Rispondere alle seguenti domande, in forma concisa, e, per quanto

Esempio di compito di esame Esame di Chimica Biologica
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Rispondere alle seguenti domande, in forma concisa, e, per quanto possibile usando
formule per illustrare i composti chimici trattati.
1. Illustrate con formule di struttura le due forme di risonanza che giustificano la stabilita’
e la planarita’ del legame peptidico.
2. Dato il peptide Glu-Ala-Val-Cys-Lys, disegnate la formula complessiva e indicate le
cariche presenti complessivamente sul petide a pH fisiologico (7.3).
3. Descrivete l’equazione di Henderson-Hasselbalch che esprime il pH di una soluzione in
funzione del pKa e delle concentrazioni di un acido debole e la sua base coniugata.
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Chimica Biologica – Appello del 11.02.2009
4. Schematizzate un tipico legame-idrogeno che stabilizza le strutture secondarie delle
proteine, e fornite i concetti di base che spiegano la natura dell’interazione ‘legameidrogeno’.
5. Indicate in max. 5 righe cosa definisce il diagramma di Ramachandran, e come e’ stato
costruito.
6. Indicate in ordine gerarchico quali sono i livelli di organizzazione strutturale delle
proteine, soffermandovi in particolare su cosa si intende per ‘dominio’.
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7. Fornite un disegno schematico della struttura super-secondaria nota come ‘cross-overconnection, e indicate come dalla ripetizione di questo motivo si ottenga il dominio (α/β)8,
detto anche ‘TIM-barrel’.
8. Indicate la forma analitica dell’equanzione di Hill per l’emoglobina. Usando i grafici di
ossigenazione di Hb, indicate quale effetto ha sulle sigmoidi un abbassamento di pH
(effetto Bohr).
9. Perche’ l’eluizione delle proteine da una colonna cromatografica a scambio ionico
richiede l’uso di gradienti di soluzioni saline?
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Chimica Biologica – Appello del 11.02.2009
10. Cosa si intende per reazione “eso-ergonica”?
11. Disegnate la formula di struttura del NADH, indicando il centro redox che, in questo
caso, sara’ nella forma ridotta.
12. Rappresentate sotto forma di un grafico (G contro coordinata di reazione) l’andamento
di una reazione S Æ P esoergonica. Indicate i livelli di energia libera dei reagenti, dei
prodotti, e dello stato di transizione. Indicate, quindi, una curva per la stessa reazione in
presenza di un catalizzatore (enzima), distinguendo i valori di G associati agli stati di
transizione delle due reazioni considerate.
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Chimica Biologica – Appello del 11.02.2009
13. Data l’equazione di Michaelis-Menten, indicate con un grafico il significato di Vmax e
Km. In che dimensioni si esprime Km?
14. Illustrate le reazioni che portano alla degradazione del glicogeno nei suoi componenti.
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15. Illustrate le reazioni del cilco degli acidi tricarbossilici (c.Krebs), mettendo in evidenza
gli enzimi coinvolti, la liberazione di CO2, e la formazione di nucleotidi ridotti prodotti
per ogni molecola di acetil-CoA che entra nel ciclo.
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Chimica Biologica – Appello del 11.02.2009
16. Considerati i nucleotidi ridotti prodotti dal ciclo di Krebs (domanda 15), indicate in
dettaglio quante molecole di ATP verranno prodotte dalla catena di trasporto elettronico,
e perche’.
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