Programma del corso

Programma del Corso di Bioinformatica – Tecniche di base
AA. 2008-2009
Prof. Giancarlo Mauri
Laboratorio: Dr.ssa Raffaella Rizzi
Data di inizio delle lezioni: 2 marzo 2009
Orario: Lunedì 8.30 – 10.30; Mercoledì 8.30 – 10.30
Aula U1-14 (Lunedì); U3-06 (Mercoledì)
1. Introduzione
Algoritmi e complessità
2. Algoritmi e complessità
3. Mappaggio genetico e DDP
4. Edit distance e programmazione dinamica
5. Algoritmi di string matching
6. Alberi di suffissi
7. Allineamento globale e locale
8. Allineamento multiplo
9. Pattern discovery
10. Weeder - Ricostruzione filogenie
11. Riarrangiamento genomico
12. Clustering
13. Predizione di strutture
14. Predizione di siti di splicing alternativo
15. Informazione e entropia
16. Entropia di sistemi markoviani; Informazione mutua
02.03.09
04.03.09
09.03.09
11.03.09
16.03.09
18.04.09
23.03.09
25.03.09
30.03.09
01.04.09
06.04.09
08.04.09
15.04.09
20.04.09
22.04.09
27.04.09
LABORATORIO (Programma indicativo)
15.04.2009 13.30-17.30
Richiami di Perl: hash, liste e puntatori. Strutture anonime. Orientazione agli Oggetti in Perl.
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/esercizio2.html>esercizio
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/soluzione2.html>soluzione
22.04.2009 13.30-17.30
Introduzione a BioPerl.
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/esercizio3.html>esercizio
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/soluzione3.html>soluzione
29.04.2009 13.30-17.30
Blast.
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/esercizio1.html>esercizio
1
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/soluzione1.html>soluzione
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/blast.xml>dati esempio
06.05.2009 13.30-17.30
Utilizzare BioPerl per interagire con dati e programmi disponibili in rete.
13.05.2009 13.30-17.30
Programmazione dinamica: LCS
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/lcs.html>soluzione
<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/weighted_edit_distance.html>distanza edit
20.05.2009 13.30-17.30
Allineamento globale
(<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/allineamento_globale.html>soluzione)
e locale
(<http://www.statistica.unimib.it/utenti/dellavedova/didattica/Bioinformatica_tecniche_base_lab
/esercizi/allineamento_locale.html>soluzione)
di due sequenze. Riepilogo sulla programmazione dinamica.
N.B. Le date delle lezioni e la suddivisione degli argomenti tra le lezioni sono
indicative; potranno verificarsi piccoli cambiamenti dovuti ad eventuali indisposizioni
del docente, scioperi, e altri eventi imprevedibili.
Modalità di Esame:
 Prova orale
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