Analizzatore genetico ABI PRISM ® 3100

Analizzatore genetico
ABI PRISM® 3100
Guida introduttiva al sequenziamento
© Copyright 2001, Applied Biosystems
For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.
FOR LIMITED LICENSE INFORMATION, PLEASE SEE THE ABI PRISM ® 3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL.
The ABI PRISM® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied
Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems.
ABI PRISM and its design, Applied Biosystems, BioLIMS, GeneScan, Genotyper, and MicroAmp are registered trademarks of Applera Corporation or its
subsidiaries in the U.S. and certain other countries.
ABI, BigDye, Factura, Hi-Di, POP, POP-4, and POP-6 are trademarks of Applera Corporation or its subsidiaries in the U.S. and certain other countries.
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Microsoft, Windows, and Windows NT are registered trademarks of the Microsoft Corporation in the United States and other countries.
Oracle is a registered trademark of the Oracle Corporation.
pGEM is a registered trademark of Promega Corporation.
All other trademarks are the sole property of their respective owners.
Applied Biosystems vast distribution and service network, composed of highly trained support and applications personnel, reaches into 150 countries on
six continents. For international office locations, please call our local office or refer to our web site at www.appliedbiosystems.com.
Applera Corporation is committed to providing the world’s leading technology and information for life scientists. Applera Corporation consists of the
Applied Biosystems and Celera Genomics businesses.
Indice
1 Introduzione
Dati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-1
Il presente manuale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2
Ulteriori informazioni. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-2
Assistenza tecnica. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-3
Sicurezza. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1-7
2 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Dati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-1
Prima di cominciare . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-2
Avvio del software 3100 Data Collection . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-3
Impostazione delle preferenze del software . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-5
Uso del gruppo piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-7
Controllo e aggiunta dei fluidi . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-9
Posizionamento della piastra sull’autocampionatore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-13
Creazione di un record della piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-14
Collegamento di una piastra . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-20
Avvio e monitoraggio della corsa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-23
Arresto di una corsa e recupero dei dati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-24
Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-25
Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2-27
3 Visualizzazione e analisi dei dati
Dati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-1
Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa completata . . . . . . . 3-2
Visualizzazione dei dati analizzati . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-5
Analisi o rianalisi dei dati. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3-11
4 Calibrazioni spaziale e spettrale
Dati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-1
Esecuzione di una calibrazione spaziale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-2
Esecuzione di una calibrazione spettrale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4-6
i
5 Manutenzione dello strumento
Dati generali . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-1
Elenco delle operazioni di manutenzione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-2
Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-4
Controllo dello spazio disponibile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-5
Pulizia e controllo delle siringhe . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-7
Rimozione delle camere del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-9
Pulizia delle camere del polimero . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-10
Aggiunta di polimero fresco allo strumento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-11
Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-12
Installazione e rimozione del set di capillari . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-13
Conservazione di un set di capillari. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-14
Arresto dello strumento . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5-15
Indice analitico
ii
Introduzione
1
1
Dati generali
Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti.
Argomento
Vedere
pagina
Il presente manuale
1-2
Ulteriori informazioni
1-2
Assistenza tecnica
1-3
Sicurezza
1-7
Introduzione 1-1
Il presente manuale
Scopo Lo scopo del presente manuale è quello di fornire all’operatore le istruzioni
fondamentali per:
♦
l’esecuzione di una corsa di sequenziamento
♦
l’analisi dei dati risultanti
♦
la calibrazione e le operazioni di manutenzione ordinaria dell’ABI PRISM ®
analizzatore genetico 3100
Ulteriori informazioni
Dove reperire La seguente tabella riporta i manuali e le guide correlati all’analizzatore
ulteriori genetico 3100.
informazioni
Per ottenere...
Consultare…
informazioni sulla sicurezza o sulla preparazione
del laboratorio per l’installazione dell’analizzatore
genetico 3100
Guida per la preparazione del sito di installazione e
per la sicurezza dell’analizzatore genetico 3100
ABI PRISM
4324535
informazioni particolareggiate sull’analizzatore
genetico 3100
Manuale d’uso dell’analizzatore genetico 3100
ABI PRISM
4315834
informazioni sulla preparazione dei campioni e
sulla selezione e ottimizzazione dei metodi chimici
per il sequenziamento mediante l’analizzatore
genetico 3100
Guida alla chimica del sequenziamento
dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM
4315831
informazioni particolareggiate sull’analisi e la
visualizzazione dei dati di sequenziamento
mediante il software DNA Sequencing Analysis
Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA
Sequencing Analysis v. 3.7
4308924
una procedura breve per l’esecuzione di una tipica
corsa di analisi dei frammenti, la visualizzazione e
l’analisi dei dati della corsa e l’esecuzione delle
operazioni di manutenzione ordinaria
Guida introduttiva all’analisi dei frammenti
dell’analizzatore genetico 3100 ABI PRISM
431532
1-2 Introduzione
P.N.
Assistenza tecnica
Come contattare il Il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems è disponibile via telefono,
servizio di assistenza fax, posta elettronica o tramite Internet. È possibile ordinare 24 ore al giorno i
tecnica documenti per gli operatori Applied Biosystems, le schede di sicurezza dei materiali
(MSDS), i certificati di analisi e altri documenti correlati. Inoltre, è possibile scaricare
documenti in formato PDF dal sito Web della Applied Biosystems (a questo proposito,
consultare la sezione “Documenti su richiesta” più avanti in questo capitolo).
Per contattare il Gli indirizzi di posta elettronica del servizio di assistenza tecnica sono forniti nella
servizio di assistenza seguente tabella in base alle diverse aree di prodotto.
tecnica tramite posta
Indirizzo di posta elettronica
elettronica Area di prodotto
Analisi genetica (sequenziamento del DNA)
[email protected]
Sistemi di determinazione della sequenza e
PCR
[email protected]
Sequenziamento delle proteine,
sintesi peptidica e del DNA
[email protected]
Biocromatografia, sistemi PerSeptive per la
sintesi del DNA, del PNA e peptidica,
spettrometri di massa CytoFluor®, FMAT™,
Voyager™ e Mariner™
[email protected]
Applied Biosystems/MDS Sciex
[email protected]
Chemiluminescenza (Tropix)
[email protected]
Orari del servizio di Negli Stati Uniti e in Canada il servizio di assistenza tecnica è disponibile nei seguenti
assistenza tecnica orari.
telefonica
Per contattare
il servizio di
assistenza tecnica
per telefono o fax
Prodotto
Orari
Chemiluminescenza
dalle 8:30 alle 17:30, ora di New York
Centro assistenza Framingham
dalle 8:00 alle 18:00, ora di New York
Tutti gli altri prodotti
dalle 5:30 alle 17:00, ora della California
Nella Nord America
Per contattare il servizio di assistenza tecnica della Applied Biosystems, servirsi dei
numeri telefonici e di fax elencati qui sotto (per una chiamata di assistenza relativa ad
altre esigenze, o in caso di emergenza, comporre il numero 1-800-831-6844 e
premere 1).
Prodotto o
area di prodotto
Per telefonare
comporre il...
Per inviare un fax
comporre il...
Analizzatore di DNA ABI PRISM® 3700
1-800-831-6844,
1-650-638-5981
quindi premere 8
Sintesi del DNA
1-800-831-6844,
1-650-638-5981
quindi premere 21
Sequenziamento del DNA mediante
rilevamento della fluorescenza
1-800-831-6844,
1-650-638-5981
quindi premere 22
Introduzione 1-3
Prodotto o
area di prodotto
Per telefonare
comporre il...
Per inviare un fax
comporre il...
Analisi dei frammenti mediante
rilevamento della fluorescenza (incluse
le applicazioni GeneScan®)
1-800-831-6844,
1-650-638-5981
Dispositivi integrati per il controllo
termico (strumenti ABI PRISM® 877 e
Catalyst 800)
1-800-831-6844,
Analizzatore genetico ABI PRISM ® 3100
1-800-831-6844,
quindi premere 23
1-650-638-5981
quindi premere 24
1-650-638-5981
quindi premere 26
BioInformatics (incluse le applicazioni
BioLIMS®, BioMerge® e SQL GT®)
1-800-831-6844,
Sintesi peptidica (sistemi 433 e 43X)
1-800-831-6844,
1-505-982-7690
quindi premere 25
1-650-638-5981
quindi premere 31
Sequenziamento delle proteine (sistemi di
sequenziamento delle proteine Procise®)
1-800-831-6844,
PCR e rilevamento della sequenza
1-800-762-4001,
1-650-638-5981
quindi premere 32
1-240-453-4613
quindi premere 1 per
PCR, 2 per il 7700 o
5700, 6 per il 6700
o comporre il numero
1-800-831-6844, quindi
premere 5
Stazioni di lavoro per biospettrometria
MALDI-TOF Voyager™ e per spettrometria
di massa ESI-TOF Mariner™
1-800-899-5858,
Biocromatografia (stazioni di lavoro
BioCAD® e prodotti per cromatografia di
perfusione Poros®)
1-800-899-5858,
Sistemi Expedite™ per la sintesi
dell’acido nucleico
1-800-899-5858,
Sintesi peptidica (sintetizzatori peptidici
Pioneer™ e 9050 Plus)
1-800-899-5858,
PNA su ordinazione e sintesi
1-800-899-5858,
1-508-383-7855
quindi premere 13
1-508-383-7855
quindi premere 14
1-508-383-7855
quindi premere 15
1-508-383-7855
quindi premere 15
1-508-383-7855
quindi premere 15
Sistema FMAT™ 8100 HTS e lettore di
piastre in fluorescenza CytoFluor® 4000
1-800-899-5858,
Chemiluminescenza (Tropix)
1-800-542-2369 (solo
1-508-383-7855
quindi premere 16
1-781-275-8581
per chi chiama dagli
USA), o
+1-781-271-0045
Applied Biosystems/MDS Sciex
1-800-952-4716
1-508-383-7899
Per telefonare
comporre il...
Per inviare un fax
comporre il...
In tutti gli altri Paesi
Regione
Africa e Medio Oriente
1-4 Introduzione
Africa (anglofona) e Asia Orientale
(Fairlands, Repubblica Sudafricana)
27 11 478 0411
27 11 478 0349
Repubblica Sudafricana (Johannesburg)
27 11 478 0411
27 11 478 0349
Regione
Paesi del Medio Oriente e Nordafrica
(Monza, Italia)
Per telefonare
comporre il...
Per inviare un fax
comporre il...
39 (0)39 8389 481
39 (0)39 8389 493
Estremo Oriente, Cina, Oceania
Australia (Scoresby, Victoria)
61 3 9730 8600
61 3 9730 8799
Cina (Pechino)
86 10 64106608
86 10 64106617
Hong Kong
852 2756 6928
852 2756 6968
Corea (Seoul)
82 2 593 6470/6471
82 2 593 6472
Malesia (Petaling Jaya)
60 3 758 8268
60 3 754 9043
Singapore
65 896 2168
65 896 2147
Taiwan (Taipei Hsien)
886 2 22358 2838
886 2 2358 2839
Tailandia (Bangkok)
66 2 719 6405
66 2 319 9788
Europa
Austria (Vienna)
43 (0)1 867 35 75 0
43 (0)1 867 35 75 11
Belgio
32 (0)2 712 5555
32 (0)2 712 5516
Repubblica Ceca e Slovacchia (Praga)
420 2 61 222 164
420 2 61 222 168
Danimarca (Naerum)
45 45 58 60 00
45 45 58 60 01
Finlandia (Espoo)
358 (0)9 251 24 250
358 (0)9 251 24 243
Francia (Parigi)
33 (0)1 69 59 85 85
33 (0)1 69 59 85 00
Germania (Weiterstadt)
49 (0) 6150 101 0
49 (0) 6150 101 101
Ungheria (Budapest)
36 (0)1 270 8398
36 (0)1 270 8288
Italia (Milano)
39 (0)39 83891
39 (0)39 838 9492
Norvegia (Oslo)
47 23 12 06 05
47 23 12 05 75
Polonia, Lituania, Lettonia ed Estonia
(Varsavia)
48 (22) 866 40 10
48 (22) 866 40 20
Portogallo (Lisbona)
351 (0)22 605 33 14
351 (0)22 605 33 15
Russia (Mosca)
7 095 935 8888
7 095 564 8787
Europa Sudorientale (Zagabria, Croazia)
385 1 34 91 927
385 1 34 91 840
Spagna (Tres Cantos)
34 (0)91 806 1210
34 (0)91 806 1206
Svezia (Stoccolma)
46 (0)8 619 4400
46 (0)8 619 4401
Svizzera (Rotkreuz)
41 (0)41 799 7777
41 (0)41 790 0676
Paesi Bassi (Nieuwerkerk a/d IJssel)
31 (0)180 331400
31 (0)180 331409
Regno Unito (Warrington, Cheshire)
44 (0)1925 825650
44 (0)1925 282502
Tutti gli altri Paesi non elencati
(Warrington, UK)
44 (0)1925 282481
44 (0)1925 282509
Giappone
Giappone (Hacchobori, Chuo-Ku, Tokyo)
81 3 5566 6230
81 3 5566 6507
America Latina
Del.A. Obregon, Messico
305-670-4350
305-670-4349
Introduzione 1-5
Per contattare il Per ottenere le risposte alle domande più frequenti e ulteriori informazioni sui nostri
servizio di assistenza prodotti, consigliamo vivamente di visitare il nostro sito Web. Tale sito consente inoltre
tecnica via Internet di ordinare documenti tecnici o un indice dei documenti disponibili e di richiederne
l’invio tramite fax o posta elettronica. L’indirizzo del sito Web della
Applied Biosystems è:
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
Per inoltrare domande di carattere tecnico dal Nord America o dall’Europa, attenersi
alle seguenti istruzioni.
Passa
Procedura
1
Accedere al sito Web di assistenza tecnica della Applied Biosystems.
2
Sotto l’intestazione Troubleshooting (Risoluzione dei problemi), fare clic su Support
Request Forms (Moduli per la richiesta di assistenza), quindi selezionare la regione
di assistenza pertinente per l’area di prodotto in questione.
3
Immettere le informazioni richieste e la propria domanda nel modulo visualizzato,
quindi fare clic sul pulsante blu con testo giallo Ask Us RIGHT NOW (Inoltra adesso).
4
Immettere le informazioni richieste nel modulo successivo (se non lo si è ancora
fatto), quindi fare clic su Ask Us RIGHT NOW.
Entro 24–48 ore, uno degli specialisti del servizio di assistenza tecnica invierà per
posta elettronica una risposta all’operatore.
Documenti su L’accesso gratuito e ininterrotto alla documentazione tecnica della Applied Biosystems
richiesta (incluse le MSDS) è disponibile via fax, posta elettronica o tramite il sito Web.
Per ordinare i
documenti...
