biologia molecolare applicata - Corso di Laurea in Biotecnologie

INSEGNAMENTO
SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE
ANNO DI CORSO
SEMESTRE
CFU TOTALI
MODALITA’ DI VERIFICA DEL PROFITTO
BIOLOGIA MOLECOLARE APPLICATA
BIO/11
I
II
8
ORALE
OBIETTIVI DELL’INSEGNAMENTO:
Il corso si propone di fornire conoscenze relative ad alcuni processi coinvolti nel controllo dell’espressione genica.
particolare attenzione verrà rivoltaall’aspetto metodologico approfondendo possibili applicazioni nel campo delle
biotecnologie
TESTI CONSIGLIATI:
- B. Lewin “Il gene VIII” Zanichelli
- R.F. Weaver “Biologia Molecolare” McGraw-Hill.
- J.W. Dale, M. von Schantz “Dai geni ai genomi” EdiSES
- R.J. Reece “Analisi dei geni e genomi” EdiSES
- G. Gibson, S. Muse “Introduzione alla Genomica” Zanichelli
- G. Valle et al. “Introduzione alla Bioinformatica” Zanichelli
PROGRAMMA DELL’INSEGNAMENTO:
SOTTOCAPITOLO
1
ANALISI DELL’ESPRESSIONE GENICA ED IDENTIFICAZIONE DI GENI DIFFERENZIALMENTE ESPRESSI.
Librerie a cDNA
sottrattive: metodologie classiche e Tagged random primers-PCR. Screening differenziale. RT-PCR competitiva.
Real Time PCR (Sybr green e sonde fluorescenti). Curve di melting. Real Time PCR quantitativa (relativa ed
assoluta). Microarray a oligonucleotidi e a cDNA (spotting e fotolitografia, marcatura e disegno sperimentale),
analisi dei dati (validazione e clustering). Alterazioni trascrizionali e localizzazione cromosomale. Analisi
trascrizionali e applicazioni: nelle biotecnologie rosse (Real Time PCR e microarray-based diagnostic/prognostic
tests), nelle biotecnologie verdi (miglioramento fragranza, colore e forma di cultivar di rosa).
SOTTOCAPITOLO
2
ORGANIZZAZIONE DELLA CROMATINA ED ESPRESSIONE GENICA.
Struttura del nucleosoma. Modificazioni della cromatina
(covalenti e non covalenti). Codice istonico. Modificazioni istoniche e trascrizione. Complessi acetilasici (SAGA).
Silencing, modello di assemblaggio della cromatina silente in lievito. Organizzazione telomeri lievito e uomo.
Alterazioni nel silenziamento genico/nel remodeling della cromatina e patologie. Deacetilasi e cancro. Isole CpG e
trascrizione. Metilazione del DNA e patologie (X fragile, sindrome di Rett).
SOTTOCAPITOLO
3
TECNICHE DI ANALISI DELLA CROMATINA A BASSA ED ALTA RISOLUZIONE.
MSREs (Methylation-Sensitive Restriction
Enzymes). Metodi basati sul trattamento con Bisolfito: Methylation Specific PCR, MethylLight etc. TAU gel.
Psoralene cross-linking. Sensibilità alle nucleasi (DNasi, micrococcale), Chromatin Immunoprecipitation (ChIP),
ChIP on chips. Methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP), DNA methylation arrays.
SOTTOCAPITOLO
4
SISTEMI DI TRASFEZIONE ED ESPRESSIONE.
Espressione e secrezione di proteine in lieviti metilotrofi. Trasfezione di
cellule animali. Trasfezioni stabili e transienti. Vettori virali e retrovirali. Animali transgenici e gene targeting in
mammiferi. Topi Knock-out. Trasformazione di cellule vegetali e piante transgeniche. Applicazioni (Vaccini).
Costruzione di ceppi di lievito per lo screening di ligandi o inibitori.
SOTTOCAPITOLO
5
METODI DI SILENZIAMENTO GENICO.
Oligonucleotidi antisenso, RNA antisenso e ribozimi. RNA interferenti e microRNA. Meccanismi molecolari del silenziamento da RNA interferenti.
SOTTOCAPITOLO
6
BIOLOGIA MOLECOLARE DEGLI ORGANELLI.
Organizzzione ed espressione del genoma mitocondriale e dei cloroplasti.
RNA editing. Patologie legate al mitocondrio.
SOTTOCAPITOLO
7
GENOMICA E BIOINFORMATICA.
Organizzazione del genoma e strategie di sequenziamento. Analisi del genoma umano.
Sequenze ripetute. Origine ed evoluzione degli introni. Banche dati di acidi nucleici e di proteine. Comparazione di
sequenze, anali della similitudine e di omologia. Matrici PAM e Blosum. Algoritmi per la ricerca in banche dati,
FAST e BLAST e loro uso. Cenni di evoluzione molecolare.