artus® CMV QS-RGQ Kit: Performance characteristics

September 2015
artus® CMV
QS-RGQ Kit:
Performance
characteristics
4503363
artus CMV QS-RGQ Kit, Version 1
Check
at
availability
of
new
electronic
labeling
www.qiagen.com/products/artuscmvpcrkitce.aspx
revisions
before
test
execution. The current revision status is indicated by the issue date (format:
month/year).
Sample to Insight__
Sensibilità analitica — plasma
Il limite di rilevazione analitica, tenendo conto della purificazione (limite di sensibilità), è stato determinato
per il kit artus CMV QS-RGQ utilizzando campioni clinici CMV-positivi in combinazione con l’estrazione
sul QIAsymphony® SP.
Per il plasma, la sensibilità analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stata
determinata utilizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 1000 copie al valore nominale di 0,316
copie di CMV/ml, aggiunte ai campioni clinici di plasma. I campioni sono stati poi sottoposti ad
estrazione del DNA con il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo
Cellfree1000 DSP (volume di estrazione: 1 ml, volume di eluizione: 60 µl). Ciascuna delle 10 diluizioni è
stata analizzata con il kit artus CMV QS-RGQ in 4 giorni diversi nell’ambito di 4 sedute con 8 replicati
ciascuna. I risultati sono stati determinati mediante un’analisi probit. La Figura 1 illustra graficamente
l’analisi probit. Il limite di rilevazione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della
purificazione) in combinazione con il Rotor-Gene Q è pari a 42,5 copie/ml (p = 0,05). Ciò significa che
esiste una probabilità del 95% che vengano rilevati 42,5 copie/ml.
1.0
95%
Proportions
Proporzioni
0.8
1.63
~ 42.5
copies/ml
(95%)
1.63
~ 42.5
copies/ml
(95%)
(29.4–70.2
copies/ml)
(29.4–70.2copies/ml)
0.6
0.4
0.2
0.0
-1
0
1
2
3
log (dose)
Log
Figura 1. Analisi probit: plasma, CMV (Rotor-Gene Q). Sensibilità analitica, tenendo conto della purificazione, (plasma, utilizzando il kit
QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi) del kit artus CMV QS-RGQ sul Rotor-Gene Q.
Specificità — plasma
La specificità del kit artus CMV QS-RGQ è garantita in primo luogo dalla selezione dei primer e delle
sonde, nonché dalla selezione di condizioni di reazione stringenti. I primer e le sonde sono stati controllati
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
2
per accertare eventuali omologie con tutte le sequenze pubblicate nelle banche genetiche mediante analisi
comparativa delle sequenze. La rilevabilità di tutti i genotipi importanti è stata così assicurata.
Inoltre, la specificità è stata convalidata con 100 diversi campioni di plasma CMV-negativi. Questi
campioni non hanno generato segnali con i primer e le sonde di CMV inclusi nell’CMV RG/TM Master.
Una potenziale cross--reattività del kit artus CMV QS-RGQ è stata rilevata con il gruppo di controllo
elencato nella Tabella 1 (sotto riportata). Nessuno dei patogeni testati è risultato reattivo. Non sono state
osservate incidenze di cross-reattività con infezioni miste.
Tabella 1. Analisi della specificità del kit con patogeni potenzialmente cross-reattivi
Gruppo di controllo
CMV
(Cycling Green)
Controllo interno (Cycling
Yellow)
Herpes virus umano tipo 1
(virus Herpes simplex tipo 1)
–
+
Herpes virus umano tipo 2
(virus Herpes Simplex virus 2)
–
+
Herpes virus umano tipo 3
(virus Varicella-Zoster)
–
+
Herpes virus umano tipo 4
(virus di Epstein-Barr)
–
+
Herpes virus umano tipo 6A
–
+
Herpes virus umano tipo 6B
–
+
Herpes virus umano tipo 7
–
+
Herpes virus umano 8
(herpes virus associato al sarcoma di Kaposi)
–
+
Virus dell’epatite A
–
+
Virus dell’epatite B
–
+
Virus dell’epatite C
–
+
Virus dell’immunodeficienza umana 1
–
+
Virus umano della leucemia a cellule T tipo 1
–
+
Virus umano della leucemia a cellule T tipo 2
–
+
Virus del Nilo occidentale
–
+
Enterovirus
–
+
Parvovirus B19
–
+
Range lineare — plasma
Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato
analizzando una serie di diluizioni del materiale CMV in un intervallo da 1,00 x 108 copie/ml a 3,16 x
101 copie/ml nel plasma. La purificazione è stata eseguita in replicati (n = 4 per concentrazioni ≥1,00 x
107 copie/ml; n = 8 per concentrazioni <1,00 x 107 copie/ml) utilizzando il kit QIAsymphony DSP
Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo Cellfree1000 DSP (volume di estrazione: 1 ml,
volume di eluizione: 60 µl). Ogni campione è stato analizzato con il kit artus CMV QS-RGQ. Il range
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
3
lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato per coprire le
concentrazioni da 7,94 x 101 copie/ml a 1,00 x 108 copie/ml per il plasma (Figura 2).