Procedura
per numero
d’indice
a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied
Biosystems all’indirizzo
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
b. Fare clic sul collegamento Index (Indice) relativo al tipo di
documento desiderato, quindi individuare il documento in questione
e annotarne il numero d'indice.
c. Utilizzare i numeri d'indice per richiedere i documenti in base alle
procedure descritte qui di seguito.
per telefono, per
la consegna via
fax
a. Dagli USA o dal Canada, comporre il numero 1-800-487-6809;
da tutti gli altri Paesi, comporre il numero +1-858-712-0317.
b. Per ordinare i documenti desiderati, attenersi alle istruzioni vocali
fornite.
Nota Vi è un limite di cinque documenti per richiesta.
1-6 Introduzione
Per ordinare i
documenti...
tramite Internet,
per la consegna
via fax o posta
elettronica
Procedura
a. Accedere al sito Web del servizio di assistenza tecnica della Applied
Biosystems all’indirizzo
http://www.appliedbiosystems.com/techsupp
b. Sotto Resource Libraries (Librerie di consultazione), fare clic sul tipo
di documento desiderato.
c. Immettere o selezionare le informazioni desiderate nel modulo
visualizzato, quindi fare clic su Search (Cerca).
d. Nei risultati della ricerca visualizzati, selezionare la casella
corrispondente al metodo di consegna desiderato per ciascun
documento corrispondente ai criteri specificati, quindi fare clic su
Deliver Selected Documents Now (Consegna i documenti selezionati
adesso); in alternativa, fare clic sull’icona PDF corrispondente al
documento desiderato per scaricarlo immediatamente.
e. Completare il modulo di informazioni (se non lo si è ancora fatto),
quindi fare clic su Deliver Selected Documents Now per inoltrare il
proprio ordine.
Nota La consegna via fax prevede un limite di cinque documenti per
richiesta; la consegna per posta elettronica non è invece soggetta ad
alcun limite per quanto riguarda il numero di documenti ordinabili.
Sicurezza
Note cautelative
per l’operatore
utilizzate nella
documentazione
Le note cautelative utilizzate nella documentazione della Applied Biosystems
destinata agli operatori sono cinque. Ciascuna nota presuppone un particolare livello
di osservanza o l’esecuzione di una particolare operazione da parte dell’operatore,
secondo quanto descritto qui di seguito.
Nota Richiama l’attenzione dell’operatore su informazioni utili.
IMPORTANTE Indica informazioni necessarie ai fini del corretto funzionamento dello
strumento.
! ATTENZIONE Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata,
potrebbe causare lesioni di minore o moderata entità. Può inoltre essere usata per mettere in
guardia l’operatore nei confronti di pratiche pericolose.
! AVVERTENZA Indica una situazione potenzialmente pericolosa che, se non evitata,
potrebbe causare lesioni gravi o decesso.
! PERICOLO Indica una situazione di pericolo incombente che, se non evitata, causerà
decesso o lesioni gravi. Questa nota cautelativa viene usata esclusivamente nelle situazioni di
estremo pericolo.
Avvertenze relative ! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Alcune delle sostanze chimiche
alle sostanze utilizzate con gli strumenti e i protocolli Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e
chimiche pericolose possono provocare lesioni, malattie o decesso.
♦
Leggere e comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite
dalla ditta produttrice delle sostanze chimiche o dei materiali pericolosi, prima di
riporli in magazzino, manipolarli o utilizzarli.
Introduzione 1-7
♦
Ridurre al minimo il contatto e l’inalazione delle sostanze chimiche. Durante la
manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione
personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi). Per ulteriori
indicazioni relative alla sicurezza, consultare le MSDS.
♦
Non lasciare aperti i contenitori delle sostanze chimiche e usare tali sostanze solo
in ambienti adeguatamente ventilati.
♦
Verificare regolarmente l'eventuale presenza di perdite o fuoriuscite. In caso di
perdite o fuoriuscite, attenersi alle procedure per la pulizia fornite dalla ditta
produttrice della sostanza chimica in questione nella MSDS ad essa
corrispondente.
♦
Rispettare tutte le leggi e le norme locali, regionali/provinciali e statali relative alla
conservazione, alla manipolazione e allo smaltimento delle sostanze chimiche.
\
Avvertenze relative ! AVVERTENZA RIFIUTI CHIMICI PERICOLOSI. Le scorie generate dagli strumenti
alle scorie chimiche Applied Biosystems sono potenzialmente pericolose e possono provocare lesioni, malattie o
pericolose decesso.
Guida per la
preparazione del sito
di installazione e per
la sicurezza
♦
Prima di riporre in magazzino, manipolare o smaltire le scorie chimiche, leggere e
comprendere a fondo le informazioni contenute nelle MSDS fornite dalle ditte
produttrici delle sostanze chimiche presenti nel contenitore delle scorie.
♦
Manipolare le scorie chimiche all’interno di una cappa aspirante.
♦
Ridurre al minimo il contatto e l’inalazione delle scorie chimiche. Durante la
manipolazione delle scorie chimiche, indossare gli opportuni corredi di protezione
personale (come occhiali di protezione, guanti e indumenti protettivi).
♦
Dopo avere vuotato il contenitore delle scorie, chiuderlo ermeticamente con il
tappo fornito.
♦
Smaltire il contenuto della vaschetta e del flacone delle scorie chimiche in
osservanza delle prassi di sicurezza del laboratorio e delle norme locali,
regionali/provinciali e statali relative alla tutela dell’ambiente e della salute.
La guida per la preparazione del sito di installazione e per la sicurezza è un
documento separato che viene inviato a tutti gli acquirenti e gli utilizzatori degli
strumenti Applied Biosystems. Per informazioni sulla preparazione del sito di
installazione, sulla sicurezza dello strumento, sulla sicurezza delle sostanze chimiche
e sulle caratteristiche delle scorie, consultare la guida specifica per lo strumento in
dotazione.
Schede di sicurezza Alcune delle sostanze chimiche utilizzate con il presente strumento sono classificate
dei materiali come pericolose dalle rispettive ditte produttrici. In questo caso, le etichette dei
contenitori di tali sostanze recano in posizione ben visibile le apposite avvertenze.
Prima della consegna o all’atto della consegna delle sostanze chimiche pericolose, le
rispettive ditte produttrici forniranno una MSDS ai nuovi clienti e ne allegheranno una
copia aggiornata alla prima consegna di una sostanza chimica pericolosa la cui la
scheda abbia subito delle modifiche. Le MSDS forniscono all’operatore le informazioni
necessarie per garantire la sicurezza della conservazione, la manipolazione, il
trasporto e lo smaltimento delle sostanze chimiche.
1-8 Introduzione
Qualora, alla consegna di un lotto di sostanze chimiche pericolose si riceva una
scheda aggiornata, si consiglia di sostituirla a quella in archivio.
! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Prima di procedere all’uso di
reagenti o solventi, leggere con attenzione le rispettive MSDS.
Per ordinare le Utilizzare le seguenti informazioni per ordinare copie supplementari gratuite delle
schede MSDS MSDS relative alle sostanze chimiche prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems.
Per ordinare le MSDS...
Procedura
via Internet
a. visitare il sito Web
www.appliedbiosystems.com/techsupp
b. fare clic su MSDSs
Se si possiede...
Allora…
il numero della MSDS o il
suo numero all’interno
dell’indice del servizio
Document on Demand
(Documenti su richiesta)
digitare uno di questi
numeri nel campo
apposito su questa pagina
il numero di catalogo del
prodotto
selezionare Click Here
(Fare clic qui), quindi
digitare il numero di
catalogo o le parole chiave
nel campo apposito della
pagina visualizzata
una parola/e chiave
c. è possibile aprire e scaricare una versione in formato PDF
(utilizzando Adobe® Acrobat® Reader™) del documento
desiderato; in alternativa, è possibile richiede che il
documento venga consegnato via fax o per posta elettronica.
via servizio telefonico
automatizzato
consultare il paragrafo “Documenti su richiesta” della sezione
“Come contattare il servizio di assistenza tecnica”.
per telefono negli Stati
Uniti
comporre il numero 1-800-327-3002, quindi premere 1.
per telefono in Canada
per telefono in qualsiasi
altro Paese
Per ordinare in
lingua...
Comporre il numero
1-800-668-6913 e...
inglese
premere 1, quindi 2quindi
nuovamente 1
francese
premere 2, quindi 2, quindi 1
vedere la regione specifica nel paragrafo “Per contattare il
servizio di assistenza tecnica per telefono o fax” nella sezione
“Come contattare il servizio di assistenza tecnica”.
Per le sostanze chimiche non prodotte o distribuite dalla Applied Biosystems,
rivolgersi alle rispettive ditte produttrici.
Introduzione 1-9
Etichette relative Lo strumento è dotato di etichette contenenti informazioni di sicurezza. Ciascuna
alla sicurezza dello etichetta si articola in tre sezioni.
strumento ♦ Una sezione contenente una segnalazione verbale, che presuppone un
particolare livello di osservanza o l’esecuzione di una particolare operazione da
parte dell’operatore (ad esempio, ATTENZIONE o AVVERTENZA). Se l’etichetta
è relativa a più pericoli, la segnalazione verbale del livello di pericolo riportata
corrisponde al pericolo maggiore.
♦
Una sezione contenente un messaggio di spiegazione del pericolo e gli interventi
necessari da parte dell’operatore.
♦
Un simbolo di sicurezza che indica un potenziale pericolo per l’incolumità della
persona. Per ottenere la definizione di tutti i simboli di sicurezza nelle varie lingue
in cui vengono forniti, consultare la Guida per la preparazione del sito di
installazione e per la sicurezza dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.
Informazioni sullo Poiché l’uso dello strumento genera scorie potenzialmente pericolose, è
smaltimento delle responsabilità dell’operatore eseguire le operazioni descritte qui di seguito.
scorie ♦ Caratterizzare (se necessario, anche tramite analisi) le scorie generate dalle
applicazioni, dai reagenti e dai substrati utilizzati nel laboratorio.
♦
Tutelare la salute e la sicurezza di tutto il personale di laboratorio.
♦
Verificare che le scorie generate dallo strumento vengano conservate, trasferite,
trasportate e smaltite in conformità a tutte le norme locali, regionali/provinciali e
statali vigenti.
Nota I materiali radioattivi o biologicamente pericolosi possono richiedere speciali tecniche di
manipolazione ed essere soggetti a limitazioni relative allo smaltimento.
Prima di utilizzare Verificare che tutto il personale che utilizza lo strumento abbia:
lo strumento ♦ ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza nell’ambito
dei laboratori
♦
ricevuto la necessaria formazione riguardante le prassi di sicurezza specifiche per
lo strumento
♦
letto e compreso tutte le MSDS pertinenti
! ATTENZIONE Evitare di utilizzare il presente strumento in un modo non espressamente
indicato dalla Applied Biosystems. Sebbene lo strumento sia stato progettato in modo da
proteggere l’operatore, l’uso improprio dello stesso rischia di comprometterne il grado di
protezione.
1-10 Introduzione
Uso del computer Il corretto utilizzo del computer evita i potenziali effetti da sforzo, come l’affaticamento,
nel rispetto il dolore e la tensione.
dell’ergonomia Per ridurre al minimo questi effetti sulla schiena, gli arti inferiori, gli occhi e le estremità
superiori (collo, spalle, braccia, polsi, mani e dita), disporre la propria stazione di
lavoro in modo da garantire una posizione di lavoro naturale e rilassata. A questo
scopo è necessario prendere anche in considerazione l’adeguatezza di fattori quali il
riscaldamento, il condizionamento dell’aria, la ventilazione e l’illuminazione
dell’ambiente. Attenersi alle indicazioni riportate qui di seguito.
! ATTENZIONE PERICOLO PER IL SISTEMA MUSCOLOSCHELETRICO DOVUTO A
MOVIMENTI RIPETITIVI. Questi pericoli sono causati dai seguenti potenziali fattori di rischio
che includono, in modo non esclusivo, il movimento ripetitivo, una posizione scorretta, sforzi
accentuati, il mantenimento di posizioni statiche non salutari, la pressione da contatto e altri
fattori ambientali correlati alla stazione di lavoro.
♦
♦
Adottare una posizione da seduti che garantisca il massimo equilibrio tra comfort,
facilità di accesso alla tastiera e assenza di pressioni e sollecitazioni in grado di
indurre affaticamento.
–
In questa posizione, la maggior parte del peso corporeo dell’individuo deve
essere sostenuto dai glutei, non dalle cosce.
–
I piedi devono poggiare piatti sul pavimento e il peso delle gambe deve
gravare sul pavimento, non sulle cosce.
–
Al fine di mantenere la corretta posizione concava della spina dorsale, è
necessario disporre di un adeguato supporto lombare.
Collocare la tastiera su una superficie dotata delle seguenti caratteristiche.
–
L’altezza della superficie deve essere tale da consentire di posizionare gli
avambracci orizzontalmente e le braccia verticalmente.
–
La superficie deve supportare gli avambracci e le mani per evitare
l’affaticamento muscolare delle braccia.
♦
Posizionare lo schermo ad un’altezza che consenta di mantenere una posizione
naturale del corpo e del capo. Tale altezza dipende dalla taglia corporea
dell’operatore.
♦
Regolare le caratteristiche di visualizzazione in modo da ottimizzare il comfort e
l’efficienza.
♦
–
Regolare le variabili dello schermo, come la luminosità, il contrasto e il colore
in base alle preferenze personali e all’illuminazione dell’ambiente.
–
Posizionare lo schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi dovuti a sorgenti
luminose presenti nell’ambiente.
–
Posizionare lo schermo ad una distanza che prenda in considerazione
l’eventuale miopia, presbiopia, astigmatismo e gli effetti delle lenti correttive
indossate dall’operatore.
Nel considerare la distanza dell’operatore dallo schermo, attenersi alle seguenti
indicazioni.
–
La distanza tra gli occhi dell’operatore e lo schermo deve essere circa uguale
alla distanza tra i suoi occhi e la tastiera.
–
Per la maggior parte delle persone, la distanza di lettura più comoda è di circa
50 cm.
Introduzione 1-11
–
Per consentire un’adeguata regolazione della distanza, la superficie della
stazione di lavoro deve avere una profondità minima di 91,5 cm.
–
Regolare l’inclinazione dello schermo in modo da ridurre al minimo i riflessi e
il riverbero ed evitare di utilizzare una stazione di lavoro dotata di superfici
altamente riflettenti.
♦
Usare un leggio di forma adatta, regolabile sia orizzontalmente che verticalmente,
che consenta il posizionamento del materiale cartaceo di consultazione alla
medesima distanza dagli occhi dello schermo e della tastiera.
♦
Disporre i cavi e i fili in modo che non intralcino gli operatori e il resto del
personale.
