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DOMANDE PER ALLENARSI
(D: database; A: allineamenti e BLAST; M: marcatori e predizione strutt. sec.; E, recupero esercitaz.)
D1. caratteristiche comuni e differenze nella struttura e nella gestione dei database flatfile e relazionali.
D2. struttura di una entry di un database biologico e suoi elementi fondamentali / importanti / particolari
D3. quali tipi di rapporto client-server si possono verificare nella consultazione di database biologici?
D4. dati primari e secondari in un database biologico: differenza dal punto di vista “bio” e “info”.
D5. UniProt e PROSITE: punti in comune e differenze nella struttura (come db) e nei contenuti
D6. cosa rende più specifiche le interrogazioni complesse?
D7. DBMS: cosa è, dove lo si incontra, a cosa serve.
D8. indicizzazione: in quali database è importante? (e perché)
D9. Differenza tra Accession e Identificativo
D10. La sequenza è un elemento sempre presente nelle schede dei database bioinformatici?
A1. BLAST ed i gaps: perché ci sono (biol. molecolare) e come sono pesati (bioinformatica)
A2. allineamento locale e globale: punti in comune, differenze, esempi
A3. variazione settings: fornirne esempi (almeno un paio) con effetti sul risultato o solo sull’output
A4. si può usare una matrice PAM con blastn? Con blastx? Con tblastn? E una BLOSUM?
A5. definizione e differenze: omologia, identità, similarità, positività, compatibilità
A6. matrici: tipi e loro uso negli allineamenti
A7. matrici: tipi, uso, vantaggi e limiti
A8. a cosa serve l’allineamento multiplo?
A9. schermata grafica di BLAST: cosa indica? A cosa può servire?
A10. BLAST ottimizzati per usi specifici: quali sono? Quando e come usarli?
A11. score ed E value: cosa sono e cosa indicano rispettivamente
A12. gap penalty, window size: cosa sono e a cosa servono negli allineamenti
A13. Megablast e PSI-BLAST: a cosa servono? Quali peculiarità mostrano?
A14. allineamenti di sequenze di DNA e proteine: cosa c’è in comune e cosa è differente
A15. blastx e tblastn: cosa hanno in comune? In cosa differiscono? Quando usare l’uno o l’altro?
A16. blastx e tblastn: quando è particolarmente utile usarli? (fornire esempi)
A17. PSI-BLAST: come funziona? A cosa può servire?
A18. cosa lega in qualche modo l’analisi di distribuzione tassonomica alle putative funzioni?
A19. i filtri: quali tipi, quali vantaggi, quali rischi
A20. A cosa serve limitare le ricerche a specifici organismi (o gruppi di)? A cosa serve escluderli dalle ricerche?
M1. come si trovano i falsi negativi, dato che….sono negativi?
M2. marcatori e sequenze di DNA
M3. quali marcatori sono, in genere, associati rispettivamente a consensus, pattern e profili?
M4. PROSITE: peculiarità, contenuti, tools associati, utilità
M5. posso trovare un pattern in un profilo? E il contrario? (ragionando in termini “bio” ed “info”)
M6. motif, signature, regular expression, matrix, profile, pattern, consensus: definizioni, relazioni, differenze
M7. quando è più importante valutare l’indice di precisione? Quando quello di recall?
M8. i marcatori ad elevata frequenza hanno bassa precisione. Sono dunque inutili?
M9. informazioni ottenibili con scanprosite ma non con blast e viceversa
M10: che rilevanza ha la distribuzione tassonomica nello sviluppo di marcatori funzionali
M11. in quali casi si incontrano (in bioinformatica) falsi positivi? Di che tipo? Trucchi per evitarli?
M12. falsi positivi: cosa sono, in quali occasioni possono essere estratti e perché
M13. che importanza ha la frequenza per i marcatori funzionali?
M14. perché è utile poter cercare pattern leggermente degenerati?
M15. su quali basi si fonda la predizione di struttura secondaria?
M16. che correlazione c’è tra marcatori funzionali e predizione della struttura secondaria?
M17. perché i plot di probabilità sono più informativi di un semplice output a simboli (h, e, c)?
M18. come si individuano le regioni borderline attraverso predizione di strutture secondarie?
M19. a cosa può servire predire, sebbene già nota, la struttura secondaria di una proteina cristallizzata?
M20. perché l’uso integrato di BLAST e marcatori fornisce sempre più informazioni rispetto a un solo approccio?
E1. nota la sequenza di un cDNA da studiare, quali analisi possono fornire informazioni? Di che tipo?
E2. in quali casi può essere utile blastx? E ScanProsite?
E3. è stato appena sequenziato il genoma di un organismo ma non ne sono stati ancora sequenziati i trascritti. Per
predire i geni e le loro funzioni quali strumenti bioinformatici posso usare?
E4. due proteine che sto analizzando condividono due pattern e lo stesso profilo. Avranno la stessa funzione?
E5. quali putative funzioni in particolare sono fornite dai pattern?