PROGRAMMI DEL CORSO DI LAUREA IN Biotecnologie a.a. 2010/2011 Agronomia (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Fornire le basi conoscitive sui fattori climatici, pedologici e biologici per la razionalizzazione degli interventi agronomici ai fini produttivi, qualitativi e ambientali. Fornire gli strumenti metodologici idonei per aumentare l'efficienza d'uso dei fattori produttivi e per tutelare e valorizzare le risorse naturali. Fornire le conoscenze e le strategie per la gestione del sistema colturale e per la messa a punto delle tecniche di coltivazione (interventi al terreno, regimazione idrica, irrigazione, avvicendamento colturale, concimazione, controllo delle infestanti, pacciamatura e inerbimento, ecc.). 2. contenuti del corso : I sistemi colturali: agricoltura sostenibile e aspetti produttivi e ambientali; flussi di massa e di energia nei sistemi colturali. I fattori della produzione agraria vegetale: fattori produttivi e risposte quantitative, qualitative e ambientali delle colture. L'ambiente climatico: elementi del clima e loro influenza sul comportamento fisiologico e produttivo della coltura; bilancio radiativo; efficienza fotosintetica; evapotraspirazione; bilancio idrico e fabbisogno irriguo; temperatura e tecnica agronomica: esigenze termiche delle colture e apprestamenti protettivi; foto e termoperiodismo; indici eliotermici e comportamento delle colture; umidità dell'aria; pioggia e pioggia utile; brina, grandine e altre idrometeore; difesa antibrina e antigrandine; vento e frangivento; fenologia e zone agrarie; classificazioni climatiche. L'ambiente pedologico: (cenni di fisica del terreno), tessitura, struttura e stabilità della struttura; porosità , densità e altre caratteristiche fisiche dei terreni; richiami di idrostatica ed idrodinamica in ambiente saturo e insaturo; salinità labile e costituzionale del terreno; Stati fisici e lavorazioni del terreno: coesione, adesione, tenacità e possibilità di intervento; rapporti tra umidità e lavorabilità del suolo. Le tecniche agronomiche-colturali (cenni): lavorazioni del terreno; sistemazioni idraulico agrarie e drenaggio tubolare; aspetti agronomici dell'irrigazione; concimazione organica e minerale; mezzi e strategie per il controllo delle erbe infestanti; avvicendamento e consociazione delle colture. Esercitazioni: visita di campi sperimentali e interpretazione dei risultati delle prove; esame di apparecchiature agrometeorologiche, applicazione di modelli di simulazione di sistemi colturali; valutazione e misura delle caratteristiche fisiche e idrologiche dei terreni (granulometria, umidità , potenziale, conducibilità idrica, stati fisici del terreno, ecc.); visite ad aziende agrarie. 5. Testi consigliati : Appunti dalle lezioni. L. Giardini, Agronomia generale, ambientale e aziendale, Patron, Bologna, 2002, V ed. Precedenze consigliate Fisica, Biochimica agraria e fisiologia vegetale, Biochimica vegetale, Scienza del suolo. 4. Modalità d'esame : Accertamento scritto e colloquio orale. Algoritmi e strutture dati Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso : Il corso introduce lo studente ai concetti che stanno alla base dell'elaborazione dei dati da parte di un calcolatore. Infatti i dati devono essere presentati al calcolatore secondo opportune strutture ed elaborati secono modalità precisamente definite e che si applicano a classi di dati dello stesso tipo. Gli algoritmi sono appunto le modalità secondo cui un calcolatore elabora i dati. Essenziale è comprendere come le risorse di tempo e di spazio vengano impiegate da un algoritmo per capire se l'elaborazione possa essere praticamente portata a termine (cioè in tempi ragionevoli e senza eccedere la memoria disponibile nel calcolatore). Il comportamento di un algoritmo dipende non solo dalla natura del problema i cui dati si devono elaborare ma anche da come questi vengono strutturati. Verranno quindi presentate le strutture dati più comunemente usate ed alcuni degli algoritmi che più frequentemente compaiono nell'elaborazione di grandi quantità di dati. Il corso sarà concluso da una presentazione di alcuni problemi che serviranno come paradigma nella risoluzione di particolari tipi di problemi di biologia computazionale. 2. Programma del corso : Algoritmi: Definizione, Misura della complessità , Classi di Complessità . Complessità di problemi: Problemi di decisione, Classe P, Trasformazioni di problemi, Classe NP, Problemi NP-completi. Strutture dati: Specifica di una struttura dati, Implementazione di una struttura dati, Efficienza dell'implementazione, Strutture dati elementari: pile, code, alberi, alberi binari di ricerca. Equazioni ricorsive: Fattoriale, Numeri di Fibonacci, Formule esplicite, Master Theorem. Algoritmi di Ordinamento: Inserzione, Bubblesort, Quicksort, Mergesort, Heapsort, Radixsort. Programmazione dinamica: Principio di ottimalità , Equazione di Bellman, Cammini minimi e massimi, Algoritmo di Bellman-Ford, Algoritmo di Dijkstra, Algoritmo di Floyd-Warshall, Confronto di stringhe, Altri esempi. Altri algoritmi su grafi: Minimo albero di supporto, Max flow-min cut, Assegnamento. Programmazione lineare: Problema primale e duale, Complementarità , Totale unimodularità . Problemi NP-completi: TSP, Insiemi stabili, knapsack. Programma dettagliato (lezione per lezione) a http://www.dimi.uniud.it/~serafini/ASD0607.pdf 3. Modalità d'esame : L'esame consiste in una prova orale. 4. Testi di consultazione : Bardach J.E. (Ed.), Sustainable Aquaculture , John Wiley & Sons Inc., New York, 1997, pp. 251. Allevamenti animali Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso completa la formazione di Nutrizione Animale ed illustra i principali sistemi energetici e proteici per la stima dei fabbisogni nutritivi degli animali da reddito e d'affezione. Successivamente, sono esaminati i cicli biologici associati alle produzioni, conoscenze finalizzate alla gestione degli animali in gruppi ed esemplificate con applicazioni di razionamenti. Le produzioni oggetto di trattazione sono la lattazione, lo svezzamento, lo sviluppo e l'accrescimento. Il corso riporta anche alcuni sistemi diagnostici per valutare le alterazioni metaboliche o patologiche a base genetica, alimentare e gestionale. Un ulteriore argomento trattato è la relazione fra le tecniche di alimentazione e di allevamento e la qualità dei prodotti ed il benessere animale. 2. Programma del corso : Le razze allevate: bovini, ovini, caprini, suini, equini; cani e gatti. Fabbisogni di mantenimento e di produzione secondo i sistemi energetici e proteici europei e Nord americani. La regolazione dell'appetito nei poligastrici e nei ruminanti. Svezzamento, sviluppo e accrescimento per la produzione di animali da carne e da vita; la lattazione. La vacca da latte: individuazione di fasi produttive omogenee. Un approccio phase feeling nella vacca da latte e nella transition cow . La dinamica della lattazione: curva di ingestione, di peso, di produzione di latte e di composizione del latte. Alimentazione, allevamento, mungitura e qualità del latte. Suddivisione razionale e gestione alimentare della mandria nell'allevamento: dal vitello alla vacca da riforma. Tecniche di allevamento e di alimentazione della scrofa, del suino “leggero” e di quello “pesante”. Il benessere animale e l'etogramma. Indici di efficienza produttiva e riproduttiva dell'allevamento e di alterazioni metaboliche. Controllo del peso (BCS), delle feci (FCS), del latte (quantità , composizione, SCC, urea, acetone, indice di caseina), del sangue (profilo ematochimico, enzimatologico, emocromocitometrico, endocrinologico). 3. Testi di studio : Appunti di lezione. INRA, Alimentation des Bovins, Ovins & Caprins , INRA ed., Paris, 1988. NRC, Nutrient Requirements of Dairy Cattle , 7 th revised editiom. National Research Council, Washington DC, 2001. Perez J.-M., Mornet P., Rerat A., Le porc et son élevage - bases scientifiques et techniques, Maloine, Paris, 1986. Falaschini A., Zootecnica speciale, Edagricole, Bologna, 1996. Anatomia veterinaria con istologia Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso F ornire le conoscenze di base sulle strutture macro e microscopiche degli animali superiori, con particolare riferimento alle specie domestiche; aspetti comparati. Per ogni apparato verrà data la descrizione topografica, morfologica e strutturale. 2. contenuti del corso Microscopia: ottica, a contrasto di fase; elettronica (SEM, TEM). Principali tecniche istologiche. Citologia: Organizzazione della cellula animale (membrana plasmatica, organelli); Giunzioni tra le cellule. Meiosi e mitosi. Ciclo cellulare. Apoptosi. Istologia: Tessuto epiteliale (di rivestimento, secernente, sensoriale, particolarmente modificato, il pelo). Tessuto connettivo (propriamente detto, adiposo, osseo e cartilagineo) Tessuto muscolare (striato, liscio e miocardio). Tessuto nervoso (SNC SNP, glia). Il sangue, composizione, globuli rossi, globuli bianchi, piastrine. Apparato scheletrico . Scheletro assile. Colonna vertebrale, vertebre. Coste, Sterno. Cenni a ossa del neurocranio e dello splacnocranio. Scheletro appendicolare arto e cinto toracico arto e cinto pelvico. Artrologia e sindesmologia. Le articolazioni, classificazione funzionale e morfologica. I diversi tipi di articolazioni nell'organismo animale. Legamento sovraspinoso e legamento sospensore del nodello. Miologia . Caratteristiche generali; principali muscoli della testa, del collo del torace dell'addome dell'arto toracico e dell'arto pelvico. Apparato circolatorio . Il cuore; Grande circolazione, piccola circolazione; principali rami arteriosi e venosi della circolazione generale; sistema linfatico. Struttura vasi sanguigni e linfatici. Sistema immunitario . Classi di immunoglobuline; Risposta immunitaria primaria e secondaria; Immunità umorale e cellulo-mediata. Milza, linfonodo. Apparato respiratorio . Cavità nasale, laringe, trachea, bronchi. Polmoni. Apparato digerente . Bocca, denti e ghiandole annesse; Faringe ed esofago; Stomaco dei monogastrici; Prestomaci e stomaco dei ruminanti; Intestino tenue; Intestino crasso; Fegato, Pancreas. Apparato urinario . I reni e le vie uranifere: ureteri, vescica, uretra. Apparato genitale femminile . Ovaie; Ovogenesi; vie genitali, tube uterine; Utero - differenze strutturali delle varie specie animali; Placenta - differenze strutturali delle varie specie animali. Ghiandola mammaria . Struttura, vascolarizzazione innervazione. Apparato genitale maschile . Testicoli; Spermatogenesi; Vie genitali: Epididimo, Dotto deferente e ghiandole annesse. Apparato endocrino . Ipofisi; Epifisi; Tiroide; Paratiroidi; Surrenali. Sistema nervoso . Sistema nervoso centrale: encefalo, midollo spinale. Sistema nervoso periferico: fibre nervose; nervo misto; S.N. simpatico e parasimpatico; Aree corticali. 3. Esercitazioni Osservazione al microscopio ottico dei principali tipi di tessuti, riconoscimento. Il sangue: striscio, colorazione, conta, osservazione delle cellule del sangue. Dissezione di cuore bovino, equino e suino. Dissezione di stomaco di maiale e di cavallo. Dissezione di rene bovino e suino. Dissezione di utero, ovaie e testicoli di bovino ed equino. 4. Modalità d'esame Test scritto di istologia durante il corso; orale per la parte macroscopica (e microscopica per chi non sostiene il test). 5. Testi di studio - Appunti forniti dal docente. - Bortolami R., Callegari E., Beghelli V., Anatomia e fisiologia degli animali domestici , Edagricole, Bologna. - Konig H.E., Liebich H.G., Anatomia dei mammiferi domestici. Testo atlante , Piccin. - Dellmann H.D., Eurell J.A., Istologia e anatomia micoscopica veterinaria , Casa Editrice Ambrosiana : Applicazioni biotecnologiche alla terapia I Docente: Sechi Leonardo Alberto, Giuseppe Botta, Maria Parpinel Crediti: 6 Modulo: Medicina interna (CFU 2, prof. Gianluca Colussi) Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. Modulo: Malattie infettive (CFU 2, prof. Giuseppe Botta) Programma non pervenuti, rivolgersi direttamente al docente. e-mail: [email protected] Modulo: Igiene generale e applicata (CFU 2, prof.ssa Maria Parpinel) 1.Finalità generali del corso In questo corso gli studenti affronteranno i principali aspetti metodologici relativi al disegno di uno studio epidemiologico analitico e sperimentale, con particolare riferimento alle problematiche relative la raccolta dei dati. Verranno affrontate inoltre le problematiche relative all'epidemiologia delle malattie infettive e delle malattie cronico-degenerative con esempi tratti dalla letteratura scientifica e le applicazioni in ambito preventivo dei risultati. Come esercitazione verranno esaminati e discussi alcuni lavori tratti dalla letteratura scientifica con particolare riferimento a studi in cui sono stati utilizzati biomarcatori di esposizione. Nella seconda parte del corso verranno esaminati gli aspetti generali della composizione degli alimenti e della contaminazione alimentare ed esaminati, come caso pratico, i probiotici. 2.Programma dettagliato del corso Il programma del corso si sviluppa nell'ambito di tre settori specifici dell'Igiene Generale ed Applicata EPIDEMIOLOGIA Definizione e campi di applicazione; metodi e strumenti epidemiologici; come disegnare e condurre uno studio epidemiologico; vantaggi e svantaggi di uno studio epidemiologico Problematiche relative alla rilevazione dei dati epidemiologici. Cenni di epidemiologia delle malattie infettive e delle malattie cronico-degenerative. MEDICINA PREVENTIVA. Concetti generali e campo di applicazione: prevenzione primaria, secondaria e terziaria; fattori di rischio delle patologie infettive e cronico-degenerative. Esempio: le bevande alcoliche. Analisi critica della letteratura scientifica. IGIENE DEGLI ALIMENTI. Concetti generali e campo di applicazione (composizione,degli alimenti, contaminazione). Il concetto di probiotico quale applicazione in campo nutrizionale delle biotecnologie. 3.Modalità di svolgimento del corso: L ezioni teoriche, discussione ed esercizi in classe. 4. Modalità dell'esame : Scritto. 5. Materiale didattico: A appunti e materiale didattico presentato a lezione ( http://materialedidattico.uniud.it ). Approfondimenti mirati dalla letteratura scientifica. 6. Orario di ricevimento degli studenti: Da concordare con il docente : Applicazioni biotecnologiche alla terapia II Docente: Fabio Puglisi, Renato Fanin, Gabriella Marcon Crediti: 6 1. Programma del corso Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente ai docenti. Arboricoltura generale (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso Studio delle caratteristiche morfologiche e fisiologiche delle specie arboree da frutto, della biologia fiorale e del ciclo riproduttivo, delle interazioni con l'ambiente, delle modalità di propagazione e allevamento della risposta alle tecniche colturali al fine di acquisire le conoscenze necessarie alla corretta ed efficiente conduzione di un frutteto. 2. contenuti del corso Sistema-pianta: attività vegetativa e riproduttiva. Cicli fenologici. Propagazione delle piante arboree: riproduzione per seme, moltiplicazione agamica, mutazioni, relazioni nesto-portinnesto, disaffinità . Cenni di micropropagazione. Morfologia e organizzazione degli organi vegetativi e riproduttivi. Dominanza apicale. Gradiente di vegetazione. Risposta fisiologica alla potatura. Intercettazione dell'energia luminosa. Architettura dell'albero. Densità di impianto. Induzione e differenziazione a fiore. Biologia fiorale, impollinazione, fecondazione. Sterilità . Apomissia, poliembrionia, partenocarpia. Allegagione. Sviluppo del frutto: meccanismi, cinetiche, modificazioni chimico-fisiche. Inibizioni correlative, cascola, diradamento dei frutti. Maturazione e qualità dei frutti (definizione, metodi di valutazione). Indici di raccolta. Modalità di raccolta. Cenni di conservazione della frutta. 3. Testi consigliati Appunti delle lezioni. E. Baldini, Arboricoltura generale, CLUEB, Bologna, 1986. : Basi di dati Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso : Finalità : Obiettivo fondamentale del corso di Basi di Dati è l'acquisizione dei concetti, delle metodologie e degli strumenti fondamentali nel campo delle basi di dati, con particolare attenzione ai modelli (concettuale e logico) e ai linguaggi (di definizione, di aggiornamento e di interrogazione) dei sistemi per basi di dati. Vengono inoltre forniti elementi di progettazione concettuale (costruzione di modelli Entità /Relazioni) e logica (mapping E/R relazionale) di basi di dati. Infine, viene fornita una panoramica delle principali basi di dati proposte nell'ambito della biologia, con particolare attenzione alla loro organizzazione interna e alle possibili modalità di utilizzo. Dopo aver superato l'esame lo studente dovrebbe essere in grado di: (i) progettare semplici basi di dati a livello concettuale (costruzione di schemi Entità /Relazioni a partire da insiemi di requisiti espressi in linguaggio naturale) e logico (chiavi e forme normali delle tabelle relazionali); (ii) formalizzare in un linguaggio relazionale semplici operazioni di definizione e manipolazione (aggiornamenti ed interrogazioni) dei dati espresse in linguaggio naturale; (iii) utilizzare in modo effettivo ed efficace le basi di dati biologiche disponibili. 2. Programma del corso : • PARTE 1. Concetti di Base. Ruolo e funzionalità di una base di dati, astrazione sui dati, modelli dei dati, istanze e schemi, indipendenza dei dati dal livello logico e fisico, linguaggi per la definizione e la manipolazione dei dati, sistema di gestione di una base di dati (DBMS), amministratore e utenti di una base di dati, il dizionario dei dati, struttura generale di una base di dati. • PARTE 2. Il Modello Relazionale e il linguaggio SQL. Il modello relazionale: concetti e vincoli che caratterizzano il modello relazionale dei dati, operazioni di definizione, aggiornamento ed interrogazione, l'algebra relazionale (cenni). Il linguaggio SQL: definizione dei dati in SQL, interrogazioni in SQL, aggiornamenti in SQL, le viste in SQL, funzionalità avanzate (cenni). • PARTE 3. Laboratorio di basi di dati. Breve panoramica sui DBMS esistenti. Il DBMS PostgreSQL. Il modello Client/Server. Principali differenze tra il linguaggio SQL supportato da PostgreSQL e lo standard SQL. Esempi di definizione, agggiornamento e interrogazione dei dati in PostgreSQL. Alcuni semplici casi di studio (la base di dati di sequenze nucleotidiche SDB). • PARTE 4. Progetto di basi di dati. Il modello Entità /Relazioni (ER): tipi e istanze di entità e di relazioni, attributi (semplici, composti, a singolo valore, multivalore, derivati) e chiavi, dominio di un attributo, vincoli associati alle relazioni (partecipazione e rapporto di cardinalità ), relazioni ricorsive e ruoli, relazioni di grado superiore al secondo, entità deboli, gerarchie di specializzazione/generalizzazione (cenni), i diagrammi Entità /Relazioni. La progettazione concettuale dei dati basata sul modello ER. La progettazione logica (ristrutturazione di schemi ER, traduzione nel modello relazionale, normalizzazione). • PARTE 5. Basi di dati per la biologia. Introduzione. Dalle analisi ai dati in formato digitale. Le analisi biologiche e i dati da esse prodotti. L'organizzazione dei dati. Organizzazione dei dati e basi di dati. Alcuni esempi (dati prodotti dal sequenziamento del DNA e dati prodotti con tecniche di Micro-Array). Basi di dati biologiche di sequenze (NCBI), di annotazioni (Ensembl), specifiche (Transfac), di analisi (MA e Proteomica), di proteine (Swiss Prot). Modalità di accesso ai dati di alto livello (interfacce web) e di basso livello (via SQL). Le interfacce di Ensembl e Transfac 3. Esercitazioni : E' prevista anche un'attività di laboratorio per verificare sul campo la padronanza delle metodologie e degli strumenti studiati. 