Esercitazione 21 maggio
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Esercitazione 21 Maggio 2009 Cognome Nome 1. Predire la struttura tridimensionale della sequenza indicata dall’accession number AJ311925 mediante SWISSMODEL. Scrivere il codice PDB della proteina usata come riferimento nel modellamento: Scrivere il nome della proteina usata come riferimento nel modellamento: Scrivere la risoluzione della struttura usata come riferimento nel modellamento: Indicare come è classificata questa struttura in CATH e come in SCOP: Scrivere lo Z-score calcolato da Prosa per il modello ottenuto e per la struttura usata come riferimento nel modellamento. Scrivere il valore di RMSD calcolato tra il modello ottenuto e la struttura usata come riferimento. 2. Quale programma possiamo usare per predire la struttura secondaria di molecole di RNA? Fare la predizione di struttura secondaria per la seguente sequenza: 5’- AAGAUGCUAAUGUGAUGCAUCA -3’ 3. Valutare dove la mioglobina di carpa è localizzata nella cellula mediante PSORT II. 4. Ricercare il file PDB 1ITB. Scrivere il numero di residui della catena A che interagiscono con la catena B ed il nome del programma usato: Scrivere il numero di residui della catena B che interagiscono con la catena A ed il nome del programma usato: Scrivere l’energia di binding tra la catena A e la catena B ed il nome del programma usato: Scrivere il numero di legami ad idrogeno all’interfaccia tra le catene A e B: Scrivere il numero di ponti salini all’interfaccia tra le catene A e B: Scrivere l’ASA all’interfaccia tra le catene A e B: 5. Dato il seguente gene: gtactcgccgacaagtatcagtaccag Scrivere la traduzione di questa sequenza in una sequenza amminoacidica: 6. Data la seguente sequenza nucleotidica, predire il numero di geni contenuti in essa. AGCAGCTTTGGCACAAGGGGAAACTGGACAGAGAACCACAGACCTTCAACCAGCAGCAGCACCTTTGCAGCGCTGACGCT GACCTCCTCAGAGCTGTTCTCCCTGGAGCTCAGCTCCCACACGTAGAGGCCCGTATCCCCGCGCTGCAGGTCCGACACGC TCACGTTGACCTGCGGGGAGCGCAACCCACCGTGGAGCTGCAGACGCCCCCTGTGCTGCGGATTGACCTTTGGCTCCGCC CCTTCCGCCATAGACAGCAGGGTGGTCTGCGTCTGGCCGCCGCGGTGGTAAAGGTGTAGACCTGTGGGTGGACCCTGCTG CTCCCGGAGTGGACAAGAGAGCTGCAGGGACTGTCCCTCTGCCAGCTGCCTGAAGATCAACTCTGCACACGCTGGAGGAG GGTAAACGCCAGTTAGTCGAGCCACCTGTGAGCGACAGCGCGAGGACGCCAACTCCTCTCACCTTCAAAGAGCTGGATGG