log10 della concentrazione stimata (copie/ml)
log10 estimated concentration (copies/ml)
10
8
6
y = 1.0521x – 0.3653
y = 1.0521x
– 0.3653
R2 = 0.9991
R2 = 0.9991
4
2
0
0
2
4
6
8
10
log10
della concentrazione
stimata
(copie/ml)
log
concentration
(copies/ml)
10 nominal
Figura 2. Range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (plasma). Calcolo del range lineare. La linea retta è stata determinata mediante
una regressione lineare del log10 delle concentrazioni calcolate con il log10 delle concentrazioni nominali. La figura mostra
l’equazione della linea di regressione.
Robustezza — plasma
La verifica della robustezza consente la determinazione del tasso globale d’errore del kit artus CMV QSRGQ. Per verificare la robustezza, 100 campioni di plasma CMV-negativi sono stati arricchiti con 130
copie/ml di CMV (concentrazione pari all’incirca tre volte il limite di sensibilità analitica). In seguito ad
estrazione con il kit QIAsymphony DSP Virus/Pathogen Midi in combinazione con il protocollo
Cellfree1000_DSP per il plasma (volume di estrazione: 1 ml, volume di eluizione: 60 µl), i campioni sono
stati analizzati con il kit artus CMV QS-RGQ. Inoltre, la robustezza del controllo interno è stata valutata
mediante purificazione e analisi dei 100 campioni di plasma arricchiti. Non sono state osservate
inibizioni. La robustezza del kit artus CMV QS-RGQ è risultata ≥99%.
Valutazione clinica - plasma
Le prestazioni cliniche del kit artus CMV QS-RGQ sono state valutate utilizzando campioni clinici e
analizzando i relativi riscontri rispetto ai risultati ottenuti applicando un metodo confrontabile. Con il kit
artus CMV QS-RGQ e il metodo confrontabile, presso un centro esterno sono stati analizzati in totale 174
campioni di plasma prelevati in EDTA da pazienti affetti da infezione da CMV o preparati artificialmente
utilizzando il primo standard OMS per CMV, nonché prelevati da controlli negativi. La concordanza
qualitativa di entrambi i kit è stata pari al 100%. È stata condotta un’analisi di regressione di Deming e
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
4
Passing-Bablok con il risultato del test condotto con il kit QIAGEN sull’asse Y e con il risultato del test di
confronto sull’asse X (vedere Figura 3). La differenza stimata in log 10 (IU/mL) nel punto di decisione clinica
(1000 IU/mL) tra il kit QIAGEN e il kit di confronto era di 0,074 log 10 IU/ml, calcolata in base a
Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ
regressione di Deming.
Intercetta secondo Deming: 0,253, Pendenza: 0,940
Intercetta secondo Passing-Bablok: 0,291, Pendenza: 0,929
Log10 IU/ml: Kit di confronto
Figura 3. Grafico della regressione con rette di Passing-Bablok e Deming (plasma). Nell’analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il
limite inferiore di quantificazione (LLOQ) e il limite superiore di quantificazione (ULOQ) per entrambi i kit.
È stato tracciato un grafico Bland-Altman per osservare la differenza nel log 10 (IU/ml) calcolato. La
differenza media di log 10 (IU/ml) e il suo corrispondente intervallo al 95% sono stati inoltre calcolati e
sovrapposti sul grafico (vedere Figura 4).