4. Testi di studio : • P. Atzeni, S. Ceri, S. Paraboschi, R. Torlone, Basi di dati. Modelli e linguaggi di interrogazione 3/ed, • ISBN: 9788838666001 • Dispense del docente. Altri testi di riferim: • R. Elmastri, S. Navathe, Sistemi di basi di dati. Fondamenti. Pearson/Addison-Wesley (4a Edizione Italiana), 2004 5. Modalità d'esame : Prova orale o progetto Basi morfologiche e funzionali del corpo umano (corso integrato) Docente: Crediti: 12 1. Obiettivi del corso Conoscere i caratteri distintivi, le proprietà e l'organizzazione strutturale di cellule differenziate e tessuti, la loro potenzialità rigenerativa, le specifiche modalità di invecchiamento e la distribuzione nel corpo. Conoscere inoltre l'integrazione dei tessuti negli organi e l'organizzazione strutturale di apparati e sistemi. Conoscere i meccanismi fisiologici del corpo umano con riferimento ai diversi livelli di organizzazione e le debite correlazioni morfo-funzionali. Conoscere criticamente i principi generali e le basi procedurali delle diverse tecniche in uso nelle indagini morfostrutturali, dalla preparazione dei campioni all'analisi in microscopia ottica e in microscopia elettronica tradizionali e in seguito a reazioni istochimiche di routine e immunoistochimiche. Acquisire conoscenze sulle modalità maturative delle cellule germinali e le loro prerogative. Acquisire conoscenze sul fenomeno della fecondazione "in vivo" e sulle diverse metodologie adottate per le tecniche di fecondazione "in vitro". Acquisire conoscenze sull'evoluzione del concepito durante le prime fasi di sviluppo, sull'evoluzione, la struttura, i rapporti e le analogie filogenetiche degli annessi embrionali per comprenderne il significato funzionale e gli aspetti fisio-patologici relativi alla gravidanza. Acquisire conoscenze sulle modificazioni dell'organismo materno in gravidanza. Modulo: “Anatomia” : ( CFU 3) 1. Obiettivi del corso : Al termine lo studente dovrà : a) descrivere gli organi e gli apparati che compongono il corpo umano; b) utilizzare una terminologia scientificamente corretta; c) mettere in relazione la morfologia di organi e apparati con le loro rispettive proprietà e funzioni. 2. Programma del corso : Osteoartrologia La colonna vertebrale: generalità . Caratteristiche delle vertebre cervicali, dorsali, lombari, sacro e coccige. Cenni sulle articolazioni. Gabbia toracica: generalità . Coste e sterno. Cenni sulle articolazioni. Cinto scapolare: generalità . Scapola, clavicola. Cenni sulle articolazioni. Arto superiore: generalità . Omero, radio, ulna, carpo, metacarpo, falangi. Cenni sulle articolazioni. Cinto pelvico: generalità . Osso iliaco, pubico, ischiatrico. Cenni sulle articolazioni. Arto inferiore: generalità . Femore, tibia, perone, rotula, tarso, metatarso, falangi. Cenni sulle articolazioni. Miologia Caratteristiche e sedi di inserzione dei muscoli principali del: capo collo, torace, arto superiore, addome, arto inferiore, diaframma Cardio-angiologia Cuore: topografia, struttura, configurazione esterna ed interna. Circolazione arteriosa: generalità . Origine e decorso dei principali vasi arteriosi della grande e della piccola circolazione. Circolazione venosa: generalità sui principali vasi venosi della grande e piccola circolazione. Cenni sull'apparato circolatorio linfatico. Organi linfoidi primari e secondari: midollo osseo, timo, linfonodi,. milza, GALT, BALT, SALT. Apparato digerente Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: cavo orale e ghiandole annesse, faringe, esofago, stomaco, intestino tenue, intestino crasso. Fegato e vie biliari: generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna. Circolo portale. Pancreas: generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna. Apparato respiratorio Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: cavità nasali, faringe, laringe, trachea, bronchi, polmoni, pleura. Apparato urinario Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: reni, pelvi renale, uretere, vescica, uretra maschile e femminile. Apparato genitale maschile Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: testicolo, epididimo, canale deferente, vescichette seminali, prostata. Il pene. Apparato genitale femminile Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: ovaio, tuba, utero, vagina, vulva. Apparato endocrino Generalità , topografia, struttura, configurazione esterna e interna di: ipofisi, tiroide, paratiroidi, surreni, pancreas endocrino. Apparato tegumentario Struttura dell'epidermide, derma, ipoderma, annessi cutanei e mammella. Sistema nervoso Organizzazione generale. Meningi e liquido cefalo-rachidiano. Ventricoli. Sistema nervoso centrale. Midollo spinale: topografia, configurazione, rapporti, architettura sostanza grigia e bianca, principali fasci ascendenti e discendenti. Sistema nervoso centrale. Bulbo, ponte e mesencefalo; organizzazione generale. Sistema nervoso centrale. Cervello: topografia, configurazione, rapporti, architettura sostanza grigia e bianca, principali fasci afferenti, efferenti e di integrazione. Sistema nervoso centrale. Cervelletto: topografia, configurazione, rapporti, architettura sostanza grigia e bianca, principali fasci afferenti ed efferenti. Sistema nervoso periferico: caratteri generali dei nervi. Sistematica dei nervi cranici. Sistematica dei principali plessi e nervi spinali. Recettori periferici, vie di conduzione e aree di integrazione degli organi di senso: olfatto, gusto, udito e vista. Sistema nervoso autonomo simpatico e parasimpatico: organizzazione generale. 3. Testi consigliati : Martini FH, Timmons MJ, Tallitsch RB. Anatomia Umana. Seconda edizione. EdiSES, Napoli, 2004 Modulo “Fisiologia” : (CFU 4) 1. Contenuti del corso : Il modulo è mutuato con il “Modulo 1” del corso integrato in “Fisiopatologia: applicazioni mediche nelle Biotecnologie” 3° anno curriculum Computazionale. Modulo: “Embriologia” : (CFU 1) 1. Contenuti del corso : Mitosi e meiosi. Gametogenesi: ovogenesi e spermatogenesi. Attività secretiva e gametogenetica delle gonadi maschili e femminili; caratteri strutturali delle vie genitali maschili e femminili. Riproduzione agamica e riproduzione sessuata. Follicologenesi, ovulazione e corpo luteo. Il ciclo mestruale. La fecondazione, lo zigote e la determinazione del sesso. La segmentazione, la formazione della blastocisti ed il suo impianto nell'endometrio. La gastrulazione ed il significato dei foglietti embrionali nell'uomo. Cenni sugli annessi embrionali. Le tappe fondamentali dello sviluppo e loro cronologia. 2. Obiettivi del corso : Acquisire conoscenze sulle modalità maturative delle cellule germinali e le loro prerogative. Acquisire conoscenze sul fenomeno della fecondazione “in vivo”. Acquisire conoscenze sull'evoluzione del concepito durante le prime fasi di sviluppo, sull'evoluzione, la struttura, i rapporti e le analogie filogenetiche degli annessi embrionali. 3. Esercitazioni : Attività di auto-apprendimento guidato al microscopio ottico 4. Testi consigliati : Rosati P, Maraldi NM, Embriologia generale, EdiErmes Casasco E, Embriologia generale, La Goliardica Pavese Ed. Barbieri M, Carinci P, Embriologia, Casa Ed. Ambrosiana Modulo “Istologia” : (CFU 3) 1. Programma del corso : Livelli gerarchici di organizzazione della materia vivente. Approcci metodologici per lo studio morfologico. Le unità di misura microscopica. Il limite di risoluzione. Il microscopio ottico, il microscopio elettronico a trasmissione, il microscopio elettronico a scansione e le nuove microscopie. L'allestimento dei preparati per microscopia ottica ed elettronica. Le indagini istochimiche ed immunoistochimiche. La cellula .Caratteri strutturali e ultrastrutturali degli organuli cellulari nei diversi citotipi con correlazioni morfofunzionali: la membrana plasmatica, il glicocalice, il nucleo, i ribosomi, il sistema di membrane della cellula, i mitocondri, il citoscheletro. I tessuti. Peculiarità , derivazione embriogenetica, capacità adattative e rigenerabilità dei diversi tessuti. Interazione cellula-matrice. Lamina basale. Interazioni fra tessuto epiteliale e tessuto connettivo. Membrana basale. Integrazione di tessuti in cute, mucose e sierose. Integrazione di tessuti in visceri cavi e visceri parenchimatosi. Integrazione di tessuti nella parete dei diversi tipi di vaso sanguifero. Vasi capillari continui e discontinui. Il tessuto epiteliale. Caratteristiche strutturali. Istogenesi. Polarità cellulare. Adesione cellulare. Giunzioni meccaniche e giunzioni comunicanti. Specializzazioni della superficie apicale: ciglia, microvilli, stereociglia. Specializzazioni della superficie basale. Gli epiteli di rivestimento . Classificazione. Caratteristiche morfofunzionali e distribuzione dei diversi tipi. Epitelio pavimentoso semplice. Epitelio cubico semplice. Epitelio batiprismatico semplice. Epitelio batiprismatico pseudostratificato. Epiteli isoprismatico e batiprismatico composti. Epitelio pavimentoso composto. Epitelio pavimentoso composto cheratinizzato: la epidermide. Epitelio polimorfo. Gli epiteli ghiandolari . Caratteri di base ed istogenesi di epiteli ghiandolari esocrini ed endocrini. Le ghiandole esocrine. Caratteri citologici, classificazione e distribuzione anatomica delle principali ghiandole esocrine. Ghiandole intraepiteliali, intramurali ed extramurali. Ghiandole esocrine unicellulari e pluricellulari. Tipi di secrezione. Ghiandole tubulari semplici. Ghiandole tubulari ramificate. Ghiandole alveolari semplici. Ghiandole alveolari ramificate. Ghiandole tubulari composte. Ghiandole alveolari composte. Ghiandole tubulo-alveolari composte. Le ghiandole endocrine. Caratteri citologici, interazione epitelio-endoteliale e ormoni secreti. Ipofisi: adenoipofisi e neuroipofisi; asse ipotalamo-ipofisario. Ghiandole interstiziali di testicolo e ovaio, corpo luteo. Epifisi. Tiroide. Paratiroidi. Isole del Langerhans. Ghiandole surrenali. Il parenchima renale: nefrone e apparato iuxtaglomerulare. Il parenchima epatico: lobulo epatico. Il tessuto connettivo . Caratteristiche generali, significato funzionale, istogenesi; rigenerabilità e invecchiamento tissutali. La matrice extracellulare: fibre e fibrille collagene, fibre elastiche, fibre reticolari. Collageni fibrillari e non fibrillari. La sostanza fondamentale: collageni minori, glicoproteine della matrice, glicosaminoglicani e proteoglicani. La componente cellulare dei tessuti connettivi. I diversi tipi di tessuto connettivo propriamente detto, caratteristiche morfo-funzionali e distribuzione anatomica. Il sangue e la linfa. Le cellule circolanti; il plasma; il siero. Tessuto emopoietico ed emopoiesi.I tessuti connettivi di sostegno. La cartilagine. Pericondrio, matrice cartilaginea e tipi cellulari. Caratteri istologici e distribuzione anatomica di cartilagini jaline, fibrose ed elastiche e dei tessuti condroide e cordoide.Condrogenesi. La cartilagine fetale. Invecchiamento della cartilagine. Il tessuto osseo. Caratteristiche e distribuzione dell'osso compatto e dell' osso trabecolare. Periostio, matrice ossea ed osteoide; i tipi cellulari. Tessuto osseo a fasci intrecciati, di tipo lamellare e sistemi haversiani. Il processo di calcificazione. I tipi di ossificazione membranoso, encondrale, pericondrale, paracondrale. Il rimaneggiamento ed il rimodellamento osseo. Il tessuto muscolare. Caratteristiche, istogenesi.Tessuto muscolare striato scheletrico; caratteri strutturali e ultrastrutturali della fibra muscolare striata scheletrica. Miofibrille; organizzazione sarcomeria e costamerica. Tipo di innervazione e cenni istofisiologici. Rigenerabilità e invecchiamento tissutali. Struttura dei muscoli scheletrici: epimisio, perimisio, endomisio e giunzione muscolo-tendinea. Tessuto muscolare striato cardiaco; caratteri strutturali e ultrastrutturali della fibra muscolare striata cardiaca; tipo di innervazione e cenni istofisiologici; rigenerabilità e invecchiamento tissutali. Miocardio specifico ed aspecifico. Attività endocrina nel miocardio. Tessuto muscolare liscio; caratteri strutturali e ultrastrutturali della fibrocellula; tipi di innervazione e cenni istofisiologici; rigenerabilità e invecchiamento tissutali. Il tessuto nervoso. Caratteristiche strutturali ed ultrastrutturali del neurone; architettura ultrastrutturale dell'assone e della guaina mielinica e cenni istofisiologici; le sinapsi nervose e neuro-muscolari; classificazione istologica e funzionale dei neuroni. Le cellule della neuroglia. Fibre nervose mieliniche ed amieliniche. La struttura dei nervi periferici. Istogenesi; rigenerabilità e invecchiamento tissutali. 2. Testi consigliati : - Ed. Piccin. - "Compendio di Istologia" - L.C. Junqueira, J. Carneiro, R.O. Kelley 3. Atlanti di istologia segnalati per consultazione : - "Istologia" - Sobotta Hammersen - Ed. USES. - “Atlante di Istologia funzionale” - J.B.Kerr - Casa Editrice Ambrosiana 4. Altri testi di consultazione : - "Istologia di V. Monesi" - M. Molinaro, C. Rizzoli, G. Siracusa, M. Stefanini - Ed. Piccin. - "Citologia Istologia" - P. Rosati - Ed. Edi Ermes. "Citologia Istologia" - E. Casasco - Ed. La Goliardica Pavese. - "Bloom & Fawcett - Trattato di Istologia" - Fawcett D.W. - Ed. Mc Graw-Hill Modulo “Ostetricia e ginecologia” : (CFU 1) 1. Programma del corso : · Gametogenesi e fecondazione · L'embrione e gli annessi ovulari · La diagnosi di gravidanza. · Modificazioni degli organi e apparati in gravidanza · Infezioni materno fetali · Ipertensione in gravidanza · Isoimmunizzazione RH · Screening diabete gestazionale · Gravidanza ectopica · Aborto · Placenta previa · Distacco intempestivo di placenta normalmente inserita Biochimica 2 (corso integrato) Docente: Crediti: 6 1. contenuti del corso I Moduli di Metodologie biochimiche e di Laboratorio di Metodologie biochimiche vertono sulle metodologie per l'isolamento e la purificazione di proteine e sulle tecniche analitiche per il monitoraggio della purificazione. Il Corso Integrato prevede anche il Modulo di Enzimologia che approfondisce le metodiche per lo studio dell'attività enzimatica e tratta le applicazioni degli Enzimi come strumento di analisi, con particolare riguardo agli ambiti di interesse biotecnologico. 2. Obiettivi del corso Il corso si propone di fornire allo studente le nozioni fondamentali delle metodologie biochimiche indispensabili per eseguire protocolli sperimentali finalizzati alla comprensione dei meccanismi molecolari alla base dei processi vitali della cellula. Il corso è finalizzato all'acquisizione di conoscenze teoriche e di competenze pratiche ed è pertanto articolato in esperienze di laboratorio integrate con lezioni frontali. Nelle lezioni vengono fornite le basi teoriche di metodologie e tecniche utilizzate in laboratorio, nonchè le informazioni relative a possibili applicazioni e sviluppi avanzati di queste. Ogni esperienza di laboratorio è preceduta da un'introduzione che illustra sia il problema sperimentale da affrontare e l'obiettivo da perseguire, sia gli strumenti e i reagenti da usare. Ogni esperienza inoltre è seguita dalla discussione dei dati ottenuti. 3. Programma del corso Modulo “Metodologie Biochimiche” : (CFU 1.5) Purificazione di proteine Applicazioni di interesse biotecnologico. Definizione di strategie per la purificazione di una proteina e conoscenze richieste relative alle proprietà della proteina. Tecniche attualmente in uso per la purificazione di proteine: tecniche separative e tecniche analitiche. Procedure basate sulla solubilità differenziale di proteine: salting out, precipitazione con ioni di metalli bivalenti e con solventi organici, precipitazione isoelettrica. Procedure basate su separazioni cromatografiche selettive. Scelta degli obiettivi della purificazione in relazione a qualità e quantità del prodotto da ottenere ed ai costi della procedura da adottare. Fasi della purificazione. a) Scelta del materiale di partenza; b) isolamento di frazioni subcellulari; c) estrazione, solubilizzazione e isolamento di proteine: procedure per proteine intracellulari solubili, per proteine intracellulari di membrana, per proteine extracellulari, per proteine ingegnerizzate (sovraespresse in organismi manipolati geneticamente con una sequenza peptidica che promuove l'esportazione dalle cellule); d) purificazione della proteina isolata; e) concentrazione del campione, filtrazione, ultrafiltrazione e dialisi; f) conservazione della proteina purificata: congelamento e liofilizzazione. Tecniche separative Tecniche centrifugative. Scopo e principi generali della centrifugazione preparativa, tipi di centrifughe, tipi di rotori, centrifugazione differenziale e in gradiente di densità . Tecniche cromatografiche: principi generali e tipi di cromatografia. Cromatografia liquida per esclusione molecolare, scambio ionico, adsorbimento e interazione idrofobica, partizione in fase normale ed in fase inversa, affinità . Cromatografia su colonna. Fasi, ottimizzazione della separazione cromatografica, interpretazione dei cromatogrammi, analisi quantitativa: standardizzazione esterna e standardizzazione interna. Cromatografia liquida ad alta risoluzione. HPLC e FPLC, tipi di rivelatori, applicazioni avanzate: micro e nanoHPLC. Monitoraggio del processo di purificazione Saggi per la determinazione del contenuto totale di proteina. Saggi enzimatici, saggi immunologici. Determinazione di attività specifica, fattore di purificazione e resa. Tecniche elettroforetiche Principi generali. Tipi di elettroforesi attualmente in uso per separazione e analisi di miscele complesse di proteine: elettroforesi in condizioni native e in condizioni denaturanti (SDS-PAGE). Isoelettrofocalizzazione. Metodi di rilevazione e analisi quantitativa. Tecniche elettroforetiche avanzate: Elettroforesi bidimensionale, elettroforesi capillare e ad alta risoluzione. Criteri di omogeneità e di purezza delle proteine Elettroforesi. Ultracentrifugazione analitica: principi generali e applicazioni (criterio di purezza, analisi delle caratteristiche di sedimentazione di proteine ed altre macromolecole, determinazione della massa molecolare). Vantaggi e svantaggi dell'ultracentrifugazione analitica rispetto gli altri metodi di determinazione della massa molecolare: SDS-PAGE, cromatografia liquida per esclusione molecolare, spettrometria di massa. Modulo “Laboratorio di Metodologie Biochimiche” : (CFU 1.5) Le esperienze di laboratorio riguardano: 1. Isolamento con tecniche basate sulla solubilità differenziale da sospensioni di mitocondri di cuore bovino del complesso proteico che costituisce la porzione catalitica F1 dell'enzima F0F1ATPsintasi 2. Separazione della proteina inibitrice di ATPsintasi (IF1) mediante precipitazione in etanolo in presenza di ammonio solfato e successiva dialisi 3. Purificazione mediante Cromatografia liquida per gel-filtrazione di F1 dalla frazione arricchita ottenuta nel corso della prima esperienza 4. Determinazione mediante il metodo dell'acido bicinconinico (BCA) della quantità di F1 eluita dalla colonna cromatografia. Calcolo della resa 5. Separazione mediante Cromatografia liquida per gel-filtrazione di una miscela di proteine e composti a basso peso molecolare: es emoglobina e vitamina B12. 