Curriculum Vitae ai fini della pubblicazione
INFORMAZIONI PERSONALI
FIRMATO Alessandro Bria
Alessandro Bria
Sesso Maschile | Nazionalità Italiana
ESPERIENZA
PROFESSIONALE
Da 5/2015 a 4/2016
Assegnista di Ricerca
Università degli Studi di Cassino e del Lazio Meridionale, Cassino (FR), Italia
▪ Tecniche di denoising e dehazing applicate a mammografie digitali per l’individuazione automatica di
microcalcificazioni, sotto la supervisione del Prof. Francesco Tortorella
Attività o settore Ricerca Scientifica
Da 3/2014 a 3/2015
Assegnista di Ricerca
Università degli Studi di Salerno, Fisciano (SA), Italia
▪ Implementazione di un prototipo per l’ottimizzazione ed il forecasting dei percorsi formativi
Attività o settore Ricerca Scientifica
Da 3/2009 ad oggi
Collaboratore Scientifico
Università Campus Bio-Medico di Roma, Roma (RM), Italia
▪ Elaborazione, visualizzazione ed analisi automatica di immagini 3-5D di microscopia su scala del
TeraByte, sotto la supervisione del Prof. Giulio Iannello
Attività o settore Ricerca Scientifica
a.a. 2015-2016
Professore a Contratto
Università degli Studi di Cassino e del Lazio Meridionale, Cassino (FR), Italia
▪ Insegnamento "Tecniche di Programmazione" della Laurea di Primo Livello in Ingegneria Informatica
e delle Telecomunicazioni
Attività o settore Insegnamento Universitario
a.a. 2014-2015 e 2015-2016
Professore a Contratto
Università degli Studi di Cassino e del Lazio Meridionale, Cassino (FR), Italia
▪ Insegnamento "Elaborazione ed Interpretazione di Immagini Digitali" della Laurea di Secondo Livello
in Ingegneria Informatica
Attività o settore Insegnamento Universitario
Da 3/2013 a 5/2013
Consulente Scientifico
Allen Institute for Brain Science, Seattle (WA), U.S.A.
▪ Implementazione di un tool software per la visualizzazione e l’esplorazione in real-time di immagini
3-5D di microscopia su scala del TeraByte, sotto la supervisione del Dr. Hanchuan Peng
Attività o settore Ricerca Scientifica
ISTRUZIONE E FORMAZIONE
Da 1/2011 a 12/2013
Dottorato di Ricerca in Ingegneria Elettrica e dell’Informazione
Livello QEQ 8
Università degli Studi di Cassino e del Lazio Meridionale, Cassino (FR), Italia
▪ Tesi: “Computer-aided detection of malignant clustered microcalcifications in mammograms”
▪ Tutor e Relatore: Prof. Francesco Tortorella
10/2010
Laurea Specialistica in Ingegneria Informatica e Automatica
Livello QEQ 7
Università degli Studi dell’Aquila, L’Aquila (AQ), Italia
Voto 110/110 cum laude e menzione alla carriera universitaria ed al lavoro di tesi
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FIRMATO Alessandro Bria
▪ Tesi: “Ricostruzione di grandi volumi di cervelletto murino da immagini 3D acquisite in
ultramicroscopia”
▪ Relatori: Prof. Alfredo Germani e Prof. Giulio Iannello
9/2008
Livello QEQ 6
Laurea Triennale in Ingegneria Informatica e Automatica
Università degli Studi dell’Aquila, L’Aquila (AQ), Italia
Voto 110/110 cum laude
▪ Tesi: “Content Management Systems: caratteristiche, criteri di selezione ed un’applicazione di
esempio”
▪ Relatore: Prof. ssa Laura Tarantino
7/2005
Livello QEQ 4
Diploma di Liceo Scientifico
Liceo Scientifico “G. Pellecchia”, Cassino (FR), Italia
Voto 100/100
COMPETENZE PERSONALI
Lingua madre
Italiano
Altre lingue
Inglese
COMPRENSIONE
PARLATO
Ascolto
Lettura
B2
B2
PRODUZIONE SCRITTA
Interazione
Produzione orale
B2
B2
C1
A1
A1
( autovalutazione )
Francese
A1
A2
A1
( autovalutazione )
Livelli: A1/A2: Utente base - B1/B2: Utente intermedio - C1/C2: Utente avanzato
Quadro Comune Europeo di Riferimento delle Lingue
Competenze comunicative
▪ Attento comunicatore mediante utilizzo di linguaggio soprattutto visivo, declinato in base al livello di
conoscenza del fruitore/lettore/spettatore per rendere comprensibili concetti qualsivoglia complessi
Competenze organizzative e
gestionali
▪ Relatore di tesi triennali e magistrali presso l’Università di Cassino e del Lazio Meridionale, negli anni
2010-2016
▪ Eccellente autonomia ed elevata motivazione nella risoluzione di problemi e nello svolgimento di
