Metodologie informatiche per la chimica

Metodologie informatiche per la
chimica
Dr. Sergio Brutti
Chem Draw
Rappresentazione di specie chimiche
Specie chimiche
??
Strumenti informatici
acetone
Mano libera
Molecular drawing tool
Modello chimico-fisico
3D
2D
Disposizione nello
spazio degli atomi
Molecular drawing tool
Symyx Draw 4.0
Prerequisito: disegno a mano libera della molecola che si vuole rappresentare
Modello chimico-fisico
Utile link in cui trovare molti programmi utili (freeware)
http://www.sciencegeek.net/Chemistry/chemware/chemware.shtml
Symyx Draw 4.0 si ottiene scaricando Accelrys Draw
È necessario registrarsi per ottenere una licenza gratuita
Symyx Draw 4.0
Schermata di base di Accelrys Draw 4.0
Esempio 1: la molecola di H2
Schermata iniziale
Seleziono H e trascino il
legame
Seleziono H
Seleziono il legame
semplice
Disegno H sul wall
Seleziono il bond tool
Esempio 2: la molecola H3PO4
Schermata iniziale
Disegno P
“H” legati agli “O”
insaturi
“O” legame semplice
“O” legame doppio
Esempio 3: trans-2-penten-5-olo
Formula molecolare
CH3CH=CHCH2CH2OH
Disegno C
Disegno O-H
Disegno una catena 5C
Raddoppio il secondo C-C
(seleziono e click destro)
Esempio 4: nitro-benzene
Formula molecolare
C6H5NO2
Disegno il
benzene
Aggiungo gli H
Compenso le cariche
Disegno NO2 considerando
l’ordine di legame
Esempio 5: metano
Formula molecolare
CH4
Disegno C
Aggiungo i 2 H planari
Aggiungo H in-ward
Aggiungo H out-ward
Galleria di molecole
H2SO4
Antracene
Ammoniaca
Acido nitrico
Aspirina
Paracetamolo
Esercitazione
Create una cartella sul desktop con il vostro cognome e la data
dell’esercitazione. Salvate tutti i file dell’esercitazione in questa cartella. NON
CERCHERO’ I FILES NEL COMPUTER per cui ATTENZIONE.
1. Disegnate le seguenti molecole e salvatele CIASCUNA COL SUO NOME in
formato .mol e come immagini (.jpg):
i. Etanolo CH3CH2OH
ii. Isopropanolo CH3CH(OH)CH3
iii. Fenolo C6H5OH
iv. Acido ossalico H2C2O4
I. Acido trifluoroacetico CF3COOH
II. Acido nitrico HNO3
2. Data la matrice delle posizioni atomiche dell’acido formico calcolare la
connettività, l’angolo C-O-H e l’angolo formato tra il legame O-H e il piano su
cui giace il frammento C(=O)-O
C
-0.75
2.28
0
O(1) -0.91
3.49
0
O(2) 0.46
1.68
0
H(1) 0.39
0.71
0
H(2) -1.56
1.54
0