6. Purificazione del lisozima mediante cromatografia a scambio ionico 7. Elettroforesi di proteine su gel di poliacrilamide in condizioni denaturanti (SDS-PAGE) 8. Colorazione e conservazione del gel Gli studenti alla fine del corso dovranno aver acquisito la capacità di eseguire procedure di purificazione e analisi di proteine con tecniche di base. In particolare dovranno saper fare: - precipitazione frazionata di proteine (salting out, denaturazione al calore, precipitazione con solventi organici), - dialisi, - centrifugazione, - allestimento di una colonna cromatografica - sviluppo di una cromatografia per la separazione di proteine, - monitoraggio delle fasi della cromatografia mediante dosaggio del contenuto di proteina, - preparazione di un gel per elettroforesi in condizioni denaturanti - corsa elettroforetica - colorazione di bande proteiche su gel Modulo “Enzimologia” : (CFU 3) Fondamenti di enzimologia. Relazione struttura/funzione: concetto di sito attivo e ruolo dei cofattori. Esempi di strutture di enzimi risolte per cristallografia ai raggi X. Enzimi chimicamente o geneticamente modificati. Controllo cellulare dell'attività enzimatica. Cinetica enzimatica: cinetica allo stato prestazionario e stazionario. Velocità iniziale, effetto della concentrazione del substrato, T, pH e inibitori sulla velocità iniziale. Reazioni a più substrati. Enzimi multisito e allosterici. Classificazione e nomenclatura degli enzimi. Metodi di studio dell'attività enzimatica. Misure di tipo continuo o discontinuo. Tecniche spettrofotometriche, fluorimetriche, radioisotopiche, elettrochimiche per il dosaggio di substrato/prodotto. Metodi grafici e matematici di analisi dei dati. Definizione di Unità di attività enzimatica (UI), numero di turnover e attività specifica. Applicazioni tecnologiche degli enzimi. Enzimi come strumento di analisi: dosaggio di enzimi e di metaboliti, reazioni accoppiate, dosaggi automatizzati, dosaggi immunochimici. Biosensori: principi e potenzialità di applicazione. Enzimi immobilizzati: metodi di immobilizzazione, problemi e prospettive. Applicazioni industriali: alcuni esempi. Le esperienze di laboratorio riguardano: 1. Determinazione spettrofotometrica in continuo mediante reazioni accoppiate della velocità massima di ATP idrolisi sostenuta dalla porzione purificata F1 di F0F1ATPsintasi mitocondriale. 2. Determinazione spettrofotometrica in discontinuo dell'attività specifica del lisozima. Gli studenti alla fine del modulo dovranno aver acquisito la capacità di mettere a punto le condizioni sperimentali per saggi enzimatici e di identificare eventuali artefatti 4. Testi consigliati Ninfa-Ballou: Metodologie di Base per la Biochimica e la Biotecnologia. (Zanichelli, 2000) Wilson-Walker: Le bioconoscenze e le biotecnologie in Laboratorio - nuova edizione. (Cortina, 2001) Agli studenti vengono forniti i protocolli degli esperimenti, alcuni manuali per l'uso di strumenti e dispense di approfondimento relative a tecniche applicate in laboratorio. 5. Modalita' d'esame L'esame consiste in una prova scritta finalizzata a verificare sia le conoscenze che le competenze acquisite. La prova consiste nella soluzione di problemi sperimentali relativi alle esperienze pratiche condotte, nonché in domande a risposta aperta breve e/o a scelta multipla. Contribuiscono alla valutazione complessiva anche le relazioni scritte di ogni esperienza di laboratorio che gli studenti durante il corso sono tenuti a redigere, rispondendo ad eventuali quesiti formulati dal docente. Bioetica Docente: Crediti: 2 1. Obiettivi del corso -Riconoscere le principali questioni bioetiche sollevate dall'impiego delle biotecnologie. - Individuare i valori in gioco nelle questioni bioetiche e le diverse possibilità di argomentazione morale. - Essere informati sul dibattito contemporaneo e sulle prese di posizione delle principali autority in campo bioetico. 2. Programma del corso Parte prima. Bioetica: tra scienza, filosofia e diritto Fondamenti e prospettive di bioetica Bioetica umana, animale e ambientale Dalla riflessione filosofica alle norme etiche e giuridiche La Convenzione sui diritti umani. Dignità umana e consenso informato Principio di autodeterminazione Etica e tecnoscienza: principi di responsabilità e prudenza Parte seconda. Le biotecnologie e le loro applicazioni Scienza e tecnologia: rischi e incertezze La nascita della biologia molecolare . Valutazione dei rischi e principio di precauzione Biotecnologie e ambiente Tecnologie agroalimentari e possibili benefici e rischi delle biotecnologie in agricoltura - La normativa europea sul rilascio di OGM nell'ambiente - I possibili benefici delle biotecnologie nell'alimentazione e i rischi per la salute umana Biotecnologie e animali - Gli animali transgenici - Gli xenotrapianti e la clonazione animale Biotecnologie mediche - Le tecnologie riproduttive - Embrioni, Cellule staminali e clonazione - Terapia genica somatica e germinale Parte terza. Biotecnologie, società , democrazia Biotecnologie e aspetti sociali 3. Orario di ricevimento Prima dell'inizio delle lezioni il docente è disponibile per incontrare gli studenti. 4. Testi consigliati Testo di riferimento M.C. TALLACCHINI, F. TERRAGNI, “ Le biotecnologie - Aspetti etici, sociali e ambientali”, Ed. Bruno Mondatori 2004 Testi consigliati M.J. SANDEL, “Contro la perfezione - L'etica nell'età dell'ingegneria genetica”, Ed. Vita e Pensiero 2008 J. HABERMAS, “Il futuro della natura umana. I rischi di una genetica liberale”, Einaudi 2002. V.MELE, “Organismi geneticamente modificati e bioetica”, Ed. Cantagalli 2002 Bibliografia per la consultazione LECALDANO E. (Ed.), Dizionario di Bioetica, Laterza, Bari-Roma 2002 MORDACCI R., Una introduzione alle teorie morali. Confronto con la bioetica, Feltrinelli, Milano 2003. BATTAGLIA L. (Ed.), Etica e animali, Liguori, Napoli 1998. : Bioinformatica C (genomica funzionale) Docente: Crediti: 4 1. programma del corso : - Utilizzo delle principali banche dati di interesse biologico. Allineamento di sequenze: Modelli di evoluzione per sequenze di DNA e proteine. Guida all'utilizzo dei metodi di allineamento ottimali ed euristici: gli algoritmi di Needleman-Wunsch e di Smith-Waterman. Matrici di similarita': le serie PAM e Blosum. il programma FASTA; il programma BLAST; - Allineamenti multipli: L'algoritmo ClustalW Patterns e profili. Banche dati di patterns e profili. - Analisi filogenetiche: alberi filogenetici. metodi basati sulla matrice di distanze fra sequenze metodi basati sulla maximum parsimony metodi basati sulla maximum likelihood - Predizioni di proprieta' chimico fisiche e di struttura Reti neurali. Hidden Markov Models. - Predizione di geni in sequenze di DNA. Metodi basati sulla ricerca di similarita'. Metodi basati sulle proprieta' locali della sequenza - Struttura di proteine e modellistica per omologia Biologia Docente: Claudio Schneider, Roberta Benetti Crediti: 12 MODULO: BIOLOGIA CELLULARE: (6 CFU, prof. Claudio Schneider ) Biologia -parte1 • La logica della compartimentazione cellulare: struttura degli organelli cellulari. • Struttura delle Membrane biologiche e compartimentazione cellulare. • Scambio di materiali cellula/ambiente, comunicazione intracellulare, fusione e fissione di membrane. • I codici e le basi molecolari dei meccanismi di indirizzamento delle proteine nei vari compartimenti cellulari. • Trasporto diretto di piccole molecole attraverso plasma-membrane. • Protein-chinesi :scambio di proteine, ordine e successione nella secrezione di proteine. • Segnali di indirizzamento al RE e recettori SRP. • Accoppiamento con la traslocazione attraverso membrana: il traslocone. • Traslocazione post-traduzionale. • Ruolo degli chaperoni nella traslocazione. • Richieste energetiche ATP/GTP nella traslocazione. • Funzione del RE, controllo di qualità , modificazioni post-traduzionali. • Ciclo calnexina-calreticulina e mannosidasi. • Trasporto vescicolare e smistamento di proteine da RE a cisGolgi : selezione cargo. • Meccanismi molecolari del trasporto vescicolare: componenti, selezione e fasi. • Formazione vescicole : selezione cargo, formazione gabbia. • Fase di avvicinamento/tethering e funzione di Rab. • Fase di docking e funzione del complesso SNARE • COPII vs COPI e dinamica di formazione VTC/IC • Maturazione del Golgi vs modello stabile del Golgi • Modificazioni a livello di Golgi. • Segnali di indirizzamento ai lisosomi e ciclo Recettore-MAN6-P. • Adattine e clatrina (selezione e formazione gabbia) • Traffico dal trans Golgi alla plasmamembrana : vescicole di secrezione. • Endosomi precoci, tardivi e maturazione dei lisosomi. • L'endocitosi dalla plasma membrana : influenza del pH nell'interazione recettore-ligande • Segnali di indirizzamento al nucleo • Segnali e meccanismo di indirizzamento nei mitocondri. • Inytoduzione ai diversi tipi di citoscheletro cellulare • Funzioni generali dei diversi tipi di citoscheletro • Microtubuli : le tubuline, polo +/-, instabilità dinamica : cappuccio a GTP e MTOC • Microfilamenti, treadmilling, proteine e complessi regolatori • Filamenti intermedi : struttura e dinamica. Biologia parte 2 TRASDUZIONE DEL SEGNALE • Le Molecole segnaletiche ed i recettori di plasma-membrana • Recttori accoppiati a Proteine-G Trimeriche che attivano o inibiscono Adenilato-Ciclasi • Recettori accoppiati a Proteine-G che modulano Canali Ionici • Recettori accoppiati a Proteine-G che attivano Fosfolipasi C • Attivazione della Trascrizione genica da Recettori Accoppiati a Proteine G • Recettori Tirosin-Chinasi ed attivazione di Proteine G Monomeriche della famiglia Ras • Recettori per Citochine ed il percorso segnaletico JAK-STAT • Fosfoinositidi come Trasduttori di segnale : il percorso di PI3K • mTOR e controllo della traduzione proteica CAP-dipendente • Il percorso di TGF-beta ed altri percorsi segnaletici rilevanti nella trasduzione di segnali proliferativi e di sviluppo embrionale. • Meccanismi e percorsi segnaletici che coinvolgono processamento proteolitico : Percorso wnt/beta-catenina e SHH • Integrazione dei segnali, percorsi di trasduzione e controllo globale della trascrizione genica. • Mutazioni di trasduttori e percorsi segnaletici : oncogeni e soppressori tumorali. • Il citoscheletro di actina : regolatori e dinamica. • Movimento cellulare e regolazione dinamica del citoscheletro di actina. • Proteine della famiglia Rho e ruolo nella dinamica dei microfilamenti. • Adesioni focali, loro dinamica e maturazione. • Segnalazione di adesione : integrine, FAK e citoscheletro. • I microtubuli nel movimento cellulare, organizzazione dei compartimenti di membrana e funzione nel ciclo di divisione. IL CICLO DI DIVISIONE CELLULARE E LA SUA REGOLAZIONE • Il ciclo cellulare: interfase e mitosi • Disregolazione del ciclo cellulare ed oncogenesi molecolare • I microtubuli, le loro caratteristiche e le loro proprietà . • La sensibilità a sostanze anti-mitotiche. • L'arresto della cellula in mitosi attraverso l'utilizzo del taxolo; modalità di azione del taxolo. • L'apoptosi e i modelli di rilevamento dell'apoptosi • I telomeri e le telomerasi. • Il problema della replicazione delle estremità 3'. • Accorciamento dei telomeri, invecchiamento e tumori MODULO: BIOLOGIA CELLULARE APPLICATA 1: (4 CFU, prof.ssa Roberta Benetti) Parte TEORICA L'EPIGENETICA • Definizione e caratteristiche differenziative tra genetica ed epigenetica. • Molteplici livelli di controllo dell'espressione genica negli eucarioti. • I principali meccanismi epigenetici: reversibilità dei processi epigenetici e importanza nello sviluppo; Rimodellamento della cromatina durante il ciclo cellulare. • La metilazione del DNA e le DNMT1, DNMT3a e DNMT3b. • Gli istoni e il codice istonico. • Controllo a distanza dell'espressione genica, l'effetto posizione. • i telomeri • L'imprinting genetico; sindromi diPrader-Willi e Angelman. • L'inattivazione del cromosoma X e le diverse tappe nel suo processo. XiST e TSIX. • Gli RNA non codificanti. • Epigenetica come fenomeno reversibile; La sindrome di Turner • Il DNA genomico e le sue alterazioni epigenetiche nei tumori • Alterazione della metilazione del DNA nel cancro. • Endonucleasi di restrizione. Enzimi sensibili al grado di metilazione del DNA. • Coloranti inerti per la visualzzazione del DNA in una corsa elettroforetica. LE FASI DEL CICLO CELLULARE, L'APOPTOSI E I MICROTUBULI • I microtubuli, le loro caratteristiche e le loro proprietà . • La sensibilità a sostanze anti-mitotiche. • L'arresto della cellula in mitosi attraverso l'utilizzo del taxolo; modalità di azione del taxolo. • L'apoptosi e i modelli di rilevamento dell'apoptosi I TELOMERI • I telomeri e le telomerasi. • Il problema della replicazione delle estremità 3'. • Accorciamento dei telomeri, invecchiamento e tumori L'RNA interference • L'RNA non codificante e la sua importanza nella definizione della cromatina. • Transcriptional Gene silencing (TGS) e Post Transcriptional Gene Silencing (PTGS) • SiRNA, Dicer e miRNA: pathways, differenze e meccanismi d'azione Parte PRATICA LE COLTURE CELLULARI • Le tecniche delle colture cellulari in vitro • allestimento di una coltura cellulare; terreni di coltura, loro caratteristiche e proprietà . • L'emocitometro e le diluizioni cellulari. • La sicurezza nei laboratori: norme ed accorgimenti • I microrganismi inquinanti, prevenzione e cura degli inquinamenti. • Passaggio delle cellule in coltura. Ogni gruppo mette in coltura un tipo cellulare differente per valutare nella lezione successiva l'origine femminile, maschile, diploide o poliploide attraverso il riconoscimento dell'inattivazione del cromosoma X e la visualizzazione/conta dei corpi di Barr. • La tecnica dell'immunofluorescenza; metodo diretto e indiretto; antigeni-anticorpo. • Identificazione di metafasi e interfasi e alla visualizzazione dei telomeri in cellule in coltura • Visualizzazione dell'eterocromatina costitutiva (condensata durante l'interfase) ed eucromatina (decondensata durante l'interfase). • I plasmidi ad espressione Le tecniche di trasfezione: precipitazione con calcio fosfato, lipofezione, elettroporazione, microiniezione, trasferimento genico mediato da virus. • Trasfezione con calcio fosfato di plasmidi codificanti shRNA di p53 e shRNA di Rb1. • La tecnica di trasferimento proteico su membrana di nitrocellulosa • Trattaemento di cellule in coltura con agenti apoptotici. Passato il tempo opportuno, conta cellule apoptotiche con saggio del Tripan blue e relativa analisi statistica. • Estrazione di DNA genomico da culture cellulari primarie e tumorali. Digestione con enzimi sensibili o meno alla metilazione del DNA, corsa elettroforetica su gel di agarosio e conclusioni. MODULO: BIOLOGIA CELLULARE APPLICATA 2: (2 CFU, prof.ssa Roberta Benetti) PARTE TEORICA • Introduzione alla genomica funzionale. • La trascrittomica. • Descrizione delle tecnologie impiegate nella caratterizzazione del trascrittoma: SAGE, CAGE, GIS, MPSS. • Librerie cDNA a lunghezza completa. • Le tecnologie cDNA-microarray e oligo-array. Il loro impiego nello studio dei profili di espressione genica. Biogenesi dei microRNA e loro funzione. Meccanismo di azione e regolazione. Tecniche per l'analisi dell'espressione dei microRNA • microRNA microarray: tecniche per l'analisi dell'espressione dei microRNA. PARTE PRATICA • Estrazione dell'RNA totale da colture cellulari. Trattamento con DNAsi ed analisi quantitativa mediante gel-agarosio. Trattamento con DNasi ed analisi quantitativa dell'RNA ottenuto allo spettrofotometro. • RT-PCR: sintesi di cDNA e amplificazione di geni selezionati. • cDNA microarray: sintesi del cDNA target mediante oligo random secondo il metodo di marcatura indiretto (AA-dUTP). Analisi elettroforetica ed interpretazione dei dati. • Analisi finale dell'immagine microarray dell'ibridazione ottenuta con il cDNA preparato nel corso dell'esercitazione. Biologia molecolare 2 (corso integrato) Docente: Crediti: 7 Modulo I: Tecniche di biologia molecolare: (CFU 5) : 1. Obiettivi del corso : Fare acquisire allo studente le competenze per l'utilizzo delle tecniche di base in Biologia Molecolare. È articolato in lezioni frontali affiancate da esperienze di laboratorio, in cui lo studente ha modo di acquisire le abilità di base indispensabili per affrontare un esperimento di Biologia Molecolare, nonché di applicare alcune nozioni acquisite durante le lezioni. Verranno proposti 22 protocolli sperimentali inerenti le tecniche di biologia molecolare di uso comune in laboratorio ed inerenti le tecnologie del DNA ricombinante. Ogni esperienza di laboratorio è preceduta da un'introduzione che illustra sia l'obiettivo da perseguire e l'abilità da acquisire, sia gli strumenti e i reagenti da usare. Ogni esperienza inoltre è seguita dalla discussione dei dati ottenuti. 2. Programma del corso : 1. LA TECNOLOGIA DEL DNA RICOMBINANTE. (Capitoli 2-9, Brown T.A. 2007-Zanichelli, Bologna; Capitoli 4-5, Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna) Vettori per il clonaggio di geni. Plasmidi e batteriofagi. Purificazione e manipolazione di DNA plasmidico. Gli Enzimi di restrizione e di modificazione, caratteristiche, tipi e modalità di funzionamento. I Vettori di clonaggio e i vettori di espressione: caratteristiche e loro utilizzo. Creazione e screening di una genoteca. Vettori basati sul batteriofago , M13. Cosmidi e fagmidi. Vettori di espressione in cellule eucariotiche: caratteristiche ed utilizzo Trasformazione genetica dei procarioti. Sintesi chimica, sequenziamento e amplificazione del DNA. 2. LA MANIPOLAZIONE DELL'ESPRESSIONE GENICA NEI PROCARIOTI (Capitolo 1, 13, Brown T.A. 2007-Zanichelli, Bologna; Capitolo 6, Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna). Isolamento di un gene per PCR L'espressione genica da promotori forti e regolabili Le proteine di fusione Ottimizzazione delle condizioni di espressione di proteine ricombinanti. 3. LA PRODUZIONE DI PROTEINE RICOMBINANTI NELLE CELLULE EUCARIOTICHE (Capitolo 13, Brown T.A. 2007-Zanichelli, Bologna; Capitoli: 7, 17 Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna) I sistemi di espressione per le cellule di mammifero. Sistemi di espressione stabile ed inducibile. Il sistema Tet off/Tet on. I sistemi di espressione in Saccharomyces cerevisiae e Pichia pastoris I sistemi di espressione basati sulle cellule di insetto in coltura I sistemi di espressione in cellule vegetali. 4. LA MUTAGENESI MIRATA E LA MANIPOLAZIONE DELLE PROTEINE (Capitolo 8 Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna) I procedimenti per la mutagenesi mirata mediante il fago M13 e la PCR La manipolazione delle proteine. 5. BIOTECNOLOGIA MOLECOLARE (Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna: Capitolo 9, pagg 183-186; Capitolo 10, pagg 213-218) Gli anticorpi policlonali e monoclonali. Gli anticorpi monoclonali come agenti terapeutici. 6. METODOLOGIE PER LO STUDIO DELLA ESPRESSIONE GENICA e DELL'INTERAZIONE PROTEINA-PROTEINA (Capitolo 11, Brown T.A. 2007-Zanichelli, Bologna) Tecniche per lo studio dell'espressione di un gene (RT-PCR, Northern blot, Western blot) Tecniche per lo studio e per l' identificazione dei siti di inizio trascrizione (S1 nuclease, RNAse protection, Run-on e Run-off assays) ed origine di replicazione. Tecniche per lo studio delle regioni regolatorie (promotori, enhancers) Identificazione e studio funzionale delle proteine leganti il DNA con funzione regolatoria (DNaseI-footprinting, in vivo-footprinting, Electrophoretic Mobility Shift Assay, South Western, domain-swap, CHIP). Saggi ‘in vivo' (Reporter assays). Principi di analisi proteomica. Tecniche per lo studio dei networks di interazione proteina-proteina (GST-Pulldown, Co-immunoprecipitazione, Far-Western). 7. TEORIA SULLE TECNICHE PER IL SILENZIAMENTO DELL'ESPRESSIONE GENICA Tecniche dell'anti-senso, dell' anti-gene ed RNA-interference 8. UTILIZZO DI RADIOISOTOPI IN BIOLOGIA MOLECOLARE (fotocopie) Manipolazione di Radioisotopi: tipi e utilizzo. Tecniche per la marcatura di acidi nucleici e proteine. 3. esperienze di laboratorio : LA TECNOLOGIA DEL DNA RICOMBINANTE. Manipolazione di batteri competenti. Preparazione terreni e piastre per colture batteriche. Trasformazione batterica. Valutazione dell'efficienza di trasformazione. Preparazione di DNA plasmidico: Crescita, minipreps e analisi del DNA plasmidico su gel di agarosio. LA MANIPOLAZIONE DELL'ESPRESSIONE GENICA NEI PROCARIOTI Espressione e purificazione di proteine ricombinanti in E. coli. Messa a punto delle condizioni ottimali di espressione di una proteina di fusione e sua purificazione su resina di affinità . Calcolo dell'efficienza di espressione-purificazione. METODOLOGIE PER LO STUDIO DELLA ESPRESSIONE GENICA Estrazione, purificazione e analisi di RNA e preparazione di cDNA Dosaggio spettrofotometrico di primers di ssDNA (GAPDH e Ref-1) per PCR e analisi su gel denaturante. Estrazione di RNA da colture cellulari di cellule eucariotiche (HepG2) e amplificazione tramite RT-PCR di un gene espresso. Analisi su gel di agarosio dell'amplificato di RT-PCR. Estrazione e purificazione da gel di un amplificato di PCR. Estrazione di proteine da cellule e analisi di Western blotting di un gene espresso. Estrazione di proteine nucleari e citoplasmatiche da colture cellulari di cellule eucariotiche (HepG2) e analisi dell'espressione di APE1/Ref-1 mediante Western blotting. 