AAACGAGAAGGCTCGTCAGCGTCGTCCTCATGGCCTCGGTTTGATCAGAGAAGCACGGAGACGAACCAACGCGGAGTCAC CCCTCCCATTTCCTCCAGCGTTGTGAGACTCTGCAGGATGCTTCGCTCTTTTCACCCCGCTGCACATCGGGGCAGGAAGA GCGGTTCAAAGAGAAAGAGAAGTGCTGTTAAACCGCTGCTGCAGAGCAGATCAGCCCAAAACGTTCTCGGAATGAGCACA AGCACAAGGTCCAAGAACCCCCTCCAACCTGAAAACTGCTGTTTCTACAGCACCTCATGATGGAAGCTGAAGGAATCCGC CCCTACAAAGAGGGGAAAAGAACCCCACTCTCATGTGTCTCAGACATCTACCTCATTAAAACCTAAAATGCAGATCTGTT CTGAGGACCCATTCACAGCTTTGAGTCACAATCACTCAAACCTGCGCCGAGTTTCCGCTTGACGAGCTCGTCGGCCTCGG CTGTGTTGATTGTCCGCTGCATAAAGTTGCCCCCCCCCCAGGTTCCTCAGTAGTGCTGCTGACACAGACTGGTGTGTCGG TGTTTCGGGACAAAGTTGCTGCTTAGTGTTGCATTAACGGCGCCTTTGTGTCTCAGGATGACCCCCCTGGTTTGGCTCCT GGCGTTGTCTGTTGGATGGTGTTCTGCTGTCCCTCCCAACCTTTTTGGTGGGAAGGCGGGGGGACGTGACGTGCACAAAG GCTGGAAGACCCCGGAGGTGGAGCCGGAGCGGGTGAAGACTGTGGAAGTGAGCTGCCACCCCAACTCTCTGGAGATCACT GTGAAGGCGGACATGTTCGAGGTCGGCGCCCCAGTTTACAGCGACGAGCTGCGCCTGGGAGTGGATCAGCAGGATTACAA CTGTCAAGCCCAAGCCTCTCCGGGAGACGAGTACACCATCCTGGGTCGGACTNNNGGCTNNGGCACCAAACACTGGGTAA GTGTGGAACGAGCTGCTCCTCGGGACACGGTGATGTCATCTAAACGCTCCTGTTCCTCAGGTAACTGAAGAGTCTCTGGT CTACACAAACCTCCTCATATTCTCACCTCGAGTGACTCAGGACGGGCTCATTCGAATGGACGAAGCCGTCATTCCGATCG AGTGCCAGTATGAAAGGTGCTTCTCCTGTCTATTAAATTCAAAGACGCCTCTGCTGCCGCTCACGTGTACCATGTCTCCT CAGGAAGTACAGCCTGTCCAGCGGCTCCCTCAAGCCCACCTGGATCCCTTTCATGTCCACCCAAGCTGCGGTGGAAAACC TGTCCTTTGACATGAAGCTTGTGTCGGGTGAGTTTTTGGCTGGCCTTAAACACTTGCTCAAACTGTACACGCCAACTACT CCTGTTTCAGATGACTGGAACTACGAAAGAGGCTCCAACGTGTTTCACCTGGGGACCTCATCCCTGTGGAGGCCTCGGTC AGAGTTGGGCACCACCTGGGCCTCCGGGTGTTTGTGAGCAGCTGCACGGCCACGCTTTCCCCGGACGCCCTCTCCCATC CCAGACACGTCTTCATCGAAAATGGGTAAACGTCAGCTTGGCTCCCAGTGTTGTGGTCTGAATCTGGGGGAGGAGCTTGT GAGGACTGAACTGTCAGGTTTGAGGTTCTTGACCCATTTCTGGCTCTTGTCGTAGGTGCTTCACTGACTCTCAGCTTCCA GATTCAAAGTCTCAGTTCTTCCCGAGGATTCAGGATGAGAAGCTCCACATGGTCATCGGCGCCTTCAGGTTCCATAACCA GGACAGCGGCGAGGTTTGACTCGGTTTGGTAAATCTCTCCCAGCTGTGTCTCCCTCATAAAGGCACGACCCGTCTCTCCC GCAGCTCTACATCACATGTCACCTGACCGCTGTACCAACCAATGACCCAGAGGCACTGCCTAAGGCCTGCACATTTATGA ACGGAAGGCAAGTGGCGCGTTGGAGACATCATTTTTAAACGGACTCGGAATAAAACTATCTATTTCCAGGTGGCGTTCGG CCGACGGCAACGATTACTCGTGTGCCAACTGTCAGACCCACGGCGGCGCCGGTCACACCAGTCACACGAAACCCAGCACT CCAGCCAAGTTTGGCCCTCGTGGCTTCGGGAAGCCAGAAAAACCGTGGAAGAGCATCGCCAAGACAAAAATGCGTAAGTT CAATGACGCC Scrivere il numero di geni predetti ed il programma usato:
