2-Struttura degli acidi nucleici

DNA ED RNA SONO MOLECOLE
POLIMERICHE FORMATE DA CATENE LINEARI
DI NUCLEOTIDI
I NUCLEOTIDI SONO FORMATI DA UN
PENTOSO, CIOE’ DA UNO ZUCCHERO A
CINQUE ATOMI DI CARBONIO, AL QUALE
SONO LEGATI UNA BASE AZOTATA E UNO O
PIU’ GRUPPI FOSFATO.
FIGURA 1.6 GENOMI II
FIGURA 4.6 GENE VI: RIBOSIO E
DEOSSIRIBOSIO
(DNA)
(RNA)
FIGURA 4.4 GENE VI: BASI PIRIMIDINICHE
(DNA E RNA)
(RNA)
(DNA)
FIGURA 4.5 GENE VI: BASI PURINICHE
(DNA E RNA)
(DNA E RNA)
IN DEFINITIVA IL DNA COMPRENDE LE BASI
ADENINA (A), GUANINA (G), CITOSINA (C) E
TIMINA (T) MENTRE L’RNA COMPRENDE
L’ADENINA (A), LA GUANINA (G), LA CITOSINA
(C) E L’URACILE (U).
DNA: A+G+C+T
RNA: A+G+C+U
FIGURA 1.9 GENOMI II
UNA MOLECOLA COMPOSTA SOLAMENTE
DALLO ZUCCHERO E DALLA BASE PRENDE IL
NOME DI NUCLEOSIDE
FIGURA 10.4 MONDUZZI
FIGURA 10.9 MONDUZZI
I NUCLEOTIDI PRENDONO IL NOME DAI
RISPETTIVI NUCLEOSIDI. AD ESEMPIO, UN
NUCLEOTIDE FORMATO DALLA URIDINA CON
UN FOSFATO LEGATO IN 5’ SI DEFINISCE
URIDINA 5’-MONOFOSFATO O 5’-UMP.
FIGURA 10.11 MONDUZZI
NEGLI ACIDI NUCLEICI I NUCLEOTIDI SONO
UNITI A FORMARE CATENE
POLINUCLEOTIDICHE.
FIGURA 1.7 GENOMI II: LEGAME
FOSFODIESTERICO E POLARITA’ DEI
POLINUCLEOTIDI
-
FIGURA 1.5 GENES VII = 4.7 GENE VI
PER STRUTTURA PRIMARIA DI UN ACIDO
NUCLEICO SI INTENDE LA SUCCESSIONE DEI
NUCLEOTIDI CHE LO COMPONGONO O, IN
TERMINI DIVERSI, LA SEQUENZA DELLE BASI
CHE LO CARATTERIZZANO.
PER CONVENZIONE, LE SEQUENZE
NUCLEOTIDICHE SI SCRIVONO A PARTIRE
DALL’ESTREMITA’ 5’.
FIGURA 1.11 GENOMI II: STRUTTURA DEL DNA
NEI LEGAMI A PONTE DI IDROGENO UN
ATOMO DI IDROGENO FA DA PONTE TRA DUE
ATOMI FORTEMENTE ELETTRONEGATIVI
FIGURA 1.9 STRYER V
I LEGAMI A IDROGENO SONO LUNGHI CIRCA
3 Å (PIU’ DI UN LEGAME COVALENTE).
L’ENERGIA DEL LEGAME E’ MASSIMA
QUANDO I 3 ATOMI SONO COLINEARI
STRYER V
FIGURA 1.6 GENES VII = 4.12 GENE VI
L’ORGANIZZAZIONE A DOPPIA ELICA DEL
DNA VIENE DEFINITA STRUTTURA
SECONDARIA.
OLTRE CHE DAI LEGAMI A IDROGENO, LA
STRUTTURA SECONDARIA DEL DNA E’
STABILIZZATA DA INTERAZIONI
IDROFOBICHE CHE SI STABILISCONO TRA
COPPIE DI BASI SUCCESSIVE.
FIGURA 1.7 GENES VII = 4.13 GENE VI
FIGURA 1.8 GENES VII = 4.14 GENE VI
PARAMETRI
STRUTTURALI DELLA
DOPPIA ELICA:
DIAMETRO = 23.7 A
PASSO (LUNGHEZZA
DI UN GIRO
COMPLETO) = 34 A
10 COPPIE DI BASI
PER GIRO
LA STRUTTURA DEL DNA PUO’ ESSERE
RIASSUNTA COME SEGUE: IL DNA E’
FORMATO DA DUE CATENE
POLINUCLEOTIDICHE ANTIPARALLELE UNITE
DA LEGAMI A PONTE DI IDROGENO ED
INTERAZIONI IDROFOBICHE A FORMARE UNA
DOPPIA ELICA DESTRORSA CON UN PASSO
DI 34 A ED UN DIAMETRO DI 23,7 A
I SOLCHI DELLA DOPPIA ELICA SONO
IMPORTANTI PER L’INTERAZIONE CON LE
PROTEINE. ALCUNE PROTEINE QUALI I
FATTORI TRASCRIZIONALI RICONOSCONO
SPECIFICHE SEQUENZE NUCLEOTIDICHE
“LEGGENDO” I RILIEVI PRESENTI SUL FONDO
DEI SOLCHI, DOVE SPORGONO I MARGINI
DELLE BASI AZOTATE
ANCHE LE MOLECOLE DI RNA, PER QUANTO
A SINGOLO FILAMENTO, POSSONO ESSERE
DOTATE DI STRUTTURA SECONDARIA.
QUESTA E’ DOVUTA A TRATTI DI
COMPLEMENTARITA’ INTERNA CHE SI
AVVOLGONO A FORMARE BREVI TRATTI A
DOPPIA ELICA.
5’---------GGCUUAGC-----------GCUAAGCC------3’
5’---------GGCUUAGC
CCGAAUCG
3’
FIGURA 5.4 GENE VI