♦
Selezionare una stazione di lavoro dotata di una superficie sufficientemente
ampia da consentire l’esecuzione di altre operazioni e che fornisca inoltre uno
spazio adeguato per garantire la libertà di movimento delle gambe dell’operatore
seduto.
Avvertenze relative ! AVVERTENZA PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Lavorando su uno strumento
al pericolo di alimentato da una fonte di alimentazione ad alta tensione è possibile subire forti scosse
folgorazione elettriche, che possono causare lesioni o decesso. Per evitare il pericolo di folgorazione, prima
di intervenire sullo strumento, scollegarlo dalla rete di alimentazione, disinserire il cavo di
alimentazione e attendere almeno 1 minuto.
! AVVERTENZA PERICOLO DI FOLGORAZIONE. Per ridurre il rischio di folgorazione,
non rimuovere i pannelli di copertura che richiedono l’impiego di particolari utensili per la
rimozione. Lo strumento non contiene alcun componente riparabile o sostituibile dall’operatore.
Affidare tali interventi al personale qualificato della Applied Biosystems.
Avvertenza relativa ! AVVERTENZA PERICOLO DI USTIONI DOVUTE AL LASER. Un laser surriscaldato, se
al laser viene a contatto con la pelle, può provocare gravi ustioni. NON usare il laser se non è possibile
raffreddarlo mediante la sua ventola di raffreddamento. Indossare sempre occhiali di protezione
laser.
1-12 Introduzione
Esecuzione di una corsa
di sequenziamento
2
2
Dati generali
Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti.
Vedere
pagina
Argomento
Prima di cominciare
2-2
Avvio del software 3100 Data Collection
2-3
Impostazione delle preferenze del software
2-5
Uso del gruppo piastra
2-7
Controllo e aggiunta dei fluidi
2-9
Posizionamento della piastra sull’autocampionatore
2-13
Creazione di un record della piastra
2-14
Collegamento di una piastra
2-20
Avvio e monitoraggio della corsa
2-23
Arresto di una corsa e recupero dei dati
2-24
Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa
2-25
Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi
2-27
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-1
Prima di cominciare
Premessa Le procedure descritte nel presente capitolo presuppongono che:
♦
il computer e lo strumento siano stati correttamente configurati;
♦
lo strumento sia stato sottoposto alle calibrazioni spaziale e spettrale con esito
positivo. Se necessario, consultare il Capitolo 4 del presente manuale;
♦
vi sia spazio libero sufficiente sul disco rigido del computer. Se necessario,
consultare il Capitolo 5 del presente manuale;
♦
i campioni siano stati correttamente preparati e risospesi. Per informazioni sulla
preparazione dei campioni, consultare la Guida alla chimica del sequenziamento
mediante l’ABI PRISM analizzatore genetico 3100 (P.N. 4315831).
2-2 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Avvio del software 3100 Data Collection
Prima di cominciare Prima di avviare il software Data Collection, eseguire le seguenti operazioni.
Passa
1
Procedura
Accertarsi che il computer e il monitor siano accesi.
IMPORTANTE Il computer deve essere sempre acceso prima dello strumento.
Il nome utente predefinito è “3100User” e la password non è impostata.
2
Verificare che l’analizzatore genetico ABI PRISM ® 3100 sia acceso e che
l’indicatore luminoso di stato verde sia acceso (non lampeggiante).
3
Verificare che OrbixWeb Daemon sia attivo individuando il pulsante corrispondente
sulla barra delle applicazioni di Windows NT.
Se OrbixWeb Daemon non è in attivo, accedere al menu Start, fare clic su Applied
Biosystems, quindi selezionare OrbixWeb Daemon.
Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file
orbixd.exe nella directory D:\dbtools\iona\orbixweb3.2\bin; (b) fare clic con il pulsante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un collegamento denominato Shortcut to orbixd.exe; (d) trascinare tale collegamento sul
desktop.
IMPORTANTE OrbixWeb Daemon deve essere avviato per rendere possibile
l’esecuzione del software 3100 Data Collection.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-3
Avvio del software Per avviare il software Data Collection, procedere come segue.
Data Collection
Passa
1
Procedura
Nel menu Start, selezionare Applied Biosystems, quindi 3100 Data Collection.
Nota Per creare un collegamento a tale programma: (a) individuare il file
3100Collection.bat nella directory D:\AppliedBio\3100\Bin; (b) fare clic con il pulsante destro del mouse su tale file; (c) fare clic su Create Shortcut. Ciò crea un collegamento denominato Shortcut to 3100 Collection Software;
(d) trascinare tale collegamento sul desktop.
Si lancia il software 3100 Data Collection e viene visualizzata la seguente finestra.
2-4 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Impostazione delle preferenze del software
Introduzione Le preferenze del software Data Collection vengono impostate durante l’installazione
dello strumento; in seguito è tuttavia possibile visualizzarle o modificarle dalla finestra
di dialogo Setting Preferences (Impostazione preferenze).
Visualizzazione della Per visualizzare la finestra di dialogo Setting Preferences, procedere come segue.
finestra di dialogo
Passa Procedura
Setting Preferences
1
Nel menu View, selezionare Preferences o fare clic su Preferences.
La finestra di dialogo è composta da due schede, come descritto qui di seguito.
Finestra Data
Collection
Preferenza
Descrizione
Instrument Name
In questo campo viene automaticamente inserito il nome demo_3100.
È possibile inserirvi un nome qualsiasi (ad esempio, il numero di serie
dello strumento).
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-5
Finestra Data
Analysis
Preferenza
Descrizione
AutoAnalysis On
Selezionare questa casella per far analizzare automaticamente i
campioni dal software di analisi alla conclusione della corsa.
Nota La selezione di questa opzione non impedisce di ripetere
l’analisi dei dati dei campioni.
BioLIMS
Utilizzare queste impostazioni per esportare i dati in un database
BioLIMS invece che nei file dei campioni.
Sample File Name
Prefix Format
Specificare il formato da utilizzare per i nomi dei file dei campioni
usando i menu.
Identificatore
Origine
Run ID
Generato dal software Data Collection
Sample Name
Tratto dai dati immessi nel foglio elettronico
del Plate Editor
Well Position
Ottenuta dalla posizione del campione sulla
piastra (le lettere designano le colonne, i
numeri designano le righe: ad esempio, C3)
Plate Name
Tratto dai dati immessi nella finestra di
dialogo del Plate Editor
Instrument ID
Tratto dai dati immessi nella finestra Data
Collection delle preferenze
Array ID
Tratto dai dati immessi nel programma
guidato Install Capillary Array (Installa set di
capillari)
Nota Oltre ai quattro identificatori impostati nei menu a discesa, a
tutti i nomi vengono automaticamente accodati il numero del capillare
e un’estensione di file. Quindi, nell’esempio della finestra Data Analysis mostrato qui sopra, il nome del campione diventa:
Sample Name_Well Position_Capillary Number.ab1
2-6 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Uso del gruppo piastra
Componenti del I componenti del gruppo piastra sono i seguenti.
gruppo piastra
Fermapiastra
Setti
copripiastra
1
2
3
Piastra per
campioni
Base della
piastra
Preparazione del Per preparare un gruppo piastra, procedere come segue.
gruppo piastra
Passa
1
Procedura
Fissare i setti copripiastra puliti e asciutti sulla piastra dei campioni.
IMPORTANTE Non utilizzare mai piastre deformate.
IMPORTANTE Accertarsi che i setti copripiastra siano ben piatti sulla piastra.
2
Collocare la piastra per campioni sulla base della piastra.
3
Fare scattare il fermapiastra sulla piastra per campioni e sulla base della piastra.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-7
Per preparare un gruppo piastra, procedere come segue.
Passa
4
(Continua)
Procedura
Verificare che i fori del fermapiastra siano allineati ai setti copripiastra.
IMPORTANTE L’inadeguato allineamento dei fori del fermapiastra e dei setti
copripiastra danneggia le estremità dei capillari.
I fori del fermapiastra
devono essere allineati a
quelli dei setti copripiastra.
2-8 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Controllo e aggiunta dei fluidi
Aggiunta o Prima di procedere alla preparazione dello strumento, determinare se aggiungere o
sostituzione del sostituire il polimero.
polimero
Se il polimero sullo strumento...
Allora…
ha meno di una settimana ed
Verificare che non vi siano bolle d’aria, quindi
procedere con la preparazione dello strumento.
è in quantità sufficiente per
completare le corsea
ha più di una settimana, oppure
è in quantità insufficiente per
completare le corse
Nota Per la rimozione delle bolle d’aria, vedere
pagina 5-4.
Riempire di polimero le siringhe e la camera superiore
del polimero in base alle istruzioni fornite dal
programma guidato Change Polymer (Cambia
polimero). Per le istruzioni, vedere pagina 5-11.
! ATTENZIONE SOSTANZE CHIMICHE
PERICOLOSE. Il polimero POP può irritare gli occhi,
la cute e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e
attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla
manipolazione di questa sostanza. Indossare
adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di
protezione. Il presente prodotto va usato
esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.
a. Sono necessari >0,5 ml di polimero. Una corsa utilizza 50–80 µl di polimero: ciò equivale a 60–100 corse
da una siringa da 5 ml.
IMPORTANTE Se ha più di una settimana, il polimero va sostituito.
IMPORTANTE Prima di procedere, verificare che non vi siano bolle d’aria nella camera superiore del polimero. Per la rimozione delle bolle d’aria, vedere pagina 5-4.
Quando sostituire Il tampone di corsa 1X nei serbatoi per anodo e catodo va sostituito giornalmente o
il tampone prima di ciascuna corsa.
IMPORTANTE La mancata sostituzione del tampone può dare luogo a un calo della risoluzione e della qualità dei dati.
IMPORTANTE Per le operazioni di aggiunta del tampone e di posizionamento della piastra,
l’autocampionatore deve essere in posizione estesa, con le estremità dei capillari fuori dalla
soluzione tampone. Per evitare l’essiccamento dei capillari, non lasciare l’autocampionatore in
questa posizione per più di 30 minuti.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-9
Preparazione del Per preparare 30 ml di tampone di corsa 1X, procedere come segue.
tampone per una
singola corsa Passa Procedura
1
Dosare 3,0 ml di tampone di corsa 10X in un cilindro graduato.
2
Aggiungere una quantità sufficiente di acqua deionizzata per portare il volume
complessivo a 30 ml.
3
Miscelare bene.
Riempimento dei Per riempire i serbatoi dell’acqua e del tampone catodico, procedere come
serbatoi dell’acqua e segue.
del tampone catodico
Passa
Procedura
1
Chiudere gli sportelli dello strumento.
2
Premere il pulsante Tray (Vassoio) dello strumento per portare l’autocampionatore
in posizione estesa.
Pulsante
Tray
3
Attendere l’arresto dell’autocampionatore, quindi aprire gli sportelli dello
strumento.
4
Estrarre dallo strumento il serbatoio del tampone catodico e i serbatoi dell’acqua.
5
Eliminare i fluidi residui e sciacquare i serbatoi con acqua deionizzata.
Nota I fluidi di scarto sono alquanto diluiti; tuttavia, è necessario attenersi a
quanto previsto dall’azienda di appartenenza in merito alle procedure di smaltimento.
6
Sciacquare il serbatoio del tampone catodico con tampone di corsa 1X, quindi
riempirlo con lo stesso tampone fino alla linea di riempimento (circa 17 ml).
7
Riempire i serbatoi dell’acqua fino alla linea di riempimento con acqua deionizzata
di qualità (circa 17 ml).
2-10 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Per riempire i serbatoi dell’acqua e del tampone catodico, procedere come
segue. (Continua)
Passa
8
Procedura
Collocare una striscia di setti pulita su ciascun serbatoio e asciugare la superficie
esterna.
Nota Per evitare di confonderli tra loro, si consiglia di etichettare opportunamente i serbatoi.
! ATTENZIONE Per evitare di danneggiare le estremità dei capillari, accertarsi
che le strisce di setti copripiastra siano fissate saldamente e siano aderenti alle
sommità dei serbatoi.
Striscia di setti copripiastra ben piatta
serbatoio
Linea di riempimento
9
Posizionare nuovamente i serbatoi sull’autocampionatore, come mostrato qui di
seguito.
Serbatoio dell’acqua
(risciacquo)
4
2
1
Serbatoio del tampone
catodico
(tampone di corsa 1X)
Serbatoio dell’acqua
(scarto)
Serbatoio
dell’acqua
3
Riempimento del Sostituire il tampone anodico:
serbatoio del ♦ prima di ciascuna corsa, o almeno ogni 24 ore
tampone anodico
♦
ogni volta che si riempie la camera del polimero con nuovo polimero
Per riempire il serbatoio del tampone anodico fino alla linea di riempimento con
tampone di corsa 1X, procedere come segue.
Passa
Procedura
1
Estrarre il serbatoio del tampone anodico tirandolo con decisione verso il basso e
svitandolo lentamente.
2
Gettare il tampone usato in base alle prassi previste.
3
Pulire e sciacquare il serbatoio con acqua deionizzata, quindi sciacquarlo con il
tampone.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-11
Per riempire il serbatoio del tampone anodico fino alla linea di riempimento con
tampone di corsa 1X, procedere come segue. (Continua)
Passa
4
Procedura
Riempire il serbatoio fino alla linea di riempimento con tampone di corsa 1X
fresco (circa 8 ml).
Linea di
riempimento
5
Inserire il serbatoio.
Nota
6
Il menisco deve essere allineato alla linea di riempimento.
Se il serbatoio si riempie di polimero, ripetere questa procedura per eliminare e
sostituire il tampone di corsa.
Nota
2-12 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
È possibile che questo serbatoio si riempia durante lo spurgo delle bolle.
Posizionamento della piastra sull’autocampionatore
Posizionamento della Per posizionare la piastra sull’autocampionatore, procedere come segue.
piastra sull’autoPassa Procedura
campionatore
1
Posizionare il gruppo della piastra sull’autocampionatore come mostrato qui sotto.
Nota La piastra può essere orientata solo in una direzione: con la tacca
sull’estremità della base rivolta in direzione opposta rispetto all’operatore.
IMPORTANTE Verificare che il gruppo piastra sia posizionato in piano sull’autocampionatore. In caso contrario le estremità dei capillari potrebbero sollevare il
gruppo piastra dall’autocampionatore.
2
Quando la piastra è correttamente posizionata, il colore dell’apposito indicatore
sulla pagina Plate View (Visualizzazione piastra) cambia dal grigio al giallo.
Verificare che ciò sia accaduto.
Piastra collocata nella posizione A
Nessuna piastra
collocata nella
posizione B
3
Chiudere gli sportelli dello strumento.
Nota La chiusura degli sportelli riporta l’autocampionatore alla posizione in cui si
trovava immediatamente prima dell’apertura degli sportelli.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-13
Creazione di un record della piastra
Informazioni sui I record delle piastre sono tabelle di dati nel database dello strumento che
record delle piastre memorizzano le informazioni relative alle piastre e ai campioni in esse contenuti.