4. Testi consigliati : Biotecnologia Molecolare, Glick BR, Pasternak J.J. 2003-Zanichelli, Bologna; Biotecnologie Molecolari, principi e tecniche, Brown T.A., 2007-Zanichelli, Bologna; Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Sambrook and Russel, CSHL Press; Articoli e riferimenti specifici aggiornati indicati dal docente. Modulo II: Biologia molecolare II: : (CFU 2) : : 1. Obiettivi del corso : Fare acquisire allo studente le competenze per la comprensione: a) dei meccanismi con cui viene regolata l'espressione dei geni nello sviluppo e b) del modo come viene regolata la stabilità e sorvegliata l'integrità degli RNA. 2. Programma del corso : 1. I meccanismi genetici dello sviluppo embrionale 2. Strategie di regolazione genica differenziale durante lo sviluppo: la localizzazione dell'mRNA, il contatto cellula-cellula, il gradiente dei morfogeni. 3. Lo sviluppo di Drosophila: la formazione degli assi, i geni gap, pair-rule e omeotici. I geni Hox nei mammiferi. 4. La determinazione del sesso negli insetti e nei vertebrati. 5. L'adesione cellulare nello sviluppo. 6. Le vie principali di segnalazione nello sviluppo. 7. La stabilità dell'RNA. 8. Il ruolo biologico del turnover dell'mRNA. 9. Il macchinario di decapping dell'mRNA. 10. I P-bodies e il controllo della degradazione e della traduzione dell'mRNA. 11. La degradazione dell'mRNA mediata dal non-senso. 12. L'esosoma, la macchina di degradazione dell'RNA. 13. RNA danneggiato e sorveglianza. 14. I microRNA e il loro ruolo nella regolazione genica. 15. PCR quantitativa e sue applicazioni. 3. Testi consigliati : Dispense e articoli forniti dal docente a lezione. Bionformatica D Docente: Crediti: 3 1. Programma del corso Introduzione alla bioinformatica e cenni storici. Shotgun sequencing e fragment assembly. Confronto di sequenze: dotplot e massima sottosequenza comune. Matrici di sostituzione. Allineamenti di coppia e allineamenti multipli: complessità e algoritmi. Polimorfismi di Singolo Nucleotide. Problemi di haplotyping e genotyping per individui e popolazioni. Metodi euristici per haplotyping di massima parsimonia. Distanze evolutive e confronto fra interi genomi. Sorting by reversals, segnato e non segnato. Biotecnologie animali Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso ha l'obiettivo di fornire le conoscenze di base della genetica veterinaria applicate alla produzione animale. Verranno, in particoalre, trattate le principali tecniche della biologia molecolare utilizzate nel miglioramento genetico degli animali domestici e nello studio della trasmissione ereditaria delle malattie di origine genetica. Al laureato di primo livello, dal punto di vista applicativo, il corso si propone di formire una serie di conoscenze innovative per l'avvio di nuove professioni nell'ambito della gestione genetico-veterinaria degli animali e del miglioramento genetico. 2. Programma del corso : L'origine delle biotecnologie Scopi e finalità delle biotecnologie Biotecnologie convenzionali e biotecnologie innovative Tecnologie del DNA ricombinante: produzione di animali transgenici, metodi. Clonazione animale. Animali “knock-in” e “knock-out” Produzione di metaboliti, farmaci, proteine, vaccini genetici. Campi di applicazione delle biotecnologie: animale, umano Bioreattori animali Marcatori molecolari: RFLP, microarray, SNP, RAPD, AFLP, CAPS, SCAR. Applicazioni pratiche nelle specie domestiche: identificazione dell'individuo, identificazione del sesso, controllo della parentela, studio della biodiversità , analisi delle relazioni tra marcatori genetici e caratteri quantitativi. Ereditabilità dei caratteri quantitativi. La selezione dei caratteri di interesse economico negli animali domestici: metodi quantitativi. Identificazione di QTL (Quantitative Trait Loci). Marker assisted selection (MAS). Interazioni dell'ambiente e dei principi nutritivi con i meccanismi di regolazione dell'espressione genica. Esempi di applicazioni delle biotecnologie in campo animale. 3. Testi di consultazione : - Poli G., Biotecnologie. Conoscere per Scegliere, Utet Periodici, Milano, 2001. Il docente provvederà a fornire materiale didattico e altra documentazione e articoli scientifici. Botanica generale e sistematica Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso Il corso si propone di approfondire le caratteristiche peculiari a livello citologico, morfologico e anatomico degli organismi vegetali, in particolare nell'ambito delle piante vascolari. La seconda parte del corso si prefigge di fornire mediante un approccio filogenetico una introduzione alla classificazione tassonomica delle principali divisioni del regno vegetale, analizzando specificatamente alcune famiglie delle piante superiori Angiosperme e Gimnosperme. Alla fine del corso, lo studente dovrebbe aver acquisito una visione generale e critica della diversità di forme e funzioni caratterizzanti gli organismi vegetali diffusi sulla Terra. : 2. Programma del corso : 1. Introduzione alla botanica: alcuni concetti preliminari; 2. Biologia delle cellule vegetali; 3. Divisione cellulare e riproduzione sessuale; 4. Cellule e tessuti vegetali delle piante Angiosperme e Gimnosperme; 5. Anatomia e morfologia del fusto; 6. Anatomia e morfologia della radice; 7. Anatomia e morfologia della foglia; 8. Morfologia del fiore, frutto e seme e riproduzione; 9. Introduzione alla sistematica; 10. Alcuni principi dell'evoluzione e storia evolutiva delle piante; 11. Thallobionta e Embryobionta; 12. Schizophyta: cenni morfologici ed ecologici di Schizomycetes e Cyanophyceae; 13. Alghe eucariote: cenni morfologici, tassonomici ed ecologici sulle principali divisioni; 14. Fungi: cenni morfologici, tassonomici ed ecologici sulle principali classi; 15. Bryophyta: muschi ed epatiche; 16. Lycopodiophyta, Equisetophyta e Polypodiophyta (ex Pteridophyta); 17. Pinophyta: Pinaceae, Cupressaceae e Taxaceae; 18. Magnoliophyta: caratteri distintivi delle Magnoliopsida e Liliopsida; 19. Magnoliopsida: Magnoliaceae, Ranunculaceae, Papaveraceae, Urticaceae, Fagaceae; Caryophyllaceae, Brassicaceae, Rosaceae, Fabaceae, Apiaceae, Lamiaceae, Asteraceae; 20. Liliopsida: Poaceae, Liliaceae, Orchidaceae. 3. Esercitazioni : Esercitazioni: Aula 11, sede Rizzi. Utilizzo di microscopi ottici 5. Testi consigliati : BIOLOGIA VEGETALE. P. Pupillo, F. Cervone, M. Cresti, N. Rascio BOTANICA GENERALE E DIVERSITA' VEGETALE. Pasqua G., Abbate G., Forni C. (Piccin, Padova) Appunti di lezione Chimica agraria Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso intende fornire agli studenti conoscenze di base sul sistema suolo-pianta con particolare riferimento alle principali caratteristiche chimico-fisiche e nutrizionali del terreno, alle interazioni che si realizzano all'interfaccia suolo-radice (rizosfera), alle basi biochimiche della nutrizione delle piante e alle funzioni biochimiche e metaboliche dei principali nutrienti minerali. 2. Programma del corso : Proprietà dei costituenti organici e minerali del terreno; la reazione del terreno: terreni acidi, salini e calcarei. Fattori della nutrizione: movimento dei nutrienti; il rapporto pianta-terreno: essudati radicali ed il concetto di rizosfera, modificazioni della rizosfera indotte dalla radice in relazione alla nutrizione e risposte localizzate della piante a limitazioni nutrizionali. Meccanismi di acquisizione dei nutrienti. Assorbimento e assimilazione di azoto, zolfo e fosoforo. Ruolo biochimico dei micronutrienti. Il corso comprenderà esercitazioni di laboratorio sui metodi per la determinazione delle caratteristiche chimico-fisiche dei terreni e su alcune tecniche per lo studio della nutrizione delle piante. 4. Testi consigliati : Materiale fornito dal docente. P. Violante, Chimica del suolo e nutrizione delle piante, Edagricole, Bologna, 1996. AA.VV., Fondamenti di Chimica del Suolo, a cura di P. Sequi, Patron, Bologna, 2005. AA.VV., Biochimica agraria, a cura di L. Scarponi, Patron, Bologna, 2003. Chimica analitica Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso : Le finalità del corso sono quelle di introdurre lo studente ad un argomento altamente interdisciplinare, nell'ambito dell'area della chimica analitica strumentale, concernente i sensori chimici e biologici (biosensori). Ai fini di una più facile comprensione di taluni concetti, verranno sinteticamente ed in modo funzionale alle finalità del corso richiamati alcuni aspetti concernenti la chimica analitica degli equilibri con particolare riferimento agli equilibri acido-base e redox, ed inoltre, verranno proposte nozioni di spettrofotometria molecolare di assorbimento ed emissione. Al termine del corso, gli studenti dovranno conoscere e comprendere i principi, il funzionamento e gli aspetti costruttivi dei diversi dispositivi strumentali. Dovranno inoltre saperne criticamente valutare le potenzialità e le problematiche in fase di ottimizzazione in relazione alle possibili applicazioni proposte durante il corso. 2 . Programma del corso : • Aspetti generali degli equilibri in soluzione: • Equilibri acido-base. • Equilibri redox. • Tipologie di sensori e biosensori. • Sensori a fibra ottica. • Sensori termoelettrici. • Sensori piezoelettrici. • Sensori elettroanalitici. • Sensori chimicamente modificati. • Biosensori enzimatici. • Biosensori di immunoaffinità . 4. Testi consigliati : • G.D. Christian and J.E. O'Relley, Instrumental analysis, Allyn and Bacon, Boston, 1986. • F.W. Fifield and D. Kealey, Chimica Analitica; Teoria e pratica, Zanichelli, Bologna, 1999. • Eggins, Brian R., Chemical Sensors and Biosensors, Analytical Techniques in the Sciences, John Wiley & Sons, 2002 Colture cellulari Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso si propone di illustrare a livello teorico-pratico le principali tecniche di coltura in vitro di organi, tessuti e cellule vegetali. Tali tecniche, sfruttando la totipotenza della cellula vegetale, permettono la propagazione vegetativa, il superamento delle barriere di incrocio, la modificazione del numero cromosomico e l'applicazione delle tecniche di trasformazione genetica. Vengono inoltre illustrate le tecniche di documentazione microscopiche sfruttando anche lo sviluppo dell'immagine digitale. 2. Programma del corso : Panoramica sulle principali tematiche relative alle colture cellulari. Organogenesi diretta e indiretta, embriogenesi somatica. Preparazione dei terreni di coltura e attrezzature di laboratorio Descrizione del microscopio a luce trasmessa e delle stereo microscopio. Osservazione di campioni e regolazioni. Misurazioni con il microscopio, taratura dell'oculare con vetrino micrometrico e conta di cellule con camere conta globuli. Coltura in vitro di dischi fogliari di tabacco Trasferimento di espianti di tabacco sotto cappa a flusso laminare. Osservazioni di sviluppo di callo e moltiplicazione e proliferazione. Preparazione e osservazione al microscopio ottico di cromosomi metafasici. Costruzione di un cariotipo. Osservazione della morfologia cromosomica, utilizzo di sonde fluorescenti. Misurazione di cellule al microscopio, analisi statistica descrittiva. Colture aploidi: fattori influenzanti la coltura di antere e microspore, androgenesi e ginogenesi Determinazione dello stadio di sviluppo di microspore di tabacco. Preparazione di vetrini per l'osservazione al microscopio della microsporogenesi in antere di tabacco. Determinazione dello stadio di sviluppo e misurazione delle dimensioni delle microspore Utilizzo dei protoplasti nelle biotecnologie agrarie Isolamento di protoplasti di tabacco mediante digestione enzimatica Purificazione di protoplasti mediante filtrazione e centrifugazione 3. esercitazioni : Esercitazioni presso il Dipartimento di Scienze Agrarie e Ambientali Utilizzo di microscopio ottico a fluorescenza, stereoscopio, cappa a flusso laminare, cella climatica, autoclave ….. 4. Testi consigliati : -Robert N. Trigiano, Dennis J. Gray. La coltura dei tessuti vegetali. Edagricole -Materiale bibliografico fornito dal docente -Materiale didattico online Colture cellulari e ingegneria dei tessuti (corso integrato) Docente: Crediti: 6 1. Obiettivi del corso : Illustrare le tecnologie attuali delle colture cellulari, definendone i limiti relativi alle applicazioni in biotecnologia; esaminare le caratteristiche dei biomateriali e definirne le applicazioni in biotecnologia. Descrivere le apparecchiature per le colture cellulari automatizzate (bioreattori). Mostrare esempi pratici di applicazioni dell'ingegneria tessutale. 2. Programma del corso : Colture Cellulari: generalità e definizioni Scale-up delle colture cellulari Bioreattori Colture cellulari in adesione Colture cellulari in sospensione Attrezzature di coltura robotizzate La matrice extracellulare Struttura e funzioni Meccanismi di adesione Importanza meccanica del microambiente Scaffold biopolimerici biodegradabili sintetici per specifiche applicazioni Osso Uso delle cellule staminali Strategie per il riparo di: Cute Osso Cute Cartilagine Vasi sanguigni Insule del Langerhans Cartilagine 3. Testi consigliati : Woolf, Patologia Generale - Meccanismi di malattia , Ed. Idelson-Gnocchi. Pontieri, Patologia Generale per i Corsi di Laurea in professioni sanitarie , Ed. Piccin. Majno, Joris , Cellule, tessuti e malattia , Ed. Casa Editrice Ambrosiana. Materiale didattico distribuito o consigliato durante il corso. Diagnostica biotecnologica (corso integrato) Docente: Crediti: 10 Modulo “Analisi cliniche” : (CFU 1) : 1. Obiettivi del corso : Scopo generale del corso sarà quello di descrivere allo studente le tecniche analitiche di più frequente applicazione nei laboratori di analisi cliniche e fornire la conoscenza per valutare la qualità analitica delle analisi cliniche. 2. Programma del corso : Campioni biologici e caratteristiche generali degli analiti. Fase preanalitica (modalità di prelievo e trasporto del campione, variabilità preanalitica). Accuratezza e precisione di un test diagnostico. Intervalli e valori di riferimento. Sensibilità , specificità e valore predittivo di un test diagnostico. Fase analitica: tecniche generali di laboratorio e descrizione dei principi basilari. I marcatori biochimici per valutare lo stato del ferro e di rischio cardiovascolare. Modulo “Biochimica clinica” : (CFU 1) : 1. Obiettivi del corso : Obiettivo del corso è quello di fornire allo studente la conoscenza delle modalità di evoluzione tecnologica di alcuni importanti saggi diagnostici. 2. Programma del corso : Evoluzione tecnologica negli esami diagnostici associati a diverse condizioni patologiche: -Infarto acuto del miocardio; dalle attività sieriche di aspartato transaminasi, creatin chinasi e lattico deidrogenasi ai moderni marcatori: mioglobina, CK-MB, troponine cardiache I e T (saggi di prima generazione e recentissimi saggi ultrasensibili) e miosine cardiache. -Rischio di malattia cardiovascolare; dai saggi di prima generazione a quelli ad alta sensibilità della proteina C reattiva (CRP), dai metodi HPLC a quelli di ultima generazione per la determinazione della omocisteina. -Malattie renali; dalla creatinina alla cistatina C. -Patologie tiroidee; dal dosaggio del T4 e T3 totali ai moderni dosaggi di FT3 e FT4, TSH, TBG, anticorpi anti-tiroperossidasi (TPO), anti-tireoglobulina (Tg) ed anti-recettore del TSH. Modulo “Diagnostica per immagini” : (CFU 2) : 1. Programma del corso : Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. Modulo “Microbiologia clinica” : (CFU 2) : 1. Programma del corso : Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. Modulo “Patologia clinica” : (CFU 2) : 1. obiettivi del corso : Obiettivo del corso è quello di fornire allo studente la conoscenza della modalità di esecuzione e dei principi di analisi dei principali parametri biochimici associati alla valutazione e/o della condizioni patologiche degli organi principali. 2. Programma del corso : -uso corretto delle analisi di laboratorio -modalità di richiesta analisi ( analisi singole, analisi multiple, profili,esami funzionali….; esami in urgenza, esami di screening) -percorso informativo: dall'identificazione del paziente al referto -fase preanalitica,analitica,postanalitica -materiali biologici -anticoagulanti -generalità sui metodi di misura marcatori del profiloepatico:GOT, GPT,GGt,ALP,bilirubina tot.e coniugata,albumina,proteine tot.,LDH,alfa1antitripsina,ceruloplasmina,ammonio -marcatori della funzionalità renale:creatinina,clearance della creatinina,azotemia,azoto ureico,acido urico -elettroliti:sodio,potassio,cloro -esame urine completo:esame chimico-fisico,lettura del sedimento -indicatori del profilo lipidico:colesterolo,trigliceridi,HDL,LDL,apolipoproteine -marcatori cardiaci:CPK,CPKMB,mioglobina,troponine -indicatori del metabolismo glucidico:glucosio,curve di tolleranza al glucosio -plasmaproteine:proteine della fase acuta,della fase antiacuta,di trasporto,apolipoproteine,proteine del complemento,immunoglobuline -profilo tiroideo: ormoni tiroidei T4,FT4,T3,FT3,T3uptake,FTI,TSH.anticorpi antitireoglobulina/per ossidasi,tireoglobulina. 3 . Testi consigliati : Saranno fornite agli studenti copie dei lucidi. Testo di riferimento: Covelli-Spandrio-Zatti / Medicina di Laboratorio-Sorbona o qualunque testo di Medicina di Laboratorio. Diagnostica clinica (corso integrato) Docente: Crediti: 2 Modulo 1 (CFU 2) : 1. Obiettivo del corso : Obiettivo del corso è quello di fornire allo studente la conoscenza della modalità di esecuzione e dei principi di analisi dei principali parametri biochimici associati alla valutazione e/o della condizioni patologiche degli organi principali. 2. Programma del corso : -uso corretto delle analisi di laboratorio -modalità di richiesta analisi ( analisi singole, analisi multiple, profili,esami funzionali….; esami in urgenza, esami di screening) -percorso informativo: dall'identificazione del paziente al referto -fase preanalitica,analitica,postanalitica -materiali biologici -anticoagulanti -generalità sui metodi di misura -marcatori del profilo epatico:GOT, GPT,GGt,ALP,bilirubina tot. e coniugata,albumina,proteine tot.,LDH,alfa1antitripsina,ceruloplasmina,ammonio -marcatori della funzionalità renale:creatinina,clearance della creatinina,azotemia,azoto ureico,acido urico -elettroliti:sodio,potassio,cloro -esame urine completo:esame chimico-fisico,lettura del sedimento -indicatori del profilo lipidico:colesterolo,trigliceridi,HDL,LDL,apolipoproteine -marcatori cardiaci:CPK,CPKMB,mioglobina,troponine -indicatori del metabolismo glucidico:glucosio,curve di tolleranza al glucosio -plasmaproteine:proteine della fase acuta,della fase antiacuta,di trasporto,apolipoproteine,proteine del complemento,immunoglobuline -profilo tiroideo: ormoni tiroidei T4,FT4,T3,FT3,T3uptake,FTI,TSH.anticorpi antitireoglobulina/per ossidasi,tireoglobulina. 3. Testi consigliati Saranno fornite agli studenti copie dei lucidi. Testo di riferimento: Covelli-Spandrio-Zatti / Medicina di Laboratorio-Sorbona o qualunque testo di Medicina di Laboratorio Modulo 2 (CFU 1) : 1. Programma del corso : Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. Economia Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso : Il corso si prefigge di impartire allo studente schemi di analisi economica utilizzando il background di conoscenze fornito dalle Biotecnologie per studiare: a) i principi che guidano il comportamento degli agenti economici e la natura degli scambi; b) la creazione di opportunità di business derivanti da applicazioni biotecnologiche in ambiente domestico ed internazionale; b) L'organizzazione dell'impresa adattiva e delle reti d'impresa in funzione della ‘knowledge innovation'; c) le strategie di finanziamento private e pubbliche e gli inerenti costi e rischi dell'innovazione; d) la regolazione dell'uso di OGM e la protezione dei diritti di proprietà intellettuale delle scoperte biotecnologiche, la legislazione europea sulla protezione del consumatore e le sue implicazioni per le innovazioni biotech. 