TITOLO DEL PROGETTO:

Programma Straordinario di Ricerca Oncologica 2006 - Art.3 DM 21 luglio 2006
1
“Rete solidale e collaborazioni internazionali”
RELAZIONE STATO AVANZAMENTO DEI LAVORI
PROGRAMMA 2 “INTEGRAZIONE DELLE ATTIVITÀ DI RICERCA ATTRAVERSO
LA
COSTRUZIONE
DI
STRUTTURE
E
RETI
DI
COLLABORAZIONE
INTERISTITUZIONALI”
PROGETTO: 1.1 RETE ITALIANA DELLE BIOBANCHE PER L’ONCOLOGIA (RIBBO)
Coordinatori: A. Paradiso, G. Migliaccio
UNITÀ OPERATIVA: Istituto Nazionale Tumori, Milano
RESPONSABILE SCIENTIFICO: Dssa Maria Grazia Daidone
Stato di avanzamento dei lavori e conseguimento dei risultati (max 500 parole)
Le tecnologie genomiche e proteomiche richiedono campioni biologici adeguatamente conservati per
garantire la disponibilità di acidi nucleici e proteine di buona qualità per studi futuri. L’impatto di un ritardo nel
congelamento di campioni di carcinoma mammario e di campioni di carcinoma del colon e relativi campioni di mucosa
colonica ‘sana’, è stato valutato sia sul trascrittoma che sul proteoma in due studi separati con piattaforme
tecnologiche diverse.
Nel carcinoma mammario è stato analizzato il profilo di espressione genica su 8 campioni utilizzando una
piattaforma cDNA con 17172 probes (V. Cappelletti et al., Impact of biospecimens handling on biomarker research in
breast cancer, BMC Cancer, in press). Mediante ANOVA è stata dimostrata la modulazione dell’espressione di 461
geni in funzione del ritardo nel congelamento. Per meglio comprendere eventuali distorsioni dei dati di espressione
introdotte dal campionamento, i campioni sono stati analizzati utilizzando geni di varie signatures note ipotizzando che
in presenza di alterazioni non biologicamente influenti, i campioni di ogni singolo tumore avrebbero segregato
insieme. Utilizzando signatures con un elevato numero di geni (circa 300) i campioni congelati tardivamente
segregano rispettando l’individualità, mentre l’informazione sull’individualità veniva persa usando per il clustering
signatures con un numero minore di geni (circa 10). In situazioni intermedie (30 geni) l’informazione
sull’individualità si manteneva solo se i geni utilizzati per il clustering non contenevano i 461 geni associati al
congelamento tardivo. Questa è un prova indiretta a favore dell’esistenza di specifici geni maggiormente influenzati
dalle condizioni di manipolazione del campione che, se utilizzati per predizioni cliniche con campioni mal conservati,
possono fornire risultati alterati. Analogamente sul fronte proteico abbiamo dimostrato un’alterazione dei profili delle
fosfoproteine in campioni congelati tardivamente, un dato importante nella pianificazione di approcci terapeutici
innovativi.
Nell’ambito di uno studio attivato tra i Centri della Rete Oncologica Lombarda per l’allestimento di
Biobanche comuni è stata valutata l’alterazione dei profili di espressione genica su campioni di carcinoma del colon e
su mucosa sana prelevata dallo stesso paziente indotta da tempi di congelamento tardivi (1h, 3h e 6h). Il tempo
intercorso tra la chirurgia e il congelamento del campione non aveva effetti sulla qualità dell’RNA che però risultava
molto più variabile e con valori di RIN inferiori rispetto a quanto riscontrato per il carcinoma mammario. Il profilo di
espressione genica è stato valutato utilizzando i BeadChip Illumina HT12. La qualità del profilo non era influenzata
dal tempo di congelamento. Per i campioni tumorali è stato osservato che in 9/15 pazienti il ritardo del congelamento
non alterava la clusterizzazione per individualità. Diversamente se per clusterizzare i pazienti venivano utilizzati i dati
di espressione ottenuti sui campioni di mucosa sana, la clusterizzazione per individualità era mantenuto solo in 5 su 15
pazienti. Anche i dati raccolti nella neoplasia intestinale suggeriscono perciò un’influenza delle modalità di raccolta
dei campioni sui profili genici e non sulla qualità dell’RNA. Studi sono in corso per identificare geni specifici la cui
espressione varia in funzione del tempo di congelamento dei campioni. Risultati preliminari suggeriscono una
modulazione significativa del gene FOS in funzione del tempo di ischemia.