qualunque attività
Competenze professionali
▪ Esperto programmatore e sviluppatore cross-platform con un forte background sull’elaborazione e
l’interpretazione automatica di immagini, in particolar modo biomedicali, di microscopia, e Big-ImageData
▪ Programmazione Software
▫C
▫ C++ 11 e librerie Qt, OpenCV, libtiff, DCMTK, HDF5
▫ Programmazione parallela (MPI e multithreaded)
▫ Java
▫ Matlab
▫ Design patterns
▫ CMakeFile
▪ Programmazione Web
▫ client-side: XML, HTML, CSS, Javascript, SVG, Ajax
▫ server-side: PHP, JSP, Servlet, EJB, Apache
▪ Database
▫ DBMS: MySQL, IBM DB2 e Microsoft SQL Server
▪ Sistemi operativi
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▫ Windows a livello utente e programmatore
▫ UNIX/Linux a livello utente e programmatore
▫ MacOS a livello utente e programmatore
▪ Ingegneria del software
▫ Unified Process (UP)
▫ User-Centered Design Metodology (UCDM): indagini utenti, usabilità, Hierarchical Task Analysis
▫ Unified Modeling Language (UML)
▫ Progettazione di interfacce: design dell’interazione, visual design, prototyping, mockup
Competenza digitale
AUTOVALUTAZIONE
Elaborazione
delle
informazioni
Comunicazione
Creazione di
Contenuti
Sicurezza
Risoluzione di
problemi
Utente avanzato
Utente avanzato
Utente avanzato
Utente avanzato
Utente avanzato
Livelli: Utente base - Utente intermedio - Utente avanzato
Competenze digitali - Scheda per l'autovalutazione
▪ ottima padronanza degli strumenti della suite per ufficio (elaboratore di testi, foglio elettronico,
software di presentazione)
▪ buona padronanza dei programmi per l’elaborazione digitale delle immagini biomedicali (ImageJ) e
di fotografia (Photoshop)
Patente di guida
B
ULTERIORI INFORMAZIONI
Interessi di ricerca
La sua ricerca è orientata al Pattern Recognition ed Image Processing applicati a dataset
biomedicali, con particolare enfasi alla progettazione ed implementazione di sistemi per la Computer
Aided Diagnosis (CAD) ed alla ricostruzione, visualizzazione ed analisi automatica di immagini di
microscopia multidimensionali di scala GigaByte e TeraByte.
E’ inventore e sviluppatore dei tool open-source “TeraStitcher” e “TeraFly” per la ricostruzione, la
visualizzazione e l’annotazione assistita di immagini di microscopia di scala TeraByte.
Pubblicazioni su riviste
internazionali
▪ A. Bria, G. Iannello, “TeraStitcher - A Tool for Fast Automatic 3D-Stitching of Teravoxel-Sized
Microscopy Images”, BMC Bioinformatics, Vol. 13(1), n. 316, 2012.
▪ L. Silvestri, A. Bria, L. Sacconi, G. Iannello, F. Pavone, “Confocal Light Sheet Microscopy: MicronScale Neuroanatomy of the Entire Mouse Brain”, Optic Express, Vol. 20 (18), pp. 20582-20598,
2012.
▪ A. Bria, L. Silvestri, I. Costantini, L. Sacconi, H. Peng, G. Iannello, F.S. Pavone, “Micron-scale
resolution optical tomography of entire mouse brains with confocal light sheet microscopy”, Journal
of Visualized Experiments (JoVE), Vol. 80, 2013.
▪ A. Bria, N. Karssemeijer, F. Tortorella, “Learning from unbalanced data: A cascade-based approach
for detecting clustered microcalcifications”, Medical Image Analysis, Vol. 18 (2), pp. 241–252, 2013.
▪ H. Peng, A. Bria, Z. Zhou, G. Iannello, F. Long, “Extensible visualization and analysis for multidimensional images using Vaa3D”, Nature Protocols, Vol. 9(1), pp. 193-208, 2013.
▪ H. Peng, J. Tang* , H. Xiao*, A. Bria*, J. Zhou*, V. Butler, Z. Zhou, P.T. Gonzalez-Bellido, S.W. Oh, J.
Chen, A. Mitra, R.W. Tsien, H. Zeng, G.A. Ascoli, G. Iannello, M. Hawrylycz, E. Myers, F. Long,
“Virtual finger boosts three-dimensional imaging and microsurgery as well as terabyte volume image
visualization and analysis”, Nature Communications, 5:4342, 2014.
▪ A. Bria, C. Marrocco, M. Molinara, F. Tortorella, “An effective learning strategy for cascaded object
detection”, Information Science, Vol. 340-341, pp. 17-26, 2016.
▪ A. Bria, H. Peng, G. Iannello, L. Onofri, “TeraFly: Real-time 3D Visualization and Annotation of
Terabytes of Multidimensional Volumetric Images”, Nature Methods, Vol. 13, pp. 192-194, 2016.
