Corso di Bioinformatica

Collegio Ghislieri
Pavia
Università degli Studi
Pavia
Corso di Bioinformatica
per studenti della Facoltà di Medicina e Chirurgia dell’Università di Pavia
Anno Accademico 2009/2010
28 aprile – 25 maggio 2010, Collegio Ghislieri, Aula Barbara Rossi
La Bioinformatica è nata dall’integrazione tra la Biologia e l’Informatica
al fine di utilizzare e diffondere l’enorme patrimonio di conoscenze
disponibili grazie ai recenti sviluppi della biologia molecolare e della
genetica. Così, oggi è diventato indispensabile sapersi muovere tra
le diverse banche dati on line, conoscere quale tipo di informazione
può essere ricavata da ciascuna di queste, e conoscere i principi su
cui si fondano tecniche bioinformatiche di uso corrente. Si tratta di
strumenti completamente nuovi, ai quali il medico si sta avvicinando
ora, comprendendone le grandi potenzialità non solo per la ricerca
ma anche per la clinica.
Il corso si propone di mostrare allo studente l’uso di strumenti
bioinformatici nella ricerca medico-biologica. In particolare alla fine
del corso lo studente sarà in grado di utilizzare efficacemente le
principali banche dati biomediche on-line e avrà acquisito al tempo
stesso le basi necessarie per ampliare ed aggiornare autonomamente
le sue conoscenze bioinformatiche.
Le lezioni saranno affiancate da una serie di esercitazioni interattive
in cui gli studenti saranno stimolati a risolvere problemi medici
tramite l’uso di banche dati e strumenti bioinformatici on-line.
Infatti, il principale obiettivo del corso è quello di far acquisire allo
studente la capacità di valorizzare al meglio l’enorme quantità di
informazioni oggi disponibili su un determinato fenomeno o malattia,
conoscendo le molteplici possibilità applicative della bioinformatica
alla medicina.
Lezione 1: Mercoledì 28 aprile, ore 14.30 - 16.00
Prof. R. Bellazzi
Introduzione alla Bioinformatica: definizione e ragioni della
sua importanza nella ricerca biomedica. Richiami di Biologia
Molecolare: trascrizione, traduzione, regolazione dell’espressione
genica e modifiche post-traduzionali.
Lezione 6: Mercoledì 12 maggio, ore 16.30 – 18.00
Dr. R. Ciccone
Esercitazione sull’analisi di dati genomici con problemi tratti dalla
pratica clinica.
Lezione 3: Mercoledì 5 maggio, ore 14.30 - 16.00
Prof. R. Bellazzi
Banche dati biomediche e risorse on-line.
Lezione 4: Mercoledì 5 maggio, ore 16.30 - 18.00
Dr.ssa F. Ferrazzi
Esercitazione sull’utilizzo delle principali banche dati online
Pubmed/Genebank/Protein/Gene/Genome/Unigene/Omim.
Lezione 5: Mercoledì 12 maggio, ore 14.30 – 16.00
Prof.ssa O. Zuffardi
CNV (Copy number variation) e SNPs: la comprensione della
variazione strutturale umana legata a patologie. Tecnologie highthroughput per l’analisi di CNV e SNPs. Il progetto Hapmap e il
software Haploview.
Lezione 8: Mercoledì 19 maggio, ore 16.30 – 18.00
Dr.ssa F. Ferrazzi
Esercitazione sull’allineamento di sequenze ed utilizzo di BLAST.
Lezione 9: Martedì 25 maggio, ore 14.30 – 16.00
Prof. R. Bellazzi, Prof. G. Merlini
Analisi di dati high-throughput di espressione genica e loro utilizzo
per la scoperta di biomarcatori in campo oncologico.
Lezione 10: Martedì 25 maggio, ore 16.30 – 18.00
Dr.ssa F. Ferrazzi
Elementi di bioinformatica integrativa: utilizzo della Gene Ontology
ed il concetto di enrichment; strumenti di text mining per il recupero
automatico di informazioni da abstract e pubblicazioni.
Docenti: Prof. Riccardo Bellazzi (Responsabile del Corso)
Prof. Giampaolo Merlini - Prof.ssa Orsetta Zuffardi
Dr. Roberto Ciccone - Dr.ssa Fulvia Ferrazzi
Il Corso monografico è riservato agli studenti iscritti a tutti gli anni del Corso di Laurea in Medicina e Chirurgia
ed è riconosciuto come Attività Didattica Elettiva (A.D.E.): 2 crediti.
Ai partecipanti verrà rilasciato un attestato di frequenza (almeno 8 presenze)
Iscrizioni aperte fino ad esaurimento dei posti disponibili (massimo 20 partecipanti)
Collegio Ghislieri
Piazza Ghislieri, 5 - Pavia
www.ghislieri.it
Gli studenti iscritti al Corso dovranno preferibilmente disporre
di un proprio personal computer portatile. Per gli studenti che ne fossero sprovvisti
il Collegio Ghislieri potrà mettere a disposizione alcuni personal computer.
Per iscrizioni (e-mail): [email protected]
tcp pavia - www.tcppavia.it
Lezione 2: Mercoledì 28 aprile, ore 16.30 - 18.00
Prof. G. Merlini, Prof.ssa O. Zuffardi
Il Progetto Genoma e le tecnologie per l’analisi del genoma,
trascrittoma, proteoma, e metaboloma.
Lezione 7: Mercoledì 19 maggio, ore 14,30 – 16.00
Prof. R. Bellazzi
Analisi di sequenze: algoritmi e strumenti di base per l’allineamento.