Nota Un record della piastra è simile a un sample sheet o a un injection list probabilmente
usato in precedenza con altri strumenti ABI PRISM.
Uso del Plate Editor
per la creazione di
un record della
piastra
Per creare un record della piastra mediante il Plate Editor, utilizzare una delle due
procedure delineate qui di seguito.
Per ottenere ulteriori informazioni sull’importazione e l’esportazione dei record delle
piastre e riguardo ad altri metodi per la loro creazione, consultare il Manuale d’uso
dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100 ( P.N. 4315834).
Immissione delle Nota Durante una corsa, non è possibile creare alcun record della piastra.
informazioni del
Per immettere le informazioni del record della piastra, procedere come
record della piastra segue.
Passa
1
Procedura
Fare clic sulla scheda Plate View (Visualizzazione piastra) nella finestra del 3100
Data Collection Software per aprire la pagina Plate View.
Scheda Plate
View
2
Fare clic sul pulsante Plate Editor della barra degli strumenti.
Viene visualizzata la finestra di dialogo Plate Editor.
2-14 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Per immettere le informazioni del record della piastra, procedere come
segue. (Continua)
Passa
3
Procedura
Nella finestra di dialogo Plate Editor:
♦ assegnare un nome alla piastra
♦ specificare l’applicazione
♦ selezionare il tipo di piastra
♦ digitare eventuali commenti (facoltativo)
IMPORTANTE Quando si assegna un nome alla piastra, è possibile utilizzare i caratteri alfanumerici e i seguenti segni di punteggiatura: -_(){}#.+. Non utilizzare spazi.
4
A operazione completata, fare clic su Finish (Finito).
Viene visualizzato il foglio elettronico del Plate Editor.
Immissione delle Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra,
informazioni relative procedere come segue.
al campione
Passa
1
Procedura
Nel foglio elettronico del Plate Editor, digitare i nomi di tutti i campioni nella colonna
Sample Name (Nome campione).
Nota Il formato predefinita utilizzata per la denominazione dei campioni prevede
l’incorporamento del nome del campione digitato dall’operatore nel nome del file del
campione. Ad esempio:
campione_A01_.ab1
Posizione del pozzetto
Nome del campione digitato
\
La convenzione utilizzata per la denominazione dei file dei campioni può essere
modificata nella finestra di dialogo Preferences (Preferenze). Per informazioni
particolareggiate, vedere pagina 2-6.
IMPORTANTE Per l’assegnazione di un nome al campione, è possibile utilizzare i
caratteri alfanumerici e i seguenti segni di punteggiatura: -_(){}#.+. Non utilizzare
spazi.
IMPORTANTE I nomi dei file dei campioni non devono superare i 59 caratteri. Il
sistema non prevede il controllo automatico degli errori nel caso di nomi dei campioni composti da un numero maggiore di caratteri. Il software di analisi non è in grado
di aprire i file dei campioni con nomi eccessivamente lunghi.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-15
Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra,
procedere come segue. (Continua)
Passa
2
Procedura
Per ciascun campione, selezionare il Dye Set (Set di fluorocromi) opportuno nel
menu a discesa.
Per il software ABI PRISM ® DNA Sequencing Analysis, selezionare il set di
fluorocromi E.
IMPORTANTE Accertarsi di selezionare il set di fluorocromi adatto per la corsa. Se
i dati vengono raccolti utilizzando un set di fluorocromi sbagliato, occorre ripetere la
corsa.
3
Per ciascun campione, selezionare l’opportuno Mobility File (File di mobilità) nel
menu a discesa.
Nota Per visualizzare il nome del file per intero, può essere necessario ridimensionare la colonna. A questo scopo, collocare il cursore tra le intestazioni delle colonne (dove si trasforma in una doppia freccia), fare clic, e trascinarlo verso destra.
La seguente tabella indica il file di mobilità da selezionare in base alla chimica del
sequenziamento.
Chimica del sequenziamento del DNA
PRISM ®
BigDye™
Chimica ABI
con l’uso del primer -21m13
Primer,
Chimica BigDye Primer, con l’uso del
“reverse” primer
File di mobilità
DP3100POP6{BD-21M13}v1.mob
DP3100POP6{BD-M13Rev}v1.mob
Chimica ABI PRISM ® BigDye™ Terminator DT3100POP6{BD}v2.mob
Chimica ABI PRISM ® dRhodamine
Terminator
2-16 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
DT3100POP6{dRhod}v1.mob
Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra,
procedere come segue. (Continua)
Passa
4
Procedura
Immettere un progetto BioLIMS.
IMPORTANTE Un progetto BioLIMS è richiesto per ciascun campione, anche se il
database BioLIMS non viene utilizzato.
a. Fare clic nella cella BioLIMS Project (Progetto BioLIMS) per il pozzetto A1.
b. Selezionare un nome di progetto nel menu a discesa.
IMPORTANTE È necessario immettere un
progetto BioLIMS.
Nota Per ottenere ulteriori informazioni sull’impostazione di un progetto BioLIMS,
consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.
c. Per assegnare lo stesso nome di progetto a ciascun campione presente nel
record della piastra, procedere come segue.
– Fare clic sull’intestazione di colonna per selezionare l’intera colonna.
– Premere CTRL+D.
Nota Premere CTRL+D ogni volta che un campo è identico per tutti i campioni presenti nel record della piastra.
5
Per ciascun campione, selezionare il Run Module (Modulo di corsa) opportuno nel
menu a discesa.
Nota Qualora fosse necessario visualizzare o modificare un file di modulo di
corsa, vedere pagina 2-25.
La seguente tabella riporta il modulo di corsa da selezionare in base al tipo di corsa.
Tipo di corsa
Modulo di corsa
Sequenziamento standard del DNA
StdSeq50_POP6DefaultModule
Sequenziamento rapido del DNA
RapidSeq36_POP6DefaultModule
Nota Se si selezionano differenti moduli per i diversi campioni, i campioni vengono
automaticamente raggruppati in modo che tutti i campioni con il medesimo modulo
di corsa vengano analizzati contemporaneamente. Le corse vengono programmate
alfanumericamente in base al nome del modulo di corsa, non in base all’ordine indicato sul record della piastra, né in base ai nomi dei campioni.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-17
Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra,
procedere come segue. (Continua)
Passa
6
Procedura
Per ciascun campione, selezionare l’opportuno Analysis Module (Modulo di analisi)
dal menu a discesa.
IMPORTANTE Per effettuare automaticamente l’analisi dopo la corsa, la preferenza
AutoAnalysis (Autoanalisi) deve essere selezionata (vedere pagina 2-6).
La seguente tabella indica il modulo di analisi da selezionare in base al tipo di corsa.
Tipo di corsa
Modulo di analisi
Sequenziamento standard del DNA
BC-3100_SeqOffFtOff.saz
Sequenziamento rapido del DNA
BC-3100RRv2_SeqOffFtOff.saz
Nota È possibile esaminare le impostazioni di tutti questi file mediante il software
DNA Sequencing Analysis. I significati delle varie impostazioni sono descritti nel
Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.
(P.N. 4308924).
7
Per rianalizzare il medesimo campione, selezionare un secondo modulo di corsa e
un secondo modulo di analisi. È possibile analizzare un campione fino a cinque
volte.
I campioni vengono automaticamente raggruppati in modo da analizzare in
sequenza tutti quelli con lo stesso modulo di corsa.
2-18 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Per immettere le informazioni relative al campione e salvare il record della piastra,
procedere come segue. (Continua)
Passa
8
Procedura
Verificare che il record della piastra sia corretto, quindi fare clic su OK.
Nota Occorre qualche istante per salvare il nuovo record della piastra nel database e aggiungerlo alla tabella Pending Plate Records (Record delle piastre in
attesa) mostrata qui sotto.
Nota Prima di poter utilizzare lo stesso nome per un altro record della piastra,
occorre eliminare dal database il record originale.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-19
Collegamento di una piastra
Introduzione La seguente procedura descrive come collegare una piastra presente
sull’autocampionatore al record della piastra creato dall’operatore. Eseguire questa
operazione prima di avviare la corsa sulla piastra.
IMPORTANTE Il collegamento di una piastra è possibile anche se non vi è alcun modulo di
corsa selezionato per i rispettivi campioni. In questo caso, non viene visualizzato alcun messaggio di errore, ma le analisi dei campioni presenti nella piastra non vengono programmate.
Collegamento di una Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue.
piastra a un record
Passa Procedura
della piastra
1
Fare clic sulla scheda Plate View (Visualizzazione piastra) nella finestra del 3100
Data Collection Software per aprire la pagina Plate View.
Scheda Plate
View
2
Nella pagina Plate View, eseguire le seguenti operazioni.
a. Nella tabella Pending Plate Records, fare clic sul record della piastra
corrispondente alla piastra da collegare.
b. Fare clic sull’indicatore di posizione della piastra corrispondente alla piastra da
collegare.
Fare clic sul record
della piastra
Fare clic sull’indicatore di
posizione della piastra
2-20 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue.
Passa
3
(Continua)
Procedura
Verificare l’avvenuto collegamento della piastra.
Dopo il collegamento della piastra:
♦ il pulsante Run Instrument (Avvia strumento) della barra degli strumenti è
abilitato. Lo strumento è cioè pronto a partire;
♦ l’indicatore di posizione della piastra corrispondente alla piastra collegata
diventa verde;
♦ il record della piastra si sposta dalla tabella Pending Plate Records (Record
delle piastre in attesa) alla tabella Linked Plate Records (Record delle piastre
collegate).
Il pulsante Run
Instrument è abilitato
L’indicatore di
posizione della
piastra è verde
Il record della piastra passa alla tabella Linked Plate
4
Per collegare una seconda piastra, se necessario, ripetere gli passa da 1 a 3.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-21
Per collegare una piastra a un record della piastra, procedere come segue.
Passa
5
(Continua)
Procedura
Fare clic sulla scheda Run View (Visualizzazione corsa) per visualizzare la
programmazione della corsa.
Nota Sebbene sia possibile eliminare singole corse, l’ordine in base al quale le
corse sono programmate non può essere modificato. La programmazione delle
corse dipende da vari fattori; per ottenere informazioni in merito, consultare il
Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100.
2-22 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Avvio e monitoraggio della corsa
Avvio di una corsa Per avviare una corsa, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Fare clic sul pulsante verde Run Instrument per avviare le corse programmate.
Pulsante Run Instrument
Monitoraggio Per monitorare una corsa, procedere come segue.
di una corsa
Passa
Procedura
1
Fare clic sulla scheda Status View (Visualizzazione stato) per monitorare lo stato
dello strumento durante la corsa.
2
Durante la corsa, è possibile visualizzare i dati usando le pagine Array View
(Visualizzazione set) e Capillary View (Visualizzazione capillari).
IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse: per
evitare irrimediabili problemi legati all’aggiornamento dello schermo, non lasciarle
mai aperte per lunghi periodi di tempo durante l’esecuzione di una corsa. Lasciare
aperta la finestra Status View.
Per ottenere ulteriori informazioni sulle finestre Array View e Capillary View,
consultare la sezione “Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di
una corsa completata” a pagina 3-2.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-23
Arresto di una corsa e recupero dei dati
Arresto o salto di Quando una corsa è in esecuzione, sono visibili i pulsanti Skip to Next Run (Salta alla
una corsa corsa successiva), Pause (Pausa) e Stop (Arresta) della barra degli strumenti.
Pulsante Stop
Pulsante Pause
Pulsante Skip to Next Run
Per arrestare la corsa in atto e...
Fare clic...
continuare con le altre corse
programmate
sul pulsante Skip.
arrestare le altre corse programmate
a. sul pulsante Stop;
b. sul pulsante Now (Adesso) nella finestra di
dialogo Question (Domanda).
Se l’autoestrazione L’autoestrazione dei dati di una corsa arrestata dovrebbe avvenire automaticamente.
non riesce In caso contrario, usare il comando Extract data into sample files (Estrai dati in file
campioni) in base a quanto descritto qui sotto.
Per recuperare i dati da una corsa arrestata, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Nel menu Instrument (Strumento), selezionare Data Acquisition (Acquisizione dati) e
quindi Extract data into sample files (Estrai dati in file campioni).
Osservare la comparsa del messaggio “Sample Files Successfully Extracted”
(Estrazione file campioni riuscita) nella barra di stato.
Nota I dati estratti non sono stati analizzati. Per analizzare i file dei campioni,
servirsi del software GeneScan Analysis.
2-24 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Visualizzazione, modifica o creazione di un modulo di corsa
Introduzione Il modulo di corsa specifica le informazioni relative alle modalità di corsa del campione
(ad esempio, la durata della corsa, la temperatura e il tempo di iniezione).
Visualizzazione di un Per visualizzare un modulo di corsa, procedere come segue.
modulo di corsa
Passa
1
Procedura
Fare clic sul pulsante Module Editor della barra degli strumenti.
Viene visualizzata la finestra di dialogo del Module Editor.
2
Nella casella Modules (Moduli), fare clic sulla scheda Sequencing.
3
Per visualizzare i parametri di un modulo specifico, selezionare il nome del modulo
desiderato nell’elenco. Vengono così visualizzati tutti i parametri del modulo di
corsa selezionato.
Modifica o creazione Per modificare un modulo di corsa esistente o per crearne uno nuovo, procedere
di un modulo di come segue.
corsa
Passa
1
Procedura
Fare clic sul pulsante Module Editor della barra degli strumenti.
Viene visualizzata la finestra di dialogo del Module Editor.
2
Selezionare il modulo di corsa da usare come modello.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-25
Per modificare un modulo di corsa esistente o per crearne uno nuovo, procedere
come segue. (Continua)
Passa
3
Procedura
Modificare i valori dei parametri desiderati.
IMPORTANTE Vengono accettati solo numeri interi.
IMPORTANTE Accertarsi che tutti i valori immessi siano visualizzati in rosso: i
valori in nero non vengono salvati.
4
Se si desidera...
Allora…
salvare le modifiche apportate al
modulo corrente
fare clic su Save (Salva).
creare un nuovo modulo di corsa
Nota Il comando Save non funziona con
i moduli di corsa predefiniti.
a. fare clic su Save As (Salva con nome);
b. immettere un nome descrittivo
esclusivo e fare clic su OK.
5
Alla fine di queste operazioni, care clic sul pulsante Close (Chiudi,
dal Module Editor.
2-26 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
) per uscire
Visualizzazione e modifica di un modulo di analisi
Introduzione Il modulo di analisi specifica le modalità di autoanalisi dei dati grezzi alla fine di una
corsa (ad esempio, i parametri relativi all’intervallo di analisi e al size standard).
Visualizzazione e Per visualizzare o modificare un modulo di analisi (file .saz), procedere come
modifica di un segue.
modulo di analisi
Passa
1
Procedura
Avviare il software Sequencing Analysis.