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
5
Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ e log10 IU/ml: kit di confronto
Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ e log10 IU/ml: Kit di confronto
Figura 4. Grafico di Bland-Altman (plasma). Le rette orizzontali di riferimento sono in 0,00, –0,57 e 0,58 e denotano la differenza
media (log 10 IU/ml: kit artus CMV QS-RGQ – log 10 IU/ml: kit di confronto) e il corrispondente intervallo di predizione al 95%.
Nell’analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore e il limite superiore di quantificazione per entrambi i kit.
Sensibilità analitica — sangue intero
Il limite di rilevazione analitica, tenendo conto della purificazione (limite di sensibilità), è stato determinato
per il kit artus CMV QS-RGQ utilizzando campioni clinici CMV-positivi in combinazione con l’estrazione
sul QIAsymphony SP.
Per il sangue intero, la sensibilità analitica (tenendo conto della purificazione) del kit artus CMV QSRGQ è stata determinata utilizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 1000 copie al valore
nominale di 3,16 CMV/ml, aggiunte ai campioni di sangue intero umano. I campioni sono stati poi
sottoposti ad estrazione del DNA con il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il protocollo
VirusBlood200 DSP (volume di estrazione: 200 µl, volume di eluizione: 60 µl). Ciascuna delle 8 diluizioni
è stata analizzata con il kit artus CMV QS-RGQ in 3 giorni diversi nell’ambito di 6 sedute con 11 replicati
ciascuna. I risultati sono stati determinati mediante un’analisi probit. La Figura 5 illustra graficamente
l’analisi probit. Il limite di rilevazione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della
purificazione) in combinazione con il Rotor-Gene Q è pari a 164,55 copie/ml (p = 0,05). Ciò significa
che esiste una probabilità del 95% che vengano rilevati 164,55 copie/ml.
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
6
Proporzioni
Proportions
1.0
95%
0.8
0.6
2.21631~
164.55copies/ml
(95%)
2.21631 ~ 164.55
copies/ml
(95%)
(82.01–636.34
copies/ml)copies/ml)
82.01–636.34
0.4
0.2
0.0
-1
0
1
2
3
log
Log(dose)
(dose)
Figura 5. Analisi probit: sangue intero, CMV (Rotor-Gene Q). Sensibilità analitica, tenendo conto della purificazione, (sangue intero,
utilizzando il kit QIAsymphony DNA Mini) del kit artus CMV QS-RGQ sul Rotor-Gene Q.
Specificità — sangue intero
La specificità del kit artus CMV QS-RGQ è garantita in primo luogo dalla selezione dei primer e delle
sonde, nonché dalla selezione di condizioni di reazione stringenti. I primer e le sonde sono stati controllati
per accertare eventuali omologie con tutte le sequenze pubblicate nelle banche genetiche mediante analisi
comparativa delle sequenze. La rilevabilità di tutti i genotipi importanti è stata così assicurata.
Inoltre, la specificità è stata convalidata con 100 diversi campioni di sangue intero CMV-negativi. Questi
campioni non hanno generato segnali con i primer e le sonde di CMV inclusi nell’CMV RG/TM Master.
Una potenziale cross-reattività del kit artus CMV QS-RGQ è stata rilevata con il gruppo di controllo
elencato nella Tabella 1 (pag. 3). Nessuno dei patogeni testati è risultato reattivo. Non sono state
osservate incidenze di cross-reattività con infezioni miste.
Range lineare — sangue intero
Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo conto della purificazione) è stato determinato
analizzando una serie di diluizioni del virus CMV da 5,00 x 107 a 1,00 x 102 nel sangue intero. La
purificazione è stata eseguita in replicati (n = 4 per concentrazioni ≥1,00 x 107 copie/ml; n = 8 per
concentrazioni <1,00 x 107 copie/ml) utilizzando il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il
protocollo VirusBlood200 DSP (volume di estrazione: 200 µl, volume di eluizione: 60 µl). Ogni campione
è stato analizzato con il kit artus CMV QS-RGQ. Il range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (tenendo
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
7
conto della purificazione) è stato determinato per coprire le concentrazioni da 1,00 x 103 copie/ml a
log10 della concentrazione stimata (copie/ml)
log10 estimated concentration (copies/ml)
5,00 x 107 copie/ml per il sangue intero (Figura 6).