2. Programma del corso : Introduzione al problema: Aspetti generali e istituzionali delle Biotecnologie. Knowledge science: Biotecnologie ed ICT rapporto fra conoscenza ed innovazione. Il ruolo delle istituzioni nazionali ed internazionali nella regolazione dello sviluppo Biotecnologico: l'atteggiamento della UE, FAO, WTO, OCDE. Breve storia delle Biotecnologie: casualità , causalità e determinismo: implicazioni economiche del progresso delle conoscenze biotecnologiche. Biotecnologie ed economia: opportunità di business, vincoli ambientali ed etici delle applicazioni biotecnologiche. La protezione dei diritti di proprietà delle scoperte biotecnologiche: brevettazione dei prodotti transgenici. Progresso tecnico ed organizzazione industriale del settore biotech. Paradigmi del progresso tecnologico: Stilizzazione del PT e frontiera di produzione. Tecnologie: combinazione dei fattori nella produzione biotech: tecnologie capitale intensivo e lavoro-intensivo. Implicazioni del ciclo innovativo: ricerca di base, ricerca applicata, diffusione, applicazione. Vantaggi competitivi: economie di scala, struttura e condotte di mercato. Progresso dell'industria biotech: Effetto spinta tecnologica e traino della domanda: casi di studio. Analisi di settori biotecnologici promettenti. Produzioni vegetali ed animali, medico-farmaceutico, chimico, energie rinnovabili. Uso di organismi vegetali modificati per produzioni multiple. Organizzazione dell'impresa nel settore biotech. Sfruttamento delle opportunità biotech: network organization e la catena del valore. Tipologie di aziende per la gestione del rischio e della innovazione biotech. Analisi dei costi aziendali e finanziari: approccio di breve e lungo periodo. Lettura del bilancio: stato patrimoniale e conto economico, cash flow, indicatori strutturali e di redditività . Progettazione dell'impresa per l'innovazione biotech. Tecniche di Business Plan per la redazione del progetto biotecnologico: idea, progetto, analisi tecnica, mercato e ciclo di vita del prodotto. Analisi economica e finanziaria dei progetti: Project cycle management e Project financiang. Modalità di Preparazione di progetti per finanziamenti privati e pubblici. Farmacologia e tossicologia Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso : Fare acquisire allo studente le competenze per la comprensione: a) delle modalità con cui i farmaci agiscono nell'organismo umano b) delle modalità con cui i farmaci si muovono nell'organismo umano 2. Programma del corso : Definizione di recettore Curva dose-effetto Agonismo ed antagonismo Classificazione dei recettori, modalità di trasmissione degli stimoli ed esempi di farmaci agonisti ed antagonisti. Pompe e trasportatori ed esempi di farmaci agonisti ed antagonisti. Antibiotici, antivirali, antineoplastici Farmacocinetica: vie di somministrazione , distribuzione, metabolismo ed escrezione dei farmaci Metodi di studio della farmacocinetica, parametri farmacocinetici e variabilità farmacocinetica interindividuale in rapporto alla fisiopatologia Interazioni farmacocinetiche Farmacogenetica Nanotecnologie e farmaci Farmaci biotecnologici Tossicità da farmaci Sperimentazione pre-clinica e clinica dei farmaci tradizionali e biotecnologici Farmaci generici e biosimilari 3. Testi consigliati : Dispense e articoli forniti dal docente a lezione. Farmacologia generale e clinica per le lauree sanitarie. Ed. Piccin, Padova Farmacocinetica: utilità nella pratica clinica quotidiana. Ed. Seed, Torino Mario Furlanut. Federico Pea. Fisica 3 Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso Lo scopo centrale del corso è quello di introdurre i concetti fisici e la modellisticadi base necessaria ad affrontare lo studio fisico dei sistemi biologici al fine di chiariree precisare gli obbiettivi e il tipo di contributi che tale approccio può dare. A tale scopo, nella prima parte del corso verranno introdotti i concetti base di termodinamica e meccanica statistica necessari ad per lo studio dei sistemi complessi. Di seguito, dopo una breve trattazione delle proprietà statistiche di catene molecolari disordinate, verranno discusse ed analizzate le problematiche fisiche riguardanti le simulazioni numeriche riguardanti due argomenti principali: a) il Protein Folding; b) transizioni helix-coil e zipping nel DNA. 2. Programma del corso • Richiami di Termodinamica: Prima e seconda Legge della Termodinamica, Energia interna, Entropia e loro significato. • Fondamenti di Meccanica Statistica: Statistica e microstati e nozione di insiemistatistici. Insiemi Microcanonico e Canonico, funzione di partizione e semplici applicazioni degli insiemi. Insieme Grancanonico. • Statistica di catene molecolari: Freely jointed chain (random walk) e distribuzione di probabilità della distanza end-to-end e distribuzione radiale. Freely rotating chain:distanza end-to-end. Effetti di volume escluso. • Proteine e Protein Folding: Composizione e struttura delle proteine. Struttura secondaria e stato nativo di una proteina. Caratteristiche del processo di folding. Specificità del folding e transizione di folding. Modelli "minimalisti" (su reticolo) per il protein folding. Metodo Monte Carlo. Cinetica del protein folding e profilo • dell'energia libera. Modello a due stati. Analisi delle varie caratteristiche della transizione di folding in un modello su reticolo. La dinamica molecolare e dinamica delle macromolecole biologiche. Analisi di un programma per la dinamica molecolare di macromolecole biologiche. • Cambiamenti strutturali nel DNA: Caratteristiche generali della struttura del DNA. Introduzione a modelli computazionali per la denaturazione e l'unzipping del DNA basati su polimeri e co-polimeri. Il modello zipper: dalla transizione helix-coil allo zipping del DNA. 4. Testi di studio • C. R. Cantor and P. R. Schimmel, Biophysical Chemistrry, W. H. Freeman and Company, San Francisco 1980 • B. Nolting, Methods in Modern Biophysics, Springer & Verlag, NewYork 2003 • Note complete del corso in formato pdf : Fisica applicata Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso biochimica e biotecnologica. : Acquisizione di conoscenze di metodi analitici di rilevanza 2. Programma del corso : Spettrometria di massa : Richiami teorici di elettromagnetismo. Campi di applicazione della spettrometria di massa. Applicazioni di interesse biotecnologico. Massa molecolare, definizione ed accuratezza. Massa molecolare nominale, media e monoisotopica. Distribuzione isotopica naturale e utilizzazione in spettrometria di massa. Lo spettrometro di massa. Iniezione diretta, per via cromatografica e per via elettroforetica. Metodi di ionizzazione. Metodi di ionizzazione soft. Analizzatori a settore magnetico o quadrupolo, analizzatore TOF, analizzatore a risonanza ciclotronica. Strumenti a doppio o multiplo quadrupolo e spettrometria di massa tandem o massa-massa. L'importanza delle metodiche di ionizzazione soft in analisi di biopolimeri. Ionizzazione elettrospray. Tecnica nanospray. Dettagli su ionizzazione MALDI. Lo spettrometro MALDI-TOF. Metodi di analisi massa-massa. Scansione di ioni prodotto o precursore. Scansione a perdita neutra costante. Sequenziamento peptidico. Identificazione di proteine. Proteomica. Risoluzione in spettrometria di massa. Applicazioni a biopolimeri per determinazioni strutturali e funzionali della spettrometria di massa : Oggetto e motivazione della ricerca proteomica. Dimensioni del problema ed efficienza operativa. Proteomica strutturale e funzionale. Metodiche analitiche. Elettroforesi 2D (focalizzazione isoelettrica e SDS PAGE). Gradienti di pH, interfacciamento con gel e migrazione elettroforetica. Accorgimenti per solubilizzazione e condizioni riducenti. Analisi di mappe 2D e proteomica quantitativa. Metodi alternativi. ICAT e MCAT. Separazioni Multidimensionali. Prefrazionamento elettroforetico o cromatografico. Protein Chip. Determinazione di modificazioni posttraduzionali mediante spettrometria di massa. Applicazioni analitiche biomediche. Spettroscopia NMR : Generalità sul magnetismo. Correnti in spire e momento di dipolo magnetico. Interazione momento-campo magnetico. Forza di Lorentz. Nuclei e momento magnetico di spin nucleare.Descrizione classica. Precessione ed equazione di Larmor. Rapporto giromagnetico. Descrizione quantomeccanica. Quantizzazione del momento angolare di spin nucleare e del momento di dipolo magnetico nucleare. Transizioni e regole di selezione. Magnetizzazione macroscopica longitudinale e trasversale. Coerenza di fase e segnale NMR. Campionamento di segnale e trasformata di Fourier. Eccitazione NMR e impulsi di radiofrequenza. Sistema di riferimento rotante e di laboratorio. Equazioni di Bloch e costanti di rilassamento T 1 e T 2 . FID. Intensità del segnale NMR. Chemical shift e natura chimica. Chemical shift di biopolimeri. Chemical shift limite e contributi di struttura secondaria e terziaria. Chemical Shift Index. Accoppiamento scalare. Molteplicità ed accoppiamento scalare. Accoppiamento scalare forte. Accoppiamento dipolare. Chemical shift isotropo e MAS. Scambio chimico. Regimi di scambio ed effetti su chemical shift e costanti di accoppiamento scalare. Rilassamento longitudinale e trasversale. Misura di T 1 e T 2 . Mobilità molecolare e rilassamento. Funzione di autocorrelazione e densità spettrale. Effetto Overhauser nucleare (NOE) e sua misura per inversione selettiva o saturazione selettiva. NOE, mobilità molecolare e struttura spaziale. NOE eteronucleare. Applicazioni a biopolimeri per determinazioni strutturali e funzionali della spettroscopia NMR : Spettroscopia NMR multidimesionale. Campionamento discreto e frequenza di campionamento. Acquisizione discreta indiretta nella seconda dimensione. Trasformata in due dimensioni. Spettri 2D omonucleari ed eteronucleari. Concetto di correlazione o connettività . Correlazioni scalari e dipolari. Spettri di tipo COSY. Pattern COSY di amminoacidi e nucleotidi ed identificazione dei sistemi di spin. COSY con filtri quantici multipli. TOCSY. Struttura fine di cross-peak . Correlazioni dipolari e spettri NOESY. Assegnazione sequenziale. Correlazioni dipolari e struttura molecolare. Riconoscimento di struttura secondaria di proteine. Struttura secondaria ed assegnazione sequenziale. Scambio isotopico: Applicazioni classiche dello scambio isotopico a proteine. Meccanismi di scambio isotopico per polipeptidi. Catalisi acida e basica. La costante di scambio complessiva, k ex . Valori tipici di k ex . Dipendenza dalla temperatura. Dipendenza dal pH. Effetti della sequenza sulle velocità di scambio. Contributo di struttura secondaria e terzaria. Fattore di protezione. Scambio in polipeptidi destrutturati. Scambio in polipeptidi strutturati. Meccanismo dell'apertura locale. Regimi limite di scambio EX1 e EX2. Velocità di scambio correlate e non. Costanti fenomenologiche di scambio e stabilità termodinamica locale. Misure di scambio isotopico. Incorporazione di 3 H. Metodo IR. Massa ridotta e frequenze di assorbimento IR. La banda ammide II. Metodi di spettrometria di massa. Scambio isotopico e frammentazione proteolitica. Tarature e retroscambio. Distribuzione di pattern isotopici. Condizioni di misura e distribuzioni bimodali. Misure di scambio isotopico mediante NMR. Applicazioni per studi funzionali. Surface Plasmon Resonance : Il concetto di biosensore e la base fisica della SPR. Lo strumento BIAcore e suo principio di funzionamento. Riflessione interna totale. La rifrazione e l'indice di rifrazione. La matrice e l'immobilizzazione del ligando. Applicazioni SPR per la misure cinetiche e termodinamiche. 3. Testi di studio : Testo consigliato: P.W. ATKINS, J. DE PAULA - ELEMENTI DI CHIMICA FISICA - Terza edizione italiana - ISBN 978-8808-1-9285-1 Materiale didattico on-line Fisiologia vegetale Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : La Fisiologia Vegetale studia i processi vitali delle piante, cioè la sequenza naturale e ciclica di eventi finemente regolati ed integrati che rendono possibile il mantenimento delle caratteristiche interne (omeostasi) delle piante e la loro perpetuazione. La pianta è, infatti, un sistema dinamico che prende energia da semplici molecole inorganiche dell'ambiente fisico che la circonda per assemblare complesse strutture chimiche, che le conferiscono una specifica identità . Più semplicemente, la Fisiologia Vegetale studia il modo con cui le piante usano l'energia del sole per assimilare il carbonio, convertendola nella materia di cui sono formate, e come assorbono e distribuiscono l'acqua e i nutrienti, come si accrescono e si sviluppano, rispondono all'ambiente, reagiscono agli stress e si riproducono. Lo scopo del corso è quello di fornire allo studente gli approfondimenti essenziali per il completamento della sua preparazione nel campo della biologia vegetale. Oltre alla considerevole importanza teorica della conoscenza di come le piante vivono e funzionano, la fisiologia vegetale assume un ruolo centrale per le numerose implicazioni che essa ha in diversi settori disciplinari come, ad esempio, il miglioramento genetico delle piante, la biologia molecolare, la farmacologia, la patologia vegetale e, comunque, con tutti gli altri settori della botanica applicata. Lo studio di questa disciplina, pertanto, comporta una serie stimoli intellettuali e tecnologici importanti per chi manifesti delle curiosità nel settore dell'applicazione di nuove tecnologie della biologia vegetale. 2. Programma del corso : 1. La fisiologia delle piante: 1.1 che cos'è la fisiologia vegetale; 1.2 linee di indagine; 1.3 complessità dei processi fisiologici; 1.4 uso delle conoscenze fisiologiche nel miglioramento delle produzioni vegetali; 1.5 un'arte che diventa scienza: le biotecnologie. 2. La pianta come sistema termodinamico organizzato: 2.1 sistemi termodinamici; 2.2 la pianta ed il primo principio della termodinamica; 2.3 il secondo principio della termodinamica e validità per la pianta. 3. La pianta come macchina chimica che si autoregola ed autoforma: 3.1 la pianta e la macchina; 3.2 energia di esecuzione e di comando; 3.3 principio della retroazione ed interazione; 3.4 l'autoregolazione e l'autoformazione della pianta. 4. L'organizzazione della pianta: 4.1 struttura della parete primaria; 4.2 le membrane plasmatiche; 4.3 basi cellulari della crescita e della morfogenesi. 5. L'omeostasi dell'ambiente interno: 5.1 definizioni; 5.2 meccanismi omeostatici; 5.3 omeostasi osmotica: acqua, funzione e proprietà , potenziale, diffusione e osmosi, regolazione del turgore, traspirazione e bilancio idrico, concetto di sistema suolo-acqua-atmosfera, movimento dell'acqua nella radice, attraverso il sistema vascolare del fusto e nella foglia, composizione del liquido xilematico; 5.4 omeostasi ionica: la permeazione; 5.5 fenomeni di trasporto e forze agenti; 5.6 trasporto in forma libera (passivo semplice e migrazione in canali membranali); 5.7 trasporti mediati: trasporto passivo facilitato, trasporto primario attivo e trasporto attivo secondario; 5.8 processi redox nelle membrane plasmatiche in relazione al trasporto di soluti; 5.9 trasporto mediante vescicole; 5.10 trasporto transcellulare; 5.11 regolazione del trasporto cationi, anioni, amminoacidi, glucidi, ormoni e altre molecole attive, regolazione del pH intracellulare; 5.12 omeostasi termica. 6. Produzione e traslocazione floematica dei fotosintetati: 6.1 esportazione di fotosintetati dal cloroplasto, permeasi dei trioso-fosfati; 6.2 risposte fotosintetiche delle foglie intere e loro relazione con l'ambiente; 6.3 vie di traslocazione; 6.4 sostanze traslocate nel floema; 6.5 velocità di movimento; 6.6 caricamento e scaricamento del floema; 6.7 meccanismi di traslocazione floematica; 6.8 allocazione e distribuzione dei fotosintetati. 7. Crescita e differenziamento della pianta: 7.1 fisiologia dello sviluppo del seme; 7.2 crescita della pianta intera; 7.3 cinetica dell'accrescimento e indici di crescita; 7.4 crescita vegetativa e processi di riparazione delle ferite; 7.5 crescita in carenza di ossigeno e teorie della tolleranza delle piante alla sommersione. 8. Regolazione della crecita e del differenziamento: 8.1 risposte cellulari rapide all'auxina e regolazione della crescita; 8.2 regolazione intracellulare: influenze ereditarie, attivazione e repressione di geni; 8.3 regolazione intercellulare: messaggeri chimici di collegamento di parti differenziate della pianta, recettori ormonali, caratteristiche del sistema ormonale delle piante; 8.4 auxine, gibberelline, citochinine, acido abscissico, etilene e brassinolidi; 8.5 metodi di saggio chimico e biologico delle sostanze ormonali, struttura chimica biosintesi e metabolismo, trasporto e traslocazione, effetti fisiologici, meccanismo molecolare di azione e sito bersaglio; effetti fisiologici delle poliammine, acido jasmonico, acido salicilico e melatonina (indolamina); oligosaccaridi come molecole segnale, ruolo dello ione calcio come secondo messaggero; 8.6 fattori esogeni di regolazione della crescita e del differenziamento: luce e gravità : fotomorfogenesi, fitocromo, fotoperiodismo, fototropismi, controllo della luce sull'espressione dei geni delle piante; gravitropismi e ruolo dello ione calcio nella percezione e trasduzione di segnali gravitropici; tigmotropismi, nastie. 9. Senescenza ed abscissione: 9.1 crescita e differenziamento riproduttivo: differenziamento del frutto e maturazione, ruolo dello ione calcio nella maturazione, controllo della maturazione; 9.2 regolazione metabolica nella senescenza; 9.3 biologia cellulare dell'abscissione; 9.4 aspetti biochimici dell'abscissione; 9.5 induzione dell'abscissione; 9.6 radicali liberi, invecchiamento e malattie. 3. Testi consigliati : Taiz, Zeiger, Fisiologia Vegetale, Piccin, Padova, 1996. A. Alpi, P. Pupillo, C. Rigano, Fisiologia delle Piante, Società Editrice Scientifica Napoli. F.B. Salisbury, C.L. Ross, Fisiologia Vegetale, Zanichelli, Bologna, 1995. Fisiologia veterinaria e molecolare (corso integrato) Docente: Crediti: 6 1. Obiettivi del corso : Il programma tende a far acquisire i principali concetti di fisiologia generale della cellula e gli aspetti più importanti degli apparati. Modulo I: Fisiologia generale Si propone di fornire le basi teoriche dei principali meccanismi di funzionalità della cellula, dei tessuti, degli organi ed apparati, specie in relazione alle loro origini molecolari. Modulo II: Fisiologia molecolare Intende sviluppare le principali tecnologie utilizzate nell'indagine dei meccanismi di azione degli ormoni steroidei, tiroidei e proteici; i legami e le interazioni tra recettori ormonali e DNA; i meccanismi di azione degli ormoni nel modulare l'espressione genica nelle cellule bersaglio. 2. Programma del corso : I modulo: Fisiologia generale (CFU 3) Neurofisiologia Sistema cardiovascolare Funzioni gastro intestinali Sistema endocrino Riproduzione e lattazione Sistema renale Sistema respiratorio II modulo: Fisiologia molecolare (CFU 2) Scambi di membrana Comunicazioni cellulari chimiche ed elettriche Struttura e funzione della membrana cellulare Potenziale transmembranario, equazione di Nerst, equazione di Goldman Canali dipendenti dal voltaggio o da legame chimico Conduzione del potenziale di azione nella cellula nervosa Meccanismi di azione degli ormoni Espressione genica 3. Testi di studio : - Baulieu E.E., Kelli P.A., Hormones - Hormonal Control of Growth , Oxford University Press - Endocrinology - Prentice-Hall International Inc. - Dukes, Idelson Gnocchi, Fisiologia degli Animali Domestici . - Rindi, Manni, Fisiologia Umana , UTET. Tortora, B.H. Derrickson, Principles of Anatomy and Physiology , XI Edition by Gerard J. Oystein. - Sjaastad, Physiology of Domestic Animals , Scanvetpress. - Sadava, Life: the Science of Biology , VIII ed., Co-published with W.H. Freeman and Company. - Senger P.L., Pathways to Pregnancy and Parturition , Cadmus Professional Communication. - Poli A., Fisiologia degli animali domestici , Zanichelli. Fisiopatologia e immunologia (corso integrato) Docente: Crediti: 9 I modulo: Anatomia patologica (CFU 2) : pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. 