ver. 2015/02
Ad oggi il saggio ViewRNA ® In Situ Hybridization di
Affymetrix è uno degli strumenti più potenti e
innovativi per lo studio dell’RNA non codificante,
dell'mRNA, dei miRNA , dei lncRNA e ncRNA e nella
ricerca dello sviluppo delle patologie, umane e non
solo. Affymetrix è in grado di progettare e realizzare
sonde per qualsiasi trascritto garantendo la coerenza
dei risultati quantitativi e la riproducibilità
sperimentale. La tecnologia del ViewRNA ® è
denominata “branched DNA detection” e offre un
unico segnale ultra-sensibile e altamente specifico.
Esistono due opzioni del saggio di RNA in situ: uno con
rilevamento cromogenico (CISH) e uno con
rilevamento in fluorescenza (FISH).
CISH (Chromogenic RNA in situ hybridization)
Cons ente di visualizzare fino a due target di RNA e l ncRNA a livello della
morfol ogia tissutale ed è adatto sia per s ezioni FFPE che per sezioni di tessuto
congelato.
RNA in situ hybridization assays for FFPE and frozen tissue sections:
ViewRNA ISH Tissue Assay - manual processing
ViewRNA eZ Assays - automated processing on Leica BOND RX
FISH (Fluorescence RNA in situ hybridization)
Permette di visualizzare fino a quattro target di RNA e lncRNA a livello della
morfol ogia tissutale o cellulare.
È pos sibile a nalizzare fino a due target di RNA per ogni sezione di tessuto
(ca mpioni FFPE e congelati) e fino a quattro target di RNA i n ca mpioni di cellule.
RNA in situ hybridization assays for FFPE and frozen tissue sections
ViewRNA ISH Tissue Assay - manual processing
ViewRNA eZ Assays - automated processing on Leica BOND RX
RNA in situ hybridization assays for CTCs and cells
ViewRNA CTC Platform
ViewRNA miRNA ISH Cell Assay
ViewRNA ISH Cell Assay - manual processing
ViewRNA HC Screening Assay - automated processing
Vantaggi:
Ri l evamento s ensibile di una singola molecola di RNA
El eva ta specificità e basso background
Des ign della sonda flessibile
"A ri chi esta" sintesi di probe contro ogni gene bersaglio e consegna i n tempi ra pidi.
Applicazioni:
Profi l ing trascrizionale di singole cellule all'interno di una popolazione
Studi o dell’eterogeneità di espressione genica i n cellule o tessuti
Studi o della pluripotenza delle cellule staminali e l a loro differenziazione
Studi o delle vi e di s egnale cellulare
Qua ntificazione dell’'espressione genica in biopsie di ca ncro
Criteri di scelta
ViewRNATM Assay Formats
ISH Tissue
ISH Cell
miRNA ISH Cell
HC Screening
Cultured cells (adherent
or suspension), CTCs*
Cultured cells (adherent
or suspension)
Cultured cells
(adherent or
suspension)
2 RNA targets
Up to 4 RNA targets
1 miRNA and up to 2
mRNA targets
Up to 4 RNA targets
Chromogenic &
fluorescence
Fluorescence
Fluorescence
Fluorescence
Yes**
No
Yes
Yes
Brightfield or
fluorescence microscope
or slide scanner
Fluorescence microscopy
or high content imaging
system
Fluorescence microscopy
or high content imaging
system
High content
imaging system
Cell Samples
Tissue Samples
Multiplexing
Detection Signal
Automation
Compatible
Instrumentation
FFPE & OCT-frozen tissue
sections, TMAs, FNAs
*Part of the ViewRNA CTC Platform.
**Full automation on Leica BOND RX - coming soon.
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Qua ntiGene Pl ex è il saggio i deale per va lidare dati ottenuti tra mite GeneChi p® o NGS, e per bi o -ma rker
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PrimeFlow™
Enter a new dimension of single-cell analysis
Questo sistema innovativo Affymetrix eBioscience permette di studiare l’mRNA e proteine con un’analisi
citofluorimetrica a livello della singola cellula.
Il test permette di profilare RNA ed espressione proteica all’interno di singole cellule abbattendo il limite tipico della
citofluorimetria: rimanere a livello anticorpale dell a superficie delle cellule.
I progetti di ricerca di immunologi, ricercatori che lavorano sulle staminali, oncologi e non solo possono tranne un
enorme vantaggio dal PrimeFlowTM.
Questo nuovo metodo di analisi impiega una tecnica di fluorescent in situ hybridization (FISH) brevettata, che consente il
rilevamento simultaneo fino a un massimo di tre trascritti di RNA in una singola cellula utilizzando un citofluorimetro
standard. Il rilevamento dell’RNA può essere abbinato all’uso di anticorpi coniugati utilizzati a livello della superficie
cellulare o intracellulare per una migliore comprensione delle dinamiche.
Il test utilizza gli stessi principi del ViewRNA™ Affymetrix® (ex Panomics), prodotto collaudato e ampiamente citato in
letteratura, progettato per l'analisi microscopica di RNA in cellule e tessuti. PrimeFlowTM combina oligonucleotidi
specifici marcati con segnale ramificato (bDNA) per rilevare con precisione l'espressione genica a livello di singola
cellula.
L’espressione di RNA abbinata alla rilevazione della
proteina genera dati multi parametrici in
popolazioni cellulari eterogenee e offre
informazioni dettagliate a livello della singola
cellula . Al contrario, microarray e sequenziamento
sono in grado di fornire dati completi di
espressione genica a livello globale del campione,
senza poter rivelare effetti a livello di specifici
sottoinsiemi cellulari.
Utilizzando il PrimeFlow ™ RNA Assay , invece, possono essere analizzati i livelli di espressione e trascrizione relativi a
cellule specifiche o a sottoinsiemi di cellule, valutando nel tempo la regolazione della trascrizione e l'espressione delle
proteine.
Tali informazioni uniche e preziose possono rispondere a domande in precedenza senza risposta e avere implicazioni
importanti in svariati campi della ricerca.
Con PrimeFlow ™ RNA Assay è possibile:
Os s erva re l’eterogeneità dell'espressione genica a livello di singola cellula
Confrontare l a cinetica di RNA e proteina nella stessa cellula
Ri l evare RNA non codificante in s ottoinsiemi cellulari
Va l utare RNA vi rale in cellule i nfettate
Ana l izzare i l ivelli di espressione di mRNA laddove ci sia carenza di a nticorpi commerciali
