Software per la Bioinformatica

Software per la
Bioinformatica
Università degli studi di Siena
sett.-nov. 2004
Cosa è esattamente la
Bioinformatica?



È la scienza che si occupa del trattamento ed
analisi dei dati biologici con metodi informatici
In altre parole è la scienza che, attraverso
algoritmi, processa i dati biologici per formulare
ipotesi sui processi vitali
Algoritmi → software
Il Bioinformatico


È uno sviluppatore
È un utilizzatore
Perché un corso di bioinformatica?
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


Insieme alle biotecnologie, la bioinformatica sta dando
il maggior impulso alla ricerca nelle scienze della vita
È utilizzabile in tutti i campi della biologia molecolare
L’uso dei software bioinformatici sta diventando di
routine…
…forse troppo?
Dove posso trovare risorse per la
Bioinformatica?

Su internet si possono trovare



Che genere di informazioni si ottengono?

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


Servizi online
Software gratuiti
Primarie
Derivate
Parametri
confronti
I punti di partenza:
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

www.expasy.org
www.ncbi.nlm.nih.gov
www.embl-heidelberg.de
Le parole da sapere

Banca dati (database)
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

entry
query
flat-file
cross-reference
XML (eXented Markup Language)
Server & client

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

algoritmo
implementazione
software
online
Quali dati posso trattare?



Sequenza
Funzione
Struttura
Banche dati



Primarie
Derivate
Interconnesse
Banche dati di acidi nucleici

Genbank


Annotated nucleic acids sequences database
Problemi:
mantenere le annotazioni
 Sovrapposizioni delle sequenze
 Polimorfismo e varanti

Il DNA

Trascrizione
Trascritto primario (pre-mRNA)
 mRNA
 cDNA


Traduzione
Precursore
 Proteina nativa

Banche dati di proteine

Swissprot


Annotated protein sequences database
Problemi:

Derivano per lo più da traduzioni
Banche dati di strutture

Protein Data Bank

3D protein structures database
Banche dati derivate

PROSITE
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
ProDom


Domini proteici
FSSP, SCOP, CATH
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
Pattern funzionali
Famiglie strutturali
OMIM

Geni e malattie geniche associate
Esempi
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



Genbank
Swissprot
ORFinder
ClustalW
BLAST
Expasy tools
Prosite
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


PDB
CATH
SCOP
Pfam
Deepview