1. Programma del corso Programma non II modulo: Patologia generale 1 (CFU 2) : pervenuto, rivolgersi direttamente al docente. 1. Programma del corso Programma non III modulo: Patologia generale 2 (CFU 5) : 1. descrizione del modulo Il modulo si propone di introdurre lo studente allo studio dell'immunologia molecolare e cellulare. Saranno inoltre trattati gli aspetti fondamentali della risposta immune innata e specifica contro le infezioni, e i principali aspetti fisiopatologici delle ipersensibilità e dell'autoimmunità . Saranno infine presi in considerazione alcuni modelli sperimentali in immunologia e le principali tecniche immunochimiche e immunocitologiche utili allo studio del sistema immunitario. I contenuti del corso sono di livello intermedio. Lo studente affronterà il corso con un bagaglio di conoscenze propedeutiche di chimica, biochimica, biologia molecolare e cellulare acquisite nei rispettivi corsi di base. 2. obiettivi del corso Introdurre lo studente allo studio ed alla conoscenza dei meccanismi molecolari e cellulari responsabili delle difese dell'organismo al danno e alle infezioni; descrivere i principali meccanismi patogenetici di natura immunologica; presentare allo studente alcuni modelli sperimentali della ricerca biotecnologica di interesse immunologico. Al termine del corso lo studente dovrà dimostrare di avere acquisito le conoscenze necessarie per la comprensione critica dei fenomeni immunitari di base e delle applicazioni biotecnologiche in campo immunologico. 3. Programma del modulo 1. Introduzione ai concetti di infezione, interazioni ospite-parassita ed immunità Principali caratteristiche delle difese innate ed acquisite 2. Teoria della selezione clonale Meccanismi di riconoscimento dell'immunità naturale 3.Il complemento: attivazione e meccanismi effettori 4. Regolazione dell'attivazione del complemento e deficit complementari; risposte innate cellulomediate: la fagocitosi 5. L'infiammazione: generalità , fenomenologia ed effetti clinici; l'infiammazione cronica 6. Innesco e meccanismi effettori nel processo infiammatorio 7. Mediatori chimici ed effetti sistemici dell'infiammazione 8. L'immunità specifica: gli antigeni, la struttura molecolare degli anticorpi e le interazioni antigene-anticorpo 9. Il riconoscimento dell'antigene da parte dei linfociti T: la restrizione MHC 10. Generazione somatica della diversità anticorpale: organizzazione dei loci e meccanismi molecolari della ricombinazione 11. Generazione somatica della diversità anticorpale: ipermutazione e scambio di isotipo Organizzazione dei loci per le catene del TCR 12. Maturazione e differenziamento centrale dei linfociti B 13. Maturazione e differenziamento centrale dei linfociti T 14. Trasmissione dei segnali nelle cellule del sistema immunitario 15. I geni e le proteine del complesso maggiore di istocompatibilità (MHC); processamento degli antigeni e generazione dei complessi peptide:MHC I e II 16. Organi linfoidi e maturazione periferica dei linfociti 17. Innesco delle risposte specifiche cellulomediate 18. Maturazione dei linfociti T effettori 19. Meccanismi effettori dell'immunità umorale 20. Meccanismi della risposta immunitaria alle infezioni 21. L'immunità delle mucose; deficienze secondarie della risposta immunitaria 22. Ipersensibilità ed allergie; autoimmunità 23. Modelli di studio e sistemi sperimentali in immunologia 24. Principi ed applicazioni delle maggiori tecniche immunochimiche ed immunocitologiche 25. Immunologia dei tumori 4. Testi consigliati Per una lettura introduttiva e come testo di riferimento di base : “Alberts”: B. Alberts et al., Molecular Biology of the Cell, Fifth Edition, Garland Science Publishing, 2008 (in particolare i capitoli 24 e 25); (Edizione italiana dalla 4a americana: BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA 4a Ed., Zanichelli, 2004) Testo principale : “Janeway” : K Murphy et al., Janeway's Immunobiology, Seventh Edition, Garland Science Publishing, 2008 (Edizione italiana dalla 6a americana: “IMMUNOBIOLOGIA, IL SISTEMA IMMUNITARIO IN STATO DI SALUTE E MALATTIA” a cura della Piccin, 2006) Fisiopatologia: applicazioni mediche alle biotecnologie (corso integrato) Docente: Crediti: 8 1. Obiettivi formativi specifici del corso integrato : Il corso intende fornire agli studenti conoscenze fondamentali della biochimica sistematica, dell'immunologia, della fisiologia e della patologia umana mediante l'apprendimento di concetti di base. In particolare verranno fornite conoscenze: 1) di biochimica, riguardanti l'integrazione ormonale del metabolismo energetico, 2) di immunologia, per una panoramica dei meccanismi molecolari e cellulari alla base della risposta immunitaria, 3) di fisiologia, per fornire una visione d'insieme del funzionamento dei sistemi integrati dell'organismo e 4) di patologia, per la comprensione delle alterazioni indotte negli organismi dagli stimoli lesivi e delle risposte dell'organismo al danno. Modulo 1: Fisiologia (CFU 4) Programma non pervenuto, rivolgersi direttamente al docente Modulo 2: Immunologia (CFU 1) 1. Programma del modulo - L'organizzazione generale del sistema immunitario - I recettori dei linficiti B e T e il riconoscimento dell'antigne L'elaborazione dell'antigene e la presentazione ai linfociti T: -- L'attivazione dei linfociti T helper -- L'attivazione dei linfociti T citotossici -- L'attivazione dei linfociti B e la secrezione degli anticorpi - La citotossicità da cellule natural killer (NK) - Gli organi centrali e periferici del sistema immune - La tolleranza immunologica - I meccanismi effettori delle risposte immuni: -- Il sistema del complemento -- Le citochine -L'immunità nelle difese antiinfettive - Esempi di tecniche immunologiche utilizzate in laboratorio Modulo 3: Patologia (CFU 2) 1. Programma del modulo Omeostasi. Concetto di malattia molecolare Le alterazioni del metabolismo dei carboidrati: il modello del diabete Le alterazioni del metabolismo dei lipidi: il modello dell'ipercolesterolemia familiare Le patologie multifattoriali: il modello dell'aterosclerosi Le alterazioni del metabolismo del ferro: emocromatosi Le alterazioni del metabolismo delle proteine. Emoglobinopatie, prioni, Morbo di Alzheimer, fibrosi cistica. Le alterazioni del metabolismo delle basi puriniche e pirimidiniche: il modello della gotta Modulo 4: Biochimica clinica (CFU 1) 1. Programma del modulo Regolazione ormonale del metabolismo : Il sistema endocrino. Le principali ghiandole a secrezione endocrina. La gerarchia ormonale e la regolazione a feedback dell'attività ormonale. Gli ormoni: natura chimica e classificazione. Basi molecolari dell'azione ormonale : Recettori di membrana e recettori citosolico-nucleari. I "secondi messaggeri" intracellulari (cAMP, IP3, DAG, Ca++). Le integrazioni metaboliche : La regolazione ormonale del metabolismo: ruolo di insulina, glucagone e adrenalina. La regolazione del metabolismo glucidico (glicolisi, gluconeogenesi, glicogenolisi e glicogenosintesi) nello stato di alimentazione e di digiuno. La regolazione del metabolismo lipidico (lipolisi e lipogenesi) nello stato di alimentazione e di digiuno. Il ruolo delle lipoproteine plasmatiche. La regolazione del metabolismo proteico. Applicazioni mediche delle biotecnologie : Proteine ricombinanti di interesse biomedico. Sintesi di proteine terapeutiche mediante le tecniche del DNA ricombinante: scelta del sistema di espressione, della via e delle modalità di somministrazione. L'insulina ricombinante di prima e seconda generazione. Fitodiagnostica molecolare (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. obiettivi del corso : Il corso è prevalentemente pratico e si prefigge di mettere lo studente in condizione di comprendere le caratteristiche, le potenzialità ed i limiti delle principali metodiche utilizzate in generale per la diagnostica molecolare ed in particolare in patologia vegetale per la diagnosi delle malattie causate da batteri e crittogame. 2. Programma del corso : Parte teorica: Elementi di diagnostica Introduzione alla diagnostica ed alla certificazione fitopatologia. Caratteristiche dei patogeni rilevanti per la diagnosi molecolare. Comparazione dei metodi diagnostici comunemente usati in patologia vegetale. Estrazione del DNA: aspetti pratici e critici. Amplificazione del DNA: aspetti pratici e critici. Metodologie innovative per la diagnosi molecolare. Nanobiotecnologie per la diagnostica. Parte pratica: Sviluppo di un sistema diagnostico Isolamento e coltivazione di patogeni. Estrazione del DNA, visualizzazione e quantificazione. Amplificazione e sequenziamento di un gene con potenzialità diagnostiche. Uso di banche dati di sequenze. Allineamento di sequenze e sviluppo di iniziatori specifici e loro saggio con metodi bioinformatici. Sviluppo di un sistema di amplificazione specifico. Ottimizzazione dell'amplificazione. Verifica della sensibilità e della specificità del metodo. Analisi critica dei risultati ottenuti. 3. Testi consigliati http://muffa.uniud.it/ ) : Appunti del corso presenti sul sito del corso (web: Genetica 2 (corso integrato) Docente: Crediti: 6 Modulo 1 (CFU 3) : 1. Programma del corso : Genetica di popolazione. Genetica quantitativa. Genetica evolutiva. Elementi trasponibili. Cenni di genomica: strutturale e funzionale. Laboratorio: banche dati di sequenze, metodi di analisi e recupero sequenze, isolamento di geni, PCR, sequenziamento di DNA, identificazione SNP. 2 . Testi consigliati : P.J. Russel, Genetica, Ed. EdiSES (2002). Griffiths, Miller, Suzuki, Lewontin, Gelbart, Genetica. Principi di analisi formale, Zanichelli, 2002. T.A. Brown, Genomi 2, Ed. EdiSES, 2003. Modulo 2 (CFU ) : 1. Contenuti del corso : Il corso tratta le tematiche riguardanti la trasmissione dei caratteri ereditari dell'uomo con particolare riferimento: 1) agli aspetti molecocolari alla base delle malattie ereditarie; 2) alle tecniche di isolamento ed identificazione dei geni malattia dell'uomo; 3) agli aspetti applicativi delle biotecnologie per la diagnosi e prevenzione delle malattie ereditarie. 2. Obiettivi del corso : Far comprendere allo studente gli aspetti tecnici più problematici e la richiesta di innovazione tecnologica che accompagnano: la diagnosi molecolare di patologie a base genetica e quindi ereditarie; l'individuazione di portatori sani di mutazione; la necessità e possibilità di interventi terapeutici per patologie ereditarie dell'uomo. 3. Programma del corso : Concetti generali Di cosa si occupa la Genetica Umana Genetica e Medicina Classificazione delle malattie a base genetica: Monofattoriali e multifattoriali Gli alberi genealogici nella valutazione dell'ereditarietà dei caratteri dell'uomo: eredità autosomica dominante e autosomica recessiva eredità X-linked dominante ed X-linked recessiva Analisi di linkage e polimorfismi del DNA Siti marcatori e strategie di clonaggio dei geni umani: walking e jumping cromosomico shut-gan sequencing e banche dati nel progetto genoma umano Genetica molecolare delle principali malattie monofattoriali: perdita di funzione di una proteina acquisizione di funzione tossica di una proteina acquisizione di funzione tossica dell'mRNA alterato dosaggio genico (duplicazione ed aploinsufficienza) amplificazione di triplette alterazione dell'imprinting e disomia uniparentale Mutazioni del DNA mitocondriale eteroplasmia ed eredità matrilineare Tecnologie e strategie applicate alla diagnosi molecolare di malattie ereditarie monogeniche ed ai portatori sani di mutazione (esempi) RFLP, SSCP e sequenziamento Strategie di discriminazione allelica: Ibridazione allele-specifica, PCR allele-specifica (ASO), oligonucleotidi Strategici in PCR Strategie di dosaggio genico: Real-time PCR ed MLPA (tipologie, applicabilità , vantaggi e limiti delle metodiche) Strategie di sizing: VNTR, southern blot Cenni di diagnosi prenatale Cenni di Genetica dei tumori Mutazioni somatiche e germinali in oncologia umana Oncogeni Geni oncosoppressori Cooperazione oncogenica Ereditarietà dei tumori Geni coinvolti nelle principali neoplasie ereditarie Basi molecolari dello sviluppo embrionale (cenni) Modelli animali per lo studio del ruolo dei geni nello sviluppo embrionale Segnali intercellulari, recettori, fattori di trascrizione Il differenziamento cellulare: meccanismi di trascrizione tessuto-specifica Geni Hox Geni Pax Basi molecolari dello sviluppo degli arti Basi molecolari della cardiogenesi 3. Esercitazioni : - Estrazione di DNA genomico da linee cellulari in coltura (HeLa o CD5A o CE11560). Digestione enzimatica del DNA gnomico estratto e di un plasmide con enzima di restrizione a sei basi. Visualizzazione delle bande e dello smear genomico mediante elettroforesi su gel d'agarosio. - Applicazione diagnostica di una delle strategie illustrate nelle lezioni frontali e in particolare: discriminazione allelica di singola point-mutation per PCR con oligonucleotidi strategici, digestione enzimatica ed elettroforesi su gel d'agarosio. Interpretazione diagnostica dei risultati ottenuti. 4. Testi consigliati : Thompson & Thompson - Genetica in Medicina -Idelson-Gnocchi Editore Jack J. Pasternak - Genetica Molecolare Umana - Zanichelli Genetica animale Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Introduzione alla Genetica. Identificazione del materiale genetico: gli esperimenti di Griffith, Avery, Hershey-Chase. La replicazione del DNA. Espressione genica: trascrizione. Organizzazione molecolare del gene: esoni e introni. Espressione genica: traduzione. Il codice genetico. Le leggi di Mendel: segregazione indipendente. Le leggi di Mendel: l'assortimento indipendente. Alberi genealogici umani. La teoria cromosomica dell'eredità ; concordanza tra meiosi e mendelismo; eredità associata ai cromosomi sessuali. Estensioni della genetica mendeliana: rapporti mendeliani atipici; alleli multipli; interazioni tra geni; geni letali; interazione genotipo-ambiente. Le mappe genetiche negli eucarioti. Ricombinazione meiotica e mitotica. Mappe genetiche e ricombinazione in batteri e fagi: trasformazione, coniugazione, trasduzione. Eredità non mendeliana. Le mutazioni geniche: individuazione ed analisi delle mutazioni in vari sistemi biologici. Mutazione e riparo del DNA. Le mutazioni cromosomiche di struttura e di numero. Genetica quantitativa. 2. Programma del corso : 3.1 Carateri medeliani di significato zootecnico e veterinario Estensioni del mendelismo 3.2 Principi di genetica molecolare 3.3 Manipolazioni cromosomiche 3.4 Manipolazioni geniche Analisi del DNA Marcatori genetici Mappatura del genoma Analisi e regolazione dell'espressione dei geni Proteomica 3.5 Produzione di animali transgenici Identificazione degli animali transgenici Modelli animali 3.6 Malattie di origine genetica Malattie monogeniche Eredità multifattoriale Controllo delle malattie Analisi del pedigree Test degli accoppiamenti Stima dei rischi di ricorrenza Terapia genica Epidemiologia medica e veterinaria Immunogenetica Farmacogenetica 3.7 Genetica dei caratteri quantitativi 3.8 Salvaguardia genetica delle piccole popolazioni 3. esercitazioni : Esercitazioni di laboratorio sui marcatori genetici computer (aula multimediale) Esercitazioni al 4. Testi consigliati : Nicholas F.W. (1996) Introduction to Veterinary Genetics, Oxford University Press,UK. Khoury M.J.; Little J.; Burke W. (2004) Human Genome Epidemiology. Oxford University Press, UK Falconer D.S. (1989) Introduction to Quantitative Genetics, Longman, London Pagnacco G. (1997) Genetica applicata alle produzioni animali, Ambrosiana Casa Editrice, Milano D'Agaro E., Principi e tecniche di miglioramento genetico degli animali domestici, Università di Udine Immunologia Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso : Il corso si propone di introdurre lo studente allo studio dell'immunologia molecolare e cellulare. Verranno inoltre trattati gli aspetti fondamentali della risposta immune contro le infezioni, della fisiopatologia delle allergie, del rigetto dei trapianti e dell'autoimmunità . Verranno infine presi in considerazione i principali modelli sperimentali in immunologia e le principali tecniche immunochimiche ed immunocitologiche utili allo studio del sistema immunitario. Durante il corso gli studenti verranno invitati a leggere alcuni articoli dalla letteratura scientifica corrente inerenti agli aspetti biotecnologici ed applicativi della materia, e verranno invitati a presentarne il contenuto in classe per la discussione critica con il docente. I contenuti del corso sono di livello intermedio ed avanzato. 2. Programma del corso : Relazioni ospite-parassita: introduzione ai concetti di infezione protezione e immunità . Le difese dell'organismo: strategie di riconoscimento dei segni di infezione e risposte innate ed acquisite. Strategie di riconoscimento dell'immunità innata: PAMPs microbici e PRRs; riconoscimento del self mancante; riconoscimento del self indotto o alterato. Difese innate e meccanismi effettori dell'immunità naturale: risposte naturali umorali e cellulomediate. Il Complemento: riconoscimento ed attivazione. Antigeni, anticorpi e riconoscimento antigene-anticorpo. Proteine MHC e riconoscimento dell'antigene da parte del recettore per l'antigene dei linfociti T (TCR). Generazione della diversità anticorpale: organizzazione dei loci lamda, kappa ed H codificanti per le catene leggere e pesanti degli anticorpi e loro ricombinazione somatica. Generazione della diversità anticorpale: ipermutazione e scambio isotipico. Organizzazione e ricombinazione ai loci per il TCR. Maturazione e differenziamento centrale dei linfociti B. Maturazione e differenziamento centrale dei linfociti T. Trasmissione dei segnali nelle cellule del sistema immunitario. I geni e le proteine del complesso maggiore di istocompatibilità ( MHC ). Processamento degli antigeni e generazione dei complessi peptide: MHC I e II. Organi linfoidi secondari: struttura istologica ed homing e maturazione dei linfociti. Innesco delle risposte specifiche cellulomediate. Meccanismi effettori dell'immunità cellulomediata: cellule CTL, TH1 e TH2. Meccanismi effettori dell'immunità umorale. Meccanismi della risposta immunitaria alle infezioni. Deficienze della risposta immunitaria. Ipersensibilità . Tolleranza e autoimmunità . Modelli di studio e sistemi sperimentali in immunologia. Principi ed applicazioni delle principali tecniche immunochimiche ed immunocitologiche. 3. Testi di studio : Si consiglia la lettura (propedeutica al corso) dei capitoli 24 e 25 della IV edizione dell'Alberts (Alberts B. et al., Biologia molecolare della cellula , IV edizione, Zanichelli, 2004). Testi principali, uno tra: - Janeway et al., Immunobiology , VI edition, Garland Science, 2005. - Goldsby et al., Immunology , V edition, W.H. Freeman, 2003. Introduzione alla biologia (a scelta) Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso : Con il termine Biologia si comprende l'insieme delle discipline che studiano i fenomeni legati alla manifestazione della vita. Gli organismi viventi sono strutture materiali ben delimitate, costituite da un insieme integrato di parti o organi definiti che hanno come unità strutturale e funzionale fondamentale la cellula. Il corso si prefigge di fornire allo studente una introduzione elementare allo studio della cellula, degli organuli che in essa sono contenuti e delle prime forme di aggregazione cellulare negli organismi procarioti ed eucarioti. 2. Programma del corso : 1 - I costituenti della materia vivente. 1.1 Acqua. 1.2 Carboidrati. 1.3 Acidi organici. 1.4 Lipidi. 1.5 Proteine. 1.6 Acidi nucleici. 1.7 Cenni su enzimi e bioenergetica. 2 - Storia evolutiva della cellula. 2.1 Organismi procarioti. 2.2 Organismi eucarioti. 2.3 Origine della cellula eucariota. 3 - Procarioti. 3.1 Eubatteri: morfologia, citologia e riproduzione. 3.2 Cianobatteri: morfologia e citologia. 3.3 Archeobatteri. 4 - Eucarioti. 4.1 La cellula animale e vegetale. 4.2 Parete cellulare. 4.3 Membrana plasmatica. 4.4 Citoplasma. 4.5 Nucleo. 4.6 Mitocondri. 4.7 Cloroplasti. 4.8 Vacuolo e lisosomi. 