lezione 27-28 martedì 15 Dicembre 2009 corso di genomica a.a. 2009/10 aula 6a ore 14.00-16.00 corso di laurea specialistica magistrale Biotecnologia lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo Bioinformatica per la Genetica e la Genomica Bioinformatica per la Genomica Operazioni classiche con differente punto di vista: 1) Ricerca di informazioni nelle banche dati 2) Analisi di dati nuovi ed originali 3) Meta-analisi di dati noti Carrellata di strumenti per la ricerca di informazioni Entrez PubMed OMIM e OMIA 2) Analisi di dati originali preparazione degli esperimenti Primer3 Sequence Manipulation Site analisi (multiallineamento) dei risultati Blast2seq ClustalW Primer3 Sequence Manipulation Suite ClustalW Blast2seq Blast2se q è sufficiente per confrontare genomi??? Genalyze r Mauve 3) Meta-analisi Analizzare dati disponibili estraendone nuovi risultati... Meta-analisi con metodi rapidi!!! BLAST EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser... BLAST siete certi di conoscerlo??? BLAST siete certi di conoscerlo??? GenBank: un mito... siete certi di conoscerlo??? è ancora omnicomprensivo? Nucleotide Sequence Databases * nr All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences (excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant". * refseq_rna RNA entries from NCBI's Reference Sequence project * refseq_genomic Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project * est Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions * gss Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and Alu PCR sequences. * htgs Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr) * pat Nucleotides from the Patent division of GenBank. * pdb Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank * month All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days. * dbsts Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions . * chromosome A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence project. * wgs A database for whole genome shotgun sequence entries. * env_nt Nucleotide sequences from environmental samples. TRACES Archive EMBL Genome Browser Ensembl Genome Browser Ensembl Genome Browser 1000 Genomes Browser } UCSC Genome Browser Sezione grafica (Genome viewer) Scelta delle annotazioni visualizzate: Mapping and Sequencing (gap, STS) Genes and Gene Prediction (RefSeq) mRNA and EST Expression and Regulation (CpG) Comparative Genomics (mouse, chimp) ENCODE (functional DNA) Variation and Repeats Posizione sul genoma STS markers Geni Genbank Geni RefSeq Predizione genica mRNA (Full-length) EST umane Geni di altre specie Conservazione interspecie Repeats (Alu, satellite) Differenti specie, differenti tracks Comparative genome track Visualizzazione delle “BAC ends”: