli steroli : ergosterolo,deidroergosterolo e zimosterolo. Sono prodotti esclusivamente nei mitocondri durante la fase lag. • Le proteine di membrana includono:gli enzimi per la sintesi della parete, per la trasmissione dei segnali, per il trasporto dei soluti (permeasi, canali, ATPasi), ecc Funzione della membrana plasmatica • Fornisce permeabilità selettiva, controlla ciò che entra e ciò che esce. • Regola la nutrizione del lievito, assorbendo i carboidrati, i composti del carbonio o ioni, espellendo le molecole tossiche • Risposta agli stress e sporulazione Citoplasma • Ha un pH acido circa 5.25 • Contiene enzimi solubili e ribosomi liberi • Sono presenti gli enzimi per la glicolisi e la fermentazione alcolica e la trealasi • E’ presente anche trealosio un disaccaride di riserva • Il citoplasma è ricco di ribosomi, vi è il reticolo endoplasmatico ed il Golgi. • I vacuoli, da 1 a più a seconda dello stadio di sviluppo di dimensione da 0-3 a 3 mm. • Tra i ruoli principali di questi organelli vi sono il pH e l’osmoregolazione, la degradazione delle proteine (autofagia), stoccaggio degli aminoacidi (un quarto del pool amminoacidico della cellula), piccoli ioni e polifosfati. L’energia necessaria per stoccare questi composti contro il gradiente di concentrazione avviene tramite una specifica ATPasi. Il glicogeno • Il glicogeno è la principale riserva glucidica e si accumula nella fase stazionaria in granuli di 40 nm di diametro. • l glicogeno è formato dall’aggiunta sequenziale di unità di glucosio da UDPglucosio, per mezzo della glicogeno sintetasi • Il trealosio è sintetizzato per mezzo della trealosio sintetasi da glucosio-6-fosfato e UDP-glucosio. I mitocondri: struttura asimile a quella degli altri eucarioti ☛ Una membra esterna, contenente gli enzimi per la sintesi di lipidi ☛ Lo spazio tra le membrane ☛ Una membrana interna contenente NADH e succinato deidrogenasi, i componenti della catena respiratoria e la ATPasi,e varie proteine di trasporto. ☛ La matrice mitocondriale, contenente gli enzimi per la ossidazione degli acidi grassi, del ciclo dell’acido citrico,il DNA mitocondriale, con gli elementi per la trascrizione mitocondriale e la sintesi proteica (ribosomi 60 S e tRNAs) I mitocondri: sono strutture dinamiche la cui forma, grandezza e numero varia a seconda di diversi fattori: Specificità di ceppo Fase del ciclo cellulare Condizioni di crescita Pressione parziale di ossigeno Concentrazione di glucosio Presenza di substrati non fermentabili Disponibilità di sterolo e di acidi grassi e di particolari ioni metallici (Mg++) I mitocondri • Per i lieviti sono veri organi respiratori. In aerobiosi S.cerevisiae ne contiene circa 50. In anaerobiosi degenerano a un promitocondrio e non sono indispensabili, almeno per la funzione respiratoria. • Esistono dei mutanti, r‚ “petite” , con ampie delezioni del genoma mt e r°mancanti del tutto del genoma • L’aggiunta di ergosterolo e acidi grassi insaturi riducono questa degenerazione Queste mutanti sono incapaci di sviluppare in mezzi che contengono solo fonti di carbonio non-fermentabili, come glicerolo ed etanolo, e formano piccole colonie quando crescono in anaerobiosi in terreni contenenti una fonte di carbonio fermentabile come il glucosio • I mitocondri possiedono una molecola di DNA (mtDNA) di 75-150 kb, che contiene geni codificanti per la sintesi di enzimi respiratori e dei ribosomi. Altre funzioni della matrice mitocondriale - sintesi e desaturazione di acidi grassi e lipidi, - biosintesi di ergosterolo, - risposta ed adattamento agli stress, - enzimi per la sintesi di particolari aminoacidi ed acidi dicarbossilici, basi puriniche e pirimidiniche, porfirine - mobilizzazione del glicogeno I perossisomi • I perossisomi dei lieviti contengono molte ossidasi che servono nella utilizzazione ossidativa di specifiche fonte di azoto e di carbonio. • Gli organelli si sviluppano da piccoli perossisomi presenti in cellule che crescono in presenza di glucosio • Tale sintesi è associata alla presenza di enzimi perossisomici, come la catalasi e l’alcol ossidasi • Poichè I mitocondri mancano della attività di ßossidazione, I perossisomi sono I siti di degradazione degli acidi grassi Assetto genetico dei lieviti • S.cerevisiae ha un genoma relativamente piccolo, 3 x quello di E.coli e 260 < di quello umano • I ceppi aploidi contengono ~ 12-13 kb di DNA nucleare con 16 cromosomi lineari, ciascuno con un singolo filamento DNA di 200-2200 (kb) kilobasi • Il genoma di S.cerevisiae contiene ~ 6300 geni di cui 5885 codificanti proteine Elementi extracromosomici • Sono presenti diversi elementi genetici non-Mendeliani nel nucleo (per es. transposoni e il plasmide a DNA 2mm), nei mitocondri ed nel citoplasma (come particelle simili a virus ed elementi simili ai prioni) • Contiene circa 35-55 copie di retrotransposoni (Elementi Ty). • Ogni cellula contiene 50-100 copie plasmide a DNA 2mm di cui non si conosce la funzione • 2 mm ha una dimensione di 6,3 kb ed è ereditato in maniera non-mendeliana. Il plasmide codifica 4 geni, ha una origine di replicazione e due sequenze di 599 bp ripetute e invertite. E’ il vettore più utilizzato in ingegneria genetica • . Altri elementi genetici extra-cromosomali che possono essere presenti nel citoplasma sono i prioni denominati PSI (ψ), ETA (η) e URE3, che segregano in maniera non mendeliana. • I prioni PSI (ψ) e ETA (η) aumentano il numero di mutazioni per scivolamento (frameshift) e la soppressione del codone UAA (non codificante per nessun amminoacido) conferendo alla colonia un colore ocra. I lieviti killer: Nel citoplasma del lievito è possibile riscontrare la presenza di molecole di RNA virale a doppio filamento che conferiscono il fenotipo killer • Nel 1963 Bevan e Makower hanno scoperto il fenomeno killer in Saccharomyces cerevisiae • Fenotipo killer: secrezione di una proteina o tossina glicoproteica (tossina killer) che uccide cellule sensibili dello stesso genere o generi affini senza un diretto contatto cellula-cellula. • Il carattere killer è stato identificato in numerosi ceppi tra i diversi generi di lieviti,quali Saccharomyces, Pichia, Kluyveromyces, Candida, Kloeckera, Hanseniaspora, Rhodotorula, Trichosporon, Debaryomyces, Cryptococcus. • La presenza della tossina killer non è condizione sufficiente a favorire lo sviluppo preferenziale del lievito • I ceppi killer sono immuni alla propria tossina, ma sono sensibili alla tossina secreta da altri ceppi killer (vedi figura sottostante) Classificazione delle tossine killer • Le tossine in S.cerevisiae sono state classificate in tre gruppi (K1, K2,eK28) • Ciascuna di queste secerne una tossina killer, unica e specifica che rende immuni le cellule che la producono. • La presenza di queste tossine è associata alla presenza di un virus satellite M-dsRNA ( ScV-M1,ScV-M2 oScVM28 per Saccharomyces) • Questo virus dipende dalla presenza di un altro virus L-A (helper virus) che è stabilmente mantenuto e replicato nella cellula di lievito. • ScV-L-A e ScV-M sono incapsulati separatamente in capsidi codificati da ScV-L-A dsRNA e sono presenti in un alto numero di copie nel citoplasma della cellula di lievito • Le cellule che non contengono dsRNA oppure solo L-A sono “sensibili non killer” • Mentre quelle che contengono ScV-M1,ScV-M2 oScV-M28 sono killer immuni • I virus killer si autoselezionano uccidendo i segreganti senza killer. • I ceppi sensibili sopravvivono accoppiandosi con i killer, con una eredità di tipo non Mendeliana • I virus che codificano tossine killer sono incompatibili a livello replicativo, cioè si escludono l’uno con l’altro nelle infezioni miste e sono