4.9 Altri tipi di endomembrane: reticolo endoplasmatico, apparato di Golgi, microcorpi. 5 - Funzioni metaboliche in procarioti ed eucarioti. 5.1 Glicolisi. 5.2 Respirazione mitocondriale. 5.3 Fotosintesi 5.4 Sintesi delle proteine. 6 - Divisione cellulare. 6.1 Mitosi. 6.2 Meiosi. 7 - Morte cellulare. 7.1 Morte cellulare programmata (apoptosi). 7.2 Morte necrotica. 8 - Gli aggregati cellulari. 8.1 Tessuti vegetali. 8.2 Tessuti animali. 3. Testi di studio : P.H. Raven, R.F. Evert, S.E. Eichhorn, Biologia delle Piante, Zanichelli, Bologna, 2002. N.A. Campbell, J.B. Reece, Biologia: la chimica della vita, Zanichelli, Bologna 2004. Appunti delle lezioni. Introduzione alla zoologia (a scelta) Docente: Crediti: 3 1. Programma del corso : PARTE I: Elementi di citologia e metabolismo cellulare Obiettivi: Questo modulo è mirato a fornire una preparazione introduttiva sulla cellula, attraverso lo studio dell'architettura cellulare, del funzionamento e delle modalità riproduttive. Programma: Le molecole della vita - La cellula: struttura e ciclo cellulare - La cellula eucariotica - Membrane e organuli cellulari - Mitosi - Metabolismo cellulare PARTE II : Sistemi funzionali degli animali Obiettivi: Lo studio della zoologia dovrà dare una visione funzionale del piano costruttivo dei vari animali relativamente agli stili di vita che conducono: è, infatti, estremamente importante comprendere quali siano le caratteristiche anatomo-fisiologiche richieste per consentire la sopravvivenza nei vari ambienti, da quelli acquatici a quelli subaerei. Programma: Nutrizione Respirazione - Trasporto e difesa - Sostegno e movimento - Coordinazione delle parti - Riproduzione e sviluppo. PARTE III : Elementi di sistematica zoologica Obiettivi: fornire un inquadramento generale dei principali raggruppamenti animali. Programma: Piano costruttivo dei phyla animali maggiormente rappresentativi. 2 . Testi di studio : - MITCHELL L.G., MUTCHMOR J.A., DOLPHIN W.D., Zoologia. Zanichelli Ed. - Campbell N.A. e Reece J.B. , Biologia. Pearson Ed. Fascicoli: “La chimica della vita e la cellula”, “La forma e funzione degli animali” Sadava et al ., Biologia. Zanichelli Ed. Fascicoli: “La chimica della vita e la cellula”, “La biologia degli animali” Laboratorio di metodologie diagnostiche molecolari Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Lo studente potrà acquisire nozioni riguardanti i principi diagnostici applicati allo studio delle malattie infettive degli animali domestici sostenute da batteri ed in particolare verranno affrontate le metodologie molecolari veterinarie rivolte all'identificazione eziologica, ed epizoologica, allo studio dei meccanismi che intervengono nella patogenesi, nella sintomatologia e nell'insorgenza delle lesioni. 2. Programma del corso : Laboratorio di metodologie diagnostiche molecolari veterinarie Saranno approfondite le principali tecniche (PCR-RFLP, PFGE, AFLP, Ribotyping etc.) utilizzate a fini diagnostici, per la tipizzazione e la sub-tipizzazione degli agenti eziologici delle principali malattie infettive negli animali domestici. Particolare attenzione sarà dedicata alle zoonosi ed al potenziale uso di ciascuna metodica in relazione a studi di tipo epidemiologico. 3. Testi di studio : Appuntidelle lezioni. Legislazione per le Biotecnologie Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso : Il corso ha la finalità di introdurre i concetti - nazionali ed internazionali - della tutela brevettuale.Il corso sostanzialmente viene suddiviso in due parti. La prima parte vuole dare un'informazione quanto più approfondita possibile sulle normative vigenti in materia di proprietà industriale, con particolare riferimento ai brevetti per invenzioni industriali e tali problematiche verranno discusse sia da una prospettiva teorica.Sostanzialmente la prima parte del corso cercherà di affrontare il panorama brevettuale dando tutte le informazioni e i riferimenti principali sia per un futuro loro utilizzo nell'ambito della ricerca, che in quello industriale. Questa prima parte è per altro propedeutica alla seconda parte del corso - sostanzialmente più specifica - tesa a spiegare la tutela brevettuale delle nuove varietà vegetali e bioteconolgie. I brevetti in questi settori della tecnica sono relativamente recenti e le normative internazionali e nazionali sono in continua evoluzione. La continua evoluzione normativa è data sia dalla necessità di tutelare i nuovi limiti innovativi che l'uomo riesce a raggiungere, sia di regolamentare la possibilità di concedere un'esclusiva, qual'è il brevetto, su tematiche sempre più in possibile contrasto con la morale prevalente. 2. Programma del corso : Prima parte: cos'è un brevetto, diritti nascenti da un brevetto tra cui quelli di ordine morale ed economico, quali sono i requisiti essenziali per un valido brevetto, differenza tra brevetto per invenzione e modello d'utilità , conversione e nullità di un brevetto, com'è scritto un brevetto, come si estende un brevetto, il brevetto europeo, il P.C.T., le ricerche brevettuali, valutazione economica di un brevetto, contraffazione brevettuale, il segreto industriale. Seconda parte: (i) le nove varietà vegetali: cosa s'intende per varietà vegetale brevettabile, il costitutore, la domanda di brevetto per varietà vegetali, i requisiti essenziali di un valido brevetto per varietà vegetale e loro differenze con i brevetti tradizionali, la dednominazione di una nuova varietà vegetale; (ii) ) biotecnologie: biotecnologie tradizionali e avanzate, ingegneria genetica, piante transgeniche, animali transgenici, clonazione, cellule staminali, produzione di famraci e vaccini, sicurezza e bioetica, diritto internazionale e protezione brevettuale, la direttiva 1998/44/CE, brevetto di prodotto, di procedimento e misto, i confini della brevettabilità delle piante e degli animali, i requisiti essenziali del brevetto biotecnologico, i concetti di ordine pubblico e buon costume relativi al brevetto biotecnologico, alcune prime sentenze della Corte di Giustizia europea, la posizione italiana e il nuovo decreto del 29/12/2005. 3. Testi di studio : 1) "Manuale di diritto industriale", A. Vanazetti - V. Di Cataldo, 2005, GIUFFRE', da pag. 317 a pag. 472. 2) "Diritto industriale - Proprietà intellettuale e concorrenza", AAVV, 2005, GIAPPICHELLI, da pag. 179 a pag. 266. 3) "I nuovi brevetti - Biotecnologie e invenzioni chimiche", Adriano Vanzetti, 1995, GIUFFRE' 4) Collana "Trattato di diritto commerciale e di diritto pubblico dell'economia" diretto da F. Galgano, Volume ventottesimo "Brevetto per invenzione e biotecnologie", 2002, CEDAM; 5) Codice di diritto industriale, IV edizione, 2005, KLUWER IPOSA. Matematica discreta Docente: Crediti: 7 1. Programma del corso : Programma: (4 lez/settimana, 2 hr/lez) • Cenni di algebra booleana, logica, teoria degli insiemi e funzioni. Sommatorie e loro manipolazioni. Il principio di induzione. Ricorrenze e formule ricorsive. • Elementi di Combinatorica. Disposizioni, permutazioni, sequenze (stringhe). Il principio della piccionaia (pigeon-hole). Tecniche per contare. Numeri di Fibonacci. Il principio di inclusione-esclusione. Gli spiazzamenti. • Aritmetica intera, quoziente e resto, scomposizione in fattori primi. MCD e mcm. Cenni su algoritmi e pseudo-linguaggio di programmazione. Algoritmo di Euclide. Cenni di teoria dei numeri. Numeri primi e fattorizzazione. Il piccolo teorema di Fermat. La distribuzione dei primi. • Cenni di teoria delle probabilita'. Probabilita' combinatorie. Probabilita' uniformi. Probabilita' condizionali. Valore medio e variabili casuali. Ordinamenti per inversione e numero medio di breakpoints in una permutazione. Generazione di tutti i sottoinsiemi/permutazioni e di sottoinsiemi/permutazioni casuali. • Teoria dei grafi. Definizioni fondamentali. Grafi euleriani e hamiltoniani. Grafi bipartiti. Connessione. Alberi. Grafi orientati. Grafi pesati. • Ottimizzazione combinatoria. Problemi "facili" e "difficili". Il problema del minimo albero di supporto. Accoppiamenti e coperture di vertici. Clique e insieme indipendente. Colorazione di grafi. Il problema del commesso viaggiatore. (Il problema del matrimonio stabile). 2. Testi di studio : • "Discrete Mathematics" L. Lovasz e K. Vesztergombi Disponibile su web ( download ) • Parti di "Mathematical Thinking - Problem solving and proofs" di J. P. D'Angelo e D. B. West Prentice Hall 3. Testi di consultazione : • "Introductory Combinatorics" di A. Brualdi North Holland • Parti di "Introduction to Algorithms" di T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest MIT press Micologia agraria (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Fornire i fondamenti scientifici che giustificano l'importanza (in termini positivi e negativi) dei miceti in campo agrario, illustrandone l'unicità strutturale e comportamentale. 2. Programma del corso : Unicità strutturale e comportamentale del raggruppamento funghi Rilevanza dei miceti in campo agrario (degradazione sostanza organica, rapporti con vegetali e animali, patogenesi, produzione di metaboliti, potenzialità di controllo biologico) Struttura e organizzazione (ifa, micelio, colonia, funghi miceliari e levuliformi, modificazioni ifali, strutture riproduttive) Nutrizione e metabolismo. Cinetica della crescita: ambiente fisico e ambiente chimico (substrati colturali, fattori di crescita, inibizione chimica, influenze ambientali). Spore: latenza e dispersione Ecologia: rapporti con altri organismi. Rizosfera, fillosfera e micorrizia Variabilità (meccanismi di variabilità : gamia, mutazione, ereditarietà citoplasmatica, eterocariosi e parasessualità ), tecniche di analisi genetica, caratterizzazione di mutanti, incroci e mappe cromosomiche. Interazioni fungine: meccanismi, rilevanza e applicazioni pratiche (controllo biologico) Prevenzione e controllo della crescita fungina. Metaboliti secondari dei miceti, produzione di micotossine in campo e in magazzino, metodi di campionamento e di analisi. Principali micotossine nelle derrate alimentari prodotte da Aspergillus, Penicillium, Fusarium e Alternaria. Metodi di prevenzione dell'inquinamento da micotossine. Principali caratteristiche degli attinomiceti. Rilevanza in campo agrario. Attività pratiche Isolamento, caratterizzazione e determinazione delle proprietà fisiologiche di miceti di interesse agrario. 3. Testi consigliati : J.W. Deacon, Micologia moderna, Calderini Edagricole, Bologna, 2000. Dispense distribuite dal docente. Microbiologia agraria Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Teoria della morfologia, fisiologia e genetica dei microrganismi procarioti ed eucarioti Studio dei principali gruppi microbici di interesse agro-industriale Esercitazioni pratiche ed applicazioni del laboratorio di microbiologia Conte microbiche in campioni agro-alimentari Isolamento ed identificazione microrganismi. 2. Programma del corso : Storia della microbiologia - Caratteristiche generali dei microrganismi: Procarioti, Eucarioti - Morfologia della cellula Procariota ed Eucariota Citologia degli Schizomiceti - Moltiplicazione degli Schizomiceti - Accrescimento e sviluppo eumiceti - Nutrizione dei microrganismi: fonti di energia, fonti di carbonio - Influenza dell'ambiente sullo sviluppo microbico - Metabolismo microbico: il processo respiratorio aerobico ed anaerobico; le fermentazioni; biosintesi dei principali costituenti cellulari. - Cenni sulla regolazione delle vie metaboliche. - Genetica batterica: acidi nucleici, cromosoma, e materiale genetico extracromosomiale, mutazioni e ricombinazioni genetiche; cenni di ingegneria genetica e tecniche del DNA ricombinante. -La tassonomia microbica- Archebatteri ed Eubatteri - Eumiceti - Virus Relazione microrganismo-ospite: fattori di patogenicità , tossine - Agenti fisici e chimici per il controllo dei microrganismi - Principali famiglie di microrganismi di interesse agrario Microrganismi dei foraggi insilati - Microrganismi del tratto digerente degli animali poligastriciMicrobiologia delle acque - Microbiologia della trasformazione di residui e depurazione reflui agro-alimentari- Microbiologia dell'aria e dell'ambiente agro-industriale - Microbiologia degli alimenti - Microbiologia dei prodotti lattiero-caseari, delle carni, microbiologia enologica -Tecniche microbiologiche: microscopi ed osservazioni microscopiche; sterilizzazione; terreni colturali; isolamento in coltura pura; conte microbiche dirette ed indirette; identificazione dei microrganismi 3. Testi consigliati : H.G. Schlegel, Microbiologia, Zanichelli; microrganismi, Casa Editrice Ambrosiana. Microbiologia agraria Brock, Biologia dei Docente: Crediti: 3 1. Contenuti del corso Basi fondamentali della microbiologia con particolare riferimento allo studio della cellula microbica e al suo comportamento nell'ambiente in funzione del suo utilizzo ai fini industiali 2. Obiettivi del corso Fornire le basi fondamentali per la conoscenza dei microrganismi procarioti ed eucarioti attraverso lo studio della morfologia cellulare, i fattori che favoriscono la loro crescita e il loro rapporto con l'ambiente evidenziando i parametrichecontrollano il loro sviluppo 3. Programma del corso Introduzione alla microbiologia: le origini della vita, comparsa dei microrganismi. Storia della microbiologia e le principali scoperte in campo microbiologico. La struttura della cellula microbica e la sua storia evolutiva. Filogenesi e albero della vita. La diversità nei microrganismi procarioti ed eucarioti. Distribuzione dei microrganismi in natura. · Struttura e funzioni cellulari. Morfologie e microscopia. Ingrandimento e risoluzione. Microscopia ottica e elettronica. Morfologie cellulari. Le dimensioni della cellula microbica. Procarioti pluricellulari. Membrana citoplasmatica. Membrane dei procarioti e degli Eucarioti. Funzioni Permeabilità , trasporto passivo e trasporto attivo. La parete cellulare. La membrana esterna dei Gram-. La colorazione di Gram. La locomozione microbica. Motilità flagellare e per scivolamento. Chemiotassi, fototassi e altre tassie. Le strutture di superficie e le inclusioni cellulari nei procarioti. Le fimbrie e i pili. Lo strato S. Le capsule e gli strati mucosi. Riserve di C. Altri materiali di riserva e inclusioni citoplasmatiche. Le vescicole gassose. Le endospore: struttura e proprietà . Sporulazione e germinazione. Differenze tra endospora e cellula vegetativa. La cellula eucariotica. Teoria dell'endosimbiosi. Diversità e filogenesi degli Eucarioti. Protozoi, funghi, alghe. · Nutrizione e coltura dei microrganismi. Macronutrienti, micronutrienti e fattori di crescita. Esigenze nutrizionali. La coltura dei microrganismi in laboratorio. Terreni di coltura. Bioenergetica ed enzimi. Reazioni redox, la torre degli elettroni, i trasportatori di elettroni, i composti ad alta energia. Le principali vie cataboliche, il trasporto di elettroni e la forza proton-motrice. La diversità catabolica. La biosintesi dei monomeri chiave. · Divisione cellulare e cinetica di sviluppo. Scissione binaria. Curva di crescita di una popolazione batterica in batch. Misura diretta e indiretta della crescita microbica. Crescita sincrona. Resa di crescita. Colture continue: chemostato e turbidostato. Effetti ambientali sulla crescita microbica: temperatura, pH, pressione osmotica e a w , ossigeno, CO 2 . · Controllo della crescita microbica. Metodi fisici: calore, radiazioni, filtrazione. Metodi chimici. MIC. Tossicità selettiva. Chemioterapici. Antibiotici. Sostanze per il controllo dei virus e degli eucarioti. Resistenza ai farmaci antimicrobici e ricerca di nuovi farmaci. · Elementi di virologia. Caratteristiche generali dei virus. Crescita e quantificazione dei virus. Fasi della replicazione virale. Strategie di formazione di mRNA. Batteriofagi: ciclo litico e ciclo lisogeno. Virus animali. Retrovirus. Viroidi e prioni. · Biotecnologie microbiche. Scale up. Uso industriale dei microrganismi. Metaboliti primari e secondari. Principali prodotti commerciali ottenuti dai microrganismi. Produzione di antibiotici, biocidi, vitamine, aminoacidi, steroidi, insulina, vaccini, enzimi. 4.Esercitazioni Visita presso il laboratorio di microbiologia con dimostrazioni pratiche. 5.Testi consigliati: Appunti di lezione. J.J. Perry et al. Microbiologia vol. 1, Zanichelli, Bologna. : Microbiologia generale veterinaria Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso Vengono trattati i concetti della Microbiologia generale con particolari riferimenti ai batteri, ai virus ed ai prioni ed inoltre vengono inquadrati i concetti base della immunologia affinché lo studente possa capire il concetto di antigene applicato ai microrganismi. 2. Programma del corso Introduzione allo studio della Microbiologia : Finalità dello studio della Microbiologia in Medicina Veterinaria. Protozoi, miceti, alghe, batteri, virus. Sterilizzazione: concetti generali e metodi. Batteriologia Cellula batterica : struttura della cellula procariota, metabolismo, produzione di energia, biosintesi, nutrizione e curva di crescita dei batteri. Genetica batterica: mutazioni, trasferimento di geni, struttura e duplicazione degli acidi nucleici. Fase "S" e fase "R". Forme "L" dei batteri. Endospore. Terreni di coltura e coltivazione dei batteri. Azione di agenti fisici e chimici sui batteri. Farmaci antibatterici: meccanismo d'azione dei sulfamidici e degli antibiotici. Azione patogena dei batteri: concetto di parassita, patogenicità , virulenza, mezzi di difesa e mezzi di offesa, meccanismo di azione delle tossine. Cenni sulla patogenesi delle malattie da infezione. Animali gnotobiotici. Classificazione dei batteri e caratteristiche generali dei batteri di interesse medico veterinario. Virologia Natura e struttura dei virus. Colture cellulari. Replicazione dei virus: i diversi cicli replicativi. Interazioni virus-cellula ospite. Interferenza virale. Coltivazione dei virus. Isolamento ed identificazione dei virus. Infezioni latenti e infezioni persistenti. Oncogenesi virale. Genetica dei virus. Virus dei batteri. Agenti subvirali. Classificazione dei virus e caratteristiche generali dei virus di interesse medico veterinario. Immunologi a Concetto di immunità . Sistema linfatico. Antigeni. Anticorpi. Reazioni antigene-anticorpo. Struttura degli anticorpi: le diverse classi di immunoglobuline. Anticorpopoiesi. Ipersensibilità anticorpo-mediata. Ipersensibilità cellulo-mediata. Tolleranza immunitaria. Anticorpi monoclonali. Sieri immuni ed iperimmuni. Vaccini tradizionali e ricombinanti. Induttori di meccanismi di difesa non specifici. Profilassi. Miglioramento genetico delle piante agrarie Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Dare modo allo studente di conoscere come le piante siano diventate utili all'uomo a seguito di profonde modifiche selezionate nel corso del tempo e come oggi l'attività di miglioramento continui su razionali basi biologiche, biotecnologiche e matematico-statistiche. Insegnare i metodi classici e quelli più innovativi per ottenere, in tempi più brevi possibili, varietà di piante con maggiori rese produttive, con migliori caratteristiche qualitative, più adatte ad essere coltivate in differenti condizioni di terreno e di clima secondo i più diversi sistemi agricoli usati al mondo. 