10
8
6
= 1.0514x – 0.2366
yy =
1.0514x – 0.2366
2
2 R = 0.9999614
R = 0.9999614
4
2
0
0
4
2
6
8
10
concentration
(copies/ml)
log
log10
della concentrazione
nominale
10 nominal
(copie/ml)
Figura 6. Range lineare del kit artus CMV QS-RGQ (sangue intero). Calcolo del range lineare. La linea
retta è stata determinata mediante una regressione lineare del log 10 delle concentrazioni calcolate con il
log 10 delle concentrazioni nominali. La figura mostra l’equazione della linea di regressione.
Robustezza — plasma
La verifica della robustezza consente la determinazione del tasso globale d’errore del kit artus CMV QSRGQ. Per verificare la robustezza, 100 campioni di sangue intero CMV-negativi sono stati arricchiti con
500 copie/ml di CMV (concentrazione pari all’incirca a tre volte il limite di sensibilità analitica). In seguito
ad estrazione con il kit QIAsymphony DNA Mini in combinazione con il protocollo VirusBlood200 per il
sangue intero, questi campioni sono stati analizzati con il kit artus CMV QS-RGQ . Inoltre, la robustezza
del controllo interno è stata valutata mediante purificazione e analisi dei 100 campioni di sangue intero
arricchiti. Non sono state osservate inibizioni. La robustezza del kit artus CMV QS-RGQ è risultata ≥99%.
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
8
Valutazione clinica - sangue intero
Le prestazioni cliniche del kit artus CMV QS-RGQ sono state valutate utilizzando campioni clinici e
analizzando i relativi riscontri rispetto ai risultati ottenuti applicando un metodo confrontabile. Con il kit
artus CMV QS-RGQ e il metodo confrontabile, presso un centro esterno sono stati analizzati in totale 115
campioni di sangue intero prelevati da pazienti affetti da infezione da CMV e da controlli negativi. È stata
condotta un’analisi di regressione di Deming e Passing-Bablok con il risultato del test condotto con il kit
QIAGEN sull’asse Y e con il risultato del test di confronto sull’asse X (vedere Figura 7).
Log10 IU/ml: Kit artus CMV QS-RGQ
Intercetta secondo Deming: -0,791, Pendenza: 1,141
Intercetta secondo Passing-Bablok: -0,554, Pendenza: 1,113
Log10 IU/ml: Kit di confronto
Figura 7. Grafico della regressione con rette di Passing-Bablok e Deming (sangue intero). Solo campioni clinici inclusi nell’analisi.
Nell’analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore di quantificazione (LLOQ) e il limite superiore di quantificazione
(ULOQ) per entrambi i kit.
È stato tracciato un grafico Bland-Altman per osservare la differenza nel log 10 (IU/ml) calcolato. La
differenza media di log 10 (IU/ml) e il suo corrispondente intervallo al 95% sono stati inoltre calcolati e
sovrapposti sul grafico (vedere Figura 8).
La differenza media in log 10 (IU/mL) tra il kit QIAGEN e il kit di confronto è stata di 0,18 log 10 IU/ml. La
concordanza qualitativa di entrambi i kit è stata pari al 100%.
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
9
Log10 IU/ml: artus CMV QS-RGQ Kit and log10 IU/ml: comparator kit
Log10 IU/ml: artus CMV QS-RGQ Kit and log10 IU/ml: Comparator kit
Figura 8. Grafico di Bland-Altman (sangue intero). Le rette orizzontali di riferimento sono in -0,18, -0,86 e 0,51 e denotano la differenza
media (log 10 IU/ml: kit artus CMV QS-RGQ – Lo10 IU/ml: kit di confronto) e il relativo corrispondente intervallo di predizione al 95%.
Nell’analisi sono stati inclusi solo campioni clinici. Nell’analisi sono stati inclusi campioni compresi tra il limite inferiore e il limite
superiore di quantificazione per entrambi i kit.