instabili. • L-A è un micovirus che si replica autonomamente • Appartiene alla famiglia dei Totiviridae ed ha un genoma incapsulato in un capside icosaedrico. • Il genoma è costituito da un singolo segmento di dsRNA che codifica per una proteina capsidica Gag ed una Gag-pol, una RNA – polimerasi-RNA dipendente. • Una sua importante funzione è mantenere il virus M, e per questo è detto virus helper. Genoma di M • Il genoma di M-dsRNA codifica per una preprotossina (pptox) • Dipende per la replicazione e per la formazione del capsomero da L-A virus • Il genoma di cerca 1.9 Kb, di cui 1 Kb per la sintesi della protossina e 0.6 per i processi di mantenimento. • Risulta diviso in due regioni M1-1 e M1-2 La tossina Killer • Le tossine sono proteine o glicoproteine • Molte sono instabili ad alte temperature ed alti pH • La tossina viene sintetizzata come preprotossina composta da diverse sub -unità • La preprotossina, sintetizzata e glicosilata nel reticolo endoplasmatico, è trasportata nell’apparato di Golgi e trasformata in tossina matura. Nutrizione 1. I lieviti sono in contatto diretto con l’ambiente e si nutrono: a) Assorbimento diretto di piccole molecole b) Degradazione o digestione di molecole polimeriche, amido proteine, cellulosa Sviluppo e ciclo vitale di Saccharomyces cerevisiae • In condizioni ottimali di crescita S. cerevisiae raddoppia la sua massa ogni 90 minuti. • Il suo sviluppo avviene per gemmazione multilaterale, cioè la cellula madre dà origine a una gemma, la cellula figlia di dimensioni più piccole che dopo essersi staccata dalla cellula madre continuerà il suo accrescimento. • . La formazione dello pseudomicelio (per differenziarlo dal micelio vero o ifale dei funghi filamentosi) avviene quando le cellule, generalmente più allungate, non si staccano dalla cellula madre formando una catena che può essere lineare o ramificata. Le colonie appaiono così sfrangiate e in mezzi liquidi formano veli estesi e spessi. Preparazione alla replicazione del DNA G1 M Mitosi S G2 Preparazione alla mitosi Replicazione del DNA • I ceppi di S. cerevisiae possono essere stabilmente aploidi (con 16 cromosomi) o diploidi (con 16x2 cromosomi): entrambi i tipi sono in grado di sporificare (riproduzione sessuale). • Le cellule aploidi possono essere di due tipi sessuali (mating types) chiamati MATa e MATa. Le cellule di MATa producono un peptide di 13 aminoacidi, il fattore a , mentre le cellule di MATa, producono il fattore sessuale a, peptide di 12 aminoacidi. Fattore-α α a APLOIDE Fattore-a Mating a/α DIPLOIDE Meiosi e formazione di spore ASCO SPORE Rottura della parete dell’asco Germinazione a α a α • I ceppi che mantengono il loro stato aploide sono detti eterotallici. Nel ciclo omotallico, una singola cellula aploide (spora) dà origine a una progenie diploide che è capace di meiosi. • I ceppi omotallici differiscono dagli eterotallici per la presenza di un gene per l’omotallismo (HO), mentre gli eterotallici hanno la versione non funzionante di questo gene (ho). L’autodiploidizzazione • Nei ceppi HO, il locus MAT cambia da MATa a MATa a ogni divisione cellulare, cioè producono cellule con entrambi i mating types, e sono detti autodipolidizzanti. • Perché questo possa avvenire le cellule devono cambiare l’informazione al locus MAT • . Una cellula omotallica a (che ha un locus MATa) dà origine a una progenie a che ha un locus a e fenotipo a • Questo cambiamento nel locus MAT è in relazione a una programmazione che prevede l’attivazione di informazioni genetiche silenti attraverso il loro spostamento da una parte del genoma ad un’altra. Aploide a HML α MAT a HMR a Cromosoma III Conversione mating-type Rimozione e degradazione della vecchia cassetta HML α HMR a Cromosoma III Sintesi Aploide α HML α MAT α HMR a Cromosoma III Gene silente α Gene silente a