È possibile che un’icona di programma sia situata nel menu Start. In caso contrario,
è possibile reperire il file di programma dell’applicazione DNA Sequencing Analysis
(SeqA.exe) nella seguente directory:
D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin
2
Nel menu File, selezionare Open (Apri), quindi selezionare Seq. AZ Settings
(Impostazioni seq. AZ).
3
Selezionare il modulo di analisi da visualizzare o modificare.
I moduli di analisi sono memorizzati nella seguente directory:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params
4
Fare clic su Open.
Questa operazione apre il file delle impostazioni del software DNA Sequencing
Analysis.
Esecuzione di una corsa di sequenziamento 2-27
Per visualizzare o modificare un modulo di analisi (file .saz), procedere come
segue. (Continua)
Passa
Procedura
5
Volendo, è possibile modificare le seguenti impostazioni.
♦ Basecaller Type (Tipo Basecaller) può essere impostato su Basecaller-3100 (per
il sequenziamento standard) o su Basecaller-3100RR (per il sequenziamento
rapido). Questi file sono memorizzati nella seguente directory:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Basecaller\Params.
♦ Le Basecaller Settings (Impostazioni Basecaller) sono specificate nella finestra di
dialogo Preferences (accessibile attraverso il menu Edit).
♦ Se la casella Write .Seq Files (Scrivi file .seq) è selezionata, i file di testo della
sequenza elaborati mediante Basecaller vengono scritti in formato ABI o FASTA.
♦ Se l’opzione Factura Settings File (File di impostazioni Factura) è selezionata,
l’analisi si basa invece sull’elaborazione Factura.
– Per visualizzare o modificare un file di impostazioni Factura, procedere come
segue. Nel menu File, selezionare Open, quindi Factura Settings (Impostazioni
Factura).
– Questi file sono memorizzati nella seguente directory:
D:\AppliedBio\Shared\Analysis\Factura
6
Se è stato modificato il
modulo di analisi e si
desidera…
salvare le modifiche in un
nuovo modulo di analisi
Allora…
a. nel menu File, selezionare Save As;
b. immettere un nome descrittivo esclusivo e
fare clic su OK.
salvare le modifiche apportate
al modulo di analisi corrente
nel menu File, selezionare Save.
eliminare le modifiche
apportate
fare clic sul pulsante Close per chiudere la
finestra.
2-28 Esecuzione di una corsa di sequenziamento
Visualizzazione e analisi
dei dati
3
3
Dati generali
Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti.
Vedere
pagina
Argomento
Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa
completata
3-2
Visualizzazione dei dati analizzati
3-5
Analisi o rianalisi dei dati
3-11
Nota Il presente capitolo presuppone che i dati della corsa siano stati estratti in file di
campioni. Se si sta utilizzando l’ABI PRISM ® analizzatore genetico 3100 unitamente al sistema
di database BioLIMS®, è consigliabile consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA
Sequencing Analysis (P.N. 4308924) per ottenere informazioni su come accedere al database
attraverso il programma di analisi.
Visualizzazione e analisi dei dati 3-1
Visualizzazione nel software Data Collection dei dati grezzi di una corsa
completata
Introduzione I dati grezzi sono dati suddivisi in componenti multipli (corretti per la sovrapposizione
spettrale) ma non corretti per la mobilità. Nel software 3100 Data Collection, esistono
due formati per la visualizzazione dei dati grezzi.
♦
Sulla pagina Array View (Visualizzazione set), allo stesso modo in cui si
visualizzano gli output dei file dei gel da uno strumento slab-gel ABI PRISM ®.
♦
Sulla pagina Capillary View (Visualizzazione capillari), capillare per capillare.
IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse: durante una
corsa, non lasciarle aperte per lunghi periodi di tempo, in quanto ciò può provocare irrimediabili
problemi di aggiornamento dello schermo. Lasciare aperta la finestra Status View.
Visualizzazione dei Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come
dati grezzi segue.
Passa
Procedura
1
Nel software 3100 Data Collection, fare clic sulla scheda Array View per
visualizzare la pagina Array View.
2
Nel menu Instrument (Strumento), selezionare Data Acquisition (Acquisizione
dati) e quindi Display Run Data (Visualizza dati corsa).
Viene visualizzata la finestra di dialogo Select the run to display (Seleziona corsa
da visualizzare).
3
Nel menu a discesa, selezionare la corsa da visualizzare e fare clic su OK.
Nota È possibile visualizzare qualsiasi corsa completata presente nel database
dello strumento.
Nota Il richiamo dei dati richiede alcuni istanti.
3-2 Visualizzazione e analisi dei dati
Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come
segue. (Continua)
Passa
4
Procedura
Per visualizzare tutti i dati, servirsi delle funzioni di scorrimento della pagina Array
View.
IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse:
durante una corsa, non lasciarle aperte per lunghi periodi di tempo, in quanto ciò
può provocare irrimediabili problemi di aggiornamento dello schermo. Lasciare
aperta la finestra Status View.
Visualizzazione dei
dati dei capillari/colori
Visualizzazione dell’elettroferogramma
non elaborato per il capillare
selezionato
Utilizzare questa
barra di
scorrimento per
visualizzare i dati
blocco per blocco
Il capillare
selezionato viene
visualizzato al
centro del
tracciato
Visualizzazione e analisi dei dati 3-3
Per visualizzare i dati grezzi di una corsa completata, procedere come
segue. (Continua)
Passa
5
Procedura
In alternativa, per visualizzare contemporaneamente i dati dell’elettroferogramma
per più capillari, fare clic sulla scheda Capillary View (Visualizzazione capillari) per
visualizzare la pagina Capillary View.
IMPORTANTE Le finestre Array View e Capillary View vanno sempre richiuse:
durante una corsa, non lasciarle aperte per lunghi periodi di tempo, in quanto ciò
può provocare irrimediabili problemi di aggiornamento dello schermo. Lasciare
aperta la finestra Status View.
Selezionare le
caselle
corrispondenti ai
capillari da
visualizzare
3-4 Visualizzazione e analisi dei dati
Visualizzazione dei dati analizzati
Introduzione Dopo l’estrazione di una corsa in file di campioni, è possibile usare il software
ABI PRISM ® DNA Sequencing Analysis per visualizzare i dati dell’elettroferogramma,
sia non elaborati che analizzati.
Per ottenere informazioni particolareggiate sulla visualizzazione e l’analisi dei dati
Sequencing Analysis, consultare il Manuale d’uso del software ABI PRISM DNA
Sequencing Analysis.
Individuazione dei Al completamento di una corsa, i file dei campioni analizzati vengono esportati nella
file dei campioni cartella della corsa situata, insieme al registro della corsa, nella seguente directory:
D:\AppliedBio\3100\DataExtractor\ExtractedRuns
Qui di seguito è mostrato un esempio di cartella della corsa.
Nome predefinito Il nome predefinito della cartella della corsa è:
della cartella Run_<Nome strumento>_<data>_<ID corsa>.
di corsa Qui di seguito è mostrato un esempio di nome della cartella della corsa.
Numero della corsa nella giornata
Nome
dello strumento
Anno-mese-giorno
Visualizzazione e analisi dei dati 3-5
Visualizzazione dei Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.
dati di un file
Passa
Procedura
del campione
1
Avviare il software Sequencing Analysis.
È possibile che un’icona di programma del software Sequencing Analysis sia
situata nel menu Start. In caso contrario, è possibile reperire il file di programma
dell’applicazione Sequencing Analysis (SeqA.exe) nella seguente directory:
D:\AppliedBio\SeqAnal\Bin
Può essere utile ingrandire le dimensioni della finestra Sample Manager (Gestione
campioni). A questo scopo, usare il pulsante Ingrandisci (
) situato nell’angolo
superiore destro della finestra.
2
3-6 Visualizzazione e analisi dei dati
Nella finestra Sample Manager, selezionare Add files (Aggiungi file) per aprire la
finestra di dialogo Add Sample Files (Aggiungi file campioni).
Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.
Passa
3
(Continua)
Procedura
Selezionare i file da aggiungere alla finestra Sample Manager.
a. Nel riquadro superiore, individuare e aprire la cartella contenente i file da
aggiungere.
b. Fare doppio clic sui nomi dei file desiderati per aggiungerli alla casella di testo
File name (Nome file).
c. Usare il pulsante Add All (Aggiungi tutti), Remove (Rimuovi) o Remove All
(Rimuovi tutti) per elencare tutti i file da includere nella casella di testo File
Name. Questi file sono quelli che verranno aggiunti al Sample Manager.
Individuare i nomi dei
file nel riquadro della
directory e fare clic su
Add (Aggiungi) per
aggiungerli alla casella
di testo File name.
Casella di testo File
Name
Riquadro File Name
4
Una volta inseriti tutti i file desiderati nell’elenco File Name, fare clic sul pulsante
Finish (Finito) per chiudere la finestra di dialogo Add Sample Files.
I file dei campioni vengono aggiunti alla finestra Sample Manager.
Nota Nella finestra Sample Manager vengono visualizzati solo i primi 20 caratteri
dei nomi dei file dei campioni.
Visualizzazione e analisi dei dati 3-7
Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.
Passa
5
(Continua)
Procedura
Fare doppio clic sul nome del file del campione per aprirlo e visualizzarne il
contenuto.
In alternativa, è possibile aprire contemporaneamente più file di campioni
evidenziandoli nella finestra Sample Manager e facendo clic sul pulsante Open
Files (Apri file).
Se è stato analizzato, il file del campione si apre e mostra l’elettroferogramma.
Se il file del campione non è stato analizzato, si apre e mostra i dati grezzi. Per
ottenere informazioni sull’analisi dei dati, consultare la sezione “Analisi o rianalisi
dei dati” a pagina 3-11.
3-8 Visualizzazione e analisi dei dati
Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.
Passa
6
Procedura
Utilizzare i pulsanti situati nell’angolo inferiore sinistro della finestra per cambiare
il tipo di visualizzazione.
1
2
3
4
Nome della
visualizzaPulsante zione
7
(Continua)
1
Annotazione
5
6
Descrizione
Informazioni di riepilogo relative al campione e alla
corsa.
2
Sequenza
Il testo della sequenza nucleotidica (di base).
3
Funzione
Funzioni aggiunte dall’elaborazione Factura™.
4
Elettroferogramma
Dati analizzati con i picchi che rappresentano le basi
(se i dati non sono stati analizzati, questo tipo di
visualizzazione non è disponibile).
5
Dati non
elaborati
Suddivisi in componenti multipli, dati senza
correzione della linea di base o della mobilità (se il
file del campione non è stato analizzato, questo tipo
di visualizzazione è quello predefinito).
6
EPT
Grafici della tensione, della temperatura, della
corrente e della potenza della corsa (se i dati EPT
non sono disponibili, quest’area può essere vuota).
Nei tipi di visualizzazione elettroferogramma, dati grezzi o EPT, è possibile usare i
comandi del menu Window (Finestra) per ingrandire o rimpicciolire la
visualizzazione.
Visualizzazione e analisi dei dati 3-9
Per visualizzare i dati di un file del campione, procedere come segue.
Passa
8
(Continua)
Procedura
Per stampare un file del campione, procedere come segue.
a. Nel menu File, selezionare Print (Stampa) per aprire la finestra di dialogo
Printing options (Opzioni di stampa).
b. Contrassegnare i tipi di visualizzazione che si desidera stampare.
c. Fare clic su OK.
In alternativa, è possibile stampare contemporaneamente più file di campioni
contrassegnando la casella di stampa corrispondente ai file che si desidera
stampare e facendo clic sul pulsante Start (Avvia).
3-10 Visualizzazione e analisi dei dati
Analisi o rianalisi dei dati
Introduzione Quando analizzare i dati con il software Sequencing Analysis
Il file del campione non contiene dati analizzati se:
♦
non è stato specificato un modulo di analisi durante la creazione del record della
piastra; vedere il step 6 a pagina 2-18.
♦
la casella AutoAnalysis On (Analisi automatica attivata) non è stata
contrassegnata nella finestra di dialogo Preferences (Preferenze); vedere la
pagina 2-6.
Se il file del campione non contiene dati analizzati, è necessario analizzarlo come
descritto qui di seguito.
Quando rianalizzare i dati con il software Sequencing Analysis
I parametri di analisi utilizzati dall’analizzatore automatico sono determinati dai file dei
moduli di analisi del software Sequencing Analysis (dotati dell’estensione .saz).
Rianalizzare i file dei campioni con il software Sequencing Analysis:
♦
se è stato selezionato il modulo di analisi sbagliato durante la creazione del
record della piastra; vedere il step 6 a pagina 2-18).
♦
se si desidera vedere l’effetto della variazione dei parametri di analisi sui dati.
Analisi o rianalisi Per analizzare o rianalizzare i file dei campioni, procedere come segue.
dei file dei campioni
Passa
1
Procedura
Aggiungere alla finestra Sample Manager i file che si desidera analizzare.
Nota Vedere gli passa da 1 a 4, da pagina 3-6 a pagina 3-7, per ottenere
istruzioni in merito all’aggiunta di file alla finestra Sample Manager.
2
Per tutti i file dei campioni da analizzare, contrassegnare la casella A.
Nota Premere CTRL+D (comando di riempimento) per riempire un’intera colonna
per tutti i file dei campioni.
3
Se si desidera analizzare il file del campione in base all’elaborazione Factura,
contrassegnare la casella F e selezionare il file opportuno nell’elenco Factura
Settings File (File di impostazioni Factura).
Per ottenere ulteriori informazioni sull’elaborazione Factura, consultare il Manuale
d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.
Visualizzazione e analisi dei dati 3-11
Per analizzare o rianalizzare i file dei campioni, procedere come segue.
Passa
4
(Continua)
Procedura
Contrassegnare la casella P solo se si desidera che tutti i file dei campioni
vengano stampati immediatamente dopo l’analisi (Questa operazione è
sconsigliata).
Se si contrassegna la casella P, accertarsi che le preferenze di stampa siano
correttamente impostate. Per visualizzare tali preferenze, nel menu Edit
(Modifica), selezionare Preferences, quindi Printing Preferences.
5
Esaminare le impostazioni nella finestra Sample Manager. Per ulteriori
informazioni, consultare la sezione “Analysis Settings” più avanti.
6
Verificare che il file DyeSet/Primer (Set di fluorocromi/primer) sia corretto per la
chimica del sequenziamento.
Il file DyeSet/Primer è identico al file di mobilità selezionato al step 3 a pagina
2-16.
7
Fare clic sul pulsante Start.
8
Esaminare i dati analizzati. Se necessario, modificare i parametri di analisi e
rianalizzare.
