Myriapod Fibrosi Cistica Brochure

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La fibrosi cistica (FC) è la malattia genetica autosomica recessiva grave più comune nella popolazione italiana con 1 malato ogni 2500-2800 individui.
La frequenza dei portatori sani in Italia è circa 1/25.
Il gene Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance
Regulator (CFTR), responsabile della patogenesi della
FC, codifica per una proteina la cui funzione principale è il trasporto di elettroliti attraverso la membrana delle cellule epiteliali.
Mutazioni a carico del gene CFTR possono determinare la sintesi di una proteina difettosa, o, addirittura, l’interruzione della trascrizione e quindi l’assenza di sintesi della proteina stessa con conseguente
alterazione della secrezione di cloro da parte delle
cellule epiteliali e aumento della densità del muco.
Le più gravi manifestazioni cliniche date da tali secrezioni mucose dense sono rappresentate dalla malattia polmonare ostruttiva cronica, dalle infezioni
batteriche delle vie aeree e dall’insufficienza pancreatica esocrina.
La diagnosi di FC è suggerita dai suoi tipici segni
clinici e di laboratorio e confermata dal test del sudore e dal test della tripsina immunoreattiva. La
diagnosi definitiva di FC e delle sue forme atipiche
(es. asma atipica, pancreatite ricorrente/cronica, infertilità maschile causata dall’assenza congenita dei
vasi deferenti, sinusite cronica e poliposi nasale non
allergica), però, si basa sulla ricerca delle mutazioni
del gene CFTR.
L’analisi delle mutazioni del gene CFTR è fondamentale, oltre che per confermare la diagnosi (soprattutto
neonatale), per identificare i portatori nelle famiglie
di un bambino affetto in caso di infertilità di coppia.
L’analisi molecolare è raccomandata anche per la
diagnosi differenziale. E’ noto, infatti, come alcune
mutazioni abbiano effetti diversi sulla funzionalità
della proteina CFTR e quindi sul livello di interessamento dei vari organi, sull’evoluzione della malattia,
sull’entità dei sintomi e sull’età di insorgenza.
72
mutazioni
>
missenso
nonsenso
splice -site
(frameshift)
Kit
Myriapod Cystic fibrosis
®
Capacità di eseguire l’analisi su sangue intero fresco,
spot di sangue essiccato su carta (dried blood spot),
tamponi buccali, villi coriali e liquido amniotico
Principio del metodo
Il DNA viene amplificato tramite multiplex-PCR
utilizzando 8 diverse miscele di primer in modo da
ottenere frammenti comprendenti tutti i siti polimorfici d’interesse. Dopo il trattamento dei prodotti di amplificazione con Shrimp Alkaline Phosphatase
(SAP) per la rimozione dei nucleotidi residui, segue
una reazione di primer extension (iPLEX) in presenza
di primer adiacenti ogni sito polimorfico e di nucleotidi con massa modificata.
Per ciascun polimorfismo si ottiene in tal modo
uno o più prodotti di estensione, cui è associato un
picco dello spettro, di massa corrispondente alla
somma delle masse del primer di estensione e del
nucleotide inserito in corrispondenza della posizione variabile. In base alla presenza dei picchi e alla
loro massa, il software di analisi determina automaticamente per ogni campione il genotipo di ciascuna mutazione.
Il kit “Myriapod® Cystic fibrosis” permette il rilevamento e l’identificazione, mediante spettrometria
di massa MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption
Ionization Time Of Flight), di un pannello di ottanta mutazioni e del polyT (5/7/9) dell’introne 8 del gene CFTR,
associati alla condizione di portatore sano o affetto
da fibrosi cistica o patologie CFTR correlate, avvalendosi del sistema strumentale MassARRAY® 96 (Sequenom Inc.).
Il kit “Myriapod® Cystic fibrosis” consente di ottenere una percentuale di detection rate (percentuale di cromosomi CF rilevabili con i metodi correnti)
maggiore dell’85% per la maggior parte delle regioni italiane e con livelli prossimi al 90% per le regioni
meridionali.
IVD
Codice
N° test
SQ080
120
Genotipizzazione automatica
con accuratezza ≥ 99,7%
E585X
991del5
W1282X 1
E60X
R1066C
1078delT 1
T338I
V520F
852del22
S549N
2789+5G>A 1
3199del6
S912X
7 11+5G>A
3120+1G>A 1
4016insT
R11 7H 1
2184delA 1
8
Possibilità di rilevare alcune varianti benigne
del gene CFTR e di discriminarle dalle mutazioni
causanti la FC, con conseguente eliminazione
di falsi positivi e di falsi negativi
delezioni
Condizioni di reazione uniche per tutte le mutazioni
Dal DNA al genotipo di 80 mutazioni
per 10 campioni e 2 controlli in 9 ore
E21 7G
S549R
R334Q
167 7delTA
G1244E
4382delA
1 706del1 7
G1349D
3659delC 1
621+3A>G
2183AA>G 1 2
2790-2A>G
2143delT
L107 7P
3132delTG
3849+10kbC>T 1
G551D 1
D1152H
Facilità di esecuzione e di interpretazione
dei risultati
Sistema monitorato periodicamente
con i più importanti controlli esterni di qualità
(UK NEQAS, CF Network, ISS)
1
2
L1065P
A455E 1
R352Q
3272-26A>G
1898+1G>A 1
R553X 1
R1158X
7 11+1G>T 1
S1251N
R1162X 1 2
R1070Q
I502T
D579G
621+1G>T 1
R334W 1
R560T 1
N1303K 1 2
G85E 1
3876delA
R1066H
Q552X
1898+3A>G
3905insT
I507del 1
1259insA
394delTT
1 7 1 7-1G>A 1 2
R347P 1
R347H
F508del 1 2
G542X 1 2
G1 78R
2184insA
1898+5G>T
4015delA
1874insT
4
CFTR
CFTR
CFTR
CFTR
CFTR
CFTR
CFTR
CFTR
dele
dele
dele
dele
dele
dele
dele
dele
1
2 (ins182)
2
2,3 (21kb)
14b-1 7b
1 7a-18 (3120+1kb del 8,6 kb)
22,23
22,24
Pannello raccomandato dall’American College of Medical Genetics
Mutazioni prevalenti in Italia (frequenza >2%)
varianti
definite
benigne
>
I148T
I506V
I507V
F508C
polyT
(5/7/9)
introne 8