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Pubblicazioni a conferenze
internazionali
Seminari / Talk ad invito
Periodi di formazione e lavoro
all’estero
Conferenze
Scuole e corsi frequentati
FIRMATO Alessandro Bria
▪ A. Bria, G. Iannello, “Stitching terabyte-sized 3D images acquired in Confocal Ultramicroscopy”,
Prooceedings of Biomedical Imaging (ISBI), 2012 9th IEEE International Symposium on, pp. 1659 –
1662, 2012.
▪ A. Bria, C. Marrocco, M. Molinara, F. Tortorella, “A Ranking-based Cascade Approach for
Unbalanced Data”, Proceedings of the 21st International Conference on Pattern Recognition, pp.
3439 – 3442, 2012.
▪ A. Bria, C. Marrocco, M. Molinara, F. Tortorella, “Detecting clusters of microcalcifications with a
cascade-based Approach”, Proceedings of the 10th International Conference on Digital
Mammography, Lecture Notes in Computer Science Vol. 7361, pp. 111-118, 2012.
▪ A. Bria, L. Silvestri, L. Sacconi, F. Pavone, G. Iannello, “Stitching terabyte-sized 3D images acquired
in Confocal Ultramicroscopy”, Proceedings of the 9th IEEE International Symposium on Biomedical
Imaging, pp. 1659-1662, 2012.
▪ A. Bria, C. Marrocco, M. Molinara, F. Tortorella, “Cascaded Rank-based Classifiers for Detecting
Clusters of Microcalcifications”, 14th Conference on Artificial Intelligence in Medicine (AIME), Lecture
Notes in Computer Science Vol. 7885, pp. 166-170, 2013.
▪ A. Bria, G. Iannello, H. Peng, “An open-source VAA3D plugin for real-time 3D visualization of
terabyte-sized volumetric images”, Prooceedings of Biomedical Imaging (ISBI), 2015 12th IEEE
International Symposium on, pp. 520 – 523, 2015.
▪ Invited speaker, 8th Advanced School on Scientific Visualization, CINECA, Bologna, Italy, 14-18
Ottobre 2013. Talk intitolato “Vaa3D: an extendible and versatile open-source tool for 3D
visualization-assisted analysis of large-scale bioimages”.
▪ Invited speaker, workshop on “Brain Mapping”, Princeton Neuroscience Institute, Princeton, NJ
(U.S.A.), 26-27 Agosto 2014. Talk intitolato “TeraTools: software tools for the analysis of TeraBytesized volumetric microscopy images”.
▪ Tutorial speaker, 2015 International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Brooklyn, NY
(U.S.A.), 17 Aprile 2015. Tutorial intitolato “Vaa3D software”.
▪ Co-instructor, BigNeuron hackaton on neuron reconstruction algorithm porting into Vaa3D,
University of Cambridge, Cambridge, U.K., 4-8 Maggio 2015.
▪ Invited speaker, School on Scientific Data Analytics and Visualization, CINECA, Bologna, Italy, 8-12
Giugno 2015. Talk intitolato “Big-Image-Data Visualization and Analysis with Vaa3D”.
▪ Invited speaker, Connectome Workbench, University of Cambridge, Cambridge, U.K., 11-12
Settembre 2015. Talk intitolato “Big-Image-Data Visualization and Analysis with Vaa3D”.
▪ Visiting PhD student, Radboud University, Nijmegen, Paesi Bassi, Ottobre 2012 - Febbraio 2013.
Qui ha lavorato alla detection e classificazione di cluster di microcalcificazioni sotto la supervisione
del Prof. Nico Karssemeijer.
▪ Visiting scientist, Janelia Farm Research Campus, Howard Hughes Medical Institute, Ashburn, VA,
Stati Uniti, Agosto 2012. Qui ha lavorato sotto la supervisione del Dr. Hanchuan Peng, PhD, allo
sviluppo di un plugin per il software Vaa3D per la ricostruzione, visualizzazione ed esplorazione di
immagini 3D di microscopia su scala di TeraByte.
▪ Visiting scientist, Allen Institute for Brain Science, Seattle, WA, Stati Uniti, Aprile 2013. Qui ha
lavorato sotto la supervisione del Dr. Hanchuan Peng, PhD, sul raffinamento del plugin per Vaa3D
per la visualizzazione ed esplorazione di immagini 3/4/5D di microscopia su scala di TeraByte.
▪ Neuroinformatics, Monaco, Germania, Settembre 2012.
▪ 11th International Workshop on Breast Imaging (IWDM), Filadelfia, PA, USA, Luglio 2012.
▪ IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Barcellona, Spagna, Maggio 2012.
▪ EUreopean Society Of Breast Imaging (EUSOBI) annual meeting, Roma, Italia, Ottobre 2013.
▪ Bioimage informatics (ISBI), Lovanio, Belgio, Ottobre 2014.
▪ IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), Brooklyn, NY, USA, Aprile 2015.
▪ 7th International Summer School of Pattern Recognition (ISSPR), Plymouth, UK, 2011
▪ 2nd PLUS Advanced School on Computer Vision and Pattern Recognition, Genova, Italia, 2011.
▪ corso “Standard formats for managing scientific data”, Casalecchio di Reno, Italia, 2010.
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