Precisione
I dati sulla precisione del kit the artus CMV QS-RGQ consentono la determinazione della varianza totale
del test. La varianza totale è costituita dalla variabilità intra-assay (variabilità di risultati multipli di
campioni con la stessa concentrazione all’interno di uno stesso esperimento), dalla variabiltà inter-assay
(variabilità di risultati multipli del test ottenuti su diversi strumenti dello stesso tipo da diversi operatori
all’interno dello stesso laboratorio) e dalla variabilità inter-lotto (variabilità di risultati multipli del test
utilizzando diversi lotti). I dati ottenuti sono stati utilizzati per determinare la deviazione standard, la
varianza e il coefficiente di variazione per il patogeno specifico e il controllo interno di PCR.
I dati di precisione analitica del kit artus CMV QS-RGQ (senza tenere conto della purificazione) sono stati
raccolti utilizzando la quantità standard della concentrazione più bassa (QS 4; 10 copie/µl). L’analisi è
stata eseguita con 8 replicati. I dati di precisione sono stati calcolati sulla base dei valori C T delle curve di
amplificazione (C T : ciclo soglia, vedi Tabella 2, pag. 8). Inoltre, i dati di precisione relativi ai risultati
quantitativi in copie/µl sono stati determinati utilizzando i corrispondenti valori C T (Tabella 3, pag. 9).
Sulla base di questi risultati, lo scarto statistico di un dato campione con la concentrazione menzionata è
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
10
pari a 1,21% (C T ) o 14,38% (concentrazione), e a 1,93% (C T ) per la rilevazione del controllo interno.
Questi valori si basano sulla totalità dei singoli valori delle variabilità stabilite.
Tabella 2. Dati di precisione sulla base dei valori C T
Deviazione standard
Varianza
Coefficiente di variazione
(%)
Variabilità intra-assay:
CMV QS 4
0.17
0.03
0.57
Variabilità intra-assay:
controllo interno
0.31
0.10
1.16
Variabilità inter-assay:
CMV QS 4
0.38
0.14
1.27
Variabilità inter-assay:
controllo interno
0.47
0.22
1.77
Variabilità inter-lotto:
CMV QS 4
0.33
0.11
1.10
Variabilità inter-lotto:
controllo interno
0.53
0.28
2.02
Varianza totale:
CMV QS 4
0.36
0.13
1.21
Varianza totale:
controllo interno
0.51
0.26
1.93
Deviazione standard
Varianza
Coefficiente di variazione
(%)
Variabilità intra-assay:
CMV QS 4
1.34
1.80
13.30
Variabilità inter-assay:
CMV QS 4
1.54
2.38
15.25
Variabilità inter-lotto:
CMV QS 4
1.46
2.12
14.41
Varianza totale:
CMV QS 4
1.45
2.11
14.38
Tabella 3. Dati di precisione sulla base dei risultati quantitativi (in copie/µl)
Riproducibilità
I dati di riproducibilità consentono una regolare valutazione delle prestazioni del kit artus CMV QS-RGQ,
nonché un confronto di efficacia con altri prodotti. Questi dati sono ottenuti dalla partecipazione a
programmi di performance consolidati.
Cross-contaminazione
L’assenza di cross-contaminazione fra i campioni per l’intero flusso di lavoro è stata dimostrata dalla
corretta rilevazione di tutti i campioni positivi e negativi in posizioni alternate (modello a scacchiera) per
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
11
un sistema artus QS-RGQ rappresentativo.
I prodotti correlati e le informazioni per l’ordine sono elencati nel manuale del kit artus CMV QS-RGQ
Per le informazioni di licenza aggiornate e i disclaimer specifici dei prodotti consultare il manuale
specifico del kit QIAGEN. I manuali dei kit QIAGEN sono disponibili nel sito www.qiagen.com oppure
possono essere richiesti al servizio di assistenza tecnica QIAGEN o al proprio distributore locale.
Marchi commerciali: QIAGEN®, QIAsymphony®, artus®, Rotor-Gene® (QIAGEN Group); ATCC® (American Type Culture Collection); Acrometrix® (Life Technologies).
I marchi, i nomi registrati ecc. utilizzati nel presente documento, anche se non contrassegnati specificamente come tali, vanno considerati protetti dalla legge. 09/2015 HB-0356-D01-002.
© 2012–2015 QIAGEN, tutti i diritti riservati.
Ordering www.qiagen.com/contact | Technical Support support.qiagen.com | Website www.qiagen.com
Kit artus CMV QS-RGQ: Prestazioni caratteristiche
09/2015
12