Impostazioni di Impostazioni di analisi
analisi nella finestra
Sample Manager Articolo
Basecaller
Descrizione
Esistono due opzioni Basecaller:
♦ Basecaller-3100.bcp (sequenziamento standard, range di
separazione predefinito di 10–15)
♦ Basecaller-3100RRv2.bcp (sequenziamento rapido,
separazione predefinita di 15–22)
Spacing
La separazione deve corrispondere a quella del Basecaller
utilizzato. I valori di separazione sono tipicamente calcolati in
modo automatico, ma è possibile sovrascriverli digitando un nuovo
valore nella casella Spacing.
Basecaller Settings
Il parametro Basecaller Settings (Impostazioni Basecaller) può
essere utilizzato per arrestare l’analisi prima del raggiungimento
dello Stop Point (Punto di arresto) impostato in Sample Manager.
Per usare le impostazioni Basecaller, aprire la pagina Basecaller
Settings Preference (Preferenza impostazioni Basecaller) facendo
clic su Preferences nel menu Edit e selezionando Basecaller
Settings (non viene applicato alcun endpoint in maniera
predefinita).
Peak 1 Location
Questo è il punto che contrassegna il primo picco di base nei dati.
Per ottenere ulteriori informazioni sulla determinazione della Peak
1 Location (Posizione picco 1) ottimale, consultare il Manuale
d’uso del software ABI PRISM DNA Sequencing Analysis.
Start Point
È il numero di scansione corrispondente all’avvio dell’analisi del
Basecaller. In maniera predefinita, è identico al valore di Peak 1
Location; è tuttavia possibile immettere un numero superiore.
3-12 Visualizzazione e analisi dei dati
Impostazioni di analisi
(Continua)
Articolo
Descrizione
Stop Point
È il numero di scansione al quale si arresta l’analisi del Basecaller.
In maniera predefinita, questo è l’ultimo punto nel file del
campione; volendo, è tuttavia possibile immettere un numero
inferiore.
DyeSet/Primer File
Questo è il file di mobilità usato durante l’analisi dei dati.
Factura Settings File
I parametri dell’elaborazione Factura sono contenuti in questo file.
Visualizzazione e analisi dei dati 3-13
Calibrazioni spaziale e
spettrale
4
4
Dati generali
Questo capitolo Il presente capitolo tratta i seguenti argomenti.
Argomento
Vedere
pagina
Esecuzione di una calibrazione spaziale
4-2
Esecuzione di una calibrazione spettrale
4-6
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-1
Esecuzione di una calibrazione spaziale
Quando eseguire una Una calibrazione spaziale va eseguita ogni volta che:
calibrazione spaziale ♦ si installa o si sostituisce il set di capillari
♦
si rimuove temporaneamente il set di capillari dalla camera del rivelatore
Esecuzione di una Per eseguire una calibrazione spaziale, procedere come segue.
calibrazione spaziale
Passa
1
Procedura
Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Perform Spatial Calibration (Esegui
calibrazione spaziale).
Viene visualizzata la seguente finestra di dialogo.
2
Selezionare la casella di controllo Fill capillaries (Riempi capillari) se:
♦ i capillari non contengono polimero (cioè, se si tratta di un nuovo set di
capillari), o
♦ il polimero nei capillari è stato utilizzato in una corsa
Nota Non è necessario riempire i capillari ogni volta che si esegue una
calibrazione spaziale.
3
Fare clic su Start (Avvia). La calibrazione dura approssimativamente:
♦ 2 minuti senza il riempimento dei capillari
♦ 8,5 minuti con il riempimento dei capillari
4-2 Calibrazioni spaziale e spettrale
Per eseguire una calibrazione spaziale, procedere come segue.
Passa
4
(Continua)
Procedura
Se la calibrazione...
Allora…
riesce
viene visualizzata la seguente finestra di dialogo.
a. Fare clic su Details per visualizzare la finestra Spatial
Calibration Profile.
b. Passare alla sezione “Visualizzazione dei risultati
positivi e salvataggio dei dati” riportata qui di seguito.
non riesce
viene visualizzata una finestra riportante un messaggio
di errore e informazioni sulla ragione dell’insuccesso
della calibrazione.
a. Fare clic su Details per visualizzare la finestra Spatial
Calibration Profile.
b. Eseguire una delle seguenti operazioni.
– Fare clic su Cancel (Annulla), quindi fare clic su
Start per ripetere la calibrazione.
– Intraprendere le opportune azioni correttive come
delineato a pagina 4-5.
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-3
Visualizzazione dei Per visualizzare i risultati della calibrazione spaziale e salvare i dati, procedere come
risultati positivi e segue.
salvataggio dei dati
Passa
1
Procedura
Valutare il profilo della calibrazione spaziale.
Nota Per ottenere informazioni sulla valutazione del profilo della calibrazione,
consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM 3100
(P.N. 4315834).
Una volta terminata questa operazione, fare clic su OK per chiudere la finestra
Spatial Calibration Profile.
2
Se il profilo della calibrazione spaziale è…
Allora…
soddisfacente
proseguire con il passa 3.
insoddisfacente
a. fare clic su Cancel per chiudere la finestra
Details, quindi fare clic su Start per ripetere la
calibrazione, oppure
b. riposizionare una o più delle crocette rosse.
Per spostare una crocetta, modificare il valore
nella casella Capillary Position (Posizione
capillare), quindi fare clic all’esterno di tale
casella.
Se la calibrazione continua a fornire risultati
insoddisfacenti, consultare la sezione “Se la
calibrazione non riesce” a pagina 4-5.
3
Fare clic su OK per chiudere la finestra Perform Spatial Calibration.
Viene visualizzata la finestra di dialogo Question (Domanda).
4-4 Calibrazioni spaziale e spettrale
Per visualizzare i risultati della calibrazione spaziale e salvare i dati, procedere come
segue. (Continua)
Passa
4
Procedura
Per…
Allora…
salvare i dati di calibrazione nel
database del software 3100 Data
Collection
fare clic su Yes (Sì).
cancellare questi dati e usare i dati
di una corsa precedente
a. fare clic su No;
b. Sostituire la mappa di calibrazione
spaziale corrente. Consultare il
Manuale d’uso dell’analizzatore
genetico ABI PRISM 3100.
Se la calibrazione Se la calibrazione ha esito negativo, o se il profilo della calibrazione riuscita non è
non riesce convincente, attuare una o più delle seguenti azioni correttive.
♦
Ripetere la calibrazione.
♦
Riempire i capillari di polimero, quindi ripetere la calibrazione.
♦
Pulire la finestra del set, quindi ripetere la calibrazione.
♦
Riposizionare la finestra del set nella cella del rivelatore, quindi ripetere la
calibrazione.
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-5
Esecuzione di una calibrazione spettrale
Introduzione L’esecuzione di una calibrazione spettrale si articola in tre fasi principali:
♦
l’impostazione degli standard
♦
l’avvio della calibrazione spettrale
♦
il controllo della calibrazione spettrale
Nota La presente sezione descrive l’esecuzione della calibrazione spettale per il set di
fluorocromi E mediante il set Matrix Standard Set DS-01. Per informazioni sull’esecuzione della
calibrazione spettrale per un altro set di fluorocromi, consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM
analizzatore genetico 3100.
La calibrazione spettrale viene eseguita allo scopo di creare una matrice per la
correzione della sovrapposizione degli spettri delle emissioni in fluorescenza dei
fluorocromi. L’applicazione di questa matrice ai dati grezzi è denominata
multicomponenting. Per una spiegazione più dettagliata della calibrazione spettrale,
consultare il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.
Quando eseguire una La calibrazione spettrale va eseguita:
calibrazione ♦ quando si usa un nuovo set di fluorocromi sullo strumento
spettrale
♦
dopo il riallineamento del laser o della telecamera CCD da parte di un tecnico
qualificato
♦
se si comincia a notare una riduzione nella separazione degli spettri (picchi
pull-up e/o pull-down)
4-6 Calibrazioni spaziale e spettrale
Preparazione degli Per preparare gli standard matrice per le matrici del Dye Set E, procedere come
standard matrice per segue.
le matrici del
Passa
Procedura
Dye Set E
1
Scongelare e mescolare bene su vortex le provette dei quattro standard matrice
DS-01 (P.N. 4315974).
2
Centrifugare brevemente le provette.
3
Preparare il Matrix Standard Set DS-01 per il set di fluorocromi E combinando le
seguenti sostanze in una provetta per microcentrifuga da 1,5-ml opportunamente
etichettata.
Reagente
Volume (µl)
Set DS-01 di standard matrice (Matrix Standard Set
DS-01; dROX, dTAMRA, dR6G, dR110)
5
Formammide Hi-DiTM (P.N. 4311320)
195
Volume finale
200
! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. La formammide è
nociva se assorbita attraverso la cute e può irritare gli occhi, la pelle e le vie
respiratorie. Può danneggiare il sistema nervoso centrale, i sistemi riproduttivi
maschile e femminile e costituisce un rischio potenziale di difetti congeniti. Leggere
le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla manipolazione di
questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti di
protezione.
4
Agitare bene con Vortex.
5
Agitare brevemente la miscela in una microcentrifuga.
6
Riscaldare la provetta dello standard a 95 °C per 3–5 minuti per denaturare il DNA.
7
Collocare immediatamente le provette su ghiaccio per 2 minuti.
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-7
Caricamento degli Per caricare gli standard, procedere come segue.
standard
Passa
1
Procedura
Dosare 10 µl dello standard matrice denaturato in:
♦ una piastra a 96 pozzetti, nei pozzetti da A1 a H2, come illustrato
♦ una piastra a 384 pozzetti, nei pozzetti A1, A3, C1, C3, E1, E3 e così via, come
illustrato
2
Centrifugare la piastra in modo che ciascuno standard vada a depositarsi sul fondo
del rispettivo pozzetto. I campioni devono:
avere questo
aspetto...
non avere questo
aspetto...
non avere questo
aspetto...
Il campione è depositato
correttamente sul fondo
del pozzetto.
Il campione si trova
sulla parete del pozzetto
perché la piastra non è
stata centrifugata.
Una bolla d’aria si trova
in fondo al pozzetto
perché la piastra non è
stata:
♦ centrifugata con
forza sufficiente,
oppure
♦ centrifugata per un
periodo di tempo
sufficiente
4-8 Calibrazioni spaziale e spettrale
Preparazione della Attenersi alle istruzioni da pagina 2-7 a pagina 2-13 per:
piastra e dello ♦ assemblare le piastre
strumento
♦
controllare e aggiungere i fluidi sullo strumento
♦
posizionare la piastra sull’autocampionatore
Creazione di un Per creare un record della piastra per gli standard matrice denaturati, procedere come
record della piastra segue.
Passa
Procedura
1
Sulla pagina Plate View (Visualizzazione piastra) del software 3100 Data Collection,
fare clic su New (Nuovo).
2
Nella finestra di dialogo Plate Editor:
Viene visualizzata la finestra di dialogo del Plate Editor.
a. assegnare un nome alla piastra
b. selezionare Spectral Calibration (Calibrazione spettrale)
c. accertarsi che siano state selezionate le dimensioni corrette della piastra
d. Fare clic su Finish (Finito).
Questa operazione apre il foglio elettronico del Plate Editor.
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-9
Per creare un record della piastra per gli standard matrice denaturati, procedere come
segue. (Continua)
Passa
3
Procedura
Completare il foglio elettronico del Plate Editor per i pozzetti caricati.
a. Digitare il nome da attribuire ai campioni.
b. Selezionare Dye Set E (Set di fluorocromi E).
c. Selezionare il modulo di corsa in base alla lunghezza del set di capillari:
– 36 cm: Spect36_POP6DefaultModule
– 50 cm: Spect50_POP6DefaultModule
d. Selezionare il parametro spettrale MtxStd{Sequencing-SetE}.par.
e. Fare clic su OK.
IMPORTANTE Verificare che sia stato selezionato il file dei parametri spettrali
corretto per il tipo di fluorocromi utilizzati. La selezione del file di parametri sbagliato
impedisce la riuscita della calibrazione spettrale.
Ciò crea un record della piastra nel database per la corsa di calibrazione. Dopo
pochi secondi, il nome del record della piastra compare nella tabella Pending Plate
Records (Record delle piastre in attesa) della pagina Plate Setup (Impostazione
piastra).
4-10 Calibrazioni spaziale e spettrale
Collegamento di una Per collegare una piastra al record della piastra, procedere come segue.
piastra
Passa
Procedura
1
Nella tabella Pending Plate Records, fare clic sul record della piastra appena creato.
2
Fare clic sull’immagine grafica della piastra corrispondente alla piastra
sull’autocampionatore.
Nota Dopo il collegamento della piastra:
– il colore dell’immagine grafica della piastra cambia dal giallo al verde
– il record della piastra si sposta dalla tabella Pending Plate Records alla tabella
Linked Plate Records (Record delle piastre collegate) (questa operazione può
richiedere fino a 30 secondi)
– il pulsante Run Instrument (Avvia strumento) della barra degli strumenti è
abilitato e lo strumento è pronto a partire.
Avvio della Per avviare la calibrazione, procedere come segue.
calibrazione
Passa
Procedura
1
Per riesaminare la programmazione della corsa prima di avviarla, fare clic sulla
scheda Run View (Visualizzazione corsa).
2
Fare clic sul pulsante Run Instrument della barra degli strumenti per avviare la
corsa.
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-11
Tempi di corsa La seguente tabella elenca i tempi di corsa per la calibrazione spettrale.
Lunghezza del set di
capillari (cm)
Tempo di corsa approssimativo (min)
36
40
50
65
Finestra Spectral Alla fine della corsa, durante l’analisi dei dati, viene visualizzata la finestra Spectral
Calibration Result Calibration Result per indicare i capillari che hanno avuto esito positivo e quelli che
(Risultato hanno avuto esito negativo.
calibrazione
Capillare con esito positivo (.)
spettrale)
Capillare con esito negativo (X)
Per prendere atto del completamento della corsa di calibrazione, procedere come
segue.
Passa
1
Procedura
Nella finestra Spectral Calibration Result, fare clic su OK.
IMPORTANTE Riesaminare e valutare il profilo di calibrazione spettrale per ciascun capillare,
anche se la casella Spectral Calibration Result ha indicato la riuscita della calibrazione per tutti
i capillari. Vedere il Manuale d’uso dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.
Quando la
calibrazione di un
capillare ha esito
negativo
Al capillare con esito negativo viene automaticamente assegnato il profilo spettrale
del più vicino capillare con esito positivo situato alla sua sinistra. Se a sinistra non vi è
alcun capillare con esito positivo, al capillare viene assegnato il profilo del più vicino
capillare con esito positivo situato alla sua destra. I capillari sono contrassegnati in
giallo invece che in verde nella finestra Array View (vedere pagina 3-3).
IMPORTANTE Per le applicazioni in cui i pull-up e i pull-down causano errori critici, si consiglia
di ripetere la calibrazione spettrale e di usare una spettrale unica per ciascun capillare.
