EPIGENETICA E PICCOLI RNA Giuseppe Macino Dip. Biotecnologie Cellulari ed Ematologia Sapienza Universita’ di Roma Epi-- = dal greco: oltre Epi Oltre la genetica EPIGENETICA Lo studio dei cambiamenti ereditabili del genoma che avvengono senza cambiamento della sequenza del DNA GENETICA •Quello ci ha detto la genomica Il verme ha 1000 cellule e 20.000 geni L’uomo ha centinaia di migliaia di miliardi di cellule e 20.000 geni. Planaria ha milioni di cellule e 20.000 geni •Dov’e’ la differenza che ci rende cosi’ diversi? •Nei livelli di interazione tra i prodotti dei geni •Ovvero nell’ EPIGENOMA Nei tanti tipi cellulari dell’uomo il GENOMA E’ IDENTICO, ma le sue cellule sono estremamente differenti ( neurone, osso, fegato etc) In tipi diversi di cellule l’informazione genetica e’ la stessa ma viene letta in modo diverso. Per esempio nelle cellule della pelle solo l’informazione necessaria per il loro funzionamento e’ utilizzata ( geni pelle specifici) . Tutti gli altri geni sono inutilizzati (silenziati) Con quali meccanismi avviene il silenziamento? Con meccanismi epigenetici Le cellule umane hanno lo stesso genoma ma presentano profili epigenetici distinti. La modulazione dei profili epigenetici contribuisce in modo cruciale: allo sviluppo embrionale, al passaggio da cellula staminale a cellula programmata, al differenziamento e costituisce la capacita’ di integrare i segnali provenienti dall’ambiente come i nutrienti, i cicli biologici e atmosferici, lo stress e gli stimoli ormonali. Contrariamente alle informazioni genetiche che sono statiche, quelle epigenetiche, capaci di modificare l’espressione dei geni, sono costantemente variabili. STRUTTURA DEI CROMOSOMI MECCANISMI EPIGENETICI comprendono: la metilazione del DNA le modificazioni dinamiche degli istoni CODICE EPIGENETICO Esiste percio’, accanto al DNA, un secondo ordine di codice della vita che va sotto il nome di codice epigenetico. MECCANISMI EPIGENETICI: LA QUINTA BASE! CITOSINA METILATA Delle quattro basi di cui è costituito il DNA (adenina, citosina, guanina e timina ) è la citosina che, se particolarmente posizionata, ha la caratteristica di essere facilmente metilata in presenza di un enzima metilante ( DNA metil-transferasi). CITOSINA METILATA ISOLE C-P-G G-p-C C-p-G METILAZIONE PASSATA ALLA GENERAZIONE SUCCESSIVA La metilazione della citosina è in stretta relazione con la formazione di cromatina “Silenziata”. La metilazione del DNA induce cambiamenti degli istoni vicini COSA SONO I NUCLEOSOMI? CODICE ISTONICO? CHI MODIFICA GLI ISTONI? Le proteine che interagiscono con gli istoni sono divise in tre categorie: ‘writers’( che scrivono), ‘readers’(che leggono) and ‘erasers’( che cancellano). Le writers includono le chinasi (fosforilano), le HATs (istone acetiltrasferasi) e HMTs (istone metil-trasferasi), mentre le ‘erasers’ sono fosfatasi, HDACs (istone deacetilasi) e DMTs (istone demetilasi). IL CASO DELL’ACETILE l’acetilazione produce sui geni adiacenti azione di attivazione della trascrizione, la deacetilazione effetto negativo. IDENTITA’ CELLULARE IDENTITA’ CELLULARE La capacita’ di conservare le informazioni per lunghi periodi di tempo rappresenta il ‘cuore’ del concetto di identita’ cellulare. Questa memoria cellulare e’ codificata dalla specifica espressione di geni che permettono alla cellula di ‘ricordare’ come, dove e quando attivare complesse funzioni durante lo sviluppo ed il differenziamento CON QUALI MECCANISMI VIENE MANTENUTA L’IDENTITA’ CELLULARE? l’informazione epigenetica viene passata dalla cellula madre alle cellule figlie durante la proliferazione con conseguente replicazione dei cromosomi Metilazione del DNA come nota aggiunta per ricordare che quel gene deve essere trascritto/ non trascritto anche nelle generazioni successive Codice istonico per definire con precisione il livello di trascrizione del gene Processo dinamico reversibile che puo’ essere regolato dalle interazioni con l’ambiente METILAZIONE PASSATA ALLA GENERAZIONE SUCCESSIVA I nuovi concetti di epigenetica cominciano a spiegarci come e’ possibile che gruppi di geni siano coordinati attraverso delle reti di funzionamento che li fanno esprimere in modo differenziale tra cellula e cellula. Cosi’ con gli stessi geni e’ possibile ottenere una complessita’di comportamento molto maggiore. Silenziamento genico A. FIRE E C. MELLO. NOBEL 2006 The “nucleosome/histone code” hypothesis states that particular epigenetic states are the result of specific modification of histone tails CROMOSOMI UMANI Heterochromatin Repeats in S.pombe centromere HMT Swi6 MeK9 MeK9 MeK9 MeK9 H3 HMT RITS RdRP Spreading L’AMBIENTE HA EFFETTO SUL NOSTRO EPIGENOMA? Oggi sappiamo che l’eta’, la dieta, le infiammazioni, il genere, il genotipo, le esposizione a farmaci possono alterare l’epigenoma e causare malattie, ad esempio il cancro GEMELLI MONOZIGOTI (IDENTICI) GEMELLI MONOZIGOTI (IDENTICI?) Chromosome regions with differential DNA methylation in young and old monozygous twins. (Image Copyright (2005) National Academy of Sciences, U.S.A) Significant DNA methylation changes are indicated as thick red and green blocks in the ideograms. The SIAMO QUELLO CHE MANGIAMO? LA DIETA ALTERA L’ESPRESSIONE GENICA? Studi di laboratorio hanno dimostrato che il tipo di dieta in gravidanza può influenzare il colore del pelo della figliolanza del roditore americano Agouti Esso può avere il pelo bruno, giallo oppure screziato. Quando la dieta è fatta con un’abbondante aggiunta di metilanti, come la cobalammina (vitamina B12) o l’acido folico (vitamina B9), i neonati sviluppano in gran parte il colore bruno. I neonati di controllo le cui madri furono alimentate senza supplemento hanno colore giallo La loro pelliccia può essere marrone o gialla, a seconda di come il GENE AGOUTI viene metilato durante la crescita embrionale.. Gli strumenti epigenetici concorrono non solo allo sviluppo della forma adulta dell’organismo ma anche al passaggio dei caratteri da una generazione all’altra (sono in qualche modo ereditabili), senza che per questo ci siano variazioni nella sequenza del DNA. MECCANISMI EPIGENETICI ADATTANO LE PIANTE AI CLIMI VARIABILI Stress idrico: Nel meristema floreale vengono metilati i geni che danno resistenza alla carenza di acqua Trasmissione alla generazione successiva di caratteri adattativi epigeneticamente modificati L’EPIGENETICA PUO’SPIEGARE LA GRANDE PLASTICITA’ DEI NEURONI? Una miriade di funzioni altamente elaborate hanno luogo in regioni specializzate del cervello. Come e’ possibile che ci siano queste straordinarie differenze di tipi cellulari, funzioni e connessioni sinaptiche se in ogni cellula nervosa c’e’ lo stesso DNA? I geni neuronali sono controllati da modificazioni che avvengono sia sul DNA (metilazione) che sulle proteine della cromatina (modifiche istoniche). Questi meccanismi operano nei neuroni, che ogni momento convertono una grande varieta’ di stimoli in cambiamenti di espressione genica che durano nel tempo rendendoli capaci di accumulare informazione. Modificazioni specifiche mediano lo sviluppo del cervello del neonato e le funzioni della memoria e della plasticita’ sinaptica nell’ adulto UN ESEMPIO DI CURE MATERNE CHE HANNO EFFETTI EPIGENETICI L’effetto ‘maternal programming della risposta allo stress’, in cui i livelli di cure materne determinano lo stato di metilazione del gene per i recettori dei glucocorticoidi nel cervello. Questo determina come l’animale una volta cresciuto risponderà a questi ormoni che sono normalmente rilasciati in seguito a stress. Le modificazioni epigenetiche mediano gli effetti a lungo termine delle cure materne. Uno stimolo visivo induce modifiche post-traduzionali degli istoni mentre la deprivazione visiva le inibisce e promuove invece la metilazione del DNA su geni specifici La stimolazione luminosa induce veloci cambiamenti degli istoni 2CRE CRE -931 Ac -118 -101 CRE 0 miR212 Me Ac P-Ac +273 2 +237 miR132 …..anche l’assenza di stimolazione visiva causa cambiamenti …..anche nella struttura del DNA: metilazione della citosina per specifici geni Me Me Me Me Me LE MODIFICHE EPIGENETICHE DANNO AL GENOMA UN ALTO LIVELLO DI FLESSIBILITA’ RISPETTO ALLA RELATIVAMENTE FISSA SEQUENZA DI DNA. L’informazione epigenetica puo’ essere passata alle generazioni successive, generando cosi’ una possibilita’ di adattamento all’ambiente, all’ambiente, come la disponibilita’ di cibo o di condizioni climatiche, adattamento che sarebbe troppo lungo ottenere attraverso mutazioni casuali e successiva selezione. DIPENDENZA DA SOSTANZE DI ABUSO (DROGA ED ALCOOL) Dipendenza che deriva da modifiche epigenetiche che si producono nel nucleo accumbens durante l’assunzione di droghe in modo da far si che il nucleo risponda sempre di più alla droga e attivi fenomeni di plasticità sinaptica che portano rendere fondamentale la richiesta di droga. Il nucleo accumbens gioca un ruolo importante nei meccanismi di rinforzo, nella risata, nella dipendenza, nell'elaborazione delle sensazioni di piacere e paura oltre che all'insorgere dell'effetto placebo I meccanismi di dipendenza dalle sostanze di abuso ( droghe, incluso l’alcool) coinvolgono una “memoria” neuronale che consiste in modifiche epigenetiche di geni importanti per la plasticità cerebrale in specifiche strutture del cervello I geni neuronali sono silenziati Nelle cellule non- neuronali ALTERAZIONI DEL FUNZIONAMENTO DEI NEURONI STESSI NELLE PATOLOGIE NERVOSE. Un buon numero di disordini neurodegenerativi e ritardo mentale hanno una base epigenetica. E’ stato dimostrato che regolatori epigenetici hanno effetto diretto sul rimodellamento della cromatina con conseguente alterazione dell’espressione di geni in diverse patologie nervose.