scritto2009_3

BIOINFORMATICA – Esame scritto del 29 Giugno 2009
Nome Cognome ____________________
1) Descrivere le differenze tra fold recognition (threading) e costruzione di un
modello strutturale per omologia
2) Descrivere il metodo alla base di PSI-BLAST ed il suo significato biologico
3) Descrivere i criteri di valutazione del grado di similarità tra sequenze
4) Quale dei seguenti criteri è considerato sufficiente per l’identificazione di una
proteina?
a) La massa di tre peptidi interni
b) La sequenza di tre peptidi interni
c) La massa del peptide N-terminale
5) La matrice BLOSUM65
a) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di 65 sequenze ortologhe
b) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
blocchi di sequenze con almeno il 65% di identità
c) contiene valori di probabilità di sostituzione tra coppie di aminoacidi in
sequenze omologhe divergenti per il 65% inteso come frequenza di
mutazione
6) Nel database CATH
a) Le classi sono assegnate in base alla struttura secondaria
b) Le classi sono assegnate in base alla funzione
c) le architetture sono assegnate in base a relazioni di omologia
7) Quale database NON contiene sequenze nucleotidiche?
a) EMBL
b) DDBJ
c) TrEMBL