4-12 Calibrazioni spaziale e spettrale
Esame di un profilo
di calibrazione
spettrale per il set di
fluorocromi E
Dopo aver completato la calibrazione spettrale, è bene controllare sempre la qualità
dei dati spettrali relativi a ciascun capillare.
Per visualizzare un profilo di calibrazione spettrale corrente per un set di fluorocromi,
procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Display Spectral Calibration (Visualizza
calibrazione spettrale).
Viene visualizzata la finestra di dialogo Question (Domanda).
2
Fare clic su Dye set (Set di fluorocromi).
Viene visualizzata la finestra di dialogo Select the source to display (Seleziona
origine da visualizzare).
Menu a
discesa dei
set di
fluorocromi
Calibrazioni spaziale e spettrale 4-13
Per visualizzare un profilo di calibrazione spettrale corrente per un set di fluorocromi,
procedere come segue. (Continua)
Passa
3
Procedura
Selezionare il set di fluorocromi E e fare clic su OK.
Questa operazione visualizza la finestra Matrices for dye set E (Matrici per set di
fluorocromi E).
4
Usare i tasti freccia o il cursore a scorrimento per riesaminare i dati relativi a
ciascun capillare.
Per una calibrazione di buona qualità, la calibrazione di ciascun capillare deve
avere:
♦ un valore Q superiore a 0,95
♦ un numero di condizione da 3 a 5
5
Fare clic su Cancel per chiudere la finestra.
Nota Il software sostituisce automaticamente i capillari con esito negativo.
Tuttavia, se l’operatore non è soddisfatto di un profilo particolare, lo può sostituire
con un profilo prescelto. Per ulteriori informazioni, consultare il Manuale d’uso
dell’ABI PRISM analizzatore genetico 3100.
4-14 Calibrazioni spaziale e spettrale
Manutenzione
dello strumento
5
5
Dati generali
Questo capitolo Il presente capitolo contiene informazioni sulle operazioni volte alla manutenzione
dell’ABI PRISM ® analizzatore genetico 3100.
Vedere
pagina
Argomento
Elenco delle operazioni di manutenzione
5-2
Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero
5-4
Controllo dello spazio disponibile
5-5
Pulizia e controllo delle siringhe
5-7
Rimozione delle camere del polimero
5-9
Pulizia delle camere del polimero
5-10
Aggiunta di polimero fresco allo strumento
5-11
Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato
5-12
Installazione e rimozione del set di capillari
5-13
Conservazione di un set di capillari
5-14
Arresto dello strumento
5-15
Manutenzione dello strumento 5-1
Elenco delle operazioni di manutenzione
Dati generali La presente sezione elenca le operazioni ordinarie necessarie per mantenere
l’analizzatore genetico 3100 in condizioni di esercizio ottimali. Gli elenchi sono
articolati in base alla frequenza con la quale è necessario eseguire ciascuna
operazione.
Operazioni Le seguenti operazioni vanno eseguite almeno una volta al giorno.
quotidiane
Operazione di manutenzione
Frequenza
Vedere...
Accertarsi che le strisce di setti sui serbatoi siano ben
salde e piatte.
Prima di ciascuna
corsa
—
Verificare che i gruppi piastra siano stati correttamente
assemblati.
Prima di ciascuna
corsa
pagina 2-7
Prima di ciascuna
corsa
—
Quotidianamente
o prima di
ciascuna corsa
pagina 2-9
Verificare che non vi siano bolle nella camera del polimero Quotidianamente
e nei rispettivi canali; le eventuali bolle presenti vanno
o prima di
eliminate.
ciascuna corsa
pagina 5-4
IMPORTANTE Per evitare di danneggiare le estremità dei
capillari, i fori del fermapiastra devono essere allineati a
quelli dei setti copripiastra.
Accertarsi che i gruppi piastra siano posizionati
correttamente sul portapiastre. Le piastre devono inserirsi
saldamente sul portapiastre.
IMPORTANTE Non utilizzare mai piastre deformate.
Rabboccare i serbatoi dell’acqua e del tampone di corsa
1X 3100 dello strumento.
Controllare la testata dell’estremità di caricamento per
verificare che le estremità dei capillari non siano
schiacciate o danneggiate.
Quotidianamente
o prima di
ciascuna corsa
—
Controllare il livello del polimero nella siringa della riserva
del polimero, che deve contenerne almeno 1 ml.
Quotidianamente
o prima di
ciascuna corsa
—
Controllare la camera del polimero per verificare che sia
saldamente inserita sullo strumento.
Quotidianamente
—
Pulire le superfici dello strumento.
Quotidianamente
—
Verificare che non vi siano residui di polimero essiccato
attorno alla camera del polimero; gli eventuali residui
presenti vanno asportati.
Quotidianamente
—
Verificare l’assenza di perdite attorno alle siringhe e ai
dadi.
Quotidianamente
–
Controllare la quantità di spazio libero sul disco fisso.
Eliminare i record delle piastre dal database dello
strumento e archiviare i file dei campioni.
Quotidianamente
pagina 5-5
5-2 Manutenzione dello strumento
Operazioni Le seguenti operazioni vanno eseguite almeno una volta alla settimana.
settimanali
Operazione di manutenzione
Frequenza
Vedere...
Pulire le siringhe.
Settimanalmente
o secondo le
necessità
pagina 5-7
Pulire i serbatoi dell’acqua e dei tamponi con acqua
tiepida.
Settimanalmente
—
Pulire le camere superiore e inferiore del polimero.
Settimanalmente
pagina 5-10
Sostituire il polimero nelle siringhe, nella camera superiore Settimanalmente
del polimero e nel set di capillari.
o secondo le
necessità
pagina 5-11
Controllare le condizioni di conservazione dei set utilizzati. Settimanalmente
—
Operazioni da Le seguenti operazioni vanno eseguite quando necessario.
eseguire quando
Frequenza
necessario Operazione di manutenzione
Vedere...
Pulire le vaschette di gocciolamento.
Quando
necessario
—
Sostituire il set.
Quando
necessario
pagina 5-13
Rimuovere il polimero residuo dalle estremità dei
capillari. Usare una salvietta priva di lanugine inumidita
con acqua deionizzata.
Quando
necessario
—
Calibrare l’autocampionatore.
Molto
raramente
Manuale
d’uso
Manutenzione dello strumento 5-3
Rimozione delle bolle d’aria dalla camera superiore del polimero
Rimozione delle Per ottenere informazioni sul programma guidato Change Polymer (Cambia polimero),
bolle d’aria consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM.
Per rimuovere le bolle d’aria dalla camera superiore del polimero utilizzando il programma
guidato Change Polymer (Cambia polimero), procedere come segue.
Passa
Procedura
1
Abbassare la siringa della riserva del polimero per convogliare le bolle d’aria
verso la parte inferiore destra della camera. Spingere lentamente (o picchiettare)
per ridurre al minimo lo spreco di polimero.
2
Abbassare lentamente la siringa di riempimento del set per convogliare le bolle
d’aria nel canale. Le bolle si raccolgono nel punto di giunzione dei canali.
Le bolle si
raccolgono qui
Tubo della camera del polimero
3
a. Tenere premuta la valvola a perno del tampone anodico e abbassare
simultaneamente la siringa di riempimento del set per creare pressione
all’interno dei canali.
b. Rilasciare la valvola a perno del tampone (continuando ad abbassare la siringa di
riempimento del set) per convogliare le bolle nel tubo della camera del polimero.
4
5-4 Manutenzione dello strumento
Ripetere il step 3 secondo la necessità.
Controllo dello spazio disponibile
Introduzione Ogni settimana, controllare lo spazio disponibile su disco fisso per verificare che sia
sufficiente per la memorizzazione dei dati che verranno generati.
Le seguenti procedure indicano come controllare lo spazio disponibile:
♦
sul disco fisso (generalmente D:) per i file dei campioni estratti
♦
nel database dello strumento (generalmente sull’unità E:) per i dati grezzi
Controllo dello Per controllare lo spazio libero sul disco fisso per i file dei campioni, procedere come
spazio libero sul segue.
disco fisso
Passa
Procedura
1
Fare doppio clic sull’icona My Computer del desktop per visualizzare le unità
disponibili.
2
Fare clic con il pulsante destro del mouse sull’unità D: e selezionare Properties
(Proprietà).
Viene visualizzata la finestra di dialogo Properties, che riporta lo spazio utilizzato e
lo spazio libero.
Manutenzione dello strumento 5-5
Per controllare lo spazio libero sul disco fisso per i file dei campioni, procedere come
segue. (Continua)
Passa
3
Procedura
Stimare la quantità di spazio libero necessaria utilizzando le informazioni fornite qui
di seguito.
Tipo di file
Spazio libero approssimativo richiesto per
file (KB)a
File dei campioni analizzati per l’analisi del
sequenziamento del DNA
250
File dei campioni non analizzati
100
a. I valori forniti sono stime approssimative. Le dimensioni reali dei file dipendono dal modulo
di corsa selezionato.
4
Se lo spazio disponibile è insufficiente, procedere come segue.
a. Archiviare i file dei campioni su un altro volume.
b. Eliminare i file originali dall’unità.
Controllo dello Nota Le dimensioni del database dello strumento variano automaticamente da 2 a 9 GB, a
spazio libero nel seconda dei dati da memorizzare.
database Per controllare lo spazio disponibile nel database, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Eseguire l’utilità Diskspace.
Per istruzioni in proposito, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico
ABI PRISM 3100 (P.N. 4315834).
2
Se lo spazio utilizzato è superiore a 8 GB, cancellare alcuni o tutti i record delle
piastre memorizzati.
Per istruzioni in proposito, consultare il Manuale d’uso dell’analizzatore genetico
ABI PRISM 3100.
5-6 Manutenzione dello strumento
Pulizia e controllo delle siringhe
Quando pulire le Pulire accuratamente le siringhe:
siringhe ♦ ogni volta che vengono rimosse dallo strumento, o almeno una volta alla
settimana
♦
ad ogni sostituzione del polimero, anche quando si tratta di un nuovo tipo o lotto di
polimero
s
Rimozione delle Per rimuovere le siringhe dallo strumento, procedere come segue.
siringhe
Passa
1
Procedura
Tenere la siringa della riserva del polimero appena sopra il raccordo o alla base e
ruotarla in senso antiorario.
Nel rimuovere la siringa, non allentare
questo raccordo.
IMPORTANTE Fare attenzione a non rimuovere il raccordo per evitare la
fuoriuscita dei diversi anelli e delle valvole di ritenzione.
2
Afferrare la siringa di riempimento del set e ruotarla in senso antiorario.
3
Eliminare a norma l’eventuale polimero residuo.
4
Passare alla sezione Pulizia delle siringhe riportata qui di seguito.
Pulizia delle siringhe Per pulire a fondo le siringhe, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Pulire bene la siringa sciacquandone l’interno, l’esterno e la punta con acqua
tiepida.
Per ottenere maggiori informazioni sulla pulizia delle siringhe, consultare il
Manuale d’uso dell’analizzatore genetico ABI PRISM.
! ATTENZIONE Non usare acqua bollente. L’acqua troppo calda può
deformare il Teflon presente nella punta della siringa.
IMPORTANTE Accertarsi che non vi sia alcun residuo di polimero essiccato
all’interno della siringa.
2
Sciacquare il cilindro e la punta della siringa con acqua deionizzata.
3
Asciugare con aria compressa.
4
Riassemblare la siringa e controllarla come descritto a pagina 5-8.
Manutenzione dello strumento 5-7
Controllo delle IMPORTANTE Dopo la pulizia, per evitare perdite durante le corse, le siringhe vanno sempre
siringhe esaminate per determinare l’eventuale assenza di O-ring.
Per controllare le siringhe, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Accertarsi che la siringa sia dotata di due O-ring (P.N. 221102): uno dietro il
puntale e uno attorno al puntale.
O-ring
2
5-8 Manutenzione dello strumento
Verificare che il puntale sia saldamente in posizione nell’estremità della siringa.
Rimozione delle camere del polimero
Rimozione della Per rimuovere la camera superiore del polimero, procedere come segue.
camera superiore del
Passa
Procedura
polimero
1
Rimuovere le siringhe come descritto a pagina 5-7.
2
Scollegare il set di capillari dalla camera del polimero come segue.
a. Premere il pulsante Tray (Vassoio).
b. Aprire gli sportelli dello strumento, del forno e della camera del rivelatore.
c. Allentare il dado del set di capillari.
d. Estrarre parzialmente la camera del polimero.
e. Rimuovere la cella del rivelatore dalla camera del rivelatore.
f. Rimuovere il manicotto del set di capillari dalla camera del polimero.
g. Se si prevede di riutilizzare il set di capillari, riporlo come descritto a
pagina 5-14.
3
Scollegare la camera inferiore del polimero svitando il raccordo del tubo della
camera del polimetro situato sotto il lato destro della camera del polimero
superiore.
4
Afferrare con due mani la camera superiore del polimero ed estrarla.
5
La camera superiore del polimero scorre su due perni in acciaio e si estrae
facilmente una volta che la molla supera il punto di arresto.
Rimozione della Per rimuovere la camera inferiore del polimero, procedere come segue.
camera inferiore del
Passa
Procedura
polimero
1
Rimuovere il serbatoio dell’anodo ed eliminare correttamente il tampone residuo.
2
Afferrare la camera inferiore del polimero ed estrarla.
3
Scollegare il raccordo del tubo della camera del polimero.
Manutenzione dello strumento 5-9
Pulizia delle camere del polimero
Quando pulire le Pulire le camere superiore e inferiore del polimero:
camere del polimero ♦ prima di sostituire il polimero nello strumento
♦
quando il polimero è nello strumento da più di una settimana
Nota Un polimero caricato da più di una settimana può provocare un aumento transitorio della
corrente durante l’elettroforesi a causa della decomposizione dell’urea.
Pulizia delle camere IMPORTANTE Non esporre le camere del polimero all’azione di solventi organici.
del polimero
Lavare le camere superiore e inferiore del polimero come segue.
Passa
Procedura
1
Rimuovere le camere del polimero dallo strumento come descritto a pagina 5-9.
2
Usare acqua corrente o un contenitore a spruzzo per sciacquare bene con acqua
tiepida la camera superiore del polimero.
3
Esaminare a vista i canali per determinare l’eventuale presenza di residui bianchi
(polimero essiccato). Continuare a lavare i canali fino ad eliminare
completamente gli eventuali residui.
4
Sciacquare la camera e i rispettivi canali con acqua deionizzata.
5
Eliminare l’acqua residua dalla camera del polimero e dai raccordi per evitare la
diluizione del polimero di corsa. Usando una bomboletta di aria compressa,
forzare un getto d’aria attraverso i canali fino ad asciugarli completamente.