2. Contenuti del corso : Obiettivi del miglioramento genetico. Le piante modificate a seguito del miglioramento genetico. Specie autogame e specie allogame. Vantaggi e svantaggi dall'uniformità genetica nelle varietà agrarie. L'analisi della biodiversità . Pool genici. Banche del germoplasma e conservazione in situ. Creazione della variabilità genetica: incroci, ibridi somatici, embrio-rescue, mutazioni naturali e indotte. Mutageni chimici e fisici e loro applicazione. Le colture in vitro quale sorgente di variabilità genetica ed epigenetica. Barriere d'incrocio e loro superamento. Incompatibilità intra ed interspecifica. Maschio sterilità . Le basi del miglioramento genetico: richiami di genetica formale, molecolare e di popolazione. Marcatori molecolari, distanze e mappe genetiche. Mappe fisiche. Piccole popolazioni: effetti della deriva e dell'inbreeding. Linee inbreed ricombinanti (RILs). Eterosi. Caratteri metrici e loro valutazione. Dissezione dei caratteri quantitativi. Modelli genetici di geni additivi e dominanti. Varianza genotipica e varianza ambientale. Stima delle componenti genetiche. Ereditabilità . Cenni ai principali disegni genetico-statistici per stimare le componenti della varianza: analisi di famiglie F3, progenie da incroci casuali di F2, regressione di progenie sui padri, nord Carolina modello I, modello II, incroci diallelici. L'attitudine combinatoria generale e specifica. Responso e differenziale selettivo. Selezione assistita da marcatori (MAS). Loci che controllano caratteri quantitativi (QTL) e loro individuazione. L'analisi fine dei QTL (mendelizzazione dei QTL). Caratteri correlati ed effetti soglia. Interazioni genotipo per ambiente, epistasi e scale di valutazione. Metodi di selezione delle specie autogame: selezione massale, pedigree, discendenze di singolo seme (SSD), selezione in ammasso (‘bulk'), reincrocio, poliploidizzazione, risintesi e semisintesi, ibridi F1, trasformazione genetica (piante ‘geneticamente modificate'). Metodi di selezione di specie allogame: selezione massale e selezione ricorrente semplice; selezione genotipica: ricorrente per l'attitune combinativa generale e specifica, ricorrente reciproca. Varietà ibride a due, tre e quattro vie. Varietà sintetiche. Campi di polincrocio e progeny test. Miglioramento di specie a moltiplicazione vegetativa (foraggere e legnose). Metodi e distanze per evitare inquinamenti genetici di linee pure e di varietà commerciali. Linee pure e loro ottenimento in natura e attraverso le colture ‘in vitro'. Aploidi e diaploidi. Androgenesi e ginogenesi. Geni mantenitori della maschio-sterilità e geni ristoratori. Vantaggi e svantaggi delle varietà a libera impollinazione e delle varietà ibride nei sistemi agricoli più industrializzati e nelle agricolture di sussistenza. L'iscrizione delle varietà ai registri varietali: normative e modalità . 3. Testi consigliati : Lorenzetti, Falcinelli e Veronesi, Miglioramento genetico delle piante agrarie, Edagricole. M.J. Kearsey & H.S. Pooni, Genetical analysis of quantitative traits, Chapman & Hall. Appunti ed esercizi distribuiti durante le lezioni. Genetica e genomica volume II -- Autori: Barcaccia e Falcinelli, Liguori Editore Nutrizione animale Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso riorganizza e integra gli argomenti trattati in quelli propedeutici con l'obiettivo di dare agli studenti le basi di conoscenza dei processi digestivi e metabolici da applicare nello studio dell'alimentazione animale, delle tecniche di alimentazione e di razionamento che vengono sviluppate nei corsi successivi e delle discipline che trattano della produzione e delle caratteristiche di mangimi e foraggi. 2. Programma del corso : 2.1 Nozioni di ecologia nutrizionale. Richiami di anatomia e fisiologia comparata della digestione e dell'assorbimento. Struttura del digerente e comportamento alimentare. 2.2 L'utilizzazione digestiva degli alimenti. Il funzionamento del rumine (ruminazione, assorbimento, velocità di transito, microbiologia, biochimica della digestione e delle sintesi ruminali), con particolare riguardo alla degradazione della fibra vegetale. I microbi intestinali. 2.3 Metodi per la valutazione dell'utilizzazione digestiva degli alimenti. La misura del consumo volontario. Le prove di digeribilità con ruminanti, avicoli, suini e conigli. La misura della degradabilità ruminale. La misura della velocità di transito. 2.4 Metodi chimici, enzimatici e in vitro per la stima della degradabilità e della digeribilità . 2.5 Richiami di metabolismo dei principi nutritivi e dell'energia, con particolare riguardo ai ruminanti. Controllo dell'appetito nei ruminanti e nei monogastrici. Produzione di calore e efficienza di trasformazione della E.M. 2.6 Metodi di misura dell'efficienza metabolica. Uso della bomba calorimetria. Calorimetria diretta e indiretta. Profili metabolici. Bilancio azotato e valore biologico delle proteine. 2.7 Definizione e modalità di calcolo dei fabbisogni alimentari. 2.8 Variazione della composizione del corpo animale e composizione chimica dei prodotti zootecnici; accrescimento, misure energetiche e macellazione comparativa. 3. Testi di studio : Appunti delle lezioni. McDonald P., Edwards R.A., Greenhalgh J.F.D., Nutrizione animale (Traduzione della 4 a edizione), tecniche nuove ed., Milano, 1992. Antongiovanni M., Gualtieri M., Nutrizione e alimentazione animale , Edagricole, Bologna, 1998. 4. Testi di consultazione : AFRC, Energy and Protein Requirements of ruminants , Wallingford, Oxon OX10 8DE, UK, 1993. ARC, Nutrient requirements of ruminant Livestock , Commonwealth Agricultural Bureaux, Farnham Royal, Slough SL2 3BN, UK, 1980. Bondi A.A., Animal Nutrition , John Wiley & Sons, New York, USA, 1987. INRA, Alimentation des Ruminants , Ed. INRA Publications, 78000 Versailles France, 1978. INRA, Alimentation des bovins, ovins & caprins , INRA, 75007 Paris France, 1988. INRA, L'alimentation des animaux monogastriques: porc, lapin, volailles , 2 eme ed, . INRA Paris Cedex 07 France, 1989. Ørskov E.R., Ryle M ., Energy nutrition in Ruminants , Elsevier Applied Science, London and New York, 1990 Organismi geneticamente modificati (a scelta) Docente: Crediti: 3 1. Obiettivi del corso Nell'ambito del corso saranno esposte le procedure per la coltura di cellule vegetali, la rigenerazione di piante intere, la loro clonazione e trasformazione. Particolare interesse sarà rivolto al metodo di trasformazione fondato sull'infezione di tessuti vegetali feriti con ceppi ingegnerizzati di agrobatterio e alla costruzione dei relativi vettori binari di espressione. Ulteriori argomenti riguarderanno le possibilità di contenimento biologico delle piante geneticamente modificate, il controllo dell'espressione genica e del traffico cellulare delle proteine ricombinanti, le problematiche inerenti la produzione industriale di biofarmaci mediante piante transgeniche. 2. contenuti del corso Metodi naturali e artificiali per la clonazione di piante, colture cellulari, rigenerazione di tessuti, organi e piante intere. Semi artificiali, piante diaploidi. Sistemi di unione e meccanismi di dispersione nell'ambiente. Vettori di espressione in pianta. Metodi di trasformazione genetica dei vegetali. Espressione tessuto-specifica e compartimentazione cellulare delle proteine ricombinanti. Livello di bioequivalenza delle proteine eterologhe prodotte in bioreattori vegetali. 3 Testi consigliati R. Bernard Glick, Jack J. Pasternak, Biotecnologia molecolare, Zanichelli. fornito dal docente. Materiale bibliografico Orticoltura e floricoltura (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso intende fornire allo studente le informazioni tecniche di base per operare nel settore dell'orticoltura da pieno campo, con cenni sull'allevamento delle principali specie di interesse orto-floricolo. Saranno anche fornite conoscenze sulle tecniche di produzione a basso impatto, di produzione fuori suolo, e di moltiplicazione. Le informazioni sulle colture floricole, (tecniche e modalità di coltivazione) consentiranno allo studente di legare le conoscenze su argomenti più teorici (fisiologia vegetale e botanica) con argomenti professionali (agronomia e coltivazioni) e dargli elementi per operare in questo ambito tecnico. 2. Contenuti del corso : Cenni sulla diffusione e importanza delle colture ortive. Diffusione e distribuzione delle colture orticole e floricole. Tecniche agronomiche per la coltivazione di specie orticole in pieno campo: preparazione del terreno, impianto della coltura, irrigazione, concimazione, lotta alle malerbe, cenni di difesa, raccolta. Cenni sulle Colture senza suolo (sistemi, substrati, soluzione nutritiva, tecniche colturali). Orticoltura biologica e biodinamica: modalità , diffusione, importanza. La qualità degli ortaggi destinati al consumo fresco e alla trasformazione industriale. Classificazione botanica, caratteristiche morfologiche, fisiologia, esigenze colturali, cenni di miglioramento genetico, destinazione del prodotto, cause avverse (cenni) delle seguenti specie da orto: Pomodoro, Peperone, Radicchio, Asparago, Melone,. Floricoltura: substrati di coltivazione, contenitori per la coltivazione, tecniche agronomiche: irrigazione, concimazione, concimi a lento rilascio. Classificazione botanica, caratteristiche morfologiche, esigenze ambientali e colturali, varietà disponibili di alcune specie floricole largamente diffuse:crisantemo, rosa, ciclamino 3 . Testi consigliati : Dispense delle lezioni V.V. Bianco, F. Pimpini "Orticoltura", Patron. E. Accati Garibaldi "Trattato di Floricoltura" G.Guet "Agricoltura Biologica Mediterranea", Edagricole.1993; O.Schmid, F.Strasser, R.Gilomen etc. "Agricoltura Biologica", Edagri-cole.1994 H.C. Wien: The physiology of vegetable crops CAB International,1997 Patologia generale e molecolare Docente: Crediti: 5 1. Obiettivi del corso : Il corso ha l'obiettivo di dare agli studenti le basi per lo studio delle cause di malattia negli animali domestici, del processo infiammatorio, dei fenomeni regressivi e neoplastici. 2. Programma del corso : 2.1 Eziologia generale Omeostasi fisiologica e stato di malattia. Gli strumenti del patologo e le tecniche di studio in patologia generale. Malattie ereditarie. Malattie congenite non ereditarie. Malattie esogene. Noxe di tipo fisico, chimico, dietetico. Malattie da cause biologiche. Patobiologia cellulare da microrganismi e prioni. Interazione di agenti patogeni con il genoma. 2.2 Fenomeni regressivi cellulari Danno cellulare. Concetti e meccanismi. Patogenesi ultrastrutturale del danno cellulare. Le atrofie. Le degenerazioni. Le alterazioni regressive del nucleo. Cenni sulle pigmentazioni patologiche, le calcificazioni, le necrosi e le gangrene. Patogenesi cellulare e molecolare dei fenomeni regressivi. L'apoptosi. 2.3 I tumori La regolazione del ciclo cellulare e il concetto di accrescimento patologico. Ipertrofia e iperplasia. Anaplasia e metaplasia. Patogenesi cellulare e molecolare delle neoplasie. Morfologia della cellula neoplastica. Tumori benigni e maligni. Patobiologia della diffusione neoplastica maligna. Cenni sulle tecniche diagnostiche in istopatologia. 2.4 L'infiammazione Ruolo e dinamica del processo infiammatorio. Infiammazione acuta e cronica. La riparazione delle ferite. Patogenesi cellulare e molecolare dei fenomeni infiammatori. Mediatori chimici dell'infiammazione. Ruolo delle citochine nei rapporti tra reazione immunitaria ed infiammazione. 3. Testi di studio : Materiale didattico fornito dal docente. Marcato P.S., Anatomia e istologia patologica generale veterinaria , Società Editrice Esculapio, 1997. Marcato P.S., Patologia sistematica veterinaria Edagricole, 2002. Rossi R., Gavioli A., Elementi di patologia generale , Casa Editrice Ambrosiana, Milano, 1992 Principi di entomologia (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Il corso si propone di fornire i fondamenti di morfologia, fisiologia e biologia degli insetti. L'illustrazione dei cicli di sviluppo di alcuni dei principali insetti di interesse agrario e delle possibilità di lotta contro le specie dannose consentirà l'acquisizione di nozioni sufficienti per programmare la difesa delle principali colture. 2. Contenuti del corso : Morfologia e anatomia. Capo e sue appendici. I principali apparati boccali degli insetti. Torace, addome e loro appendici. Sistemi: tegumentale e endoscheletro, muscolare, nervoso e organi recettori di senso, digerente, respiratorio, circolatorio, escretore, secretore e riproduttore. Sviluppo e comportamento. Riproduzione. Sviluppo embrionale e postembrionale. Metamorfosi. Diapausa. Diffusione delle specie e migrazioni. Aggregazioni e simbiosi. Dinamica di popolazione. Fattori di regolazione abiotici e biotici. Fitofagi primari e indotti. Relazioni insetti-piante. Fitofagia, impollinazione, trasmissione di microrganismi e virus fitopatogeni. Mezzi di lotta. Agronomici, meccanici, fisici, chimici. Insetticidi: caratteristiche e meccanismi di azione. Lotta biologica, lotta guidata e lotta integrata. Cenni di classificazione degli insetti. Caratteristiche dei principali ordini di interesse agrario: Collemboli, Ortotteri, Tisanotteri, Rincoti, Neurotteri, Lepidotteri, Ditteri, Coleotteri, Imenotteri. Cicli di sviluppo di alcune specie di maggior interesse agrario. 3. Testi consigliati : E. Tremblay, Entomologia applicata, vol. 1, Liguori, Napoli, 1985. G. Pellizzari, L. Dalla Montà , C. Duso, Fondamenti di Entomologia agraria, Ediz. aggiornata, Liviana, Padova, 1989. B. Baccetti, S. Barbagallo, L. Süss, E. Tremblay, Manuale di Zoologia agraria, Delfino, Roma, 2000. L. Masutti, S. Zangheri, Entomologia generale e applicata, Cedam, Padova, 2001. Appunti delle lezioni, dei seminari e delle esercitazioni. Zoologia agraria. Precedenze consigliate Principi di patologia vegetale (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Fornire gli elementi basilari sugli agenti causali delle malattie delle piante, sulla patogenesi, sulle relazioni pianta/ospitevettore/ambiente e sulla reazione della pianta. Enunciare i criteri moderni ecocompatibile di cura e prevenzione . 2. Finalita' del corso : Il corso è composto da due parti fondamentali: Principi di patologia generale e di fitoiatria ed Elementi di patologia speciale. Principi di patologia generale e di fitoiatria. Accenni alla micologia, batteriologia, virologia e fisiopatologia; identificazione e classificazione; gruppi fisiologici delle malattie (trofiche, auxoniche, litiche, necrotossiche, vascolari, epifitiche e ipnochereutiche); agenti biotrofi e necrotrofi; parassitismo e patogenicità ; concetti di equilibrio biologico, di antagonismo, di specializzazione e di variabilità /biodiversità ; gli endofiti; decorso della malattia e sue fasi fondamentali; trasmissione dei patogeni attraverso varie modalità , vettori animali compresi; relazioni patogeno/vettore/pianta ospite; interferenze ambientali sulle malattie; reazioni fondamentali delle piante alla infezione da patogeni; richiami pratici di resistenza, tolleranza, immunità ; programmi di miglioramento genetico; resistenze indotte e fenomeni di guarigione spontanea; la selezione sanitaria e le normative relative al vivaismo ed alla commercializzazione di materiale vivaistico; malattie infettive e norme di quarantena; i laboratori accreditati e gli Osservatori per le Malattie delle Piante; modalità di intervento contro i patogeni delle piante e prevenzione dalle malattie; interventi olistici, lotta biologica, integrata, guidata; la lotta chimica ed i prodotti fitoiatrici più importanti; concetto di tossicità e le caratteristiche dei principi attivi. Elementi di patologia speciale. Per ogni gruppo funzionale importante si descriverà una malattia ‘tipo', soffermandosi sulle caratteristiche specifiche del patogeno e su quelle comuni del ‘gruppo fisiologico', sul ciclo, sulla epidemiologia e sulle modalità di interventi mirati. 3. Testi consigliati : G.N. Agrios, Plant Pathology, Academic Press, London, 1997, 4th ed. Matta, Fondamenti di Patologia Vegetale, Patron, Bologna, 1996. Osler et al., Le più importanti malattie da fitoplasmi nel Friuli Venezia Giulia, ERSA, Notiziario, N.S.IX. 4, Arti Grafiche Friulane, 1996. Sicurezza nei laboratori Docente: Crediti: 1 1. Obiettivi del corso : Il programma tende a far acquisire i principali concetti sulla sicurezza in laboratorio. Si propone di fornire le basi su: - La gestione della sicurezza nei laboratori universitari - I fattori di rischio nel laboratorio di biotecnologie - Le misure di prevenzione e protezione - La gestione delle emergenze - La gestione del laboratorio. 2. Programma del corso : 2.1 La gestione della sicurezza nei laboratori universitari Il problema della sicurezza in laboratorio. Il concetto di pericolo di rischio e di sicurezza. Scopo della prevenzione e protezione. 2.2 I fattori di rischio nel laboratorio di biotecnologie I rischi fisici. Il rischio chimico. I gas e i criogeni. I rischio biologico. L'incendio. 2.3 Le misure di prevenzione e protezione I dispositivi di protezione collettiva - DPC. I dispositivi di protezione individuale - DPI. La segnaletica di sicurezza e antinfortunistica. 2.4 La gestione delle emergenze Le emergenze. Dispositivi di emergenza. 2.5 La gestione del laboratorio La cultura d'impresa nella gestione del laboratorio. La rilevanza del lay-out organizzativo degli spazi. La gestione delle risorse strumentali. La gestione delle risorse umane. La gestione dei rifiuti. La gestione della manutenzione. La gestione delle pulizie. Acquisto, conservazione ed eliminazione. La programmazione delle attività . Sistemi operativi Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : I sistemi operativi sono parte essenziale di un sistema di calcolo. Nella maggior parte dei casi, essi implementano la vera piattaforma sulla quale si svolge tutta l'attività di analisi, sviluppo, implementazione ed esecuzione dei sistemi software, incapsulando ed astraendo dal sistema hardware sottostante. Questo corso mira a presentare alcuni concetti fondamentali relativi ai sistemi operativi e alle loro funzionalità primarie (gestione dei processori, della memoria e del file system). Di notevole importanza, inoltre, per il biotecnologo computazionale sono le basi fondamentali di programmazione concorrente, e gli aspetti concernenti il calcolo parallelo e distribuito. I concetti generali previsti per il corso, ampliamente coperti dal materiale bibliografico consigliato, verranno discussi a lezione in maniera relativamente indipendente da specifici sistemi operativi. Essi saranno comunque esemplificati facendo riferimento a comuni sistemi operativi (Unix, Linux, Windows XP, etc.) Parallelamente alle lezioni teoriche in aula, verranno tenute delle lezioni pratiche in laboratorio, offrendo allo studente l'opportunità di mettere in pratica gli aspetti teorici e di verificarne la comprensione. Inoltre tale attività pratica forniranno le nozioni di base relative all'uso di linguaggi di scripting, della amministrazione di sistema 2. Programma del corso : • Aspetti generali; Richiami di Architetture • Processi e Thread • Programmazione concorrente • Gestione della memoria • Il file system • Sistemi con processori multipli • Sistemi e servizi di rete 3. Testi di studio : • Ancilotti, Boari, Ciampolini, Lipari: Sistemi Operativi McGraw-Hill, 2004. ISBN: 88-386-6069-7. Statistica 2 Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : L'obiettivo del corso è approfondire i concetti fondamentali della Statistica inferenziale e presentare le principali tecniche statistiche, utili per l'analisi di dati sperimentali, con particolare riferimento alle scienze biologiche. Tali nozioni saranno presentate enfatizzando l'ambito delle applicazioni, pur senza tralasciare gli aspetti formali. 2. Programma del corso : • Complementi di inferenza statistica. • La regressione lineare. • Disegno sperimentale e analisi della varianza. • Analisi statistica multivariata. 3. Testi di studio : Materiale didattico fornito dal docente. Virologia vegetale (a scelta programmata) Docente: Crediti: 4 1. Obiettivi del corso : Fornire le conoscenze sulla struttura, l'organizzazione biologica, la trasmissione, le reazioni indotte sull'ospite, i rapporti con la pianta ed il vettore e la diagnosi di fitovirus. 2. Contenuti del corso : I virus come agenti di malattia. La scoperta di agenti a comportamento analogo ai virus. Cenni storici sui virus e le malattie da virus. Natura e proprietà fondamentali di virus e di viroidi. Nomenclatura e classificazione dei virus. Sintomatologia delle malattie da virus e virus simili. Modalità di trasmissione e diffusione di virus, viroidi e fitoplasmi. Metodi adottati nelle prove di trasmissione artificiale. Processo di infezione virale e risposta della pianta. Diagnosi di virosi e fitoplasmosi. Lotta contro i virus delle piante. 3. Testi consigliati : Appunti di lezioni integrati con articoli che verranno indicati a lezione.