Pulizia del serbatoio Lavare il serbatoio all’anodo e il tubo del polimero come segue.
all’anodo e del tubo
Passa
Procedura
del polimero
1
Usare un contenitore a spruzzo per irrigare il tubo della camera del polimero con
acqua deionizzata.
2
Lavare il serbatoio all’anodo con acqua tiepida, quindi sciacquarlo con acqua
deionizzata.
3
Asciugare entrambi i componenti con aria compressa.
5-10 Manutenzione dello strumento
Aggiunta di polimero fresco allo strumento
Quando sostituire il Si consiglia di sostituire il polimero settimanalmente. Il polimero mantiene invariate le
polimero sue proprietà alla temperatura di 25 °C per circa 7 giorni.
Aggiunta o ! ATTENZIONE SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. POP può irritare gli occhi, la pelle
sostituzione del e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla
polimero manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti
di protezione. Il presente prodotto va usato esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.
Per aggiungere polimero fresco allo strumento, procedere come segue.
Passa
Procedura
1
Nel menu Tools (Strumenti), selezionare Change Polymer Wizard (Programma
guidato Cambia polimero).
2
Viene visualizzato un messaggio di avvertenza.
Se la lunghezza del set sullo strumento è uguale alla lunghezza riportata nel
messaggio di avvertenza, fare clic su OK per avviare il programma guidato
Change Polymer.
3
Attenersi alle istruzioni fornite dal programma guidato in merito all’aggiunta di
polimero fresco allo strumento.
Manutenzione dello strumento 5-11
Prima di installare un set di capillari precedentemente utilizzato
Introduzione Prima di reinstallare il set di capillari, si consiglia di:
♦
pulire la parte anteriore della cella del rivelatore
♦
verificare che la barra del catodo sia asciutta
Pulizia della cella La presente procedura non è necessaria per i set nuovi, a meno che la cella del
del rivelatore rivelatore non sia stata accidentalmente toccata.
Per pulire la cella del rivelatore, procedere come segue.
Passa
1
Procedura
Dispensare una goccia di metanolo sulla superficie anteriore della cella del
rivelatore.
Superficie anteriore della cella del rivelatore
! AVVERTENZA SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. Il metanolo è una
sostanza liquida o un vapore infiammabile. L’esposizione a questa sostanza può
causare irritazione degli occhi, della cute e delle vie respiratorie, depressione del
sistema nervoso centrale e cecità. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente
alle istruzioni relative alla manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata
protezione oculare, indumenti e guanti di protezione.
2
Asciugare la cella con un getto di aria compressa pulita.
Controllo della Durante il collocamento di un set usato nello strumento, accertarsi che la barra del
barra del catodo catodo sia asciutta. Una barra umida può provocare la formazione di archi elettrici.
! AVVERTENZA PERICOLO DI FOLGORAZIONE/INCENDIO. Non lasciare alcun residuo
liquidi sulla barra del catodo. Ciò può provocare scosse elettriche o incendi.
Verificare che la
barra del catodo
sia asciutta,
specialmente al
centro
5-12 Manutenzione dello strumento
Installazione e rimozione del set di capillari
Quando sostituire il Il set di capillari va sostituito dopo circa 100 corse.
set di capillari
I seguenti problemi possono indicare la necessità di sostituzione del set di capillari.
♦
una scarsa risoluzione e/o un calo dell’intensità del segnale
Installazione o ! ATTENZIONE SOSTANZE CHIMICHE PERICOLOSE. POP può irritare gli occhi, la pelle
rimozione del set di e le vie respiratorie. Leggere le MSDS e attenersi rigorosamente alle istruzioni relative alla
capillari mediante il manipolazione di questa sostanza. Indossare adeguata protezione oculare, indumenti e guanti
di protezione. Il presente prodotto va usato esclusivamente a scopi di ricerca e sviluppo.
programma guidato
Per sostituire o installare il set di capillari nello strumento, procedere come segue.
Passa
Procedura
1
Chiudere gli sportelli del forno e dello strumento, quindi premere il pulsante Tray.
2
Nel menu Tools, selezionare Install Capillary Array Wizard (Programma guidato
Installa set di capillari).
Questa operazione apre il programma guidato in questione.
3
Attenersi alle istruzioni fornite dal programma guidato in merito alla sostituzione o
all’installazione di un set.
4
Passare alla sezione “Sostituzione del tampone” riportata qui di seguito.
Manutenzione dello strumento 5-13
Sostituzione del Dopo avere installato un nuovo set di capillari, è necessario sostituire il tampone. Una
tampone volta completata questa operazione, sostituire il tampone e l’acqua nei serbatoi dopo
12 ore di funzionamento.
Per istruzioni in merito, consultare la sezione “Controllo e aggiunta dei fluidi” a pagina 2-9.
Conservazione di un set di capillari
Quando conservare Conservare il set di capillari fuori dallo strumento quando si prevede che resterà
il set fuori dallo inutilizzato per più di una settimana.
strumento Prima di riporre il set di capillari per lunghi periodi di tempo, si consiglia di riempire i
capillari con polimero fresco.
Conservazione del IMPORTANTE Se si intende riutilizzare il set di capillari, non lasciare che i capillari si
set di capillari fuori asciughino. Conservare il set di capillari con entrambe le estremità immerse in tampone di
dallo strumento corsa 1X.
Per conservare il set di capillari fuori dallo strumento, procedere come segue.
Passa
Procedura
1
Riempire il set di capillari con polimero fresco mediante il programma guidato
Change Polymer (Cambia polimero).
2
Rimuovere la protezione della siringa.
3
Rimuovere entrambe le siringhe dalla camera superiore del polimero e smaltire
correttamente l’eventuale polimero residuo.
4
Lavare le siringhe.
5
Rimuovere il set di capillari dallo strumento mediante il programma guidato Install
Capillary Array (Installa set di capillari).
Per istruzioni in merito, consultare la sezione “Installazione e rimozione del set di
capillari” a pagina 5-13.
6
Ricollocare il pannello di copertura sulla cella del rivelatore.
7
Riempire un serbatoio di tampone con tampone di corsa 1X e coprirlo con una
striscia di setti copripiastra. Immergere le estremità dei capillari nel tampone.
8
Riempire una provetta conica da 1,5 ml con acqua deionizzata e inserirvi
l’estremità del rivelatore del set di capillari.
9
Avvolgere la provetta con pellicola da laboratorio (come Parafilm) per impedire
l’evaporazione dell’acqua deionizzata.
10
Riporre il set di capillari in posizione verticale.
11
Il livello del tampone di corsa 1X nel serbatoio e nella provetta va controllato
settimanalmente.
5-14 Manutenzione dello strumento
Arresto dello strumento
Quando eseguire le Eseguire le seguenti procedure di arresto nella situazione opportuna.
opportune
procedure di arresto Se lo strumento verrà
lasciato non sorvegliato
per...
Eseguire questa procedura di arresto...
non più di una settimana
con un serbatoio di
tampone pieno
a breve termine
per più di una settimana
a lungo termine
IMPORTANTE Per la riuscita di un arresto a breve termine è
necessario mantenere i capillari nel tampone. Ciò evita
l’essiccamento del polimero nei capillari.
Esecuzione di un Eseguire un arresto a breve termine come segue.
arresto a breve
termine Passa Procedura
1
Riempire i capillari con polimero fresco mediante gli appositi comandi manuali.
2
Premere il pulsante Tray per portare l’autocampionatore in posizione estesa.
3
Riempire con tampone di corsa 1X il serbatoio del tampone appena sotto la
sommità.
4
Fissare una striscia di setti copripiastra sul serbatoio e collocarlo nella posizione 1
dell’autocampionatore.
5
Con gli sportelli dello strumento aperti, premere il pulsante Tray.
6
Chiudere gli sportelli dello strumento. L’autocampionatore si sposta alla posizione 1,
lasciando le estremità dei capillari all’interno del serbatoio del tampone.
7
Spegnere il computer e lo strumento.
Esecuzione di un Eseguire un arresto a lungo termine come segue.
arresto a lungo
Passa
Procedura
termine
1
Per la rimozione e la conservazione del set di capillari fuori dallo strumento,
vedere la procedura a pagina 5-14.
2
Rimuovere i seguenti componenti dallo strumento.
♦ Le siringhe dalla camera superiore del polimero. Per istruzioni in merito,
vedere pagina 5-7.
♦ La camera superiore del polimero. Per istruzioni in merito, vedere pagina 5-9.
♦ La camera inferiore del polimero. Per istruzioni in merito, vedere pagina 5-9.
3
Rimuovere i seguenti componenti dall’autocampionatore.
♦ I gruppi piastra.
♦ I serbatoi.
4
Pulire l’autocampionatore e le vaschette di gocciolamento con salviette in carta
prive di lanugine imbevute d’acqua.
5
Chiudere gli sportelli dello strumento.
6
Spegnere il computer e lo strumento.
7
Lavare con acqua tiepida le siringhe, le camere del polimero e i serbatoi.
Risciacquare con acqua deionizzata.
Manutenzione dello strumento 5-15
Indice analitico
A
aggiunta di file al Sample Manager 3-6 a 3-7
analisi dei dati, software Sequencing Analysis 3-11 a 3-13
assistenza clienti. Vedere assistenza tecnica 1-3
assistenza tecnica 1-3 a 1-7
indirizzo di posta elettronica 1-3
indirizzo Internet 1-6
telefono/fax (in tutti gli altri Paesi) 1-4
telefono/fax (Nord America) 1-3
uffici regionali di vendita 1-4 a 1-5
assistenza. Vedere assistenza tecnica 1-3
autocampionatore
posizionamento delle piastre 2-13
posizioni dei serbatoi 2-11
autoestrazione, non riuscita 2-24
avvertenza relativa al laser 1-12
avvertenze relative al pericolo di folgorazione 1-12
B
bolle d’aria, rimozione dalla camera superiore del
polimero 5-4
C
calibrazione spaziale, trattazione 4-2 a 4-5
calibrazione spettrale, trattazione 4-6 a 4-14
camera superiore del polimero, rimozione delle bolle
d’aria 5-4
camere del polimero
pulizia 5-10
rimozione dallo strumento 5-9
rimozione delle bolle d’aria 5-4
campo BioLIMS Project (nel record della piastra) 2-17
capillare giallo nella finestra Array View 4-12
cella del rivelatore, pulizia 5-12
collegamento di una piastra 2-20
comando Display Run Data 3-2
comando Fill Down 2-17
computer
controllo dello spazio libero nel database 5-6
controllo dello spazio libero sul disco fisso 5-5
corsa
avvio 2-23
monitoraggio 2-23
salto, pausa, arresto 2-24
dati grezzi (colore), visualizzazione nel software Data
Collection 3-2 a 3-3
dati, analisi. Vedere analisi dei dati
documenti su richiesta 1-6
F
Factura
analisi, impostazione 3-11
visualizzazione delle funzioni 3-9
file dei campioni
numero massimo di caratteri 2-15
stampa 3-10
visualizzazione 3-6
visualizzazione nel software Sequencing
Analysis 3-10
finestra Sample Manager 3-6
aggiunta di file 3-6 a 3-7
G
gruppo piastra, posizionamento
sull’autocampionatore 2-13
I
indirizzo Internet
documenti su richiesta 1-6
indirizzo Web
Applied Biosystems 1-6
documenti su richiesta 1-6
M
manuali, set 3100 1-2
manutenzione, trattazione 5-2 a 5-15
modulo di analisi
selezione 2-18
visualizzazione e modifica 2-27
modulo di corsa
selezione 2-17
visualizzazione, modifica e creazione 2-25
MSDS, ordinazione 1-9
N
numeri di parte
parti di ricambio e materiali consumabili.Vedere
manuale d’uso
D
dati
analisi o rianalisi 3-11
estrazione 2-24
visualizzazione dei dati analizzati 3-5
visualizzazione dei dati grezzi 3-2
dati EPT, visualizzazione nel software Sequencing
Analysis 3-9
O
OrbixWeb, avvio 2-3
P
pagina Array View 3-3
polimero, aggiunta o sostituzione 2-9, 5-11
Indice analitico-1
posta elettronica, indirizzo dell’assistenza tecnica 1-3
preferenze 2-5
preferenze del software 2-5
preparazione dei campioni
Guida alla chimica del sequenziamento 1-2
pulsante Pause 2-24
pulsante Skip to Next Run 2-24
pulsante Stop 2-24
V
visualizzazione
dati grezzi (colore) nel software Data Collection
3-2 a 3-3
file dei campioni nel software Sequencing
Analysis 3-6 a 3-10
R
record della piastra
collegamento di una piastra 2-20
creazione 2-14 a 2-19
creazione per la calibrazione spettrale
4-9
S
Scheda Plate View 2-14, 2-20
finestra di dialogo "Select the run to display" 3-2
serbatoi
posizioni sull’autocampionatore 2-11
riempimento 2-9 a 2-12
serbatoi dell’acqua e del tampone catodico,
riempimento 2-9 a 2-12
set di capillari, installazione, rimozione,
conservazione 5-12 a 5-14
set di fluorocromi, selezione 2-16
sicurezza
manuale 1-2
trattazione 1-7 a 1-12
sicurezza delle scorie 1-8
sicurezza delle sostanze chimiche 1-7
siringhe, trattazione 5-7
software Data Collection, avvio 2-3
software Sequencing Analysis
descrizione dei tipi di visualizzazione della finestra del
campione 3-9
manuale d’uso 1-2
percorso della directory del file SeqA.exe 2-27, 3-6
visualizzazione dei dati 3-5
spazio libero nel database, controllo 5-6
spazio libero sul disco fisso, controllo 5-5
stampa dei file dei campioni 3-10
standard matrice, preparazione 4-7
strumento
arresto 5-15
utilizzo 2-23
T
tampone di corsa 1X, preparazione per una singola
corsa 2-10
tampone, preparazione per una singola corsa 2-10
tipi di visualizzazione della finestra del campione
(Sequencing Analysis), descrizione 3-9
Indice analitico-2
Sede centrale
850 Lincoln Centre Drive
Foster City, CA 94404 USA
Telefono: +1 650.638.5800
Linea verde U.S.A.: +1 800.345.5224
Fax: +1 650.638.5884
Uffici di vendita nel mondo
La vasta rete di distribuzione ed assistenza della
Applied Biosystems raggiunge 150 Paesi in sei
continenti e si avvale di personale di supporto e
applicativo altamente qualificato. Per le
ubicazioni degli uffici internazionali, rivolgersi alla
sede centrale o visitare il sito Web
www.appliedbiosystems.com.
www.appliedbiosystems.com
Applera Corporation si impegna a mettere a
disposizione dei ricercatori di life science le
tecnologie e le informazioni più avanzate.
Applera Corporation comprende le ditte Applied
Biosystems e Celera Genomics.
Stampato negli Stati Uniti, 02/2001
an Applera business